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7 results on '"Isabelle Le Jan"'

1. RNAseq based variant dataset in a black poplar association panel

Author

Odile Rogier, Aurélien Chateigner, Marie-Claude Lesage-Descauses, Claire Mandin, Véronique Brunaud, José Caius, Ludivine Soubigou-Taconnat, José Almeida-Falcon, Catherine Bastien, Vanina Benoit, Guillaume Bodineau, Nathalie Boizot, Corinne Buret, Jean-Paul Charpentier, Annabelle Déjardin, Alain Delaunay, Régis Fichot, Véronique Laine Prade, Françoise Laurans, Isabelle Le Jan, Anne-Laure Legac, Stéphane Maury, Mesfin Nigussie Gebreselassie, Patrick Poursat, Céline Ridel, Léopoldo Sanchez, Véronique Jorge, and Vincent Segura

Subjects
Populus nigra, RNA polymorphisms, SNV discovery, Genotyping, Bioinformatics pipeline, Transcriptomics, Medicine, Biology (General), QH301-705.5, Science (General), Q1-390
Abstract

Abstract Objective Black poplar (Populus nigra L.) is a species native to Eurasia with a wide distribution area. It is an ecologically important species from riparian ecosystems, that is used as a parent of interspecific (P. deltoides x P. nigra) cultivated poplar hybrids. Variant detection from transcriptomics sequences of 241 P. nigra individuals, sampled in natural populations from 11 river catchments (in four European countries) is described here. These data provide new valuable resources for population structure analysis, population genomics and genome-wide association studies. Data description We generated transcriptomics data from a mixture of young differentiating xylem and cambium tissues of 480 Populus nigra trees sampled in a common garden experiment located at Orléans (France), corresponding to 241 genotypes (2 clonal replicates per genotype, at maximum) by using RNAseq technology. We launched on the resulting sequences an in-silico pipeline that allowed us to obtain 878,957 biallelic polymorphisms without missing data. More than 99% of these positions are annotated and 98.8% are located on the 19 chromosomes of the P. trichocarpa reference genome. The raw RNAseq sequences are available at the NCBI Sequence Read Archive SPR188754 and the variant dataset at the Recherche Data Gouv repository under https://doi.org/10.15454/8DQXK5 .

Published
2023
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2. Augmenter le niveau de production de biomasse des cultures ligneuses dédiées ou semi-dédiées. Principaux enseignements du projet SYLVABIOM

Author

Jean-Charles Bastien, Alain Berthelot, Franck Brignolas, Nicolas Marron, Stéphane Maury, Guillaume Bodineau, Jean Gauvin, Julien Toillon, Erwin Dallé, Alain Delaunay, Isabelle Le Jan, François Charnet, Patrice Maine, and Dominique Merzeau

Subjects
Forestry, SD1-669.5
Abstract

Dans le cadre d’un traitement en taillis à courte ou très courte rotation (TCR et TTCR), le projet SYLVABIOM s’est appuyé sur le suivi de la croissance et de l’efficacité avec laquelle les arbres de trois espèces (Peuplier, Robinier et Saule) utilisent l’eau et l’azote dans un réseau de quatre sites ateliers, situés dans des stations contrastées. La pertinence du taux de méthylation de l’ADN en tant que marqueur précoce du niveau de productivité a également été évaluée. Dans le cadre d’un traitement en futaie à courte révolution (FCR), le projet a reposé sur la collecte de données de croissance et de biomasse dans les réseaux expérimentaux, pour construire des tarifs compartimentés (bois de tronc, écorce, branches et feuilles) d’essences forestières à croissance rapide peu ou pas documentées. Des différences significatives ont été mises en évidence, tant en TCR qu’en TTCR, entre les trois espèces, et entre génotypes au sein d’une espèce, pour la production en biomasse, ses déterminants phénologiques, foliaires et architecturaux et l’efficience d’utilisation des ressources. Les relations complexes entre ces caractères sont modulées en fonction des conditions pédoclimatiques et de la densité de plantation. La mesure du taux de méthylation de l’ADN d’apex ou de feuilles pourrait constituer un bon prédicteur du potentiel de croissance chez le Peuplier. Des productions moyennes annuelles de biomasse comprises entre 7 et 13 tonnes de matière sèche par hectare et par an peuvent être espérées autour de 20 ans avec des conifères à croissance rapide cultivés en FCR sur d’autres gammes de stations que les espèces cultivées en TCR ou TTCR. Des gains génétiques très importants sur la production de biomasse sont par ailleurs offerts par sélection de génotypes performants.

Published
2015
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3. RNAi suppression of DNA methylation affects the drought stress response and genome integrity in transgenic poplar

Author

Jose Caius, Sophie Lanciano, Régis Fichot, Sylvie Citerne, Véronique Brunaud, Jörg Tost, Vincent Segura, Steven H. Strauss, Ludivine Soubigou-Taconnat, Stéphane Maury, Alain Delaunay, Isabelle Le Jan, Marie-Claude Lesage-Descauses, Franck Brignolas, Anne-Laure Le Gac, Marie Mirouze, Christoph Grunau, Cristian Chaparro, Hervé Cochard, Christian Daviaud, Mamadou Dia Sow, Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC), Université d'Orléans (UO)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt (BioForA), Office national des forêts (ONF)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Oregon State University (OSU), Ministere de la Recherche et Enseignement Superieur, INRAEPI EFPA-2014, RTP3E CNRS grants for mobility, ANR-17-CE32-0009,EPITREE,Impacts évolutif et fonctionnel de variations épigénétiques chez des arbres forestiers.(2017), ANR-17-EURE-0007,SPS-GSR,Ecole Universitaire de Recherche de Sciences des Plantes de Paris-Saclay(2017), ANR-13-JSV6-0002,EXTRACHROM,Contrôle épigénétique des formes extrachromosomiques des éléments transposables chez les plantes.(2013), ANR-10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2010), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Office National des Forêts (ONF)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), and Ministère de la Recherche et Enseignement SupérieurINRAE PI EFPA-2014RTP3E CNRS grantsIJPB's Plant Observatory technological platformsInfinity English SIRET 82950710200012

Subjects
0106 biological sciences, Transposable element, Physiology, Meristem, hormone, drought, Plant Science, Biology, 01 natural sciences, Transcriptome, 03 medical and health sciences, shoot apical meristem, Gene Expression Regulation, Plant, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], mobilome, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Epigenetics, Gene, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, DNA methylation, [INFO.INFO-DB]Computer Science [cs]/Databases [cs.DB], epigenetics, fungi, 15. Life on land, ddm1, Droughts, Chromatin, Cell biology, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, Populus, Differentially methylated regions, poplar, RNA Interference, 010606 plant biology & botany
Abstract

Trees are long-lived organisms that continuously adapt to their environments, a process in which epigenetic mechanisms are likely to play a key role. Via down regulation of the chromatin remodeler DECREASED IN DNA METHYLATION 1 (DDM1) in poplar (Populus tremula 9 Populus alba) RNAi lines, we examined how DNA methylation coordinates genomic and physiological responses to moderate water deficit.We compared the growth and drought response of two RNAi-ddm1 lines to wild-type (WT) trees under well-watered and water deficit/rewatering conditions, and analyzed their methylomes, transcriptomes, mobilomes and phytohormone contents in the shoot apical meristem. The RNAi-ddm1 lines were more tolerant to drought-induced cavitation but did not differ in height or stem diameter growth. About 5000 differentially methylated regions were consistently detected in both RNAi-ddm1 lines, colocalizing with 910 genes and 89 active transposable elements. Under water deficit conditions, 136 differentially expressed genes were found, including many involved in phytohormone pathways ; changes in phytohormone concentrations were also detected. Finally, the combination of hypomethylation and drought led to the mobility of two transposable elements. Our findings suggest major roles for DNA methylation in regulation of genes involved in hormone-related stress responses, and the maintenance of genome integrity through repression of transposable elements.

Published
2021
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4. Concurrent time course of xylem hydraulic dysfunction and non-structural carbohydrates under contrasting water deficits and nitrogen supplies in poplar

Author

Laure Bouyer, Cécile Vincent-Barbaroux, Isabelle Le Jan, Alain Delaunay, Lorène Marchand, Muriel Feinard-Duranceau, Aurélien Sallé, David Chassagnaud, Têtè Sévérien Barigah, Hervé Cochard, Franck Brignolas, and Régis Fichot

Subjects
Plant Science, Agronomy and Crop Science, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
Published
2023
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5. Impact of nitrogen nutritional status on the dynamics of xylem hydraulic failure and non-structural carbohydrates under moderate and severe droughts in fast-growing trees (Populus spp.)

Author

Laure Bouyer, Marchand, L., Cécile Vincent-Barbaroux, Cochard, Muriel Feinard-Duranceau, Isabelle Le Jan, Alain Delaunay, Sylvain Chamaillard, Têtè Sévérien Barigah, Franck Brignolas, Régis Fichot, Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Orléans (UO), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l’Arbre en environnement Fluctuant (PIAF), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])

Subjects
xylème, carbon starvation, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, conductivité hydraulique, populus, drought, hydraulic failure, nitrogen nutritional status, poplar, fertilisation azotée, résistance à la cavitation, Milieux et Changements globaux, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, sécheresse
Abstract

National audience

Published
2018

6. Winter-dormant shoot apical meristem in poplar trees shows environmental epigenetic memory

Author

Stéphane Maury, Guillaume Bodineau, Anne-Laure Le Gac, Jean-Charles Bastien, Alain Delaunay, Régis Fichot, Nicolas Marron, Alain Berthelot, Clément Lafon-Placette, Isabelle Le Jan, Franck Brignolas, Didier Chauveau, Vincent Segura, Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Orléans (UO), Mathématiques - Analyse, Probabilités, Modélisation - Orléans (MAPMO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Orléans (UO), Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt (BioForA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Office National des Forêts (ONF), SILVA (SILVA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)-AgroParisTech, Délégation territoriale Nord-Est, Institut Technologique Forêt Cellulose Bois-construction Ameublement (FCBA), Génétique et Biomasse Forestières Orléans (GBFOR), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Physiology, Plant Science, drought, 01 natural sciences, 7. Clean energy, Epigenesis, Genetic, Trees, sécheresse, shoot apical meristem, Vegetal Biology, DNA methylation, méthylation de l'ADN, Plant Dormancy, mémorisation, poplar, Seasons, environment, Plant Shoots, Meristem, Context (language use), populus, Biology, Acclimatization, indicateur de stress, 03 medical and health sciences, épigénétique, Microchip Analytical Procedures, méristème apical, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Epigenetics, stress memory, Phenotypic plasticity, epigenetics, Abiotic stress, differentially methylated regions, field grown, fungi, variabilité environnementale, champ cultivé, 15. Life on land, variation génétique, 030104 developmental biology, Differentially methylated regions, 13. Climate action, Evolutionary biology, stress environnemental, Biologie végétale, 010606 plant biology & botany
Abstract

International audience; Trees have a long lifespan and must continually adapt to environmental pressures, notably in the context of climate change. Epigenetic mechanisms are doubtless involved in phenotypic plasticity and in stress memory; however, little evidence of the role of epigenetic processes is available for trees growing in fields. Here, we analyzed the possible involvement of epigenetic mechanisms in the winter-dormant shoot apical meristem of Populus × euramericana clones in memory of the growing conditions faced during the vegetative period. We aimed to estimate the range of genetic and environmentally induced variations in global DNA methylation and to evaluate their correlation with changes in biomass production, identify differentially methylated regions (DMRs), and characterize common DMRs between experiments. We showed that the variations in global DNA methylation between conditions were genotype dependent and correlated with biomass production capacity. Microarray chip analysis allowed detection of DMRs 6 months after the stressful summer period. The 161 DMRs identified as common to three independent experiments most notably targeted abiotic stress and developmental response genes. Results are consistent with a winter-dormant shoot apical meristem epigenetic memory of stressful environmental conditions that occurred during the preceding summer period. This memory may facilitate tree acclimation.

Published
2018
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7. Drought-induced acclimation of RNAi poplar lines modified for their DNA methylation

Author

Anne-Laure Le Gac, Régis Fichot, Alain Delaunay, Isabelle Le Jan, Hervé Cochard, Strauss, S., Franck Brignolas, Stéphane Maury, Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Orléans (UO), Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (PIAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Department of Forest Ecosystems and Society, and Oregon State University (OSU)

Subjects
poplar, DNA methylation, populus, Vegetal Biology, fungi, food and beverages, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Biologie végétale
Abstract

National audience; Recent findings suggest that epigenetic processes such as DNA methylation are involved in water-stress acclimation. Poplars are increasingly used for tree research as model organisms and poplar RNAi lines represent powerful tools to address physiological questions. Here, three RNAi poplar lines inhibited for the DECREASED DNA METHYLATION 1 gene (DDM1, involved in the maintenance of DNA methylation profile) were compared to the control genotype (Populus tremula × Populus alba). A drought-rewatering experiment was conducted to evaluate the role of DNA methylation in phenotypic plasticity. In vitro plantlets of the four genotypes were propagated and transferred to a greenhouse where they were grown under controlled conditions of temperature, light and photoperiod. At the onset of the drought experiment, half of the plants were subjected to a controlled and moderate water deficit while the other half was maintained at field capacity. After three weeks of water depletion, waterstressed plants were re-watered for one week before being harvested. Results related to growth behaviour, photosynthetic capacities, water-use efficiency, xylem vulnerability to cavitation and xylem anatomy will be presented. This phenotypic characterization will drive future work in epigenomic such as the identification of ‘Differentially Methylated Regions’ and their relationships with corresponding gene expression profiles.

Published
2015

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