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International audience; During a 2-year study, the presence of human pathogenic bacteria and noroviruses was investigated in shellfish, seawater and/or surface sediments collected from three French coastal shellfish-harvesting areas as well as in freshwaters from the corresponding upstream catchments. Bacteria isolated from these samples were further analyzed. Escherichia coli isolates classified into the phylogenetic groups B2, or D and enterococci from Enterococcus faecalis and E. faecium species were tested for the presence of virulence genes and for antimicrobial susceptibility. Salmonella members were serotyped and the most abundant serovars (Typhimurium and its monophasic variants and Mbandaka) were genetically characterized by high discriminative subtyping methods. Campylobacter and Vibrio were identified at the species level, and haemolysin-producing Vibrio parahaemolyticus were searched by tdh- and trh- gene detection. Main results showed a low prevalence of Salmonella in shellfish samples where only members of S. Mbandaka were found. Campylobacter were more frequently isolated than Salmonella and a different distribution of Campylobacter species was observed in shellfish compared to rivers, strongly suggesting possible additional inputs of bacteria. Statistical associations between enteric bacteria, human noroviruses (HuNoVs) and concentration of fecal indicator bacteria revealed that the presence of Salmonella was correlated with that of Campylobacter jejuni and/or C. coli as well as to E. coli concentration. A positive correlation was also found between the presence of C. lari and the detection of HuNoVs. This study highlights the importance of simultaneous detection and characterization of enteric and marine pathogenic bacteria and human noroviruses not only in shellfish but also in catchment waters for a hazard assessment associated with microbial contamination of shellfish.

International audience; Pollution of the environment by human and animal faecal pollution affects the safety of shellfish, drinking water and recreational beaches. To pinpoint the origin of contaminations, it is essential to define the differences between human microbiota and that of farm animals. A strategy based on real-time quantitative PCR (qPCR) assays was therefore developed and applied to compare the composition of intestinal microbiota of these two groups. Primers were designed to quantify the 16S rRNA gene from dominant and subdominant bacterial groups. TaqMan probes were defined for the qPCR technique used for dominant microbiota. Human faecal microbiota was compared with that of farm animals using faecal samples collected from rabbits, goats, horses, pigs, sheep and cows. Three dominant bacterial groups (Bacteroides/Prevotella, Clostridium coccoides and Bifidobacterium) of the human microbiota showed differential population levels in animal species. The Clostridium leptum group showed the lowest differences among human and farm animal species. Human subdominant bacterial groups were highly variable in animal species. Partial least squares regression indicated that the human microbiota could be distinguished from all farm animals studied. This culture-independent comparative assessment of the faecal microbiota between humans and farm animals will prove useful in identifying biomarkers of human and animal faecal contaminations that can be applied to microbial source tracking methods.

A Agência Ambiental de Inglaterra e País de Gales assegurou o financiamento EU INTERREG IIIB de um projecto denominado ‘ICREW’ – Melhorar as Águas Costeiras e Recreativas. Pretendia-se com o projecto ajudar cinco estados-membro da UE – Reino Unido, Irlanda, França, Portugal e Espanha – a melhorar a qualidade das referidas águas e preparar a implementação de nova legislação da UE respeitante às mesmas. O projecto ICREW foi avaliado em aproximadamente €8m. e era composto por sete projectos, ou “acções piloto”. O projecto ICREW decorreu entre Abril de 2003 e Abril 2006. Uma dessas acções piloto, Acção Piloto 3, que envolvia parceiros da Irlanda, França, Portugal e RU, abordou o tema do rastreamento da fonte microbial da poluição fecal, do ponto de vista regulamentar. O seu objectivo foi “gerar uma ferramenta de trabalho que pode ser usada para distinguir as fontes de poluição que contribuem para uma amostra ambiental”. INTERREG IIIB

A Agência Ambiental de Inglaterra e País de Gales candidatou-se ao programa INTERREG IIIB, da União Europeia (UE), para financiamento de um projecto denominado ‘ICREW’ – Melhorar a Qualidade das Águas Balneares e de Recreio. Pretendia-se com o projecto ajudar cinco estados-membros da UE – Reino Unido, República da Irlanda, França, Portugal e Espanha – a melhorar a qualidade das referidas águas e preparar a implementação de nova legislação da UE respeitante às mesmas. O projecto ICREW foi avaliado em aproximadamente oito milhões de Euros e era composto por sete sub-projectos, ou “acções piloto”. O projecto ICREW decorreu entre Abril de 2003 e Abril 2006. Uma dessas acções piloto, a Acção Piloto 3, que envolvia parceiros da República da Irlanda, França, Portugal e Reino Unido, abordou o tema investigação da origem de contaminações fecais, microbiológicas numa perspectiva legislativa. O seu objectivo foi criar uma ferramenta de trabalho que possa ser usada para a diferenciação de fontes de poluição que tenham contribuído para a contaminação de amostras ambientais. A qualidade das águas balneares e conquícolas, expressa em termos de concentração de organismos indicadores de contaminação fecal, é normalmente sujeita a uma grande variação num mesmo local. As variações da qualidade são muitas vezes acontecimentos transitórios, pelo que quando controladas pela recolha de amostras de rotina são muitas vezes difíceis de explicar. Esta situação é particularmente frequente em bacias hidrográficas complexas nas quais existe uma grande variedade de fontes de contaminação focais e difusas, umas contínuas, outros intermitentes, com diferentes tempos de percurso até ao ponto de colheita. As técnicas de modelação da qualidade da água podem ser utilizadas para solucionar alguns desses aspectos, dado que cada entrada individual pode ser modelada independentemente ou em combinação com outras. Da mesma forma, podem utilizar-se estudos de rastreio para monitorizar um número limitado de entradas em qualquer momento. Contudo, esses métodos têm as suas limitações e muitas vezes é difícil atribuir a não conformidade a uma fonte ou tipo de fonte individual. A tipagem (caracterização) microbiana permite examinar amostras ambientais de forma tanto qualitativa como quantitativa, atribuindo os indicadores fecais encontrados nas amostras às suas diferentes origens. A bibliografia científica refere vários métodos de caracterização diferentes, contudo nenhum demonstrou ser uma ferramenta geral para a resolução de questões ambientais práticas complexas (neste contexto). O objectivo deste estudo foi criar uma ferramenta prática que pudesse ser usada na diferenciação de fontes de poluição fecal associadas a amostras ambientais. A intenção foi por em prática o uso do rastreio de fontes de contaminação, como uma ferramenta de gestão de bacias hidrográficas na UE. Um dos potenciais benefícios de tal metodologia seria ajudar a atingir os padrões rigorosos relativamente a E. coli e enterococos intestinais, em determinados locais quando for implementada a revisão à actual directiva sobre as águas balneares. EU-ERDF (Interreg IIIB)

Port activities require continuous or occasional dredging of considerable quantities of sediments : approximately 50 million m3 along the French coastline. A large proportion of the dredgings is authorized for dumping at sea in geographically delimited areas and following an impact evaluation of their potential harmfulness to the marine environment. The environmental risks assessment linked to dredging operations relies on knowledge related to several scientific disciplines contributing to changes in the regulations. This work, intended both for managers and for environmental scientists and engineers, is designed to take stock of the current state-of-the-art in the field of sediment contamination and related ecotoxicological hazards, along with a review of the tools and methods available to decision-makers: risks analysis, bioassays, modeling, land-based treatment, etc., Le maintien des activités portuaires nécessite le dragage permanent ou occasionnel de quantités très importantes de sédiments : de l'ordre de 50 millions de m3 pour le littoral français. Une très grande partie de ces boues est autorisée à l'immersion dans des zones géographiquement délimitées et après prise en considération des dangers qu'elles présentent pour l'environnement marin. L'évaluation des risques environnementaux liés à ces opérations tait appel à des connaissances relevant de plusieurs disciplines scientifiques qui contribuent à l'évolution de la réglementation. Le présent ouvrage, destiné tant aux gestionnaires qu'aux scientifiques et techniciens de l'environnement, tente de faire le point sur la contamination des sédiments et les risques écotoxicologiques associés, ainsi que sur les méthodes et outils à la disposition des décideurs : analyse de risque, bio-essais, modélisation, traitements à terre.