1. What Makes the Arc-Preserving Subsequence Problem Hard?
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Algorithmics ; Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM) ; CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE - CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE - Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (LINA) ; CNRS - Université de Nantes - École Nationale Supérieure des Mines - Nantes - CNRS - Université de Nantes - École Nationale Supérieure des Mines - Nantes, Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (LINA) ; CNRS - Université de Nantes - École Nationale Supérieure des Mines - Nantes, Dipartimento di Matematica e Informatica - Universita Udine (DIMI) ; Università degli studi di Udine, Algorithmics ; Régulation de l'expression génétique (REG) ; CNRS - École normale supérieure [ENS] - Paris - CNRS - École normale supérieure [ENS] - Paris - Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI) ; CNRS - Université Paris Sud - CNRS - Université Paris Sud - Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM) ; CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE - CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE, S. Sunderam Vaidy and van Albada G. Dick and M. A. Sloot Peter and Dongarra Jack, Blin, Guillaume, Fertin, Guillaume, Rizzi, Romeo, Vialette, Stéphane, Algorithmics ; Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM) ; CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE - CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE - Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (LINA) ; CNRS - Université de Nantes - École Nationale Supérieure des Mines - Nantes - CNRS - Université de Nantes - École Nationale Supérieure des Mines - Nantes, Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (LINA) ; CNRS - Université de Nantes - École Nationale Supérieure des Mines - Nantes, Dipartimento di Matematica e Informatica - Universita Udine (DIMI) ; Università degli studi di Udine, Algorithmics ; Régulation de l'expression génétique (REG) ; CNRS - École normale supérieure [ENS] - Paris - CNRS - École normale supérieure [ENS] - Paris - Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI) ; CNRS - Université Paris Sud - CNRS - Université Paris Sud - Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM) ; CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE - CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE, S. Sunderam Vaidy and van Albada G. Dick and M. A. Sloot Peter and Dongarra Jack, Blin, Guillaume, Fertin, Guillaume, Rizzi, Romeo, and Vialette, Stéphane
- Abstract
International audience, Given two arc-annotated sequences (S, P ) and (T, Q) representing RNA structures, the Arc-Preserving Subsequence (APS) problem asks whether (T, Q) can be obtained from (S, P ) by deleting some of its bases (together with their incident arcs, if any). In previous studies [3, 6], this problem has been naturally divided into subproblems reflecting intrinsic complexity of arc structures. We show that APS(Crossing, Plain) is NP-complete, thereby answering an open problem [6]. Furthermore, to get more insight into where actual border of APS hardness is, we refine APS classical subproblems in much the same way as in [11] and give a complete categorization among various restrictions of APS problem complexity.