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1. Particularités de la reproduction des vaches allaitantes de races françaises

Author: S. Chastant, F. Constant, Audrey Chanvallon, G. Chambon, B. Grimard, Jacques Agabriel, Biologie du développement et reproduction ( BDR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Paris-Saclay, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), commission Vaches Allaitantes de la SNGTV, Clinique Vétérinaire des Alouettes, UMR Biologie, Epidémiologie et Analyse de Risque en Santé Animale, Institut de l'Elevage, Ecole Nationale Vétérinaire Agroalimentaire et de l'Alimentation Nantes Atlantique ( ONIRIS ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Biologie du Développement et Reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Société Nationale des Groupements Techniques Vétérinaires (SNGTV), Institut de l'élevage (IDELE), Ecole Nationale Vétérinaire Agroalimentaire et de l'Alimentation Nantes Atlantique (ONIRIS), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Jacques Agabriel, Gilles Renand, René Baumont, Biologie du développement et reproduction (BDR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), and VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: performance de production, production functions, reproduction animale, heifers, comportement, âge à la puberté, vache allaitante, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, génisse, Biologie de la reproduction, [ SDV.BDD ] Life Sciences [q-bio]/Development Biology, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology, Reproductive Biology, 030219 obstetrics & reproductive medicine, behavior, Biologie du développement, suckling cattle, 0402 animal and dairy science, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, 04 agricultural and veterinary sciences, Development Biology, 040201 dairy & animal science, [ SDV.BDLR ] Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, bovin allaitant, objectif de croissance
Abstract: La reproduction des vaches allaitantes présente des particularités par rapport à celle des vaches laitières. Améliorer leur reproduction est un levier pour augmenter leur productivité. Les génisses de race à viande sont pubères lorsqu’elles ont atteint 50-55% du poids adulte vs 40-45% chez les génisses laitières. Les premières peuvent être mises à la reproduction vers 70% du poids adulte contre 60% pour les secondes. Le taux de renouvellement est assez faible en élevage allaitant, de 18 à 30% selon les races. Après le vêlage, la durée de l’anoestrus postpartum est plus longue qu’en race laitière du fait de la tétée du veau. L’expression des chaleurs est bonne chez la vache allaitante : les chaleurs durent entre 6 et 10 h dans les 3 principales races (Charolaise, Limousine et Blonde d’Aquitaine), et l’acceptation du chevauchement est exprimée dans 90 à 100% des oestrus. La monte naturelle domine en élevage allaitant : seuls 3 à 24% des veaux sont issus d’insémination selon les races. La fertilité des vaches allaitantes est actuellement mal connue, la performance de reproduction est plutôt approchée par la fécondité : l’intervalle vêlage-vêlage moyen des troupeaux est compris entre 379 et 444 jours selon les races. La proportion de vaches atteintes d’endométrite après vêlage semble élevée chez la vache allaitante comme chez la vache laitière (environ 20% même au-delà de 50 jours postpartum) mais les effets de cette affection sur la reproduction ont été peu explorés. De nombreuses données françaises concernant les races à viande spécialisées et rustiques sont présentées dans cet article., Reproduction in beef cows is different compared to dairy cows. An increase in reproductive performance is a key factor by which to improve productivity in beef cows. Puberty occurs when beef heifers reach 50-55% of their adult weight vs. 40-45% in dairy breeds. Beef heifers can be bred at 70% of their adult weight vs. 60% for dairy heifers. Replacement rate is low in beef production, from 18 to 30% depending on the breed. Beef cows have a longer anœstrous period after calving compared to dairy cows because the calf suckles its dam. The expression of oestrus is high in beef cows: the length of œstrus expression is between 6 and 10 hours in the 3 specialized French beef breeds (Charolaise, Limousine, Blonde d’Aquitaine) and 90 to 100% of cows express standing behavior at œstrous. Natural service is the most frequent breeding technique used in beef production: only 3 to 24% of calves are produced by artificial insemination depending on the breed. The fertility of beef cows is currently poorly understood. Reproductive efficiency is estimated by calving interval which is between 379 and 444 days depending on the breed. The prevalence of endometritis is high in both beef and dairy cows (levels of 20% have been recorded after 50 days postpartum) but its effect on reproductive performance has rarely been explored in beef cows. The present paper presents a large amount of French data concerning specialized and hardy French beef breeds.
Published: 2018
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2. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé

Author: Yon, Jérémy, Bareille, Nathalie, Bed'Hom, Bertrand, Berthelot, Xavier, Combes, Sylvie, Dameron, Olivier, Foucras, Gilles, Journaux, Alexandre, Launay, Frédéric, Le Bail, Pierre-Yves, Le Floc'h, Nathalie, Martignon, Mélanie, Nédellec, Claire, Pinard - Van Der Laan, Marie-Helene, Quillet, Edwige, Meunier-Salaün, Marie-Christine, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale ( BIOEPAR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences ( Dyliss ), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA_D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), Domaine expérimental animal du Pin ( SEA ), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers ( UEARF ), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] ( MaIAGE ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Domaine expérimental animal du Pin (SEA), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Expérimentale d'Amélioration des Arbres Forestiers (UEARF), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Domaine Expérimental du Pin (DEP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique)
Subjects: animal health, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], santé animale, maladie animale, caractère phénotypique, [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, livestock farms, symptôme, ontology, symptom, ontologie
Abstract: un poster présenté; L'ontologie des caractères phénotypiques ATOL, est un outil dédié aux productions animales, permettant uneannotation des bases de données phénotypiques (http://www.atol-ontology.com/). Sur l’ensemble des finalitésciblées dans l’ontologie, les caractères liés à la santé ont été initialement renseignés uniquement dans la finalité Bien-Etre. Le projet P-AHOL, soutenu par le métaprogramme GISA, avait pour objectif de compléter ces caractères en créant une finalité «santé» avec l'ensemble des troubles détectés en élevage et susceptibles de pénaliser les autres finalités (croissance, nutrition, reproduction, production de lait, d’oeufs et foie gras, bien-être). Une démarche de co-construction a été ainsi réalisée sur la standardisation des troubles de santé, par leur dénomination et leur définition, et leur caractérisation, par leur hiérarchisation et avec une attention sur les symptômes. Le travail s’est appuyé sur quatre groupes d'experts du domaine de la santé, pluridisciplinaires (immunologie, virologie, bactériologie, …) et multi-espèces (ruminants, oiseaux, poissons, porc-lapin et cheval) et sur un réseau plus large incluant des scientifiques des départements Santé Animale, Génétique Animale et PHASE, et des porteurs d’enjeu au coeur des questions de santé animale (responsables d’installations expérimentales et de R&D). Pour le choix des maladies retenues, la démarche de co-construction s’est appuyée sur la liste des maladies identifiées dans le système d’informations Sicpa sanitaire et un document ANSES sur les poissons. Pour leur caractérisation, nous nous sommes appuyés sur des ontologies existantes telles que l’ontologie SNOMED CT pour les symptômes et l’ontologie NCBI Taxonomy pour les organismes. Le projet décrit la finalité santé avec 3 branches principales : les maladies classées en fonction de leur type (infectieux, génétique, métabolique, physique, psychologique, chronique) et de leur voie de transmission (horizontale, verticale, vectorielle), les symptômes et les organismes. La branche «organisme» correspond aux classes des agents pathogènes (virus, bactéries, champignons, parasites) et des espèces atteintes. De plus, des propriétés ont été créées pour développer la sémantique entre les différents classes (est pathogène de, a comme symptôme, affecte). En perspective, l’objectif du programme ATOL vise à une utilisation de l’ontologie par différents acteurs impliqués dans les programmes de phénotypage, ainsi que pour l’évaluation du statut sanitaire des animaux et des troupeaux. Aussi le travail va se poursuivre avec la création de liens entre les données du SICPA Sanitaire et l’ontologie ATOL. En parallèle un travail d’enrichissement sera mis en place (1) sur les propriétés entre les finalitésde l’ontologie pour renseigner leurs interactions, (2) sur l’apport de nouveaux caractères ou de liens sur desméthodes de mesures en utilisant des méthodes de text-mining appliquées à la bibliographie ou à des bases de données.
Published: 2018

3. Seroprevalence of horses to Coxiella burnetii in an Q fever endemic area

Author: Laurence Vial, Cécile Beck, Isabelle Desjardins, Sophie Edouard, Agnès Leblond, Sophie Pradier, Elodie Rousset, Loïc Legrand, Karim Sidi-Boumedine, Elsa Jourdain, Philippe Dufour, Patrick Gasqui, Aurélien Joulié, Sylvie Lecollinet, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions Cellules Organismes Environnement (ICORE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Sophia Antipolis, Animal Q Fever Unit, Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), French Horse and Riding Institute (IFCE), PERON fund (Encouragement aux Projets Equestres Regionaux Ou Nationaux), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Equine Department, Institut d'Enseignement Supérieur et de Recherche en Alimentation, Santé Animale, Sciences Agronomiques et de l'Environnement, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale ( UEA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Virologie UMR1161 ( VIRO ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort-ANSES, UMR CMAEE, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), Interactions Cellules Organismes Environnement ( ICORE ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Microbes évolution phylogénie et infections ( MEPHI ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), VetAgro Sup ( VAS ), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)
Subjects: 0301 basic medicine, Identification, Veterinary medicine, L73 - Maladies des animaux, Polymerase Chain Reaction, Ticks, Seroepidemiologic Studies, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Analyse du risque, Zoonosis, 000 - Autres thèmes, Endemic area, General Medicine, Antibodies, Bacterial, 3. Good health, horse, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, qPCR, Test ELISA, PCR, Fièvre q, Coxiella burnetii, surveillance, ELISA, zoonose, DNA, Bacterial, 030106 microbiology, Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, Q fever, Biology, Microbiology, Sérologie, 03 medical and health sciences, Maladie de l'homme, medicine, Animals, Seroprevalence, Horses, Animal species, General Veterinary, Anticorps, Horse, Morbidité, zoonosis, medicine.disease, biology.organism_classification, Virology, Enquête pathologique, HORSE EXPOSURE, Horse Diseases, U30 - Méthodes de recherche, Cheval
Abstract: International audience; Coxiella burnetii can infect many animal species, but its circulation dynamics in and through horses is still unclear. This study evaluated horse exposure in an area known to be endemic for ruminants and humans. We assessed antibody prevalence in horse serum by ELISA, and screened by qPCR horse blood, ticks found on horses and dust from stables. Horse seroprevalence was 4% (n = 335, 37 stables) in 2015 and 12% (n = 294, 39 stables) in 2016. Of 199 horses sampled both years, 13 seroconverted, eight remained seropositive, and one seroreverted. Seropositive horses were located close to reported human cases, yet none displayed Q fever compatible syndromes. Coxiella DNA was detected in almost 40% of collected ticks (n = 59/148 in 2015; n = 103/305 in 2016), occasionally in dust (n = 3/46 in 2015; n = 1/14 in 2016) but never in horse blood. Further studies should be implemented to evaluate if horses may be relevant indicators of zoonotic risk in urban and suburban endemic areas.
Published: 2018
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4. Defining health standards through economic optimisation: The example of colostrum management in beef and dairy production

Author: Raboisson , Didier, Trillat , Pauline, Dervillé , Marie, Cahuzac , Célia, MAIGNE , Elise, Loor , Juan, Raboisson, Didier, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Laboratoire d'Etude et de Recherche sur l'Economie, les Politiques et les Systèmes Sociaux ( LEREPS ), Université Toulouse 1 Capitole ( UT1 ) -Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ) -Institut d'Études Politiques [IEP] - Toulouse-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville ( ENSFEA ), Observatoire des Programmes Communautaires de Développement Rural ( US ODR ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Department of Animal Sciences & Division of Nutritional Sciences, University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana], Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire d'Etude et de Recherche sur l'Economie, les Politiques et les Systèmes Sociaux (LEREPS), Université Toulouse 1 Capitole (UT1)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Institut d'Études Politiques [IEP] - Toulouse-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA), Observatoire des Programmes Communautaires de Développement Rural (US ODR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Illinois System-University of Illinois System, Université Toulouse 1 Capitole (UT1), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Institut d'Études Politiques [IEP] - Toulouse-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA)
Subjects: Economics, lcsh:Medicine, Social Sciences, 0403 veterinary science, Agricultural science, cows, Pregnancy, Animal Products, Medicine and Health Sciences, Psychology, [ SHS.ECO ] Humanities and Social Sciences/Economies and finances, Animal Husbandry, lcsh:Science, media_common, 2. Zero hunger, Multidisciplinary, bull calves, Agriculture, 04 agricultural and veterinary sciences, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, Net asset value, Dairying, Milk, Models, Economic, Work (electrical), Value (economics), Profitability index, Female, Beef, Research Article, Farms, Meat, Livestock, 040301 veterinary sciences, media_common.quotation_subject, Scarcity, Health Economics, Production (economics), Animals, Nutrition, Health economics, Colostrum, lcsh:R, 0402 animal and dairy science, Immunization, Passive, Cognitive Psychology, Biology and Life Sciences, Reasoning, bottle, 040201 dairy & animal science, serum igg concentrations, immunity, Diet, Health Care, Red Meat, Animals, Newborn, Food, Cognitive Science, lcsh:Q, Cattle, Business, Health Statistics, Morbidity, Agricultural Economics, Neuroscience
Abstract: International audience; There is extensive literature addressing acceptable practices of colostrum distribution to new-born calves; however, no economic analyses are available concerning the profitability of this practice. Moreover, the health standards associated with colostrum management have been defined through the observation of reference farms without explicit reference to economic assessments. The objective of the current study was to evaluate the profitability of farm colostrum management and to define the optimal economic situations for given livestock systems and farm situations. The herd-level net value was calculated using the value of calf products, the cost of passive transfer failure and the cost of prevention. This value was determined for various beef and dairy scenarios and the various time periods spent managing colostrum. The maximal net values defined the optimal economic situations and enabled the determination of the optimal times for colostrum management and respective health standards (i.e., the prevalence of disorders at optimum). The results showed that the optimal time farmers should spend on colostrum management is approximately 15 min per calf. Furthermore, farmers should err on the side of spending too much time (> 15 min) on colostrum management rather than not enough, unless the cost of labour is high. This is all the more true that potential long term consequences of passive transfer failure on milk yields were not accounted for here due to scarcity of data, leading to consider this time threshold (15 min) as a minimal recommendation. This potential underestimation may arise from the greater nutrient content and bioactive compounds identified in colostrum although the passive immune transfer is here defined through immunoglobulins only. The present results show that for small farms that cannot hire colostrum managers, this work can be performed by the farmer after subcontracting other tasks. Moreover, the method proposed here—the definition of health standards through economic optimisation—is a promising approach to analysing health conventions in the cattle industry.
Published: 2018
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5. Quels programmes d'amélioration génétique des animaux pour des systèmes d'élevage agro-écologiques ?

Author: J. P. Bidanel, Gilles Foucras, Pauline Ezanno, Laurence Fortun-Lamothe, Jean-Yves Dourmad, D. Hazard, Catherine Belloc, Carole Moreno-Romieux, Eliel Gonzalez-Garcia, S. Lubac, Michèle Tixier-Boichard, Sandrine Mignon-Grasteau, M. Brochard, Florence Phocas, Bertrand Dumont, Catherine Larzul, Luc Delaby, Brigitte Frappat, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR 1300 Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque (BioEpAR)-Santé animale (S.A.), Institut du Porc (IFIP), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut de l'élevage (IDELE), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), ITAVI, Unité de Recherches Avicoles (URA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut du Porc, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de l'Elevage, Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI), Recherches Avicoles (SRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique ( ONIRIS ) -Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque ( BioEpAR ) -Santé animale ( S.A. ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux ( ITAVI ), Recherches Avicoles ( SRA ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: 2. Zero hunger, Ecological footprint, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], climat, business.industry, Reproduction (economics), [SDV]Life Sciences [q-bio], Context (language use), robustesse, génétique, agro-ecologie, sélection, production, Agriculture, Production (economics), Business, Adaptation, Agroecology, Environmental planning, Selection (genetic algorithm)
Abstract: L’agro-écologie utilise les processus naturels et les ressources locales plutôt que des intrants chimiques pour assurer la production tout en limitant l’impact environnemental de l’agriculture. A cette fin, des innovations en génétique sont nécessaires pour disposer d’animaux productifs et adaptés à des contextes locaux variés. Pour toute filière d’élevage, réorienter les programmes de sélection actuels semble plus utile que développer des programmes spécifiques qui peineront à être efficaces en termes de coûts et de progrès génétiques attendus. Améliorer la robustesse des animaux vise à promouvoir leurs capacités d’adaptation en intégrant de nombreux critères de sélection, en particulier de reproduction, santé, et d’adaptation à des ressources alimentaires peu digestibles et au changement climatique. Cela amène à considérer les interactions génotype-environnement dans la prédiction des valeurs génétiques et à évaluer les performances des animaux dans des systèmes à bas intrants pour sélectionner ceux qui sont adaptés à des conditions limitantes. La standardisation tant des animaux que des conditions d’élevage paraît antinomique avec les principes de l’agro-écologie prônant une adaptation des animaux aux ressources et contraintes locales dans des systèmes peu artificialisés et très liés à leur environnement physique. Il n’y a donc pas UN animal type agro-écologique, mais DES animaux aux profils variés permettant de répondre aux attentes de l’agro-écologie. Face à la diversité des milieux et des systèmes d’élevage, il faut conserver une diversité génétique importante intra-race, mais aussi préserver la diversité génétique entre races. Cela nécessite une caractérisation phénotypique et génétique des races locales. Enfin, il s’agit de favoriser l'appropriation par les éleveurs et les techniciens d’élevage des outils et des ressources génétiques disponibles pour répondre à leurs besoins., Agroecology uses natural processes and local resources rather than chemical inputs to ensure production while limiting the environmental footprint of agriculture. In this context, breeding innovations are necessary to obtain animals that are both productive and adapted to a broad range of local contexts. Whatever the animal sector, reorienting current breeding programmes seems to be more useful than developing programmes dedicated to agroecological systems that will struggle to be really effective in terms of costs and expected genetic progress. Breeding for robustness aims to promote individual adaptive capacities by considering various selection criteria including reproduction, health, and adaptation to rough feed resources, warm climate or fluctuating environmental conditions. It leads considering genotype-environment interactions in the prediction of breeding values. Animal performance should be evaluated in low-input systems in order to select those animals adapted to limiting conditions. Standardization of both animals and breeding conditions appears contradictory to the agroecological paradigm that calls for an adaptation of animals to local opportunities and constraints in weakly artificialized systems tied to their physical environment. There is thus not a single agroecological animal type, but animals with various profiles that meet the expectations of agroecology. As well as supporting the value of within-breed diversity, we must preserve between-breed diversity to maintain numerous options for adaptation to a variety of production environments and contexts. This may involve to phenotypically and genetically characterize local breeds. Last but not least, improved assimilation by farmers and farm technicians of available genetic resources and breeding tools is necessary.
Published: 2017
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6. Isolation of Exosomes and Microvesicles from Cell Culture Systems to Study Prion Transmission

Author: Leblanc, Pascal, Arellano-Anaya, Zaira, Bernard, Emilien, Gallay, Laure, Provansal, Monique, Lehmann, Sylvain, Schaeffer, Laurent, Raposo, Graça, Vilette, Didier, Laboratoire de biologie et modélisation de la cellule (LBMC UMR 5239), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut NeuroMyoGène (INMG), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Hôpital neurologique et neurochirurgical Pierre Wertheimer [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Compartimentation et dynamique cellulaires (CDC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Curie [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de biologie et modélisation de la cellule ( LBMC UMR 5239 ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Institut NeuroMyoGène ( INMG ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Hospices Civils de Lyon ( HCL ), CHU Saint-Eloi-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] ( CHRU Montpellier ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université de Montpellier ( UM ), Compartimentation et dynamique cellulaires ( CDC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -INSTITUT CURIE-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Curie [Paris]-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: PrPSc Proteins, Prions, PrPC, Spreading, Extracellular vesicles, Cell Fractionation, Exosomes, Prion Diseases, Mice, Cell-Derived Microparticles, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Animals, PrPC Proteins, PrPRes, Cells, Cultured, Microvesicles, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, PrPSc
Abstract: International audience; Extracellular vesicles (EVs) are composed of microvesicles and exosomes. Exosomes are small membrane vesicles (40-120 nm sized) of endosomal origin released in the extracellular medium from cells when multivesicular bodies fuse with the plasma membrane, whereas microvesicles (i.e., shedding vesicles, 100 nm to 1 μm sized) bud from the plasma membrane. Exosomes and microvesicles carry functional proteins and nucleic acids (especially mRNAs and microRNAs) that can be transferred to surrounding cells and tissues and can impact multiple dimensions of the cellular life. Most of the cells, if not all, from neuronal to immune cells, release exosomes and microvesicles in the extracellular medium, and all biological fluids including blood (serum/plasma), urine, cerebrospinal fluid, and saliva contain EVs.Prion-infected cultured cells are known to secrete infectivity into their environment. We characterized this cell-free form of prions and showed that infectivity was associated with exosomes. Since exosomes are produced by a variety of cells, including cells that actively accumulate prions, they could be a vehicle for infectivity in body fluids and could participate to the dissemination of prions in the organism. In addition, such infectious exosomes also represent a natural, simple, biological material to get key information on the abnormal PrP forms associated with infectivity.In this chapter, we describe first a method that allows exosomes and microvesicles isolation from prion-infected cell cultures and in a second time the strategies to characterize the prions containing exosomes and their ability to disseminate the prion agent.
Published: 2017
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7. La sous-nutrition modifie la réponse métabolique à une épreuve inflammatoire mammaire et le transcriptome hépatique chez des vaches laitières en début de lactation

Author: Pires, José, Pawlowski, Karol, Faulconnier, Yannick, Delavaud, Carole, Rouel, Jacques, BOBY, Céline, De La Foye, Anne, Durand, Denis, Foucras, Gilles, Rainard, Pascal, Germon, Pierre, Leroux, Christine, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT)
Subjects: inflammation mammaire, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], vache laitière, [SDV]Life Sciences [q-bio], transcriptome hépatique, sous nutrition maternelle, dairy cows, lactation
Abstract: La sous-nutrition modifie la réponse métabolique à une épreuve inflammatoire mammaire et le transcriptome hépatique chez des vaches laitières en début de lactation. 23. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants
Published: 2016

8. Recherche en pathologie caprine : applications et perspectives

Author: Fabien Corbière, A. Rieux, Caroline Lacroux, François Schelcher, S. Valas, C. Paraud, P. Mercier, Christophe Chartier, N. Ehrhardt, Hervé Hoste, R. de Cremoux, Michel Alvinerie, Olivier Andreoletti, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail ( ANSES Maisons-Alfort ), Institut de l'Elevage, Toxicologie Alimentaire ( UTA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, UMR 1300 Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique ( ONIRIS ) -Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque ( BioEpAR ) -Santé animale ( S.A. ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de l'élevage (IDELE), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque (BioEpAR)-Santé animale (S.A.)
Subjects: 2. Zero hunger, 0303 health sciences, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, 040301 veterinary sciences, business.industry, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Dairy industry, 04 agricultural and veterinary sciences, Biology, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Biotechnology, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, Comparative Pathology, [ SDV.BA.MVSA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, business, 030304 developmental biology
Abstract: Within Europe, the goat industry appears to have minor importance when compared to sheep or cattle productions, and the interest of research and studies in caprine pathology is limited. Here, this article is aimed at presenting the main research models in France, the current available data on the pathogenic mechanisms and the physiopathological processes and the related development of measures of management control using examples of pathologies caused by different agents (prions, viruses, bacteria, protozoan or helminthic parasites) that affect goats and their production. It is also aimed at underlining the interest of specific caprine studies not only as models of comparative pathology in small ruminants but also as tools that take into account the specific constraints of the dairy industry.; La chèvre, souvent désignée comme «la vache du pauvre», est aussi le parent pauvre des études en pathologie chez les petits ruminants. Les références caprines ne constituent que 25 à 30% des travaux cités pour les petits ruminants dans leur ensemble. De nombreux exemples soulignent pourtant les dangers potentiels de négliger les spécificités physiologiques, métaboliques ou comportementales des caprins dans la maîtrise des processus pathologiques. Ce constat justifie que les caprins fassent l’objet de recherches particulières dont les résultats en pathologie comparée conduisent à formuler des hypothèses de portée générale
Published: 2012
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9. Review: Towards the agroecological management of ruminants, pigs and poultry through the development of sustainable breeding programmes. II. Breeding strategies

Author: Pauline Ezanno, Laurence Fortun-Lamothe, J. Y. Dourmad, C. R. Moreno, Catherine Belloc, Eliel Gonzalez-Garcia, S. Lubac, Sandrine Mignon-Grasteau, Michèle Tixier-Boichard, Luc Delaby, Brigitte Frappat, J. P. Bidanel, M. Brochard, Catherine Larzul, D. Hazard, Florence Phocas, Gilles Foucras, Bertrand Dumont, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, UMR 1300 Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque (BioEpAR)-Santé animale (S.A.), Institut du Porc, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut de l'Elevage, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux (ITAVI), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique ( ONIRIS ) -Biologie, Epidémiologie et Analyse du Risque ( BioEpAR ) -Santé animale ( S.A. ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), Institut Technique de l'Aviculture et des Elevages de Petits Animaux ( ITAVI ), Recherches Avicoles ( SRA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut du Porc (IFIP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de l'élevage (IDELE), ITAVI, Unité de Recherches Avicoles (URA), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]
Subjects: 0301 basic medicine, Swine, Breeding, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Poultry, livestock raising, Animal Husbandry, 2. Zero hunger, Ecology, Agroforestry, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Ruminants, 04 agricultural and veterinary sciences, Sheep and goats, Agroécologie, cross-breeding, Farming Systems, Animal culture, Phenotype, Livestock, Pigs, local breed, race porcine locale, Genotype, schema de sélection, Public policy, Biology, betail, SF1-1100, 03 medical and health sciences, Crop production, Genetic resources, Animals, Dairy cattle, Animal species, Agroecology, Genetic diversity, Cross breeding, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business.industry, 0402 animal and dairy science, Beef cattle, 15. Life on land, 040201 dairy & animal science, Breeding and genetics, livestock, 030104 developmental biology, Agronomy, breeding scheme, Animal Science and Zoology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business
Abstract: Agroecology uses ecological processes and local resources rather than chemical inputs to develop productive and resilient livestock and crop production systems. In this context, breeding innovations are necessary to obtain animals that are both productive and adapted to a broad range of local contexts and diversity of systems. Breeding strategies to promote agroecological systems are similar for different animal species. However, current practices differ regarding the breeding of ruminants, pigs and poultry. Ruminant breeding is still an open system where farmers continue to choose their own breeds and strategies. Conversely, pig and poultry breeding is more or less the exclusive domain of international breeding companies which supply farmers with hybrid animals. Innovations in breeding strategies must therefore be adapted to the different species. In developed countries, reorienting current breeding programmes seems to be more effective than developing programmes dedicated to agroecological systems that will struggle to be really effective because of the small size of the populations currently concerned by such systems. Particular attention needs to be paid to determining the respective usefulness of cross-breeding v. straight breeding strategies of well-adapted local breeds. While cross-breeding may offer some immediate benefits in terms of improving certain traits that enable the animals to adapt well to local environmental conditions, it may be difficult to sustain these benefits in the longer term and could also induce an important loss of genetic diversity if the initial pure-bred populations are no longer produced. As well as supporting the value of within-breed diversity, we must preserve between-breed diversity in order to maintain numerous options for adaptation to a variety of production environments and contexts. This may involve specific public policies to maintain and characterize local breeds (in terms of both phenotypes and genotypes), which could be used more effectively if they benefited from the scientific and technical resources currently available for more common breeds. Last but not least, public policies need to enable improved information concerning the genetic resources and breeding tools available for the agroecological management of livestock production systems, and facilitate its assimilation by farmers and farm technicians.
Published: 2016
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10. Several Anaplasma phagocytophilum epidemiological cycles in France revealed by sequencing

Author: Chastagner, Amélie, Vourc’h, Gwenaël, Dugat, T., Verheyden, Hélène, Legrand, Laurent, Bachy, V., Chabanne, L., Joncour, G., Maillard, R., Haddad, Nadia, Boulouis, Henri-Jean, Plantard, Olivier, Agoulon, Albert, Bastian, Suzanne, Malandrin, Laurence, Hoch, Thierry, Jouglin, Maggy, Bouju, Agnès, Durand, Axelle, Quillery, Elsa, Brahim, Mohamed-Lemine, Mahé, Hélène, Butet, Alain, Rantier, Yann, Perez, Grégoire, Abrial, David, Gasqui, Patrick, Bailly, Xavier, Lebert, Isabelle, Dorr, Nelly, Masseglia, Sébastien, Mccoy, Karen, Noël, Valérie, Léger, Elsa, Hewison, Mark, Morellet, Nicolas, Angibault, Jean-Marc, Cebbe, Nicolas, Picot, Denis, Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques ( UMR EPIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Comportement et d'Ecologie de la Faune Sauvage, INRA, 31326 Castanet-Tolosan cedex, France, Jeune Equipe Hémopathogènes Vectorisés, VetAgro Sup ( VAS ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique ( ONIRIS ), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale ( BIOEPAR ), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] ( ECOBIO ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -INEE-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes ( OSUR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle ( MIVEGEC ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Briand, Valerie
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

11. Disentangling the role of poultry farms and wild birds in the spread of highly pathogenic avian influenza virus in Europe

Author: Claire, Guinat, Cecilia, Valenzuela Agüí, Timothy G, Vaughan, Jérémie, Scire, Anne, Pohlmann, Christoph, Staubach, Jacqueline, King, Edyta, Świętoń, Ádám, Dán, Lenka, Černíková, Mariette F, Ducatez, Tanja, Stadler, Department of Biosystems Science and Engineering [ETH Zürich] (D-BSSE), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), National Veterinary Research Institute [Pulawy, Pologne] (NVRI), Institute for Veterinary Medical Research [Budapest] (AOTI), Centre for Agricultural Research [Budapest] (ATK), Hungarian Academy of Sciences (MTA)-Hungarian Academy of Sciences (MTA), State Veterinary Institute Prague, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), This project has received funding from the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement No 842621., European Project: 777657,H2020-EU.1.3.3. - Stimulating innovation by means of cross-fertilisation of knowledge,777657,MSCA-RISE(2018), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, highly pathogenic avian influenza, virus transmission and evolution, phylodynamics, domestic-wildlife interface
Abstract: In winter 2016-7, Europe was severely hit by an unprecedented epidemic of highly pathogenic avian influenza viruses (HPAIVs), causing a significant impact on animal health, wildlife conservation, and livestock economic sustainability. By applying phylodynamic tools to virus sequences collected during the epidemic, we investigated when the first infections occurred, how many infections were unreported, which factors influenced virus spread, and how many spillover events occurred. HPAIV was likely introduced into poultry farms during the autumn, in line with the timing of wild birds' migration. In Germany, Hungary, and Poland, the epidemic was dominated by farm-to-farm transmission, showing that understanding of how farms are connected would greatly help control efforts. In the Czech Republic, the epidemic was dominated by wild bird-to-farm transmission, implying that more sustainable prevention strategies should be developed to reduce HPAIV exposure from wild birds. Inferred transmission parameters will be useful to parameterize predictive models of HPAIV spread. None of the predictors related to live poultry trade, poultry census, and geographic proximity were identified as supportive predictors of HPAIV spread between farms across borders. These results are crucial to better understand HPAIV transmission dynamics at the domestic-wildlife interface with the view to reduce the impact of future epidemics., Virus Evolution, 8 (2), ISSN:2057-1577
Published: 2023
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12. An update of evidence for pathogen transmission by ticks of the genus Hyalomma

Author: Sarah I. Bonnet, Stéphane Bertagnoli, Alessandra Falchi, Julie Figoni, Johanna Fite, Thierry Hoch, Elsa Quillery, Sara Moutailler, Alice Raffetin, Magalie René-Martellet, Gwenaël Vourc’h, Laurence Vial, Écologie et Émergence des Pathogènes Transmis par les Arthropodes / Ecology and Emergence of Arthropod-borne Pathogens, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), EA Bioscope Corse Méditerranée : Dynamique des infections virales en milieu insulaire, Université Pascal Paoli (UPP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Intercommunal Villeneuve-Saint-Georges (CHIV), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), and Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)
Subjects: Microbiology (medical), Infectious Diseases, General Immunology and Microbiology, vectorial competence, Immunology and Allergy, tick-borne pathogens, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Molecular Biology, Hyalomma sp, ticks
Abstract: This narrative review was conducted by the ad hoc subgroup from the working expert group on the risks related to Hyalomma ticks at the French Agency for Food, Environmental and Occupational Health & Safety (ANSES) commissioned by the French authorities.; International audience; Current and likely future changes in the geographic distribution of ticks belonging to the genus Hyalomma are of concern, as these ticks are believed to be vectors of many pathogens responsible for human and animal diseases. However, we have observed that for many pathogens there are no vector competence experiments, and that the level of evidence provided by the scientific literature is often not sufficient to validate the transmission of a specific pathogen by a specific Hyalomma species. We therefore carried out a bibliographical study to collate the validation evidence for the transmission of parasitic, viral, or bacterial pathogens by Hyalomma spp. ticks. Our results show that there are very few validated cases of pathogen transmission by Hyalomma tick species.
Published: 2023
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13. The Activation of the RIG-I/MDA5 Signaling Pathway upon Influenza D Virus Infection Impairs the Pulmonary Proinflammatory Response Triggered by Mycoplasma bovis Superinfection

Author: Maria Gaudino, Adrien Lion, Eveline Sagné, Brandy Nagamine, Justine Oliva, Olivier Terrier, Elisabeth Errazuriz-Cerda, Anaëlle Scribe, Fatima-Zohra Sikht, Elisa Simon, Charlotte Foret-Lucas, Blandine Gausserès, Julie Lion, Ana Moreno, Emilie Dordet-Frisoni, Eric Baranowski, Romain Volmer, Mariette F. Ducatez, Gilles Meyer, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Virology and human respiratory Pathologies - Virology and human respiratory Pathologies (VirPath), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell'Emilia Romagna 'Bruno Ubertini' (IZSLER), Innovations Thérapeutiques et Résistances (InTheRes), This study was funded by the by the Ecole Nationale Veterinaire de Toulouse (ENVT), project BQR-2020-ANIMEX, and the ICRAD-ERA NET cofund ANR-21-ICRD-0007, 'Deciphering the role of influenza D virus in bovine and human respiratory diseases in Europe.' Maria Gaudino was supported by a Ph.D. scholarship funded by the Departement Sante Animale (INRAE Toulouse) and the Region Occitanie. Maria Gaudino, Adrien Lion, Justine Oliva, Olivier Terrier, Fatima-Zohra Sikht, Romain Volmer, Gilles Meyer, and Mariette F. Ducatez are members of the French research network on influenza viruses (ResaFlu, GDR2073) financed by the CNRS., and ANR-21-ICRD-0007,PREVENTER,Deciphering the role of influenza D virus in bovine and human respiratory diseases in Europe(2021)
Subjects: coinfections, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, PCLS, cattle, Virology, Insect Science, respiratory viruses, Immunology, ex vivo, precision-cut lung slices, mycoplasma, influenza, Microbiology
Abstract: International audience; Concurrent infections with multiple pathogens are often described in cattle with respiratory illness. However, how the host-pathogen interactions influence the clinical outcome has been only partially explored in this species. Influenza D virus (IDV) was discovered in 2011. Since then, IDV has been detected worldwide in different hosts. A significant association between IDV and bacterial pathogens in sick cattle was shown in epidemiological studies, especially with Mycoplasma bovis. In an experimental challenge, IDV aggravated M. bovis-induced pneumonia. However, the mechanisms through which IDV drives an increased susceptibility to bacterial superinfections remain unknown. Here, we used the organotypic lung model precision-cut lung slices to study the interplay between IDV and M. bovis coinfection. Our results show that a primary IDV infection promotes M. bovis superinfection by increasing the bacterial replication and the ultrastructural damages in lung pneumocytes. In our model, IDV impaired the innate immune response triggered by M. bovis by decreasing the expression of several proinflammatory cytokines and chemokines that are important for immune cell recruitment and the bacterial clearance. Stimulations with agonists of cytosolic helicases and Toll-like receptors (TLRs) revealed that a primary activation of RIG-I/MDA5 desensitizes the TLR2 activation, similar to what was observed with IDV infection. The cross talk between these two pattern recognition receptors leads to a nonadditive response, which alters the TLR2-mediated cascade that controls the bacterial infection. These results highlight innate immune mechanisms that were not described for cattle so far and improve our understanding of the bovine host-microbe interactions and IDV pathogenesis.IMPORTANCE: Since the spread of the respiratory influenza D virus (IDV) infection to the cattle population, the question about the impact of this virus on bovine respiratory disease (BRD) remains still unanswered. Animals affected by BRD are often coinfected with multiple pathogens, especially viruses and bacteria. In particular, viruses are suspected to enhance secondary bacterial superinfections. Here, we use an ex vivo model of lung tissue to study the effects of IDV infection on bacterial superinfections. Our results show that IDV increases the susceptibility to the respiratory pathogen Mycoplasma bovis. In particular, IDV seems to activate immune pathways that inhibit the innate immune response against the bacteria. This may allow M. bovis to increase its proliferation and to delay its clearance from lung tissue. These results suggest that IDV could have a negative impact on the respiratory pathology of cattle.
Published: 2023
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14. Influence of a temporary restriction of dietary protein in prepubertal ewe lambs on first lactation milk traits and response to a mammary gland inflammatory challenge

Author: Rocío Pelayo, Héctor Marina, Aroa Suárez-Vega, Gonzalo Hervás, Cristina Esteban-Blanco, Blandine Gausseres, Gilles Foucras, Juan J. Arranz, Beatriz Gutiérrez-Gil, European Commission, Ministerio de Ciencia e Innovación (España), Hervás, Gonzalo, Producción Animal, Facultad de Veterinaria, Universidad de León [León], Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The nutritional and inflammatory challenge experiments and the sample collection described in this study were funded by the SMARTER project through the Horizon 2020 research and innovation program of the European Commission (Grant Agreement No. 772787). The cytokine/interleukine panel analyses were funded by the Spanish national project EPIMILKSHEEP (Ref. RTI2018–093535-B-I00), funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation., European Project: 772787,H2020-EU.3.2.1.1., and H2020-EU.3.2.,SMARTER(2018)
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Veterinary, Producción animal, Dairy sheep, Mammary gland, Inflammation response, Nutritional challenge, 3104 Producción Animal, Responsible Consumption and Production
Abstract: 9 páginas, 3 figuras, 2 tablas., This study evaluated the influence of a temporary nutritional protein restriction (NPR) performed, under commercial conditions, in prepubertal female lambs on first lactation milk production traits and the inflammatory response triggered by an inflammatory challenge of the. From 40 Assaf female lambs, we defined a control group (C n = 20), which received a standard diet for replacement lambs and the NPR group (n = 20), which received the same diet but without soybean meal between 3 and 5 months of age. About 150 days after lambing, 24 of these ewes (13 NPR, 11C) were subjected to an intramammary infusion of E. coli lipopolysaccharide (LPS). Our dynamic study identified indicator traits of local (SCC) and systemic (rectal Ta, IL-6, CXCL8, IL-10, IL-36RA, VEGF-A) response to the LPS challenge. The NPR did not show significant effects on milk production traits and did not affect the SCC and rectal Ta after the LPS challenge. However, the NPR had a significant influence on 8 of the 14 plasma biomarkers analysed, in all the cases with higher relative values in the C group. The effects observed on VEGF-A (involved in vasculogenesis during mammary gland development and vascular permeability) and IL-10 (a regulatory cytokine classically known by its anti-inflammatory action) are the most remarkable to explain the differences found between groups. Whereas further studies should be undertaken to confirm these results, our findings are of interest considering the current concern about the future world's demand for protein and the need for animal production systems to evolve toward sustainability., The nutritional and inflammatory challenge experiments and the sample collection described in this study were funded by the SMARTER project through the Horizon 2020 research and innovation program of the European Commission (Grant Agreement No. 772787). The cytokine/interleukine panel analyses were funded by the Spanish national project EPIMILKSHEEP (Ref. RTI2018–093535-B-I00), funded by the Spanish Ministry of Science and Innovation.
Published: 2023
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15. Evaluating the potential of whole-genome sequencing for tracing transmission routes in experimental infections and natural outbreaks of bovine respiratory syncytial virus

Author: Paul C. D. Johnson, Sara Hägglund, Katarina Näslund, Gilles Meyer, Geraldine Taylor, Richard J. Orton, Siamak Zohari, Daniel T. Haydon, Jean François Valarcher, University of Glasgow, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Department of Clinical Sciences, National Veterinary Institute [Uppsala] (SVA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The Pirbright Institute, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), MRC - University of Glasgow Centre for Virus Research, This project was funded by the Swedish Research Council (Formas, Sweden), grant no. 2016-00463. Some samples were collected through funding from the European Union's Horizon 2020 Program for research, technological development, and demonstration under the Grant Agreement n° 633184 (Project's name SAPHIR), or from the Swedish Research Council (Formas, Sweden), the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC, UK) and L'Agence Nationale de la Recherche (ANR, France), through the Emerging and Major Infectious Diseases of Livestock (EMIDA) project in the European Research Area Network (ERA-NET), grant no. FP#87., ANR-10-EMID-0005,BRSV-DIVA(2010), and European Project: 633184,H2020,H2020-SFS-2014-2,SAPHIR(2015)
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Veterinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cattle Diseases, Respiratory Syncytial Virus, Bovine, Respiratory Syncytial Virus Infections, Clinical Science, Antibodies, Viral, BRSV, molecular epidemiology, whole-genome sequencing, Animals, Cattle, Phylogeny, transmission trees
Abstract: Bovine respiratory syncytial virus (BRSV) is a major cause of respiratory disease in cattle. Genomic sequencing can resolve phylogenetic relationships between virus populations, which can be used to infer transmission routes and potentially inform the design of biosecurity measures. Sequencing of short (
Published: 2022
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16. Dynamique énergétique et des réserves corporelles en début de lactation chez les brebis laitières

Author: Corbière, Fabien, Astruc, J.M., Costes-Ori, V., El Jabri, Mohammed, Fança, B., Hassoun, Philippe, Machefert, C., Marie-Etancelin, Christel, Meynadier, Annabelle, Lagriffoul, Gilles, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de l'élevage (IDELE), Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Cette étude a bénéficié de financement des programmes IRMA (F2E Carnot), SMARTER (H2020) et GIROL (FGE)., INRAE, IDELE, European Project: 772787,H2020-EU.3.2.1.1., and H2020-EU.3.2.,SMARTER(2018)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Séance : Alimentation; International audience; The objective of this study conducted on two experimental dairy sheep flocks and eight commercial farms was to evaluate the use of two blood metabolites, beta-hydroxy-butyrate (BHB) and non-esterified fatty acids (NEFA), to assess energy balance and body reserve mobilization in dairy sheep. The kinetics of blood BHB during the day confirm that the composition of the ration and the postprandial delay are major factors of variation. Finally, assays from whole blood, serum, or heparinized or EDTA plasma differed slightly. These results emphasize the need for caution in the use of BHB and NEFA values in the exploration of metabolic disorders in dairy sheep. On 9 farms, body condition scoring (BCS) was performed on 3 occasions (one month before farrowing, during lactation and after weaning at the time of the first official milk recording) for a total of 2125 ewes. In parallel, blood BHB and NEFA concentrations were measured during lactation and at the first milk check on 466 ewes in 2nd lactation in these flocks. While plasma NEFA values were found to be positively correlated with the extent of BCS loss since late gestation, no significant relationship could be demonstrated for blood BHB.; Cette étude menée sur deux troupeaux ovin lait de stations expérimentales et dans huit fermes commerciales avait pour objectif d’évaluer l’utilisation de deux métabolites sanguins, le béta-hydroxy-butyrate (BHB) et les Acides Gras Non Estérifiés (AGNE) pour explorer le statut énergétique et la mobilisation des réserves corporelles en élevage de brebis laitières. La cinétique du BHB sanguin au cours de la journée confirme que la composition de la ration et le délai post-prandial sont des facteurs majeurs de variation. Enfin, les dosages réalisés à partir du sang total, du sérum ou du plasma hépariné ou EDTA diffèrent légèrement. Ces résultats soulignent la nécessité de prudence dans l’utilisation des valeurs de BHB et des AGNE dans l’exploration des troubles métaboliques chez la brebis laitière. Dans 9 élevages, des notes d’état corporel (NEC) ont été réalisées à 3 reprises (un mois avant la misebas, durant l’allaitement et après sevrage au moment du 1er contrôle laitier officiel) pour un total de 2 125 brebis. En parallèle, les concentrations de BHB et des AGNE sanguins ont été mesurées en allaitement et au 1er contrôle sur 466 brebis en 2e lactation dans ces troupeaux. Alors que les valeurs d’AGNE plasmatiques sont apparues positivement corrélées à l’ampleur de la perte de NEC depuis la fin de gestation, aucune relation significative n’a pu être mise en évidence pour le BHB sanguin.
Published: 2022

17. Intimin gene (eae) subtypes-based real-time PCR strategy for the specific detection of Shiga toxin-producing Escherichia coli serotypes O157:H7, O26:H11, O103:H2, O111:H8 and O145:H28 in cattle feces

Author: Delphine Bibbal, Estelle Loukiadis, Monique Kérourédan, Carine Peytavin de Garam, Franck Ferré, Philippe Cartier, Emilie Gay, Eric Oswald, Frédéric Auvray, Hubert Brugère, Physiologie et Toxicologie Expérimentales, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Laboratoire d'études et de recherches en pathologie bovine et hygiène des viandes, Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), AFSSA, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -ENVT, Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé humaine ( MICALIS ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech
Subjects: Serotype, 5'-NUCLEASE PCR, [ SDV.TOX ] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, medicine.disease_cause, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Applied Microbiology and Biotechnology, Feces, fluids and secretions, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, SEROGROUPS, Mass Screening, Escherichia coli Infections, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, 0303 health sciences, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Ecology, [ SDV.MHEP.ME ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Shiga-Toxigenic Escherichia coli, Public and Environmental Health Microbiology, Escherichia coli Proteins, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, GENOME SEQUENCE, [ SDV.MHEP.MI ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Real-time polymerase chain reaction, IMMUNOMAGNETIC-SEPARATION, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Molecular Diagnostic Techniques, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Carrier State, SENSITIVITY, Biotechnology, Veterinary Medicine, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, Biology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Bacterial genetics, Microbiology, [ SDV.EE ] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, O157-H7, 03 medical and health sciences, BOVINE FECES, medicine, Animals, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Adhesins, Bacterial, NON-O157, Escherichia coli, [ SDV.BBM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Mass screening, 030304 developmental biology, Intimin, [ SDV.BID ] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, 030306 microbiology, STRAINS, Virology, Bacterial adhesin, Cattle, SYSTEM, Food Science
Abstract: Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) strains belonging to serotypes O157:H7, O26:H11, O103:H2, O111:H8, and O145:H28 are known to be associated with particular subtypes of the intimin gene ( eae ), namely, γ1, β1, ε, θ, and γ1, respectively. This study aimed at evaluating the usefulness of their detection for the specific detection of these five main pathogenic STEC serotypes in cattle feces. Using real-time PCR assays, 58.7% of 150 fecal samples were found positive for at least one of the four targeted eae subtypes. The simultaneous presence of stx , eae , and one of the five O group markers was found in 58.0% of the samples, and the five targeted stx plus eae plus O genetic combinations were detected 143 times. However, taking into consideration the association between eae subtypes and O group markers, the resulting stx plus eae subtype plus O combinations were detected only 46 times. The 46 isolation assays performed allowed recovery of 22 E. coli strains belonging to one of the five targeted STEC serogroups. In contrast, only 2 of 39 isolation assays performed on samples that were positive for stx , eae and an O group marker, but that were negative for the corresponding eae subtype, were successful. Characterization of the 24 E. coli isolates showed that 6 were STEC, including 1 O157:H7, 3 O26:H11, and 2 O145:H28. The remaining 18 strains corresponded to atypical enteropathogenic E. coli (aEPEC). Finally, the more discriminating eae subtype-based PCR strategy described here may be helpful for the specific screening of the five major STEC in cattle feces.
Published: 2014
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18. Des animaux plus robustes : un enjeu majeur pour le développement durable des productions animales nécessitant l'essor du phénotypage fin et à haut débit

Author: Pierre-Yves Le Bail, Bernard Charley, Nicolas Friggens, Jean-François Hocquette, Florence Phocas, Pascale Quéré, Francois Schelcher, Pierre Mormède, Loys Bodin, Jean-Yves Dourmad, Julien Bobe, Elisabeth Duval, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants (MoSAR), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherches Avicoles (URA), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Florence Phocas, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), UR Infectiologie animale et Santé publique (UR IASP), UMR 1282 ISP, Université Francois Rabelais [Tours], ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons ( LPGP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires ( VIM ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] ( PEGASE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Modélisation Systémique Appliquée aux Ruminants ( MoSAR ), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Recherches Avicoles ( SRA ), UR Infectiologie animale et Santé publique ( UR IASP ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, UMR 1225 IHAP, Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 2. Zero hunger, gestion des bases de données, 0303 health sciences, biologie prédictive, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], santé animale, [SDV]Life Sciences [q-bio], production animale, efficacité alimentaire, 0402 animal and dairy science, adaptation animale, reproduction animale, bien-être animal, 04 agricultural and veterinary sciences, haut débit, 040201 dairy & animal science, robustesse, résilience, [SDV] Life Sciences [q-bio], 03 medical and health sciences, phénotypage, immunité, 030304 developmental biology, modélisation
Abstract: The major challenge of animal phenotyping is to acquire systemic knowledge of farm animal robustness. This will allow responding to a double objective in terms of exploiting the variability of animal aptitudes: selection for major objectives in order to improve efficiency and robustness of genotypes and precision farming that exploits individual variability of animals for an improved resilience on the herd level or to improve the management for a specific genotype. Two major challenges of our knowledge exist which are interdependent and common to all animal breeding, and which must be met in order to improve animal robustness. The first is understanding andpredicting the compromise amongst vital functions. By this we mean understanding how priority changes are made under specific limited resources. The second is understanding and exploiting the temporal aspects of robustness during an animal’s life in order to allow the animal to maintain its level of performance under different environments without compromising its reproduction, health or welfare. Attaining these objectives requires accomplishing the following: i) defining complex phenotypes through the integration of data obtained on the molecular or tissular scales of an animal or of one of its functions; ii) developing high-throughput technologiesto characterize at a lower cost and the most precisely as possible the largest number of animals; iii) developing important data bases and reliable methods and computing tools necessary for the treatment of information for modeling and predictive biology., L’enjeu majeur du phénotypage animal est d’acquérir une connaissance systémique de la robustesse des animaux d’élevage pour répondre au mieux à une double finalité en termes d’exploitation de la variabilité des aptitudes animales : une sélection éclairée vers des objectifs majeurs pour améliorer l’efficience et la robustesse des génotypes, et un élevage de précision exploitant la variabilité individuelle des animaux pour gagner en résilience à l’échelle du troupeau, ou pour améliorer la conduite à génotype donné. Deux défis majeurs de connaissance, interdépendants et communs à toutes les filières animales, sont à relever pour améliorer la robustesse des animaux : i) comprendre et prédire les compromis entre fonctions vitales, c’est-à-dire les changements de priorités dans l’allocation de ressources limitées ; ii) comprendre et exploiter les aspects temporels de la robustesse au cours de la vie de l’animal pour lui permettre de maintenir son niveau de production dans une large gamme d’environnements sans pour autant compromettre sa reproduction, sa santé et son bien-être. Atteindre ces objectifs nécessite de lever les verrous techniques suivants : i) définir des phénotypes complexes à partir de l’intégration de données obtenues à différentes échelles moléculaires, tissulaires, de l’animal ou d’une de ses fonctions ; ii) mettre en oeuvre des technologies à haut débit pour caractériser à moindre coût et le plus précisément possible le plus grand nombre d’animaux ; iii) développer d’importantes bases de données, des méthodes et outils informatiques performants, nécessaires aux traitements des informations à des fins de modélisation et de biologie prédictive.
Published: 2014
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19. Draft Genome Sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii, Two Species of the Ear Canal of Caprinae

Author: Claire Lemaitre, Pascal Sirand-Pugnet, Laurent-Xavier Nouvel, Lucia Manso-Silvan, Emilie Dordet-Frisoni, François Poumarat, François Thiaucourt, Patricia Thebault, Eric Baranowski, Marc Breton, Patrice Gaurivaud, Alain Blanchard, Florence Tardy, Virginie Dupuy, Carole Couture, Daniel J. Jacob, Macha Nikolski, Christine Citti, Sébastien Theil, Aurélien Barré, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Microbiologie (MIC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Financial support was provided by the EVOLMYCO project (ANR-07-GMGE-001) from ANR to A.B. (principal investigator [PI]), F. Thiaucourt (Co-PI), F.P. (Co-PI), and C.C. (Co-PI)., ANR-07-GMGE-0001,EVOLMYCO,Etude à grande échelle des génomes des mycoplasmes de ruminants : évolution et adaptation de bactéries minimales à des hôtes complexes(2007), Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 ( UGSF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du fruit et pathologie ( BFP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées ( Unité MIAJ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Centre de Bioinformatique de Bordeaux ( CBIB ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA-D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique ( LaBRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Génomique, développement et pouvoir pathogène ( GD2P ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, and ANSES
Subjects: education, Biology, medicine.disease_cause, Genome, Microbiology, Caprinae, 03 medical and health sciences, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], otorhinolaryngologic diseases, Genetics, medicine, Prokaryotes, Ear canal, [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, health care economics and organizations, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Mycoplasma, Mycoplasma arginini, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Mycoplasma auris, 3. Good health, medicine.anatomical_structure, sense organs, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Mycoplasma yeatsii
Abstract: We report here the draft genome sequences of Mycoplasma auris and Mycoplasma yeatsii , two species commonly isolated from the external ear canal of Caprinae .
Published: 2013
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20. Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle

Author: Alain Blanchard, Lucia Manso-Silvan, Emilie Dordet-Frisoni, Daniel J. Jacob, François Poumarat, Christine Citti, Laurent-Xavier Nouvel, Pascal Sirand-Pugnet, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Aurélien Barré, Macha Nikolski, Patrice Gaurivaud, Marc Breton, François Thiaucourt, Sébastien Theil, Florence Tardy, Virginie Dupuy, Carole Couture, Eric Baranowski, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire de Lyon [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Unité de Microbiologie (MIC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Financial support was provided by the EVOLMYCO project (ANR-07-GMGE-0001) from ANR to Alain Blanchard (Principal Investigator [PI]), François Thiaucourt (Co-PI), François Poumarat (Co-PI), and Christine Citti (Co-PI)., ANR-07-GMGE-0001,EVOLMYCO,Etude à grande échelle des génomes des mycoplasmes de ruminants : évolution et adaptation de bactéries minimales à des hôtes complexes(2007), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Lyon, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, ANSES, Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 ( UGSF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du fruit et pathologie ( BFP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées ( Unité MIAJ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Centre de Bioinformatique de Bordeaux ( CBIB ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA-D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique ( LaBRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génomique, développement et pouvoir pathogène ( GD2P ), and Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA )
Subjects: 0303 health sciences, 030306 microbiology, Biology, Mycoplasma arginini, L73 - Maladies des animaux, Genome, Virology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 3. Good health, Microbiology, 03 medical and health sciences, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Genetics, Prokaryotes, Mycoplasma bovigenitalium, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, health care economics and organizations, 030304 developmental biology, Mycoplasma alkalescens
Abstract: We report here the draft genome sequences of Mycoplasma alkalescens , Mycoplasma arginini , and Mycoplasma bovigenitalium . These three species are regularly isolated from bovine clinical specimens, although their role in disease is unclear.
Published: 2013
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21. Complete Genome Sequence of Mycoplasma putrefaciens Strain 9231, One of the Agents of Contagious Agalactia in Goats

Author: Aurélien Barré, Alain Blanchard, Florence Tardy, Pascal Sirand-Pugnet, Daniel J. Jacob, Lucia Manso-Silvan, Christine Citti, Emilie Dordet-Frisoni, Patricia Thebault, Sébastien Theil, Patrice Gaurivaud, François Thiaucourt, Virginie Dupuy, Laurent-Xavier Nouvel, Carole Couture, François Poumarat, Macha Nikolski, Eric Baranowski, Claire Lemaitre, Marc Breton, INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées (Unité MIAJ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génomique, développement et pouvoir pathogène (GD2P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne (MEDIS), Université Clermont Auvergne (UCA)-INRA Clermont-Ferrand-Theix, Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBIB), CGFB, Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Laboratoire de Lyon, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 (UGSF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Microbiologie (MIC), GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), INRA - Mathématiques et Informatique Appliquées ( Unité MIAJ ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Génomique, développement et pouvoir pathogène ( GD2P ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Laboratoire de Génétique Cellulaire ( LGC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 ( UGSF ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie du fruit et pathologie ( BFP ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Microbiologie Environnement Digestif Santé - Clermont Auvergne ( MEDIS ), INRA Clermont-Ferrand-Theix-Université Clermont Auvergne ( UCA ), Mycoplasmoses des ruminants [Lyon], Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), VetAgro Sup ( VAS ), Centre de Bioinformatique de Bordeaux ( CBIB ), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics ( GenScale ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE ( IRISA-D7 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -CentraleSupélec-Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Télécom Bretagne-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes [Montpellier] ( CMAEE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR15, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique ( LaBRI ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, ANSES, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement ( LMGE ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), The annotation of the genome was performed within the EVOLMYCO project, financed by the French national agency for research (ANR-07-GMGE-001)., and ANR-07-GMGE-0001,EVOLMYCO,Etude à grande échelle des génomes des mycoplasmes de ruminants : évolution et adaptation de bactéries minimales à des hôtes complexes(2007)
Subjects: Whole genome sequencing, Genetics, 0303 health sciences, 030306 microbiology, Strain (biology), education, Biology, L73 - Maladies des animaux, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], 3. Good health, Microbiology, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Mycoplasma putrefaciens, Prokaryotes, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [ SDV.BIBS ] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Molecular Biology, 030304 developmental biology
Abstract: Mycoplasma putrefaciens is one of the etiologic agents of contagious agalactia in goats. We report herein the complete genome sequence of Mycoplasma putrefaciens strain 9231.
Published: 2013
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22. Genetic × environment variation in sheep lines bred for divergent resistance to strongyle infection

Author: Sallé, Guillaume, Deiss, Véronique, Marquis, Céline, Tosser‐Klopp, Gwenola, Cortet, Jacques, Serreau, Delphine, Koch, Christine, Marcon, Didier, Bouvier, Frédéric, Jacquiet, Philippe, Blanchard, Alexandra, Mialon, Marie‐Madeleine, Moreno‐Romieux, Carole, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Domaine expérimental Bourges-La Sapinière (BOURGES), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Pancosma SA, Partenaires INRAE, This project was funded by the ANR Institut Carnot Sante Animale programme (GEMANEMA project N degrees 11 CARN-016-01)., and Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: sheep, Evolution, [SDV]Life Sciences [q-bio], nematode, SNP, Original Articles, resistance, stress, parasitic diseases, QH359-425, G × E, Original Article, G x E, environment
Abstract: International audience; Drug-resistant parasites threaten livestock production. Breeding more resistant hosts could be a sustainable control strategy. Environmental variation linked to animal management practices or to parasite species turnover across farms may however alter the expression of genetic potential. We created sheep lines with high or low resistance to Haemonchus contortus and achieved significant divergence on both phenotypic and genetic scales. We exposed both lines to chronic stress or to the infection by another parasite Trichostrongylus colubriformis, to test for genotype-by-environment and genotype-by-parasite species interactions respectively. Between-line divergence remained significant following chronic stress exposure although between-family variation was found. Significant genotype-by-parasite interaction was found although H. contortus-resistant lambs remained more resistant against T. colubriformis. Growth curves were not altered by the selection process although resistant lambs were lighter after the second round of divergence, before any infection took place. Breeding for resistance is a sustainable strategy but allowance needs to be made for environmental perturbations and worm species.
Published: 2021
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23. Détection moléculaire et caractérisation de virus respiratoires du canard par une approche de séquençage à haut débit

Author: LIAIS, Etienne, Croville, Guillaume, Mariette, Jérôme, Klopp, Christophe, Donnadieu, Cécile, Lluch, Jérôme, Lagoutte, Fabien, Ducatez, Mariette, Camus-Bouclainville, Christelle, Guérin, Jean-Luc, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), GeT PlaGe, Genotoul, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle ( UBIA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), and Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse
Subjects: Médecine vétérinaire et santé animal, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Virologie, Virology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [ SDV.BIO ] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Veterinary medicine and animal Health, Biotechnologies, [ SDV.BA.MVSA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [ SDV.MP.VIR ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology
Abstract: absent
Published: 2012

24. Plateforme INRA de recherches en production ovine allaitante AB: de l'étude de verrous techniques à la conception de systèmes d'élevage innovants

Author: Prache, Sophie, Benoit, Marc, Tournadre, Hervé, Cabaret, Jacques, Laignel, Gabriel, Ballet, Joel, Thomas, Yoan, Hoste, Herve, Pellicer-Rubio, Maria-Teresa, Andueza, Donato, Hostiou, Nathalie, Giraud, Jean-Michel, Sepchat, Bernard, Unité de Recherches sur les Herbivores (URH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Infectiologie Animale et Santé Publique (UR IASP), Unité Expérimentale des Monts d'Auvergne, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores ( UMR 1213 Herbivores ), VetAgro Sup ( VAS ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), UR Infectiologie animale et Santé publique ( UR IASP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] ( IHAP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] ( PRC ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Mutations des activités, des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-ENITA Clermont-CEMAGREF-UR MECF, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UR Infectiologie animale et Santé publique (UR IASP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mutations des activités, des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF)-ENITA Clermont-AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, expérimentation analytique, [ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences
Abstract: Session : Elevage bioSession : Elevage bio; La plateforme INRA de recherches en production ovine allaitante biologique a été constituée en 1999 et est convertie en agriculture biologique (AB) depuis 2002. Elle associe trois approches complémentaires : des expérimentations de type système, des études plus analytiques sur des verrous identifies et le suivi technico-économique d'un réseau d'exploitations. Un outil de modélisation permet par ailleurs d'aider à la conception et au pilotage des expérimentations systèmes et a l'extrapolation de certains bilans. Plusieurs thématiques de recherche y sont développées : i) la conception de systèmes d'élevage AB cherchant a combiner de manière optimale le niveau de productivité animale et le niveau d'autonomie alimentaire, ii) la maîtrise durable du parasitisme a travers la gestion raisonnée du pâturage, le développement d'indicateurs pour repérer les animaux 'sensibles' ou 'sentinelles', et évaluation de l'efficacité de thérapeutiques alternatives, enfin iii) l'évaluation des qualités de la viande et de la carcasse d'agneau AB. Cette communication présente certains résultats obtenus, ainsi que les perspectives de recherche envisagées.
Published: 2011

25. The First Horse Gut Microbiome Gene Catalog Reveals That Rare Microbiome Ensures Better Cardiovascular Fitness During Endurance Racing

Author: Núria Mach, Cédric Midoux, Sébastien Leclercq, Samuel Pennarun, Laurence Le Moyec, Olivier Rué, Céline Robert, Guillaume Sallé, Eric Barrey, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility (MIGALE), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Procédés biotechnologiques au service de l'environnement (UR PROSE), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de biologie intégrative des adaptations à l'exercice (UBIAE), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biomécanique et Pathologie Locomotrice du Cheval (BPLC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), and AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: microbial gene catalog, [SDV]Life Sciences [q-bio], holo-omics, athletic performance, endurance exercise, horse
Abstract: Emerging evidence indicates that the gut microbiome contributes to endurance exercise performance, but the extent of their functional and metabolic potential remains unknown. Using elite endurance horses as a model system for exercise responsiveness, we built the first equine gut microbial gene catalog comprising more than 25 million non-redundant genes representing 4,696 genera spanning 95 phyla. The unprecedented resolution unrevealed functional pathways relevant for both the structure of the microbiome and the host health and recovered 369 novel metagenome-assembled bacterial genomes, providing useful reference for future studies. Integration of microbial and host omic datasets suggested that microbiomes harboring rare species were functionally dissimilar from those enriched in Lachnospiraceae taxa. Moreover, they offered expanded metabolic pathways to fine-tune the cardiovascular capacity through mitochondria-mediated mechanisms. The results identify an associative link between horse endurance capability and its microbiome gene function, laying the basis for nutritional interventions that could benefit endurance athletes.
Published: 2022

26. Evaluation of the nemabiome approach for the study of equine strongylid communities

Author: Élise Courtot, Michel Boisseau, Sophie Dhorne-Pollet, Delphine Serreau, Amandine Gesbert, Fabrice Reigner, Marta Basiaga, Tetiana Kuzmina, Jérôme Lluch, Gwenolah Annonay, Claire Kuchly, Irina Diekmann, Jürgen Krücken, Georg von Samson-Himmelstjerna, Nuria Mach, Guillaume Sallé, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Expérimentale de Physiologie Animale de l‘Orfrasiére (UE PAO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Agriculture in Krakow, I.I. Schmalhausen Institute of Zoology of NASU, National Academy of Sciences of Ukraine (NASU), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Freie Universität Berlin, Institute for Parasitology and Tropical Veterinary Medicine, and MACH, Nuria
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], cyathostomin mock communities, cytochrome c oxidase, infective larvae, [SDV]Life Sciences [q-bio], COI barcode, equine strongylid species, ITS-2, parasite control strategies
Abstract: Basic knowledge on the biology and epidemiology of equine strongylid species remains insufficient although it would contribute to the design of better parasite control strategies. Nemabiome is a convenient tool to quantify and to identify species in bulk samples that could overcome the hurdle that cyathostomin morphological identification represents. To date, this approach has relied on the internal transcribed spacer 2 (ITS-2) of the ribosomal RNA cistron and its predictive performance and associated biases both remain unaddressed.This study aimed to bridge this knowledge gap using cyathostomin mock communities and comparing performances of the ITS-2 and a cytochrome c oxidase subunit I (COI) barcode newly developed in this study. The effects of bioinformatic parameters were investigated to determine the best analytical pipelines. Subsequently, barcode predictive abilities were compared across various mock community compositions. The replicability of the approach and the amplification biases of each barcode were estimated. Results were also compared between various types of biological samples, i.e. eggs, infective larvae or adults.Overall, the proposed COI barcode was suboptimal relative to the ITS-2 rDNA region, because of PCR amplification biases, a reduced sensitivity and higher divergence from the expected community composition. Metabarcoding yielded consistent community composition across the three sample types, although infective larvae may remain the most tractable in the field. Additional strategies to improve the COI barcode performances are discussed. These results underscore the critical need of mock communities for metabarcoding purposes.
Published: 2022

27. Inferring within‐flock transmission dynamics of highly pathogenic avian influenza H5N8 virus in France, 2020

Author: Simon Gubbins, Debapriyo Chakraborty, Jean-Luc Guérin, Hugo Gruson, Billy Bauzile, Claire Guinat, Timothée Vergne, Mathieu Andraud, Mattias Delpont, Mathilde Paul, Benjamin Roche, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The Pirbright Institute, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Department of Biosystems Science and Engineering [ETH Zürich] (D-BSSE), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Sorbonne Université (SU), Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico (UNAM), Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), The authors would like to thank the French Ministry of Agriculture and the veterinary services of the Landes department for their support inimplementing this study. The work was carried out within the frame work of the 'Chaire de Biosécurité aviaire' at the 'École Nationale Vétérinaire de Toulouse', which is funded by the French Ministry of Agriculture. CG has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement No. 842621.SG was funded by the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (grant codes: BB/E/I/00007036andBB/E/I/00007037)., European Project: 0842621(2009), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institute for Animal Health, the Pirbright Institute, Université de Lausanne (UNIL), and Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM)
Subjects: Veterinary medicine, Avian flu, Beta, Duck, Interference, Mechanistic model, Mortality, R0, Spread, duck, 040301 veterinary sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, spread, Biology, medicine.disease_cause, Disease Outbreaks, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, medicine, Credible interval, Animals, avian flu, Influenza A Virus, H5N8 Subtype, Poultry Diseases, inference, General Veterinary, General Immunology and Microbiology, mechanistic model, business.industry, Transmission (medicine), Outbreak, Bayes Theorem, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Poultry farming, mortality, Influenza A virus subtype H5N1, 3. Good health, Ducks, Infectious disease (medical specialty), Influenza in Birds, beta, France, Flock, business, Epidemic model
Abstract: Following the emergence of highly pathogenic avian influenza (H5N8) in France in early December 2020, we used duck mortality data from the index farm to investigate within-flock transmission dynamics. A stochastic epidemic model was fitted to the daily mortality data and model parameters were estimated using an approximate Bayesian computation sequential Monte Carlo (ABC-SMC) algorithm. The model predicted that the first bird in the flock was infected 5 days (95% credible interval, CI: 3–6) prior to the day of suspicion and that the transmission rate was 4.1 new infections per day (95% CI: 2.8–5.8). On average, ducks became infectious 4.1 h (95% CI: 0.7–9.1) after infection and remained infectious for 4.3 days (95% CI: 2.8–5.7). The model also predicted that 34% (50% prediction interval: 8%–76%) of birds would already be infectious by the day of suspicion, emphasizing the substantial latent threat this virus could pose to other poultry farms and to neighbouring wild birds. This study illustrates how mechanistic models can help provide rapid relevant insights that contribute to the management of infectious disease outbreaks of farmed animals. These methods can be applied to future outbreaks and the resulting parameter estimates made available to veterinary services within a few hours. ISSN:1865-1674 ISSN:1865-1682
Published: 2021
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28. Therapeutic Assay with the Non-toxic C-Terminal Fragment of Tetanus Toxin (TTC) in Transgenic Murine Models of Prion Disease

Author: Inmaculada Martín-Burriel, Óscar López-Pérez, Juan José Badiola, Marina Betancor, Alicia Otero, Laura Moreno-Martínez, Rosa Bolea, Rosario Osta, Adelaida Hernaiz, Tomás Barrio, University of Zaragoza - Universidad de Zaragoza [Zaragoza], Centro de Encefalopatías y Enfermedades Transmisibles Emergentes, Instituto de Investigación Sanitaria de Aragón [Zaragoza] (IIS Aragón), Instituto Agroalimentario de Aragón (IA2), University of Zaragoza - Universidad de Zaragoza [Zaragoza]-Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón (CITA), Centro de Investigacion Biomédica en Red sobre Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Instituto de Salud Carlos III [Madrid] (ISC), Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge [Barcelone] (IDIBELL), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Open Access funding provided thanks to the CRUE‐CSIC agreement with Springer Nature. The project has been 65% cofinanced by the European Regional Development Fund (ERDF) through the Interreg V-A Spain-France-Andorra programme (POCTEFA 2014–2020). POCTEFA aims to reinforce the economic and social integration of the French–Spanish–Andorran border. Its support is focused on developing economic, social and environmental cross-border activities through joint strategies favouring sustainable territorial development., European Project: ERDF, European Project: EFA282/13, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0301 basic medicine, Genetically modified mouse, Male, Prion diseases, Transgene, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, Neuroscience (miscellaneous), Scrapie, Mice, Transgenic, Pilot Projects, Biology, Neuroprotection, Article, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, Toxina tetànica, Mice, 0302 clinical medicine, Autofàgia, medicine, Autophagy, Animals, Amyotrophic lateral sclerosis, Neurodegeneration, Sheep, Brain, medicine.disease, 3. Good health, nervous system diseases, Tetanus toxin, Mice, Inbred C57BL, Disease Models, Animal, 030104 developmental biology, Neurology, Trk receptor, Cancer research, Prion, Female, Malalties per prions, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: The non-toxic C-terminal fragment of the tetanus toxin (TTC) has been described as a neuroprotective molecule since it binds to Trk receptors and activates Trk-dependent signaling, activating neuronal survival pathways and inhibiting apoptosis. Previous in vivo studies have demonstrated the ability of this molecule to increase mice survival, inhibit apoptosis and regulate autophagy in murine models of neurodegenerative diseases such as amyotrophic lateral sclerosis and spinal muscular atrophy. Prion diseases are fatal neurodegenerative disorders in which the main pathogenic event is the conversion of the cellular prion protein (PrPC) into an abnormal and misfolded isoform known as PrPSc. These diseases share different pathological features with other neurodegenerative diseases, such as amyotrophic lateral sclerosis, Parkinson’s disease or Alzheimer’s disease. Hitherto, there are no effective therapies to treat prion diseases. Here, we present a pilot study to test the therapeutic potential of TTC to treat prion diseases. C57BL6 wild-type mice and the transgenic mice Tg338, which overexpress PrPC, were intracerebrally inoculated with scrapie prions and then subjected to a treatment consisting of repeated intramuscular injections of TTC. Our results indicate that TTC displays neuroprotective effects in the murine models of prion disease reducing apoptosis, regulating autophagy and therefore increasing neuronal survival, although TTC did not increase survival time in these models.
Published: 2021
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29. Risk of Monkeypox virus (MPXV) transmission through the handling and consumption of food

Author: Estelle Chaix, Mickaël Boni, Laurent Guillier, Stéphane Bertagnoli, Alexandra Mailles, Catherine Collignon, Pauline Kooh, Olivier Ferraris, Sandra Martin-Latil, Jean-Claude Manuguerra, Nadia Haddad, Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (LSAl), Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (Centre National de Référence) - Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (National Reference Center) (CIBU), Université Paris Cité (UPCité)-Environnement et Risques infectieux - Environment and Infectious Risks (ERI), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut Pasteur [Paris] (IP), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Microbiology (medical), Infectious Diseases, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Epidemiology, Food, Poxvirus, [SDV]Life Sciences [q-bio], Transmission, Monkeypox, Monkeypox virus, Recommendations
Abstract: This paper was prepared thanks to the collective expertise carried out by the ANSES emergency collective expert appraisal group (GECU) “Monkeypox – Food” (ANSES opinion no 2022-SA-0110), chaired by Nadia Haddad, and whose members are cited in the authors.; International audience; Monkeypox (MPX) is a zoonotic infectious disease caused by Monkeypox virus (MPXV), an enveloped DNA virus belonging to the Poxviridae family and the Orthopoxvirus genus. Since early May 2022, a growing number of human cases of Monkeypox have been reported in non-endemic countries, with no history of contact with animals imported from endemic and enzootic areas, or travel to an area where the virus usually circulated before May 2022. This qualitative risk assessment aimed to investigate the probability that MPXV transmission occurs through food during its handling and consumption. The risk assessment used “top-down” (based on epidemiological data) and “bottom-up” (following the agent through the food chain to assess the risk of foodborne transmission to human) approaches, which were combined. The “top-down” approach first concluded that bushmeat was the only food suspected as a source of contamination in recorded cases of MPXV, by contact or ingestion. The “bottom-up” approach then evaluated the chain of events required for a human to become ill after handling or consuming food. This approach involves several conditions: (i) the food must be contaminated with MPXV (naturally, by an infected handler or after contact with a contaminated surface); (ii) the food must contain viable virus when it reaches the handler or consumer; (iii) the person must be exposed to the virus and; (iv) the person must be infected after exposure. Throughout the risk assessment, some data gaps were identified and highlighted. The conclusions of the top-down and bottom-up approaches are consistent and suggest that the risk of transmission of MPXV through food is hypothetical and that such an occurrence was never reported. In case of contamination, cooking (e.g., 12 min at 70°C) could be considered effective in inactivating Poxviridae in foods. Recommendations for risk management are proposed. To our knowledge, this is the first risk assessment performed on foodborne transmission of MPXV.
Published: 2022
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30. Cutaneous epitheliotropic T-cell lymphoma in a donkey – a case report

Author: Jevgenija Kondratjeva, Florie Julien, Céline Coutelier, Louis Humeau, Fabien Moog, Daniel Combarros, Isabelle Fourquaux, Charline Pressanti, Maxence Delverdier, Peter F. Moore, Marie Christine Cadiergues, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Selarl Hippovet Aude, Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Microscopie Électronique Appliquée à la Biologie (CMEAB), Toulouse Réseau Imagerie-Genotoul ( TRI-Genotoul), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of California [Davis] (UC Davis), University of California (UC), The Dermatology Unit of ENVT funded all complementary analyses., and RIOU, Christine
Subjects: Male, Skin Neoplasms, General Veterinary, Cutaneous T-cell lymphoma, Clonality test, [SDV]Life Sciences [q-bio], Receptors, Antigen, T-Cell, gamma-delta, General Medicine, Equidae, Equus asinus, Lymphoma, T-Cell, Cutaneous, [SDV] Life Sciences [q-bio], Mycosis Fungoides, Donkey, Animals, Dermatitis, Exfoliative, Skin
Abstract: Background Cutaneous epitheliotropic T-cell lymphoma is a malignant tumour of the skin already reported in humans, dogs, cats, horses, and other species, but not previously in donkeys. The standard diagnosis is based on clinical, morphological and immunophenotypic data. Differentiation of malignant versus benign proliferation of lymphocytes is crucial; in ambiguous cases T-cell receptor gamma (TRG) molecular clonality should be tested. In the present paper, we report a case of mycosis fungoides diagnosed in a donkey whose diagnosis was based on clinical, histological and immunohistochemical aspects and a positive TRG clonality test. Case presentation A twenty-five-year-old donkey gelding was referred with a mildly pruritic, generalised and severe exfoliative dermatosis. Otherwise, the animal was clinically healthy, though mildly underweight. Dermatological examination revealed severe generalised alopecic and exfoliative dermatitis, occasionally eroded, with high number of large, thin, greyish scales. All mucocutaneous junctions except the hoofs were affected. Ectoparasites and dermatophytes were ruled out. The complete blood count and blood smear evaluation revealed mild normocytic normochromic anemia. The biochemistry panel showed mild hyperproteinemia with albumin within the normal range. Protein electrophoresis showed moderate polyclonal hypergammaglobulinemia. Histological findings were characterised by interface dermatitis with massive exocytosis in the epidermis of a homogenous population of lymphoid cells showing atypia. Clusters of neoplastic cells were present within the epidermis forming Pautrier “microabscesses”. These findings are consistent with cutaneous epitheliotropic lymphoma. Immunohistochemical staining revealed uniform labelling of the neoplastic cells for CD3, and lack of expression of CD20 (a B cell lineage associated marker). Molecular clonality PCR (PARR) was performed using equine TRG primers; this revealed a clonal rearrangement in a heavy polyclonal background. Transmission electronic microscopy showed multiple lymphocytes with convoluted or cerebriform nuclei. Conclusions This case report provides the first evidence of clinical, histopathological, immunophenotypic features, electron microscopy findings and molecular analysis of a cutaneous epitheliotropic T-cell lymphoma (mycosis fungoides) in a donkey. Our observations suggest that cutaneous T-cell lymphoma should be included in the differential diagnoses of exfoliative dermatitis, even those progressing in a chronic pattern and/or with few or no pruritus.
Published: 2022
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31. Diagnosis of animal trypanosomoses: proper use of current tools and future prospects

Author: Marc Desquesnes, Alireza Sazmand, Marisa Gonzatti, Alain Boulangé, Géraldine Bossard, Sophie Thévenon, Geoffrey Gimonneau, Philippe Truc, Stéphane Herder, Sophie Ravel, Denis Sereno, Etienne Waleckx, Vincent Jamonneau, Philippe Jacquiet, Sathaporn Jittapalapong, David Berthier, Philippe Solano, Laurent Hébert, Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Bu-Ali Sina University, Universidad Simon Bolivar (USB), Centre international de recherche-développement sur l'élevage en zone sub-humide (CIRDES), Universidad Autónoma de Yucatán, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Kasetsart University (KU), Physiopathologie et épidémiologie des maladies équines (PhEED), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Pan-trypanosome ELISA, Trypanosoma, Trypanosoma cruzi, MESH: Africa, L73 - Maladies des animaux, Trypanosome, [SDV.MP.PRO]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Protistology, Trypanosomiasis, Trypanosomose, Integrative trypanosomosis diagnosis, Animals, Surveillance épidémiologique, MESH: Animals, MESH: Animals, Domestic, MESH: Chagas Disease, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Chagas Disease, Diagnostic, POCD, Maladie de chagas, PSR, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Trypanosomosis, Contrôle de maladies, Dourine, L70 - Sciences et hygiène vétérinaires - Considérations générales, Trypanosomose africaine, Infectious Diseases, Maladie des animaux, Animals, Domestic, Africa, Parasitology, MESH: Trypanosomiasis, MESH: Trypanosoma cruzi, MESH: Trypanosoma
Abstract: Reliable diagnostic tools are needed to choose the appropriate treatment and proper control measures for animal trypanosomoses, some of which are pathogenic.Trypanosoma cruzi, for example, is responsible for Chagas disease in Latin America. Similarly, pathogenic animal trypanosomoses of African origin (ATAO), including a variety ofTrypanosomaspecies and subspecies, are currently found in Africa, Latin America and Asia. ATAO limit global livestock productivity and impact food security and the welfare of domestic animals. This review focusses on implementing previously reviewed diagnostic methods, in a complex epizootiological scenario, by critically assessing diagnostic results at the individual or herd level. In most cases, a single diagnostic method applied at a given time does not unequivocally identify the various parasitological and disease statuses of a host. These include “non-infected”, “asymptomatic carrier”, “sick infected”, “cured/not cured” and/or “multi-infected”. The diversity of hosts affected by these animal trypanosomoses and their vectors (or other routes of transmission) is such that integrative, diachronic approaches are needed that combine: (i) parasite detection, (ii) DNA, RNA or antigen detection and (iii) antibody detection, along with epizootiological information. The specificity of antibody detection tests is restricted to the genus or subgenus due to cross-reactivity with otherTrypanosomaspp. and Trypanosomatidae, but sensitivity is high. The DNA-based methods implemented over the last three decades have yielded higher specificity and sensitivity for active infection detection in hosts and vectors. However, no single diagnostic method can detect all active infections and/or trypanosome species or subspecies. The proposed integrative approach will improve the prevention, surveillance and monitoring of animal trypanosomoses with the available diagnostic tools. However, further developments are required to address specific gaps in diagnostic methods and the sustainable control or elimination of these diseases.Graphical Abstract
Published: 2022
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32. Quantification and characterisation of commensal wild birds and their interactions with domestic ducks on a free-range farm in southwest France

Author: Chloé Le Gall-Ladevèze, Claire Guinat, Pierre Fievet, Benjamin Vollot, Jean-Luc Guérin, Julien Cappelle, Guillaume Le Loc’h, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Biosystems Science and Engineering [ETH Zürich] (D-BSSE), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Conservatoire d'Espaces Naturels de Provence-Alpes-Côte d'Azur (CEN PACA ), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), This study was performed in the framework of the 'Chaire de Biosecurite Aviaire', hosted by the National Veterinary College of Toulouse (ENVT) and funded by the Direction Generale de l'Alimentation, Ministere de l'Agriculture et de l'Alimentation, France. This work was financially supported by the FEDER/Region Occitanie Recherche et Societes 2018-AI-TRACK. CG is funded by the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sklodowska-Curie grant agreement No 842621., and European Project: 777657,H2020-EU.1.3.3. - Stimulating innovation by means of cross-fertilisation of knowledge,777657,MSCA-RISE(2018)
Subjects: Farms, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, Analyse de réseau, Animals, Wild, L73 - Maladies des animaux, Poultry, Birds, Passer domesticus, Animals, Canard, Élevage en liberté, Poultry Diseases, Moineau, Multidisciplinary, Passer montanus, Distribution spatiale, Oiseau, Ducks, Influenza in Birds, commensal, Élevage de volailles
Abstract: The role of commensal birds in the epidemiology of pathogens in poultry farms remains unclear. Our study aimed to identify potential key species for interactions with domestic ducks on one free-range duck farm in southwest France. Methods combined direct individual observations on duck outdoor foraging areas, network analysis, and general linear mixed models of abundances. Results showed a wide diversity of wild bird species visiting foraging areas, heavily dominated in frequency by White wagtails (Motacilla alba) and Sparrows (Passer domesticus and Passer montanus). These also were the only species seen entering duck premises or perching on drinkers in the presence of ducks. Moreover, White wagtails were the species most frequently observed on the ground and in close proximity to ducks. Network analysis suggested the role of White wagtails and Sparrows in linking ducks to other wild birds on the farm. The abundance of White wagtails was positively associated with open vegetation, with the presence of ducks and particularly in the afternoon, while the abundance of Sparrows was positively associated only with the fall-winter season. By precisely characterising interactions, the study was able to identify few wild bird species which should be prioritized in infectious investigations at the interface with poultry., Scientific Reports, 12, ISSN:2045-2322
Published: 2022
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33. RIG-I/MDA5 activation upon Influenza D virus infection impairs the pro-inflammatory and antibacterial response triggered during secondary Mycoplasma bovis superinfection

Author: Gaudino, Maria, Lion, Adrien, Sagné, Eveline, Nagamine, Brandy, Scribe, Anaëlle, Sikht, Fatima-Zohra, Oliva, Justine, Terrier, Olivier, Simon, Elisa, Foret-Lucas, Charlotte, Lion, Julie, Gausserès, Blandine, Dordet-Frisoni, Emilie, Baranowski, Eric, Ducatez, Mariette, Meyer, Gilles, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Innovations Thérapeutiques et Résistances (InTheRes), and Dordet-Frisoni, Emilie
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience; Pathogenic bacteria and viruses are often co-detected in cattle with respiratory illness. However, the clinical meaning of these bacterial/viral co-infections has long been controversial. Influenza D virus (IDV) is a novel member of the Orthomyxoviridae family that was discovered in 2011 and cattle is currently considered its primary host. In the last few years, IDV presence in bovine clinical samples has been associated with respiratory disease through metagenomic approaches and virological surveillance. Experimental in vivo challenge with IDV alone induced moderate respiratory signs in calves. However, when in co-infection with Mycoplasma bovis, IDV enhanced the bacterial colonization of the lower respiratory tract and worsened the gross lung lesions. In order to investigate the viral mechanisms inducing the aggravation of M. bovis bacterial superinfection, we used the organotypic ex vivo model Precision-Cut Lung Slices. Our results showed an impairment of pro-inflammatory and antibacterial responses following a primary IDV infection, with decreased production of several pro-inflammatory cytokines and chemokines, such as IL-1β, IL-8, CXCL10, IL-17, as well as inducible nitric oxid synthase, which are known to play an important role in counteracting bacterial infections. Stimulations with agonists of cytosolic helicases and TLR receptors revealed that a primary activation of RIG-I/MDA5 decreases the production of pro-inflammatory cytokines that are induced by TLR2 activation, similarly to what observed with the two replicating pathogens. Changes in the cellular ultrastructure of lung tissue following the co-infection were also investigated by electron microscopy studies. These data provide an interesting framework to better understand the dynamics of respiratory co-infections.
Published: 2022

34. Conjunctival calcinosis circumscripta in a dog: Treatment combining surgical resection and amniotic membrane grafting

Author: Alain Regnier, Sebastien Raffestin, Claire Lyse Etienne, Isabelle Raymond Letron, Jean-Yves Douet, Marie-Claire Robin, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Clinique vétérinaire des Capitelles, LabHPEC (Laboratoire d’HistoPathologie Expérimentale et Comparée), Partenaires INRAE, STROMALab, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Etablissement Français du Sang-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Surgical resection, medicine.medical_specialty, Conjunctiva, Urinalysis, 040301 veterinary sciences, conjunctival calcification, [SDV]Life Sciences [q-bio], 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, conjunctivitis, medicine, conjunctival reconstruction, Lamina propria, General Veterinary, medicine.diagnostic_test, business.industry, conjunctivectomy, 04 agricultural and veterinary sciences, medicine.disease, 3. Good health, Surgery, Transplantation, medicine.anatomical_structure, 030221 ophthalmology & optometry, Histopathology, Nictitating membrane, amniotic membrane transplantation, nictitating membrane, business, Calcification
Abstract: International audience; This report describes the clinical features, histopathology, and surgical treatment of a case of conjunctival calcification in a 5-month-old female English Setter, referred with a history of recurrent conjunctivitis in the right eye (OD). The ophthalmic findings were limited to multifocal white plaques embedded in a markedly inflamed conjunctiva of the eyelids and the anterior nictitating membrane OD. Calcification was suspected. The blood cell count, blood chemical profile, and urinalysis were within normal limits, and long-bone radiographs appeared normal. After removal of the affected area by means of a large conjunctivectomy, cryopreserved canine amniotic membrane (AM) was transplanted to fill in the defect. Multifocal ectopic calcium deposits in the conjunctival lamina propria were confirmed histopathologically. The postoperative healing was uneventful, and no recurrence was observed during a follow-up period of five years. Conjunctival mineralization is uncommon in canine ophthalmology, and the cause remained undetermined in the present case, for which AM transplantation was able to promote conjunctival healing after a large surgical excision.
Published: 2021
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35. Newcastle disease virus transmission dynamics in wild peridomestic birds in the United Arab Emirates

Author: Guillaume Le Loc'h, Jean-Luc Guérin, Julien Hirschinger, Timothée Vergne, Yves Hingrat, Lucile Marescot, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Reneco International Wildlife Consultants LLC, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The study was funded by the NARC and the SKHBC-AD, two projects under the leadership of the IFHC., Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 0106 biological sciences, medicine.medical_specialty, 040301 veterinary sciences, Virus transmission, Newcastle Disease, [SDV]Life Sciences [q-bio], Science, Population, Population Dynamics, Newcastle disease virus, United Arab Emirates, Animals, Wild, Disease, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Viral infection, Newcastle disease, Communicable Diseases, Article, 0403 veterinary science, Birds, Epidemiology, medicine, Computational models, Animals, education, education.field_of_study, Multidisciplinary, biology, 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, Infectious disease (medical specialty), Longitudinal field, Medicine, Demography
Abstract: To understand the dynamics of a pathogen in an animal population, one must assess how the infection status of individuals changes over time. With wild animals, this can be very challenging because individuals can be difficult to trap and sample, even more so since they are tested with imperfect diagnostic techniques. Multi-event capture-recapture models allow analysing longitudinal capture data of individuals whose infection status is assessed using imperfect tests. In this study, we used a two-year dataset from a longitudinal field study of peridomestic wild bird populations in the United Arab Emirates during which thousands of birds from various species were captured, sampled and tested for Newcastle disease virus exposure using a serological test. We developed a multi-event capture-recapture model to estimate important demographic and epidemiological parameters of the disease. The modelling outputs provided important insights into the understanding of Newcastle disease dynamics in peridomestics birds, which varies according to ecological and epidemiological parameters, and useful information in terms of surveillance strategies. To our knowledge, this study is the first attempt to model the dynamics of Newcastle disease in wild bird populations by combining longitudinal capture data and serological test results. Overall, it showcased that multi-event capture-recapture models represent a suitable method to analyse imperfect capture data and make reliable inferences on infectious disease dynamics in wild populations.
Published: 2021
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36. Rare and unique adaptations to cancer in domesticated species: An untapped resource?

Author: Dorothée Missé, Georgina Bramwell, Aaron G. Schultz, Margaux Bieuville, Beata Ujvari, Nolwenn M. Dheilly, Jérôme Abadie, Péter Biró, Sophie Labrut, Tracey Russell, Flora Gouzerh, Justine Boutry, François Renaud, Orsolya Vincze, Rodrigo Hamede, Guillaume Le Loc'h, Mathieu Giraudeau, Benjamin Roche, Frédéric Thomas, Christa Beckmann, Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (CREEC), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (MIVEGEC-CREEC), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), School of Marine and Atmospheric Sciences [Stony Brook] (SoMAS), Stony Brook University [SUNY] (SBU), State University of New York (SUNY)-State University of New York (SUNY), Deakin University, Burwood, Australia, Deakin University [Burwood], Western Sydney University, University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Animaux modèles pour la recherche en oncologie comparée (AMaROC), Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hungarian Department of Biology and Ecology [Cluj‑Napoca, Romania], Babes-Bolyai University [Cluj-Napoca] (UBB), MTA Centre for Ecological Research [Tihany], Hungarian Academy of Sciences (MTA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Sorbonne Université (SU), The University of Sydney, This work was supported by an ARC Linkage (LP170101105), Deakin SEBE_RGS_2019, an ANR TRANSCAN (ANR-18-CE35-0009) and a CNRS 'International Associated Laboratory Grant.' Support was also provided by the Rotary Club Les Sables d’Olonne to FT. OV is supported by the Romanian Ministry of Research and Innovation (PN-III-P4-ID-PCE-2016-0404), by the János Bolyai Research Scholarship of the Hungarian Academy of Sciences and by the New National Excellence Program of the Ministry of Innovation and Technology (ÚNKP-19-4-DE-538)., ANR-18-CE35-0009,TRANSCAN,ECOLOGIE ET EVOLUTION DES CANCERS TRANSMISSIBLES(2018), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord])
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, evolutionary mismatch, Resource (biology), [SDV]Life Sciences [q-bio], domestication syndrome, lcsh:Evolution, selection, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, domestication, evolutionary, evolution, Genetics, Inbreeding depression, medicine, lcsh:QH359-425, cancer, Domestication, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), High rate, Cancer, Mismatch theory, medicine.disease, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, General Agricultural and Biological Sciences, mismatch
Abstract: International audience; Strong and ongoing artificial selection in domestic animals has resulted in amazing phenotypic responses that benefit humans, but often at a cost to an animal's health, and problems related to inbreeding depression, including a higher incidence of cancer. Despite high rates of cancer in domesticated species, little attention has been devoted to exploring the hypothesis that persistent artificial selection may also favour the evolution of compensatory anticancer defences. Indeed, there is evidence for effective anti‐cancer defences found in several domesticated species associated with different cancer types. We also suggest that artificial selection can favour the “domestication” of inherited oncogenic mutations in rare instances, retaining those associated to late and/or less aggressive cancers, and that by studying these seemingly rare anticancer adaptations, novel cancer treatments may be found.
Published: 2020
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37. CD5 signalosome coordinates antagonist TCR signals to control the generation of Treg cells induced by foreign antigens

Author: Ki-Duk Song, Hélène Daniels-Treffandier, Gaëtan Blaize, Meryem Aloulou, Anne Gonzalez de Peredo, Renaud Lesourne, Mylène Gador, Mariette F. Ducatez, Mehdi Benamar, Marlène Marcellin, Cui Yang, Nicolas Fazilleau, Abdelhadi Saoudi, Paul E. Love, Odile Burlet-Schiltz, Nelly Rouquié, Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development (NICHD), This work was supported by INSERM and Sanofi (Avenir grant to R.L.), the Association pour la Recherche sur le Cancer, the Intramural Research Program of the Eunice Kennedy Shriver, National Institute of Child Healthand Human Development, a Marie Curie International Reintegration Grant (to R.L.), the French Ministry of Higher Education and Research (PhD fellow-ship to G.B.), the Région Midi-Pyrénées, European funds (Fonds Européensde Développement Régional), Toulouse Métropole, and the French Ministry of Research with the ‘Investissement d’Avenir Infrastructures Nationales en Biologie et Santé' program (ProFI, Proteomics French Infrastructure project ANR-10-INBS-08) (to O.B.-S.)., and ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010)
Subjects: 0301 basic medicine, T cell, Primary Cell Culture, T cells, Receptors, Antigen, T-Cell, Mice, Transgenic, chemical and pharmacologic phenomena, CD5 Antigens, Lymphocyte Activation, [SDV.IMM.II]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity, T-Lymphocytes, Regulatory, Mass Spectrometry, Mice, 03 medical and health sciences, Transactivation, 0302 clinical medicine, Immune system, Antigen, hemic and lymphatic diseases, medicine, Animals, Antigens, Multidisciplinary, Chemistry, T-cell receptor, FOXP3, Cell Differentiation, hemic and immune systems, Biological Sciences, Cell biology, coreceptors, CRKL, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, [SDV.IMM.IA]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Adaptive immunology, Gene Expression Regulation, 030220 oncology & carcinogenesis, Phosphorylation, signaling, Signal Transduction
Abstract: CD5 is characterized as an inhibitory coreceptor with an important regulatory role during T cell development. The molecular mechanism by which CD5 operates has been puzzling and its function in mature T cells suggests promoting rather than repressing effects on immune responses. Here, we combined quantitative mass spectrometry and genetic studies to analyze the components and the activity of the CD5 signaling machinery in primary T cells. We found that T cell receptor (TCR) engagement induces the selective phosphorylation of CD5 tyrosine 429, which serves as a docking site for proteins with adaptor functions (c-Cbl, CIN85, CRKL), connecting CD5 to positive (PI3K) and negative (UBASH3A, SHIP1) regulators of TCR signaling. c-CBL acts as a coordinator in this complex enabling CD5 to synchronize positive and negative feedbacks on TCR signaling through the other components. Disruption of CD5 signalosome in mutant mice reveals that it modulates TCR signal outputs to selectively repress the transactivation of Foxp3 and limit the inopportune induction of peripherally induced regulatory T cells during immune responses against foreign antigen. Our findings bring insights into the paradigm of coreceptor signaling, suggesting that, in addition to providing dualistic enhancing or dampening inputs, coreceptors can engage concomitant stimulatory and inhibitory signaling events, which act together to promote specific functional outcomes.
Published: 2020
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38. Transmission of highly pathogenic avian influenza in the nomadic free-grazing duck production system in Viet Nam

Author: Anne Meyer, Pawin Padungtod, Katriina Willgert, Nhu Van Thu, Dinh Xuan Tung, Guillaume Fournié, Nguyen Thanh Thuy, Dirk U. Pfeiffer, Pham Thanh Long, Timothée Vergne, Scott H. Newman, Royal Veterinary College [London], University of London [London], Department of Pathobiology and Population Sciences, Royal Veterinary College, Veterinary Epidemiology, Economics and Public Health Group, University of Cambridge [UK] (CAM), Department of Veterinary Medicine, Disease Dynamics Unit [UK], Ausvet Europe, Institute of Environmental Health and Sustainable Development (IEHSD), Food and Agriculture Organization of the United Nations, Global Emergency Centre for Transboundary Animal Diseases (ECTAD), Ministry of Agriculture and Rural Development [Hanoï] (MARD), City University of Hong Kong [Hong Kong] (CUHK), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was supported by a British Council Institutional Links grant under the Newton Fund (Grant ID: 172711836), which is administered through the UK Department for Business Innovation and Skills., Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Willgert, Katriina [0000-0003-3586-1997], and Apollo - University of Cambridge Repository
Subjects: 0301 basic medicine, Veterinary medicine, Indirect Transmission, 040301 veterinary sciences, animal diseases, lcsh:Medicine, Biology, medicine.disease_cause, Article, law.invention, Disease Outbreaks, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, law, medicine, Influenza A virus, Animals, lcsh:Science, Preventive medicine, Multidisciplinary, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Influenza A Virus, H5N1 Subtype, Viet nam, Vaccination, lcsh:R, Outbreak, virus diseases, 04 agricultural and veterinary sciences, Influenza A virus subtype H5N1, Disinfection, Motor Vehicles, 030104 developmental biology, Transmission (mechanics), Ducks, Vietnam, Influenza Vaccines, Influenza in Birds, Communicable Disease Control, lcsh:Q, Flock, Influenza virus
Abstract: The presence of free-grazing ducks (FGD) has consistently been shown to be associated with highly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) H5N1 outbreaks in South-East Asia. However, the lack of knowledge about the transmission pathways limits the effectiveness of control efforts. To address this gap, we developed a probabilistic transmission model of HPAIV H5N1 in the nomadic FGD production system in Viet Nam, assuming different scenarios to address parameter uncertainty. Results suggested that HPAIV H5N1 could spread within the nomadic FGD production system, with an estimated flock-level effective reproduction number (re) ranging from 2.16 (95% confidence interval (CI): 1.39-3.49) to 6.10 (95%CI: 3.93-9.85) depending on the scenario. Indirect transmission via boats and trucks was shown to be the main transmission route in all scenarios. Results suggest that re could be reduced below one with 95% confidence if 86% of FGD flocks were vaccinated in the best-case scenario or 95% in the worst-case scenario. If vaccination was combined with cleaning and disinfection of transport vehicles twice a week, vaccination coverage could be lowered to 60% in the best-case scenario. These findings are of particular relevance for prioritising interventions for effective control of HPAIV in nomadic free-grazing duck production systems.
Published: 2020
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39. Corneal anesthesia associated with topical application of 2% lidocaine nonophthalmic gel to healthy canine eyes

Author: Alain Regnier, Jean-Yves Douet, Marie-Claire Robin, Aurélie Papin, Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Male, medicine.medical_specialty, genetic structures, Lidocaine, 040301 veterinary sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Corneal Touch, corneal anesthesia, Baseline level, Cochet-Bonnet aesthesiometer lidocaine 2% gel, Cornea, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, Dogs, 0302 clinical medicine, Corneal Sensitivity, Corneal anesthesia, Ophthalmology, medicine, Animals, Anesthetics, Local, General Veterinary, business.industry, 04 agricultural and veterinary sciences, Anesthetic Effect, corneal sensitivity, eye diseases, 3. Good health, medicine.anatomical_structure, dog, 030221 ophthalmology & optometry, Punctate epithelial erosions, Female, sense organs, Ophthalmic Solutions, business, Gels, medicine.drug
Abstract: International audience; Objective: To assess the degree and duration of corneal anesthesia induced by topical application of 2% lidocaine gel to the healthy canine eye.Animals Nineteen adult Beagles free of ocular abnormalities.Procedures: Baseline corneal touch threshold (CTT) was measured bilaterally with a Cochet-Bonnet aesthesiometer. The 2% lidocaine gel (0.1 mL) was applied to one eye, randomly assigned, and the same volume of a lubricant gel was applied to the opposite eye. The CTT measurements were repeated bilaterally within 1 minute, after drug application, and every 5 minutes, until the baseline corneal sensitivity was restored. The potential for local adverse effects was evaluated.Results: Complete desensitization of the cornea (CTT = 0) was achieved one minute after lidocaine gel application and was maintained during 25.3 +/- 12.5 minutes. Overall, the corneal sensitivity was significantly decreased for 58.4 +/- 16.6 minutes compared with baseline level. Minor and reversible punctate epithelial erosions of the cornea were observed in the two treatment groups and were attributed to the anesthetic effect and the aesthesiometry procedure.Conclusions: In the current study, the 2% lidocaine gel provided a sustained, deep and well-tolerated corneal anesthesia in ophthalmically normal dogs.
Published: 2020
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40. Analysis of temporal patterns in animal movement networks

Author: Guillaume Le Loc’h, Mathieu Lihoreau, Thibault Dubois, Cristian Pasquaretta, Virginie P. Delepoulle, Philipp Heeb, Tamara Gómez-Moracho, Centre de Recherches sur la Cognition Animale - UMR5169 (CRCA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), XeriusTracking SARL, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Evolution et Diversité Biologique (EDB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), This work was funded by the CNRS, a grant from the Agence Nationale de la Recherche to M.L. (ANR‐16‐CE02‐0010), and the Laboratoire d'Excellence (LABEX) TULIP (ANR‐10‐LABX‐41). We acknowledge Prof. Lars Chittka and Dr. Joe Woodgate for providing access to the harmonic radar (bumblebee trajectory) and XeriusTracking for the GPS data (black kite trajectory)., ANR-16-CE02-0010,Mov-It,Le mouvement des ongulés au sein de paysages hétérogènes: identification des processus comportementaux reliant les changements globaux aux performances démographiques et à la gestion spatialement explicite(2016), ANR-10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2010), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, movement networks, Computer science, business.industry, Movement (music), [SDV]Life Sciences [q-bio], Ecological Modeling, Argos, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, GPS tracking, spatial networks, 03 medical and health sciences, Harmonic radar, movement ecology, Computer vision, Artificial intelligence, harmonic radar, business, animal trajectories, motifs time series, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology
Abstract: We implemented our method in R. We provide the codes and the bumblebee and black kite datasets in Dryad Digital Repository https://doi.org/10.5061/dryad.47d7wm390 (Pasquaretta et al., 2015). The roe deer dataset was obtained from MOVEBANK (Wikelski & Kays, 2020). Animal Identifier: Sandro (M06), from Cagnacci et al. (2011) (https://www.movebank.org/). The wolf dataset was obtained from MOVEBANK (Wikelski & Kays, 2020), Animal identifier: Zimzik, from Kaczensky et al. (2006) (https://www.movebank.org/).We implemented our method in R. We provide the codes and the bumblebee and black kite datasets in Dryad Digital Repository https://doi.org/10.5061/dryad.47d7wm390 (Pasquaretta et al., 2015). The roe deer dataset was obtained from MOVEBANK (Wikelski & Kays, 2020). Animal Identifier: Sandro (M06), from Cagnacci et al. (2011) (https://www.movebank.org/). The wolf dataset was obtained from MOVEBANK (Wikelski & Kays, 2020), Animal identifier: Zimzik, from Kaczensky et al. (2006) (https://www.movebank.org/).; International audience; 1. Understanding how animal movements change across space and time is a fundamental question in ecology. While classical analyses of trajectories give insightful descriptors of spatial patterns, a satisfying method for assessing the temporal succession of such patterns is lacking.2. Network analyses are increasingly used to capture properties of complex animal trajectories in simple graphical metrics. Here, building on this approach, we introduce a method that incorporates time into movement network analyses based on temporal sequences of network motifs.3. We illustrate our method using four example trajectories (bumblebee, black kite, roe deer, wolf) collected with different technologies (harmonic radar, platform terminal transmitter, global positioning system). First, we transformed each trajectory into a spatial network by defining the animal's coordinates as nodes and movements in between as edges. Second, we extracted temporal sequences of network motifs from each movement network and compared the resulting behavioural profiles to topological features of the original trajectory. Finally, we compared each sequence of motifs with simulated Brownian and Lévy random motions to statistically determine differences between trajectories and classical movement models.4. Our analysis of the temporal sequences of network motifs in individual movement networks revealed successions of spatial patterns corresponding to changes in behavioural modes that can be attributed to specific spatio‐temporal events of each animal trajectory. Future applications of our method to multi‐layered movement and social network analysis yield considerable promises for extending the study of complex movement patterns at the population level.
Published: 2020
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41. Reducing anthelmintic inputs in organic farming: Are small ruminant farmers integrating alternative strategies to control gastrointestinal nematodes?

Author: Caroline Chylinski, Spiridoula Athanasiadou, Susann Thüer, Christian Grovermann, Simon Moakes, Hervé Hoste, Saulius Petkevicius, Cynthia Verwer, Jan Verkaik, Steffen Werne, Scotland's Rural College (SRUC), Research Institute of Organic Agriculture - Forschungsinstitut für biologischen Landbau (FiBL), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lithuanian University of health Sciences [Kaunas], Louis Bolk Institute (LBI), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Financial support for this project was provided by transnational funding bodies, being partners of the FP7 ERA-net project (ProPara), CORE Organic Plus, and the co-fund from the European Commission (Grant agreement No. 618107). SRUC acknowledges funding by the Scottish Government. We also acknowledge the acquisition of survey data by Florence Arsonneau (FiBL-France)., and European Project: 618107,EC:FP7:KBBE,FP7-ERANET-2013-RTD,CORE ORGANIC PLUS(2013)
Subjects: Dierenwelzijn en gezondheid, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Organic farming, General Veterinary, Anthelmintic, Parasitology, Animal Health & Welfare, General Medicine, Alternative control, Gastrointestinal nematodes, Small ruminants
Abstract: International audience; Highlights: • Organic farmers are well informed on alternatives to anthelmintics but a few put them into practice. • The determinants of anthelmintic drench frequency are variable at different systems of production. • Targeted Selective Treatment is not commonly incorporated by organic farmers. • Dairy goat and meat sheep organic production systems have distinct approaches for nematode control.Abstract:To counter the global spread of anthelmintic resistance (AR), considerable efforts have been invested in the development and dissemination of sustainable alternatives to control gastrointestinal nematode (GIN) infections in small ruminants. The degree to which these have been accepted and integrated by farmers, particularly in organic systems, where the drive to reduce chemical inputs is arguably even more pressing, has been little studied. To identify whether more comprehensive actions are needed to support the uptake of alternative GIN controls amongst organic farmers, this study conducted a survey in five European countries on organic dairy goat and meat sheep farmers to gain insight into current GIN control strategies and farmer attitudes towards AR and alternative measures in these countries. The structured survey was disseminated in the five European countries Switzerland, France, Netherlands, Lithuania and United Kingdom, receiving a total of 425 responses, 106 from organic dairy goat farmers and 319 from organic meat sheep farmers. Regression analyses were carried out to identify factors impacting anthelmintic drenching on meat sheep production systems, whereas all data were analysed descriptively. Four key findings emerged: i) The frequency of anthelmintic treatments averaged less than two per animal a year in all production systems; ii) Overall, organic farmers seemed well informed on the availability of alternative GIN control methods, but fewer stated to put them into practice; iii) Targeted selective treatment (TST) strategies of anthelmintics appears to be not commonly incorporated by organic farmers; iv) Despite operating under national and EU organic regulations, each of the organic dairy goat (Switzerland, France and Netherlands) and meat sheep (Switzerland, Lithuania and United Kingdom) production systems developed distinct approaches for GIN control. To increase uptake of alternatives to GIN control and optimise anthelmintic use, initiatives that promote research dissemination, farmer participatory and knowledge transfer activities at national level would be desirable.
Published: 2023
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42. Unfavorable genetic correlations between fecal egg count and milk production traits in the French blond-faced Manech dairy sheep breed

Author: Sophie Aguerre, Jean-Michel Astruc, Andrés Legarra, Léa Bordes, Françoise Prevot, Christelle Grisez, Corinne Vial Novella, Francis Fidelle, Philippe Jacquiet, Carole Moreno-Romieux, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de l'élevage, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), UMT Pilotage de la Santé des Ruminants, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Centre Départemental de l'Elevage Ovin (CDEO), Phenotyping of the rams of the selection scheme was funded by the projects Action innovante FENOPAR (France Genetique Elevage) and PARALUT (Projet Region Nouvelle Aquitaine). The project Sustradeoff (ERANET SUSAN, 696231) contributed to the funding of the data analysis. The authors are grateful to Francis Fidelle (CDEO, Ordiap, France) for assisting with animal care and data collection. Sophie Aguerre acknowledges the support of the Région Occitanie and INRAE Animal Health and Animal Genetics Divisions for her Ph.D. grant., and European Project: 696231,H2020,H2020-ISIB-2015-1,SusAn(2016)
Subjects: Male, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Sheep, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Sheep Diseases, [SDV.SA.ZOO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Zootechny, General Medicine, Milk, Genetics, Animals, Lactation, Female, Animal Science and Zoology, Intestinal Diseases, Parasitic, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Sheep, Domestic, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
Abstract: Background Genetic selection has proven to be a successful strategy for the sustainable control of gastrointestinal parasitism in sheep. However, little is known on the relationship between resistance to parasites and production traits in dairy breeds. In this study, we estimated the heritabilities and genetic correlations for resistance to parasites and milk production traits in the blond-faced Manech breed. The resistance to parasites of 951 rams from the selection scheme was measured through fecal egg counts (FEC) at 30 days post-infection under experimental conditions. Six milk production traits [milk yield (MY), fat yield (FY), protein yield (PY), fat content (FC), protein content (PC) and somatic cell score (LSCS)], were used in this study and were collected on 140,127 dairy ewes in first lactation, as part of the official milk recording. These ewes were related to the 951 rams (65% of the ewes were daughters of the rams). Results Fecal egg counts at the end of the first and second infections were moderately heritable (0.19 and 0.37, respectively) and highly correlated (0.93). Heritabilities were moderate for milk yields (ranging from 0.24 to 0.29 for MY, FY and PY) and high for FC (0.35) and PC (0.48). MY was negatively correlated with FC and PC (− 0.39 and − 0.45, respectively). FEC at the end of the second infection were positively correlated with MY, FY and PY (0.28, 0.29 and 0.24, respectively with standard errors of ~ 0.10). These slightly unfavorable correlations indicate that the animals with a high production potential are genetically more susceptible to gastrointestinal parasite infections. A low negative correlation (− 0.17) was also found between FEC after the second infection and LSCS, which suggests that there is a small genetic antagonism between resistance to gastrointestinal parasites and resistance to mastitis, which is another important health trait in dairy sheep. Conclusions Our results indicate an unfavorable but low genetic relationship between resistance to gastrointestinal parasites and milk production traits in the blond-faced Manech breed. These results will help the breeders’ association make decisions about how to include resistance to parasites in the selection objective.
Published: 2022
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43. Co-variation between glucocorticoids, behaviour and immunity supports the pace-of-life syndrome hypothesis: an experimental approach

Author: Rupert Palme, Chloé Monestier, Marie-Line Maublanc, Marine Wasniewski, Benoit Rannou, Guillaume Le Loc’h, Typhaine Lavabre, Emmanuelle Gilot-Fromont, Hélène Verheyden, Luca Börger, Benjamin Rey, Jeffrey Carbillet, Nicolas Cebe, Jean-Luc Rames, Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Veterinary Medicine [Vienna] (Vetmeduni), University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana], University of Illinois System, Bankiva, Swansea University, Centre Régional d'Exploration Fonctionnelle et Ressources Expérimentales (CREFRE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Inovie Vet, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SEGUIN, Nathalie, Marchal-Mauer, Sophie, Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses - - ECOFECT2011 - ANR-11-LABX-0048 - LABX - VALID, PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE - - Avenir L.S.E.2011 - ANR-11-IDEX-0007 - IDEX - VALID, ANR-11-LABX-0048,ECOFECT,Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses(2011), ANR-11-IDEX-0007,Avenir L.S.E.,PROJET AVENIR LYON SAINT-ETIENNE(2011), and Laboratoire de Lyon [ANSES]
Subjects: 0106 biological sciences, Hydrocortisone, [SDV.IMM] Life Sciences [q-bio]/Immunology, animal diseases, Adaptive immunity, Physiology, Inflammation, Animals, Wild, Biology, Stress, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Cortisol, 03 medical and health sciences, Immune system, Capreolus, Immunity, biology.animal, medicine, Animals, Glucocorticoids, General Environmental Science, 030304 developmental biology, Innate immunity, 0303 health sciences, Innate immune system, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Immunology and Microbiology, Ecology, Deer, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Medicine, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, Acquired immune system, Coping style, 3. Good health, Vaccination, Roe deer, bacteria, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, medicine.symptom, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: The biomedical literature has consistently highlighted that long-term elevation of glucocorticoids might impair immune functions, while short-term elevation might enhance them. In contrast, in wild and free-ranging animals, patterns are less clear. In the present study, we explored the stress-immunity relationship in controlled conditions, taking into account the potential effects of behavioural profiles. Thirteen captive roe deer (Capreolus capreolus) were monitored over an eight-week period encompassing two capture events. We assessed how changes in baseline faecal cortisol metabolite (FCM) concentrations following a standardised capture protocol and vaccination affected changes in thirteen immune parameters of the innate and adaptive immunity, and whether behavioural profiles were linked to changes in baseline FCM levels and immune parameters. We found that individuals showing an increase in baseline FCM levels over time also exhibited an increase in immunity, for both the innate and adaptive immunity and were characterised by more reactive behavioural profiles (as indicated by low activity levels, docility to manipulation and neophilia). Consequently, our results suggest that immunity of large mammals may be influenced by their stress level, but also by their behavioural profiles, as it is predicted by the pace-of-life syndrome hypothesis. Our analysis therefore highlights the need to consider co-variations between behavioural profiles, immunity and stress hormones in order to gain a better understanding of the unexplained among-individual variability in the glucocorticoids-immunity relationships observed in wildlife, as they may be underpinned by different life-history strategies.
Published: 2022
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44. Réduction d’usage et alternatives aux antiparasitaires en élevage des ruminants

Author: Hoste, Hervé, Ravinet, Nadine, Chartier, Christophe, Marie-Magdeleine, Carine, Bambou, Jean-Christophe, Bonneau, Mathieu, Mandonnet, Nathalie, Jacquiet, Philippe, Desquesnes, Marc, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie, génétique et systèmes d’élevage tropicaux (ASSET), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-vecteurs-parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatides (UMR INTERTRYP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université de Bordeaux (UB), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), and Le travail concernant le volet génétique, les plantes tropicales riches en PSM, la modélisation de la gestion intégrée et la manipulation nutritionnelle a été soutenu par le projet AgroEcoDiv financé par le FEDER (Fonds Européen de développement Régional) de l’Union Européenne et le Conseil régional de Guadeloupe. L’action COST COMBAR CA16230, inscrite dans le COST 641 (European Cooperation in Science and Technology) est également remerciée.
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.SA.STA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture
Abstract: International audience; Different groups of parasites (Helminths, Protozoa, Acarians and Insects) and the associated pathologies remain a main constraint on ruminant breeding. For decades, the control of these parasitic infections has mainly relied on synthetic antiparasitic drugs, developed and provided regularly by the pharmaceutical industry. However, this monolithic approach to control parasitism based on a quasi-exclusive reliance on chemical drugs is nowadays facing several limits. On the one hand, there is an increasing public demand to promote a more sustainable, agroecological agriculture aiming at lower chemical inputs. On the other hand, the phenomenon of resistance to antiparasitic drugs is an overall and constant process identified in the different groups of parasites. In this context, the new paradigm to control parasitic infections and their consequences in ruminants is based on the concept of integrated management combining different alternative solutions in addition to synthetic treatments. The aim of this review was to illustrate different alternative options, corresponding to different principles, based on 2 main parasitic models: gastro intestinal nematodes and insects affecting either small ruminants and/or cattle.; Les parasites (Helminthes, Protozoaires, Acariens, Insectes) restent responsables de pathologie majeures impactant l’élevage des ruminants. Pendant des décennies, la maitrise de ces divers groupes de parasites a reposé pour l’essentiel sur des molécules de synthèse développées par l’industrie pharmaceutique. Cependant, cette gestion quasi exclusive par des traitements chimiques se trouve désormais confrontée à plusieurs limites : d’une part, une demande sociétale croissante pour réduire les intrants chimiques en élevage dans le cadre d’une agriculture évoluant vers des critères agroécologiques ; d’autre part, le phénomène général de résistances aux antiparasitaires dans les différents groupes mentionnés. Dans ce contexte, le concept de gestion intégrée du parasitisme fondée sur une combinaison de solutions alternatives aux molécules de synthèse devient le nouveau paradigme de lutte applicable aux divers groupes de pathogènes. L’objectif de cette revue est de présenter quelques exemples de solutions complémentaires aux substances de synthèse en se fondant sur deux modèles principaux : les nématodes gastro intestinaux et les insectes chez des petits ruminants ou les bovins.
Published: 2022
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45. Phylodynamic analysis of the highly pathogenic avian influenza H5N8 epidemic in France, 2016–2017

Author: Debapriyo Chakraborty, Claire Guinat, Nicola F. Müller, Francois‐Xavier Briand, Mathieu Andraud, Axelle Scoizec, Sophie Lebouquin, Eric Niqueux, Audrey Schmitz, Beatrice Grasland, Jean‐Luc Guerin, Mathilde C. Paul, Timothée Vergne, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Department of Biosystems Science and Engineering [ETH Zürich] (D-BSSE), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Fred Hutchinson Cancer Research Centre, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), FEDER/Région Occitanie Recherche et Sociétés 2018-AI-TRACK, PREDYT project (Fonds de la Recherche pour l'Influenza Aviaire 2019), the Direction Generale de l'Alimentation, Ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation, France, the Swiss National Science Foundation, and European Project: 730997,EUROCHAMP2020(2020)
Subjects: virus evolution, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, General Veterinary, General Immunology and Microbiology, modelling infectious disease dynamics, virus molecular epidemiology, animal diseases, viruses, General Medicine, Poultry, Disease Outbreaks, emerging infectious diseases, outbreak analytics, reconstruction of viral transmission, Ducks, Influenza in Birds, Animals, Influenza A Virus, H5N8 Subtype, France, Poultry Diseases
Abstract: In 2016-2017, France experienced a devastating epidemic of highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5N8, with more than 400 outbreaks reported in poultry farms. We analyzed the spatiotemporal dynamics of the epidemic using a structured-coalescent-based phylodynamic approach that combined viral genomic data (n = 196; one viral genome per farm) and epidemiological data. In the process, we estimated viral migration rates between departements (French administrative regions) and the temporal dynamics of the effective viral population size (Ne) in each departement. Viral migration rates quantify viral spread between departements and Ne is a population genetic measure of the epidemic size and, in turn, is indicative of the within-departement transmission intensity. We extended the phylodynamic analysis with a generalized linear model to assess the impact of multiple factors-including large-scale preventive culling and live-duck movement bans-on viral migration rates and Ne. We showed that the large-scale culling of ducks that was initiated on 4 January 2017 significantly reduced the viral spread between departements. No relationship was found between the viral spread and duck movements between departements. The within-departement transmission intensity was found to be weakly associated with the intensity of duck movements within departements. Together, these results indicated that the virus spread in short distances, either between adjacent departements or within departements. Results also suggested that the restrictions on duck transport within departements might not have stopped the viral spread completely. Overall, we demonstrated the usefulness of phylodynamics in characterizing the dynamics of a HPAI epidemic and assessing control measures. This method can be adapted to investigate other epidemics of fast-evolving livestock pathogens., Transboundary and Emerging Diseases, 69 (5), ISSN:1865-1674, ISSN:1865-1682
Published: 2022
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46. Les approches One Health pour faire face aux émergences : un nécessaire dialogue Etat-sciences-sociétés

Author: Marie-Marie Olive, Jean-Luc Angot, Aurélie Binot, Alice Desclaux, Loïc Dombreval, Thierry Lefrançois, Antoine Lury, Mathilde Paul, Marisa Peyre, Frédéric Simard, Jérôme Weinbach, François Roger, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), CONSEIL GENERAL DE L'AGRICULTURE DE L'ALIMENTATION ET DES ESPACES RURAUX, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Assemblée Nationale, Agronomes et Vétérinaires Sans Frontières, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ministère des Solidarités et de la Santé [Paris, France], Direction Générale Déléguée à la Recherche et à la Stratégie (Cirad-Dgdrs), HORIZON, IRD, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: zoonose, INTERVENTION DE L'ETAT, coordination, Organisation non gouvernementale, Politique sanitaire, Administration publique, L73 - Maladies des animaux, POLITIQUE DE SANTE, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, SANTE, EPIDEMIE, General Environmental Science, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Échange d'information, Groupe d'intérêt, General Social Sciences, PREVENTION SANITAIRE, approches participatives, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, S50 - Santé humaine, Maladie infectieuse, Administration régionale, General Earth and Planetary Sciences, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Scientifique, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: En mars 2021, Montpellier Université d’excellence (MUSE) et Agropolis International ont réuni des décideurs, acteurs opérationnels, représentants d’organisations internationales et scientifiques pour partager leurs expériences des approches intégrées en santé dans le cadre du concept One Health. Ces échanges intersectoriels fructueux ont croisé les points de vue et ont pointé les obstacles et les enjeux de la mise en œuvre concrète de ces approches. Les participants ont abouti à des propositions pour rendre plus efficace cette mise en œuvre et faire face aux menaces sanitaires émergentes et aux futures pandémies : coconstruire des projets intégrés avec tous les acteurs concernés (citoyens, décideurs politiques, chercheurs, services locaux) ; développer des méthodes d’évaluation de leurs impacts ; former les acteurs ; institutionnaliser et coordonner les actions du niveau local au niveau mondial.
Published: 2022
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47. Effect of sainfoin ( Onobrychis viciifolia ) on cyathostomin eggs excretion, larval development, larval community structure and efficacy of ivermectin treatment in horses

Author: Joshua Malsa, Élise Courtot, Michel Boisseau, Bertrand Dumont, Pascale Gombault, Tetiana A. Kuzmina, Marta Basiaga, Jérôme Lluch, Gwenolah Annonay, Sophie Dhorne-Pollet, Nuria Mach, Jean-François Sutra, Laurence Wimel, Cédric Dubois, Fabrice Guégnard, Delphine Serreau, Anne Lespine, Guillaume Sallé, Géraldine Fleurance, RIOU, Christine, Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Multifolia, I.I. Schmalhausen Institute of Zoology of NASU, National Academy of Sciences of Ukraine (NASU), University of Agriculture in Krakow, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Innovations Thérapeutiques et Résistances (InTheRes), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE), IFCE, Plateau Technique de la Station Expérimentale, Pôle développement innovation et recherche, Institut Français du Cheval et de l'Equitation, and This work benefited from the financial support of the Institut Français du Cheval et de l’Équitation (IFCE) and Institut Carnot France Future Élevage (F2E). Joshua Malsa is a grateful recipient of a joint Fond Eperon and IFCE fellowship.We are grateful to the GenoToul bioinformatics platform (https://doi.org/10.15454/1.5572369328961167E12) for providing computing and storage resources.
Subjects: strongylid, [SDV] Life Sciences [q-bio], Infectious Diseases, nematode, [SDV]Life Sciences [q-bio], Animal Science and Zoology, Parasitology, nemabiome, nutraceutical, Fecal egg count, ITS-2, tannin
Abstract: The raw data files and associated R scripts are available under the following repository: https://github.com/Joshua-Malsa/Sainfoin-paper.git.; International audience; Alternative strategies to chemical anthelmintics are needed for the sustainable control of equine strongylids. Bioactive forages like sainfoin ( Onobrychis viciifolia ) could contribute to reducing drug use, with the first hints of in vitro activity against cyathostomin free-living stages observed in the past. We analysed the effect of a sainfoin-rich diet on cyathostomin population and the efficacy of oral ivermectin treatment. Two groups of 10 naturally infected horses were enrolled in a 78-day experimental trial. Following a 1-week adaptation period, they were either fed with dehydrated sainfoin pellets (70% of their diet dry matter) or with alfalfa pellets (control group) for 21-days. No difference was found between the average fecal egg counts (FECs) of the two groups, but a significantly lower increase in larval development rate was observed for the sainfoin group, at the end of the trial. Quantification of cyathostomin species abundances with an ITS-2-based metabarcoding approach revealed that the sainfoin diet did not affect the nemabiome structure compared to the control diet. Following oral ivermectin treatment of all horses on day 21, the drug concentration was lower in horses fed with sainfoin, and cyathostomin eggs reappeared earlier in that group. Our results demonstrated that short-term consumption of a sainfoin-rich diet does not decrease cyathostomin FEC but seems to slightly reduce larval development. Consumption of dehydrated sainfoin pellets also negatively affected ivermectin pharmacokinetics, underscoring the need to monitor horse feeding regimes when assessing ivermectin efficacy in the field.
Published: 2022
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48. Impacts of Mycoplasma agalactiae restriction-modification systems on pan-epigenome dynamics and genome plasticity

Author: Eveline Sagné, Eric Baranowski, Contarin R, Emilie Dordet-Frisoni, Christophe Klopp, Christine Citti, Vandecasteele C, Nouvel X, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), This work was performed in collaboration with the GeT core facility, Toulouse, France (http://get.genotoul.fr/), supported by France Génomique National infrastructure, and funded as part of the ‘Investissement d’avenir’ programme managed by Agence Nationale pour la Recherche (contract ANR-10-INBS-0009) and by the GET-PACBIO programme (« Programme operationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014–2020 »). We are grateful to the Genotoul bioinformatics platform Toulouse Midi-Pyrenees, France, and the Sigenae group for providing support and storage resources., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Baranowski, Eric, and Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID
Subjects: Genetics, Genome evolution, DNA methylation, ved/biology, Mycoplasma agalactiae, ved/biology.organism_classification_rank.species, epigenome, restriction-modification system, Epigenome, General Medicine, Biology, methylome, Genome, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, DNA shuffling, Restriction enzyme, Mycoplasma, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], horizontal gene transfer, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Gene
Abstract: DNA methylations play an important role in the biology of bacteria. Often associated with restriction modification (RM) systems, they are important drivers of bacterial evolution interfering in horizontal gene transfer events by providing a defence against foreign DNA invasion or by favouring genetic transfer through production of recombinogenic DNA ends. Little is known regarding the methylome of the Mycoplasma genus, which encompasses several pathogenic species with small genomes. Here, genome-wide detection of DNA methylations was conducted using single molecule real-time (SMRT) and bisulphite sequencing in several strains of Mycoplasma agalactiae , an important ruminant pathogen and a model organism. Combined with whole-genome analysis, this allowed the identification of 19 methylated motifs associated with three orphan methyltransferases (MTases) and eight RM systems. All systems had a homolog in at least one phylogenetically distinct Mycoplasma spp. Our study also revealed that several superimposed genetic events may participate in the M. agalactiae dynamic epigenomic landscape. These included (i) DNA shuffling and frameshift mutations that affect the MTase and restriction endonuclease content of a clonal population and (ii) gene duplication, erosion, and horizontal transfer that modulate MTase and RM repertoires of the species. Some of these systems were experimentally shown to play a major role in mycoplasma conjugative, horizontal DNA transfer. While the versatility of DNA methylation may contribute to regulating essential biological functions at cell and population levels, RM systems may be key in mycoplasma genome evolution and adaptation by controlling horizontal gene transfers.
Published: 2022
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49. Réflexion participative pour une optimisation de l’usage d’antibiotiques garantissant santé et bien-être des porcs et volailles

Author: Belloc, Catherine, Guenin, Marie-Jeanne, Leblanc-Maridor, Mily, Hemonic, Anne, Rousset, Nathalie, Carré, Yannick, Facon, Charles, Le Coz, Philippe, Marguerie, Jocelyn, Petiot, Jean-Marc, Jarnoux, Maxime, Paul, Mathilde, Molia, Sophie, Ducrot, Christian, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (UMR ASTRE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut du Porc (IFIP), ITAVI, ANVOL - Interprofession Volaille de Chair (ANVOL), Syndicat National des Vétérinaires COnseils (SNVECO), Société Nationale des Groupements Techniques Vétérinaires (SNGTV), Conseil National de l'Ordre des Vétérinaires (CNOV), Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), Ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Ce travail a été financé par le programme recherche et innovation Horizon 2020 de l’Union européenne sous le numéro d’agrément No 817626. Il a été conduit au sein du projet ROADMAP., and European Project: 817626,ROADMAP
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies
Abstract: International audience; The use of antibiotics has fallen by almost 50 % in the French poultry and pig industry in 15 years. However, this change has been more or less significant depending on the farm, and the introduction of antibiotic-free labels by retailors has sometimes resulted in excessive reduction in the use of antibiotics, to the detriment of animal health and welfare. To make progress in improving the use of antibiotics, a participatory approach was carried out, bringing together representatives of veterinarians, the pig and poultry industry, technical institutes, the Ministry of Agriculture and researchers. The paper presents the major stages of the process and their results, concerning the long-term vision shared by the group concerning the use of antibiotics on farms, and the analysis of the obstacles to be lifted in order to move towards the shared objective. The results show, among other things, the importance of standardizing and disseminating systems for monitoring, at the farm level, animal health and welfare, use of antibiotics and level of resistance to antibiotics, in order to allow farmers and veterinarians to precisely monitor the use of antibiotics. Other fields of action concern the need for improved communication and consumer information on the issue of animal health, welfare and the proper use of antibiotics, and the issue of the economic competitiveness of the sector and the economic viability of farms that want to invest in prevention.; L'utilisation d'antibiotiques a diminué de près de 50 % dans les filières avicoles et porcines françaises en 15 ans. Cependant, cette évolution a été plus ou moins importante selon les élevages, et la mise en place de labels « sans antibiotiques » a pu se traduire dans certains cas par des excès de réduction d’usage des antibiotiques, au détriment de la santé et du bien-être des animaux. Pour avancer dans la rationnalisation du recours aux antibiotiques, une démarche participative a été menée, associant des représentants des vétérinaires praticiens, des interprofessions porcine et avicole, des instituts techniques, du ministère de l’agriculture et des chercheurs. L’article présente les étapes majeures de la démarche et leurs résultats, concernant la vision à long terme partagée par le groupe sur l'utilisation des antibiotiques en élevage, et l’analyse des verrous à lever pour avancer vers l’objectif partagé. Les résultats montrent entre autres l'importance de la standardisation et de la diffusion de dispositifs de suivi, à l’échelle de la ferme, de la santé et du bien-être des animaux, de l'utilisation des antibiotiques et du niveau de résistance aux antibiotiques, afin de permettre aux éleveurs et vétérinaires de piloter avec précision l’usage des antibiotiques. Les deux autres champs d’action du collectif concernent i) le besoin d'une meilleure communication et information des consommateurs sur la question de la santé animale, du bien-être et du bon usage des antibiotiques et ii) la compétitivité économique de la filière et la viabilité économique des exploitations qui veulent investir en prévention.
Published: 2022
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50. Influenza viruses and coronaviruses: Knowns, unknowns, and common research challenges

Author: Olivier Terrier, Mustapha Si-Tahar, Mariette Ducatez, Christophe Chevalier, Andrés Pizzorno, Ronan Le Goffic, Thibaut Crépin, Gaëlle Simon, Nadia Naffakh, Groupement de Recherche sur les Virus Influenza (ResaFlu), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 (CEPR), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Tours (UT), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Virologie (CNRS - UMR3569), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virology and human respiratory Pathologies - Virology and human respiratory Pathologies (VirPath), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), The french influenza research network, ResaFlu, coordinated by NN, is funded by the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS GDR 2073)., Thomas, Frank, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus (CNRS-UMR3569), INSERM U1111, International Center for Research in Infectiology, Université Paris-Saclay, Swine Virology Immunology Unit, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and CNRS GDR2073
Subjects: RNA viruses, Viral Diseases, Coronaviruses, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], viruses, Review, 0302 clinical medicine, Medical Conditions, Public and Occupational Health, Biology (General), Pathology and laboratory medicine, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 0303 health sciences, Vaccines, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], virus diseases, Viral Load, Medical microbiology, Orthomyxoviridae, Vaccination and Immunization, 3. Good health, Infectious Diseases, Influenza A virus, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Viruses, Pathogens, SARS CoV 2, SARS coronavirus, Infectious Disease Control, [SDV.BBM.BS] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], QH301-705.5, Immunology, Antiviral Agents, Microbiology, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Drug Development, Virology, Influenza, Human, Vaccine Development, Genetics, Animals, Humans, Influenza viruses, Selection, Genetic, Molecular Biology, Pandemics, 030304 developmental biology, Medicine and health sciences, Biology and life sciences, SARS-CoV-2, Organisms, Viral pathogens, COVID-19, Viral Vaccines, Covid 19, RC581-607, Influenza, Microbial pathogens, 13. Climate action, Parasitology, Preventive Medicine, Immunologic diseases. Allergy, 030217 neurology & neurosurgery, Orthomyxoviruses
Abstract: International audience; The development of safe and effective vaccines in a record time after the emergence of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a remarkable achievement, partly based on the experience gained from multiple viral outbreaks in the past decades. However, the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) crisis also revealed weaknesses in the global pandemic response and large gaps that remain in our knowledge of the biology of coronaviruses (CoVs) and influenza viruses, the 2 major respiratory viruses with pandemic potential. Here, we review current knowns and unknowns of influenza viruses and CoVs, and we highlight common research challenges they pose in 3 areas: the mechanisms of viral emergence and adaptation to humans, the physiological and molecular determinants of disease severity, and the development of control strategies. We outline multidisciplinary approaches and technological innovations that need to be harnessed in order to improve preparedeness to the next pandemic.
Published: 2021
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