Author: "Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC)" - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

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1. Application of whole-exome sequencing to unravel the molecular basis of undiagnosed syndromic congenital neutropenia with intellectual disability

Author: Jean Donadieu, Delphine Héron, Laurence Faivre, Salima El Chehadeh, Daphné Lehalle, Claire Briandet, Elodie Gautier, Julien Thevenon, Daniel Amram, Thibaud Jouan, Jean-Baptiste Rivière, Judith Melki, Laurence Duplomb-Jego, Frédéric Huet, Christine Bellanné-Chantelot, Christel Thauvin-Robinet, Ange-Line Bruel, Yannis Duffourd, Lucile Pinson, Isabelle Maystadt, Judith St-Onge, Sophia Julia, Alexandra Gauthier-Vasserot, Paul Kuentz, Institut d'hématologie et d'oncologie pédiatrique [CHU - HCL] (IHOPe), Hospices Civils de Lyon (HCL), Génétique des Anomalies du Développement (GAD), IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Université de Bourgogne (UB), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), CHU Dijon, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service d'hématologie-immunologie-oncologie pédiatrique [CHU Trousseau], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Immuno-hématologie pédiatrique (MaRIH), Laboratoire de géographie physique : Environnements Quaternaires et Actuels (LGP), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Génétique Humaine, Institut de Pathologie et de Génétique, Université de Namur [Namur] (UNamur), Service de génétique médicale [Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, Unité fonctionnelle de génétique clinique, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Robert Debré-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de génétique médicale, CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Hôpital Bicêtre, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Centre hospitalier universitaire de Toulouse-Purpan, Institut d'hématologie et d'oncologie pédiatrique [CHU - HCL] ( IHOPe ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Génétique des Anomalies du Développement ( GAD ), Université de Bourgogne ( UB ) -IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Service d’oncologie hématologie pédiatrique [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Immuno-hématologie pédiatrique ( MaRIH ), Laboratoire de géographie physique ( LGP ), Université Panthéon-Sorbonne ( UP1 ) -Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Namur, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Hôpital Arnaud de Villeneuve, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Service de pédiatrie (CHU de Dijon), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), CHU Toulouse [Toulouse], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Pediatrics, medicine.medical_specialty, Neutropenia, Adolescent, Neonatal onset, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, congenital neutropenia, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Intellectual Disability, Intellectual disability, Genetics, medicine, Congenital Bone Marrow Failure Syndromes, Humans, Exome, Child, Congenital Neutropenia, Genetic Association Studies, Genetics (clinical), Exome sequencing, Retrospective Studies, business.industry, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Infant, Syndrome, medicine.disease, 3. Good health, Phenotype, 030104 developmental biology, CHD2, Child, Preschool, 030220 oncology & carcinogenesis, Cohort, Etiology, Female, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Biomarkers
Abstract: International audience; Neutropenia can be qualified as congenital when of neonatal onset or when associated with extra-hematopoietic manifestations. Overall, 30% of patients with congenital neutropenia (CN) remain without a molecular diagnosis after a multidisciplinary consultation and tedious diagnostic strategy. In the rare situations when neutropenia is identified and associated with intellectual disability (ID), there are few diagnostic hypotheses to test. This retrospective multicenter study reports on a clinically heterogeneous cohort of 10 unrelated patients with CN associated with ID and no molecular diagnosis prior to whole-exome sequencing (WES). WES provided a diagnostic yield of 40% (4/10). The results suggested that in many cases neutropenia and syndromic manifestations could not be assigned to the same molecular alteration. Three sub-groups of patients were highlighted: (i) severe, symptomatic chronic neutropenia, detected early in life, and related to a known mutation in the CN spectrum (ELANE); (ii) mild to moderate benign intermittent neutropenia, detected later, and associated with mutations in genes implicated in neurodevelopmental disorders (CHD2, HUWE1); and (iii) moderate to severe intermittent neutropenia as a probably undiagnosed feature of a newly reported syndrome (KAT6A). Unlike KAT6A, which seems to be associated with a syndromic form of CN, the other reported mutations may not explain the entire clinical picture. Although targeted gene sequencing can be discussed for the primary diagnosis of severe CN, we suggest that performing WES for the diagnosis of disorders associating CN with ID will not only provide the etiological diagnosis but will also pave the way towards personalized care and follow-up. (C) 2016 Wiley Periodicals, Inc., (C) 2016 John Wiley & Sons, Ltd
Published: 2016
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2. Mutations in DCC cause isolated agenesis of the corpus callosum with incomplete penetrance

Author: Amélie Piton, Melanie Bahlo, Paul J. Lockhart, Vesna Lukic, Caroline Nava, David J. Amor, Pierre Bitoun, Vicki Anderson, Fabien Lesne, Greta Gillies, Amanda G. Wood, Justine Guegan, Gail Robinson, Catherine Garel, Alexis Brice, Sarah E.M. Stephenson, Guy A. Rouleau, Aurélie Méneret, Delphine Héron, Kate Pope, Solveig Heide, Cyril Mignot, Emmanuel Roze, Angélique Quartier, Jean-Louis Mandel, Annalisa Paolino, Quentin Welniarz, Sylvie Odent, Florence Riant, George McGillivray, Linda J. Richards, Ilan Gobius, Elliott H. Sherr, Tania Attié-Bitach, Charles A. Galea, Timothy J. Edwards, Myriam Srour, Megan Spencer-Smith, Oriane Trouillard, Laura Morcom, Boris Keren, Christel Depienne, Marie Laure Moutard, Anne Faudet, Richard J. Leventer, Alissandra McIlroy, Agnès Rastetter, Thierry Billette de Villemeur, Simone Mandelstam, Jens Bunt, Martin B. Delatycki, Rick M. Tankard, Ashley P L Marsh, CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique et Cytogénétique [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], CHU Trousseau [APHP], Service de Pédiatrie [Jean Verdier], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [Bondy], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Service de Radiologie Pédiatrique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Neuroscience Paris Seine (NPS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Montreal Neurological Hospital, McGill University Health Center [Montreal] (MUHC), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Diagnostic Génétique, CHU Strasbourg-Hopital Civil, Service des Maladies du Système Nerveux [CHU Pitié-Salpêtrière], Laboratoire de Génétique Moléculaire [CHRU Strasbourg], CHRU Strasbourg, Bioinformatics division, The Walter & Eliza Hall Institute of Medical Research, Neuroprotection du Cerveau en Développement / Promoting Research Oriented Towards Early Cns Therapies (PROTECT), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de génétique, cytogénétique, embryologie [Pitié-Salpétrière], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Neurosciences Paris Seine (NPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Collège de France (CdF (institution)), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris 13 ( UP13 ) -Hôpital Jean Verdier, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Neuroscience Paris Seine ( NPS ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), McGill University Health Center [Montreal, Canada] ( MUHC ), Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Neuroprotection du Cerveau en Développement ( PROTECT ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Developmental Disabilities, Penetrance, Receptors, Cell Surface, Biology, Nervous System Malformations, Corpus callosum, medicine.disease_cause, Mirror movements, Article, Corpus Callosum, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Neural Stem Cells, Netrin, Intellectual disability, Genetics, medicine, Humans, Abnormalities, Multiple, Family, 10. No inequality, Agenesis of the corpus callosum, Mutation, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Tumor Suppressor Proteins, Brain, DCC Receptor, medicine.disease, Phenotype, 030104 developmental biology, nervous system, Female, Agenesis of Corpus Callosum, [ SDV.GEN ] Life Sciences [q-bio]/Genetics, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Brain malformations involving the corpus callosum are common in children with developmental disabilities. We identified DCC mutations in four families and five sporadic individuals with isolated agenesis of the corpus callosum (ACC) without intellectual disability. DCC mutations result in variable dominant phenotypes with decreased penetrance, including mirror movements and ACC associated with a favorable developmental prognosis. Possible phenotypic modifiers include the type and location of mutation and the sex of the individual.
Published: 2017
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3. Genetic and phenotypic dissection of 1q43q44 microdeletion syndrome and neurodevelopmental phenotypes associated with mutations in ZBTB18 and HNRNPU

Author: Depienne, Christel, Nava, Caroline, Keren, Boris, Heide, Solveig, Rastetter, Agnès, Passemard, Sandrine, Chantot-Bastaraud, Sandra, Moutard, Marie-Laure, Agrawal, Pankaj B., VanNoy, Grace, Stoler, Joan M., Amor, David J., Villemeur, Thierry, Doummar, Diane, Alby, Caroline, Cormier-Daire, Valérie, Garel, Catherine, Marzin, Pauline, Scheidecker, Sophie, De Saint-Martin, Anne, Hirsch, Edouard, Korff, Christian, Bottani, Armand, Faivre, Laurence, Verloes, Alain, Orzechowski, Christine, Burglen, Lydie, Leheup, Bruno, Roume, Joëlle, Andrieux, Joris, Sheth, Frenny, Datar, Chaitanya, Parker, Michael J., Pasquier, Laurent, Odent, Sylvie, Naudion, Sophie, Delrue, Marie-Ange, Le Caignec, Cédric, Vincent, Marie, Isidor, Bertrand, Renaldo, Florence, Stewart, Fiona, Toutain, Annick, Koehler, Udo, Häckl, Birgit, Stülpnagel, Celina, Kluger, Gerhard, Møller, Rikke S., Pal, Deb, Jonson, Tord, Soller, Maria, Verbeek, Nienke E., Haelst, Mieke M., Kovel, Carolien, Koeleman, Bobby, Monroe, Glen, Haaften, Gijs, Study, DDD, Attie-Bitach, Tania, Boutaud, Lucile, Héron, Delphine, Mignot, Cyril, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Neuroprotection du Cerveau en Développement / Promoting Research Oriented Towards Early Cns Therapies (PROTECT), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Unité de Neurologie, Hôpital Robert Debré, CHU Trousseau [APHP], Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Neurologie [Strasbourg], CHU Strasbourg-Hopital Civil, Dpt de l'Enfant et de l'Adolescent, Neuropédiatrie [Genève], Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), Génétique médicale, Génétique des Anomalies du Développement (GAD), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Physiopathologie et neuroprotection des atteintes du cerveau en développement, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de génétique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service de Génétique Médicale [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service de Génétique, Hôpital Poissy-saint Germain, Laboratoire de Génétique Clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de génétique clinique [Rennes], Université de Rennes (UR)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Maladies Rares - Génétique et Métabolisme (MRGM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Hôpital Pellegrin-Service de Génétique Médicale du CHU de Bordeaux, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles (PhAN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Nantes (UN), Service de neurologie pédiatrique et maladies métaboliques, Service de génétique [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Imagerie et cerveau (iBrain - Inserm U1253 - UNIV Tours ), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hospital for Neuropediatrics and Neurological Rehabilitation, Epilepsy Center for Children and Adolescents, Paracelsus Medizinische Privatuniversität = Paracelsus Medical University (PMU), Department of Clinical Genetics, Lund University Hospital, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), PO81260, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, FdF—Engt n°15144, Fondation de France, Agence Nationale de la Recherche, INSERM, Agence de la Biomédecine, Fondation pour la Recherche Médicale, HTS-RD-2011, Fondation Maladies Rares, ANR-10-IAIHU-06, Investissements d’Avenir, ANR-10-IAHU-0006,IHU-A-ICM,Institut de Neurosciences Translationnelles de Paris(2010), Service de génétique, cytogénétique, embryologie [Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-hôpital Sud, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de Génétique et Cytogénétique [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Génétique et d'Embryologie Médicale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Service de neuropédiatrie [Trousseau], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Radiologie Pédiatrique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service de neuropédiatrie et pathologie du développement, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Physiopathologie de la Résorption Osseuse et Thérapie des Tumeurs Osseuses Primitives, Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Robert Debré-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Imagerie et cerveau, Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Promoting Research Oriented Towards Early Cns Therapies ( PROTECT ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Imagine - Institut des maladies génétiques ( IMAGINE - U1163 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Hôpitaux Universitaires de Genève ( HUG ), Génétique des Anomalies du Développement ( GAD ), Université de Bourgogne ( UB ) -IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Neuroprotection du Cerveau en Développement ( PROTECT ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Maladies Rares - Génétique et Métabolisme ( MRGM ), Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Université de Nantes ( UN ) -Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Université de Nantes ( UN ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Hôpital Bretonneau-CHRU Tours, Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Paracelsus Private Medical University Salzburg, Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), and IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Université de Bourgogne (UB)
Subjects: [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Repressor Proteins/genetics, ddc:618, Neurodevelopmental Disorders/genetics, Heterogeneous-Nuclear Ribonucleoproteins/genetics, Heterogeneous-Nuclear Ribonucleoproteins, Chromosomes, Repressor Proteins, Phenotype, Chromosomes, Human, Pair 1, Neurodevelopmental Disorders, Mutation, Genetics, Pair 1, Humans, Genetics(clinical), Chromosome Deletion, [ SDV.GEN ] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Original Investigation, Human
Abstract: Subtelomeric 1q43q44 microdeletions cause a syndrome associating intellectual disability, microcephaly, seizures and anomalies of the corpus callosum. Despite several previous studies assessing genotype-phenotype correlations, the contribution of genes located in this region to the specific features of this syndrome remains uncertain. Among those, three genes, AKT3, HNRNPU and ZBTB18 are highly expressed in the brain and point mutations in these genes have been recently identified in children with neurodevelopmental phenotypes. In this study, we report the clinical and molecular data from 17 patients with 1q43q44 microdeletions, four with ZBTB18 mutations and seven with HNRNPU mutations, and review additional data from 37 previously published patients with 1q43q44 microdeletions. We compare clinical data of patients with 1q43q44 microdeletions with those of patients with point mutations in HNRNPU and ZBTB18 to assess the contribution of each gene as well as the possibility of epistasis between genes. Our study demonstrates that AKT3 haploinsufficiency is the main driver for microcephaly, whereas HNRNPU alteration mostly drives epilepsy and determines the degree of intellectual disability. ZBTB18 deletions or mutations are associated with variable corpus callosum anomalies with an incomplete penetrance. ZBTB18 may also contribute to microcephaly and HNRNPU to thin corpus callosum, but with a lower penetrance. Co-deletion of contiguous genes has additive effects. Our results confirm and refine the complex genotype-phenotype correlations existing in the 1qter microdeletion syndrome and define more precisely the neurodevelopmental phenotypes associated with genetic alterations of AKT3, ZBTB18 and HNRNPU in humans. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1007/s00439-017-1772-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2017
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4. 9q33.3q34.11 microdeletion: new contiguous gene syndrome encompassing STXBP1, LMX1B and ENG genes assessed using reverse phenotyping

Author: Laurence Faivre, Marie-Ange Delrue, Nathalie Marle, Fanny Morice-Picard, Pierre-Simon Jouk, Delphine Héron, Alice Goldenberg, Stéphanie Perez-Martin, Julien Thevenon, Frédéric Huet, Véronique Dulieu, Alice Masurel, Patricia Calenda, Patrick Callier, Salima El Chehadeh, Sylvie Manouvrier-Hanu, Sophie Dupuis-Girod, Pascale Saugier-Veber, Gipsy Billy-Lopez, Joris Andrieux, Paul Kuentz, Ghislaine Plessis, Christel Thauvin-Robinet, Géraldine Joly-Helas, Sophie Nambot, Mathilde Lefebvre, Charles Coutton, Anne-Laure Mosca-Boidron, Caroline Rooryck, Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Service de Cardiologie, Génétique des Anomalies du Développement ( GAD ), Université de Bourgogne ( UB ) -IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Laboratoire de cytogénétique (CHU de Dijon), Pôle Rééducation - Réadaptation (Médecine Physique et Réadaptation) (CHU de Dijon), Service de pédiatrie (CHU de Dijon), EDF ( EDF ), Laboratoire de Génétique Clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications [Grenoble] ( TIMC-IMAG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology ( Grenoble INP ) -IMAG-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] ( CHU ), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble ( INSERM U823 ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de génétique médicale, Université de Bordeaux ( UB ) -CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Maladies Rares - Génétique et Métabolisme ( MRGM ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Hôpital Pellegrin-Service de Génétique Médicale du CHU de Bordeaux, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], CHU Bordeaux [Bordeaux], Service de génétique [Rouen], CHU Rouen-Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques ( GMFC ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Groupe Hospitalier Est, Regional council of Burgundy, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service de Cardiologie (hôpital général, CHU Dijon), Hôpital général (CHU Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Génétique des Anomalies du Développement (GAD), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, EDF (EDF), Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Dynamiques Cellulaire et Tissulaire - Interdisciplinarité, Modélisation & Microscopie (TIMC-IMAG-DyCTiM2), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Bordeaux (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Maladies Rares - Génétique et Métabolisme (MRGM), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques (GMFC), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Groupe Hospitalier Est, IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Université de Bourgogne (UB), Dynamique Cellulaire et Tissulaire- Interdisciplinarité, Modèles & Microscopies (TIMC-IMAG-DyCTiM), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, [ SDV.MHEP.PED ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pediatrics, Haploinsufficiency, cerebral hypomyelination, west-syndrome, Bioinformatics, Craniofacial Abnormalities, 0302 clinical medicine, Intellectual disability, STXBP1, Child, Genetics (clinical), Nail patella syndrome, Genetics, Endoglin, Syndrome, 3. Good health, developmental delay, Phenotype, intellectual disability, Medical genetics, Female, Chromosome Deletion, Chromosomes, Human, Pair 9, medicine.medical_specialty, Adolescent, LIM-Homeodomain Proteins, Biology, Contiguous gene syndrome, Article, 03 medical and health sciences, Munc18 Proteins, Genetic linkage, medicine, Humans, de-novo mutations, [SDV.MHEP.PED]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pediatrics, disease, Epilepsy, infantile epileptic encephalopathy, association, deletions, medicine.disease, Human genetics, 030104 developmental biology, nail-patella syndrome, 030217 neurology & neurosurgery, Transcription Factors
Abstract: International audience; The increasing use of array-CGH in malformation syndromes with intellectual disability could lead to the description of new contiguous gene syndrome by the analysis of the gene content of the microdeletion and reverse phenotyping. Thanks to a national and international call for collaboration by Achropuce and Decipher, we recruited four patients carrying de novo overlapping deletions of chromosome 9q33.3q34.11, including the STXBP1, the LMX1B and the ENG genes. We restrained the selection to these three genes because the effects of their haploinsufficency are well described in the literature and easily recognizable clinically. All deletions were detected by array-CGH and confirmed by FISH. The patients display common clinical features, including intellectual disability with epilepsy, owing to the presence of STXBP1 within the deletion, nail dysplasia and bone malformations, in particular patellar abnormalities attributed to LMX1B deletion, epistaxis and cutaneousmucous telangiectasias explained by ENG haploinsufficiency and common facial dysmorphism. This systematic analysis of the genes comprised in the deletion allowed us to identify genes whose haploinsufficiency is expected to lead to disease manifestations and complications that require personalized follow-up, in particular for renal, eye, ear, vascular and neurological manifestations.
Published: 2016
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5. Genetic counselling difficulties and ethical implications of incidental findings from array-CGH: A 7-year national survey

Author: M, Lefebvre, D, Sanlaville, N, Marle, C, Thauvin-Robinet, E, Gautier, S E, Chehadeh, A-L, Mosca-Boidron, J, Thevenon, P, Edery, M-P, Alex-Cordier, M, Till, S, Lyonnet, V, Cormier-Daire, J, Amiel, A, Philippe, S, Romana, V, Malan, A, Afenjar, S, Marlin, S, Chantot-Bastaraud, P, Bitoun, B, Heron, E, Piparas, F, Morice-Picard, S, Moutton, N, Chassaing, A, Vigouroux-Castera, J, Lespinasse, S, Manouvrier-Hanu, O, Boute-Benejean, C, Vincent-Delorme, F, Petit, N L, Meur, M, Marti-Dramard, A-M, Guerrot, A, Goldenberg, S, Redon, C, Ferrec, S, Odent, C L, Caignec, S, Mercier, B, Gilbert-Dussardier, A, Toutain, S, Arpin, S, Blesson, I, Mortemousque, E, Schaefer, D, Martin, N, Philip, S, Sigaudy, T, Busa, C, Missirian, F, Giuliano, H K, Benailly, P K V, Kien, B, Leheup, C, Benneteau, L, Lambert, R, Caumes, P, Kuentz, I, François, D, Heron, B, Keren, E, Cretin, P, Callier, S, Julia, L, Faivre, Génétique des Anomalies du Développement (GAD), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de cytogénétique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Université de Bourgogne (UB), Service de Génétique, Hospices Civils de Lyon (HCL), Service de cytogénétique constitutionnelle, Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU de Lyon-Centre Neuroscience et Recherche, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de génétique médicale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), INSERM EMI0210 (EMI0210), Laboratoire Histologie Embryologie Cytogénétique [CHU Necker], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [APHP], Service de Pédiatrie [Jean Verdier], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Maladies Rares - Génétique et Métabolisme (MRGM), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Hôpital Pellegrin-Service de Génétique Médicale du CHU de Bordeaux, Université de Bordeaux (UB)-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Service Génétique Médicale [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Département de Génétique Chromosomique, Bâtiment Hôtel Dieu - Centre Hospitalier de Chambéry, Laboratoire de Génétique Clinique, Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre de Maladies Rares, Anomalies du Développement Nord de France-CH Arras - CHRU Lille, Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Service de génétique [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Génétique Médicale, Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers)-Centre de Référence Anomalies du Développement Ouest, Service de génétique [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Génétique Médicale et Génomique Fonctionnelle (GMGF), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital l'Archet, Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Service de Médecine Infantile III et Génétique Clinique [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), CHU Dijon, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Clinical Investigation Centre, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Pain & Palliative Care Department, Université de Franche-Comté (UFC), Logiques de l'Agir ( UR 2274) (LdA), The authors thanks the Regional Council of Burgundy for their support., Jonchère, Laurent, Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique [CHU Pitié Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Génétique des Anomalies du Développement ( GAD ), Université de Bourgogne ( UB ) -IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Centre de recherche en neurosciences de Lyon ( CRNL ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Université de Bourgogne ( UB ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -CHU de Lyon-Centre Neuroscience et Recherche, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement ( Inserm U781 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), INSERM EMI0210 ( EMI0210 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre de référence 'Déficiences Intellectuelles de Causes Rares' - Paris-Groupe de Recherche Clinique 'Déficience Intellectuelle et Autisme' - Paris, Service de Neuropédiatrie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Service de Génétique et d'Embryologie Médicale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris 13 ( UP13 ) -Hôpital Jean Verdier, Service de neurologie pédiatriques, Service de neuropédiatrie [Trousseau]-Centre de Référence des Maladies Lysosomales, Hôpital Jean Verdier, Maladies Rares - Génétique et Métabolisme ( MRGM ), Université de Bordeaux ( UB ) -CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Service de génétique médicale [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], Hôpital Jeanne de Flandre [Lille]-Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Centre de recherche Jean-Pierre Aubert-Neurosciences et Cancer, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Lille, Droit et Santé, CHU Rouen-Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Centre hospitalier universitaire d'Amiens ( CHU Amiens-Picardie ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest ( CHRU Brest ), Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), CHU de Poitiers-Centre de Référence Anomalies du Développement Ouest, Hôpital Bretonneau-CHRU Tours, CHU Le MAns, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Génétique Médicale et Génomique Fonctionnelle ( GMGF ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Aix Marseille Université ( AMU ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nîmes ( CHRU Nîmes ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Service de neuropédiatrie [Trousseau], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Université de Franche-Comté ( UFC ), Logiques de l'Agir - UFC ( LdA ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), CHU Toulouse [Toulouse], Centre hospitalier universitaire de Poitiers ( CHU Poitiers ) -Centre de Référence Anomalies du Développement Ouest, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille ( APHM ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Logiques de l'Agir ( EA 2274) ( LdA ), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] ( UBFC ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Université de Bourgogne (UB), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Logiques de l'Agir ( EA 2274) (LdA), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Subjects: Male, Comparative Genomic Hybridization, Physician-Patient Relations, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], Genetic Diseases, Inborn, Genes, Recessive, Genetic Counseling, Genetic Diseases, X-Linked, Disclosure, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Microarray Analysis, [SDV] Life Sciences [q-bio], incidental findings, aCGH, Surveys and Questionnaires, Humans, Female, ethical issues, pre-test information, France, [ SDV.GEN ] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Genes, Dominant, Retrospective Studies
Abstract: International audience; Microarray-based comparative genomic hybridization (aCGH) is commonly used in diagnosing patients with intellectual disability (ID) with or without congenital malformation. Because aCGH interrogates with the whole genome, there is a risk of being confronted with incidental findings (IF). In order to anticipate the ethical issues of IF with the generalization of new genome-wide analysis technologies, we questioned French clinicians and cytogeneticists about the situations they have faced regarding IF from aCGH. Sixty-five IF were reported. Forty corresponded to autosomal dominant diseases with incomplete penetrance, 7 to autosomal dominant diseases with complete penetrance, 14 to X-linked diseases, and 4 were heterozygotes for autosomal recessive diseases with a high prevalence of heterozygotes in the population. Therapeutic/preventive measures or genetic counselling could be argued for all cases except four. These four IF were intentionally not returned to the patients. Clinicians reported difficulties in returning the results in 29% of the cases, mainly when the question of IF had not been anticipated. Indeed, at the time of the investigation, only 48% of the clinicians used consents mentioning the risk of IF. With the emergence of new technologies, there is a need to report such national experiences; they show the importance of pre-test information on IF.
Published: 2016
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6. Clinical reappraisal of SHORT syndrome with PIK3R1 mutations: toward recommendation for molecular testing and management

Author: M, Avila, D A, Dyment, J V, Sagen, J, St-Onge, U, Moog, B H Y, Chung, S, Mo, S, Mansour, A, Albanese, S, Garcia, D O, Martin, A A, Lopez, T, Claudi, R, König, S M, White, S L, Sawyer, J A, Bernstein, L, Slattery, R K, Jobling, G, Yoon, C J, Curry, M L, Merrer, B L, Luyer, D, Héron, M, Mathieu-Dramard, P, Bitoun, S, Odent, J, Amiel, P, Kuentz, J, Thevenon, M, Laville, Y, Reznik, C, Fagour, M-L, Nunes, D, Delesalle, S, Manouvrier, O, Lascols, F, Huet, C, Binquet, L, Faivre, J-B, Rivière, C, Vigouroux, P R, Njølstad, A M, Innes, C, Thauvin-Robinet, CHU Dijon, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Génétique des Anomalies du Développement (GAD), IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC-Université de Bourgogne (UB), Children's hospital of Eastern Ontario Research Institute, University of Bergen (UiB), Haukeland University Hospital, Human Genetics Institute, Heidelberg University, Department of Paediatrics and Adolescent Medicine [HKU], The University of Hong Kong (HKU), SW Thames Regional Genetics Service, St Georgeâ™s University of London, London, St George's Hospital, INGEMM, Instituto de Genética Médica y Molecular, IDIPAZ-Hospital Universitario La Paz, Instituto de Salud Carlos III [Madrid] (ISC), Hospital Central de la Cruz Roja San Jose y Santa Adela, University Hospital Puerta de Hierro, Madrid, Bodø University College, Humangenetik, Universitätsklinikum Frankfurt, University of Frankfurt, University of Melbourne, Victorian Clinical Genetics Services, Stanford University, The Hospital for sick children [Toronto] (SickKids), University of California [San Francisco] (UCSF), University of California, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CH Le Havre, Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Trousseau [APHP], CHU Amiens-Picardie, Service de Pédiatrie [Jean Verdier], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), CHU Pontchaillou [Rennes], Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône-Alpes (CRNH-RA), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-CHU Saint-Etienne-Hospices Civils de Lyon (HCL)-CHU Grenoble, Hôpital Côte de Nacre [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), CHU Bordeaux [Bordeaux], CH Valenciennes, Hôpital Jeanne de Flandres, Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 - UFR de Médecine Pierre et Marie Curie (UPMC), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Saint-Antoine (UMRS893), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre d'Investigation Clinique 1432 (Dijon) - Epidemiologie Clinique/Essais Cliniques (CIC-EC), Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Calgary, Financial support was from the Regional Council of Burgundy and the Care4Rare Canada Consortium was funded by Genome Canada, the Canadian Institutes of Health Research, the Ontario Genomics Institute, Ontario Research Fund, Genome Quebec, and Children’sHospital of Eastern Ontario Foundation. DAD is the recipient of a CIHR Clinical Investigator award from the Institute of Genetics. PRN was supported in part by grants from the Research Council of Norway, The University of Bergen, an ERC Advanced Grant, Helse Vest and the KG Jebsen Foundation., SW Thames Regional Genetics Service, St Georgeâ™s University of London, London, Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, University of Bergen (UIB), Instituto de Salud Carlos III (ISC), Stanford University [Stanford], The Hospital for Sick Children, University of Toronto, Toronto M5G 1X8, Canada, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de neuropédiatrie [Trousseau], Centre hospitalier universitaire d'Amiens (CHU Amiens-Picardie), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [Bondy], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Recherche Clinique, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône - Alpes, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ), Génétique des Anomalies du Développement ( GAD ), Université de Bourgogne ( UB ) -IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, University of Bergen ( UIB ), The University of Hong Kong ( HKU ), Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) - Spain RDR - CIBERER, University of California [San Francisco] ( UCSF ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre hospitalier universitaire d'Amiens ( CHU Amiens-Picardie ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris 13 ( UP13 ) -Hôpital Jean Verdier, Institut de Génétique et Développement de Rennes ( IGDR ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement ( Inserm U781 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition ( CarMeN ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Centre de Recherche en Nutrition Humaine Rhône - Alpes, Cancers et préventions, Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Service de Génétique Clinique et Université Lille 2, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 - UFR de Médecine Pierre et Marie Curie ( UPMC ), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition ( ICAN ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre de Recherche Saint-Antoine ( CR Saint-Antoine ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre d'Investigation Clinique 1432 (Dijon) - Epidemiologie Clinique/Essais Cliniques ( CIC-EC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand ( CHU Dijon ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), University of California [San Francisco] (UC San Francisco), University of California (UC), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-CHU Grenoble-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), and Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN)
Subjects: short stature, lipoatrophy, intrauterine growth restriction, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], Diabetes, PIK3R1 gene, Insulin Resistance, [ SDV.GEN.GH ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, SHORT syndrome
Abstract: International audience; SHORT syndrome has historically been defined by its acronym: short stature (S), hyperextensibility of joints and/or inguinal hernia (H), ocular depression (O), Rieger abnormality (R) and teething delay (T). More recently several research groups have identified PIK3R1 mutations as responsible for SHORT syndrome. Knowledge of the molecular etiology of SHORT syndrome has permitted a reassessment of the clinical phenotype. The detailed phenotypes of 32 individuals with SHORT syndrome and PIK3R1 mutation, including eight newly ascertained individuals, were studied to fully define the syndrome and the indications for PIK3R1 testing. The major features described in the SHORT acronym were not universally seen and only half (52%) had 4 or more of the classic features. The commonly observed clinical features of SHORT syndrome seen in the cohort included IUGR \textless 10(th) percentile, postnatal growth restriction, lipoatrophy and the characteristic facial gestalt. Anterior chamber defects and insulin resistance or diabetes were also observed but were not as prevalent. The less specific, or minor features of SHORT syndrome include teething delay, thin wrinkled skin, speech delay, sensorineural deafness, hyperextensibility of joints and inguinal hernia. Given the high risk of diabetes mellitus, regular monitoring of glucose metabolism is warranted. An echocardiogram, ophthalmological and hearing assessments are also recommended.
Published: 2015
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7. Hypomorphic variants of cationic amino acid transporter 3 in males with autism spectrum disorders

Author: Caroline, Nava, Johanna, Rupp, Jean-Paul, Boissel, Cyril, Mignot, Agnès, Rastetter, Claire, Amiet, Aurélia, Jacquette, Céline, Dupuits, Delphine, Bouteiller, Boris, Keren, Merle, Ruberg, Anne, Faudet, Diane, Doummar, Anne, Philippe, Didier, Périsse, Claudine, Laurent, Nicolas, Lebrun, Vincent, Guillemot, Jamel, Chelly, David, Cohen, Delphine, Héron, Alexis, Brice, Ellen I, Closs, Christel, Depienne, Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute ( ICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Department of pharmacology, Johannes Gutemberg Universität Mainz, Service de neuropédiatrie [Trousseau], Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Service de psychiatrie enfant et adolescent, CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Centre diagnostic autisme, CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Institut Cochin ( UM3 (UMR 8104 / U1016) ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), iCONICS, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique ( ISIR ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Johannes Gutenberg - Universität Mainz = Johannes Gutenberg University (JGU), CHU Trousseau [APHP], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Institut des Systèmes Intelligents et de Robotique (ISIR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de psychiatrie enfant et adolescent [CHU Pitié-Salpêtrière], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), and Administateur, HAL Sorbonne Université
Subjects: Male, Exome sequencing, Chromosome X, Autism Spectrum Disorder, Molecular Sequence Data, Clinical Biochemistry, Molecular Conformation, Mutation, Missense, Loss of Heterozygosity, [SDV.GEN.GH] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Biochemistry, Xenopus laevis, [ SDV.BBM.BC ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], Gene Frequency, Animals, Humans, Biotinylation, Amino Acid Sequence, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Child, [ SDV.GEN.GH ] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], Chromosomes, Human, X, Epilepsy, Cell Membrane, Organic Chemistry, Brain, Autism spectrum disorders, Pedigree, Phenotype, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Mutation, Oocytes, Oligogenism, Amino Acid Transport Systems, Basic, Original Article, Cationic amino acid transporter
Abstract: Cationic amino acid transporters (CATs) mediate the entry of L-type cationic amino acids (arginine, ornithine and lysine) into the cells including neurons. CAT-3, encoded by the SLC7A3 gene on chromosome X, is one of the three CATs present in the human genome, with selective expression in brain. SLC7A3 is highly intolerant to variation in humans, as attested by the low frequency of deleterious variants in available databases, but the impact on variants in this gene in humans remains undefined. In this study, we identified a missense variant in SLC7A3, encoding the CAT-3 cationic amino acid transporter, on chromosome X by exome sequencing in two brothers with autism spectrum disorder (ASD). We then sequenced the SLC7A3 coding sequence in 148 male patients with ASD and identified three additional rare missense variants in unrelated patients. Functional analyses of the mutant transporters showed that two of the four identified variants cause severe or moderate loss of CAT-3 function due to altered protein stability or abnormal trafficking to the plasma membrane. The patient with the most deleterious SLC7A3 variant had high-functioning autism and epilepsy, and also carries a de novo 16p11.2 duplication possibly contributing to his phenotype. This study shows that rare hypomorphic variants of SLC7A3 exist in male individuals and suggest that SLC7A3 variants possibly contribute to the etiology of ASD in male subjects in association with other genetic factors. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1007/s00726-015-2057-3) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2015
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8. Phenotypic variability in ARCA2 and identification of a core ataxic phenotype with slow progression

Author: Pascale de Lonlay, Yves Chaix, P. Charles, David Devos, Nathalie Drouot, Charles Marques Lourenço, Lydie Burglen, Agnès Rötig, Emmanuel Roze, Isabelle Bonnet, Marlène Rio, Anne-Sophie Lebre, Christine Tranchant, Michel Koenig, Caroline Moreau, Sandrine Canaple, Mathieu Anheim, Alexis Brice, Nadine Kempf, Isabelle Desguerre, Emmanuelle Apartis, Cyril Mignot, Eric Bieth, Coralie Rastel, Elsa Nourisson, Sandra Chantot-Bastaraud, Alexandra Durr, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [APHP], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CRICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Neuroscience and Behaviour Sciences, School of Medicine of Ribeirão Preto-University of Sao Polo, Laboratoire de Neurosciences Fonctionnelles et Pathologies - UR UPJV 4559 (LNFP), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement (Inserm U781), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Diagnostic Génétique, Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg, Service de Génétique Médicale [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagerie cérébrale et handicaps neurologiques (ICHN), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Génétique Médicale [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Neurologie, Cabinet de Neurologie, Service de Neurologie Pédiatrique, Service de Neurologie [Hautepierre], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg (UNISTRA), BMC, Ed., Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Génétique [Purpan], CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Service de Génétique et de Cytogénétique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme ( GRC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Service de Physiologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière ( CRICM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Neurosciences Fonctionnelles et Pathologies, Hôpital Roger Salengro-PRES Université Lille Nord de France-EA 4559/1046-Université de Lille, Droit et Santé, Génétique et épigénétique des maladies métaboliques, neurosensorielles et du développement ( Inserm U781 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire ( IGBMC ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service de Génétique et d'Embryologie Médicale, Service de neuropédiatrie et pathologie du développement, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Imagerie cérébrale et handicaps neurologiques, Université Toulouse III - Paul Sabatier ( UPS ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Fédération de Neurologie [Salpétrière], Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg ( FMTS ), Université de Strasbourg ( UNISTRA ), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), and Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Adult, Male, Movement disorders, Ataxia, Adolescent, Mitochondrial disease, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Bioinformatics, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Humans, Recessive, Medicine, Missense mutation, Genetics(clinical), Pharmacology (medical), Child, Cerebellar ataxia, Movement disorder, Genetics (clinical), 030304 developmental biology, Medicine(all), Genetics, Mitochondrial disorders, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, 0303 health sciences, business.industry, Research, Infant, Autosomal recessive cerebellar ataxia, General Medicine, medicine.disease, 3. Good health, Phenotype, Genes, Child, Preschool, Female, Seizure disorder, Cerebellar atrophy, medicine.symptom, [ SDV.GEN ] Life Sciences [q-bio]/Genetics, business, 030217 neurology & neurosurgery, ADCK3
Abstract: International audience; : Autosomal recessive cerebellar ataxia 2 (ARCA2) is a recently identified recessive ataxia due to ubiquinone deficiency and biallelic mutations in the ADCK3 gene. The phenotype of the twenty-one patients reported worldwide varies greatly. Thus, it is difficult to decide which ataxic patients are good candidates for ADCK3 screening without evidence of ubiquinone deficiency. We report here the clinical and molecular data of 10 newly diagnosed patients from seven families and update the disease history of four additional patients reported in previous articles to delineate the clinical spectrum of ARCA2 phenotype and to provide a guide to the molecular diagnosis. First signs occurred before adulthood in all 14 patients. Cerebellar atrophy appeared in all instances. The progressivity and severity of ataxia varied greatly, but no patients had the typical inexorable ataxic course that characterizes other childhood-onset recessive ataxias. The ataxia was frequently associated with other neurological signs. Importantly, stroke-like episodes contributed to significant deterioration of the neurological status in two patients. Ubidecarenone therapy markedly improved the movement disorders, including ataxia, in two other patients. The 7 novel ADCK3 mutations found in the 10 new patients were two missense and five truncating mutations. There was no apparent correlation between the genotype and the phenotype. Our series reveals that the clinical spectrum of ARCA2 encompasses a range of ataxic phenotypes. On one end, it may manifest as a pure ataxia with very slow progressivity and, on the other end, as a severe infantile encephalopathy with cerebellar atrophy. The phenotype of most patients, however, lies in between. It is characterized by a very slowly progressive or apparently stable ataxia associated with other signs of central nervous system involvement. We suggest undergoing the molecular analysis of ADCK3 in patients with this phenotype and in those with cerebellar atrophy and a stroke-like episode. The diagnosis of patients with a severe ARCA2 phenotype may also be performed on the basis of biological data, i.e. low ubiquinone level or functional evidence of ubiquinone deficiency. This diagnosis is crucial since the neurological status of some patients may be improved by ubiquinone therapy.
Published: 2013
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9. Mutations in the KIF21B kinesin gene cause neurodevelopmental disorders through imbalanced canonical motor activity

Author: Petra J. G. Zwijnenburg, Kirsty McWalter, Sonal Mahida, Delphine Héron, Frédéric Saudou, Hélène Vitet, Anna Chassevent, José Rivera Alvarez, Carlos A. Bacino, Juliette D. Godin, Christel Thauvin-Robinet, Chantal Weber, Laure Asselin, Caroline Nava, Christelle Golzio, Neil A. Hanchard, Christel Depienne, Peggy Tilly, Camille S. Bonnet, Cyril Mignot, Gladys Zapata, Amy Dameron, Marjan M. Weiss, Solveig Heide, Laurence Faivre, Haley Streff, Agnès Rastetter, Kristin W. Barañano, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de Référence des Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Baylor College of Medicine (BCM), Baylor University, Texas Children's Hospital [Houston, USA], Kennedy Krieger Institute [Baltimore], GeneDx [Gaithersburg, MD, USA], Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), FHU TRANSLAD (CHU de Dijon), Université de Bourgogne (UB), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Boston Children's Hospital, Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Vrije Universiteit Amsterdam [Amsterdam] (VU), and University of Duisburg-Essen
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Microcephaly, Organogenesis, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Medizin, Kinesins, General Physics and Astronomy, medicine.disease_cause, Mice, 0302 clinical medicine, Neurodevelopmental disorder, Cell Movement, Gene duplication, Tumours of the digestive tract Radboud Institute for Molecular Life Sciences [Radboudumc 14], Missense mutation, lcsh:Science, Zebrafish, Cerebral Cortex, Neurons, Mutation, Multidisciplinary, Neurodevelopmental disorders, Gene Expression Regulation, Developmental, Organ Size, Pedigree, 3. Good health, Kinesin, Female, Haploinsufficiency, Science, Mutation, Missense, Motor Activity, Biology, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, medicine, Animals, Humans, RNA, Messenger, Cell Proliferation, Corpus Callosum Agenesis, General Chemistry, medicine.disease, Axons, HEK293 Cells, 030104 developmental biology, [SDV.BDD.EO]Life Sciences [q-bio]/Development Biology/Embryology and Organogenesis, Neuronal development, lcsh:Q, Nerve Net, Neuroscience, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: KIF21B is a kinesin protein that promotes intracellular transport and controls microtubule dynamics. We report three missense variants and one duplication in KIF21B in individuals with neurodevelopmental disorders associated with brain malformations, including corpus callosum agenesis (ACC) and microcephaly. We demonstrate, in vivo, that the expression of KIF21B missense variants specifically recapitulates patients’ neurodevelopmental abnormalities, including microcephaly and reduced intra- and inter-hemispheric connectivity. We establish that missense KIF21B variants impede neuronal migration through attenuation of kinesin autoinhibition leading to aberrant KIF21B motility activity. We also show that the ACC-related KIF21B variant independently perturbs axonal growth and ipsilateral axon branching through two distinct mechanisms, both leading to deregulation of canonical kinesin motor activity. The duplication introduces a premature termination codon leading to nonsense-mediated mRNA decay. Although we demonstrate that Kif21b haploinsufficiency leads to an impaired neuronal positioning, the duplication variant might not be pathogenic. Altogether, our data indicate that impaired KIF21B autoregulation and function play a critical role in the pathogenicity of human neurodevelopmental disorder., Kinesins regulate intracellular transport and microtubule dynamics. Here, the authors show that KIF21B variants in humans associate with corpus callosum agenesis and microcephaly. Using mice and zebrafish, they showed the cellular mechanisms altered by the missense KIF21B variants.
Published: 2020
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10. PAK3 mutations responsible for severe intellectual disability and callosal agenesis inhibit cell migration

Author: Caroline Nava, Ferechté Razavi, Kevin Duarte, Jelena Martinovic, Jacqueline Cherfils, Jean-Vianney Barnier, Christel Depienne, Delphine Héron, Cyrille Mignot, Agnès Rastetter, Solveig Heide, Marie Laure Moutard, Tania Attié-Bitach, Véronique Rousseau, Sandrine Poëa-Guyon, Institut des Neurosciences Paris-Saclay (NeuroPSI), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institute of Human Genetics, University Hospital Essen, Embryology and genetics of human malformation (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de foetopathologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée (LBPA), École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Myologie, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Sorbonne Université (SU), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Unité fonctionnelle de Fœtopathologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), Institut des Neurosciences de Paris-Saclay (Neuro-PSI), Department of genetics, Reference Center for Intellectual Disabilities of Rare Causes, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Department of Pediatrics Neurology, Reference Center for Intellectual Disabilities of Rare Causes, CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Association française contre les myopathies (AFM-Téléthon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Barnier, Jean-Vianney, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Microcephaly, Kinase, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Intellectual disability, Medizin, medicine.disease_cause, Severity of Illness Index, Protein Structure, Secondary, 0302 clinical medicine, Neurodevelopmental disorder, Cell Movement, Chlorocebus aethiops, Missense mutation, Child, Genetics, Mutation, [SDV.NEU.PC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Psychology and behavior, [SDV.NEU.SC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Cognitive Sciences, Cell migration, Phenotype, Pedigree, [SDV] Life Sciences [q-bio], Neurology, COS Cells, αPIX/ARHGEF6, macromolecular substances, Biology, lcsh:RC321-571, 03 medical and health sciences, medicine, Animals, Humans, Amino Acid Sequence, Kinase activity, lcsh:Neurosciences. Biological psychiatry. Neuropsychiatry, Corpus Callosum Agenesis, Cell spreading, Cell adhesion, medicine.disease, Corpus callosum agenesis (CCA), HEK293 Cells, 030104 developmental biology, p21-Activated Kinases, PAK3, Agenesis of Corpus Callosum, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; Corpus callosum agenesis (CCA) is a brain malformation associated with a wide clinical spectrum including intellectual disability (ID) and an etiopathological complexity. We identified a novel missense G424R mutation in the X-linked p21-activated kinase 3 (PAK3) gene in a boy presenting with severe ID, microcephaly and CCA and his fetal sibling with CCA and severe hydrocephaly. PAK3 kinase is known to control synaptic plasticity and dendritic spine dynamics but its implication is less characterized in brain ontogenesis. In order to identify developmental functions of PAK3 impacted by mutations responsible for CCA, we compared the biochemical and biological effects of three PAK3 mutations localized in the catalytic domain. These mutations include two "se-vere" G424R and K389N variants (responsible for severe ID and CCA) and the "mild" A365E variant (responsible for nonsyndromic mild ID). Whereas they suppressed kinase activity, only the two severe variants displayed normal protein stability. Furthermore, they increased interactions between PAK3 and the guanine exchange factor αPIX/ARHGEF6, disturbed adhesion point dynamics and cell spreading, and severely impacted cell migration. Our findings highlight new molecular defects associated with mutations responsible for severe clinical phenotypes with developmental brain defects.
Published: 2020
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11. Heterozygous Variants in KMT2E Cause a Spectrum of Neurodevelopmental Disorders and Epilepsy

Author: Anne H. O’Donnell-Luria, Lynn S. Pais, Víctor Faundes, Jordan C. Wood, Abigail Sveden, Victor Luria, Rami Abou Jamra, Andrea Accogli, Kimberly Amburgey, Britt Marie Anderlid, Silvia Azzarello-Burri, Alice A. Basinger, Claudia Bianchini, Lynne M. Bird, Rebecca Buchert, Wilfrid Carre, Sophia Ceulemans, Perrine Charles, Helen Cox, Lisa Culliton, Aurora Currò, Florence Demurger, James J. Dowling, Benedicte Duban-Bedu, Christèle Dubourg, Saga Elise Eiset, Luis F. Escobar, Alessandra Ferrarini, Tobias B. Haack, Mona Hashim, Solveig Heide, Katherine L. Helbig, Ingo Helbig, Raul Heredia, Delphine Héron, Bertrand Isidor, Amy R. Jonasson, Pascal Joset, Boris Keren, Fernando Kok, Hester Y. Kroes, Alinoë Lavillaureix, Xin Lu, Saskia M. Maas, Gustavo H.B. Maegawa, Carlo L.M. Marcelis, Paul R. Mark, Marcelo R. Masruha, Heather M. McLaughlin, Kirsty McWalter, Esther U. Melchinger, Saadet Mercimek-Andrews, Caroline Nava, Manuela Pendziwiat, Richard Person, Gian Paolo Ramelli, Luiza L.P. Ramos, Anita Rauch, Caitlin Reavey, Alessandra Renieri, Angelika Rieß, Amarilis Sanchez-Valle, Shifteh Sattar, Carol Saunders, Niklas Schwarz, Thomas Smol, Myriam Srour, Katharina Steindl, Steffen Syrbe, Jenny C. Taylor, Aida Telegrafi, Isabelle Thiffault, Doris A. Trauner, Helio van der Linden, Silvana van Koningsbruggen, Laurent Villard, Ida Vogel, Julie Vogt, Yvonne G. Weber, Ingrid M. Wentzensen, Elysa Widjaja, Jaroslav Zak, Samantha Baxter, Siddharth Banka, Lance H. Rodan, Jeremy F. McRae, Stephen Clayton, Tomas W. Fitzgerald, Joanna Kaplanis, Elena Prigmore, Diana Rajan, Alejandro Sifrim, Stuart Aitken, Nadia Akawi, Mohsan Alvi, Kirsty Ambridge, Daniel M. Barrett, Tanya Bayzetinova, Philip Jones, Wendy D. Jones, Daniel King, Netravathi Krishnappa, Laura E. Mason, Tarjinder Singh, Adrian R. Tivey, Munaza Ahmed, Uruj Anjum, Hayley Archer, Ruth Armstrong, Jana Awada, Meena Balasubramanian, Diana Baralle, Angela Barnicoat, Paul Batstone, David Baty, Chris Bennett, Jonathan Berg, Birgitta Bernhard, A. Paul Bevan, Maria Bitner-Glindzicz, Edward Blair, Moira Blyth, David Bohanna, Louise Bourdon, David Bourn, Lisa Bradley, Angela Brady, Simon Brent, Carole Brewer, Kate Brunstrom, David J. Bunyan, John Burn, Natalie Canham, Bruce Castle, Kate Chandler, Elena Chatzimichali, Deirdre Cilliers, Angus Clarke, Susan Clasper, Jill Clayton-Smith, Virginia Clowes, Andrea Coates, Trevor Cole, Irina Colgiu, Amanda Collins, Morag N. Collinson, Fiona Connell, Nicola Cooper, Lara Cresswell, Gareth Cross, Yanick Crow, Mariella D’Alessandro, Tabib Dabir, Rosemarie Davidson, Sally Davies, Dylan de Vries, John Dean, Charu Deshpande, Gemma Devlin, Abhijit Dixit, Angus Dobbie, Alan Donaldson, Dian Donnai, Deirdre Donnelly, Carina Donnelly, Angela Douglas, Sofia Douzgou, Alexis Duncan, Jacqueline Eason, Sian Ellard, Ian Ellis, Frances Elmslie, Karenza Evans, Sarah Everest, Tina Fendick, Richard Fisher, Frances Flinter, Nicola Foulds, Andrew Fry, Alan Fryer, Carol Gardiner, Lorraine Gaunt, Neeti Ghali, Richard Gibbons, Harinder Gill, Judith Goodship, David Goudie, Emma Gray, Andrew Green, Philip Greene, Lynn Greenhalgh, Susan Gribble, Rachel Harrison, Lucy Harrison, Victoria Harrison, Rose Hawkins, Liu He, Stephen Hellens, Alex Henderson, Sarah Hewitt, Lucy Hildyard, Emma Hobson, Simon Holden, Muriel Holder, Susan Holder, Georgina Hollingsworth, Tessa Homfray, Mervyn Humphreys, Jane Hurst, Ben Hutton, Stuart Ingram, Melita Irving, Lily Islam, Andrew Jackson, Joanna Jarvis, Lucy Jenkins, Diana Johnson, Elizabeth Jones, Dragana Josifova, Shelagh Joss, Beckie Kaemba, Sandra Kazembe, Rosemary Kelsell, Bronwyn Kerr, Helen Kingston, Usha Kini, Esther Kinning, Gail Kirby, Claire Kirk, Emma Kivuva, Alison Kraus, Dhavendra Kumar, V. K. Ajith Kumar, Katherine Lachlan, Wayne Lam, Anne Lampe, Caroline Langman, Melissa Lees, Derek Lim, Cheryl Longman, Gordon Lowther, Sally A. Lynch, Alex Magee, Eddy Maher, Alison Male, Sahar Mansour, Karen Marks, Katherine Martin, Una Maye, Emma McCann, Vivienne McConnell, Meriel McEntagart, Ruth McGowan, Kirsten McKay, Shane McKee, Dominic J. McMullan, Susan McNerlan, Catherine McWilliam, Sarju Mehta, Kay Metcalfe, Anna Middleton, Zosia Miedzybrodzka, Emma Miles, Shehla Mohammed, Tara Montgomery, David Moore, Sian Morgan, Jenny Morton, Hood Mugalaasi, Victoria Murday, Helen Murphy, Swati Naik, Andrea Nemeth, Louise Nevitt, Ruth Newbury-Ecob, Andrew Norman, Rosie O’Shea, Caroline Ogilvie, Kai-Ren Ong, Soo-Mi Park, Michael J. Parker, Chirag Patel, Joan Paterson, Stewart Payne, Daniel Perrett, Julie Phipps, Daniela T. Pilz, Martin Pollard, Caroline Pottinger, Joanna Poulton, Norman Pratt, Katrina Prescott, Sue Price, Abigail Pridham, Annie Procter, Hellen Purnell, Oliver Quarrell, Nicola Ragge, Raheleh Rahbari, Josh Randall, Julia Rankin, Lucy Raymond, Debbie Rice, Leema Robert, Eileen Roberts, Jonathan Roberts, Paul Roberts, Gillian Roberts, Alison Ross, Elisabeth Rosser, Anand Saggar, Shalaka Samant, Julian Sampson, Richard Sandford, Ajoy Sarkar, Susann Schweiger, Richard Scott, Ingrid Scurr, Ann Selby, Anneke Seller, Cheryl Sequeira, Nora Shannon, Saba Sharif, Charles Shaw-Smith, Emma Shearing, Debbie Shears, Eamonn Sheridan, Ingrid Simonic, Roldan Singzon, Zara Skitt, Audrey Smith, Kath Smith, Sarah Smithson, Linda Sneddon, Miranda Splitt, Miranda Squires, Fiona Stewart, Helen Stewart, Volker Straub, Mohnish Suri, Vivienne Sutton, Ganesh Jawahar Swaminathan, Elizabeth Sweeney, Kate Tatton-Brown, Cat Taylor, Rohan Taylor, Mark Tein, I. Karen Temple, Jenny Thomson, Marc Tischkowitz, Susan Tomkins, Audrey Torokwa, Becky Treacy, Claire Turner, Peter Turnpenny, Carolyn Tysoe, Anthony Vandersteen, Vinod Varghese, Pradeep Vasudevan, Parthiban Vijayarangakannan, Emma Wakeling, Sarah Wallwark, Jonathon Waters, Astrid Weber, Diana Wellesley, Margo Whiteford, Sara Widaa, Sarah Wilcox, Emily Wilkinson, Denise Williams, Nicola Williams, Louise Wilson, Geoff Woods, Christopher Wragg, Michael Wright, Laura Yates, Michael Yau, Chris Nellåker, Michael Parker, Helen V. Firth, Caroline F. Wright, David R. FitzPatrick, Jeffrey C. Barrett, Matthew E. Hurles, Department of Medicine 1, Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Center for Medical Genetics, Istituto di Scienze e Tecnologie della Cognizione, Consiglio Nazionale delle Ricerche (ISTC, CNR), Istituto di Scienze e Tecnologie della Cognizione, Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Génétique médicale [Centre Hospitalier de Vannes], Centre hospitalier Bretagne Atlantique (Morbihan) (CHBA), Department of Pediatrics, University of Michigan [Ann Arbor], University of Michigan System-University of Michigan System, Centre de Génétique Chromosomique [Hôpital Saint Vincent de Paul], Hôpital Saint Vincent de Paul-Groupement des Hôpitaux de l'Institut Catholique de Lille (GHICL), Université catholique de Lille (UCL)-Université catholique de Lille (UCL), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de génétique médicale, Centre Hospitalier Universitaire Vaudois [Lausanne] (CHUV), Institute of Human Genetics, Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM)-Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP ), Service de Génétique Médicale, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Department of Public Health Sciences, Karolinska Institutet [Stockholm], Department of Molecular and Human Genetics, Baylor College of Medicine (BCM), Baylor University-Baylor University, Institute of Medical Genetics, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Università degli Studi di Camerino = University of Camerino (UNICAM), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), University of Oxford, GeneDx [Gaithersburg, MD, USA], Department of Clinical Genetics (Academic Medical Center, University of Amsterdam), VU University Medical Center [Amsterdam], Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Clinical Genetics, Aarhus University Hospital, Boston Children's Hospital, Wellcome Trust Genome Campus, The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge], Institute of Biomedical Engineering [Oxford] (IBME), Climatic Research Unit, University of East Anglia [Norwich] (UEA), Imperial College London, St Mary's Hospital, East Anglian Medical Genetics Service, Cytogenetics Laboratory, Addenbrooke's Hospital, Sheffield Children's NHS Foundation Trust, Regional Genetic Service, St Mary's Hospital, Manchester, Genetics, University of Southampton, Great Ormond Street Hospital for Children [London] (GOSH), Yorkshire Regional Clinical Genetics Service, Chapel Allerton Hospital, Molecular and Clinical Medicine [Dundee, UK] (School of Medicine), University of Dundee [UK]-Ninewells Hospital & Medical School [Dundee, UK], Department of Clinical Genetics, Oxford Regional Genetics Service, The Churchill hospital, North West Thames Regional Genetics, Northwick Park Hospital, Royal Devon & Exeter Hospital, Wessex Clinical Genetics Service, Wessex clinical genetics service, Manchester University NHS Foundation Trust (MFT), West Midlands Regional Genetics Service, Birmingham Women's and Children's NHS Foundation Trust, Our Lady's hospital for Sick Children, Our Lady's Hospital for Sick Children, Guy's Hospital [London], University Hospitals Leicester, University of Edinburgh, Belfast City Hospital, Ferguson-Smith Centre for Clinical Genetics, Yorkhill Hospitals, Institute of Medical Genetics, Heath Park, Cardiff, The London Clinic, Nottingham City Hospital, Clinical Genetics Department, St Michael's Hospital, Department of Genetic Medicine, Nottingham Clinical Genetics Service, Nottingham University Hospitals NHS Trust (NUH), Royal Devon and Exeter Foundation Trust, Histopathology, St. George's Hospital, Teesside Genetics Unit, James Cook University (JCU), Kansas State University, Liverpool Women's NHS Foundation Trust, Department of Medical Genetics, HMNC Brain Health, North West Thames Regional Genetics Service, Northwick Park Hospital, Harrow, Leicester Royal Infirmary, University Hospitals Leicester-University Hospitals Leicester, Ninewells Hospital and Medical School [Dundee], Academic Centre on Rare Diseases (ACoRD), University College Dublin [Dublin] (UCD), Oxford Brookes University, Institute of medicinal plant development, Chinese Academy of Medical Sciences, Newcastle Upon Tyne Hospitals NHS Trust, Service d'explorations fonctionnelles respiratoires [Lille], Department of Computer Science - Trinity College Dublin, University of Dublin, Department of Clinical Genetics (Sheffield Children’s NHS Foundation Trust), Division of Medical & Molecular Genetics, NHS Greater Glasgow & Clyde [Glasgow] (NHSGGC), Department of Clinical Genetics [Churchill Hospital], Churchill Hospital Oxford Centre for Haematology, Weizmann Institute of Science [Rehovot, Israël], Southampton General Hospital, Western General Hospital, Head of the Department of Medical Genetics, University of Birmingham [Birmingham], SW Thames Regional Genetics Service, St Georgeâ™s University of London, London, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), All Wales Medical Genetics Services, Singleton Hospital, Central Manchester University Hospitals NHS Foundation Trust, University of North Texas (UNT), Clinical Genetics, Northern Genetics Service, Newcastle University [Newcastle], United Kingdom Met Office [Exeter], Institute of Medical Genetics (University Hospital of Wales), University Hospital of Wales (UHW), West Midlands Regional Genetics Laboratory and Clinical Genetics Unit, Birmingham Women's Hospital, Laboratory of Molecular Genetics, National Institute of Child Health and Human Development, National Institutes of Health, Department of Genetics, Cell- and Immunobiology, Semmelweis University, University Hospitals Bristol, Marketing (MKT), EESC-GEM Grenoble Ecole de Management, Addenbrookes Hospital, West of Scotland Genetics Service (Queen Elizabeth University Hospital), University Hospital Birmingham Queen Elizabeth, Department of Clnical Genetics, Chapel Allerton Hospital, Department of Clinical Genetics, Northampton General Hospital, Northampton, Royal Devon and Exeter Hospital [Exeter, UK] (RDEH), Guy's and St Thomas' Hospital [London], School of Computer Science, Bangor University, University Hospital Southampton, Clinical Genetics Unit, St Georges, University of London, Medical Genetics, Cardiff University, Research and Development, Futurelab, Nottingham Regional Genetics Service [Nottingham, UK], Nottingham University Hospitals NHS Trust (NUH)-City Hospital Campus [Nottingham, UK], University of St Andrews [Scotland], Clinical Genetics Service, Nottingham University Hospitals NHS Trust - City Hospital Campus, West Midlands Regional Genetics Unit, Department of Neurology, Johns Hopkins University (JHU), Oxford University Hospitals NHS Trust, St James's University Hospital, Leeds Teaching Hospitals NHS Trust, Addenbrooke's Hospital, Cambridge University NHS Trust, Institute of Human Genetics, Newcastle, Division of Biological Stress Response [Amsterdam, The Netherlands], The Netherlands Cancer Institute [Amsterdam, The Netherlands], Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health [Baltimore], Birmingham Women’s Hospital, Department of Genetics, Portuguese Oncology Institute, Molecular Genetics, IWK Health Centre, IWK health centre, North West london hospitals NHS Trust, Department of Clinical Genetics (Queen Elizabeth University Hospital, Glasgow), Queen Elizabeth University Hospital (Glasgow), Birmingham women's hospital, Birmingham, Ethox Centre, Department of Public Health and Primary Health Care, University of Oxford, Badenoch Building, Old Road Campus, Headington, R01 HD091846, Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development, National Human Genome Research Institute, National Institutes of Health’s National Institute of Child Health and Human Development, Boston Children’s Hospital Faculty Development Fellowship, UM1HG008900, Broad Center for Mendelian Genomics, Chile’s National Commission for Scientific and Technological Research, DFG WE4896/3-1, German Research Society, WT 100127, Health Innovation Challenge Fund, Comprehensive Clinical Research Network, Skaggs-Oxford Scholarship, 10/H0305/83, Cambridge South REC, REC GEN/284/12, Republic of Ireland, WT098051, Wellcome Sanger Institute, 72160007, Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica, Children's Hospital of Philadelphia, Technische Universität Kaiserslautern, 1DH1813319, Dietmar Hopp Stiftung, National Institute for Health Research, Department of Health & Social Care, Service de neurologie 1 [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Saint Vincent de Paul-GHICL, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM)-Helmholtz-Zentrum München (HZM)-German Research Center for Environmental Health, Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Università degli Studi di Camerino (UNICAM), University of Oxford [Oxford], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Nottingham University Hospitals NHS Trust, Nottingham University Hospitals, SW Thames Regional Genetics Service, St Georgeâ™s University of London, London, University Hospital of Wales, Grenoble Ecole de Management, Royal Devon and Exeter Hospital, City Hospital Campus [Nottingham, UK]-Nottingham University Hospitals NHS Trust [UK], ANS - Complex Trait Genetics, Human Genetics, ARD - Amsterdam Reproduction and Development, ACS - Pulmonary hypertension & thrombosis, Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière], IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], GHICL-Hôpital Saint Vincent de Paul, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Friedrich-Alexander d'Erlangen-Nuremberg, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Centre Hospitalier Bretagne Atlantique [Vannes], Technische Universität München [München] (TUM)-Helmholtz-Zentrum München (HZM)-German Research Center for Environmental Health, Service de Génétique et Cytogénétique [CHU Pitié-Salpêtrière], University of Zürich [Zürich] (UZH), Università di Camerino (UNICAM), Birmingham Women's Hospital Healthcare NHS Trust, University Hospitals of Leicester, Sheffield Children’s Hospital, Weizmann Institute of Science, and Grenoble Ecole de Management (GEM)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Microcephaly, [SDV]Life Sciences [q-bio], Haploinsufficiency, autism, epilepsy, epileptic encephalopathy, global developmental delay, H3K4 methylation, intellectual disability, KMT2E, neurodevelopmental disorder, Adolescent, Adult, Child, Child, Preschool, DNA-Binding Proteins, Epilepsy, Female, Humans, Infant, Neurodevelopmental Disorders, Pedigree, Phenotype, Young Adult, Genetic Variation, Heterozygote, 0302 clinical medicine, Neurodevelopmental disorder, Intellectual disability, Global developmental delay, Genetics (clinical), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genetics, 0303 health sciences, Hypotonia, 030220 oncology & carcinogenesis, medicine.symptom, Rare cancers Radboud Institute for Health Sciences [Radboudumc 9], 03 medical and health sciences, Report, medicine, Journal Article, Expressivity (genetics), Preschool, 030304 developmental biology, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, business.industry, Macrocephaly, medicine.disease, 030104 developmental biology, [SDV.GEN.GH]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Human genetics, Autism, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Contains fulltext : 206572.pdf (Publisher’s version ) (Open Access) We delineate a KMT2E-related neurodevelopmental disorder on the basis of 38 individuals in 36 families. This study includes 31 distinct heterozygous variants in KMT2E (28 ascertained from Matchmaker Exchange and three previously reported), and four individuals with chromosome 7q22.2-22.23 microdeletions encompassing KMT2E (one previously reported). Almost all variants occurred de novo, and most were truncating. Most affected individuals with protein-truncating variants presented with mild intellectual disability. One-quarter of individuals met criteria for autism. Additional common features include macrocephaly, hypotonia, functional gastrointestinal abnormalities, and a subtle facial gestalt. Epilepsy was present in about one-fifth of individuals with truncating variants and was responsive to treatment with anti-epileptic medications in almost all. More than 70% of the individuals were male, and expressivity was variable by sex; epilepsy was more common in females and autism more common in males. The four individuals with microdeletions encompassing KMT2E generally presented similarly to those with truncating variants, but the degree of developmental delay was greater. The group of four individuals with missense variants in KMT2E presented with the most severe developmental delays. Epilepsy was present in all individuals with missense variants, often manifesting as treatment-resistant infantile epileptic encephalopathy. Microcephaly was also common in this group. Haploinsufficiency versus gain-of-function or dominant-negative effects specific to these missense variants in KMT2E might explain this divergence in phenotype, but requires independent validation. Disruptive variants in KMT2E are an under-recognized cause of neurodevelopmental abnormalities.
Published: 2019
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12. GRIN2A-related disorders : genotype and functional consequence predict phenotype

Author: Strehlow, V., Heyne, H.O., Vlaskamp, D.R.M., Marwick, K.F.M., Rudolf, G., Bellescize, J. de, Biskup, S., Brilstra, E.H., Brouwer, O.F., Callenbach, P.M.C., Hentschel, J., Hirsch, E., Kind, P.C., Mignot, C., Platzer, K., Rump, P., Skehel, P.A., Wyllie, D.J.A., Hardingham, G.E., Ravenswaaij-Arts, C.M.A. van, Koolen, D.A., Willemsen, M.H., Lesca, G., Lemke, J.R., Clinical Cognitive Neuropsychiatry Research Program (CCNP), UCL - (MGD) Service de pédiatrie, UCL - SSS/IREC/MONT - Pôle Mont Godinne, univOAK, Archive ouverte, University Hospital Leipzig, Massachusetts General Hospital [Boston], Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston], University of Groningen [Groningen], University of Edinburgh, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Strasbourg, Centre Hospitalier Universitaire de Lyon (CHU Lyon), CeGaT GmbH, University Medical Center [Utrecht], Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Institute for Stem Cell Science and Regenerative Medicine [Bangalore, Inde] (inStem), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and GRIN2A study group: Alexis Arzimanoglou, Paul B Augustijn, Patrick Van Bogaert, Helene Bourry, Peter Burfeind, Yoyo Chu, Brian Chung, Diane Doummar, Patrick Edery, Aviva Fattal-Valevski, Mélanie Fradin, Marion Gerard, Christa de Geus, Boudewijn Gunning, Danielle Hasaerts, Ingo Helbig, Katherine L Helbig, Rami Jamra, Mélanie Jennesson Lyver, Jolien S Klein Wassink-Ruiter, David A Koolen, Damien Lederer, Roelineke J Lunsing, Mikaël Mathot, Hélène Maurey, Shay Menascu, Anne Michel, Ghayda Mirzaa, Diana Mitter, Hiltrud Muhle, Rikke S Møller, Caroline Nava, Margaret O'Brien, Evelyn van Pinxteren-Nagler, Anne van Riesen, Christelle Rougeot, Damien Sanlaville, Jolanda H Schieving, Steffen Syrbe, Hermine E Veenstra-Knol, Nienke Verbeek, Dorothée Ville, Yvonne J Vos, Pascal Vrielynck, Sabrina Wagner, Sarah Weckhuysen, Marjolein H Willemsen
Subjects: GLUN2A, Adult, Male, Adolescent, Genotype, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, VARIANTS, Neurodevelopmental Disorders/genetics, Receptors, N-Methyl-D-Aspartate, Epilepsy/genetics, Cerebellar Cortex, Young Adult, channelopathy, GRIN2A MUTATIONS, Research Support, N.I.H., Extramural, Journal Article, Animals, Humans, Child, EPILEPSY, Cells, Cultured, Aged, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, SPECTRUM, learning disability, Receptors, N-Methyl-D-Aspartate/genetics, Research Support, Non-U.S. Gov't, childhood epilepsy, Cerebellar Cortex/metabolism, Infant, ENCEPHALOPATHY, Original Articles, Middle Aged, spike-wave EEG, Rats, Editor's Choice, Phenotype, NMDA, Neurodevelopmental Disorders, Child, Preschool, molecular genetics, SUBUNIT, Mutation, Female, APHASIA, Rare cancers Radboud Institute for Health Sciences [Radboudumc 9]
Abstract: Strehlow et al. describe the largest cohort to date of individuals with GRIN2A-related disorders. The results reveal two phenotypic subgroups associated with different classes of variants affecting distinct domains of the GluN2A protein with different functional consequences. The findings will help predict outcomes in newly diagnosed individuals., Alterations of the N-methyl-d-aspartate receptor (NMDAR) subunit GluN2A, encoded by GRIN2A, have been associated with a spectrum of neurodevelopmental disorders with prominent speech-related features, and epilepsy. We performed a comprehensive assessment of phenotypes with a standardized questionnaire in 92 previously unreported individuals with GRIN2A-related disorders. Applying the criteria of the American College of Medical Genetics and Genomics to all published variants yielded 156 additional cases with pathogenic or likely pathogenic variants in GRIN2A, resulting in a total of 248 individuals. The phenotypic spectrum ranged from normal or near-normal development with mild epilepsy and speech delay/apraxia to severe developmental and epileptic encephalopathy, often within the epilepsy-aphasia spectrum. We found that pathogenic missense variants in transmembrane and linker domains (misTMD+Linker) were associated with severe developmental phenotypes, whereas missense variants within amino terminal or ligand-binding domains (misATD+LBD) and null variants led to less severe developmental phenotypes, which we confirmed in a discovery (P = 10−6) as well as validation cohort (P = 0.0003). Other phenotypes such as MRI abnormalities and epilepsy types were also significantly different between the two groups. Notably, this was paralleled by electrophysiology data, where misTMD+Linker predominantly led to NMDAR gain-of-function, while misATD+LBD exclusively caused NMDAR loss-of-function. With respect to null variants, we show that Grin2a+/− cortical rat neurons also had reduced NMDAR function and there was no evidence of previously postulated compensatory overexpression of GluN2B. We demonstrate that null variants and misATD+LBD of GRIN2A do not only share the same clinical spectrum (i.e. milder phenotypes), but also result in similar electrophysiological consequences (loss-of-function) opposing those of misTMD+Linker (severe phenotypes; predominantly gain-of-function). This new pathomechanistic model may ultimately help in predicting phenotype severity as well as eligibility for potential precision medicine approaches in GRIN2A-related disorders.
Published: 2019
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13. Chromosome 14q32.2 Imprinted Region Disruption as an Alternative Molecular Diagnosis of Silver-Russell Syndrome

Author: Sylvie Rossignol, Walid Abi Habib, Sophie Geoffron, Salah Azzi, Béatrice Dubern, Sandra Chantot-Bastaraud, Isabelle Oliver Petit, Thuy-Ai Vu-Hong, Marie-Noelle Dufourg, Ana Pinheiro Machado Canton, Catherine Pienkowski, Jennifer Salem, Blandine Esteva, Fanny Morice Picard, Bertrand Isidor, Nicole Philip, Frédéric Brioude, Alexandra Afenjar, Julien Thevenon, David Geneviève, Mélanie Fradin, Marlène Rio, Catherine Naud-Saudreau, Irène Netchine, Maithé Tauber, Christel Chalouhi, Tiffanny Busa, Virginie Steunou, Eloise Giabicani, Solveig Heide, Agnès Linglart, Madeleine D. Harbison, Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Maladies génétiques d'expression pédiatrique (U933), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Marseille medical genetics - Centre de génétique médicale de Marseille (MMG), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Universidade de São Paulo Medical School (FMUSP), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de pédiatrie générale [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHRU Montpellier], Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), CHU Montpellier, Université de Montpellier (UM), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Thérapie génique, Génomique et Epigénomique (U 1169), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Université de Bretagne Sud - Lorient (UBS Lorient), Université de Bretagne Sud (UBS), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Service de Génétique Médicale [CHU Necker], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Axe 3 : organisation structurale multiéchelle des matériaux (SPCTS-AXE3), Science des Procédés Céramiques et de Traitements de Surface (SPCTS), Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Référence du Syndrome de Prader-Willi, Pôle Enfants [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Génétique des Anomalies du Développement (GAD), Université de Bourgogne (UB)-IFR100 - Structure fédérative de recherche Santé-STIC, Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Unité de recherche sur les maladies cardiovasculaires et métaboliques, UMR S 1166, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique [CHU Pitié Salpétrière], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Service d'ORL et de Chirurgie Cervicofaciale, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Trousseau [APHP], Hôpital des Enfants, CHU Toulouse [Toulouse], Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM), Service de Génétique et d'Embryologie Médicale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Unité Fonctionnelle de Génétique Clinique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Centre de référence 'Déficiences Intellectuelles de Causes Rares' - Paris-Groupe de Recherche Clinique 'Déficience Intellectuelle et Autisme' - Paris, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Ined Inserm joint unit Elfe, Hôpital Arnaud de Villeneuve, Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHRU de Montpellier], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service d'endocrinologie et diabétologie pédiatriques - Le Kremlin-Bicêtre, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and MAGIC Foundation
Subjects: 0301 basic medicine, Oncology, Male, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Clinical Biochemistry, Puberty, Precocious, Chromosome Disorders, Biochemistry, Pubarche, Endocrinology, Young adult, Child, 2. Zero hunger, MEG3, Syndrome, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, Uniparental disomy, 3. Good health, Phenotype, Child, Preschool, DNA methylation, Intercellular Signaling Peptides and Proteins, Female, RNA, Long Noncoding, Chromosome Deletion, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, Diagnosis, Differential, 03 medical and health sciences, Genomic Imprinting, Young Adult, Internal medicine, parasitic diseases, medicine, Humans, Retrospective Studies, Chromosomes, Human, Pair 14, [SDV.MHEP.PED]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pediatrics, business.industry, Silver–Russell syndrome, Biochemistry (medical), Calcium-Binding Proteins, Chromosome, Membrane Proteins, DNA Methylation, Uniparental Disomy, medicine.disease, Silver-Russell Syndrome, 030104 developmental biology, business, Body mass index
Abstract: International audience; Context - Silver-Russell syndrome (SRS) (mainly secondary to 11p15 molecular disruption) and Temple syndrome (TS) (secondary to 14q32.2 molecular disruption) are imprinting disorders with phenotypic (prenatal and postnatal growth retardation, early feeding difficulties) and molecular overlap. Objective - To describe the clinical overlap between SRS and TS and extensively study the molecular aspects of TS. Patients - We retrospectively collected data on 28 patients with disruption of the 14q32.2 imprinted region, identified in our center, and performed extensive molecular analysis. Results - Seventeen (60.7%) patients showed loss of methylation of the MEG3/DLK1 intergenic differentially methylated region by epimutation. Eight (28.6%) patients had maternal uniparental disomy of chromosome 14 and three (10.7%) had a paternal deletion in 14q32.2. Most patients (72.7%) had a Netchine-Harbison SRS clinical scoring system ≥4/6, and consistent with a clinical diagnosis of SRS. The mean age at puberty onset was 7.2 years in girls and 9.6 years in boys; 37.5% had premature pubarche. The body mass index of all patients increased before pubarche and/or the onset of puberty. Multilocus analysis identified multiple methylation defects in 58.8% of patients. We identified four potentially damaging genetic variants in genes encoding proteins involved in the establishment or maintenance of DNA methylation. Conclusions - Most patients with 14q32.2 disruption fulfill the criteria for a clinical diagnosis of SRS. These clinical data suggest similar management of patients with TS and SRS, with special attention to their young age at the onset of puberty and early increase of body mass index.
Published: 2018
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14. Chromosomal rearrangements in the 11p15 imprinted region: 17 new 11p15.5 duplications with associated phenotypes and putative functional consequences

Author: Pierre Sarda, Claudine Heinrichs, Lionel Van Maldergem, Caroline Michot, Frédéric Brioude, Véronique Trifard, Sylvie Rossignol, Bénédicte Demeer, Salah Azzi, Eloise Giabicani, Sandra Chantot-Bastaraud, Marilyn Lackmy-Port Lys, Ron S. Newfield, Irène Netchine, Madeleine D. Harbison, Boris Keren, Jean-Pierre Siffroi, Solveig Heide, Yves Le Bouc, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CRICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Axe 3 : organisation structurale multiéchelle des matériaux (SPCTS-AXE3), Science des Procédés Céramiques et de Traitements de Surface (SPCTS), Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de génétique médicale, CHU Amiens-Picardie, Hôpital Universitaire des Enfants Reine Fabiola, Université libre de Bruxelles (ULB), Service de Génétique, Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Sorbonne Université (SU), Service d'explorations fonctionnelles [CHU Trousseau], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Saint-Antoine (UMRS893), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Ecole Nationale Supérieure de Céramique Industrielle (ENSCI)-Institut des Procédés Appliqués aux Matériaux (IPAM), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Libre de Bruxelles [Bruxelles] (ULB), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: Adult, Male, 0301 basic medicine, congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, Centromere, Cnv, Beckwith–Wiedemann syndrome, Biology, Molecular Imprinting, 03 medical and health sciences, Imprinting Disorder, Insulin-Like Growth Factor II, Gene Duplication, parasitic diseases, Genetics, medicine, Humans, Epigenetics, Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p57, Genetics (clinical), Chromosome Aberrations, [SDV.MHEP.PED]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pediatrics, Chromosomes, Human, Pair 11, Silver–Russell syndrome, Beckwith-wiedemann Syndrome, 11p15 Duplication, Telomere, [SDV.MHEP.EM]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Endocrinology and metabolism, medicine.disease, Phenotype, Silver Russell Syndrome, Silver-Russell Syndrome, 030104 developmental biology, Cytogenetic Analysis, Mutation, Female, Genomic imprinting
Abstract: BackgroundThe 11p15 region contains two clusters of imprinted genes. Opposite genetic and epigenetic anomalies of this region result in two distinct growth disturbance syndromes: Beckwith-Wiedemann (BWS) and Silver-Russell syndromes (SRS). Cytogenetic rearrangements within this region represent less than 3% of SRS and BWS cases. Among these, 11p15 duplications were infrequently reported and interpretation of their pathogenic effects is complex.ObjectivesTo report cytogenetic and methylation analyses in a cohort of patients with SRS/BWS carrying 11p15 duplications and establish genotype/phenotype correlations.MethodsFrom a cohort of patients with SRS/BWS with an abnormal methylation profile (using ASMM-RTQ-PCR), we used SNP-arrays to identify and map the 11p15 duplications. We report 19 new patients with SRS (n=9) and BWS (n=10) carrying de novo or familial 11p15 duplications, which completely or partially span either both telomeric and centromeric domains or only one domain.ResultsLarge duplications involving one complete domain or both domains are associated with either SRS or BWS, depending on the parental origin of the duplication. Genotype-phenotype correlation studies of partial duplications within the telomeric domain demonstrate the prominent role of IGF2, rather than H19, in the control of growth. Furthermore, it highlights the role of CDKN1C within the centromeric domain and suggests that the expected overexpression of KCNQ1OT1 from the paternal allele (in partial paternal duplications, excluding CDKN1C) does not affect the expression of CDKN1C.ConclusionsThe phenotype associated with 11p15 duplications depends on the size, genetic content, parental inheritance and imprinting status. Identification of these rare duplications is crucial for genetic counselling.
Published: 2018
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15. Copy Number Variations Found in Patients with a Corpus Callosum Abnormality and Intellectual Disability

Author: Isabelle Marey, Anne Faudet, Sandra Chantot-Bastaraud, Caroline Rooryck, Annick Toutain, Damien Haye, Vincent des Portes, Corinne Mach, Laurence Olivier-Faivre, Thierry Billette de Villemeur, Sandra Whalen, Eric Fonteneau, Marie-Laure Moutard, Delphine Héron, Alice Masurel-Paulet, D Sanlaville, Sophie Naudion, Christel Depienne, Cyril Mignot, Cédric Le Caignec, Christel Thauvin-Robinet, Didier Lacombe, Caroline Nava, Dorothée Ville, Aurélia Jacquette, Boris Keren, Jean-Pierre Siffroi, Fabien Lesne, Solveig Heide, Elodie Lejeune, université de Bourgogne, LNC, Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme [ CHU Pitié-Salpêtrière AP-HP] (GRC : DIA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Neuroprotection du Cerveau en Développement / Promoting Research Oriented Towards Early Cns Therapies (PROTECT), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre for Integrative Biology - CBI (Inserm U964 - CNRS UMR7104 - IGBMC), Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Service de génétique, cytogénétique, embryologie [CHU Pitié-Salpétrière], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire Maladies Rares: Génétique et Métabolisme (Bordeaux) (U1211 INSERM/MRGM), Université de Bordeaux (UB)-Groupe hospitalier Pellegrin-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de génétique [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Hôpital Bretonneau, Institut du thorax, Université de Nantes (UN)-IFR26-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service de Neurologie Pédiatrique [CHU Lyon], Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut des Sciences cognitives Marc Jeannerod - Laboratoire sur le langage, le cerveau et la cognition (L2C2), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Service de génétique, cytogénétique, embryologie [Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Hôpital Bretonneau-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Imagerie et cerveau (iBrain - Inserm U1253 - UNIV Tours ), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Génétique, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiopathologie des maladies génétiques d'expression pédiatrique, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Candidate gene, Cell Cycle Proteins, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Corpus callosum, Bioinformatics, corpus callosum, chromosomal microarray, Chromosome Duplication, Intellectual disability, Gene duplication, Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors, Prospective Studies, Copy-number variation, Child, Genetics, TCF4, agenesis of corpus callosum, Child, Preschool, Female, Chromosomes, Human, Pair 3, Chromosome Deletion, SNP array, Chromosomes, Human, Pair 7, Chromosomes, Human, Pair 8, Adult, Adolescent, DNA Copy Number Variations, CNV, Polymorphism, Single Nucleotide, Young Adult, 03 medical and health sciences, Intellectual Disability, mental disorders, medicine, Humans, SNP, Hedgehog Proteins, dysgenesis of corpus callosum, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Chromosomes, Human, Pair 10, business.industry, Zinc Finger E-box-Binding Homeobox 1, Microarray Analysis, medicine.disease, 030104 developmental biology, Pediatrics, Perinatology and Child Health, business, Chromosomes, Human, Pair 19
Abstract: International audience; OBJECTIVE:To evaluate the role that chromosomal micro-rearrangements play in patients with both corpus callosum abnormality and intellectual disability, we analyzed copy number variations (CNVs) in patients with corpus callosum abnormality/intellectual disability STUDY DESIGN: We screened 149 patients with corpus callosum abnormality/intellectual disability using Illumina SNP arrays.RESULTS:In 20 patients (13%), we have identified at least 1 CNV that likely contributes to corpus callosum abnormality/intellectual disability phenotype. We confirmed that the most common rearrangement in corpus callosum abnormality/intellectual disability is inverted duplication with terminal deletion of the 8p chromosome (3.2%). In addition to the identification of known recurrent CNVs, such as deletions 6qter, 18q21 (including TCF4), 1q43q44, 17p13.3, 14q12, 3q13, 3p26, and 3q26 (including SOX2), our analysis allowed us to refine the 2 known critical regions associated with 8q21.1 deletion and 19p13.1 duplication relevant for corpus callosum abnormality; report a novel 10p12 deletion including ZEB1 recently implicated in corpus callosum abnormality with corneal dystrophy; and) report a novel pathogenic 7q36 duplication encompassing SHH. In addition, 66 variants of unknown significance were identified in 57 patients encompassed candidate genes.CONCLUSIONS:Our results confirm the relevance of using microarray analysis as first line test in patients with corpus callosum abnormality/intellectual disability.Copyright © 2017 Elsevier Inc. All rights reserved.
Published: 2017
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16. Human Pluripotent Stem Cell-derived Cortical Neurons for High Throughput Medication Screening in Autism: A Proof of Concept Study in SHANK3 Haploinsufficiency Syndrome

Author: Aurélie Poulet, Alexandra Benchoua, Richard Delorme, Laure Chatrousse, Francis Cogé, Delphine Héron, Frédérique Rodet-Amsellem, Millan Mark, Claire Boissart, Thomas Bourgeron, Hélène Darville, Anselme L. Perrier, Caroline Nava, Julie Pernelle, Margot Jarrige, Marc Peschanski, Institut des cellules souches pour le traitement et l'étude des maladies monogéniques (I-STEM), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Généthon, French Biodiversity Agency, Service psychiatrique de l'enfant et de l'adolescent [CHU Hôpital Robert Debré], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré, Hydrosystèmes et Bioprocédés (UR HBAN), Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Division of General Internal Medicine (DGIM), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Institut de Recherche Servier, SERVIER, Génétique humaine et fonctions cognitives - Human Genetics and Cognitive Functions (GHFC (UMR_3571 / U-Pasteur_1)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This study has been in part funded by grants from 'Investissements d'Avenir' – (ANR-11-INBS-0009 - INGESTEM – and ANR-11-INBS-0011 - NeurATRIS), the French National Research Agency ANR (ANR-13-SAMA-0006, SynDivAutism), the Laboratory of Excellence GENMED (ANR-10-LABX-0013), the Bettencourt-Schueller Foundation, the Cognacq Jay Foundation, and the Fondamental Foundation. This study used samples from the NINDS Human Genetics Resource Center DNA and Cell Line Repository, as well as clinical data. NINDS Repository sample numbers corresponding to the samples used are GM 1869., The authors are thankful to I-Stem's HTS platform staff for constant technical support. We thank the cell bank of Pitié-Salpétrière hospital and the Clinical Investigation Center of Robert Debré hospital for assistance with patient recruitment, information, sampling and fibroblast preparation. H.D. received a PhD grant from Servier's Laboratories. I-Stem is part of the Biotherapies Institute for Rare Diseases (BIRD) supported by the Association Française contre les Myopathies (AFM-Téléthon)., ANR-11-INBS-0009,INGESTEM,INFRASTRUCTURE NATIONALE D'INGENIERIE DES CELLULES SOUCHES PLURIPOTENTES(2011), ANR-11-INBS-0011,NeurATRIS,Infrastructure de Recherche Translationnelle pour les Biothérapies en Neurosciences(2011), ANR-13-SAMA-0006,SynDivAutism,Diversité Synaptique dans l'autisme(2013), ANR-10-LABX-0013,GENMED,Medical Genomics(2010), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), d'Eggis, Gilles, Infrastructures - INFRASTRUCTURE NATIONALE D'INGENIERIE DES CELLULES SOUCHES PLURIPOTENTES - - INGESTEM2011 - ANR-11-INBS-0009 - INBS - VALID, Infrastructures - Infrastructure de Recherche Translationnelle pour les Biothérapies en Neurosciences - - NeurATRIS2011 - ANR-11-INBS-0011 - INBS - VALID, Santé Mentale et Addictions - Diversité Synaptique dans l'autisme - - SynDivAutism2013 - ANR-13-SAMA-0006 - SAMENTA - VALID, Medical Genomics - - GENMED2010 - ANR-10-LABX-0013 - LABX - VALID, Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Robert Debré, CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de Génétique et Cytogénétique [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], University of Geneva [Switzerland], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris], ANR-11-INBS-0009/11-INBS-0009,INGESTEM,INFRASTRUCTURE NATIONALE D'INGENIERIE DES CELLULES SOUCHES PLURIPOTENTES(2011), ANR-11-INBS-0011/11-INBS-0011,NeurATRIS,Infrastructure de Recherche Translationnelle pour les Biothérapies en Neurosciences(2011), ANR: PREFI-10-LABX-13/10-LABX-0013,GENMED,Medical Genomics(2010), and Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Male, GAS, Global Assessment Scale, 0301 basic medicine, VPA, valproic acid, Autism Spectrum Disorder, Cellular differentiation, Autism, Human Embryonic Stem Cells, Drug repurposing, MESH: Neurons, lcsh:Medicine, hESC, human embryonic stem cells, Haploinsufficiency, Severity of Illness Index, RPM, Raven's progressive matrices, MESH: Nerve Tissue Proteins, MESH: Neuronal Plasticity, Induced pluripotent stem cell, SHANK3, Cells, Cultured, ASD, autism spectrum disorders, Neurons, ADOS, Autism Diagnosis Observational Scale, Genetics, MESH: Autism Spectrum Disorder, lcsh:R5-920, Neuronal Plasticity, PPVT, Peabody Picture Vocabulary Test, PSC, pluripotent stem cells, Cell Differentiation, General Medicine, Neural stem cell, 3. Good health, Drug repositioning, Phenotype, Autism spectrum disorder, MESH: Pluripotent Stem Cells, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], MESH: Haploinsufficiency, lcsh:Medicine (General), Research Paper, MESH: Cells, Cultured, Pluripotent Stem Cells, MESH: Cell Differentiation, [SDV.SP.MED] Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Medication, Nerve Tissue Proteins, ADHD, Attention Deficit Hyperactive Disorder, Lithium, SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3, MESH: Phenotype, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, iPSC, induced pluripotent stem cells, 03 medical and health sciences, [SDV.SP.MED]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Medication, High throughput screening, MESH: Severity of Illness Index, medicine, Humans, NSC, neural stem cells, RNA, Messenger, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], HTS, high throughput screening, MESH: RNA, Messenger, Valproate, MESH: Humans, MESH: Lithium, business.industry, Valproic Acid, MESH: Transcriptome, lcsh:R, MESH: Human Embryonic Stem Cells, medicine.disease, FDA, Food and Drug Administration, Embryonic stem cell, MESH: Male, DMSO, dimethylsulfoxyde, PPIA, Peptidylprolyl Isomerase A, 030104 developmental biology, SRS, Social Responsiveness Scale, Transcriptome, business, Neuroscience, MESH: Valproic Acid
Abstract: Autism spectrum disorders affect millions of individuals worldwide, but their heterogeneity complicates therapeutic intervention that is essentially symptomatic. A versatile yet relevant model to rationally screen among hundreds of therapeutic options would help improving clinical practice. Here we investigated whether neurons differentiated from pluripotent stem cells can provide such a tool using SHANK3 haploinsufficiency as a proof of principle. A library of compounds was screened for potential to increase SHANK3 mRNA content in neurons differentiated from control human embryonic stem cells. Using induced pluripotent stem cell technology, active compounds were then evaluated for efficacy in correcting dysfunctional networks of neurons differentiated from individuals with deleterious point mutations of SHANK3. Among 202 compounds tested, lithium and valproic acid showed the best efficacy at corrected SHANK3 haploinsufficiency associated phenotypes in cellulo. Lithium pharmacotherapy was subsequently provided to one patient and, after one year, an encouraging decrease in autism severity was observed. This demonstrated that pluripotent stem cell-derived neurons provide a novel cellular paradigm exploitable in the search for specific disease-modifying treatments., Highlights • Human neurons were used to screen for compounds correcting symptoms associated with SHANK3 haploinsufficiency syndrome. • Screening criteria were the ability to increase SHANK3 expression and to increase glutamatergic transmission. • Selected hit compounds were then validated using neurons differentiated from individuals with SHANK3 disrupting mutations. • Lithium was selected and delivered to one of SHANK3 patient showing encouraging positive clinical outcomes after one year. The clinical heterogeneity between individuals affected by autism makes it difficult to anticipate the effectiveness of a treatment. Furthermore, clinical practice lacks biological tools to help make such decisions. Here we use neurons, produced from pluripotent stem cells derived from patients affected by SHANK3 haploinsufficiency syndrome, to test the efficiency of therapeutic compounds. We screened the biological activity of more than 200 compounds on SHANK3 expression. Lithium was ultimately selected and delivered to one patient with a SHANK3-disruptive mutation. This resulted in a positive outcome, as determined by improved autistic core symptoms, thus supporting the usefulness of this type of predictive approach.
Published: 2016
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17. A case of fatal Type I congenital disorders of glycosylation (CDG I) associated with low dehydrodolichol diphosphate synthase (DHDDS) activity

Author: E. Mintet, S. Sabry, Nathalie Seta, Vassili Valayannopoulos, N. Dorison, Thierry Dupré, Delphine Héron, Cyril Mignot, Isabelle Chantret, Stuart E.H. Moore, M. Fasseu, Sandrine Vuillaumier-Barrot, Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Biochemical Genetics Department, Human Genetics Division, National Research Center (NRC), Hôpital Bichat - Claude Bernard, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), This work was partially supported by grant ERARE11-135 of the ERA-Netfor Research Programs on Rare Diseases Joint Transnational Call 2011(EURO-CDG), the European Union FP6-Coordination Action EUROGLYCANET(LSHM-CT-2005-512131), and institutional funding from Institut National de laSanté et de la Recherche Médical (INSERM). T, and BMC, BMC
Subjects: Male, 0301 basic medicine, Glycosylation, [SDV]Life Sciences [q-bio], Oligosaccharides, Mannose, medicine.disease_cause, Exon, chemistry.chemical_compound, Congenital Disorders of Glycosylation, 0302 clinical medicine, Dolichols, Genetics(clinical), Pharmacology (medical), RNA, Small Interfering, Genetics (clinical), Skin, Medicine(all), chemistry.chemical_classification, Mutation, Splice site mutation, medicine.diagnostic_test, Exons, Hep G2 Cells, General Medicine, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Retinitis pigmentosa, medicine.medical_specialty, Biology, Dolichol linked oligosaccharide, 03 medical and health sciences, Polysaccharides, Internal medicine, medicine, Humans, Glycoproteins, Alkyl and Aryl Transferases, Research, Infant, Newborn, medicine.disease, Molecular biology, 030104 developmental biology, Endocrinology, chemistry, Protein N-glycosylation, Skin biopsy, Chromatography, Thin Layer, Glycoprotein, 030217 neurology & neurosurgery, Endoplasmic reticulum
Abstract: Background Type I congenital disorders of glycosylation (CDG-I) are mostly complex multisystemic diseases associated with hypoglycosylated serum glycoproteins. A subgroup harbour mutations in genes necessary for the biosynthesis of the dolichol-linked oligosaccharide (DLO) precursor that is essential for protein N-glycosylation. Here, our objective was to identify the molecular origins of disease in such a CDG-Ix patient presenting with axial hypotonia, peripheral hypertonia, enlarged liver, micropenis, cryptorchidism and sensorineural deafness associated with hypo glycosylated serum glycoproteins. Results Targeted sequencing of DNA revealed a splice site mutation in intron 5 and a non-sense mutation in exon 4 of the dehydrodolichol diphosphate synthase gene (DHDDS). Skin biopsy fibroblasts derived from the patient revealed ~20 % residual DHDDS mRNA, ~35 % residual DHDDS activity, reduced dolichol-phosphate, truncated DLO and N-glycans, and an increased ratio of [2-3H]mannose labeled glycoprotein to [2-3H]mannose labeled DLO. Predicted truncated DHDDS transcripts did not complement rer2-deficient yeast. SiRNA-mediated down-regulation of DHDDS in human hepatocellular carcinoma HepG2 cells largely mirrored the biochemical phenotype of cells from the patient. The patient also harboured the homozygous ALG6(F304S) variant, which does not cause CDG but has been reported to be more frequent in PMM2-CDG patients with severe/fatal disease than in those with moderate presentations. WES did not reveal other strong candidate causal genes. Conclusions We describe a patient presenting with severe multisystem disease associated with DHDDS deficiency. As retinitis pigmentosa is the only clinical sign in previously reported cases, this report broadens the spectrum of phenotypes associated with this condition.
Published: 2016
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18. Delineating the GRIN1 phenotypic spectrum: a distinct genetic NMDA receptor encephalopathy

Author: Keri Ramsey, Dennis J. Dlugos, Bodo Laube, Carolien G.F. de Kovel, Deborah Bartholdi, Carla Mendonça, Marine Lebrun, Doriana Misceo, Johannes R. Lemke, Christeen Ramane J. Pedurupillay, Vinodh Narayanan, Petter Strømme, Thomas Dorn, Carolina Courage, Ingo Helbig, Peter De Jonghe, Joaquim Sa, Jacques L. Michaud, Heinrich Vogt, Deepa S. Rajan, Peter Nürnberg, Emilia K. Bijlsma, Vikas Bhambhani, Claudia A. L. Ruivenkamp, Sarah Weckhuysen, Steffen Syrbe, Newell Belnap, Bobby P. C. Koeleman, Isabelle Schrauwen, Catherine Badens, Amélie Piton, Delphine Héron, Amy Goldstein, Gerhard Kurlemann, Dennis Lal, Bernd A. Neubauer, Holger Thiele, Tiffany Busa, Georgianne L. Arnold, Emily S. Doherty, Julia Hentschel, Saskia Biskup, Mariëtte J.V. Hoffer, Helle Hjalgrim, Henrike O. Heyne, Christel Depienne, Ryan Richholt, Christine Francannet, Caroline Nava, Rikke S. Møller, Erik Riesch, Eirik Frengen, Kirsten Geider, Katherine L. Helbig, Mathieu Milh, Hannah Schütz, Katia Hardies, Linda De Meirleir, University of Calgary, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Medical Genetics Laboratory, Cologne Center for Genomics, University of Cologne, Department of Neuropediatrics, Center for Molecular Medicine Cologne, Cologne Excellence Cluster on Cellular Stress Responses in Aging-Associated Diseases, Institute of Medical Genetics, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Children's Hospital of Pittsburgh, Department of Molecular and Developmental Genetics (VIB11), Flanders institute of biotechnology, Institute Born-Bunge, University of Antwerp (UA), Antwerp University Hospital [Edegem] (UZA), Neurogenetics Group, Pediatric neurology- metabolic diseases, UZ Brussel, Service de pédiatrie et neurologie pédiatrique, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Génétique Médicale et Génomique Fonctionnelle (GMGF), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département de génétique médicale [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de référence maladie rare Thalassémie, Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Service de Génétique Clinique Chromosomique et Moléculaire, Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Génétique Médicale, CHU Clermont-Ferrand-CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand, Laboratoire de Génétique Moléculaire [CHRU Strasbourg], CHRU Strasbourg, Department of Neurodegenerative Diseases, Eberhard Karls Universität Tübingen = Eberhard Karls University of Tuebingen, Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP ), Service de génétique, cytogénétique, embryologie [Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de Génétique Cytogénétique et Embryologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Cologne Center for Genomics (CCG), University of Cologne, Centre de référence des épilepsies rares [CHU Pitié-Salpêtrière], Unité fonctionnelle d'épilepsie [CHU Pitié-Salpêtrière], Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière], IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière], CHU Saint-Etienne, Reproduction and Genetics, Neurogenetics, Clinical sciences, Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière]
Subjects: 0301 basic medicine, Movement disorders, Clinical Neurology, Intellectual disability, Diseases, Consanguinity, Biology, medicine.disease_cause, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Subunits, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], medicine, Journal Article, Aphasia, Missense mutation, Genetics, Mutation, Diversity, Disorders, Cortical blindness, GRIN1, Focal epilepsy, Binding, medicine.disease, Phenotype, 3. Good health, 030104 developmental biology, biology.protein, Neurology (clinical), Human medicine, medicine.symptom, De-novo mutations, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Objective:To determine the phenotypic spectrum caused by mutations in GRIN1 encoding the NMDA receptor subunit GluN1 and to investigate their underlying functional pathophysiology.Methods:We collected molecular and clinical data from several diagnostic and research cohorts. Functional consequences of GRIN1 mutations were investigated in Xenopus laevis oocytes.Results:We identified heterozygous de novo GRIN1 mutations in 14 individuals and reviewed the phenotypes of all 9 previously reported patients. These 23 individuals presented with a distinct phenotype of profound developmental delay, severe intellectual disability with absent speech, muscular hypotonia, hyperkinetic movement disorder, oculogyric crises, cortical blindness, generalized cerebral atrophy, and epilepsy. Mutations cluster within transmembrane segments and result in loss of channel function of varying severity with a dominant-negative effect. In addition, we describe 2 homozygous GRIN1 mutations (1 missense, 1 truncation), each segregating with severe neurodevelopmental phenotypes in consanguineous families.Conclusions:De novo GRIN1 mutations are associated with severe intellectual disability with cortical visual impairment as well as oculomotor and movement disorders being discriminating phenotypic features. Loss of NMDA receptor function appears to be the underlying disease mechanism. The identification of both heterozygous and homozygous mutations blurs the borders of dominant and recessive inheritance of GRIN1-associated disorders. Johannes R. Lemke (32EP30_136042/1) and Peter De Jonghe (G.A.136.11.N and FWO/ESF-ECRP) received financial support within the EuroEPINOMICS-RES network (www.euroepinomics.org) within the Eurocores framework of the European Science Foundation (ESF). Saskia Biskup and Henrike Heyne received financial support from the German Federal Ministry for Education and Research (BMBF IonNeurONet: 01 GM1105A and FKZ: 01EO1501). Katia Hardies is a PhD fellow of the Institute for Science and Technology (IWT) Flanders. Ingo Helbig was supported by intramural funds of the University of Kiel, by a grant from the German Research Foundation (HE5415/3-1) within the EuroEPINOMICS framework of the European Science Foundation, and additional grants of the German Research Foundation (DFG, HE5415/5-1, HE 5415/6-1), German Ministry for Education and Research (01DH12033, MAR 10/012), and grant by the German chapter of the International League against Epilepsy (DGfE). The project also received infrastructural support through the Institute of Clinical Molecular Biology in Kiel, supported in part by DFG Cluster of Excellence "Inflammation at Interfaces" and "Future Ocean." The project was also supported by the popgen 2.0 network (P2N) through a grant from the German Ministry for Education and Research (01EY1103) and by the International Coordination Action (ICA) grant G0E8614N. Christel Depienne, Caroline Nava, and Delphine Heron received financial support for exome analyses by the Centre National de Genotypage (CNG, Evry, France).
Published: 2016
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19. Genetic and neurodevelopmental spectrum of SYNGAP1-associated intellectual disability and epilepsy

Author: Mignot, C., von Stulpnage, C., Nava, C., Ville, D., Sanlaville, D., Lesca, G., Rastetter, A., Gachet, B., Marie, Y., Korenke, G. C., Borggraefe, I., Hoffmann-Zacharska, D., Szczepanik, E., Rudzka-Dybala, M., Uluc, Yis, Caglayan, H., Isapof, A., Marey, I., Panagiotakaki, E., Korff, C., Rossier, E., Riess, A., Beck-Woedl, S., Rauch, A., Zweier, C., Hoyer, J., Reis, A., Mironov, M., Bobylova, M., Mukhin, K., Hernandez-Hernandez, L., Maher, B., Sisodiya, S., Kuhn, M., Glaeser, D., Wechuysen, S., Myers, C. T., Mefford, H. C., Hortnagel, K., Biskup, S., Lemke, J. R., Heron, D., Kluger, G., Depienne, C., Craiu, D., De Jonghe, P., Helbig, I., Guerrini, R., Lehesjoki, A. -E., Marini, C., Muhle, H., Moller, R. S., Neubauer, B., Pal, D., Selmer, K., Stephani, U., Sterbova, K., Striano, P., Talvik, T., von Spiczak, S., Service de génétique, cytogénétique, embryologie [Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Paracelsus Medizinische Privatuniversität = Paracelsus Medical University (PMU), Hospital for Neuropediatrics and Neurological Rehabilitation, Epilepsy Center for Children and Adolescents, Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Neurologie Pédiatrique [CHU Lyon], Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Génétique [HCL Groupement Hospitalier Est], Groupement hospitalier Lyon-Est, Université de Lyon, Klinikum Oldenburg [Oldenburg], Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin, Dpt of Pediatric Neurology and Developmental Medicine and Epilepsy Center [Munich], University of Munich, Department of Medical Genetics, Institute of Mother and Child, Division of Child Neurology, Dokuz Eylül Üniversitesi = Dokuz Eylül University [Izmir] (DEÜ), Dpt of Molecular Biology and Genetics Istanbul, Boǧaziçi üniversitesi = Boğaziçi University [Istanbul], Service de Neuropédiatrie [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Epilepsie, sommeil et explorations fonctionnelles neuropédiatriques, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Femme Mère Enfant, Dpt de l'Enfant et de l'Adolescent, Neuropédiatrie [Genève], Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), Institute of Human Genetics [Tuebingen], University of Tuebingen, Institute of Medical Genetics and Applied Genomics [Tübingen], University of Tübingen, Institute of Medical Genetics, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Institute of Human Genetics [Erlangen, Allemagne], Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Svt. Luka's Institute of Child Neurology and Epilepsy, Department of Clinical and Experimental Epilepsy, University College of London [London] (UCL), Genetikum, Neurogenetics Group, Division of Genetic Medicine [Seattle], University of Washington [Seattle], CeGaT GmbH, Institut für Humangenetik, Universität Heidelberg [Heidelberg], Mignot, Cyril, von Stülpnagel, Celina, Korff, Christian, EuroEPINOMICS-RES MAE Working Grp, HAL-UPMC, Gestionnaire, Service de génétique, cytogénétique, embryologie [CHU Pitié-Salpétrière], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Groupement Hospitalier Lyon-Est (GHE), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Boğaziçi University [Istanbul], CHU Trousseau [APHP], and Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University
Subjects: 0301 basic medicine, Pediatrics, medicine.medical_specialty, Encephalopathy, Myoclonic Jerk, SYNGAP1, 03 medical and health sciences, Epilepsy, 0302 clinical medicine, fluids and secretions, Medizinische Fakultät, Intellectual disability, mental disorders, Genetics, medicine, ddc:610, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Exome, Genetics (clinical), reproductive and urinary physiology, ddc:618, business.industry, medicine.disease, Hypotonia, 3. Good health, 030104 developmental biology, Autism, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Human medicine, medicine.symptom, business, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Mae Euroepinomics-Res Mae; International audience; Objective We aimed to delineate the neurodevelopmental spectrum associated with SYNGAP1 mutations and to investigate genotype–phenotype correlations.Methods We sequenced the exome or screened the exons of SYNGAP1 in a total of 251 patients with neurodevelopmental disorders. Molecular and clinical data from patients with SYNGAP1 mutations from other centres were also collected, focusing on developmental aspects and the associated epilepsy phenotype. A review of SYNGAP1 mutations published in the literature was also performed.Results We describe 17 unrelated affected individuals carrying 13 different novel loss-of-function SYNGAP1 mutations. Developmental delay was the first manifestation of SYNGAP1-related encephalopathy; intellectual disability became progressively obvious and was associated with autistic behaviours in eight patients. Hypotonia and unstable gait were frequent associated neurological features. With the exception of one patient who experienced a single seizure, all patients had epilepsy, characterised by falls or head drops due to atonic or myoclonic seizures, (myoclonic) absences and/or eyelid myoclonia. Triggers of seizures were frequent (n=7). Seizures were pharmacoresistant in half of the patients. The severity of the epilepsy did not correlate with the presence of autistic features or with the severity of cognitive impairment. Mutations were distributed throughout the gene, but spared spliced 3′ and 5′ exons. Seizures in patients with mutations in exons 4–5 were more pharmacoresponsive than in patients with mutations in exons 8–15.Conclusions SYNGAP1 encephalopathy is characterised by early neurodevelopmental delay typically preceding the onset of a relatively recognisable epilepsy comprising generalised seizures (absences, myoclonic jerks) and frequent triggers.
Published: 2016
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20. Stratégie d'exploration d'une déficience intellectuelle inexpliquée

Author: Verloes, Alain, Heron, Delphine, Billette de Villemeur, T, Afenjar, Alexandra, Bahi-Buisson, N., Baumann, Cédric, Charles, P., Faudet, A., Jacquette, A., Mignot, Cyril, Moutard, Ml, Passemard, S., Rio, M., Robel, L., Rougeot, C., Ville, Dorothée, Burglen, L., Des Portes, Vincent, Physiopathologie et neuroprotection des atteintes du cerveau en développement, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique Médicale et Génomique Fonctionnelle (GMGF), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Laboratoire sur le langage, le cerveau et la cognition (L2C2), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon
Subjects: [SCCO.NEUR]Cognitive science/Neuroscience
Abstract: International audience; Developmental disability/mental retardation is a major public health problem and a common cause of consultation in pediatrics, neuropediatrics, and genetics. Etiologies of mental retardation are highly heterogeneous. Diagnostic strategies have been explored in a small number of consensus publications, essentially from English-speaking countries. In these publications, the utility of the conventional karyotype, fragile X screening, metabolic workup, and brain imaging were discussed. Recently, investigations in mental disabilities have been dramatically modified by molecular cytogenetics and the emergence of new metabolic pathologies. Based on the published experiments, the Reference centers for rare disease network "mental deficiencies with rare causes" elaborated an updated protocol for the investigation of nonsyndromal mental disability that takes into account recent innovations in genetics and genomics. Whenever local facilities make it possible, we recommend array CGH investigation as the first step or, when CGH is not available, a combination of classic karyotype with systematic screening of telomeric and interstitial rearrangements by MLPA, fragile X screening in both sexes, and a reorientation of metabolic screening toward certain diseases that have recently been described: congenital disorders of glycosylation (CDG), thyroid hormone carrier deficiency, and creatine metabolism deficiency. We recommend MRI imaging only if head size is abnormal, if neurological examination is abnormal, or regression occurs if walking is not achieved by 2 years, or if development is severely delayed.
Published: 2012

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20 results on '"Groupe de Recherche Clinique : Déficience Intellectuelle et Autisme (GRC)"'

1. Application of whole-exome sequencing to unravel the molecular basis of undiagnosed syndromic congenital neutropenia with intellectual disability

2. Mutations in DCC cause isolated agenesis of the corpus callosum with incomplete penetrance

3. Genetic and phenotypic dissection of 1q43q44 microdeletion syndrome and neurodevelopmental phenotypes associated with mutations in ZBTB18 and HNRNPU

4. 9q33.3q34.11 microdeletion: new contiguous gene syndrome encompassing STXBP1, LMX1B and ENG genes assessed using reverse phenotyping

5. Genetic counselling difficulties and ethical implications of incidental findings from array-CGH: A 7-year national survey

6. Clinical reappraisal of SHORT syndrome with PIK3R1 mutations: toward recommendation for molecular testing and management

7. Hypomorphic variants of cationic amino acid transporter 3 in males with autism spectrum disorders

8. Phenotypic variability in ARCA2 and identification of a core ataxic phenotype with slow progression

9. Mutations in the KIF21B kinesin gene cause neurodevelopmental disorders through imbalanced canonical motor activity

10. PAK3 mutations responsible for severe intellectual disability and callosal agenesis inhibit cell migration

11. Heterozygous Variants in KMT2E Cause a Spectrum of Neurodevelopmental Disorders and Epilepsy

12. GRIN2A-related disorders : genotype and functional consequence predict phenotype

13. Chromosome 14q32.2 Imprinted Region Disruption as an Alternative Molecular Diagnosis of Silver-Russell Syndrome

14. Chromosomal rearrangements in the 11p15 imprinted region: 17 new 11p15.5 duplications with associated phenotypes and putative functional consequences

15. Copy Number Variations Found in Patients with a Corpus Callosum Abnormality and Intellectual Disability

16. Human Pluripotent Stem Cell-derived Cortical Neurons for High Throughput Medication Screening in Autism: A Proof of Concept Study in SHANK3 Haploinsufficiency Syndrome

17. A case of fatal Type I congenital disorders of glycosylation (CDG I) associated with low dehydrodolichol diphosphate synthase (DHDDS) activity

18. Delineating the GRIN1 phenotypic spectrum: a distinct genetic NMDA receptor encephalopathy

19. Genetic and neurodevelopmental spectrum of SYNGAP1-associated intellectual disability and epilepsy

20. Stratégie d'exploration d'une déficience intellectuelle inexpliquée

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