Search

Bu çalışmanın amacı hiperglisemi ile karakterize olan diyabette SIRT1'ihedef alan miRNA'lar arasındaki ilişkiyi ve SIRT1 gen ekspresyonunun rolünü belirlemektir. H9c2 rat kardiyomiyositleri yüksek dozda glukoza maruz bırakıldıktan sonra SIRT1 ekspresyon düzeyleri RT-PCR ve Western Blot yöntemleriyle analiz edilmiştir. miRNA hedef tahmin algoritmaları kullanılarak, SIRT1'i hedefleyen muhtemel miRNA'lar belirlenmiştir. Detaylı bir şekilde in silico analizler kullanıldıktan sonra SIRT1 genini hedefleyen 86 miRNA belirlenmiştir. miR-181d, miR-135a, miR-135b, miR-181b-1-3p, miR-369-3p, miR-487b, miR-361, miR-204, miR-30d, miR-23a, miR-9 ve miR-323'in ekspresyon düzeyleri anlamlı bir şekilde artmıştır. Çalışmamızda SIRT1 protein düzeylerinin normal doz glukoza göre 1,9 kat arttığı belirlenmiştir. Diyabetik kardiyomiyopati gelişiminde ve önlenmesinde SIRT1'i hedefleyen miRNA'ların etkili olabileceğini ve çalışmamızın daha kapsamlı çalışmalara ışık tutacağını düşünmekteyiz. The purpose of this study was to determine the role of SIRT1 gene expressionand relationship between SIRT1 targeting miRNAs on hyperglycemia which characterizes diabetes. SIRT1 expression levels were analyzed by RT-PCR and Western Blot methods after the exposure of the H9c2 rat cardiomyocyte cells to high levels of glucose. Using miRNA target prediction algorithms, miRNAs that possibly target SIRT1 were identified. 86 miRNAs targeting SIRT1 gene identified after using detailed in silico analysis. miR-181d, miR-135a, miR-135b, miR-181b-1-3p, miR-369-3p, miR-487b, miR-361, miR-204, miR-30d, miR-23a, miR-9 and miR-323 expression levels elevated statistically significant. In our study it was found that SIRT1 protein levels were increased 1,9 fold in H9c2 exposure to normo glucose levels than higher glucose levels. We think that SIRT1 targeting miRNAs in development of diabetic cardiomyopathy and its prevention could be effective and our study sheds light to further comprehensive study. 101

Aim: t(4,11) is a chromosomal abnormality formed by the translocation MLL-AF4, which is the result of the fusion of the AF4 gene, localized on 4q21 chromosomal band, to the MLL gene, localized on 11q23 chromosomal band. The aim of this study is to examine the results of the analysis of t (4;11) MLL-AF4 translocation in acute lymphoblastic leukemia (ALL) patients retrospectively. Materials and Methods: Peripheral blood or bone marrow samples of 176 children (70 girls, 106 boys) and 144 adults (60 women, 84 men) with a preliminary diagnosis of acute leukemia between 2009-2013 were analyzed in the Medical Biology Department of Ege University Faculty of Medicine. The translocation RNA results of 71 peripheral blood and 473 bone marrow samples of these patients were evaluated quantitatively for t(4;11) with real-time RT-PCR. t(4;11) quantitation was performed by real-time qRT-PCR instrument after the synthesis of complementary DNA with conventional PCR from total RNA or mRNA isolated from blood and bone marrow. Quantitative analysis of the patients was performed by comparing positive and negative controls and samples classified as positive or negative (the ratio of the number of positive copies to the number of reference copies). Results: A total of 320 patients, with 98 having also follow-ups, were evaluated for t(4;11) translocation. Totally 34 patients (24 children and 10 adults) were found positive and the other samples were negative. Conclusion: The assessment of these results supports that, quantitative determination of t(4;11) with RT-PCR method among newly diagnosed ALL patients and ALL patients undergoing treatment, is a valuable method for both confirming the diagnosis and guiding the treatment intended to achieve molecular remission., Amaç: t(4;11), MLL-AF4 translokasyonu sonucu oluşan, 4q21 kromozomal bandına yerleşim gösteren AF4 geninin 11q23 kromozomal bandına yerleşim gösteren MLL genine füzyonu sonucu gelişen kromozomal bir anomalidir. Bu çalışmada, retrospektif olarak 2009-2013 yılları arasındaki akut lenfoblastik lösemi (ALL) hastalarındaki t(4;11) MLL-AF4 translokasyonunun analiz sonuçlarının incelenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı'na 2009-2013 yılları arasında akut lösemi ön tanısıyla 176 çocuk (70 kız, 106 erkek) ve 144 yetişkin (60 kadın, 84 erkek) olgunun kan veya kemik iliği örnekleri incelendi. Bu olgulara ait 71 kan ve 473 kemik iliği örneğinin t(4;11) translokasyon RNA sonuçları, gerçek zamanlı RT-PCR yöntemi ile kantitatif olarak değerlendirildi. İlk aşamada, kan ve kemik iliği örneklerinden izole edilen total RNA veya mRNA'dan konvansiyonel bir PCR cihazı ile komplementer DNA sentezlendi. İkinci aşamada, gerçek zamanlı PCR cihazı ile t(4;11) kantitasyonu gerçekleştirildi. Olguların kantitatif olarak değerlendirilmesi, pozitif kontrol ve negatif kontrolün karşılaştırılması ile örneklerin negatif yada pozitif (pozitif olgu kopya sayısının referans kopya sayısına oranı) olması şeklinde yapıldı. Bulgular: Çalışmamızda 98'i takip hastası olmak üzere toplam 320 hasta t(4;11) MLL-AF4 translokasyonu için değerlendirildi. Çalışmaların sonucunda toplam 34 olgu (24 çocuk, 10 yetişkin) pozitif ve diğer örnekler negatif olarak bulundu. Sonuç: Bu değerlendirmenin sonuçları, RT-PCR yöntemi ile ALL hastalarında yeni tanı döneminde ve tedavi sürecinde t(4;11) MLL-AF4 translokasyonunun kantitatif tayini, hem tanının kesinleştirilmesinde hem de moleküler remisyon sağlanmasına yönelik tedaviyi yönlendirmesinde değerli bir yöntem olduğunu desteklemektedir.

Aim: In this study, it was aimed to evaluate the analysis of inv16 blood and bone marrow samples quantitively by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) method of 402 patients (322 adult, 80 children) prediagnosed as acute myeloid leukemia (AML), who were admitted to Ege University Faculty of Medicine, Department of Medical Biology between years 2009-2013. Materials and Methods: cDNA's were obtained following the total RNA/mRNA isolation which were taken from patients' blood and bone marrow samples and quantitaion of inv16 were performed by reverse transcriptase RT-PCR method at LightCycler2. Results: Four hundred and two cases were evaluated in terms of inv(16) CBFBETA-MYH11 inversion. As a result of the analysis, a total of 19 patient were determined inv16 positivity includes 12 adult (% 4) and 7 children (9%). Conclusion: Inv16 of quantitative analysis is supported to be an effective method for clinical evaluation of patients with AML, regarding remission of disease and implimentation of the treatment protocols toward achieving remission. More studies with AML patients are required for confirmation of the results., Amaç: Bu çalışmada, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı'na 2009-2013 yılları arasında akut myeloid lösemi (AML) ön tanısı ile başvuran 402 olgunun (322 yetişkin, 80 çocuk) kan veya kemik iliği örneklerinin inv16 kantitasyon analizlerinin RT-PCR yöntemi ile değerlendirilmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Hastalardan alınan kan ve kemik iliği örneklerinden total RNA/mRNA izolasyonunu takiben cDNA'ları elde edilerek revers-transkriptaz-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yöntemiyle inv16 kantitasyonu LightCycler2 cihazında gerçekleştirildi. Bulgular: Dört yüz iki olgu, inv(16) CBFBETA-MYH11 inversiyonu açısından değerlendirildi. Yapılan analiz sonucunda 12 (% 4) erişkin ve 7 (% 9) çocuk olmak üzere toplam 19 olguda inv16 pozitifliği saptandı. Sonuç: Inv16 kantitatif analizi, AML hastalarının klinik değerlendirilmesinde, hastalığın seyri ve remisyon sağlanmasına yönelik tedavi protokollerinin uygulanmasında etkili bir yöntem olduğunu desteklemektedir. AML hasta grubunu içeren daha geniş kapsamlı çalışmalar yapılarak elde edilen sonuçlar desteklenmelidir.

…

İnfertilite, genel bir ifadeyle 1 yıl korunmasız cinsel birleşmeden sonra gebe kalınamaması olarak tanımlanmaktadır. Folat yetmezliği ve hiperhomosisteinemi infertilite' ye neden olabilecek risk faktörleri arasında düşünülmektedir.Spermatogenez sırasında yapılan DNA sentezinde folat metabolizmasının önemli fonksiyonları bulunmaktadır. Bu bakımdan, folat döngüsünde yer alan MS ve MTRR genleri erkek infertilitesi ile ilişkili olabilmektedir.Bu çalışmada MS ve MTRR genlerinde meydana gelen Asp919Gly ve Met22Ile polimorfizmlerinin infertilite ile ilişkisinin olup olmadığı araştırılmıştır. Bu amaçla 50 azospermi ve 50 oligozoospermi olmak üzere toplam 100 infertil olgusu ile 50 sağlıklı bireyin kan örnekleri toplanarak MS A2756G ve MTRR G66A genotiplendirmeleri yapılmıştır.MS geninde Asp919Gly polimorfizminin erkek infertilitesi üzerinde herhangi bir etkisinin olmadığı gözlenmiştir. MTRR genindeki Met22Ile polimorfizminin ise heterozigot ( GA ) genotip sıklığı hasta grubunda anlamlı olarak yüksek bulunmuş ve bu polimorfizmin erkek infertilitesi üzerinde etkili olduğu sonucuna varılmıştır.Kontrol ve çalışma grubunda sırasıyla MS A2756G ( % 60 AA, % 38 AG, % 2 GG ) ( % 60 AA, % 35 AG, % 5 GG ) genotipleri açısından analiz edildiğinde aralarında istatistiksel bir farklılık gözlenmemiştir. G66A ( % 82 GG, % 18 GA ) ( % 55 GG ve % 45 GA ) genotipleri açısından analiz edildiğinde aralarında istatistiksel bir farklılık gözlenmiştir.MS ve MTRR genlerindeki Asp919Gly ve Met22Ile polimorfizmlerinin bileşik haplotip analizleri yapıldığında, çalışma grubunda A ( yabanıl ) / A ( mutant ) haplotiplerin anlamlı artışı gözlenmiştir.Sonuç olarak; MTRR Met22Ile ve MS Asp919Gly gen polimorfizmlerinin birlikte değerlendirilmesi halinde erkek infertilitesi üzerinde etkili olabileceği belirlenmiştir. Ancak hasta ve kontrol grubun küçük olması nedeniyle araştırmamızın genişletilmesinin uygun olacağı düşünülmüştür. Infertility is defined generally as the inability to achieve a pregnancy after one year of unprotected intercourse. Folate deficiency and hyperhomocysteinaemia are considered as a risk factor for infertility.DNA synthesis is an integral part of spermatogenesis, folate metabolism is probably important to this process. Therefore, SNPs of the MS and MTRR genes in the folate cycle could be related to male infertility.In this study, we investigated whether MS Asp919Gly and MTRR Met22Ile polymorphisms related infertility. For this purpose blood samples of 100 infertile ( 50 azoospermia, 50 oligozoospermia ) cases and 50 healthy men were collected and genotyped for MS A2756G and MTRR G66A polymorphisms.It was found that the Asp919Gly polymorphism in MS does not play a role in the development of male infertility ( p>0,05 ). The heterozygous genotype ( GA ) frequency of the Met22Ile polymorphism in MTRR were found to be significantly higher in the infertility group. Therefore, we concluded that this polymorphism might have an effect on male infertility evolution.In control and working group in order MS A2756G ( % 60 AA, % 38 AG, % 2 GG ) ( % 60 AA, % 35 AG, % 5 GG ) genotypes were analyzed respectively and no statistically difference was observed and MTRR ( % 82 GG, % 18 GA ) ( % 55 GG, % 45 GA ) genotypes were analyzed respectively and satatistically difference was observed.After the compound haplotype analysis of the MS Asp919Gly and MTRR Met22Ile polymorphisms, a significant increase of A ( wild type ) / A (mutant ) haplotypes ( A / A ) were observed in the infertility group.In conclusion, it was found that the MTRR Met22Ile gene polymorphisms may have an important effect on the evolution of male infertility and also MS Asp919Gly gene polymorphism may have an effect on the male infertility evolution when analyzed together with the MTRR Met22Ile and Asp919Gly polymorphisms, but not on ıts own. But the number of patients and case who has side effect groups may have been too small for such interactions to be observed, because of this we thought that the investigation of our study is acceptable to enlarge. 119