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1. Genetic parameters of resistance to pasteurellosis using novel response traits in rabbits

Author

Frédéric Lantier, Emmanuelle Helloin, Mélanie Gunia, Mickaël Maupin, Elodie Balmisse, Edouard Guitton, Merina Shrestha, Guillaume Lenoir, Raphaël Robert, Hervé Garreau, Ingrid David, Bertrand Bed'Hom, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hycole Sarl, Hypharm, This work was funded by Institut Carnot Santé Animal 2015, by Eurolap, Hycole, and Hypharm breeding companies, and by the French inter professional rabbit meat committee CLIPP. The research leading to these results also received funding from the People Programme (Marie Curie Actions) of the European Union’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under REA grant agreement n° PCOFUND-GA-2013-609102, through the PRESTIGE program coordinated by Campus France., Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain, Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Hycole SARL

Subjects
0301 basic medicine, Male, Veterinary medicine, Breeding program, Genotype, lcsh:QH426-470, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Pasteurella Infections, Rabbit, Weaning, Biology, Quantitative trait locus, Breeding, Genetic correlation, 03 medical and health sciences, Quantitative Trait, Heritable, Genetic variation, medicine, Genetics, Animals, education, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Disease Resistance, lcsh:SF1-1100, 2. Zero hunger, education.field_of_study, Sire, Body Weight, 0402 animal and dairy science, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Heritability, Genetic parameters, medicine.disease, 040201 dairy & animal science, Pasteurellosis, 3. Good health, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, lcsh:Genetics, 030104 developmental biology, Phenotype, Animal Science and Zoology, Female, Pasteurella, Rabbits, lcsh:Animal culture, Research Article
Abstract

Background Pasteurellosis (Pasteurella infection) is one of the most common bacterial infections in rabbits on commercial farms and in laboratory facilities. Curative treatments using antibiotics are only partly efficient, with frequent relapses. Breeding rabbits for improved genetic resistance to pasteurellosis is a sustainable alternative approach. In this study, we infected 964 crossbred rabbits from six sire lines experimentally with Pasteurella multocida. After post-mortem examination and bacteriological analyses, abscess, bacteria, and resistance scores were derived for each rabbit based on the extent of lesions and bacterial dissemination in the body. This is the first study to use such an experimental design and response traits to measure resistance to pasteurellosis in a rabbit population. We investigated the genetic variation of these traits in order to identify potential selection criteria. We also estimated genetic correlations of resistance to pasteurellosis in the experimental population with traits that are under selection in the breeding populations (number of kits born alive and weaning weight). Results Heritability estimates for the novel response traits, abscess, bacteria, and resistance scores, ranged from 0.08 (± 0.05) to 0.16 (± 0.06). The resistance score showed very strong negative genetic correlation estimates with abscess (− 0.99 ± 0.05) and bacteria scores (− 0.98 ± 0.07). A very high positive genetic correlation of 0.99 ± 0.16 was estimated between abscess and bacteria scores. Estimates of genetic correlations of the resistance score with average daily gain traits for the first and second week after inoculation were 0.98 (± 0.06) and 0.70 (± 0.14), respectively. Estimates of genetic correlations of the disease-related traits with average daily gain pre-inoculation were favorable but with high standard errors. Estimates of genetic and phenotypic correlations of the disease-related traits with commercial selection traits were not significantly different from zero. Conclusions Disease response traits are heritable and are highly correlated with each other, but do not show any significant genetic correlations with commercial selection traits. Thus, the prevalence of pasteurellosis could be decreased by selecting more resistant rabbits on any one of the disease response traits with a limited impact on the selection traits, which would allow implementation of a breeding program to improve resistance to pasteurellosis in rabbits.

Published
2020
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2. Induced pluripotent stem cells derived from rabbits exhibit some characteristics of naïve pluripotency

Author

Barbara Schmaltz-Panneau, Martine Yerle, Pierre Savatier, Suzy Markossian, Thierry Joly, Yann Tapponnier, Hervé Acloque, Elen Gócza, Agnieszka Bernat, Luc Jouneau, Pierre Osteil, Cédric Cabau, Véronique Duranthon, Thierry Blachère, Marielle Afanassieff, Zsuzsanna Bosze, Murielle Godet, Sullivan Hidot, Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute ( SBRI ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Biologie du Développement et Reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Recherches Avicoles ( SRA ), Interactions Cellules Environnement ( UR ICE ), VetAgro Sup ( VAS ), Institute of Animal Biotechnology, Agricultural Biotechnology Center, Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Agence Nationale de la Recherche' (ANR) (project PLURABBIT no. PCS-09-GEM-08), European Cooperation in Science and Technology (COST) Action (Rabbit Genome Biology (RGB)-Net no. TD1101), the HyPharm Company (PhD Grant INRA/ HyPharm no. 04012010) and the 'region Rhone-Alpes' (ADR CIBLE 2010 project no. R10065CC). This work was performed within the framework of (i) the LABEX DEVWECAN (ANR-10- LABX-0061) and the LABEX CORTEX (ANR-11-LABX-0042) of Universite de Lyon ('Investissements d'Avenir' no. ANR-11-IDEX- 0007), (ii) the Institute CESAME ('Investissements d'Avenir' no. ANR-10-IBHU-003) and (iii) the 'Infrastructure Nationale en Biologie et Sante ́ ' INGESTEM ('Investissements d'Avenir' no. ANR-11-INBS-0009), Institut cellule souche et cerveau (U846 Inserm - UCBL1), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biologie du développement et reproduction (BDR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Cellules Environnement - UR (ICE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute (SBRI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Recherches Avicoles (SRA), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
cellule souche embryonnaire, induced pluripotent stem cell, expression génique, QH301-705.5, Somatic cell, méthylation de l'adn, Science, Biology, Fibroblast growth factor, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, cellule souche pluripotente, rabbit model, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, animal modèle, Inner cell mass, lapin, [ SDV.BDD ] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Biology (General), Induced pluripotent stem cell, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Biologie du développement, preimplantation, Cell cycle, rt pcr quantitative, pluripotency, Embryonic stem cell, Development Biology, embryonic stem cell, cycle cellulaire, Cell biology, Cell culture, caryotype, embryon, Immunology, cell cycle, General Agricultural and Biological Sciences, Reprogramming, hybridation, 030217 neurology & neurosurgery, Research Article
Abstract

Summary Not much is known about the molecular and functional features of pluripotent stem cells (PSCs) in rabbits. To address this, we derived and characterized 2 types of rabbit PSCs from the same breed of New Zealand White rabbits: 4 lines of embryonic stem cells (rbESCs), and 3 lines of induced PSCs (rbiPSCs) that were obtained by reprogramming adult skin fibroblasts. All cell lines required fibroblast growth factor 2 for their growth and proliferation. All rbESC lines showed molecular and functional properties typically associated with primed pluripotency. The cell cycle of rbESCs had a prolonged G1 phase and a DNA damage checkpoint before entry into the S phase, which are the 2 features typically associated with the somatic cell cycle. In contrast, the rbiPSC lines exhibited some characteristics of naïve pluripotency, including resistance to single-cell dissociation by trypsin, robust activity of the distal enhancer of the mouse Oct4 gene, and expression of naïve pluripotency-specific genes, as defined in rodents. According to gene expression profiles, rbiPSCs were closer to the rabbit inner cell mass (ICM) than rbESCs. Furthermore, rbiPSCs were capable of colonizing the ICM after aggregation with morulas. Therefore, we propose that rbiPSCs self-renew in an intermediate state between naïve and primed pluripotency, which represents a key step toward the generation of bona fide naïve PSC lines in rabbits.

Published
2013
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3. Pasteurella multocida experimental infection 1): resistance and hematological response

Author

Gunia, Mélanie, Lantier, Frédéric, Bed’Hom, Bertrand, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Helloin, Emmanuelle, Herbert, Caroline, Maupin, Mickaël, Riou, Mickaël, Robert, Raphaël, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hycole Sarl, Hypharm, and Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
resistance, blood cell counts, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, hematology, rabbit, Pasteurellosis
Abstract

International audience; Pasteurellosis is the first cause of female mortality in rabbit farms. During the RELAPA project (Genomics for the Genetic Resistance of Rabbits to Pasteurellosis), 953 rabbits were inoculated at 6 weeks of age with a pyogenic strain of Pasteurella multocida (Pm) and were monitored during 14 days. Disease response was very variable among animals, with 7% of resistant animals and 11% of highly susceptible rabbits. Blood cell counts were performed at day 14 after inoculation on 574 inoculated and 28 control rabbits. Significant differences in white blood cell, red blood cell, and platelet counts were observed according to the disease resistance score. Susceptible rabbits have a lower red blood cell count, probably due to the hemolytic and hemorrhagic activity of Pm. They also have a higher percentage of monocytes, neutrophils and eosinophils (mainly involved in the innate immune system and inflammatory responses) and, conversely, a lower percentage of lymphocytes (mainly involved in the adaptive immune response) compared to highly resistant and control rabbits. They do not seem able to mount an effective immune response to control the infection.

Published
2021

4. Pasteurella multocida experimental infection (2): genetic parameters

Author

Gunia, Mélanie, Lantier, Frédéric, Bed’Hom, Bertrand, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Helloin, Emmanuelle, Herbert, Caroline, Maupin, Mickaël, Riou, Mickaël, Robert, Raphaël, Shrestha, Merina, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hycole Sarl, Hypharm, and Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
resistance, blood cell counts, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, hematology, rabbit, Pasteurellosis
Abstract

International audience; In this study, we experimentally infected 953 crossbred rabbits from 6 sire lines with Pasteurella multocida, and diagnosed their response to Pasteurellosis. We recorded abscess and bacterial dissemination, growth before and after inoculation, and performed blood cell counts 14 days post inoculation. The heritabilities were low to moderate for all traits, except for the eosinophils percentage, which does not seem to be heritable. There were positive genetic correlations between the Resistance score and the red blood cell count, the hematocrit, hemoglobin and lymphocyte percentages. On the opposite, there were negative genetic correlations between the Resistance score and the platelets, the white blood cells, the neutrophil and monocytes percentages. Among the hematological traits, lymphocyte percentage could be a potential selection criterion to breed for Pasteurellosis resistance. Its heritability was relatively high (0.24 ± 0.09) compared to the other traits and its correlation with the Resistance score was also high (0.83). This is the first analyses of the genetic parameters of hematological traits in experimentally infected rabbits.

Published
2021

5. Genetic trends in doe and kit behaviour and performances assessed with comparison of old and modern-type lines in a crossfostering design

Author

Girardie, Oceane, Robert, Raphaël, Maupin, Mickaël, Hurtaud, Jacques, Joly, Thierry, Ruesche, Julien, David, Ingrid, Garreau, Herve, Canario, Laurianne, Canario, Laurianne, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hypharm, and ISARA-Lyon

Subjects
[SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, doe, breeding, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, kit, [SDV.BA.ZV] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, genetic trends, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, boldness, maternal behavior
Abstract

International audience; The study focused on the estimation of genetic trends for behavior and performances of does and kits during lactation in parallel to 22 generations of selective breeding for litter size and kit growth. The direct effects from the kit (kit line) were separated from the maternal effects of the doe (doe line) with use of a crossfostering design between the old-type (L0) and the modern-type (L22) lines. Does were studied over the two first parities. They raised rabbits from a single kit line. None kit was raised by its biological mother. At d21, L22 females produced more milk than L0 females (250 g vs 206 g, p=0.0003) which resulted in a higher weight of the kits at d21 (378 g vs 340 g, p

Published
2021

6. Long-term effects of selection for prolificacy and kit growth on rabbit performance and behaviour

Author

Girardie, Oceane, Robert, Raphaël, Maupin, Mickaël, Hurtaud, Jacques, Joly, Pierre, Ruesche, Julien, David, Ingrid, Garreau, Herve, Canario, Laurianne, Canario, Laurianne, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hypharm, Agroécologie et Environnement (AGE), Isara, and European Association for Animal Production

Subjects
[SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.NEU.PC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Psychology and behavior, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.NEU.PC] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Psychology and behavior, Rabbit, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Animal behaviour, Lapin, Comportement animal, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

7. Génétique de la résistance à la pasteurellose chez le lapin

Author

Gunia, Mélanie, Shrestha, Merina, Bed'Hom, Bertrand, David, Ingrid, Guitton, Edouard, Helies, Virginie, Helloin, Emmanuelle, Hervet, Caroline, Maupin, Mickaël, Lantier, Frédéric, Garreau, Hervé, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Hycole Sarl, Hypharm, Institut Carnot, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
résistance aux maladies, pasteurellose, paramètres génétiques, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, lapin, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, génétique
Abstract

International audience

Published
2019

8. Relations entre la résistance à la pasteurellose après infection expérimentale et les caractères de croissance et de reproduction mesurés en élevage commercial

Author

Herve Garreau, Frederic Lantier, Edouard Guitton, Virginie Helies, Dominique Le Cren, Guillaume Lenoir, Mickaël Maupin, Raphaël Robert, Mélanie Gunia, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français (CLIPP), Hycole Sarl, Hypharm, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
[SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology
Abstract

National audience; La pasteurellose une maladie bactérienne parmi les plus répandues en élevage cunicole. Le projet RELAPA a pour objectif d’étudier le déterminisme de la résistance à la pasteurellose. Un total de 955 lapins de 6 semaines, issus de 28 mâles appartenant à 6 lignées commerciales, ont été inoculés avec une pasteurelle pyogène et 2 semaines plus tard une note de résistance de 0 à 4 leur a été attribuée après sacrifice. Ces notes ont servi à classer les 28 mâles en 2 groupes,14 résistants et 14 sensibles, d'après la note moyenne de résistance de leur descendance. Par ailleurs ces 28 mâles, dans des élevages commerciaux, ont engendré 5164 lapereaux contrôlés pour leur croissance et 884 femelles reproductrices qui ont elles-mêmes fourni 3568 portées contrôlées. Le seul caractère qui présentait une différence significative entre les descendants de 14 mâles résistants et de14 mâles sensibles était la fertilité, avec une différence de 7 points en faveur du groupe des mâles résistants. Les corrélations résiduelles entre la note de résistance et les caractères de production étaient toutes faibles et non significativement différentes de zéro. Les corrélations génétiques entre la résistance et les caractères pondéraux étaient positives mais non significativement différentes de zéro (0,32 ± 0,51 pour le poids au sevrage et 0,27 ±0,49 pour le poids final). Les corrélations génétiques entre la note de résistance moyenne et les caractères de reproduction étaient défavorables mais non significativement différentes de zéro (-0,43 ± 0,45, -0,68 ± 0,40, 0,70 ± 0,65 respectivement pour le nombre de nés totaux par portée, le nombre de nés vivants par portée et la mortinatalité). Ces valeurs de corrélations génétiques sont données pour information mais elles doivent être interprétées avec beaucoup de prudence car leur précision est très faible.

Published
2019

9. RELAPA project (genomics for rabbit genetic resistance to pasteurellosis): genetic parameters

Author

Shrestha, Merina, Garreau, Hervé, Balmisse, Elodie, Bed'Hom, Bertrand, David, Ingrid, Guitton, Edouard, Helloin, Emmanuelle, Lenoir, Guillaume, Maupin, Mickaël, Robert, Raphaël, Lantier, Frédéric, Gunia, Mélanie, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Services déconcentrés d'appui à la recherche Occitanie-Toulouse (SDAR Occitanie-Toulouse), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Hycole Sarl, and Hypharm

Subjects
pasteurellose, paramètres génétiques, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, lapin, génétique
Abstract

National audience; Cette étude est une première approche d’estimation de paramètres génétiques de résistance à la Pasteurellose par infection expérimentale à Pasteurella multocida d’une population de lapins croisés. De nouveaux caractères de résistance ont été étudiés : une note de dissémination des abcès enregistrée à l’autopsie, une note de présence ou absence de Pasteurella dans les organes et une note globale de résistance résumant les deux précédentes. Pour ces caractères, l’héritabilité varie de 0,09 (±0,05) à 0,16 (±0,06). L’héritabilité la plus importante a été estimée pour la note de résistance. Ces estimations suggèrent la contribution d’une composante génétique à la résistance à la pasteurellose. Les corrélations génétiques entre la note de résistance et les différentes mesures de croissance sont élevées et positives, de 0,70 (±0,14) à 0,98 (±0,06). Il serait donc possible de mettre en place une sélection sur la résistance à la Pasteurellose dans les schémas de sélection de lapins de chair français basée sur un de ces critères. Des études complémentaires doivent encore être conduites sur d’autres caractères de production et de de résistance à la Pasteurellose

Published
2019

10. Sélection génétique pour la résistance aux maladies : projets et avancées

Author

Mélanie Gunia, Merina Shrestha, Elodie Balmisse, Bertrand Bed'Hom, Stéphane Bertagnoli, Samuel Boucher, Sylvain Breton, Emilie Chambellon, Thierry Chaumeil, Fabien Coisne, Ingrid David, Jean-Jacques David, Edouard Guitton, Virginie Helies, Jacques Hurtaud, Florent Kempf, Isabelle Lantier, Sébastien Lavillate, Dominique Le Creu, Guillaume Lenoir, Bernadette Le Normand, Coralie Marais, Mickaël Maupin, Hervé Morin, Charles Poncet, Sébastien Pujol, Raphaël Robert, Christelle Rossignol, Julien Ruesche, Fanny Sarce, Colomba Thiebot, Emmanuelle Helloin, Frederic Lantier, Hervé Garreau, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Labovet Conseil, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Hycole Sarl, Hypharm, Clinical Innovation Proteomic Platform, Partenaires INRAE, VeLVet, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA), Filavie SAS, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Eurolap, Institut Carnot, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)

Subjects
sélection, génétique, résistance au maladie, bien être animal, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [INFO]Computer Science [cs], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

11. Genetic analysis for production and health traits in a commercial rabbit line

Author

Garreau, Hervé, Maupin, Mickaël, Hurtaud, Jacques, Gunia, Mélanie, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Hypharm

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], rabbit, selection, production, genetic
Abstract

International audience; Genetic parameters and trends were estimated for the selection criteria body weight at 70 days (BW70), carcass yield (CY) and resistance to infectious diseases (ID) in the paternal commercial rabbit line AGP59 of the Hypharm breeding company. The ID criteria is a binary trait based on presence (1) or absence (0) of clinical signs of diseases. This study included data recorded on 39,726 selection candidates and 5,372 slaughtered sibs between 2008 and 2016. All animals were weighed at 70 days. Clinical signs of disease were systematically recorded for all weighed animals and also for those which died between weaning and the end of the growing period. The sib-testing population is created at each weaning by collecting young rabbits in primiparous does litters. Their live body weight and carcass weight was recorded at 71 days of age and carcass yield was then estimated. Genetic parameters and genetic trends were estimated using REML and BLUP methodology. Heritability estimates were 0.28±0.02, 0.44±0.05 and 0.03±0.01 for BW70, CY and TI, respectively. Genetic correlations between the three traits were not significantly different from zero. Phenotypic correlations were also low, except for the negative value (i.e. favourable) between BW70 and ID (-0.42±0.05). The annual genetic gain, estimated in genetic standard deviation units (traits units) was 0.49 (92 g), 0.32 (0.38 points of carcass yield) and -0.12 (-0.004 points of diseased animal frequency) for BW70, CY and TI, respectively. The results demonstrate that selection for both production and health traits is possible.

Published
2018

12. Estimation of Genetic Parameters of Pasteurellosis Resistance in Crossbred Rabbits

Author

Shrestha, Merina, Garreau, Herve, Balmisse, Elodie, Bed'Hom, Bertrand, David, Ingrid, Fadeau, Alain, Guitton, Edouard, Helloin, Emmanuelle, Lenoir, Guillaume, Maupin, Mickaël, Robert, Raphaël, Lantier, Frédéric, Gunia, Mélanie, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, UE 1322 Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire de Touraine, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE - INRA UE 1277), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), Hycole SARL, Hypharm, Eurolap, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Génétique animale ( G.A. ) -Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage ( PHASE ) -Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain ( PECTOUL ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale ( PFIE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Hycole Sarl, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours

Subjects
résistance aux maladies, resistance to diseases, pasteurellose, disease resistance, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, pasteurellosis, rabbit, genetic variance, lapin, heritability, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, paramètre génétique, genetic correlation
Abstract

Participation de la PFIE1277 - PlateForme d'Infectiologie Expérimentale INRA Nouzilly; This study is a first approach to estimate genetic parameters of resistance to Pasteurellosis in an experimental crossbred rabbit population. Novel disease-related traits were the abscess dissemination score, collected post autopsy, a score related to the presence or absence of Pasteurella multocida in the organs, and resistance score. For disease-related traits, heritability estimates ranged from 0.09 (±0.05) to 0.14 (±0.05). Highest heritability wasestimated for the resistance trait. Results for heritability estimates suggest a contribution of a genetic component to Pasteurellosis resistance. Genetic correlations among disease-related traits were strongly positive. Genetic correlations between disease-related traits and average daily weight gain were strongly negative. These results support the implementation of a selection against Pasteurellosis in the French breeding programs for meat rabbits. Further investigations will be performed using additional disease-related and production traits.

Published
2018

13. Genetic parameters of resistance to non-specific diseases in rabbits in selection and challenging environments

Author

Gunia, Mélanie, David, Ingrid, Hurtaud, J., Maupin, M., Gilbert, Hélène, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Hypharm, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
rabbits, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], disease resistance, fungi, selection, bacteria, equipment and supplies, environment, complex mixtures, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract

Improving disease resistance is a key to improve animal welfare and reduce mortality. In our study, resistance to infectious diseases trait had a heritability of 0.05±0.01 in a selection environment and 0.10±0.02 in a challenging environment in rabbits. The genetic correlation between these two traits was 0.70±0.13, indicating a genotype by environment interaction. The genetic correlations of the resistance to infectious diseases (in a challenging or selection environment) with the number of born alive and weaning weight were favourable. Recording disease resistance in challenging environment on sibs of candidates to selection increased the genetic gain on this trait by 30% compared to using records in the selection nucleus only. Keywords: disease resistance, genetic parameters, rabbit, heritability, genetic by environment interaction

Published
2018

14. Paramètres génétiques de caractère de résistance aux maladies non-sépcifiques et de production mesurés dans un environnement challenge et de sélection; application aux lapins

Author

Mélanie, Gunia, Ingrid, David, Jacques, Hurtaud, Mickaël, Maupin, Hélène, Gilbert, Hervé, Garreau, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Hypharm

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], resistance to disease, lcsh:Genetics, lcsh:QH426-470, heritability, genetics, farming, rabbit, genetic parameters, genotype-environment interaction, Original Research, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract

International audience; Breeding for disease resistance is a challenging but increasingly necessary objective to overcome the issues with the reduced use of antibiotics and growing concern for animal welfare while limiting economic losses. However, implementing such strategies is a complex process because animals face numerous diseases, and the environments on selection farms differ from those on commercial farms. We evaluated whether selection for resistance to non-specific diseases based on a single visual record in selection (S) and challenging (Ch) environments is possible. Records from 23,773 purebred rabbits born between 2012 and 2016 were used in this study. After weaning (at 32 days of age), 17,712 rabbits were raised in the S environment and 6,061 sibs were raised in the Ch environment. Clinical signs of disease were recorded for all animals at the end of the test, at a single time point, at 70 or 80 days of age. The causes of mortality occurring before the end of the test were also recorded. Three disease traits were analyzed: signs of respiratory disease, signs of digestive disease, and a composite trait (Resist) taking into account signs of digestive, respiratory and various infectious diseases. This latter composite trait is proposed to capture the global resistance to disease. All disease traits were binary, with 0 being the absence of symptoms. Two production traits were also recorded: the number of kits born alive (4,121 litters) and the weaning weight (13,090 rabbits). Disease traits were analyzed with animal threshold models, assuming that traits are different in the two environments. Bivariate analyses were carried out using linear animal models. The heritabilities of the disease traits ranged from 0.04 ± 0.01 to 0.11 ± 0.03. The genetic correlations between disease traits in both environments were below unity (≤ 0.84), indicating genotype by environment interactions. Most of the genetic correlations between disease and production traits were not significantly different from zero, except between the weaning weight and Resist_S, with a favorable correlation of −0.34 ± 0.12. Given these genetic parameters, for the same level of exposure of rabbits to pathogens, the expected response to selection is a reduction of disease incidence of 4–6% per generation.

Published
2018
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15. Genetic analysis and selection in a commercial paternal line

Author

Garreau, Hervé, Maupin, Mickaël, Hurtaud, Jacques, Gunia, Mélanie, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Hypharm, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, héritabilité, [SDV]Life Sciences [q-bio], sélection, [INFO]Computer Science [cs], [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, production, lapin, [INFO] Computer Science [cs], génétique
Abstract

Genetic parameters and trends were estimated for the selection criteria weight at 70 days (P70), carcass yield (RC) and resistance to infectious diseases (TI) in the paternal commercial line AGP59 of the Hypharm breeding company. The TI criteria is a binary trait based on presence (1) or absence (0) of clinical signs of disease systematically observed on all growing animals at 70 days weighing or on animals which died between weaning and weighing This study included 39726 selection candidates and 5372 slaughtered collaterals, measured between 2008 and 2016. All animals were weighed at 70 days. Clinical signs of disease were systematically recorded for all weighed animals and also for those which died between weaning and the end of the growing period. The population of collateral is created at each weaning by collecting young rabbits in primiparous does litters. Their live weight and carcass weight was recorded at 71 days of age. Heritabilities and genetic trends were estimated using Reml and Blup methodology. Heritability estimates were 0.28 ± 0.02, 0.44 ± 0.05 and 0.03 ± 0.01 for P70, RC and TI, respectively. The annual genetic gain, estimated in genetic standard deviation (traits units) was 0.49 (92 g), 0.32 (0.38 points of carcass yield) and -0.12 (-0.004 points of sick animal frequency) for P70, RC and TI, respectively. The results demonstrate that selection for both production and health traits is possible., Les paramètres et les évolutions génétiques des critères de sélection poids à 70 jours (P70), rendement de carcasse (RC) et résistance aux troubles infectieux (TI) ont été estimés dans la lignée paternelle AGP59 du sélectionneur Hypharm. Le critère TI est un caractère binaire (0,1) renseigné par la présence (1) ou l’absence (0) de signes cliniques de maladies non spécifiques constatés à la pesée ou sur les animaux morts pendant l’engraissement. L’étude a porté sur 39726 animaux candidats à la sélection et 5372 collatéraux abattus, contrôlés entre 2008 et 2016. L’ensemble des animaux a été pesé à 70 jours. Les signes cliniques de maladie sont systématiquement enregistrés pour l’ensemble des animaux à la pesée à 70 jours, ainsi que pour les animaux morts entre le sevrage et la fin de l’engraissement. La population de collatéraux est créée à chaque sevrage par prélèvement de 4 lapereaux chez les lapines primipares. Leur poids vif et leur poids de carcasse sont enregistrés après abattage à 71 jours. L’héritabilité et les évolutions génétiques des caractères ont été estimées par les méthodes du Reml et du BLUP. Les héritabilités estimées étaient respectivement de 0,28 ± 0,02, 0.44 ± 0.05 et 0.03 ± 0.01 pour P70, RC et TI. Le progrès génétique annuel moyen estimé en unités d’écart type génétique (unités du caractère) était respectivement de 0,49 (+92 g), 0,32 (+0,38 point de rendement) et -0,12 (-0,004 points de fréquence d’animaux malades) pour P70, RC et TI. Il est donc possible d’améliorer simultanément des caractères de production et des caractères de santé par la sélection.

Published
2017

16. Premiers résultats du projet RELAPA : génomique pour la résistance génétique des lapins à la pasteurellose

Author

Mélanie Gunia, Frederic Lantier, Jean-Marc Babilliot, Elodie Balmisse, Bertrand Bed'Hom, Elodie Belmonte, Stéphane Bertagnoli, Samuel Boucher, Sylvain Breton, Emilie Chambellon, Thierry Chaumeil, Fabien Coisne, Rémi Delaunay, Alain Fadeau, Edouard Guitton, Virginie Helies, Jacques Hurtaud, Deborah Jardet, Florent Kempf, Isabelle Lantier, Sébastien Lavillatte, Dominique Le Cren, Guillaume Lenoir, Bernadette Le Normand, Coralie Marais, Mickaël Maupin, Hervé Morin, Charles Poncet, Sébastien Pujol, Raphaël Robert, Christelle Rossignol, Julien Ruesche, Fanny Sarce, Colomba Thiebot, Emmanuelle Helloin, Herve Garreau, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), LABOVET Conseil, Réseau Cristal, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Hycole Sarl, Laboratoire de Touraine, Hypharm, Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français (CLIPP), VeLVet, Filavie SAS, Eurolap, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), UE 1322 Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE - INRA UE 1277), and HYCOLE

Subjects
pasteurella multocida, pasteurellose, [SDV]Life Sciences [q-bio], genetic variability, variabilité génétique, rabbit, résistance, lapin, résistance génétique, génétique, génomique
Abstract

Session : Génétique Participation à cette étude : Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE) UE 1277 - Nouzilly Centre Inra Val de LoireSession : GénétiqueParticipation à cette étude : Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE) UE 1277 - Nouzilly Centre Inra Val de Loire; La pasteurellose est la première cause de mortalité des femelles en élevage cunicole. Le projet RELAPA (Génomique pour la REsistance génétique des LApins à la PAsteurellose) a pour objectif de mettre en évidence des régions du génome associées à la réponse à la pasteurellose. Pour ce faire, 955 lapins ont été inoculés à 6 semaines d’âge avec une souche de Pasteurella multocida pyogène et suivis pendant 14 jours. La réponse des animaux était très variable, avec 7% de lapins résistants (sans aucun symptôme de pasteurellose et sans Pasteurella multocida détectée dans les organes) et 11% d’animaux très sensibles (morts ou euthanasiés pendant l’essai avec des Pasteurella multocida détectées). L’effet du père sur les caractères mesurés est très significatif, ce qui laisse présager l’existence d’une variabilité génétique importante dans la résistance à la pasteurellose.

Published
2017

17. Pluripotency of embryo-derived stem cells from rodents, lagomorphs, and primates: Slippery slope, terrace and cliff

Author

Savatier, Pierre, Osteil, Pierre, Tam, Patrick P.L., Institut cellule souche et cerveau (U846 Inserm - UCBL1), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Embryology Unit [Westmead, Australia], Children's Medical Research Institute [Westmead, Australia], School of Medical Sciences [Sydney, Australia], The University of Sydney - Sydney Medical School [Australia], Our work is supported by research grants from the Agence Nationale de la Recherche (ANR, projects PLURABBIT no. PCS-09-GENM-08 and ORYCTOGENE no. ANR-12-RPIB-0013), European Cooperation in Science and Technology (COST) Action (Rabbit Genome Biology (RGB)-Net no. TD1101), HyPharm, Région Rhône-Alpes (ADR CIBLE 2010 project no. R10065CC to Y.T.), Infrastructure Nationale en Biologie et Santé INGESTEM (ANR-11-INBS-0009), Infrastructure Nationale en Biologie et Santé CRB-Anim (ANR-11-INBS-0003), IHU-B CESAME (ANR-10-IBHU-003), LabEx DEVweCAN (ANR-10-LABX-0061), and LabEx CORTEX (ANR-11-LABX-0042) of the University of Lyon within the program Investissements d'Avenir (ANR-11-IDEX-0007). P.O. is supported by the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM SPE20140129375) and PPLT is a Senior Principal Research Fellow of the NMHRC of Australia (Grants 1003100 and 111075), ANR-12-RPIB-0013,ORYCTOGENE-II,Fabrication de lignées de cellules souches pluripotentes embryonnaires destinées à la production de lapins transgéniques(2012), ANR-11-INBS-0009,INGESTEM,INFRASTRUCTURE NATIONALE D'INGENIERIE DES CELLULES SOUCHES PLURIPOTENTES(2011), ANR-11-INBS-0003,CRB-Anim,Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques(2011), ANR-10-IBHU-0003,CESAME,Institut Cerveau et Santé Mentale(2010), ANR-10-LABX-0061,DEVWECAN,Development Cancer and Targeted Therapies(2010), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), SAVATIER, Pierre, RECHERCHES PARTENARIALES ET INNOVATION BIOMEDICALE - Fabrication de lignées de cellules souches pluripotentes embryonnaires destinées à la production de lapins transgéniques - - ORYCTOGENE-II2012 - ANR-12-RPIB-0013 - RPIB - VALID, Infrastructures - INFRASTRUCTURE NATIONALE D'INGENIERIE DES CELLULES SOUCHES PLURIPOTENTES - - INGESTEM2011 - ANR-11-INBS-0009 - INBS - VALID, Infrastructures - Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques - - CRB-Anim2011 - ANR-11-INBS-0003 - INBS - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires B - Institut Cerveau et Santé Mentale - - CESAME2010 - ANR-10-IBHU-0003 - IBHU - VALID, Development Cancer and Targeted Therapies - - DEVWECAN2010 - ANR-10-LABX-0061 - LABX - VALID, and PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID

Subjects
Medicine(all), Primates, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Mouse, Primate, Cell Differentiation, Cell Biology, Lagomorpha, Rabbit, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Mice, lcsh:Biology (General), Pluripotent stem cells, Animals, Rat, Cell Lineage, Mitogen-Activated Protein Kinases, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, lcsh:QH301-705.5, Embryonic Stem Cells, Protein Kinase C, Developmental Biology, Transcription Factors
Abstract

International audience; The diverse cell states and in vitro conditions for the derivation and maintenance of the mammalian embryo-derived pluripotent stem cells raise the questions of whether there are multiple states of pluripotency of the stem cells of each species, and if there are innate species-specific variations in the pluripotency state. We will address these questions by taking a snapshot of our knowledge of the properties of the pluripotent stem cells, focusing on the maintenance of pluripotency and inter-conversion of the different types of pluripotent stem cells from rodents , lagomorphs and primates. We conceptualize pluripotent stem cells acquiring a series of cellular states represented as terraces on a slope of descending gradient of pluripotency. We propose that reprogramming pluripotent stem cells from a primed to a naive state is akin to moving upstream over a steep cliff to a higher terrace.

Published
2017
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18. Utilisation d’un dispositif challenge pour la sélection sur la résistance aux maladies

Author

Gunia, Mélanie, Hurtaud, Jacques, Maupin, Mickaël, Gilbert, Hélène, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Hypharm, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
maladie, Animal biology, animal diseases, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Biologie animale, résistance, lapin, génétique
Abstract

L’amélioration de la résistance aux maladies est un enjeu crucial pour augmenter le bien-être des animaux, réduire la mortalité dans les élevages, les saisies à l’abattoir et les réformes d’animaux pour causes sanitaires. Pour améliorer génétiquement la résistance aux maladies de la lignée arrière-grande-parentale maternelle AGP77, le sélectionneur Hypharm a mis en place l’enregistrement de caractères de santé dans son élevage de sélection et dans plusieurs élevages dits « Challenge » dans lesquels l’environnement sanitaire est moins favorable aux animaux, et donc dont l’occurrence de maladies plus fréquente. Les signes cliniques de maladies ont été enregistrés sur 23 773 animaux (75% en élevage de sélection, 25% en élevages challenge) en fin d’engraissement entre 10 et 11 semaines. Les caractères de santé étudiés sont les troubles digestifs, respiratoires et infectieux (caractère composite prenant en compte les troubles digestifs et respiratoires). En élevage de sélection, 26% des animaux présentent des troubles infectieux (de très légers à sévères, ce caractère inclut la morbidité et la mortalité) contre 41% en élevages challenge. L’héritabilité du caractère de résistance aux troubles infectieux est de 0,05 ± 0,01 dans l’élevage de sélection et de 0,10 ± 0,02 dans les élevages challenge, en lien avec une variabilité phénotypique et génétique accrue dans ces derniers. La corrélation génétique entre ces deux caractères est de 0,70 ± 0,13. La forte corrélation génétique entre la résistance aux troubles infectieux mesurée en élevage de sélection et en élevages challenge suggère que tout progrès génétique réalisé dans l’un ou l’autre environnement sera favorable en terme de progrès génétique dans le deuxième environnement. L’héritabilité supérieure en élevages challenge confirme l’intérêt du dispositif challenge pour identifier les meilleurs reproducteurs de façon plus efficace, avec une meilleure discrimination des animaux selon leur résistance génétique aux maladies., Improving disease resistance is the key to improve animal welfare, reduce mortality and culling for sanitary reason in commercial farms as well as carcass condemnation in the slaughterhouses. In order to improve the disease resistance of the AGP77 maternal line, Hypharm breeding company registered health traits in the breeding nucleus and in “challenge” farms, where the environment is less favorable to the animals and the disease frequency is higher. Clinical signs have been registered on 23 773 rabbits (75% in the nucleus, 25% in the challenge farms) at the end of the test at 10 to 11 weeks of age. The disease traits were: digestive syndromes, respiratory syndromes, infectious syndromes (a composite trait including digestive and respiratory syndromes). In the nucleus 26% of the rabbits showed infectious syndromes (from minor to severe, morbidity and mortality included) versus 41% in the challenge farms. The heritability of the infectious syndromes was 0,05 ± 0,01 in the nucleus farm and 0,10 ± 0,02 in the challenge farms, which could be related to the higher phenotypic and genetic variation in the challenge farms. The genetic correlation between the infectious syndromes in the nucleus and in the challenge farms was 0.70 ± 0.13. The high genetic correlation between the two traits shows that genetic progress made in one environment will also be favorable in terms of genetic progress for the other environment. The higher heritability in the challenge farms confirms the importance of such farm to identify effectively the best reproducers.

Published
2017

19. Reprogramming of rabbit induced pluripotent stem cells toward epiblast and chimeric competency using Krüppel-like factors

Author

Tapponnier, Yann, Afanassieff, Marielle, Aksoy, Irène, Aubry, Maxime, Moulin, Anaïs, Medjani, Lucas, Bouchereau, Wilhelm, Mayère, Chloé, Osteil, Pierre, Nurse-Francis, Jazmine, Oikonomakos, Ioannis, Joly, Thierry, Jouneau, Luc, Archilla, Catherine, Panneau, Barbara, Peynot, Nathalie, Barasc, Harmonie, Pinton, Alain, Lecardonnel, Jerôme, Gocza, Elen, Beaujean Bobineau, Nathalie, Duranthon, Véronique, Savatier, Pierre, Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute (SBRI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Supérieur d'Agriculture et d'Agroalimentaire Rhône-Alpes (ISARA), Interactions Cellules Environnement - UR (ICE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agricultural Biotechnology Institute, Agence Nationale de la Recherche (ANR) (projects PLURABBIT n°PCS-09-GENM-08 & ORYCTOGENE n°ANR-12-RPIB-0013), European Cooperation in Science and Technology (COST) Action (Rabbit Genome Biology (RGB)-Net n°TD1101), HyPharm Company, Région Rhône-Alpes (ADR CIBLE 2010 project n°R10065CC to Y.T.), Infrastructure Nationale en Biologie et Santé INGESTEM (ANR-11-INBS-0009), Infrastructure Nationale en Biologie et Santé CRB-Anim (ANR-11-INBS-0003), IHU-B CESAME (ANR-10-IBHU-003), LabEx 'DEVweCAN' (ANR-10-LABX-0061), LabEx 'CORTEX' (ANR-11-LABX-0042), University of Lyon within the program 'Investissements d'Avenir' (ANR-11-IDEX-0007), Institut cellule souche et cerveau (U846 Inserm - UCBL1), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut supérieur d'agriculture et d'agroalimentaire Rhône-Alpes (ISARA), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Cell Survival, Kruppel-Like Transcription Factors, rabbit, embryo, Epigenesis, Genetic, cellule souche pluripotente, Kruppel-Like Factor 4, Mice, Animals, Humans, lapin, lcsh:QH301-705.5, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, reproductive and urinary physiology, Cell Proliferation, Chimera, Gene Expression Profiling, Reprogramming, reprogrammation epigénétique, Cellular Reprogramming, épiblaste, MicroRNAs, Induced pluripotent stem cells, Blastocyst, lcsh:Biology (General), embryon, embryonic structures, Rabbits, Krüppel-like factors, pluripotent stem cells, Transcriptome, Germ Layers, Signal Transduction
Abstract

Rabbit induced pluripotent stem cells (rbiPSCs) possess the characteristic features of primed pluripotency as defined in rodents and primates. In the present study, we reprogrammed rbiPSCs using human Krüppel-like factors (KLFs) 2 and 4 and cultured them in a medium supplemented with fetal calf serum and leukemia inhibitory factor. These cells (designated rbEKA) were propagated by enzymatic dissociation for at least 30 passages, during which they maintained a normal karyotype. This new culturing protocol resulted in transcriptional and epigenetic reconfiguration, as substantiated by the expression of transcription factors and the presence of histone modifications associated with naïve pluripotency. Furthermore, microarray analysis of rbiPSCs, rbEKA cells, rabbit ICM cells, and rabbit epiblast showed that the global gene expression profile of the reprogrammed rbiPSCs was more similar to that of rabbit ICM and epiblast cells. Injection of rbEKA cells into 8-cell stage rabbit embryos resulted in extensive colonization of ICM in 9% early-blastocysts (E3.5), epiblast in 10% mid-blastocysts (E4.5), and embryonic disk in 1.4% pre-gastrulae (E6). Thus, these results indicate that KLF2 and KLF4 triggered the conversion of rbiPSCs into epiblast-like, embryo colonization-competent PSCs. Our results highlight some of the requirements to achieve bona fide chimeric competency.

Published
2017
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20. Relationship between selection criteria and kits survival in the INRA 1777 rabbit line

Author

Garreau, Herve, Balmisse, Elodie, Ruesche, Julien, Hurtaud, Jacques, Maupin, Miichael, Canario, Laurianne, David, Ingrid, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hypharm, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], UE 1322 Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages
Abstract

Relationship between selection criteria and kits survival in the INRA 1777 rabbit line. 67. Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP)

Published
2016

21. Genetic parameters for resistance to infectious diseases in two french paternal meat rabbit lines

Author

Gunia, Mélanie, David, Ingrid, Hurtaud, Jacques, Maupin, Mickaël, Gilbert, Hélène, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Hypharm, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]

Subjects
Animal biology, héritabilité, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Biologie animale, lapin, génétique, résistance au maladie
Abstract

Selecting animals for their resistance to diseases is a way to improve their health and welfare and reduces the need for veterinary treatment. The objectives of this study were to estimate: i) the genetic parameters for simple visually assessed disease syndromes, and for a composite trait of resistance to infectious disease including all disease syndromes, ii) their genetic correlations with production traits. Clinical signs were recorded during weighing at 63 or 70 days of age on above 150,000 rabbits of two commercial paternal rabbit lines (HYPLUS) of the French breeding company Hypharm. Disease traits were: digestive syndromes, respiratory syndromes, infectious syndromes (a composite trait including digestive and respiratory syndromes), and infectious mortality. The production traits were body weight and carcass yield at 63 or 70 days of age. The heritabilities were low for disease traits (0.01 to 0.08 ± 0.01), and moderate for production traits. The genetic correlations between digestive and respiratory syndromes were slightly negative (-0.18 ± 0.07). The genetic correlations between the composite infectious disease trait and digestive or respiratory syndromes were moderate (0.65 ± 0.04 and 0.61 ± 0.04, respectively). Genetic correlations between disease and production traits were either null or favorable. Our results indicate that it is possible to select rabbits using visually assessed disease syndromes without the need for a trade-off between health and production traits. Using a composite criterion that includes all infectious syndromes is a promising way to improve the general disease resistance in rabbits.

Published
2016

22. A panel of embryonic stem cell lines reveals the variety and dynamic of pluripotent states in rabbits

Author

Maxime Aubry, Catherine Archilla, Hervé Acloque, Alain Roulet, Cécile Donnadieu, Yann Tapponnier, Thierry Joly, Pierre Osteil, Pierre Savatier, Luc Jouneau, Anaïs Moulin, Véronique Duranthon, Harmonie Barasc, Barbara Schmaltz-Panneau, Jérôme Lecardonnel, Nathalie Mouney-Bonnet, Marielle Afanassieff, Clémence Genthon, Elen Gócza, Claire Santamaria, ProdInra, Migration, Institut cellule souche et cerveau (U846 Inserm - UCBL1), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Children's Medical Research Institute [Westmead, Australia], Institut supérieur d'agriculture et d'agroalimentaire Rhône-Alpes (I.S.A.R.A.), AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biologie du Développement et Reproduction (BDR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Agricultural Biotechnology Institute, ANR projects PLURABBIT no. PCS-09- GENM-08 and ORYCTOGENE no. ANR-12-RPIB-0013, European Cooperation in Science and Technology (COST) Action (Rabbit Genome Biology [RGB]-Net no. TD1101), HyPharm, Région Rhône-Alpes (ADR CIBLE 2010 project no. R10065CC to Y.T.), Infrastructure Nationale en Biologie et Santé INGESTEM (ANR- 11-INBS-0009), Infrastructure Nationale en Biologie et Santé CRB-Anim (ANR-11-INBS-0003), IHU-B CESAME (ANR-10-IHUB- 003), LabEx DEVweCAN (ANR-10-LABX-0061), LabEx CORTEX (ANR-11-LABX-0042) of the University of Lyon within the program Investissements d’Avenir (ANR-11-IDEX-0007), Fondation pour la Recherche Médicale (FRM SPE20140129375), Institut supérieur d'agriculture et d'agroalimentaire Rhône-Alpes (ISARA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
0301 basic medicine, Cell Culture Techniques, derivation, Embryoid body, Fibroblast growth factor, Biochemistry, Leukemia Inhibitory Factor, generation, Inner cell mass, Cell Self Renewal, Induced pluripotent stem cell, lcsh:QH301-705.5, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Cells, Cultured, reproductive and urinary physiology, Genetics, lcsh:R5-920, Cell Cycle, Biologie du développement, Gene Expression Regulation, Developmental, Embryo, Cell Differentiation, Development Biology, Cell biology, embryonic structures, Rabbits, biological phenomena, cell phenomena, and immunity, lcsh:Medicine (General), Signal Transduction, cellule souche embryonnaire, rabbit, ESC, Biology, Article, Cell Line, 03 medical and health sciences, [SDV.BDD] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, pluripotence, Animals, lapin, Embryonic Stem Cells, Janus Kinases, urogenital system, Gene Expression Profiling, Computational Biology, Cell Biology, Embryonic stem cell, MicroRNAs, 030104 developmental biology, Blastocyst, lcsh:Biology (General), Epiblast, Cell culture, Transcriptome, Biomarkers, Developmental Biology
Abstract

Summary Conventional rabbit embryonic stem cell (ESC) lines are derived from the inner cell mass (ICM) of pre-implantation embryos using methods and culture conditions that are established for primate ESCs. In this study, we explored the capacity of the rabbit ICM to give rise to ESC lines using conditions similar to those utilized to generate naive ESCs in mice. On single-cell dissociation and culture in fibroblast growth factor 2 (FGF2)-free, serum-supplemented medium, rabbit ICMs gave rise to ESC lines lacking the DNA-damage checkpoint in the G1 phase like mouse ESCs, and with a pluripotency gene expression profile closer to the rabbit ICM/epiblast profiles. These cell lines can be converted to FGF2-dependent ESCs after culture in conventional conditions. They can also colonize the rabbit pre-implantation embryo. These results indicate that rabbit epiblast cells can be coaxed toward different types of pluripotent stem cells and reveal the dynamics of pluripotent states in rabbit ESCs., Highlights • Generation of rabbit ESCs lacking DNA-damage checkpoint in G1 • Transcriptional profiles of rabbit ESC lines vary depending on culture conditions • Rabbit ESCs can switch between states, revealing plasticity • Some rabbit ESCs can colonize the rabbit pre-implantation embryo, Savatier, Afanassieff, and colleagues report the generation of rabbit ESC lines with gene expression profiles and cell-cycle characteristics closer to those of the rabbit epiblast and mouse ESCs than what was previously reported for rbESC conventional cells. These ESC lines can switch between different states, revealing the dynamics of pluripotency states. Some of these ESC lines acquired the capacity to colonize the rabbit embryo.

Published
2016
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23. Utilisation de signes cliniques pour la sélection sur la résistance aux maladies : paramètres génétiques en lignées paternelles

Author

Gunia, Mélanie, David, Ingrid, Hurtaud, Jacques, Maupin, Mickaël, Gilbert, Hélène, Garreau, Herve, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Hypharm, École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
Animal biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Biologie animale, sélection, génétique, résistance au maladie
Abstract

Le but de cette étude est d’estimer les paramètres génétiques de signes cliniques observés en élevage de sélection et leurs corrélations avec des caractères de production. Les signes cliniques de maladies et le poids vifs sont enregistrés en routine à 63 ou 70 jours dans des lignées du sélectionneur français Hypharm (souches HYPLUS), sur plus de 150 000 lapins des deux lignées. Les caractères de santé étudiés sont les troubles digestifs non spécifiques, la mortalité digestive, les diarrhées, et les troubles respiratoires non spécifiques. Les caractères de production sont le poids vif et le rendement carcasse en fin d’engraissement. Les héritabilités sont faibles pour les caractères de santé (de 0,02 à 0,04 ± 0,004) et modérées pour les caractères de production. Les caractères de santé digestive sont génétiquement corrélés entre eux et ne sont que faiblement négativement corrélés aux troubles respiratoires. Les corrélations génétiques entre les caractères de santé et de production sont soit nulles, soit favorables.

Published
2015

24. Relation entre les critères de sélection de la lignée INRA 1777 et la survie des lapereaux

Author

Garreau, Herve, Balmisse, Elodie, Ruesche, Julien, Hurtaud, Jacques, Maupin, Mickaël, Canario, Laurianne, David, Ingrid, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Hypharm

Subjects
lignee inra 1777, survie, [SDV]Life Sciences [q-bio], selection, [INFO]Computer Science [cs], lapin, génétique
Abstract

National audience; The INRA 1777 line has been selected for a breeding goal (BG) that has included number of kits alive per litter (NA) and two components of weaning weight: Direct effects (WWD), influence of the young rabbit genotype on its growth, and maternal effects (WWM), incidence of mother's genotype on young rabbit growth. The objective of this study was to estimate responses to selection for the three criterion and to evaluate the relationship between the selection criterion and the survival of young rabbits from birth to weaning. The study included 1948 litters dedicated to renew each generation (4th and 5th AI) from 1158 does during 12 generations of selection. For each selection criteria and for the breeding goal, females were divided into 4 groups according to their estimated genetic value (-, -, +, ++). For stillbirths, the effect of genetic group of each of the four criteria was significant: The stillbirth rate is even lower for high genetic merit does. For mortality between birth and weaning, the effect of genetic group was significant for NA, WWM and BG criteria with lower mortality in groups + and ++ than in groups - and -. In conclusion, the breeding goal of the INRA 1777 line is not opposed to improvement of survival but puts to select individuals from litters with low mortality.; La lignée INRA 1777 est sélectionnée pour un indice global (Ig) combinant le nombre de nés vivants (VGnv) et deux composantes génétiques du poids au sevrage: les effets directs (VGpsd), influence du génotype du lapereau sur sa croissance, et les effets maternels (VGpsm), incidence du génotype de la mère sur la croissance de ses lapereaux. L’objectif de cette étude était d’estimer les réponses à la sélection pour ces trois critères et d’évaluer les relations entre ces critères de sélection et la survie des lapereaux de la naissance au sevrage. L’étude inclut 1948 portées destinées à renouveler chaque génération (4emes et 5emes IA) de 1158 femelles élevées au cours de 12 générations de sélection. Pour chacun des critères de sélection et pour l’objectif global, les femelles ont été réparties en 4 groupes selon leur valeur génétique (--,-,+,++). Pour la mortinatalité, l’effet du groupe génétique de chacun des 4 critères était significatif: La mortinatalité est d’autant plus faible que la valeur génétique des femelles est élevée. Pour la mortalité entre la naissance et le sevrage, l’effet du groupe génétique était significatif pour les critères VGnv, VGpsm et Ig avec une mortalité plus faible dans les groupes + et ++ que dans les groupes - et --. En conclusion, l’objectif de sélection de la lignée 1777 ne s’oppose pas à l’amélioration de la survie du lapereau mais permet au contraire de sélectionner les individus issus de portées à faible mortalité.

Published
2015

25. Vers une amélioration de la résistance du lapin à la pasteurellose

Author

Helloin, Emmanuelle, Lantier, Isabelle, Slugocki, Cindy, Chambellon, Emilie, Le Roux, Hervé, Berthon, Patricia, Kempf, Florent, Rossignol, Christelle, Boucher, Samuel, Le Normand, B., Morin, H., Baumier, L.M., Coisne, F., Fournier, E., Gunia, Mélanie, Moreno-Romieux, Carole, Garreau, Herve, Lantier, Frédéric, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Labovet Conseil, SCP Fouque-Gounot-Le Normand-Le Page, Filavie S.A.S., Hypharm, Hycole Sarl, Eurolap, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), UR Infectiologie animale et Santé publique (UR IASP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), SARL HYCOLE, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract

Session Pathologie et Prévention; The evaluation of the Rabbit genetic resistance to pasteurellosis should take into account the diversity of Pasteurella isolates. A collection of 200 strains has been established from isolates sampled in French flocks. These strains were characterized and their genetic diversity evaluated through the development of a MLVA technique (Multi-Locus Variable-number-tandem-repeat analysis), and validated with the already published but less discriminating MLST (Multi Locus Sequence Type). Virulence in Rabbit of 5 strains selected as representatives of the main genetic groups of Pasteurella was evaluated in vivo after intra-nasal or subcutaneous inoculation. The subcutaneous infection route was chosen to compare 20 representative strains from the collection and evidenced their virulence variability, as well as an individual variability in the rabbit’s ability to control the infection.; L’évaluation de la résistance génétique du Lapin à la pasteurellose doit tenir compte de la diversité des souches de Pasteurella sévissant dans les populations. Une collection de 200 souches de Pasteurella a étéconstituée à partir d’isolements effectués dans des élevages français. Les souches ont été caractérisées et leur diversité génétique évaluée grâce au développement d’une technique MLVA (Multi-Locus Variable-numbertandem-repeat Analysis) validée par une technique publiée (MLST, Multi Locus Sequence Type), moinsdiscriminante. La virulence chez le lapin, de 5 souches représentatives de chacun des groupes génétiques les plus fréquents, a été mesurée in vivo après infection intra-nasale ou sous-cutanée. Cette dernière voie a été retenue pour tester les virulences de 20 souches représentatives de la collection. Une grande variabilité de leurs virulences a été observée ainsi qu’une variabilité individuelle des lapins quant à leur capacité à contrôlerl’infection.

Published
2015

26. Sélection divergente pour les troubles digestifs dans deux lignées commerciales : Réponse de lapins 'sensibles' ou 'résistants' à une inoculation expérimentale de Escherichia Coli 0103

Author

Garreau, Herve, Brard, Sophie, Hurtaud, Jacques, Guitton, Edouard, Cauquil, Laurent, Licois, Dominique, Schwartz, Bertrand, Balmisse, Elodie, Tircazes, Aurelie, Combes, Sylvie, Gidenne, Thierry, Station d'Amélioration Génétique des Animaux (SAGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hypharm, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Tissus animaux, nutrition, digestion, écosystème et métabolisme (TANDEM), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], and Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL )

Subjects
trouble digestif, [SDV]Life Sciences [q-bio], sélection, inoculation, [INFO]Computer Science [cs], lapin, résistance, escherichia coli, mortalité
Abstract

National audience; Une sélection divergente pour les troubles digestifs, R pour les animaux résistants et S pour les animaux sensibles, a été réalisée dans les lignées AGP39 et AGP59 du sélectionneur Hypharm. Un index de résistance aux troubles digestifs a été calculé à partir des mesures de fréquence de troubles digestifs réalisés en routine. Deux bandes successives (B1 et B2) de 178 animaux croisés, 89 R et 89 S, ont été produites respectivement par l’accouplement de mâles AGP39 R avec des femelles AGP59 R et l’accouplement de mâles AGP39 S avec des femelles AGP59 S. Dans chaque bande 62 animaux R (RI) et 62 animaux S (SI) ont été choisis pour une inoculation avec la souche LY265, E. Coli O103:H2:K-, rhamnose négative. Dans chaque bande, un lot RRI (très résistant n=31) a été constitué en retenant 31 animaux avec les valeurs d’index les plus fortes dans le lot RI, et un lot SSI très sensible, n=31) a été constitué en retenant 31 animaux avec les valeurs d’index les plus faibles dans le lot SI. La croissance et l'état sanitaire ont été suivis pendant 13 jours suivant l'inoculation. Bien que la mortalité tend à être plus forte chez les animaux sensibles (SI) que chez les animaux résistants, la différence n’est pas significative. La croissance ou le développement caecal sont similaires entre ces 2 groupes. Par rapport aux lapins "très sensibles" (SSI), les lapins "très résistants" (RRI) présentent toutefois une mortalité significativement plus faible (p=0.04) à j11, j12 et j13 après l’inoculation (-18 %).

Published
2013

27. Estimation of genetic parameters of growth and feed efficiency traits in two commercial lines

Author

Garreau, Herve, Hurtaud, Jacques, Drouilhet, Laurence, Station d'Amélioration Génétique des Animaux (SAGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Hypharm

Subjects
efficacité alimentaire, paramètre génétique, croissance, lapin, héritabilité, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

National audience; Les paramètres génétiques de la croissance et de l’efficacité alimentaire ont été estimés dans deux lignées paternelles du sélectionneur Hypharm. Les caractères de croissance ont une héritabilité plus élevée dans la lignée AGP39 que dans la lignée AGP59 (0,24, 0,24 et 0,22 contre 0,17, 0,14 et 0,12 pour le poids à 31 jours, le poids à l’abattage et le gain moyen de poids quotidien, respectivement). L’héritabilité des caractères d’efficacité alimentaire est en revanche plus élevée dans la lignée AGP59 que dans la lignée AGP39 (0,40 et 0,42 contre 0,29 et 0,33 pour l’indice de consommation et la consommation résiduelle, respectivement). Dans la lignée AGP39, la consommation résiduelle est génétiquement indépendante du poids au sevrage (0,02) du poids à 63 jours (-0,07) et du GMQ (-0,14) mais elle est très corrélée avec l’indice de consommation (0,88). Dans la lignée AGP59, la consommation résiduelle est défavorablement corrélée avec le poids à 70 jours (0,43) et le GMQ (0,44) mais favorablement très corrélée avec l’indice de consommation (0,87).

Published
2013

28. Estimation des paramètres génétiques de la croissance et de l'efficacité alimentaire dans deux lignées commerciales

Author

Garreau, Herve, Hurtaud, Jacques, Drouilhet, Laurence, Station d'Amélioration Génétique des Animaux (SAGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Hypharm

Subjects
héritabilité, [SDV]Life Sciences [q-bio], efficacité alimentaire, lapin, paramètre génétique, croissance
Abstract

National audience; Les paramètres génétiques de la croissance et de l’efficacité alimentaire ont été estimés dans deux lignées paternelles du sélectionneur Hypharm. Les caractères de croissance ont une héritabilité plus élevée dans la lignée AGP39 que dans la lignée AGP59 (0,24, 0,24 et 0,22 contre 0,17, 0,14 et 0,12 pour le poids à 31 jours, le poids à l’abattage et le gain moyen de poids quotidien, respectivement). L’héritabilité des caractères d’efficacité alimentaire est en revanche plus élevée dans la lignée AGP59 que dans la lignée AGP39 (0,40 et 0,42 contre 0,29 et 0,33 pour l’indice de consommation et la consommation résiduelle, respectivement). Dans la lignée AGP39, la consommation résiduelle est génétiquement indépendante du poids au sevrage (0,02) du poids à 63 jours (-0,07) et du GMQ (-0,14) mais elle est très corrélée avec l’indice de consommation (0,88). Dans la lignée AGP59, la consommation résiduelle est défavorablement corrélée avec le poids à 70 jours (0,43) et le GMQ (0,44) mais favorablement très corrélée avec l’indice de consommation (0,87).

Published
2013

29. Generation of rabbit pluripotent stem cell lines

Author

Marielle Afanassieff, Zsuzsanna Táncos, Pouneh Maraghechi, Andras Dinnyes, Suzy Markossian, Nathalie Daniel, Melinda K. Pirity, Zsuzsanna Polgar, Yann Tapponnier, Zsuzsanna Bosze, Pierre Savatier, Tom A.E. Stout, Elen Gócza, Murielle Godet, Csilla Nemes, P. Osteil, Véronique Duranthon, Molecular Animal Biotechnology Laboratory, Szent Istvan University, Biologie du développement et reproduction (BDR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Farm Animal Health, Faculty of Veterinary Medicine, Utrecht University [Utrecht], Department of Equine Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Institute of Genetics, Biological Research Centre [Budapest] (BRC), Hungarian Academy of Sciences (MTA)-Hungarian Academy of Sciences (MTA), Institut cellule souche et cerveau (U846 Inserm - UCBL1), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), EU FP7 (PartnErS, PIAP-GA-2008-218205, RabPstem, PERG07-GA-2010-268422, PluriSys, HEALTH-2007-B-223485, AniStem, PIAP-GA-2011-286264), EU COST Action FA0702 'GEM-INI', NKTH-OTKA-EU-7KP HUMAN-MB08-C-80-205, NKFP_BONUS HU_08/2-2009-0008, Plurabbit, OMFB-00130-00131/2010 ANR-NKTH/09-GENM-010-01, OTKA K77913, Hypharm company, Region Rhone-Alpes (CIBLE), European Project: 270704,EC:FP7:SiS,FP7-SCIENCE-IN-SOCIETY-2010-NCP,EUROSIS 2.0(2010), Biologie du Développement et Reproduction (BDR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute (SBRI), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Biology of Reproductive Cells, Dep Gezondheidszorg Landbouwhuisdieren, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut cellule souche et cerveau (SBRI)

Subjects
KOSR, Pluripotent Stem Cells, Nuclear Transfer Techniques, induced pluripotent stem cell, Induced Pluripotent Stem Cells, rabbit, Embryoid body, Biology, Cell Line, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Food Animals, Animals, Small Animals, Induced pluripotent stem cell, Cell potency, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Embryonic Stem Cells, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, Tetraploid complementation assay, Equine, Chimera, Cell Differentiation, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, pluripotency, Embryonic stem cell, Immunohistochemistry, embryonic stem cell, Cell biology, MicroRNAs, Models, Animal, Animal Science and Zoology, Rabbits, Stem cell, Reprogramming, 030217 neurology & neurosurgery, Transcription Factors
Abstract

Pluripotent stem cells have the capacity to divide indefinitely and to differentiate into all somatic cells and tissue lines. They can be genetically manipulated in vitro by knocking genes in or out, and therefore serve as an excellent tool for gene function studies and for the generation of models for some human diseases. Since 1981, when the first mouse embryonic stem cell (ESC) line was generated, many attempts have been made to generate pluripotent stem cell lines from other species. Comparative characterization of ESCs from different species would help us to understand differences and similarities in the signaling pathways involved in the maintenance of pluripotency and the initiation of differentiation, and would reveal whether the fundamental mechanism controlling self-renewal of pluripotent cells is conserved across different species. This report gives an overview of research into embryonic and induced pluripotent stem cells in the rabbit, an important nonrodent species with considerable merits as an animal model for specific diseases. A number of putative rabbit ESC and induced pluripotent stem cell lines have been described. All of them expressed stem cell-associated markers and maintained apparent pluripotency during multiple passages in vitro, but none have been convincingly proven to be fully pluripotent in vivo. Moreover, as in other domestic species, the markers currently used to characterize the putative rabbit ESCs are suboptimal because recent studies have revealed that they are not always specific to the pluripotent inner cell mass. Future validation of rabbit pluripotent stem cells would benefit greatly from a validated panel of molecular markers specific to pluripotent cells of the developing rabbit embryos. Using rabbit-specific pluripotency genes may improve the efficiency of somatic cell reprogramming for generating induced pluripotent stem cells and thereby overcome some of the challenges limiting the potential of this technology.

Published
2012
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30. Reproduction et physiologie de la reproduction au 10ème Congrès Mondial de Cuniculture

Author

Theau-Clement, Michèle, Hurtaud, Jacques, ProdInra, Migration, Station d'Amélioration Génétique des Animaux (SAGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Hypharm

Subjects
reproduction, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], physiologie, lapin, cuniculture, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

31. Projet RELAPA (génomique pour la REsistance génétique des LApins a la PAsteurellose) : paramètres génétiques

Author

Merina Shrestha, Hervé Garreau, Elodie Balmisse, Bertrand Bed'Hom, Ingrid David, Edouard Guitton, Emmanuelle Helloin, Guillaume Lenoir, Mickaël Maupin, Raphaël Robert, Frederic Lantier, Mélanie Gunia, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Services déconcentrés d'appui à la recherche Occitanie-Toulouse (SDAR Occitanie-Toulouse), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain (PECTOUL ), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Hycole Sarl, Hypharm, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, and Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA.

Subjects
pasteurellose, paramètres génétiques, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, lapin, génétique
Abstract

International audience; Cette étude est une première approche d’estimation de paramètres génétiques de résistance à la Pasteurellose par infection expérimentale à Pasteurella multocida d’une population de lapins croisés. De nouveaux caractères de résistance ont été étudiés : une note de dissémination des abcès enregistrée à l’autopsie, une note de présence ou absence de Pasteurella dans les organes et une note globale de résistance résumant les deux précédentes. Pour ces caractères, l’héritabilité varie de 0,09 (±0,05) à 0,16 (±0,06). L’héritabilité la plus importante a été estimée pour la note de résistance. Ces estimations suggèrent la contribution d’une composante génétique à la résistance à la pasteurellose. Les corrélations génétiques entre la note de résistance et les différentes mesures de croissance sont élevées et positives, de 0,70 (±0,14) à 0,98 (±0,06). Il serait donc possible de mettre en place une sélection sur la résistance à la Pasteurellose dans les schémas de sélection de lapins de chair français basée sur un de ces critères. Des études complémentaires doivent encore être conduites sur d’autres caractères de production et de de résistance à la Pasteurellose

32. Relations entre la résistance à la pasteurellose après infection expérimentale et les caractères de croissance et de reproduction mesurés en élevage commercial

Author

Hervé Garreau, Frederic Lantier, Edouard Guitton, Virginie Helies, Emmanuelle Helloin, Dominique Le Cren, Guillaume Lenoir, Mickaël Maupin, Raphaël Robert, Mélanie Gunia, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Comité Lapin Interprofessionnel pour la Promotion des Produits Français (CLIPP), Hycole Sarl, Hypharm, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI). FRA., and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT)

Subjects
pasteurellose, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, résistance, lapin
Abstract

National audience; La pasteurellose une maladie bactérienne parmi les plus répandues en élevage cunicole. Le projet RELAPA a pour objectif d’étudier le déterminisme de la résistance à la pasteurellose. Un total de 955 lapins de 6 semaines, issus de 28 mâles appartenant à 6 lignées commerciales, ont été inoculés avec une pasteurelle pyogène et 2 semaines plus tard une note de résistance de 0 à 4 leur a été attribuée après sacrifice. Ces notes ont servi à classer les 28 mâles en 2 groupes,14 résistants et 14 sensibles, d'après la note moyenne de résistance de leur descendance. Par ailleurs ces 28 mâles, dans des élevages commerciaux, ont engendré 5164 lapereaux contrôlés pour leur croissance et 884 femelles reproductrices qui ont elles-mêmes fourni 3568 portées contrôlées. Le seul caractère qui présentait une différence significative entre les descendants de 14 mâles résistants et de14 mâles sensibles était la fertilité, avec une différence de 7 points en faveur du groupe des mâles résistants. Les corrélations résiduelles entre la note de résistance et les caractères de production étaient toutes faibles et non significativement différentes de zéro. Les corrélations génétiques entre la résistance et les caractères pondéraux étaient positives mais non significativement différentes de zéro (0,32 ± 0,51 pour le poids au sevrage et 0,27 ±0,49 pour le poids final). Les corrélations génétiques entre la note de résistance moyenne et les caractères de reproduction étaient défavorables mais non significativement différentes de zéro (-0,43 ± 0,45, -0,68 ± 0,40, 0,70 ± 0,65 respectivement pour le nombre de nés totaux par portée, le nombre de nés vivants par portée et la mortinatalité). Ces valeurs de corrélations génétiques sont données pour information mais elles doivent être interprétées avec beaucoup de prudence car leur précision est très faible.

33. Comparative in vitro activity of bacteriophage endolysin HY-133 against Staphylococcus aureus attached to vascular graft surface.

Author

Idelevich EA, Knaack D, Nugroho NT, Peters G, Bisdas T, Molinaro S, Torsello GB, Becker K, and Herten M

Subjects
Anti-Bacterial Agents pharmacology, Anti-Bacterial Agents therapeutic use, Biofilms, Humans, Microbial Sensitivity Tests, Staphylococcal Infections drug therapy, Vascular Grafting, Bacteriophages enzymology, Endopeptidases pharmacology, Staphylococcal Infections microbiology, Staphylococcus aureus drug effects, Staphylococcus aureus physiology, Vasculitis microbiology
Abstract

Novel strategies are needed for combating Staphylococcus aureus biofilm in vascular graft infections. We investigated the in vitro activity of bacteriophage endolysin HY-133, daptomycin and rifampin against S. aureus attached to vascular graft surface. Daptomycin showed rapid bactericidal effect on surface-associated S. aureus, while the activity of HY-133 on graft surface-adherent cells was moderate and rifampin did not achieve bactericidal effect. Even in the highest concentrations, all antimicrobials used failed in a complete eradication of the surface-adherent bacteria.

Published
2020
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34. Bactericidal activity of bacteriophage endolysin HY-133 against Staphylococcus aureus in comparison to other antibiotics as determined by minimum bactericidal concentrations and time-kill analysis.

Author

Knaack D, Idelevich EA, Schleimer N, Molinaro S, Kriegeskorte A, Peters G, and Becker K

Subjects
Daptomycin pharmacology, Endopeptidases genetics, Microbial Sensitivity Tests, Mupirocin pharmacology, Recombinant Proteins genetics, Recombinant Proteins pharmacology, Anti-Bacterial Agents pharmacology, Endopeptidases pharmacology, Microbial Viability drug effects, Staphylococcus Phages enzymology, Staphylococcus aureus drug effects
Abstract

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) decolonization is expensive and time consuming, and new agents are necessary due to increasing resistance rates. The administration of bacteriophages or particularly their endolysins may offer an alternative treatment strategy and could provide a solution to overcome the selection pressure due to classical antibiotics. Here, the bactericidal activity was characterized for the recombinant chimeric bacteriophage endolysin HY-133 in comparison to other antimicrobials. Minimum inhibitory concentrations (MICs) and minimum bactericidal concentrations (MBCs) were determined for 2 reference strains, 24 clinical MRSA and methicillin-susceptible S. aureus (MSSA) isolates, as well as 6 isolates with high-level mupirocin resistance. Additionally, HY-133 activity against bacteria in stationary or exponential growth phase was compared in 12 isolates. Time-kill curves were performed with 2 representative isolates to investigate the pharmacodynamics until 48-h incubation time. All experiments were performed in comparison to daptomycin and mupirocin. The MIC 50/90 and MBC 50/90 values were in the range 0.12-0.5 mg/L for all 3 growth conditions comparable to daptomycin with 0.5/0.5 mg/L, respectively. The MBC was almost always equal the MIC and without considerable differences between MSSA and MRSA. Time-kill curves revealed a rapid bactericidal effect of HY-133 within the first 2 h, similar to daptomycin. Even with low concentrations, the recombinant endolysin HY-133 was highly active against all tested MSSA and MRSA isolates including mupirocin-resistant isolates. The application of this alternative agent may offer a future strategy for MRSA/MSSA decolonization and, potentially, for treatment purposes., (Copyright © 2018 Elsevier Inc. All rights reserved.)

Published
2019
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35. In Vitro Activity of the Bacteriophage Endolysin HY-133 against Staphylococcus aureus Small-Colony Variants and Their Corresponding Wild Types.

Author

Schleimer N, Kaspar U, Knaack D, von Eiff C, Molinaro S, Grallert H, Idelevich EA, and Becker K

Subjects
Bacteriolysis, Endopeptidases metabolism, Humans, Microbial Sensitivity Tests, Microbial Viability, Molecular Typing, Staphylococcal Infections microbiology, Staphylococcus aureus classification, Staphylococcus aureus drug effects, Staphylococcus aureus genetics, Viral Proteins metabolism, Bacteriophages physiology, Endopeptidases genetics, Staphylococcus aureus virology, Viral Proteins genetics
Abstract

Nasal carriage of methicillin-susceptible (MSSA) and methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) represents both a source and a risk factor for subsequent infections. However, existing MRSA decolonization strategies and antibiotic treatment options are hampered by the duration of administration and particularly by the emergence of resistance. Moreover, beyond classical resistance mechanisms, functional resistance as the formation of the small-colony variant (SCV) phenotype may also impair the course and treatment of S . aureus infections. For the recombinant bacteriophage endolysin HY-133, rapid bactericidal and highly selective in vitro activities against MSSA and MRSA has been shown. In order to assess the in vitro efficacy of HY-133 against the SCV phenotype, minimal inhibitory (MIC) and minimal bactericidal concentrations (MBC) were evaluated on clinical SCVs, their isogenic wild types, as well as on genetically derived and gentamicin-selected SCVs. For all strains and growth phases, HY-133 MIC and MBC ranged between 0.12 and 1 mg/L. Time-kill studies revealed a fast-acting bactericidal activity of HY-133 resulting in a ≥3 - log 10 decrease in CFU/mL within 1 h compared to oxacillin, which required 4⁻24 h. Since the mode of action of HY-133 was independent of growth phase, resistance pattern, and phenotype, it is a promising candidate for future S. aureus decolonization strategies comprising rapid activity against phenotypic variants exhibiting functional resistance.

Published
2019
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36. Genetic Parameters for Resistance to Non-specific Diseases and Production Traits Measured in Challenging and Selection Environments; Application to a Rabbit Case.

Author

Gunia M, David I, Hurtaud J, Maupin M, Gilbert H, and Garreau H

Abstract

Breeding for disease resistance is a challenging but increasingly necessary objective to overcome the issues with the reduced use of antibiotics and growing concern for animal welfare while limiting economic losses. However, implementing such strategies is a complex process because animals face numerous diseases, and the environments on selection farms differ from those on commercial farms. We evaluated whether selection for resistance to non-specific diseases based on a single visual record in selection (S) and challenging (Ch) environments is possible. Records from 23,773 purebred rabbits born between 2012 and 2016 were used in this study. After weaning (at 32 days of age), 17,712 rabbits were raised in the S environment and 6,061 sibs were raised in the Ch environment. Clinical signs of disease were recorded for all animals at the end of the test, at a single time point, at 70 or 80 days of age. The causes of mortality occurring before the end of the test were also recorded. Three disease traits were analyzed: signs of respiratory disease, signs of digestive disease, and a composite trait (Resist) taking into account signs of digestive, respiratory and various infectious diseases. This latter composite trait is proposed to capture the global resistance to disease. All disease traits were binary, with 0 being the absence of symptoms. Two production traits were also recorded: the number of kits born alive (4,121 litters) and the weaning weight (13,090 rabbits). Disease traits were analyzed with animal threshold models, assuming that traits are different in the two environments. Bivariate analyses were carried out using linear animal models. The heritabilities of the disease traits ranged from 0.04 ± 0.01 to 0.11 ± 0.03. The genetic correlations between disease traits in both environments were below unity (≤ 0.84), indicating genotype by environment interactions. Most of the genetic correlations between disease and production traits were not significantly different from zero, except between the weaning weight and Resist_S, with a favorable correlation of -0.34 ± 0.12. Given these genetic parameters, for the same level of exposure of rabbits to pathogens, the expected response to selection is a reduction of disease incidence of 4-6% per generation.

Published
2018
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37. The Novel Phage-Derived Antimicrobial Agent HY-133 Is Active against Livestock-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus.

Author

Kaspar U, de Haro Sautto JA, Molinaro S, Peters G, Idelevich EA, and Becker K

Subjects
Adenosine Triphosphatases genetics, Animals, Bacterial Proteins genetics, Humans, Livestock, Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus isolation & purification, Microbial Sensitivity Tests, Penicillin-Binding Proteins genetics, Staphylococcal Infections drug therapy, Staphylococcal Infections veterinary, Anti-Bacterial Agents pharmacology, Bacteriophages metabolism, Endopeptidases pharmacology, Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus drug effects, Recombinant Proteins pharmacology
Abstract

Livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (LA-MRSA) isolates are increasingly migrating from livestock into human and animal health care settings. Alternative substances are needed to overcome the drawbacks of currently available drugs used for MRSA eradication. The recombinant bacteriophage endolysin HY-133 has proved to be an active agent against S. aureus Here, the in vitro activity of HY-133 was studied against a large collection of genetically diverse LA-MRSA isolates revealing its high activity against mecA -, mecB -, and mecC -positive LA-MRSA., (Copyright © 2018 American Society for Microbiology.)

Published
2018
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