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Objetivo: identificar los factores de riesgo de caries dental en niños preescolares con labio y paladar fisurado. Metodología: estudio de tipo analítico transversal donde participaron 70 niños de 3 a 6 años con FLAP que fueron atendidos por el servicio de odontopediatría de la Organización No Gubernamental Qorito (Lima-Perú), de enero a diciembre del 2022. Las variables analizadas fueron caries dental, higiene oral, dieta, tipo de fisura, sexo, edad. Los análisis aplicados fueron la evaluación de Spearman, la prueba de Chi cuadrado y la regresión logística múltiple. Resultados: la prevalencia de caries dental en niños con FLAP fue del 92,9%. Para esto se empleó un índice que codifica los dientes deciduos como cariados, extraídos y obturados (CEOD) con manchas blancas. Además, se encontró que el tipo de fisura es un factor de riesgo para la caries dental con un (OR) de 3,15. Conclusión: la caries dental tiene una relación significativa con una deficiente higiene oral. A su vez, los niños con labio y paladar fisurado con una buena higiene oral tenían menos probabilidades de desarrollar caries dental que aquellos con una higiene oral deficiente.