13 results on '"Janíček, Tomáš"'
Search Results
2. Sexy ways: approaches to studying plant sex chromosomes.
- Author
-
Hobza, Roman, Bačovský, Václav, Čegan, Radim, Horáková, Lucie, Hubinský, Marcel, Janíček, Tomáš, Janoušek, Bohuslav, Jedlička, Pavel, Kružlicová, Jana, Kubát, Zdeněk, Lorenzo, José Luis Rodríguez, Novotná, Pavla, and Hudzieczek, Vojtěch
- Subjects
SEX chromosomes ,CHROMOSOME analysis ,CHROMOSOME structure ,MOLECULAR biology ,PLANT epigenetics - Abstract
Sex chromosomes have evolved in many plant species with separate sexes. Current plant research is shifting from examining the structure of sex chromosomes to exploring their functional aspects. New studies are progressively unveiling the specific genetic and epigenetic mechanisms responsible for shaping distinct sexes in plants. While the fundamental methods of molecular biology and genomics are generally employed for the analysis of sex chromosomes, it is often necessary to modify classical procedures not only to simplify and expedite analyses but sometimes to make them possible at all. In this review, we demonstrate how, at the level of structural and functional genetics, cytogenetics, and bioinformatics, it is essential to adapt established procedures for sex chromosome analysis. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2024
- Full Text
- View/download PDF
3. Non-canonical bases differentially represented in the sex chromosomes of the dioecious plant Silene latifolia.
- Author
-
Hubinský, Marcel, Hobza, Roman, Starczak, Marta, Gackowski, Daniel, Kubát, Zdeněk, Janíček, Tomáš, Horáková, Lucie, and Lorenzo, Jose Luis Rodriguez
- Subjects
SEX chromosomes ,DIOECIOUS plants ,PLANT chromosomes ,X chromosome ,GENETIC regulation ,METHYLCYTOSINE - Abstract
The oxidation of 5-methylcytosine (5mC) to 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), 5-formylcytosine (5fC), and 5-carboxylcytosine (5caC), known as oxi-mCs, garners significant interest in plants as potential epigenetic marks. While research in mammals has established a role in cell reprogramming, carcinogenesis, and gene regulation, their functions in plants remain unclear. In rice, 5hmC has been associated with transposable elements (TEs) and heterochromatin. This study utilizes Silene latifolia , a dioecious plant with heteromorphic sex chromosomes and a genome with a large proportion of TEs, which provides a favourable environment for the study of oxi-mCs in individual sexes. Notably, we detected surprisingly high levels of oxi-mCs in S. latifolia comparable with mammals. Nuclei showed enrichment in heterochromatic regions, except for 5hmC whose signal was homogeneously distributed. Intriguingly, the same X chromosome in females displayed overall enrichment of 5hmC and 5fC compared with its counterpart. This fact is shared with 5mC, resembling dosage compensation. Co-localization showed higher correlation between 5mC and 5fC than with 5hmC, indicating no potential relationship between 5hmC and 5fC. Additionally, the promoter of several sex-linked genes and sex-biased TEs clustered in a clear sex-dependent way. Together, these findings unveil a hypothetical role for oxi-mCs in S. latifolia sex chromosome development, warranting further exploration. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- Published
- 2024
- Full Text
- View/download PDF
4. The Sister Chromatid Division of the Heteromorphic Sex Chromosomes in Silene Species and Their Transmissibility towards the Mitosis
- Author
-
Bačovský, Václav, primary, Janíček, Tomáš, additional, and Hobza, Roman, additional
- Published
- 2022
- Full Text
- View/download PDF
5. Chemical genetics in Silene latifolia elucidate regulatory pathways involved in gynoecium development
- Author
-
Bačovský, Václav, primary, Čegan, Radim, additional, Tihlaříková, Eva, additional, Neděla, Vilém, additional, Hudzieczek, Vojtěch, additional, Smrža, Lubomír, additional, Janíček, Tomáš, additional, Beneš, Vladimír, additional, and Hobza, Roman, additional
- Published
- 2022
- Full Text
- View/download PDF
6. The effect of selected sesquiterpenes on antioxidant enzymes in Caco-2 cell line
- Author
-
Janíček, Tomáš, Svobodová, Hana, and Raisová Stuchlíková, Lucie
- Abstract
Charles University Faculty of Pharmacy in Hradec Králové Department of Biochemical Sciences Candidate: Tomáš Janíček Supervisor: PharmDr. Hana Svobodová, Ph.D. Title of diploma thesis: The effect of selected sesquiterpenes on antioxidant enzymes in Caco-2 cell line Colorectal carcinoma is a very frequent type of malignant neoplasms, while the Czech Republic has the sixth highest incidence of this disease globally. Current chemotherapy is often not an ideal option, and there is an effort to find substances that could replace it or reduce its dosage, and therefore its adverse effects. A promising source of natural substances is the Chinese tree Myrica rubra, whose extracts have inhibited the proliferation of many tumour cell lines. Also, in several colon carcinoma cell lines, the growth inhibition was observed after their cultivation with the essential oil from the M. rubra's leaves (SMR), with the Caco-2 line being the most sensitive. The main sesquiterpenes of SMR β-caryophyllene, α-humulene (α-HUM), trans-nerolidol (t-NER) and valencene proved the antiproliferative effects on this cell line too. α-HUM and t-NER showed the formation of reactive oxygen species (ROS) on colon carcinoma cells. The aim of our work was to find out how SMR, α-HUM and t-NER at concentrations of 25 and 50 μg/ml, influence...
- Published
- 2017
7. Finanční gramotnost seniorů
- Author
-
Janíček, Tomáš and Janíček, Tomáš
- Abstract
Bakalářská práce se věnuje problematice finanční gramotnosti u seniorů. Teoretická část je zaměřena na objasnění pojmů stáří a stárnutí, vymezuje pojem senior a možnosti aktivit dnešních seniorů. Dále popisuje nejčastější pojmy z oblasti financí, které by senioři měli znát, a zabývá se důsledky nedostatečné finanční gramotnosti. Cílem praktické části je zjistit úroveň finanční gramotnosti u vybrané skupiny seniorů., This bachelor´s thesis focuses on the elderly and their financial literacy. The theoretical part explains the most frequently used terms from the financial sphere, describes the period of old age and the possibilities of activities of seniors. It concerns also with main consequences of insufficient financial knowledge of seniors nowadays. The aim of practical part is to map the level of financial literacy of randomly selected group of seniors., Institut mezioborových studií
- Published
- 2015
8. Fluorescenční korelační spektroskopie v koloidních systémech
- Author
-
Mravec, Filip, Smilek, Jiří, Janíček, Tomáš, Mravec, Filip, Smilek, Jiří, and Janíček, Tomáš
- Abstract
Tato práce je zaměřena na pozorování stability a interakce koloidních systémů tvořených micelami povrchově aktivního CTAB v roztoku kyseliny hyaluronové a vody pomocí metody fluorescenční korelační spektroskopie. Jako Fluorescenční sonda byla použita Nilská červeň. Měření bylo provedeno pro různé koncentrace kyseliny hyaluronové. Byly použity tři různé velikosti kyseliny hyaluronové. Cílem práce bylo zjistit chování částic CTAB při tvorbě micel v závislosti různých velikostech a koncentracích hyaluronanu. Pro porovnání měření hyaluronanu byl použit polymer Poly(sodium-4-styrensulfonát)., This work is focused on studying of stability and interaction in colloidal systems created by micelles of surfactant CTAB in solution of hyaluronic acid and water. As method chose for this work was selected fluorescence correlation spectroscopy. As dye was used Nile red. Measurements were divided firstly by size of polymeric chain and secondly by concentration of hyaluronic acid. Purpose of this work was to find out how will CTAB particles react with different sizes and concentration of hyaluronic acid. For comparison to hyaluronic acid was used Poly(sodium-4-styrenesulfonate).
9. Vliv hybridizačních směsí na intenzitu fluorescence při in situ hybridizaci
- Author
-
Vojtěch,, Hudzieczek, Kejík, Lukáš, Janíček, Tomáš, Vojtěch,, Hudzieczek, Kejík, Lukáš, and Janíček, Tomáš
- Abstract
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je široce používaná metoda pro detekci určité sekvence DNA na chromozomech. Cílem práce je porovnání tří různých chemických sloučenin (formamidu, ethylenkarbonátu a sodných kationtů) používaných ve směsích pro in situ hybridizaci. Složení těchto směsí ovlivňuje renaturaci DNA a je důležité porovnat jejich fyzikální vlastnosti. Práce je rozdělena do dvou hlavních částí. První část se zabývá otázkou termodynamických parametrů používaných pro experimenty FISH, jako je teplota tání, entalpie přechodu DNA ze dvoušroubovice na vlákno nám dává přehled o energii potřebné k tomto přechodu a interakcích mezi bázemi a každou složkou směsi. Kromě toho hodnoty entropie určují poř uvnitř směsi - systém DNA. Druhá část porovnává intenzitu fluorescenčního signálu při optimalizovaných teplotách tání sondy použité pro in situ hybridizaci. Jako sonda byla použita sub-telomerní repetice X43.1, která je umístěna na Y chromozomu rostlinného modelového organismu Silene latifolia. Směs obsahující formamid má nejlepší výkon při delším postupu hybridizace, zatímco ethylenkarbonát poskytuje vyšší intenzitu signálu, a proto je vhodnější pro rychlé FISH protokoly., Fluorescence in situ hybridization (FISH) is widely used method for detection of certain DNA sequence on the chromosomes. The goal of this thesis is a comparison of three different chemical compounds (formamide, ethylene carbonate and sodium cations) used in mixtures for in situ hybridization. All three mentioned compoundsi nfluence renaturation of DNA and it is interesting to compare their physical properties. This thesis is split into two major parts. First part deals with question of thermodynamic parameters used for FISH experiments, such as melting temperature. Determining enthalpy of helix-coil transition give us insight about newly established bounds between bases and each mixture composition. In addition, entropy values determine the order inside mixture – DNA system. Second part compares optimized probe melting temperatures used for in situ hybridization and obtained mean fluorescence signal intensity. As a probe was used sub-telomeric X43.1 repeat, which is located on the Y-chromosome of plant model organism Silene latifolia. The mixture containing formamide has the best performance during longer hybridization procedure, whereas ethylene carbonate yielded higher signal intensity and therefore it is more suitable for fast FISH protocols.
10. Vliv hybridizačních směsí na intenzitu fluorescence při in situ hybridizaci
- Author
-
Vojtěch,, Hudzieczek, Kejík, Lukáš, Janíček, Tomáš, Vojtěch,, Hudzieczek, Kejík, Lukáš, and Janíček, Tomáš
- Abstract
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je široce používaná metoda pro detekci určité sekvence DNA na chromozomech. Cílem práce je porovnání tří různých chemických sloučenin (formamidu, ethylenkarbonátu a sodných kationtů) používaných ve směsích pro in situ hybridizaci. Složení těchto směsí ovlivňuje renaturaci DNA a je důležité porovnat jejich fyzikální vlastnosti. Práce je rozdělena do dvou hlavních částí. První část se zabývá otázkou termodynamických parametrů používaných pro experimenty FISH, jako je teplota tání, entalpie přechodu DNA ze dvoušroubovice na vlákno nám dává přehled o energii potřebné k tomto přechodu a interakcích mezi bázemi a každou složkou směsi. Kromě toho hodnoty entropie určují poř uvnitř směsi - systém DNA. Druhá část porovnává intenzitu fluorescenčního signálu při optimalizovaných teplotách tání sondy použité pro in situ hybridizaci. Jako sonda byla použita sub-telomerní repetice X43.1, která je umístěna na Y chromozomu rostlinného modelového organismu Silene latifolia. Směs obsahující formamid má nejlepší výkon při delším postupu hybridizace, zatímco ethylenkarbonát poskytuje vyšší intenzitu signálu, a proto je vhodnější pro rychlé FISH protokoly., Fluorescence in situ hybridization (FISH) is widely used method for detection of certain DNA sequence on the chromosomes. The goal of this thesis is a comparison of three different chemical compounds (formamide, ethylene carbonate and sodium cations) used in mixtures for in situ hybridization. All three mentioned compoundsi nfluence renaturation of DNA and it is interesting to compare their physical properties. This thesis is split into two major parts. First part deals with question of thermodynamic parameters used for FISH experiments, such as melting temperature. Determining enthalpy of helix-coil transition give us insight about newly established bounds between bases and each mixture composition. In addition, entropy values determine the order inside mixture – DNA system. Second part compares optimized probe melting temperatures used for in situ hybridization and obtained mean fluorescence signal intensity. As a probe was used sub-telomeric X43.1 repeat, which is located on the Y-chromosome of plant model organism Silene latifolia. The mixture containing formamide has the best performance during longer hybridization procedure, whereas ethylene carbonate yielded higher signal intensity and therefore it is more suitable for fast FISH protocols.
11. Fluorescenční korelační spektroskopie v koloidních systémech
- Author
-
Mravec, Filip, Smilek, Jiří, Janíček, Tomáš, Mravec, Filip, Smilek, Jiří, and Janíček, Tomáš
- Abstract
Tato práce je zaměřena na pozorování stability a interakce koloidních systémů tvořených micelami povrchově aktivního CTAB v roztoku kyseliny hyaluronové a vody pomocí metody fluorescenční korelační spektroskopie. Jako Fluorescenční sonda byla použita Nilská červeň. Měření bylo provedeno pro různé koncentrace kyseliny hyaluronové. Byly použity tři různé velikosti kyseliny hyaluronové. Cílem práce bylo zjistit chování částic CTAB při tvorbě micel v závislosti různých velikostech a koncentracích hyaluronanu. Pro porovnání měření hyaluronanu byl použit polymer Poly(sodium-4-styrensulfonát)., This work is focused on studying of stability and interaction in colloidal systems created by micelles of surfactant CTAB in solution of hyaluronic acid and water. As method chose for this work was selected fluorescence correlation spectroscopy. As dye was used Nile red. Measurements were divided firstly by size of polymeric chain and secondly by concentration of hyaluronic acid. Purpose of this work was to find out how will CTAB particles react with different sizes and concentration of hyaluronic acid. For comparison to hyaluronic acid was used Poly(sodium-4-styrenesulfonate).
12. Vliv hybridizačních směsí na intenzitu fluorescence při in situ hybridizaci
- Author
-
Vojtěch,, Hudzieczek, Kejík, Lukáš, Janíček, Tomáš, Vojtěch,, Hudzieczek, Kejík, Lukáš, and Janíček, Tomáš
- Abstract
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je široce používaná metoda pro detekci určité sekvence DNA na chromozomech. Cílem práce je porovnání tří různých chemických sloučenin (formamidu, ethylenkarbonátu a sodných kationtů) používaných ve směsích pro in situ hybridizaci. Složení těchto směsí ovlivňuje renaturaci DNA a je důležité porovnat jejich fyzikální vlastnosti. Práce je rozdělena do dvou hlavních částí. První část se zabývá otázkou termodynamických parametrů používaných pro experimenty FISH, jako je teplota tání, entalpie přechodu DNA ze dvoušroubovice na vlákno nám dává přehled o energii potřebné k tomto přechodu a interakcích mezi bázemi a každou složkou směsi. Kromě toho hodnoty entropie určují poř uvnitř směsi - systém DNA. Druhá část porovnává intenzitu fluorescenčního signálu při optimalizovaných teplotách tání sondy použité pro in situ hybridizaci. Jako sonda byla použita sub-telomerní repetice X43.1, která je umístěna na Y chromozomu rostlinného modelového organismu Silene latifolia. Směs obsahující formamid má nejlepší výkon při delším postupu hybridizace, zatímco ethylenkarbonát poskytuje vyšší intenzitu signálu, a proto je vhodnější pro rychlé FISH protokoly., Fluorescence in situ hybridization (FISH) is widely used method for detection of certain DNA sequence on the chromosomes. The goal of this thesis is a comparison of three different chemical compounds (formamide, ethylene carbonate and sodium cations) used in mixtures for in situ hybridization. All three mentioned compoundsi nfluence renaturation of DNA and it is interesting to compare their physical properties. This thesis is split into two major parts. First part deals with question of thermodynamic parameters used for FISH experiments, such as melting temperature. Determining enthalpy of helix-coil transition give us insight about newly established bounds between bases and each mixture composition. In addition, entropy values determine the order inside mixture – DNA system. Second part compares optimized probe melting temperatures used for in situ hybridization and obtained mean fluorescence signal intensity. As a probe was used sub-telomeric X43.1 repeat, which is located on the Y-chromosome of plant model organism Silene latifolia. The mixture containing formamide has the best performance during longer hybridization procedure, whereas ethylene carbonate yielded higher signal intensity and therefore it is more suitable for fast FISH protocols.
13. Laser Capture Microdissection: From Genomes to Chromosomes, from Complex Tissue to Single-Cell Analysis.
- Author
-
Janíček T, Hobza R, and Hudzieczek V
- Subjects
- Laser Capture Microdissection methods, Chromosomes, Single-Cell Analysis, Proteomics, Genome
- Abstract
Laser microdissection (LM) is a powerful tool for various molecular analyses providing pure samples for genomic, transcriptomic, and proteomic studies. Cell subgroups, individual cells, or even chromosomes can be separated via laser beam from complex tissues, visualized under the microscope, and used for subsequent molecular analyses. This technique provides information on nucleic acids and proteins, keeping their spatiotemporal information intact. In short, the slide with tissue is placed under the microscope, imaged by a camera onto a computer screen, where the operator selects cells/chromosomes based on morphology or staining and commands the laser beam to cut the specimen following the selected path. Samples are then collected in a tube and subjected to downstream molecular analysis, such as RT-PCR, next-generation sequencing, or immunoassay., (© 2023. The Author(s), under exclusive license to Springer Science+Business Media, LLC, part of Springer Nature.)
- Published
- 2023
- Full Text
- View/download PDF
Catalog
Discovery Service for Jio Institute Digital Library
For full access to our library's resources, please sign in.