12 results on '"Genest, Diane"'
Search Results
2. Atlas-based automated detection of swim bladder in Medaka embryo
- Author
-
Genest, Diane, Léonard, Marc, Cousty, Jean, De Crozé, Noémie, and Talbot, Hugues
- Subjects
Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition ,Electrical Engineering and Systems Science - Image and Video Processing ,Quantitative Biology - Tissues and Organs - Abstract
Fish embryo models are increasingly being used both for the assessment of chemicals efficacy and potential toxicity. This article proposes a methodology to automatically detect the swim bladder on 2D images of Medaka fish embryos seen either in dorsal view or in lateral view. After embryo segmentation and for each studied orientation, the method builds an atlas of a healthy embryo. This atlas is then used to define the region of interest and to guide the swim bladder segmentation with a discrete globally optimal active contour. Descriptors are subsequently designed from this segmentation. An automated random forest clas-sifier is built from these descriptors in order to classify embryos with and without a swim bladder. The proposed method is assessed on a dataset of 261 images, containing 202 embryos with a swim bladder (where 196 are in dorsal view and 6 are in lateral view) and 59 without (where 43 are in dorsal view and 16 are in lateral view). We obtain an average precision rate of 95% in the total dataset following 5-fold cross-validation.
- Published
- 2019
3. High throughput automated detection of axial malformations in Medaka embryo
- Author
-
Genest, Diane, Puybareau, Elodie, Léonard, Marc, Cousty, Jean, De Crozé, Noémie, and Talbot, Hugues
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
4. An automated assay for the assessment of cardiac arrest in fish embryo
- Author
-
Puybareau, Elodie, Genest, Diane, Barbeau, Emilie, Léonard, Marc, and Talbot, Hugues
- Published
- 2017
- Full Text
- View/download PDF
5. Atlas-Based Automated Detection of Swim Bladder in Medaka Embryo
- Author
-
Genest, Diane, primary, Léonard, Marc, additional, Cousty, Jean, additional, de Crozé, Noémie, additional, and Talbot, Hugues, additional
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
6. Imaging of the fish embryo model and applications to toxicology
- Author
-
Genest, Diane, Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM), Université Paris-Est, Hugues Talbot, Jean Cousty, Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Bézout-ESIEE Paris-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)
- Subjects
Fish embryo development toxicology ,Segmentation ,Evaluation de la tératogénicité ,Extraction de descripteurs ,Machine learning ,Features extraction ,Apprentissage automatique ,[INFO.INFO-BT]Computer Science [cs]/Biotechnology ,Teratogenicity assessment ,Toxicité du développement chez l'embryon de poisson - Abstract
Numerous chemicals are used as ingredients by the cosmetics industry and are included in cosmetics formula. Aside from the assessment of their efficacy, the cosmetics industry especially needs to assess the safety of their chemicals for human. Toxicological screening of chemicals is performed with the aim of revealing the potential toxic effect of the tested chemical. Among the potential effects we want to detect, the developmental toxicity of the chemical (teratogenicity), meaning its capability of provoking abnormalities during the embryonic development, is crucial. With respect to the international regulations that forbid the use of animal testing for the safety assessment of cosmetics, the toxicological assessment of chemicals must base on an ensemble of in silico assays, in vitro assays and alternative models based assays. For now, a few alternative methods have been validated in the field of developmental toxicology. The development of new alternative methods is thus required. In addition to the safety assessment, the environmental toxicity assessment is also required. The use of most of cosmetics and personal care products leads to their rejection in waterways after washing and rince. This results in the exposition of some aquatic environments (surface waters and coastal marine environments) to chemicals included in cosmetics and personal care products. Thus, the environmental assessment of cosmetics and of their ingredients requires the knowledge of their toxicity on organisms that are representative of aquatic food chains. In this context, the fish embryo model, which is ethically acceptable according to international regulations, presents a dual advantage for the cosmetics industry. Firstly, as a model representative of aquatic organisms, it is accurate for the environmental assessment of chemicals. Secondly, this model is promising for the assessment of the teratogenic effect of chemicals on human. For this reason, a teratogenicity assessment test is developed. This test is based on the analysis of medaka fish embryos (Oryzias Latipes) at 9 days post fertilization, after balneation in a predetermined concentration of the chemical under study. The analysis of functional and morphological parameters allows to calculate a teratogenicity index, that depends on both rates of dead and malformed embryos. This index allows to to draw a conclusion concerning the teratogenic effect of the chemical.The objective of this project is to automate the teratogenicity test, by automated image and video classification. A first method is developed that aims to automatically detect embryo heart beats from acquired video sequences. This method will allow to calculate the proportion of dead embryos. We then focus on the detection of two common malformations: axial malformations and absence of a swim bladder, based on a machine learning classification. This analysis must be completed by the detection of other malformations so that we can measure the rate of malformed embryos and thus, calculate the teratogenicity index of the tested chemical; De nombreuses substances chimiques sont utilisées par l’industrie cosmétique pour entrer dans la composition de formules. En dehors de la nécessité d’évaluer leur efficacité, l’industrie cosmétique se doit surtout d’évaluer la sécurité de leurs substances pour l’humain. L'évaluation toxicologique des substances chimiques est réalisée dans le but de révéler un effet toxique potentiel de la substance testée. Parmi les effets potentiels que l’on souhaite détecter, la toxicité du développement (tératogénicité), c’est-à-dire la capacité d’une substance à provoquer l’apparition d’anomalies lors du développement embryonnaire, est fondamentale. En accord avec les législations internationales qui interdisent à l’industrie cosmétique d’avoir recours à des tests sur animaux de laboratoire pour l’évaluation de leurs substances, l’évaluation toxicologique de ces substances se base sur les résultats de tests in silico, in vitro et de tests faits sur des modèles alternatifs aux animaux de laboratoire. Pour le moment cependant, peu de méthodes alternatives existent et ont été validées pour la toxicologie du développement. Le développement de nouvelles méthodes alternatives est donc requis. D'autre part, en plus de l’évaluation de la sécurité des substances chez l’humain, l’évaluation de la toxicité pour l’environnement est nécessaire. L’usage de la plupart des produits cosmétiques et d’hygiène corporelle conduit, après lavage et rinçage, à un rejet à l’égout et donc dans les cours d’eau. Il en résulte que les environnements aquatiques (eaux de surface et milieux marins côtiers) sont parfois exposés aux substances chimiques incluses dans les formules cosmétiques. Ainsi, l’évaluation toxicologique environnementale des cosmétiques et de leurs ingrédients nécessite de connaître leur toxicité sur des organismes représentatifs de chaînes alimentaires aquatiques. Dans ce contexte, le modèle embryon de poisson présente un double avantage pour l’industrie cosmétique. Ce modèle, jugé par les législations internationales comme étant éthiquement acceptable pour les évaluations toxicologiques réalisées par l’industrie cosmétique, est représentatif des organismes aquatiques. Il est donc pertinent pour évaluer la toxicité environnementale des substances chimiques. D'autre part, ce modèle apparaît prometteur pour évaluer l’effet tératogène de substances chimiques chez l’humain. Pour ces raisons, un test d’analyse de la tératogénicité des substances chimiques est actuellement développé. Ce test se base sur l’analyse d’embryons de medaka (Oryzias Latipes) à 9 jours post fertilisation, après exposition des embryons par balnéation à des substances à concentrations déterminées. L’analyse de paramètres fonctionnels et morphologiques conduit au calcul d’un indice tératogène, qui permet de tirer une conclusion quant à l’effet tératogène de la substance testée. Cet indice est calculé à partir des mesures du taux de mortalité et du taux de malformations chez les embryons. L’objectif de ce projet est d’automatiser le test d’analyse de la tératogénicité, par classification automatique des embryons faite à partir d’image et de vidéo. La première méthode développée concerne la détection des battements cardiaques à partir de séquences vidéos, dans le but de calculer le taux de mortalité. Nous nous sommes ensuite concentrés sur deux types de malformations courantes qui sont les malformations axiales, et l'absence de vessie natatoire, en utilisant une méthode d'apprentissage automatique. Cette analyse doit être complétée par l'analyse d'autres malformations et conduire à un calcul du taux de malformations et de l’indice tératogène pour la substance testée
- Published
- 2019
7. High throughput automated detection of axial malformations in Medaka fish embryo
- Author
-
Genest, Diane, Puybareau, Élodie, Léonard, Marc, Cousty, Jean, de Crozé, Noémie, Talbot, Hugues, Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Bézout-ESIEE Paris-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), L'Oréal Recherche France (L'Oréal Recherche), L'OREAL, OPtimisation Imagerie et Santé (OPIS), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de vision numérique (CVN), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-CentraleSupélec, We thank the Association National de la Recherche et de la Technologie (ANRT) for providing the CIFRE financing that allowed us to produce this work., and Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
features screening ,ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION ,machine learning ,segmentation ,Toxicology screening ,discrete mathematical morphology ,[SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing ,random forest - Abstract
International audience; Fish embryo models are widely used as screening tools to assess the efficacy and /or toxicity of chemicals. This assessment involves the analysis of embryos morphological abnormalities. In this article, we propose a multi-scale pipeline to allow automated classification of fish embryos (Medaka: Oryzias latipes) based on the presence or absence of spine malformations. The proposed pipeline relies on the acquisition of fish embryo 2D images, on feature extraction based on mathematical morphology operators and on machine learning classification. After image acquisition, segmentation tools are used to detect the embryo before analysing several morphological features. An approach based on machine learning is then applied to these features to automatically classify embryos according to the presence of axial malformations. We built and validated our learning model on 1,459 images with a 10-fold cross-validation by comparison with the gold standard of 3D observations performed under a microscope by a trained operator. Our pipeline results in correct classification in 85% of the cases included in the database. This percentage is similar to the percentage of success of a trained human operator working on 2D images. The key benefit of our approach is the low computational cost of our image analysis pipeline, which guarantees optimal throughput analysis.
- Published
- 2019
- Full Text
- View/download PDF
8. 19. Un guide de pratique de prévention et d’intervention en prostitution juvénile
- Author
-
Mercier, Luc, Dorais, Michel, and Genest, Diane
- Subjects
troubles du comportement ,Social Work ,sciences infirmières et service social ,criminologie ,SOC047000 ,santé ,médecine ,délinquance juvénive ,Criminology & Penology ,JFSP1 ,Québec - Abstract
La prostitution juvénile constitue une problématique complexe qui interpelle divers milieux et acteurs. Sous la direction du Centre jeunesse de Québec-Institut universitaire (CJQ-IU), une Table régionale de concertation sur la prostitution juvénile a été mise sur pied à l’hiver 2007 pour aider les jeunes qui se retrouvent dans cette situation à s’en sortir grâce à de meilleures interventions. Les membres de cette Table proviennent d’établissements aussi variés que le CJQ-IU, le Service de pol...
- Published
- 2018
9. 24. Le Programme de surveillance au dernier tiers du placement sous garde du CJQ-IU
- Author
-
Weaner, Monique, Lemay, Yves, and Genest, Diane
- Subjects
troubles du comportement ,Social Work ,sciences infirmières et service social ,criminologie ,SOC047000 ,santé ,médecine ,délinquance juvénive ,Criminology & Penology ,JFSP1 ,Québec - Abstract
Le Programme de surveillance au dernier tiers de la peine d’un placement sous garde vise non seulement à protéger la société, mais également à faire en sorte que cette période, consécutive à la mise sous garde, en soit une d’opportunités et de soutien pour le jeune contrevenant qui s’est engagé dans des efforts de réadaptation. Ce dispositif a été mis en place afin de poursuivre dans la communauté le travail de réadaptation débuté en internat. Il se veut en quelque sorte un trait d’union entr...
- Published
- 2018
10. Pratiques innovantes auprès des jeunes en difficulté
- Author
-
Adam, Denis, Alain, Marc, Allard, Julie, Bachand, Raymond, Beaulieu, Isabelle, Bélanger, Lily, Bisaillon, Claud, Blanc, Andrée Le, Blouin, Michelle, Bourassa, Louise, Breton, Daniel, Bureau, Réjean, Camiré, Lucie, Chouinard, Diane, Côté, Hélène, Cousineau, Marie-Marthe, Dessureault, Suzanne, Dionne, Madeleine, Dionne, Michelle, Dorais, Michel, Doucet, Michel, Drapeau, Sylvie, Dumais, Madeleine, Éthier, Louise S., Fenchel, François, Ferland, Pierre-Maurice, Gagnon, Marie-Noëlle, Gaumont, Chloé, Genest, Diane, Girard, Marie-Pierre, Goyette, Martin, Jacques, Caroline, Lacerte, Denis, Lachance, Pierre, Laflamme, Michel K., Lafortune, Denis, Lamonde, Geneviève, Laporte, Clément, Lemay, Yves, Lévesque, Sylvain, Mercier, Luc, Milne, Lise, Mireault, Gilles, Morin, Amélie, Morin, Julie, Nolin, Pierre, Pelletier-Basque, Danielle, Rainville, Suzanne, Salois, Éric, Simard, Isabelle, Tardif, Suzanne, Thomassin, André, Tremblay, Claudia, Trocmé, Nico, Venne, Marielle, Vézina, Lyne, Weaner, Monique, and Young, Suzanne
- Subjects
troubles du comportement ,Social Work ,sciences infirmières et service social ,criminologie ,SOC047000 ,santé ,médecine ,délinquance juvénive ,Criminology & Penology ,JFSP1 ,Québec - Abstract
L'étendue des expérimentations locales dans le domaine de l'intervention psychosociale auprès des jeunes et de leur famille est largement méconnue. Pourtant, si l'on innove, c'est pour répondre à la nécessité souvent criante de s'adapter à l'environnement de travail et à la clientèle. Or, lorsque les pratiques originales restent dans l'ombre, les intervenants courent le risque de passer à côté de trouvailles utiles et de reproduire les erreurs du passé. Ce livre décrit une trentaine d'initiatives en cours dans le réseau des centres jeunesse du Québec. Les auteurs sont des praticiens et des universitaires dont la collaboration a permis de trouver des solutions prometteuses pour offrir aux jeunes en difficulté un soutien individuel et familial adéquat.
- Published
- 2010
- Full Text
- View/download PDF
11. 24. Le Programme de surveillance au dernier tiers du placement sous garde du CJQ-IU
- Author
-
Weaner, Monique, primary, Lemay, Yves, additional, and Genest, Diane, additional
- Full Text
- View/download PDF
12. 19. Un guide de pratique de prévention et d’intervention en prostitution juvénile
- Author
-
Mercier, Luc, primary, Dorais, Michel, additional, and Genest, Diane, additional
- Full Text
- View/download PDF
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.