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Additional file 18. Review history.

Additional file 2: Supplementary figures. Fig. S1. Additional QC data for BZR1-YFP and HASCh-seq. Fig. S2. Multiple sequence alignment of BZR1 DNA-binding domain. Fig. S3. IP-Input allelic bias control for HASCh-seq. Fig. S4. ASBs of ZmBZR1 overrepresentation at enhancer sites. Fig. S5. Differential NBL resistance of B73 and Mo17 in response to BR inhibitor PPZ treatment. Fig. S6. ASBs overlapping with complex differences in ZmBZR1 binding pattern. Fig. S7. ASBs and bgSNPs share similar minor allele frequency.

Additional file 3. Review history.

Additional file 1: Supplementary figures of mapping responsive genomic elements to heat stress in a maize diversity panel. Fig S1-S9 include additional information of data quality evaluation, methods and associated results.

Supplement contains additional analyses, Supplementary Figures (S1-10) and Supplementary Tables S1-3

In geotechnical laboratories, complicated geometries have frequently to be surveyed and the surfaces of the test materials, such as soils or geosynthetics, are often hard to handle within the experiments. Compressions, strains, distortions, stresses and failures (for example, cracks) must be identified. Highly accurate measurements of two- and three-dimensional deformations can be performed using photogrammetric systems. Digital close range photogrammetry offers the possibility of capturing three-dimensional points to sub-millimetre accuracy. Because this is a non-contact measurement technology and large point clusters can be captured simultaneously, the method is well suited for geotechnical laboratory applications. Nowadays, digital cameras are well developed, such that even low-budget consumer cameras can be used for surveying tasks with high accuracy requirements. In this context, complex measurements in geotechnical experiments, such as the three-dimensional determination of strains in dynamic systems where several cameras may be needed, can be performed at very low cost. In the authors’ opinion, low-budget solutions include the use of hardware and software which is already accessible. If the available photogrammetric network does not meet the requirements of the planned task, individual adaptation of this network may still be more cost-effective than purchasing a specialised product. This paper covers a variety of applications using low-budget digital photogrammetric solutions in geotechnical laboratories and emphasises two recent projects at the University of Rostock. Resume Dans les laboratoires de geotechnique, des geometries complexes doivent souvent etre mesurees et les surfaces des materiaux etudies, comme les sols ou les geosynthetiques, sont difficiles a manipuler lors d’experiences. Des compressions, des deformations, des distorsions, des tensions et des ruptures (fissures par exemple) peuvent etre identifiees. Des mesures tres precises de deformations en deux ou trois dimensions peuvent etre effectuees au moyen de systemes photogrammetriques. La photogrammetrie numerique rapprochee offre la possibilite de localiser des points en trois dimensions avec une precision inferieure au millimetre. Parce que la methode de mesure s’effectue sans contact et que de grands nombres de points peuvent etre mesures simultanement, la methode est tout a fait adaptee aux applications d’un laboratoire de geotechnique. De nos jours, les appareils photo numeriques se sont bien developpes, au point que meme des cameras amateurs bon marche peuvent maintenant etre utilisees pour des mesures a haute precision. Dans ce contexte, des mesures complexes peuvent etre effectuees a bas cout lors d’experiences geotechniques, comme la determination tridimensionnelle de contraintes dans des systemes dynamiques, qui necessite parfois plusieurs appareils photo. Selon les auteurs, les solutions bon marche comprennent l’utilisation de materiels et de logiciels accessibles. Si le reseau photogrammetrique disponible ne repond pas aux exigences de la tâche prevue, une adaptation specifique de cet equipement peut s’averer plus rentable que d’investir dans un produit specialise. Cet article presente une diversite d’applications utilisant des solutions photogrammetriques numeriques bon marche dans des laboratoires de geotechnique, dont deux projets recents de l’universite de Rostock. Zusammenfassung In Geotechniklaboren mussen haufig komplizierte Geometrien vermessen werden und die Oberflachen der untersuchten Materialien wie Erdstoffe oder Geokunststoffe sind versuchstechnisch oft schwierig zu handhaben. Zumeist sind Kompressionen, Dehnungen, Verzerrungen, Spannungen und der Versagenseintritt (z.B. Rissbildung) zu ermitteln. Zur hochgenauen Messung dieser zwei- und dreidimensionalen Verformungen konnen photogrammetrische Messverfahren eingesetzt werden. Die digitale Nahbereichsphotogrammetrie bietet die Moglichkeit, dreidimensionale Punkte mit Genauigkeiten im Submillimeterbereich zu erfassen. Da die Messmethode beruhrungslos arbeitet und mit ihr grose Punktwolken simultan erfasst werden konnen, ist sie sehr gut im Geotechniklabor einsetzbar. Inzwischen ist die Entwicklung von Digitalkameras so weit ausgereift, dass schon preiswerte Amateurmodelle fur hochgenaue Vermessungszwecke eingesetzt werden konnen. Damit konnen auch sehr aufwandige Vermessungsaufgaben in geotechnischen Experimenten, wie die dreidimensionale Ermittlung von Dehnungen in dynamischen Systemen, fur die ggf. eine Vielzahl an Kameras benotigt wird, kostengunstig durchgefuhrt werden. Unter dem Begriff “low-budget” wird hier auch die Verwendung von Hard- und Software verstanden, die bereits vorhanden sind. Falls das vorhandene Photogrammetriesystem die Anforderungen an das Messsystem nicht erfullt, kann eine individuelle Anpassung desselben kostengunstiger sein als die Beschaffung einer speziellen Losung. Dieser Artikel stellt die Anwendung von preisgunstiger digitaler Nahbereichsphotogrammetrie in der geotechnischen Laborpraxis anhand mehrerer Beispiele dar, wobei das Hauptaugenmerk auf zwei aktuelle Projekte gerichtet wird, die an der Universitat Rostock durchgefuhrt wurden. Resumen Los laboratorios geotecnicos se enfrentan habitualmente a la tarea de medir superficies de geometria compleja de materiales tales como suelos naturales o sinteticos que no son facilmente manejables en los ensayos. La tarea consiste en la identificacion de compresiones, deformaciones, tensiones, distorsiones y fallos tales como fracturas. Un sistema fotogrametrico permite realizar medidas de deformacion en dos y tres dimensiones con una elevada exactitud, de modo que la fotogrametria digital de objeto cercano permite capturar puntos tridimensionales con exactitud submilimetrica. El metodo se adapta bien al trabajo de un laboratorio geotecnico dado que se trata de una tecnologia de medida a distancia que captura simultaneamente voluminosos conjuntos de puntos. El actual desarrollo tecnologico de las camaras digitales hace que incluso las camaras de uso comun se puedan utilizar para levantamientos que demandan una elevada exactitud. En este contexto, se pueden realizar a muy bajo coste medidas geotecnicas complejas tales como la determinacion de tensiones tridimensionales en sistemas dinamicos en donde puede ser necesario emplear varias camaras. En opinion de los autores, las soluciones baratas se basan en la utilizacion de programas y equipos facilmente disponibles. Si la red fotogrametrica disponible no reune los requisitos especificados, la adaptacion de la misma puede ser mas asequible que la compra de un producto especifico. Este articulo describe un conjunto de aplicaciones y soluciones fotogrametricas digitales de bajo coste que se utilizan en laboratorios geotecnicos y detalla dos proyectos recientes realizados en la Universidad de Rostock.