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Charlotte Balière, Elodie Calvez, Jean-Michel Thiberge, Somphavanh Somlor, Mathias Vandenbogaert, Marc Grandadam, Valérie Caro, Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This research was funded by UNITEDengue and Global Partnership Program, Canada (ASEAN-GPP Grant Phase 3—Laboratory Capacity Development for diagnostics of Emerging Dangerous Pathogens) and Actions Concertées Inter-Pasteuriennes (ACIP) A09-2014., and We thank all the medical staff of the hospital network in Vientiane Capital and the different provinces for their active and motivated participation in the surveillance of dengue. We also thank the Arbovirus and Emerging Viral diseases Laboratory staff of Institut Pasteur du Laos for the biological analysis. We thank Paul T. Brey, Director of Institut Pasteur du Laos, for his support throughout the UnitedDengue Project. We thank Véronique Hourdel (Institut Pasteur, Environment and Infectious Risks Unit, Paris, France) for her help in phylogenetic analyses.

Phaithong Bounmany, Thonglakhone Xaybounsou, Marc Choisy, Sitsana Keosenhom, Julien Pompon, Elodie Calvez, Marc Grandadam, Thep Aksone Chindavong, Paul T. Brey, Virginie Pommelet, Phoyphaylinh Prasayasith, Somphavanh Somlor, Souksakhone Viengphouthong, Sébastien Marcombe, Olivier Telle, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Duke-NUS Medical School [Singapore], Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de sciences humaines de New Delhi (CSH), Ministère de l'Europe et des Affaires étrangères (MEAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre for Policy Research [New Delhi] (CPR), Nuffield Department of Medicine [Oxford, UK] (Big Data Institute), University of Oxford [Oxford], Oxford University Clinical Research Unit [Ho Chi Minh City] (OUCRU), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), This work was funded by the Agence Française de Développement grant n° CZZ 2146 01 (Ecomore2 project) and by UNITEDengue and Global Partnership Programme, Canada (ASEAN-GPP Grant Phase 3—Laboratory Capacity Development for diagnostics of Emerging Dangerous Pathogens)., We thank Lee Ching Ng, Director, Environmental Health Institute (EHI), National Environment Agency, Chanditha Hapuarachchi, and Carmen Koo for their sequencing technical assistance. We also thank the Institut Pasteur du Laos staff for the mosquito collections and identification (Phoutmany Thammavong, Phonesavanh Luangamath, Kaithong Lakeomany, Somphat Nilaxay, and Vaekey Vungkyly)., Géographie-cités (GC (UMR_8504)), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), University of Oxford, and Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)

Darouny Phonekeo, Thierry Rose, Sengchanh Kounnavong, Somphavanh Somlor, Nicolas Escriou, Khamsing Vongphayloth, Somphou Sayasone, Mayfong Mayxay, Vilaysone Khounvisith, Phonepadith Xangsayarath, Siriphone Virachith, Antony P. Black, Paul T. Brey, Elodie Calvez, Marc Eloit, Virginie Pommelet, Vincent Lacoste, Judith M. Hübschen, Sarah Temmam, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Lao Tropical Public Health Institute, Institute of Research and Education Development [Vientiane, Laos] (IRED), University of Health Sciences [Vientiane, Laos] (UHS)-Ministry of Health [Laos], Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit (LOMWRU), Mahidol University [Bangkok]-Mahosot Hospital, Centre for Tropical Medicine and Global Health [Oxford, UK], Nuffield Department of Medicine [Oxford, UK] (Big Data Institute), University of Oxford-University of Oxford, National Centre for Laboratory and Epidemiology [Vientiane, Laos], Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP), Département de Santé Globale - Department Global Health, Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Luxembourg Institute of Health (LIH), Agence Française de Développement. Additional, Institut Pasteur du Laos, Institute Pasteur, Paris and Luxembourg Ministry of Foreign and European Affairs ('PaReCIDS II')., and TEMMAM, Sarah

Souksakhone Viengphouthong, Phommady Vetsaphong, Somphavanh Somlor, Virginie Pommelet, Elodie Calvez, Myrielle Dupont-Rouzeyrol, Paul T. Brey, Thonglakhone Xaybounsou, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Mother and Child Hospital [Vientiane, Laos], Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, The work was supported by the Institut Pasteur du Laos., and We thank the Neonatal Intensive Care Unit of the Mother and Child Hospital in Vientiane capital city for their clinical support. We also thank the Arbovirus and Emerging Viral Diseases Laboratory of the Institut Pasteur du Laos for technical support.

Wachareeporn Trinachartvanit, Dmitry A. Apanaskevich, Maria A. Apanaskevich, Aummarin Chaloemthanetphong, Paul T. Brey, Arunee Ahantarig, Pattraporn Jeangkhwoa, Khaithong Lakeomany, Khamsing Vongphayloth, Georgia Southern University, University System of Georgia (USG), Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Mahidol University [Bangkok], and This project was partially supported by Mahidol University and BDC PERDO (BDC-PG3-161006), Thailand. This study in Laos was funded by Institut Pasteur du Laos.

Stéphanie Dabo, Catherine Oke, Elodie Calvez, Louis Lambrechts, Elliott F. Miot, James G. Logan, Paul T. Brey, Fabien Aubry, Sébastien Marcombe, Marc Grandadam, Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), This work was funded by the Institut Pasteur du Laos, the Institut Pasteur’s International Division (ACIP 2016-16), the Agence Nationale de la Recherche (grant ANR-17-ERC2-0016-01), the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID), the City of Paris Emergence(s) program in Biomedical Research, and a JICA/AMED SATREPS project for 'the development of innovative research technique in genetic epidemiology of malaria and other parasitic diseases in the Lao PDR for containing their expanding endemicity.' The funders had no role in study design, data collection and interpretation, or the decision to submit the work for publication., ANR-17-ERC2-0016,GxG,Base génétique de la spécificité génotype-génotype dans l'interaction naturelle entre un virus et son insecte vecteur(2017), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Elliott F. Miot, Maysa T Motoki, Phoutmany Thammavong, Bruna Demari-Silva, Paul T. Brey, Pattamaporn Kittayapong, Nothasine Phommavanh, Dina M. Fonseca, Sébastien Marcombe, Somsanith Chonephetsarath, Jeffrey C. Hertz, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Vysnova Partners, Inc. [Landover, MD], Smithsonian Institution, Rutgers, The State University of New Jersey [New Brunswick] (RU), Rutgers University System (Rutgers), Cellule Pasteur UPMC, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris], Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade de São Paulo (USP), Naval Medical Research Unit Two [Singapore] (NAMRU-2), Naval Medical Research, Mahidol University [Bangkok], The views expressed in this publication are those of the author and do not necessarily reflect the official policy or position of the Department of the Navy, Department of Defense, nor the U.S. Government. This study was partially supported by the U.S. Naval Medical Research Unit TWO, work unit number D1428, in support of the Military Infectious Diseases Research Program and Institut Pasteur du Laos. I (JCH) am a military service member. This work was prepared as part of my official duties. Title 17, U.S.C., §105 provides that copyright protection under this title is not available for any work of the U.S. Government. Title 17, U.S.C., §101 defines a U.S. Government work as a work prepared by a military service member or employee of the U.S. Government as part of that person’s official duties., Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP)

Maysa T Motoki, Leopoldo M. Rueda, Elliott F. Miot, Paul T. Brey, Khamsing Vongphayloth, Jeffrey C. Hertz, Alexandra Hiscox, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Smithsonian Institution, Cellule Pasteur UPMC, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris] (IP), Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Naval Medical Research Unit Two [Singapore] (NAMRU-2), Naval Medical Research, This study was partially supported by the U.S. Naval Medical Research Unit TWO, work unit number D1428, in support of the Military Infectious Diseases Research Program and Institut Pasteur du Laos., Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur [Paris], and Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

J. Depaquit, K. Vongphayloth, P. Siriyasatien, R. Polseela, A. Phumee, M. Loyer, A. Vol, G. Varlot, N. Rahola, P. T. Brey, I. W. Sutherland, J. C. Hertz, F. Gay, N. Léger, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Medical Entomology and Biology of Disease Vectors [Vientiane, Lao], Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Chulalongkorn University [Bangkok], Naresuan University, Transmission Vectorielle et Épidémiosurveillance de Maladies Parasitaires - EA 4688 (VECPAR), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), United States Navy - U.S. Navy (USA), Naval Medical Research Unit Two [Singapore] (NAMRU-2), Naval Medical Research, Sorbonne Université (SU), and This work was partially supported by the U.S. Naval Medical Research Unit TWO, work unit number D1428, in support of the Armed Forces Health Surveillance Branch – Global Emerging Infections Surveillance and Response System (AFHSB-GEIS) and the Institut Pasteur du Laos.

Lucas Bonnin, Annelise Tran, Vincent Herbreteau, Sébastien Marcombe, Sébastien Boyer, Morgan Mangeas, Christophe Menkes, Ecologie marine tropicale des océans Pacifique et Indien (ENTROPIE [Nouvelle-Calédonie]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie])-Ifremer - Nouvelle-Calédonie, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC), Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale (UMR TETIS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), UMR 228 Espace-Dev, Espace pour le développement, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA)-Université de Montpellier (UM), Univ Réunion espace-dev IRD Univ Guyane Uiv Montpellier (Espace Dev), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur du Cambodge, and Agence Française de Développement (AFD)

Buckwalter , Matthew R., Nga , Phan Thi, Gouilh , Meriadeg Ar., Fiette , Laurence, Bureau , Jean-François, Laird , Melissa E., Buchrieser , Julian, Ozden , Simona, Cheval , Justine, Eloit , Marc, Manuguerra , Jean-Claude, Gessain , Antoine, Brey , Paul T., Fontanet , Arnaud, Albert , Matthew L., Immunobiologie des Cellules Dendritiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), National Institute of Hygiene and Epidemiology ( NIHE ), Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence ( CIBU ), Institut Pasteur [Paris], Histopathologie humaine et Modèles animaux, Département de Virologie, Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) ( PF8 ), Virologie UMR1161 ( VIRO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-ANSES, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur ( RIIP ) -Institut Pasteur du Laos, Epidémiologie des Maladies Emergentes, Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] ( CNAM ) -Institut Pasteur [Paris]-Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents ( PACRI ), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] : EA4628-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] : EA4628, and Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 )

Jean-Marc Bonneville, Frederic Laporte, Ian W. Sutherland, Benedicte Fustec, Jeffrey C. Hertz, Tristan Cumer, Sébastien Marcombe, Julien Renaud, Thierry Gaude, Jean-Philippe David, Sébastien Boyer, Camille Noûs, Victor Arnaud, Chloé Haberkorn, Julien Cattel, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Naval Air Station Jacksonville (NAS Jacksonville), United States Navy - U.S. Navy (USA), Naval Medical Research Unit Two [Singapore] (NAMRU-2), Naval Medical Research, Khon Kaen University [Thailand] (KKU), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur du Laos, This work was conducted in the framework of the U.S. Naval Medical Research Unit TWO projects BIO‐LAO‐2 (work unit number D1425) and ARBOVEC‐PLUS (work unit number D1428), in support and funded by the Department of Defense Global Emerging Infections Surveillance Program and Military Infectious Disease Research Program. I (IWS and JCH) am a military Service member. This work was prepared as part of my official duties. Title 17, U.S.C., Section 105 provides that copyright protection under this title is not available for any work of the U.S. Government. Title 17, U.S.C., Section 101 defines a U.S. Government work as a work prepared by a military Service member or employee of the U.S. Government as part of that person's official duties. This publication was also supported by the project, Research Infrastructures for the control of vector‐borne diseases (Infravec2), which has received funding from the European Union's Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement No 731060. Dr. Julien Cattel was supported by funding from the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement no. 734548. The field study in Cambodia was supported by ECOMORE 2 project, coordinated by Institut Pasteur and financially supported by AFD (Agence Française pour le Développement)., European Project: 731060,INFRAVEC2(2017), European Project: 734548,ZIKAlliance(2016), United States Navy Entomology, Laboratoire Cogitamus, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])

Antsa Rakotonirina, Morgane Pol, Fara Nantenaina Raharimalala, Valentine Ballan, Malia Kainiu, Sébastien Boyer, Sosiasi Kilama, Sébastien Marcombe, Sylvie Russet, Emilie Barsac, Rama Vineshwaran, Malia Kaleméli Selemago, Vincent Jessop, Geneviève Robic, Romain Girod, Paul T. Brey, Julien Colot, Myrielle Dupont-Rouzeyrol, Vincent Richard, Nicolas Pocquet, Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur de Madagascar, Institut Pasteur du Cambodge, Écologie et Émergence des Pathogènes Transmis par les Arthropodes / Ecology and Emergence of Arthropod-borne Pathogens, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Ministry of Health [Fiji], Agence de Santé des îles Wallis & Futuna, Direction Internationale de l'Institut Pasteur, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), and The project leading to this publication received funding from the French Fund for Economic, Social, Cultural and Scientific Cooperation in the Pacific ('Pacific Fund') and the and the Institut Pasteur of New Caledonia. AR obtained a scholarship from the Institut Pasteur International Network (Bourse Calmette & Yersin).

Sarah Temmam, Khamsing Vongphayloth, Eduard Baquero, Sandie Munier, Massimiliano Bonomi, Béatrice Regnault, Bounsavane Douangboubpha, Yasaman Karami, Delphine Chrétien, Daosavanh Sanamxay, Vilakhan Xayaphet, Phetphoumin Paphaphanh, Vincent Lacoste, Somphavanh Somlor, Khaithong Lakeomany, Nothasin Phommavanh, Philippe Pérot, Océane Dehan, Faustine Amara, Flora Donati, Thomas Bigot, Michael Nilges, Félix A. Rey, Sylvie van der Werf, Paul T. Brey, Marc Eloit, Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health [Paris] (OIE)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, National University of Laos, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), NGS was performed with the help of the Biomics Platform, Center for Technological Resources and Research, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09), Inclusive Blockchain Insurance using Space Assets and the Illumina COVID-19 Projects’ offer. The work was granted access to the High Performance Computing resources of the Institute for Development and Resources in Intensive Scientific Computing under the allocation 2020-101592 made by Grand Équipement National de Calcul Intensif. We thank the Ministry of Health and the Ministry of Natural Resources and Environments, Lao People’s Democratic Republic, for their authorization of the field work and the Faculty of Environmental Science for its authorization of the field research collaboration. The work was supported by an Institut Pasteur 'Covid Taskforce' and in part by the H2020 project 101003589 (RECOVER) and Labex IBEID (ANR-10-LABX62-IBEID) grants. Field and laboratory work at IPL was also supported by a UK embassy grant (grant no. INT 2021/LOV C19 02) and a Luxembourg Development special grant (grant no. LAO/030·202324)., We thank S. Mohamed Ali, N. Da Rocha, A. Brisebarre, T. Xaybounsou and S. Chonephetsarath for their help at the bench, A. Haouz and the staff of the protein crystallogenesis facility at Institut Pasteur for help with crystallization trials, P. England from the Molecular Biophysics facility at Institut Pasteur for his support and access to the BLI equipment, P. Legrand from the PX1 beamline at Synchrotron SOLEIL for data collection support, and P. Guardado-Calvo for discussion and support with BLI experiments., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), and European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020)

Temmam, Sarah, Vongphayloth, Khamsing, Baquero Salazar, Eduard, Munier, Sandie, Bonomi, Massimiliano, Regnault, Béatrice, Douangboubpha, Bounsavane, Karami, Yasaman, Chrétien, Delphine, Sanamxay, Daosavanh, Xayaphet, Vilakhan, Paphaphanh, Phetphoumin, Lacoste, Vincent, Somlor, Somphavanh, Lakeomany, Khaithong, Phommavanh, Nothasin, Pérot, Philippe, Dehan, Océane, Amara, Faustine, Donati, Flora, Bigot, Thomas, Nilges, Michael, Rey, Félix, van Der Werf, Sylvie, Brey, Paul, Eloit, Marc, Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health [Paris] (OIE)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, National University of Laos, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, and TEMMAM, Sarah

Khamsing Vongphayloth, Delphine Chrétien, Yasaman Karami, Vilakhan Xayaphet, Sarah Temmam, Félix A. Rey, Max Bonomi, Somphavanh Somlor, Khaithong Lakeomany, Bounsavane Douangboubpha, Marc Eloit, Phetphoumin Paphaphanh, Nothasin Phommavanh, Michael Nilges, Flora Donati, Paul T. Brey, Daosavanh Sanamxay, Vincent Lacoste, Thomas Bigot, Sandie Munier, Béatrice Regnault, Sylvie van der Werf, Philippe Pérot, Eduard Baquero Salazar, Institut Pasteur [Paris] (IP), National University of Laos, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), The work was funded by an Institut Pasteur 'Covid Taskforce' and in part by the H2020 project 101003589 (RECOVER) grants. Field and laboratory work at IP-Laos was also funded by a UK embassy grant (Grant No. INT 2021/LOV C19 02) and Luxembourg Development special grant (Grant No. LAO/030·202324)., The authors want to thank Souand Mohamed Ali, Nicolas Da Rocha, Thonglakhone Xaybounsou, and Somsanith Chonephetsarath for their help at the bench. Next-generation sequencing was performed with the help of Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09), IBISA, and the Illumina COVID-19 Projects’ offer. The work was granted access to the HPC resources of IDRIS under the allocation 2020-101592 made by GENCI. We thank the Ministry of Health and the Ministry of Natural Resources and Environments, Lao PDR, for their authorization of the field work and the Faculty of Environmental Science for its authorization of the field research collaboration., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020), and Institut Pasteur [Paris]

Anne Lavergne, Damien Donato, Alain Franc, Sourakhata Tirera, Benoit de Thoisy, Christiane Bouchier, Vincent Lacoste, Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes [Cayenne, Guyane Française], Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur [Paris], Département de Virologie - Department of Virology, Arbovirus & Emerging Viral Diseases [Vientiane] (A&EVD), Institut Pasteur du Laos, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), S. Tirera was funded by the RESERVOIRS program, supported by European funds (PO FSE 2014-2020), an 'Investissement d’Avenir' grant managed by the Agence Nationale de la Recherche (CEBA, ref. ANR-10-LABX-25-01), a European Commission 'REGPOT-CT-2011-285837-STRonGer' grant within the FP7, and the Institut Pasteur de la Guyane. This study was conducted within the 'BioViRo' program, supported by an 'Investissement d’Avenir' grant managed by the Agence Nationale de la Recherche (CEBA, reference ANR-10-LABX-25-01). Field work conducted by BdT was funded by the ViRUSES program, supported by European funds (FEDER) and assistance from Région Guyane and Direction Régionale pour la Recherche et la Technologie, the ZNIEFF Guyane (DEAL Guyane) program, the GUYAMAZON II program, and Réseau des Observatoires Hommes-Milieux (OHM-Oyapok APR 2013, François Catzeflis). High-throughput sequencing was performed on the Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09) and IBISA., ANR-10-LABX-0025,CEBA,CEnter of the study of Biodiversity in Amazonia(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 285837,EC:FP7:REGPOT,FP7-REGPOT-2011-1,STRONGER(2011), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), and Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest

Mathieu Nacher, Ighor Arantes, Edith Darcissac, Gonzalo Bello, Vincent Lacoste, Instituto Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Institute [Rio de Janeiro] (IOC), Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur du Laos, Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Université de Guyane (UG), and IA was funded by a fellowship from Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES-Brazil). G.B. is funded by fellowships from the Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq (Grant number 302317/2017–1) and the Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (Grant number E-26/202.896/2018). This research was supported by grant 14078 from the ANRS.

Debi Boeras, Cheikh Tidiane Diagne, Jose L. Pelegrino, Marc Grandadam, Veasna Duong, Philippe Dussart, Paul Brey, Didye Ruiz, Marisa Adati, Annelies Wilder-Smith, Andrew K. Falconar, Claudia M. Romero, Maria Guzman, Nagwa Hasanin, Amadou Sall, Rosanna W. Peeling, Global Health Impact Group, Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Pedro Kouri Institute of Tropical Medicine, Institut Pasteur du Laos, Institut Pasteur du Cambodge, Institut Pasteur de Madagascar, Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Umeå University, London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), Universidad del Norte, Barranquilla, UNICEF Headquarters, This work was supported by the USAID grant GHA-G-00-07-00007 and ZikaPLAN (European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under Grant Agreement No. 734584)., and European Project: 734584,ZikaPLAN

Phaithong Bounmany, Vincent Lacoste, Marc Grandadam, Charlotte Balière, Valérie Caro, Sitsana Keosenhom, Thonglakhone Xaybounsou, Paul T. Brey, Kitphithak Fangkham, Souksakhone Viengphouthong, Elodie Calvez, Somphavanh Somlor, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris] (IP), and This work was funded by the Agence Française de Développement grant N° CZZ 2146 01 (Ecomore2 project) and by UNITEDengue and the Global Partnership Program, Canada (ASEAN-GPP Grant Phase 3—Laboratory Capacity Development for diagnostics of Emerging Dangerous Pathogens).

Nothasin Phommavan, Vincent Corbel, Simone Nambanya, Julie Bobichon, Santi Maithaviphet, Paul T. Brey, Sébastien Marcombe, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Ministry of Health [Laos], Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and This work was carried out within the framework of the MALVEC research project funded by the 5% initiative from the French Ministry of Foreign Affairs and International Development, contract12INI212.

Susannah Lechmere, Omobolanle H Abdullateef, Phoutmany Thammavong, Natalie M Portwood, Safina Khadam, Chloé Boer, Somsanith Chonephetsarath, Rosie Longstreeth, Paul T. Brey, Anna E Jacob, Nursu C Kuyucu, Wlaa Ali, Phonesavanh Luangamath, Jordan Forward, Andrew K. Jones, Santi Maithaviphet, Sébastien Marcombe, Somphat Nilaxay, Zuhal Rahmani, Simone Nambanya, Hayato Kakinuma, Natasha Brown, Joseph Hawkins, Penelope J Saverton, Madeleine Smee, Khaitong Lakeomany, Gabriela Stieger, Nothasin Phommavanh, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Oxford Brookes University, Ministry of Health [Laos], and The mosquito collections, rearing and identification work was carried out within the framework of the MALVEC research project funded by the 5% initiative from the French Ministry of Foreign Affairs and International Development. For extraction and amplification of DNA from mosquitoes, funding was provided by Oxford Brookes University.

Phonepadith Khattignavong, Moritoshi Iwagami, Phonepadith Xangsayarath, Bouasy Hongvanthon, Paul T. Brey, Futoshi Nishimoto, Pheovaly Soundala, Jun Kobayashi, Daisuke Nonaka, Shigeyuki Kano, Tiengkham Pongvongsa, Savannakhet Provincial Health Department [Lao People’s Democratic Republic], Savannakhet Province [Lao People’s Democratic Republic], Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development (SATREPS), Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)-Japan International Cooperation Agency (JICA), University of the Ryukyus [Okinawa], National Center for Global Health and Medicine [Japan] (NCGM), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Ministry of Health [Laos], Nagasaki University, and This study was partly supported by a JICA/AMED SATREPS project for the 'Development of innovative research techniques in genetic epidemiology of malaria and other parasitic diseases in the Lao PDR for containing their expanding endemicity' and the Grant for National Center for Global Health and Medicine (28-4).

Frange, Pierre, Tubiana, Roland, Sibiude, Jeanne, Canestri, Ana, Arvieux, Cédric, Brunet-Cartier, Cécile, Cotte, Laurent, Reynes, Jacques, Mandelbrot, Laurent, Warszawski, Josiane, Le Chenadec, Jérôme, Crenn-Hebert, Catherine, Floch-Tudal, Corinne, Mazy, Fabienne, Joras, Marine, Meier, Françoise, Mortier, Emmanuel, Briquet, Catherine, Ichou, Houria, Marty, Laurence, Jabbarian, Hélène, Ceccaldi, Pierre-François, Villemant, Agnès, Zarouk, Virginie, Lefort, Agnès, Ben Salah, Mariam, Hittinger, Gilles, Chamouilli, Jean-Marc, Burle, Christian, Lafeuillade, Alain, Philip, Gisèle, Lambry, Véronique, Medus, Marie, Bachelard, Germaine, Malet, Martine, Dendale-Nguyen, Joëlle, Guimard, Thomas, Guimard, Karine, Brossier, Jean-Pierre, Perre, Philippe, Esnault, Jean-Luc, Aubry, Olivier, Leautez-Nainville, Sophie, Bonnenfant, Valerie, Laine, Laeticia, Martha, Sandrine-Anne, Maurel, Elise, Francoise, Michel, Barat, Muriel, Murger, Patricia, Rouha, Mahfoud, Lévy, Marc, Lumbroso, Philippe, Checoury, Alain, Sahadatu, Osseni, Perfezou, Pascale, Blondin, Gilles, Ansart, Séverine, De Saint Martin, Luc, Le Moine, Philippe, Duthé, Jean-Charles, Daniel, Corinne, Calvez, Christian, Boutaric, Emmanuelle, Rohan, Jennifer, Bauville, Estelle, Dupre, Christelle, Lotton, Pascal, Ouamara-digue, Enora, Poinsignon, Yves, Goussef, Marie, Grelier, Anne, Mousset, Gaetane, Cudeville, Corinne, Niault, Mathilde, Belzic, Isabelle, Moreau, Philippe, Le Coz, Marie-Françoise, Vaillant, Odile Luycx, Guerin-Duplessy, Anne, Mouton-Rioux, Virginie, De Morel, Philippe, Vitrat, Virginie, Tardif, Didier, Gaillat, Jacques, Vanderbergh, Anne, Braig, Suzanne, Clavere, Gaelle, Dehlinger-Paul, Marion, Mohamed, Khaled, Echard, Marie, Camus, Michel, Mulard, Catherine, Fontelonga, Marie-Agnès, Heller-Roussin, Brigitte, Winter, Cécile, Challier, Marion, Debruyne, Elise, Marcou, Valerie, Firtion, Ghislaine, Pannier, Emmanuelle, Costa, Myriam, Launay, Odile, Salmon-Ceron, Dominique, Belkacem, Touria, Bajawi, Youcef, Aubret, Valérie Raynal, Rivaux, Danièle, Elaoun, Neila, Allal, Lahcene, Djoubou, Sandrine, Rahli, Djamila, Moine, Agnès Bourgeois, Valentin, Morgane, Damond, Florence, Huri, Virginie, Vivier, Valérie, Yahia, Fatma Ait, Garrait, Valérie, Hau, Isabelle, Touboul, Claudine, Ratsimbazafy, Lanto, Boiron, Emilie, Elharrar, Brigitte, Labaune, Jean-Marc, Rudigoz, Rene-Charles, Brochier, Corinne, Galvan, Valérie, Ogoudjobi, Stanislas, Elleau, Christophe, Runel-Belliard, Camille, Pistone, Thierry, Fleury, Hervé, Horovitz, Jacques, Sandler, Boris, Roux, Denis, Ragnaud, Jean-Marie, Chabanier, Pierre, Brun, Jean-Luc, Delveaux, Sandrine, Muanza, Blandine, Diallo, Mama Doufari, Lamaury, Isabelle, Sow, Marie-Thérèse, Samar, Ketty, Carpentier, Bénédicte, Osman, Zafer, Dienga, Etienne, Seaume, Hervé, Ducrocq, Sarah, Bailly-Salin, Philippe, Da Silva, Christelle Dusart, Fayolas, Isabelle, Abbal, Julie, Simon-Toulza, Caroline, Truillet, Véronique, Bogner, Noëlle, Chiabrando, Julie, Armand, Evelyne, Cayla, Claudine, Chacé, Anne, Matheron, Isabelle, Richier, Laurent, Miantezila, Joe, Bry, Sandrine, Couderc, Sophie, Narcy, Catherine, Routier, Corinne, Nassar, Rania, Bouldouyre, Marie-Anne, Zakaria, Ahmed, Dauphin, Hélène, Goissen, Céline, Belloy, Marie, Delassus, Jean-Luc, Favret, Véronique, Nemeth, Céline, Partisani, Marialuisa, Entz-Werlé, Natacha, Langer, Bruno, Uettwiller, Françoise, Durand, Myriam, Partizani, MariaLuisa, Cheneau, Christine, Rey, David, Ebel, Edith, Fischer, Patricia, DAVID, Eric, Vayssière, Christophe, Weil, Michèle, Schmitt, Marie Paule, Nisand, Israël, Genet, Philippe, Brault, Dominique, Allisy, Christine, Gerbe, Juliette, Masse, Virginie, Wifaq, Bouchra, Courdavault, Laurence, Gabor, Petra, Tordjeman, Nathalie, Lebrette, Marie-Gisèle, Selleret, Lise, Samama, Déborah, Bolot, Pascal, Khuong-Josses, Marie-Aude, Amel, Mahdi, Bounan, Stéphane, Nourry, Christelle, Andris, Sabine, Blanche, Stephane, Driessen, Marine, Veber, Florence, Fischer, Alain, Rouzioux, Christine, Avettand-Fenoël, Véronique, Mahlaoui, Nizar, Mourey, Marie-Christine, Granier, Michèle, Devidas, Alain, Donnadieu, Anne-Claire, May, Adrien, Chabrol, Amélie, Chevojon, Pierre, Bellahcene, Chahrazede, Sanchez, Audrey, Malbrunot, Claire, Neizelien, Joelle, Agher, Nouara, Pluchart, Claire, Rouger, Christine, Dommergues, Marc, Bonmarchand, Manuela, Shneider, Luminata, Caby, Fabienne, Calin, Ruxandra-Oana, Blanc, Christine, Lupin, Catherine, Pauchard, Michèle, Yangui, Mohamed Amine, Roca, Didier, Todorova, Darina, Laurent, Juliette, Ferry, A., Deschaud, Martine, Blum, Laurent, Chambrin, Véronique, Labrune, Philippe, Clech, Laure, Raho-Moussa, Mariem, Pauly-Ravelly, Isolde, Jault, Thierry, Bouabdallah, Soufiane, Sanchez, Lydie, Sanchez, Anita, Johnson, Ama, Louchard, Agnès, Allouche, Claude, Pathe, Jean-Paul, Lachassine, Eric, Benoist, Laurence, Jeantils, Vincent, Delannoy, Catherine, Benbara, Amélie, Carbillon, Lionel, Borgne, Anne, Moreau, Laurence, PICARD, Fabienne, Karaoui, Leïla, Elbert, Véronique Lefevre, Balaz, Valérie, Bongain, André, Monpoux, Fabrice, Deville, Anne, Galiba, Eliane, Jabbar, Ahmed, Joutel, Martine, Schmidt, Jean-Luc, Decaux, Nathalie, Cravello, Ludovic, Errichiello, Katia, Hubert, Claire, Dollfus, Catherine, Hervé, François, Tabone, Marie-Dominique, Courcoux, Mary-France, Leverger, Guy, Kayem, Gilles, Schnurgier, Aurélie, Jensen, Aurore, Vaudre, Geneviève, Pinquier, Didier, Gromez, Alexis, Pinto-Cardoso, Gaelle, Faye, Albert, Borie, Constance, Levine, Martine, Matheron, Sophie, Marouts, Erianna Bellaton, Boissinot, Christine, Caseris, Marion, Pommelet, Virginie, Morau, Geneviève, Leveille, Sandrine, Boumediene, Marie Astride, Garion, Dominique, Peretti, Delphine, Fourcade, Corinne, Houllier, Marie, Jrad, Ikram, Bourdic, Katia, Monnier, Sylvie, Chirouze, Catherine, Proust, Aurélie, Catteau, Odile, Gardiennet, Quentin, Reliquet, Véronique, Winer, Norbert, Vaucel, Edouard, Rodallec, Audrey, Garnier-André, Elisabeth, Briandet, Claire, Brouard, Jacques, Goubin, Pascale, Beucher, Gaël, Dina, Julia, Demersay, Arnaud Chalvon, Tassi, Sylvie, Lavarenne, Gaelle, Rajguru, Mandovi, Messaoudi, Fabienne, Carré, Nathalie, Rajguru, Mandavi, Bobrie-Moyrand, Claire, Foucaud, Pierre, Bernard, Louis, Maakroun, Zoha, Bourgault, Olivier, Kebaili, Kamila, Bertrand, Yves, Alixe, Véronique, Boyer, Emeline, Billiemaz, Kareen, Fanget, Cécile, Ronat, Véronique, Lesauder, Catherine, Lavastre, Marie Laure, Moulin, Alice, Turquini, Marie-France, Colombani, Dominique, Belgodere, Danièle, Fialaire, Pascale, Proust, Stéphanie, Rehaiem, Sami, Mesnard, Louis, Werner, Evelyne, Dukiel, Nathalie, Desmergers, Baya, Blanc-Ruffat, Isabelle, Maraux, Barbara, Coursol, Anne, Castaneda, Julie, Etienne, Lise, Vintejoux, Emmanuelle, Lalande, Muriel, Segondy, Michel, Guigue, Nelly, De Gennes, Christiane, Clavel, Cyril, Cazassus, François, Walter, Véronique, Mazingue, Françoise, Hammou, Yamina, Lagree, Marion, Paquiez, Odile, D’angelo, Sophie, Boquet, Laurence, Ajana, Faiza, Hatchuel, Yves, Nahri, Imad, Zebelus, Jenny, Genet, Claire, Ducroix-Roubertou, Sophie, Aubrard, Yves, Constanty, Anne, Weinbreck, Pierre, Piet, Emilie, Jacquier, Françoise, Michaud, Christophe, Safwan, Hassan, Boutet, Arnaud, Grand-Courault, Carole, Autret, Fanny, Habibi, Fakher, Azria, Elie, Abdelhadi, Mohamed, Elenga, Narcisse, Bocket, Laurence, Taillet, Françoise, Palenzuela, Gilles, Khadly, Redouane, Pierronnet, Danielle, Dos-Santos, Emmanuelle, David, Selva, Makhloufi, Djamila, Brunel-Dalmas, Florence, Carbonnel-Delalande, Elisabeth, Chiarello, Pierre, Godinot, Matthieu, Gilbert, Sylvie, Massardier, Jérôme, Gauthier-Moulinier, Hélène, Fernandes, Elisabeth, Ranaivojaona, Sata, Chevry, Coralie, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Maladies infectieuses et tropicales [CHU Tenon], CHU Tenon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Département de maladies infectieuses, Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Chirurgie Gynécologique et Obstétrique (CGO), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Département d'infectiologie [AP-HP Hôpital Louis Mourier, Colombes], Faculté de Médecine Paris-Diderot [Paris], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service de Médecine Interne [AP-HP, CHU Beaujon], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Beaujon [AP-HP], Service de médecine interne, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon [AP-HP], Centre Hospitalier Intercommunal Toulon-La Seyne sur Mer - Hôpital Sainte-Musse, Service de pédiatrie, Centre Hospitalier Chalon-sur-Saône William Morey, CH de Lorient, Laboratoire de Traitement de l'Information Medicale (LaTIM), Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Université de Brest (UBO)-Télécom Bretagne-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Département de Médecine Interne et Pneumologie [Brest] (DMIP - Brest), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Unité d'hémato-oncologie, CHU Toulouse [Toulouse], Pôle Médico-Chirurgical de Pédiatrie et de Génétique Clinique, Néonatologie, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Service de Gynécologie et Obstétrique [Rennes] = Gynaecology [Rennes], CH Bretagne Sud, Centre d'Investigations Biomédicales - Hématologie - Oncologie - Greffes (CIB-HOG), Centre d'Investigations Biomédicales - Hématologie - Oncologie - Greffes-Hopital St Louis, Centre Hospitalier Annecy-Genevois [Saint-Julien-en-Genevois], Service des Maladies Infectieuses, Centre Hospitalier de la Région d'Annecy (Pringy), University of Warwick [Coventry], Physiopathologie et Pharmacotoxicologie Placentaire Humaine (U1139), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Cochin [AP-HP], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Réseau périnatal Aurore, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Bordeaux [Bordeaux], pôle gynécologie-obstétrique et médecine foetale, Laboratoire Rhéologie et Procédés (LRP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Fédération des Maladies Infectieuses [Bordeaux], CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux], Centre de compétences des microangiopathies thrombotiques, department of pathology, university hospital, parakou, CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales[Point-à-Pitre], Service de Gynécologie-Obstétrique [Bicêtre], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), CHU Strasbourg, Développement et physiopathologie de l'intestin et du pancréas, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de gynécologie–obstétrique, CHU Strasbourg-Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], CHRU Strasbourg, Département d'échographie et de Médecine fœtale, SIHCUS-CMCO, Service de Gynécologie-Obstétrique, CHI Poissy-Saint-Germain, Centre Hospitalier Victor Dupouy, Service d'informatique médicale et biostatistiques [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Hôpital d'Argenteuil, Centre Hospitalier de Saint-Denis [Ile-de-France], Hôpital Delafontaine, Recherche Epidémiologique en Santé Périnatale et Santé des Femmes et des Enfants (UMR_S 953), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de microbilogie & unité d'immunologie, hématologie et rhumatologie pédiatriques, Developpement Normal et Pathologique du Système Immunitaire, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Chaire Médecine expérimentale (A. Fischer), Collège de France (CdF (institution)), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Université Sorbonne Paris Cité (USPC), IFR Necker-Enfants Malades (IRNEM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Médecine néonatale, Centre Hospitalier Sud Francilien, Service de pneumologie [Béclère], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Service de Gynécologie-Obstétrique, Maternité, Chirurgie Gynécologique [CHU Pitié-Salpêtrière], Service de médecine interne [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Croissance cellulaire, réparation et régénération tissulaires (CRRET), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Antoine Béclère, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Référence Maladies Héréditaires du Métabolisme Hépatique [Hôpital Antoine Béclère - APHP (CRMR), Service de rhumatologie [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Service de gynécologie-obstétrique [Hôpital Jean Verdier], Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Service de Gynécologie-Obstétrique-Reproduction, Hôpital l'Archet, Service d'Hémato-oncologie Pédiatrique [CHU Nice], Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), CHU Trousseau [APHP], Service d'hématologie-immunologie-oncologie pédiatrique [CHU Trousseau], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Epidémiologie Clinique et Evaluation Economique Appliquées aux Populations Vulnérables (ECEVE (U1123 / UMR_S_1123)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Service des maladies infectieuses et tropicales, Service de pédiatrie générale, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Robert Debré-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Service de Gynécologie Obstétrique, Service de Médecine Interne et Immunologie clinique [AP-HP Hôpital Bicêtre], Hôpital Bicêtre, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), service de maladies infectieuses CHU J Minjoz Besancon, Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles (PhAN), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Service de virologie [CHU Nantes], Service de Pédiatrie Enfants - Hématologie Oncologie [CHU de Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service de Pédiatrie Médicale [Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service de Gynécologie-Obstétrique et Médecine de la Reproduction [CHU Caen], Service de Virologie [CHU Caen], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service de Médecine Interne et Maladies Infectieuses [Tours], Service d'hématologie : Immuno-Hématologie pédiatrique et transplantation de moelle osseuse, Hôpital Debrousse, CHU Saint-Etienne, Centre population et développement (CEPED - UMR_D 196), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Médecine Néonatale et Réanimation Pédiatrique, CH René Dubos, Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Hôpital Jeanne de Flandres, Université de Lille, Droit et Santé-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital Gustave Dron, Tourcoing], Centre Hospitalier Gustave Dron [Tourcoing], 'Personal Protection Against Vectors' working group (PPAV), PPAV working group, Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Limoges], CHU Limoges, Equipe de Recherche Médicale Appliquée (ERMA), Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503), CHU Annecy, Service de Pédiatrie, Centre hospitalier de Saint-Nazaire, EA 3593 Université des Antilles et de la Guyane, Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Laboratoire de virologie [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Service d'immunologie, Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Centre Hospitalier de Basse-Terre, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Université de Rennes (UR), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Collège de France - Chaire Médecine expérimentale (A. Fischer), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), ANRS CO1/CO11, French national, Viral Hepatitis, Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Tenon], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Télécom Bretagne-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Hôpital des Enfants, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), CH Evry-Corbeil-CH Evry-Corbeil, CH Evry-Corbeil, Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Laboratoire d'Electrotechnique de Lyon (LEL), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon, Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier )-Université de Montpellier (UM)

Guido Calleri, Marta Díaz-Menéndez, Alfred Lennart Bissinger, Spinello Antinori, Camilla Rothe, Jonathan D. Alpern, Emanuele Nicastri, Patricia Schlagenhauf, Mugen Ujiie, Elena Trigo Esteban, Denis Malvy, Davidson H. Hamer, Federico Gobbi, Alexandre Duvignaud, Emilie Javelle, Marc Grandadam, Takato Nakamoto, University of Zurich, Díaz-Menéndez, Marta, Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infectious Diseases Unit, Istituto Nazionale di Malattie Infettive 'Lazzaro Spallanzani' (INMI), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), and Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)

Sitsana Keosenhom, Elodie Calvez, Phaithong Bounmany, Souksakhone Viengphouthong, Charlotte Balière, Somphavanh Somlor, Valérie Caro, Marc Grandadam, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI), Institut Pasteur [Paris], MG received funding from the Agence Française de Développement grant n° CZZ 2146 01 (Ecomore2 project)., and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Sony Yean, Sébastien Boyer, Sébastien Marcombe, Didier Fontenille, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur du Laos, and The study was supported by ECOMORE 2 project, coordinated by Institut Pasteur and financially supported by AFD (Agence Française pour le Développement).

Miot, Elliott, Ecole Doctorale Complexité du Vivant (ED515), Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Sorbonne Université, Louis Lambrechts, and Paul Timothy Brey

Anna-Bella Failloux, Cheong H. Tan, Lee C. Ng, Stéphanie Dabo, Paul T. Brey, Julien Pompon, Fabien Aubry, Sébastien Marcombe, Ian H. Mendenhall, Louis Lambrechts, Elliott F. Miot, Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Duke-NUS Medical School [Singapore], Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), EFM was supported by a Calmette and Yersin doctoral fellowship of the Institut Pasteur International Network. This work was funded by Agence Nationale de la Recherche (grant ANR-17-ERC2-0016-01 to LL), the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID to LL), the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under ZikaPLAN grant agreement no. 734584 (to LL), and the City of Paris Emergence(s) program in Biomedical Research (to LL)., We thank Catherine Lallemand for assistance with mosquito rearing and three anonymous reviewers for constructive comments on an earlier version of the manuscript. We are grateful to the blood donor volunteers for participation in this study and the ICAReB staff for its support. We thank the National Park Board Singapore for their permission to collect in their parks and Jeffrey C. Hertz for his support and advice with the mosquito collections., ANR-17-ERC2-0016,GxG,Base génétique de la spécificité génotype-génotype dans l'interaction naturelle entre un virus et son insecte vecteur(2017), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 734584,ZikaPLAN, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Louis Lambrechts, Van-Mai Cao-Lormeau, Sarah H. Merkling, Isabelle Moltini-Conclois, Fanny Delaigue, Elliott F. Miot, Fabien Aubry, Artem Baidaliuk, Laura B. Dickson, Stéphanie Dabo, Sebastian Lequime, Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Collège doctoral [Sorbonne universités], Sorbonne Université (SU), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Louis Malardé [Papeete] (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), This work was supported by the Agence Nationale de la Recherche (grants ANR-16-CE35-0004-01 and ANR-17-ERC2-0016-01), the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID), the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under ZikaPLAN grant agreement no. 734584, and the City of Paris Emergence(s) Program in Biomedical Research., We thank Catherine Lallemand for assistance with mosquito rearing. We are grateful to Carla Saleh, Marie Flamand, Yasutsugu Suzuki, Laura Levi, Clément Dubois, and two anonymous reviewers for their insights. We thank Thanyalak Fansiri and Alongkot Ponlawat for the initial field sampling of mosquitoes in Thailand. We are grateful to the blood donor volunteers for participation in this study and the ICAReB staff for its support., ANR-16-CE35-0004,MOSQUIBIOTA,Contribution de la diversité bactérienne intestinale à la capacité vectorielle d'Aedes aegypti(2016), ANR-17-ERC2-0016,GxG,Base génétique de la spécificité génotype-génotype dans l'interaction naturelle entre un virus et son insecte vecteur(2017), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 734584,ZikaPLAN, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Collège Doctoral

Phonepadith Khattignavong, Pheovaly Soundala, Sengdeuane Keomalaphet, Paul T. Brey, Phoyphaylinh Prasayasith, Lavy Lorpachan, Ken Ing Cherng Ong, Tiengkham Pongvongsa, Shigeyuki Kano, Bouasy Hongvanthong, Hitomi Araki, Moritoshi Iwagami, Phonepadith Xangsayalath, Masamine Jimba, The University of Tokyo (UTokyo), Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development (SATREPS), Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)-Japan International Cooperation Agency (JICA), National Center for Global Health and Medicine [Japan] (NCGM), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Ministry of Health [Laos], Savannakhet Provincial Health Department [Lao People’s Democratic Republic], Savannakhet Province [Lao People’s Democratic Republic], and This study was financially supported by the JICA/AMED SATREPS project for the 'Development of innovative research techniques in the genetic epidemiology of malaria and other parasitic diseases in the Lao PDR for containing their expanding endemicity.'

Sengchanh Kounnavong, Phoutnalong Vilay, Paul T. Brey, Phosadeth Senamonty, Moritoshi Iwagami, Malayvanh Lao, Shigeyuki Kano, Daisuke Nonaka, Jun Kobayashi, Bouasy Hongvanthong, Paul Michael R. Hernandez, Ketkesone Phrasisombath, University of the Ryukyus [Okinawa], Ministry of Health [Laos], Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development (SATREPS), Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)-Japan International Cooperation Agency (JICA), Ministry of Defense [Vientiane, Laos], National Center for Global Health and Medicine [Japan] (NCGM), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), University of the Philippines (UP System), University of Health Sciences [Vientiane, Laos] (UHS), and Department of Global Health, School of Health Sciences, Faculty of Medicine, University of the Ryukyus, Japan and Japan International Cooperation Agency (JICA)/ Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development program (SATREPS) project for 'Development of Innovative Research Technique Epidemiology of Malaria and other Parasitic Diseases' supported the study.

Paul T. Brey, Khamsing Vongphayloth, Marc Grandadam, Jeffrey C. Hertz, Bounsavane Douangboubpha, Marc Eloit, Ian W. Sutherland, Sarah Temmam, Thomas Bigot, Brey, Paul, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Naval Medical Research Unit Two [Singapore] (NAMRU-2), Naval Medical Research, Naval Air Station Jacksonville (NAS Jacksonville), United States Navy - U.S. Navy (USA), National University of Laos, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), This work was supported by the United States Naval Medical Research Unit Two, work unit number D1425, in support of the Armed Forces Health Surveillance Branch–Global Emerging Infections Surveillance and Response System (AFHSB-GEIS), by the Institute Pasteur du Laos, by Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' grant ANR-10-LABX-62-IBEID, and by the Direction Internationale de l'Institut Pasteur., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)

Paul T. Brey, Veasna Duong, Vibol Hul, Stéphane Petres, Philippe Pérot, Delphine Chrétien, Evelyne Dufour, Valérie Pinarello, Muriel Vayssier-Taussat, Sarah Temmam, Emmanuel Albina, Elodie Devillers, Marine Dumarest, Thomas Bigot, Marc Grandadam, Thavry Hoem, Virginie Pommelet, Irène Loiseau, Jeffrey C. Hertz, Sara Moutailler, Khamsing Vongphayloth, Philippe Dussart, Julien Cappelle, Marc Eloit, Mathilde Gondard, Découverte de Pathogènes - Pathogen Discovery, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform (PPR), Institut Pasteur du Cambodge, US Naval Medical Research Unit n°2, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Université Paris-Est (UPE), This work was supported by Laboratoire d’Excellence (Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases, grant no. ANR-10-LABX-62-IBEID) and by the Direction Internationale de l'Institut Pasteur., We thank Jacques Bellalou and his team at the Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform of Institut Pasteur for their help in expression of recombinant proteins, Yves Jacob and Mélanie Dos Santos for their technical assistance with the luminometer, the staff members at the ICAReB Platform of Institut Pasteur for access to human control sera, and all the people involved in the sampling of ticks, bats, and cattle in France, French Antilles, Lao PDR, and Cambodia., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Eloit, Marc, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Plateforme technologique Production et purification de protéines recombinantes – Production and Purification of Recombinant Proteins Technological Platform, Institut Pasteur [Paris], Naval Medical Research Unit Two [Cambodge] (NAMRU-2), Naval Medical Research Center [Silver Spring, USA] (NMRC), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé

Alexandra Hiscox, Julie-Anne A. Tangena, Paul T. Brey, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), International Centre of Insect Physiology and Ecology (ICIPE), ICIPE, and This work was supported by the Yersin project, funded by the Michelin Corporate Foundation. AH was supported by a grant from the Innovative Vector Control Consortium.

Marc Eloit, Meriadeg Ar Gouilh, Nghia D. Ngu, Johannes Sander, Charles Hebert, Nils Janzen, Paul T. Brey, Laura Tondeur, Juliette Paireau, Hien Tran Nguyen, Olivier Lortholary, Tuan Hai Nguyen, Arnaud Fontanet, Loan Phuong, Jean-Claude Manuguerra, Robert Barouki, Justine Cheval, Nga Thi Phan, National Institute of Hygiene and Epidemiology [Hanoi, Vietnam] (NIHE), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (GRAM 2.0), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (CIBU), Institut Pasteur [Paris] (IP), Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), PathoQuest, Régulation de l'expression génétique (REG), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'infectiologie Necker-Pasteur [CHU Necker], Institut Pasteur [Paris] (IP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique Moléculaire des Virus Respiratoires, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Toxicité environnementale, cibles thérapeutiques, signalisation cellulaire (T3S - UMR_S 1124), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hannover Medical School [Hannover] (MHH), Institut Pasteur du Laos, Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Découverte de Pathogènes - Pathogen Discovery, Biologie des Infections - Biology of Infection, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Le Gouil, Meriadeg, Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Institut Pasteur [Paris]-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur [Paris], and Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI)

Catherine L. Moyes, Lee Ching Ng, Sin Ying Koou, Isabelle Dusfour, Ademir Jesus Martins, João Pinto, Kamaraju Raghavendra, John Vontas, David Weetman, Jean-Philippe David, Vincent Corbel, Big Data Institute, University of Oxford, Institute of Molecular Biology and Biotechnology (IMBB-FORTH), Foundation for Research and Technology - Hellas (FORTH), Agricultural University of Athens, Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Environment Health Institute [Singapore], National Environment Agency [Singapore] (NEA), Entomologie médicale, Laboratoire de Parasitologie [Cayenne, Guyane française], Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), National Institute of Malaria Research [New Dehli, Inde] (NIMR), Indian Council of Medical Research [New Dehli] (ICMR), Instituto de Higiene e Medicina Tropical (IHMT), Universidade Nova de Lisboa = NOVA University Lisbon (NOVA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Liverpool School of Tropical Medicine (LSTM), The preparation of this review was funded by an award from the World Health Organization's Special Programme for Research and Training in Tropical Diseases (http://www.who.int/tdr/) to VC, JPD, and the WIN network. The bioassay data extraction was funded by Wellcome Trust (https://wellcome.ac.uk/) grant 108440/Z/15/Z awarded to CLM., We thank Hilary Ranson for providing the complete datasets from her 2010 review. We also thank Maria de Lourdes Macoris, Laboratório de Entomologia Aplicada, Sucen, São Paulo, for compiling an extensive dataset for Brazil, and Poonam Sharma Velamuri and Elamathi Natarajan for their work on the data for India. We thank the following groups and individuals for contributing unpublished datasets: Gonçalo Seixas and Carla Alexandra Sousa, Global Health and Tropical Medicine, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade Nova de Lisboa, Beniamino Caputo and Alessandra della Torre, Istituto Pasteur-Fondazione Cenci-Bolognetti, Dipartimento di Sanità Pubblica e Malattie Infettive, Università 'Sapienza', Rome, Italy, Sébastien Marcombe and Paul Brey, Institut Pasteur du Laos, Vientiane, Lao People’s Democratic Republic Waraporn Juntarajumnong, Kasetsart University, Bangkok, Thailand, Ferdinand V. Salazar, Department of Medical Entomology, Research Institute of Tropical Medicine, Department of Health, Philippines, Laboratório de Entomologia Aplicada (LEnA), Sucen, Marília, SP/ Brazil., University of Oxford [Oxford], and Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)

Vincent Corbel, Julie Laforet, Sébastien Marcombe, Marc Souris, Paul T. Brey, Hans J. Overgaard, Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université de Toulouse le Mirail, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), and Mivegec, HAL

Boutsady Somphong, Paul T. Brey, Sébastien Marcombe, Vincent Corbel, Santi Maithaviphet, Nothasin Phommavan, Simone Nambanya, Julie Bobichon, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])

Benoit Witkowski, Hans-Peter Fuehrer, Garib Das Thakur, Céline Barnadas, Djibrine Djalle, Michael Ramharter, Mindy Leelawong, Wasif Ali-Khan, Harald Noedl, Bouasy Hongvanthong, Mohammad Shafiul-Alam, Hypolite Muhindo-Mavoko, Abdillahi Mohamed Hassan, Judith Straimer, Nimol Khim, Kigbafori D. Silué, Kaknika Loch, Barbara H. Stokes, Maria Dorina Bustos, Laura Berne, Dylan R. Pillai, Ayola A. Adegnika, Lin Hua Tang, Rotha Eam, Saorin Kim, Alioune Dieye, Mei Li, Carole E. Eboumbou-Moukoko, Lydie Canier, Marian Warsame, Didier Menard, David A. Fidock, Yap Boum, Lyndes Wini, Abdiqani Sheikh-Omar, Patrick Tshibangu-Wa-Tshibangu, Maman Laminou Ibrahim, Mohammad Jahirul-Karim, Malen Ken, Monique A. Dorkenoo, Sócrates Herrera, Odile Mercereau-Puijalon, Lise Musset, Valentine Duru, Eric Legrand, Maniphone Khanthavong, Pascal Ringwald, Bruno Pradines, Sandrine Houzé, Rachida Tahar, Olukemi K. Amodu, Johann Beghain, Sandie Menard, Liwang Cui, Colin J. Sutherland, Jun Hu Chen, Kesara Na-Bangchang, Khin Lin, Michael Nambozi, Rithea Leang, Jean Christophe Barale, Milijaona Randrianarivelojosia, Marcus V. G. Lacerda, Sophy Chy, Frédéric Ariey, Jean-Bosco Ouédraogo, Isabelle Morlais, Maria de Fátima Ferreira-da-Cruz, Lubin Jiang, Christophe Rogier, Jun Cao, Peter G. Kremsner, Bui Quang-Phuc, Inès Vigan-Womas, Din Syafruddin, Jetsumon Sattabongkot, Shigeyuki Kano, Abebe A. Fola, Louis Collet, Karamoko Niaré, Thierry Fandeur, Sedigheh Zakeri, Sodiomon B. Sirima, Antoine Berry, Jean Baptiste Mazarati, Fe Espino, Ghulam Rahim-Awab, Chanra Khean, Offianan Andre Toure, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génétique et Génomique des Insectes vecteurs, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Eberhard Karls Universität Tübingen = Eberhard Karls University of Tuebingen, Centre de Recherche Médicale de Lambaréné, Albert Schweitzer, Leiden University Medical Center (LUMC), Universiteit Leiden, International Centre for Diarrhoeal Disease Research, Bangladesh (ICDDR,B), University of Ibadan, Nangarhar University, Mahidol University [Bangkok], The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research (WEHI), University of Melbourne, Papua New Guinea Institute for Medical Research (PNGIMR), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Mbarara University of Science and Technology [Mbarara] (MUST), Epicentre Ouganda [Mbarara] [Médecins Sans Frontières], Epicentre [Paris] [Médecins Sans Frontières], World Health Organization (WHO), country office for Thailand, Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office (OMS / WHO), JiangSu University, National Institute of Parasitic Diseases, Center for Disease Control, China, Centre Hospitalier de Mayotte, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System, Epidemiology and Disease Control division (EDCD), Ministry of Public Health [Nepal], Institut Pasteur de Dakar, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Institut Pasteur de Bangui, Université de Lomé [Togo], Université de Douala, Centre Pasteur du Cameroun, Research Institute for Tropical Medicine, Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Fundação Oswaldo Cruz / Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), University of Gondar, Institute of Parasitology [Vienna], University of Veterinary Medicine, Vienna, World Health Organisation (WHO), country office for Somalia, Caucaseco scientific research center = Centro de Investigación Científica Caucaseco, National Center for Malariology, Parasitology and Entomology, Ministry of Health [Mozambique], Hôpital Bichat - Claude Bernard, Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Centre de Recherche Médicale et Sanitaire (Niamey, Niger) (CERMES), Directorate General of Health Services (DGHS), Institut Pasteur de Shanghai, Académie des Sciences de Chine - Chinese Academy of Sciences (IPS-CAS), National Center for Global Health and Medicine [Japan] (NCGM), Institut Pasteur du Laos, Instituto Leônidas e Maria Deane - Fiocruz Amazônia [Manaus, Brésil] (ILMD), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Fundação de Medicina Tropical Doutor Heitor Vieira Dourado (FMT-HVD), National Center for Malaria Control, Parasitology and Entomology, Ministry of Health of Cambodgia, Henry M. Jackson Foundation for the Advancement of Military Medicine (HJM), U.S. Naval Medical Research, The Department of Medical Research (Upper Myanmar), Rwanda Biomedical Center (RBC), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement [Yaoundé, Cameroun] (IRD [Cameroun]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), University of Kinshasa (UNIKIN), University of Antwerp (UA), Institut Pasteur de la Guyane, Thammasat University (TU), Tropical Diseases Research Center (TDRC), Université de Bamako, Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Institut de Recherche en Sciences de la Santé (IRSS) / Centre Muraz, Medicines for Malaria Venture (MMV), Université de Genève = University of Geneva (UNIGE), Global Malaria Programme, Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence du Paludisme, Institut Pasteur de Madagascar, Ministry of Health and Human Services [Somalia], Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Cote d'Ivoire [Abidjan] (CSRS-CI), Université Félix Houphouët-Boigny (UFHB), Groupe de recherche action en santé (GRAS), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), University of Hasanuddin, Eijkman Institute for Molecular Biology [Jakarta], Institut Pasteur de Côte d'Ivoire, Ministry of Health and Medical Services, Institut Pasteur d'Iran, Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR - laboratoire associé), Microbiologie structurale - Structural Microbiology (Microb. Struc. (UMR_3528 / U-Pasteur_5)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Antenne Marseille] (IRBA), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Supported by the Institut Pasteur Paris, Institut Pasteur International Division, Institut Pasteur Cambodia, and the World Health Organization, by a grant (ANR-10-LABX-62-IBEID) from the French Government Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases', a grant from Natixis Banques, a grant (R01I109023, to Dr. Fidock) from the National Institutes of Health, grants from the Fiocruz Fundação Oswaldo Cruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas, the Brazilian National Council for Scientific and Technological Development, the Agence Nationale de la Recherche (13-BSV3-0018-01 and11-BSV7-009-01), the Austrian Federal Ministry of Science, Research, and Econo-my, the Calgary Laboratory Services, the Centre International de Recherches Médicales de Franceville, the European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (CT-2004-31070-001), the Drugs for Neglected Diseases Initiative, the Else Kroener Fresenius Stiftung, the Holger Poehlmann Stiftung, the European Community African–European Research Initiative 'IDEA' (HEALTH-F3-2009-241642), the Fonds Wetenschappelijk Onderzoek, the Vlaamse Interuniversitaire Raad–Universitaire Ontwikkelingssamenwerking, the Belgian Technical Cooperation in Democratic Republic of Congo, the European Community Seventh Framework Program (FP7/2007-2013, 242095, and 223601), the European Commission (REGPOT-CT-2011-285837-STRONGER), the Ministère de la Santé Publique du Niger (Laboratoire National de Référence Résistance aux Antipaludiques), the Foundation of National Science and Technology Major Program (2012ZX10004-220), the French Ministry of Health (Institut National de Veille Sanitaire), the Global Fund to Fight AIDS, Tuberculosis and Malaria, the 5% Initiative program (French Ministry of Foreign Affairs, France Expertise Internationale, 12INI109), the Institut Pasteur de Madagascar, the Government of the Philippines, the Institut de Recherche pour le Développement, the Foundation des Treilles, the Délégation Générale pour l’Armement (PDH-2-NRBC-4-B1-402), the Institut Pasteur de Bangui, the International Society for Health Research and Training, the Malaria Research Initiative Bandarban, Vienna, International Centre for Diarrhoeal Disease Research, Bangladesh, the Médecins sans Frontières (Centre Opérationnel Paris, France), Medicines for Malaria Venture, the National Research Council of Thailand, the Thammasat University, the National Natural Science Foundation of China (81271870, 81361120405, and 81271863), the Natural Science Foundation of Jiangsu Province (BK20130114 and BK20150001), the Jiangsu Science and Technology Department (BM2015024), the National Institutes of Health (R01 AI11646601, AI109023, and ICEMR U19AI089702, U19AI089672), the Pasteur Institute of Iran, the Malaria Division of the Iranian Center for Diseases Management and Control, Public Health England (Malaria Reference Service Contract), the Government of Rwanda, the U.S. Department of Defense Armed Forces Health Surveillance Center, Global Emerging Infections Surveillance and Response System (P0463-14-N6), the Fogarty International Center of the National Institutes of Health training (D43 TW007393), the Mahidol-Oxford Research Unit, the Government of Japan (Science and Technology Agency, Agency for Medical Research and Development, Japan International Cooperation Agency, and Science and Technology Research Partnership for Sustainable Development), and the President’s Malaria Initiative of the U.S. Agency for International Development., The KARMA Consortium, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-13-BSV3-0018,MALARTRES,Résistance de Plasmodium aux antipaludiques de la famille des artémisinines(2013), ANR-13-BSV7-0009,NEBEDIV,Le rôle des ennemis naturels dans la diversité béta des arbres tropicaux(2013), European Project: CT-2004-31070-001,EDCCTP, European Project: HEALTH-F3-2009-24164,IDEA, European Project: FP7/2007-2013, 24209,FP7, European Project: FP7/2007-2013, 22360,FP7, European Project: 285837,EC:FP7:REGPOT,FP7-REGPOT-2011-1,STRONGER(2011), European Project: 242095,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2009-single-stage,EVIMALAR(2009), European Project: 223601,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2007-B,MALVECBLOK(2009), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Toulouse [Toulouse], Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Genève (UNIGE), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Eberhard Karls Universität Tübingen, The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, Melbourne, Australia., Centre International de Recherches Médicales de Franceville, Caucaseco scientific research center, Mère et enfant face aux infections tropicales (MERIT - UMR_D 216), National Center for Global Health and Medicine (NCGM), Instituto Leônidas e Maria Deane (ILMD), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement [Yaoundé], Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Côte d'Ivoire, Eijkman Institute for Molecular Biology, Laboratoire de Parasitologie, Centre National de Référence du Paludisme - Région Antilles-Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-WHO Collaborating Center for Surveillance of Antimalarial Drug Resistance, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), Van geertruyden, Jean-Pierre, and KARMA Consortium

Marc Grandadam, Valérie Caro, Jean-Michel Thiberge, Anna-Bella Failloux, Marie Vazeille, Ann-Claire Gourinat, Myrielle Dupont-Rouzeyrol, Laurent Guillaumot, Noémie Baroux, Eric D'Ortenzio, Laboratoire d'Epidémiologie Moléculaire, Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) (PF8), Institut Pasteur [Paris], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génétique Moléculaire des Bunyavirus, Institut Pasteur du Laos, Centre national de Référence et Centre Collaborateur de l'OMS Arbovirus (CNR-CCOMS), Institut Pasteur (New Caledonia and Paris), the Government of New Caledonia, and the French Institut de Veille Sanitaire (InVS, SaintMaurice, France), and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Julian Buchrieser, Justine Cheval, Marc Eloit, Antoine Gessain, Simona Ozden, Meriadeg Ar-R. Gouilh, Laurence Fiette, Matthew R. Buckwalter, Paul T. Brey, Phan Thi Nga, Melissa E. Laird, Jean-Claude Manuguerra, Jean-François Bureau, Arnaud Fontanet, Matthew L. Albert, Immunobiologie des Cellules Dendritiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National d'Hygiène et d'Épidémiologie de Hanoi (NIHE), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (CIBU), Institut Pasteur [Paris], Histopathologie humaine et Modèles animaux, Immunopathologie Virale, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Génotypage des Pathogènes et Santé Publique (Plate-forme) (PF8), Virologie UMR1161 (VIRO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut Pasteur du Laos, Epidémiologie des Maladies Emergentes - Emerging Diseases Epidemiology, Pasteur-Cnam Risques infectieux et émergents (PACRI), Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Institut Pasteur [Paris]-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), This work was supported by grants from the Agence National de la Recherche (ANR) and an EURYI Award from the European Science Foundation (ESF)., Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (CIBU), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Epidémiologie des Maladies Emergentes, and Pasteur-Cnam risques infectieux et émergents (PACRI)

Thongchanh Sisouk, Nguyen Thi Thu Yen, C. Winter, Juliet E. Bryant, Paul T. Brey, Phengta Vongphrachanh, Richard Paul, Alexandra Hiscox, Samlane Phompida, Pany Sananikhom, Virasack Somoulay, Surinder Kaul, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), National Center for Laboratory and Epidemiology, Ministry of Health [Mozambique], Center for Malaria, Parasitology, and Entomology, Nam Theun 2 Power Company, Institut National d'Hygiène et d'Épidémiologie de Hanoi (NIHE), Institut Pasteur [Paris] (IP), Financial support: Contributions of J. E. Bryant were supported by Agence française de développement (AFD), SISEA/Pasteur Project. This project was supported by the Fondation EDF Diversiterre., and Institut Pasteur [Paris]

Bradley S. Schneider, Ramatoulaye Lawaly, Ibrahima Dia, Fatoumata Diene Sarr, Laurence Marrama, Isabelle Casademont, Mawlouth Diallo, Anavaj Sakuntabhai, Paul T. Brey, Diawo Diallo, Richard Paul, Lassana Konate, Salah Mecheri, Institut Pasteur de Dakar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Département de Biologie Animale, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur du Laos, Center of Excellence for Vector and Vector-Borne Diseases, Mahidol University [Bangkok], Réponses Précoces aux Parasites et Immunopathologie (USC 2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris], This work was supported by the Strategic Anopheles Horizontal Research Programme, Institut Pasteur., Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP)

Jean-Pierre Katz, Paul T. Brey, Richard Paul, Phasouk Khammanithong, Surinder Kaul, Michel Robino, Pany Sananikhom, Gilles Guerrier, Ruedi Luthi, Institut Pasteur du Laos, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Génétique fonctionnelle des Maladies infectieuses - Functional Genetics of Infectious Diseases, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nam Theun Power Company Limited, Khammouane Provincial Health Service, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]

Sebastien Boyer, Pierre-Olivier Maquart, Kalyan Chhuoy, Kimhuor Suor, Moeun Chhum, Kimly Heng, Sokkeang Leng, Didier Fontenille, Sebastien Marcombe, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), Institut Pasteur du Laos, The research was funded by the Institut Pasteur du Cambodge, ZIKAlliance, which is funded by the H2020 program of the European Union (award no. 734548), the FSPI-SUPREV project (FSPI 2019-17), and a Calmette and Yersin post-doctoral grant., and European Project: 734548,ZIKAlliance(2016)