1. La sélection génomique : principe et perspectives d’utilisation pour l’amélioration des populations porcines
- Author
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Tribout, Thierry, Bidanel, Jean Pierre, Phocas, Florence, Schwob, Sandrine, Guillaume, Francois, Larzul, Catherine, Institut du Porc, and Institut de l'Elevage
- Subjects
méthodologie ,valeur génétique ,animaux d'élevage ,génomique - Abstract
L’évaluation génomique est une nouvelle méthodologie d’estimation de la valeur génétique des animaux d’élevage. Son principe est de subdiviser le génome en un très grand nombre de segments chromosomiques (SC) déterminés par un ou plusieurs marqueurs SNP (Single Nucleotide Polyrphism), d’estimer l’effet de chacun de ces SC sur les caractères d’intérêt dans une population de référence (PR) phénotypée et génotypée pour ces marqueurs, puis de calculer la valeur génomique d’individus non phénotypés en sommant les effets estimés des SC portés par ces individus. Les méthodes d’estimation des effets des SC sont nombreuses et variables en termes de précision et de temps de calculs. L’efficacité d’une sélection fondée sur cette méthodologie augmente avec l’héritabilité du caractère considéré, la taille de la PR et le niveau de déséquilibre de liaison entre marqueurs adjacents, mais est plus faible dans les populations de grand effectif génétique ou lorsque la distance génétique entre la PR et les individus évalués est grande. Chez le porc, la sélection génomique pourrait permettre d’améliorer les populations pour des caractères non mesurables en routine, d’augmenter la précision des valeurs génétiques estimées, et de sélectionner les individus de l’étage de sélection pour leur valeur en croisement et en milieu de production. Les coûts de mise en oeuvre d’une sélection génomique chez le porc seraient élevés, en raison principalement de la taille des PR nécessaires à une évaluation précise et du nombre élevé de candidats à génotyper. Le partage de PR par les différentes Organisations de Sélection et le recours aux techniques d’imputation génotypiques permettraient de maîtriser ces coûts., Genomic evaluation is a new methodology to estimate the breeding value of livestock. Its principle is to subdivide the genome into a very large number of chromosomal segments (CS) determined by one or several SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers, to estimate the effect of each of these CS on the traits of interest in a reference population (RP) phenotyped and genotyped for these markers, and then to calculate the genomic value of unphenotyped animals by summing the estimated effects of the CS carried by these individuals. The methods to estimate the effects of the CS are numerous, and vary in terms of accuracy and computing time. The efficiency of a selection based on this methodology increases with the heritability of the considered trait, the size of RP and the level of linkage disequilibrium between adjacent markers, but is lower in populations with a large effective size or when the genetic distance between the RP and the evaluated animals is large. In pigs, genomic selection could be used to improve populations for traits too costly to be recorded routinely, to increase the accuracy of the estimated breeding values, and to select the nucleus populations for their crossbred value expressed in a commercial environment. The implementation of genomic selection in pigs would be costly, mainly because of the size of the RP required to estimate accurate breeding values and the high number of candidates that should be genotyped. The sharing of RP by several breeding organizations and the use of genotypes imputation techniques would help reduce the implementation costs.
- Published
- 2011