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Objectives: To analyze the effects of a multidisciplinary program for obesity treatment (MPOT) on cardiometabolic risk and health-related physical fitness (HRPF) in women with severe obesity.Materials and Methods: Participated in this pragmatic clinical trial 12 women of a MPOT of 24 weeks with practice of physical exercises, guidance of physical education, nutrition and psychology.Results: There was a significant improvement in all anthropometric parameters, body composition, AFRS and triglyceride levels (p 0.05). Conclusion: The sample had an initial profile of cardiometabolic risk and of HRPF quite compromised. The results show that a MPOT, based on the usual therapy for obesity (physical exercise, nutritional guidance and psychological support), was effective in improving HRPF, and, consequently, minimizing the cardiometabolic risk in women with severe obesity. Objetivos: Analisar os efeitos de um programa multiprofissional de tratamento da obesidade (PMTO) sobre o risco cardiometabólico e a aptidão física relacionada à saúde (AFRS) de mulheres com obesidade severa.Materiais e Métodos: Participaram deste ensaio clínico pragmático 12 mulheres de um PMTO com 24 semanas incluindo prática de exercícios físicos, orientações de educação física, nutrição e psicologia.Resultados: Houve melhora significante em todos os parâmetros antropométricos, de composição corporal, da AFRS e nos níveis de triglicerídeos (p < 0,05) após a intervenção. Não foram observadas diferenças nos parâmetros hemodinâmicos, glicemia em jejum e colesterol HDL (p > 0,05).Conclusão: A amostra apresentava um perfil inicial de risco cardiometabólico e de AFRS bastante comprometidos. Os resultados evidenciam que um PMTO, pautado na terapêutica usual para obesidade (exercício físico, orientação nutricional e suporte psicológico), foi eficaz em melhorar a AFRS, e, consequentemente, minimizar o risco cardiometabólico em mulheres com obesidade severa.