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La variación de la composición, abundancia y diversidad del zooplancton fue analizada durante la fase de llenado del embalse Amaní en un gradiente horizontal y vertical, a partir de trece muestreos semanales realizados entre junio y agosto de 2002. La composición del zooplancton es similar a otros ecosistemas lénticos tropicales de baja altitud y fue registrado un total 32 taxa, de los cuales se destaca el rotífero Keratella por su elevada abundancia durante junio y julio. Rotifera fue el grupo que presentó la mayor riqueza de especies (16) así como una sobresaliente dominancia numérica sobre copépodos y cladóceros, con una abundancia relativa superior al 60%. La densidades promedio del zooplancton fluctuaron de manera significativa (6 a 1525 org l-1), y de forma diferencial entre los brazos del embalse y los sectores de confluencia y presa, que presentaron los menores intervalos (14-208 org l-1 y 6-108 org l-1, respectivamente). En el presente trabajo se incluyen los patrones de comportamiento de la abundancia de los géneros más frecuentes de zooplancton así como de aspectos relacionados con la dinámica poblacional de los copépodos Thermocyclops decipiens y Mesocyclops aspericornis. Se discuten los cambios en la estructura de la comunidad del zooplancton y se mencionan las posibles interacciones y fenómenos de regulación entre los diferentes taxa zooplanctónicos y de estos con el fitoplancton. Finalmente se presenta un catalogo de microfotografías de los organismos registrados. Este trabajo constituye un aporte importante de ecología descriptiva del zooplancton limnético y da pautas para posteriores monitoreos en este embalse.