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Das Genom der Weißtanne ist umfangreich und in der derzeit verfügbaren Form leider sehr fragmentiert. Für eine komfortablere Betrachtung der Daten werden sie in einem Genombrowser aufbereitet, um sie einem breiteren Publikum zugänglich zu machen. Diese Arbeit gibt einen Überblick über eine Auswahl webbasierter Genom-Browser-Frameworks. Für die Visualisierung des Abies alba Referenzgenoms fiel die Wahl schließlich auf Jbrowse2, das eine interaktive Web-App bereitstellt, die mit dem shiny R-Paket einfach in R implementiert werden kann. The genome of the European silver fir is extensive, and in its currently available form unfortunately very fragmented. To deal with this, the data must be prepared for viewing in a genome browser, to make it available for a broader audience. This thesis provides an overview of a selection of web-based genome browser frameworks. For the visualization of the Abies alba reference genome, Jbrowse2 was ultimately chosen, which provides an interactive web app that can easily be implemented in R with the R-package shiny. Abweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des Verfassers Masterarbeit Wien, FH Campus Wien 2022

In dieser Schrift wird die Installation des Genome Browsers GBrowse Version 2.39 dargestellt. Weiters wird die Reimplementierung der Leistungsmerkmale, die von Andreas Redl (Redl 2008) in GBrowse Version 1.69 eingebracht wurden, präsentiert. Die Einleitung enthält einen Überblick und Vergleich unterschiedlicher, frei erhältlicher, Genom Browser. Die Phylogenie von Pichia pastoris wird dargestellt. Einige der Gründe, warum P. pastoris gerne als Organismus für Genexpression gewählt wird, werden ebenfalls dargestellt. Die zusätzlichen Leistungsmerkmale, die Andreas Redl (Redl 2008) in GBrowse Version 1.69 eingebracht wurden, werden vorgestellt. Einer der Hauptteile dieser Arbeit beschreibt die Reimplementierung dieser Leistungsmerkmale in GBrowse Version 2.39 und die Datenvorbereitung für die drei P. pastoris Stämme DSMZ 70382, GS115 und CBS7435. Das Kapitel ‚Discussion’ stellt die Vorteile manuell kuratierter GFF3 Dateien gegenüber automatisch erstellten Dateien dar. Einige Probleme bei der Installation und Datenpräparation werden auch gebracht. Das Kapitel ‚Outlook’ schlägt die Implementierung zweier Hilfsscripts vor und die Ausnutzung des ‚Renderfarm’ GBrowse Version 2.39 Leistungsmerkmals. This paper presents the Installation of GBrowse 2.39 and the re-implementation of the additional features implemented by Andreas Redl (Redl 2008) for GBrowse 1.69. The introduction presents an overview and a comparison of some of the free available genome browsers. The phylogeny of Pichia pastoris is outlined and reasons for choosing P. pastoris are presented and the additional features in the GBrowse version 1.69 are described. Further the changes in the GBrowse version 2.39, the installation of this version from scratch, starting with the OS, are described. The appendix contains the command list for the installation. The re-implementation of the additional features and the reasons for the selection of algorithms are presented, also the data preparation for the three strains DSMZ 70382, GS115 and CBS7435. The ‘Discussion’ section discusses the merits of manually curated GFF3 data files and the problems of automatically creates ones. Further some of the installation and data preparation problems are also presented. The ‘Outlook’ chapter suggests the implementation of some helper scripts and the exploit of the ‘render farm’ feature as expansion for the new GBrowse version 2.39. vorgelegt von: Hans Kraus Masterarbeit Wien, FH Campus Wien 2012