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1. Invasive pneumococcal infections in France: Changes from 2009 to 2021 in antibiotic resistance and serotype distribution of Streptococcus pneumoniae based on data from the French Regional Pneumococcal Observatories network

Author: Plainvert, C., Varon, E., Viriot, D., Kempf, M., Alauzet, C., Auger, G., Batah, J., Brieu, N., Cattoir, V., Cremniter, J., Culeux, C., Decousser, J.W., El Mniai, A., Goulard de Curraize, C., Gravet, A., Grelaud, C., Hamdad, F., Isnard, C., Labrunie, A., Lanotte, P., Laurens, C., Luce, S., Lemaitre, N., Patry, I., Pelloux, I., Peuchant, O., Ploy, M.C., Revillet, H., Robin, F., Ruimy, R., Vernet-Garnier, V., Wallet, F., Lévy-Bruhl, D., Danis, K., Centre national de Référence des Streptocoques (CNR), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Cochin [AP-HP], Centre National de Référence des Pneumocoques (CNRP), Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Université d'Angers (UA), Programme ATIP - Avenir, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunology and New Concepts in ImmunoTherapy (INCIT), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Nantes Université - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (Nantes Univ - UFR MEDECINE), Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), CHU Pontchaillou [Rennes], Observatoires Régionaux du Pneumocoque, Partenaires INRAE, ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de Microbiologie [CHU Caen], Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), CHU Amiens-Picardie, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), and This work was funded by Pfizer, Sanofi, GlaxoSmithKline, and bioMérieux laboratories.
Subjects: Serotype, Streptococcus pneumoniae, Infectious Diseases, French Regional Pneumococcal Observatories, Antimicrobial resistance, Invasive infection, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Objective: The 23 French Regional Pneumococcal Observatories (ORPs) analyzed antibiotic resistance and serotypes of Streptococcus pneumoniae strains isolated from invasive infections in France over a 12-year period.Methods: Between 2009 and 2021, the ORPs analyzed 19,319 strains, including 1,965 in children and 17,354 in adults. Strains were assessed for their resistance to penicillin G, amoxicillin and cefotaxime. Serotypes were identified in collaboration with the National Reference Centre.Results: During this period, the number of strains collected yearly decreased significantly. The decrease was particularly pronounced up until 2013, especially in children (-61.0%). However, penicillin non-susceptible strains (PNSPs) increased in children (24.7% in 2009 vs 45.0% in 2021, p < 0.0001) and in adults (27.1% in 2009 vs 31.3% in 2021, p < 0.05), as well as resistance (I + R) to amoxicillin (children: 12.5% in 2009 vs 19.4% in 2021, p < 0.05; adults: 13.4% in 2009 vs 14.5% in 2021, NS) and resistance (I + R) to cefotaxime (children: 8.0% in 2009 vs 13.1% in 2021, p < 0.05; adults: 7.1% in 2009 vs 11.9% in 2021, p < 0.0001). All in all, the proportion of strains belonging to serotypes present in the PCV13 vaccine has fallen sharply, from 64.8% in 2009 to 23.6 % in 2021. At the same time, serotypes such as 8, 10A, 11A, 15B/C and 9N, not included in PCV13, were increasing.Conclusion: During the study period, data collected by the network highlighted an increase of invasive PNSPs in children and non-vaccine serotypes. Surveillance of resistance and serotypes remains instrumental, particularly to monitor the evolution of vaccine efficacy.
Published: 2022
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2. A sequence database analysis of 5-nitroimidazole reductase and related proteins to expand knowledge on enzymes responsible for metronidazole inactivation

Author: Fabien Aujoulat, Hélène Marchandin, Corentine Alauzet, Alain Lozniewski, Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Bactériologie [CHRU Nancy], and Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes)
Subjects: Distribution, Microbiology, Bacteria, Anaerobic, 03 medical and health sciences, Nitroreductase, Anti-Infective Agents, Metronidazole, Drug Resistance, Bacterial, Gene, 030304 developmental biology, Sequence database, Genetics, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Diversity, Phylogenetic tree, biology, 030306 microbiology, Computational Biology, Genetic Variation, Bacteroidetes, Homologs, Nitroreductases, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Bacteria, Aerobic, Infectious Diseases, Enzyme, chemistry, Nitroimidazoles, Metagenomics, nim genes, Bacteroides fragilis, Oxidoreductases
Abstract: International audience; nim genes are associated, in combination with other factors, with acquired resistance to metronidazole (MTZ) in anaerobes. These genes encode 5-nitroimidazole reductase enzymes (Nim proteins) that reduce MTZ into an inactive compound. Eleven variants (nimA to nimK) are currently described in anaerobes with either a chromosomal or a plasmidic location. Mostly found in members of the Bacteroides fragilis group, nim genes were demonstrated in anaerobic taxa outside the phylum Bacteroidetes. Nitroreductase enzymes, weakly related to those found in Bacteroidetes but associated with MTZ inactivation, were also characterized both in anaerobic and non-anaerobic taxa. Published data only poorly reflect the growing number of data from cultivation-independent studies and sequences deposited in databases. Considering this limitation, we performed herein an analysis of the sequence databases with the aim to increase the current knowledge on Nim protein distribution and diversity. The 250 sequences the most closely related to the 11 known Nim proteins were selected and analyzed for identity level and phylogenetic relationships with Nim A to K proteins. The analysis revealed a larger diversity of anaerobic species harboring known Nim proteins than that currently described in the literature. Putative new variants of known Nim proteins and novel Nim proteins were found. In addition, nitroreductase proteins and homologs related to the pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family were found in highly diverse anaerobic and aerobic taxa of human but also animal and environmental origin. On the other hand, we found a very low number of sequences recovered from metagenomic studies. Considering the different databases currently available to identify antimicrobial resistance genes (ARG) among metagenomic sequences, we hypothesized that this may, at least in part, be related to the incompleteness of ARG databases because none of them includes the 11 described nim genes at the time of our study. Both the wide distribution of proteins with potential MTZ inactivation ability within the bacterial world and a wider diversity of Nim determinants than expected from published literature is underlined in this sequence database analysis.
Published: 2018
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3. Hypergravity disrupts murine intestinal microbiota

Author: Alauzet, Corentine, Cunat, Lisiane, Wack, Maxime, Lozniewski, Alain, Busby, Hélène, Agrinier, Nelly, Cailliez-Grimal, Catherine, Frippiat, Jean-Pol, Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre d'investigation clinique [Nancy] (CIC), Université de Lorraine (UL)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Département d’Anatomie et Cytologie Pathologiques [CHRU Nancy]
Subjects: Bacteria, lcsh:R, lcsh:Medicine, Biodiversity, Hypergravity, Space Flight, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Article, Gastrointestinal Microbiome, Mice, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Medical research, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Animals, lcsh:Q, Metagenomics, Microbiome, lcsh:Science, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Phylogeny
Abstract: During spaceflight, organisms are subjected to various physical stressors including modification of gravity (G) that, associated with lifestyle, could lead to impaired immunity, intestinal dysbiosis and thus potentially predispose astronauts to illness. Whether space travel affects microbiota homeostasis has not been thoroughly investigated. The aim of this study was to evaluate changes in intestinal microbiota and mucosa in a ground-based murine model consisting in a 21-days confinement of mice in a centrifuge running at 2 or 3G. Results revealed an increased α-diversity and a significant change in intracaecal β-diversity observed only at 3G, with profiles characterized by a decrease of the Firmicutes/Bacteroidetes ratio. Compared to 1G microbiota, 12.1% of the taxa were significantly impacted in 3G microbiota, most of them (78%) being enriched. This study shows a G-level-dependent disruption of intracaecal microbiota, without alteration of mucosal integrity. These first data reinforce those recently obtained with in-flight experimentations or microgravity models, and emphasize the critical need for further studies exploring the impact of spaceflight on intestinal microbiota in order to optimize long-term space travel conditions.
Published: 2018
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4. A new mechanism to render clinical isolates ofEscherichia colinon-susceptible to imipenem: substitutions in the PBP2 penicillin-binding domain

Author: Frédéric Bert, Alain Lozniewski, Nejla Aissa, Marie-Hélène Nicolas-Chanoine, Roger Labia, Noémie Mayer, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service de Microbiologie, Hôpital Beaujon-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Faculté de Médecine [Université Paris Diderot - Paris 7], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon [AP-HP], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Subjects: DNA, Bacterial, 0301 basic medicine, Microbiology (medical), Imipenem, Carbapenem, Epidemiology, Resistance, 030106 microbiology, Mutation, Missense, Microbial Sensitivity Tests, Infections, medicine.disease_cause, Microbiology, 03 medical and health sciences, Enterobacteriaceae, Escherichia coli, polycyclic compounds, medicine, Humans, Penicillin-Binding Proteins, Pharmacology (medical), Escherichia coli Infections, Etest, Recombination, Genetic, Pharmacology, biology, Escherichia coli Proteins, Klebsiella-pneumoniae, Proteins, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, Reverse Genetics, Anti-Bacterial Agents, 3. Good health, Spectrum beta-lactamases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Infectious Diseases, Amino Acid Substitution, Chromosomal region, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Penicillin binding, Bacterial outer membrane, Mutations, medicine.drug
Abstract: International audience; Objectives: So far, two types of mechanism are known to be involved in carbapenem non-susceptibility of Escherichia coli clinical isolates: reduced outer membrane permeability associated with production of ESBLs and/or overproduction of class C beta-lactamases; and production of carbapenemases. Non-susceptibility to only imipenem observed in two clinical isolates suggested a new mechanism, described in the present study.Methods: The ST was determined for the two isolates of E. coli (strains LSNy and VSBj), and their chromosomal region encoding the penicillin-binding domain of PBP2 was amplified, sequenced and then used for recombination experiments in E. coli K12 C600. Antibiotic MICs were determined using the Etest method.Results: Strains LSNy and VSBj, which displayed ST23 and ST345, respectively, showed amino acid substitutions in their PBP2 penicillin-binding domain. Substitution Ala388Ser located in motif 2 (SXD) was common to the two strains. Two additional substitutions (Ala488Thr and Leu573Val) located outside the two other motifs were identified in strain LSNy, whereas another one (Thr331Pro) located in motif 1 was identified in strain VSBj. Recombination experiments to reproduce non-susceptibility to imipenem in E. coli K12 C600 were not successful when only the common substitution was transferred, whereas recombination with DNA fragments including either the three substitutions (strain LSNy) or the two substitutions (strain VSBj) were successful.Conclusions: Substitution of amino acids in the penicillin-binding domain of PBP2 is a new mechanism by which E. coli clinical isolates specifically resist imipenem.
Published: 2015
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5. nimH, a novel nitroimidazole resistance gene contributing to metronidazole resistance in Bacteroides fragilis

Author: Hélène Marchandin, Hélène Jean-Pierre, Sibel Berger, Estelle Jumas-Bilak, Alain Lozniewski, Luc Dubreuil, Corentine Alauzet, Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lille Inflammation Research International Center - U 995 (LIRIC), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Institut Pasteur de Lille, and Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), 030106 microbiology, Drug resistance, Microbiology, Bacteroides fragilis, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Anti-Infective Agents, DNA Transposable Elements, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Metronidazole, Drug Resistance, Bacterial, Gene Order, Humans, Pharmacology (medical), Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Biotransformation, Metronidazole resistance, Pharmacology, Nitroimidazole, biology, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, chemistry, Genes, Bacterial, Nitroimidazoles, [SDV.SP.PHARMA]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences/Pharmacology, Oxidoreductases
Abstract: International audience
Published: 2017
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6. Erratum to 'Predominance of healthcare-associated cases among episodes of community-onset bacteraemia due to extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae' [International Journal of Antimicrobial Agents 49/1 67-73]

Author: Jean-Ralph Zahar, Philippe Lesprit, Stephane Ruckly, Aurelia Eden, Hitoto Hikombo, Louis Bernard, Stephan Harbarth, Jean-Francois Timsit, Christian Brun-Buisson, Jean Carlet, Pierre Dellamonica, Remy Gauzit, Christian Rabaud, Serge Alfandari, Robert Cohen, Bruno Coignard, Celine Pulcini, Jerome Robert, Nejla Aissa, Alain Losniewski, Sandrine Henard, Cecile Janssen, Leonardo Pagani, Stephane Bland, Jacques Gaillat, Jean Pierre Bru, Pierre Bonnin, Gaelle Clavere, Virginie Vitrat, Laurence Maulin, Luc Quarsaet, Helene Roger, Jean-Baptiste Euzen, Eric Denes, Elodie Couve-Daecon, Catherine Lechiche, Jean-Philippe Lavigne, Veronique Mondain, Veronique Garnier, Dorothee Lambert, Maxime Hentzien, Yohan Nguyen, Jean Paul Talarmin, Pascaline Rameau, Francoise Geffroy, Arnaud Salmon-Rousseau, Vincent Cattoir, Antoine Froissart, Said Aberrane, Laurence Legout, France Roblot, Guillaume Beraud, Patricia Pavese, Olivier Belmonte, Nicolas Traversier, Laurent Bellec, Marie Lagrange-Xelot, Marie-Pierre Moiton, Barbara Kuli, Pascal Longuet, Agnes Scanvic, Lea Colombain, Milagros Ferreyra, Maxime Jean, Etienne Laurens, Matthieu Saada, Hugues Aumaitre, Martine Malet, Frederique Roustant, Vincent LeMoing, Jean-Pierre Helene, Jonathan Theodore, Caroline Garandeau, Jocelyne Caillon, Benjamin Olivero, David Boutoille, Didier Lepelletier, Lucia Grandiere-Perez, Aurelie Beaudron, Celine Ramanantsoa, Catherine Varache, Nicolas Varache, Nicolas Crochette, Hikombo Hitoto, Sophie Blanchi, Pascale Penn, Bernard Louis, Dominique Vanjak, Marie-Christine Escande, Rene-Gilles Patrigeon, Stephanie Honore, Audrey Barrelet, Marlene Amara, Jean-Marc Galempoix, Jean-Claude Reveil, Patricia Bucchiotty, Carine Couzigou, Alban LeMonnier, Emilie Boidin, Stephane Sire, Nelly Luizy, Caroline Bronstain, Carolina Fankhauser, Caroline Brossier, Elodie von Dach, Colette Sauve, Marie-Noelle Adam, Laurent Hocqueloux, Laurent Bret, Marie-Helene Andre, Regine Barruet, Marion Challier, Andre Cabie, Benoit Roze, Patrick Plesiat, Katy Jeanot, Isabelle Patry, Josephine Moreau, Catherine Chirouze, Aaron Laurent, Marie-Nadege Bachelier, Guillaume Kac, Nicolas Farthouat, Nicolas Feuillebois, Thomas Guimard, Sandra Bourdon, Sophie Nguyen, Houcine Bentayeb, Mari-Therese Albertini, Bruno Marchou, Noemie Gaudre, Damien Dubois, Christelle Guillet-Caruba, Florence Doucet Populaire, Nicolas Fortineau, Leila Escaut, Vincent Fihman, Josette Raymond, Solene Kerneis, Veronique Leflon-Guibout, Agnes Lefort, Aurelien Dinh, Anne-Laure Roux, Sophie Abgrall, Francoise Jaureguy, Jean-Christophe Lucet, Nathalie Soismier, Amanda Lopes, Emmanuelle Cambau, Veronique Manceron, Guilene Barnaud, Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Foch [Suresnes], Centre Hospitalier Saint Jean de Perpignan, Service d'Infectiologie et des maladies infectieuses et tropicales [CH Le Mans] | Infectious and tropical disease department [Le Mans hospital], Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Hôpital Bretonneau, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Prévention et contrôle des infections (PCI ), Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), Services de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Bichat], AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service des maladies infectieuses, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-University Hospital, Hôpital Cochin [AP-HP], Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Réseau Antibiolor, Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Centre Hospitalier Tourcoing, Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U912 INSERM - Aix Marseille Univ - IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Institute for Computational Modeling in Civil Engineering, Technische Universität Braunschweig = Technical University of Braunschweig [Braunschweig], Imperial College London, Service des Maladies Infectieuses, Centre Hospitalier de la Région d'Annecy (Pringy), Service des Maladies infectieuses et tropicales [CHU Limoges], CHU Limoges, Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - 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Claude Bernard, CHU Pontchaillou [Rennes], Laboratoire Cliniques Pathologique et Interculturelle (LCPI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), SAD Paysage (SAD Paysage), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Service des maladies infectieuses CHU Perpignan, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Département de Chimie Moléculaire (DCM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Centre de Recherche en Ingénierie financière et finance Publique (CRIFP), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA), Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de bactériologie et hygiène hospitalière [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Hôpital de la Timone [CHU - 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UFC (EA 4266) (API), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Institut de l'élevage (IDELE), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Service des maladies infectieuses et tropicales, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Laboratoire d'Informatique de l'Université du Mans (LIUM), Le Mans Université (UM), Physiopathologie de l'Endothelium, Vascular research center of Marseille (VRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes] = Infectious Disease and Intensive Care [Rennes], Université de Sherbrooke (UdeS), Centre hospitalier universitaire de Tourcoing, Homéostasie Cellulaire et Pathologies (HCP), Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Laboratoire Montpelliérain d'Économie Théorique et Appliquée (LAMETA), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - 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Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Département de Médecine interne [Lariboisière], Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Emergence de la résistance bactérienne in vivo (EA3964), AP-HP Groupe Hospitalier Lariboisière, Laboratoire d'ethnologie et de sociologie comparative (LESC), Université Paris Nanterre (UPN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Equipe mobile d'infectiologie, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Service Microbiologie-Hygiène Hospitalière, Institut franco-allemand de recherche de Saint-Louis, Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Unité d’Otologie, implants auditifs et chirurgie de la base du crâne [CHU Pitié-Salpêtrière], Service d'Oto-Rhino-Laryngologie [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), CHU Toulouse [Toulouse], Institut de recherche en astrophysique et planétologie (IRAP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Epidémiologie pronostique des cancers et affections graves, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infection Control Programme and WHO Collaborating Centre on Patient Safety, CHU Cochin [AP-HP], Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Université Côte d'Azur (UCA), Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Technische Universität Braunschweig [Braunschweig], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Génie Informatique et Ingénierie de Production (LGI2P), IMT - MINES ALES (IMT - MINES ALES), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Service d'Otologie, Implants auditifs et Chirurgie de la base du crâne [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Santé publique : épidémiologie et qualité des soins-EA 2694 (CERIM), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses (TransVIHMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 1 (UM1)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université de Montpellier (UM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Geneva [Switzerland], Université Laval, Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens (UMR SYSTEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Institut de l'Elevage, Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon)-Hôpital Saint-Jacques, Service des maladies infectieuses et réanimation médicale, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou, Université de Sherbrooke [Sherbrooke], Hôpital Purpan [Toulouse], Université Montpellier 1 (UM1)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics [Warsaw], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-AP-HP Hôpital Raymond Poincaré [Garches], Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Avicenne-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris 13 (UP13), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Lariboisière, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université, Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Aix Marseille Université (AMU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), CHU Fort de France-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France]-CHU de la Martinique [Fort de France], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Aix Marseille Université (AMU), Service des maladies infectieuses et réanimation médicale [Rennes], Hôpital Beaujon [AP-HP], Cholley, Pascal, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Université de Bretagne Sud (UBS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), CHU Nice-University Hospital, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Laboratoire de Physiologie des Invertébrés ( LPI ), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale ( SESSTIM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -ORS PACA-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ), Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie ( IMPMC ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR206-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de recherche en astrophysique et planétologie ( IRAP ), Université Paul Sabatier - Toulouse 3 ( UPS ) -Observatoire Midi-Pyrénées ( OMP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Equipe Poitevine de Recherche et d'Encadrement Doctoral en sciences criminelles de Poitiers ( EPRED ), Université de Poitiers, Laboratoire de Génie Informatique et Ingénierie de Production ( LGI2P ), IMT - Mines Alès Ecole Mines - Télécom ( IMT - MINES ALES ), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand ( LPC ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre Hospitalier Universitaire de Reims ( CHU de Reims ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Plateforme imagerie et cytométrie ( PFIC ), Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse ( AMMICa ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Service NEUROSPIN ( NEUROSPIN ), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) ( DRF (CEA) ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, CHU de Poitiers, Santé publique : épidémiologie et qualité des soins-EA 2694 ( CERIM ), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] ( CHRU Lille ), Institute of New Imaging Technologies ( INIT ), Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion ( CHU La Réunion ), Laboratoire Cliniques Pathologique et Interculturelle ( LCPI ), Université Toulouse - Jean Jaurès ( UT2J ), SAD Paysage ( SAD Paysage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, VIH/SIDA et maladies associées, Université Montpellier 1 ( UM1 ), Département de Chimie Moléculaire ( DCM ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Thérapeutiques Cliniques et Expérimentales des Infections, Université de Nantes ( UN ), Centre de Recherche en Ingénierie financière et finance Publique ( CRIFP ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ), Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Université de Nantes ( UN ) -Centre hospitalier universitaire de Nantes ( CHU Nantes ), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ), Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie ( CRO2 ), Aix Marseille Université ( AMU ) - Hôpital de la Timone [CHU - APHM] ( TIMONE ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université de Bordeaux ( UB ), Laboratoire Environnement Géomécanique et Ouvrages ( LAEGO ), Institut National Polytechnique de Lorraine ( INPL ), Institut de Recherche Dupuy de Lôme ( IRDL ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -ENSTA Bretagne-Université de Brest ( UBO ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ), Fonctionnement et conduite des systèmes de culture tropicaux et méditerranéens ( SYSTEM ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Wageningen University and Research Centre [Wageningen] ( WUR ), CHU de la Martinique-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique-Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], CHU Fort de France-CHU de la Martinique-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique, Agents pathogènes et inflammation - UFC (EA 4266) ( API ), Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ), Laboratoire Chrono-environnement ( LCE ), Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] ( CHRU Besançon ) -Hôpital Saint-Jacques, Laboratoire d'Informatique de l'Université du Mans ( LIUM ), Le Mans Université ( UM ), Vascular research center of Marseille ( VRCM ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Aix Marseille Université ( AMU ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Hôpital Pontchaillou, Homéostasie Cellulaire et Pathologies ( HCP ), Université de Limoges ( UNILIM ) -CHU Limoges-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique ( GEIST FR CNRS 3503 ), Hôpital Purpan - Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Toulouse, Laboratoire Montpelliérain d'Économie Théorique et Appliquée ( LAMETA ), Université Montpellier 1 ( UM1 ) -Université Paul-Valéry - Montpellier 3 ( UM3 ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), University of Warsaw ( UW ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Hôpital Beaujon, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-AP-HP Hôpital Raymond Poincaré [Garches], Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble ( IPAG ), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble ( OSUG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Avicenne-Université Paris 13 ( UP13 ), Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution ( IAME ), Université Paris 13 ( UP13 ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Université Sorbonne Paris Cité ( USPC ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Hôpital Lariboisière, Emergence de la résistance bactérienne in vivo ( EA3964 ), Laboratoire d'ethnologie et de sociologie comparative ( LESC ), Université Paris Nanterre ( UPN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ), Hopital Necker-Enfants Malades, Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] ( CHU ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 ( UPEC UP12 ), Université de Limoges (UNILIM)-Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST FR CNRS 3503)-CHU Limoges, and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13)
Subjects: Microbiology (medical), 0303 health sciences, medicine.medical_specialty, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, biology, 030306 microbiology, business.industry, General Medicine, biology.organism_classification, Antimicrobial, Enterobacteriaceae, 3. Good health, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Infectious Diseases, Healthcare associated, [ SDV.MHEP ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, Intensive care medicine, business, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Community onset
Abstract: International audience
Published: 2017
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7. Comparison of Vitek MS and MALDI Biotyper for Identification of Actinomycetaceae of Clinical Importance

Author: Corentine Alauzet, Janina Ferrand, Alain Lozniewski, Nejla Aissa, Victoria Girard, Hélène Hochard, Baptiste Bogard, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de biologie médicale [CHR Metz-Thionville], Centre hospitalier régional Metz-Thionville (CHR Metz-Thionville), and BIOMERIEUX
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), musculoskeletal diseases, Chromatography, biology, 030106 microbiology, education, Flight mass-spectrometry, Actinomycetaceae, Reproducibility of Results, Bacteriology, biology.organism_classification, musculoskeletal system, In vitro diagnostic, Bacterial Typing Techniques, 03 medical and health sciences, Desorption ionization-time, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Humans, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Identification (biology), Reagent Kits, Diagnostic, Actinomycetales Infections
Abstract: The Vitek MS in vitro diagnostic (IVD) and MALDI Biotyper IVD systems were evaluated for the identification of 158 strains of Actinomycetaceae . Correct species-level identification rates of 60.7% and 58.2% were obtained with the Vitek MS system after direct deposit and with the MALDI Biotyper system after on-plate formic acid treatment, respectively.
Published: 2016
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8. Amylose AA secondaire à une tuberculose pulmonaire multi-résistante : implications thérapeutiques

Author: Baux, E., Henard, S., Alauzet, C., Goehringer, F., Laurain, C., Champigneulle, J., Vaillant, P., Hardy, A., Rabaud, C., May, T., Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Laboratoire d'Anatomie et de Cytologie Pathologiques, Université Paris 13 (UP13), Service de Pneumologie [CHRU Nancy], and Centre médical de Bligny
Subjects: Multidrug resistant, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Multi-résistance, Tuberculosis, Tuberculose, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Amyloidosis, Amylose
Abstract: International audience; Multidrug resistant pulmonary tuberculosis was diagnosed to a 32-year-old man. An AA-amyloidosis was subsequently diagnosed on the renal biopsy performed for nephrotic syndrome and macroscopic hematuria. A 6-drug antibiotic treatment was delivered quickly after first results of genotypic antibiogram given the renal failure, and was secondarily adapted to the phenotypic antibiogram. Multidrug therapy was fairly well tolerated. Clinical and biological improving were slow. Although tuberculosis is a classic cause of amyloidosis, this is the first case reporting an association between a multidrug resistant case and an amyloidosis in adults. This case also raises the question of MDR probabilistic treatments in situations whether a vital organ prognosis is engaged.; Une tuberculose pulmonaire, qui s’avèrera multi-résistante et associée à une amylose rénale secondaire, est diagnostiquée chez un homme de 32 ans d’origine arménienne. Une hexa-antibiothérapie probabiliste basée sur les résultats bactériologiques préliminaires de l’antibiogramme génotypique est débutée en urgence, sans attendre l’antibiogramme phénotypique définitif. L’évolution clinique et biologique sera lentement favorable et la tolérance du traitement sera acceptable. Cette observation illustre le premier cas d’association entre amylose secondaire et tuberculose multi-résistante, qui pose le problème de la nécessité de traiter en urgence un patient chez qui les risques de résistance et d’échec thérapeutique sont élevés.
Published: 2015
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9. Discrimination between Native and Tn 6010 -Associated oqxAB in Klebsiella spp., Raoultella spp., and other Enterobacteriaceae by Using a Two-Step Strategy

Author: Sibel Berger, Aymric Kisserli, Alain Lozniewski, Thomas Guillard, Christophe de Champs, Corentine Alauzet, Lars Hestbjerg Hansen, Anne-Laure Lebreil, Entérobactéries Résistance Acquise - EA 4687 (ERA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Laboratoire de Bactériologie–Virologie-Hygiène Hospitalière, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Hôpital Robert Debré, Hôpital Robert Debré-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Laboratoire de Recherche en Nanosciences - EA 4682 (LRN), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Environmental Science [Roskilde] (ENVS), Aarhus University [Aarhus], Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), and Université de Lorraine (UL)
Subjects: Klebsiella, Two step, prevalence, Microbial Sensitivity Tests, Escherichia-coli, medicine.disease_cause, Genome, Polymerase Chain Reaction, Plasmid, law.invention, Microbiology, Extended-spectrum, Raoultella, Enterobacteriaceae, law, Mechanisms of Resistance, medicine, Multidrug efflux pump, Pharmacology (medical), Escherichia coli, Polymerase chain reaction, Pharmacology, biology, biology.organism_classification, Pneumoniae, Anti-Bacterial Agents, Olaquindox, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Guinolone resistance, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology
Abstract: We developed a two-step PCR-based strategy to detect genes encoding OqxAB, allowing a specific assignment of Tn 6010 -associated oqxAB in Enterobacteriaceae . Chromosomal location in this setup was confirmed by hybridization with I- Ceu I-restricted genomes. This approach led us to find that Klebsiella sp. and Raoultella sp. reference strains chromosomally carried oqxAB .
Published: 2015
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10. Infected Abdominal Aortic Aneurysm Attributable to Haemophilus influenzae

Author: Risse, Jessie, Settembre, Nicla, Mandry, Damien, Benayad, Haroun, Lemarié, Camille, Alauzet, Corentine, Zuily, Stéphane, Bertaux, Alix, Malikov, Sergueï, Claudon, Michel, Wahl, Denis, Service de Cardiologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Département de Radiologie adultes [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Université de Lorraine (UL), Risque cardiovasculaire, rigidité-fibrose et hypercoagulabilité (RCV), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagerie Adaptative Diagnostique et Interventionnelle (IADI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Service de Pathologie [CHRU Nancy], Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique (DCAC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), and Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, education, Cardiology, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Cardiovascular System
Abstract: International audience; A 57-year-old man presented to the emergency department with an 8-day history of abdominal and suprapubic pain radiating in the back associated with fever (38.6°C), myalgia, and a painful rectal examination. A treatment with ofloxacin had been prescribed for a suspected prostatitis. His past medical history included overweight and current cigarette smoking (30 pack-year). Clinical examination found a tense and nondepressible abdomen without nausea or vomiting. On auscultation, he had an abdominal vascular murmur.
Published: 2015
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11. Comparison of four commercial real-time PCR assays for detection of Mycobacterium tuberculosis complex, associated or not to detection of anti-tuberculosis drug-resistance genes

Author: Berger, Sibel, Laurain, Catherine, Larcher, Christine, Lozniewski, Alain, Alauzet, Corentine, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), and BERGER, Sibel
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract: International audience; BACKGROUNDTuberculosis (TB) is one of the world’s most important infectious causes of morbidity and mortality.Emergence and large spread of drug-resistant TB cause major therapeutic problems worldwide.Early detection, with rapid and reliable diagnosis methods, is essential to reduce the death rate and interrupt transmission of TB, particularly drug-resistant TB.Various PCR-based assays are currently available and they enable the direct and fast detection of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) in clinical samples.Some of these kits also permit the detection of resistance to the most important anti-tuberculosis drugs.However, their sensitivity varies according to the technique or the type of clinical sample, particularly in the case of smear-negative specimens.OBJECTIVESComparison of diagnostic performances of four commercial PCR-based kits for the direct detection of MTBC in respiratory and non-respiratory samples.Evaluation of two of them for their ability to detect resistance genes to rifampicin (RMP) and/or isoniazid (INH).
Published: 2015

12. The phylum Deferribacteres and the genus Caldithrix

Author: Corentine Alauzet, Estelle Jumas-Bilak, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Ecologie des systèmes marins côtiers (Ecosym), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Lapeyronie [Montpellier] (CHU), Eugene Rosenberg, Edward F. DeLong, Stephen Lory, Erko Stackebrandt, and Fabiano Thompson
Subjects: 0303 health sciences, 03 medical and health sciences, 030306 microbiology, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, 030304 developmental biology
Abstract: International audience
Published: 2014
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13. Comparaison des performances de quatre coffrets de PCR pour la détection du complexe tuberculeux associée ou non à la recherche de gènes de résistance aux antituberculeux

Author: Laurain, Catherine, Berger, Sibel, Larcher, Christine, Girardier, Florent, Lozniewski, Alain, Alauzet, Corentine, BERGER, Sibel, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract: National audience; INTRODUCTIONL’émergence et la dissémination mondiale de bacilles tuberculeux résistants posent de gros problèmes thérapeutiques et accroissent la nécessité d’un diagnostic rapide et fiable de la tuberculose. Les tests moléculaires actuellement disponibles pour détecter rapidement les agents responsables de la tuberculose présentent une sensibilité variable, notamment lorsqu’il s’agit de prélèvements pour lesquels l’examen direct est négatif.OBJECTIFSComparaison des performances diagnostiques de quatre coffrets de PCR commercialisés pour la détection du complexe tuberculeux dans les prélèvements cliniques. Evaluation pour deux d’entre eux de leur capacité à détecter les gènes de résistance à la rifampicine (RA) et/ou à l’isoniazide (INH).
Published: 2014

14. Comparaison des performances de six coffrets de PCR pour la détection d'agents impliqués dans les pneumopathies atypiques communautaires

Author: Berger, Sibel, Desroches, Julie, Lozniewski, Alain, Alauzet, Corentine, BERGER, Sibel, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract: National audience; Objet de l’étude : L’objectif de cette étude était de comparer les performances diagnostiques de 6 coffrets de PCR commercialisés pour la détection des principales bactéries impliquées dans les pneumopathies atypiques communautaires : Mycoplasma pneumoniae (Mp), Chlamydophila pneumoniae (Cp) et Legionella pneumophila (Lp).Méthodes : Les coffrets Seeplex PneumoBacter ACE et Anyplex II RB5 (Seegene), FTD Atypical CAP (Fast-Track), Chla/Myco pneumo r-gene (bioMérieux), Mpn./Cpn./Lpn. Q-PCR Alert (Elitech) et Dia-MCpn/Dia-Lpn (Diagenode) ont été comparés.Résultats : Les performances de ces coffrets ont été évaluées sur36 échantillons de contrôle qualité calibrés (20 QCMD Cp/Mp et 16 QCMD Lp). Pour Cp et Mp, la sensibilité variait de 41% pour PneumoBacter à 100% pour FTD Atypical CAP, les autres trousses présentant des pourcentages intermédiaires. La spécificité pour ces 2 cibles était de 100%. Pour Lp, la sensibilité des tests ciblant le gène mip, spécifique de l’espèce L. pneumophila, variait de 82% (PneumoBacter) à 100% (RB5, Q-PCR Alert et Dia-Lpn). La spécificité pour ces 4 tests était de 100%. Avec la trousse FTD Atypical CAP détectant le gène rrn spécifique du genre Legionella, 28% de résultats faux-positifs ont été observés. Les 6 coffrets ont ensuite été testés sur un panel de 53 prélèvements cliniques reçus au laboratoire sur une période de 3 mois pour la recherche de ces 3 pathogènes. Cp et Mp n’ont pas été détectés alors qu’une amplification a été obtenue pour Lp dans un prélèvement avec l’ensemble des tests. La présence de Legionella spp. a été détectée dans 60% et 17% des prélèvements avec les tests FTD Atypical CAP et Dia-Lpn, respectivement.Conclusion : Aucun des coffrets testés ne présente les performances nécessaires pour la détection simultanée de Cp, Mp et Lp. Le coffret FTD Atypical CAP présente les meilleures performances pour la détection de Cp et Mp alors que pour la recherche de Lp, les meilleurs résultats ont été obtenus avec la trousse Q-PCR Alert. Par ailleurs, ce travail a mis en évidence des problèmes d’interprétation liés à la présence de légionelles non pathogènes environnementales contaminant les prélèvements et facilement détectables par les techniques de qPCR basées sur l’ADNr 16S.
Published: 2014

15. Characterization of a New blaOXA-48-Carrying Plasmid in Enterobacteriaceae

Author: Alain Lozniewski, Corentine Alauzet, Richard Bonnet, Christian Rabaud, Nejla Aissa, Sibel Berger, Sandrine Henard, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service des Maladies Infectieuses et Tropicales [CHRU Nancy], Service de Bactériologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, and CHU Clermont-Ferrand
Subjects: Male, Imipenem, Turkey, Klebsiella pneumoniae, Spread, Resistance, Molecular Sequence Data, Drug resistance, Microbial Sensitivity Tests, Biology, beta-Lactamases, Strain, Microbiology, 03 medical and health sciences, Feces, Plasmid, Enterobacteriaceae, Mechanisms of Resistance, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Humans, Pharmacology (medical), Base sequence, 030304 developmental biology, Pharmacology, 0303 health sciences, Strain (chemistry), Base Sequence, 030306 microbiology, Middle Aged, OXA-48-producing klebsiella-pneumoniae, biology.organism_classification, Virology, 3. Good health, Anti-Bacterial Agents, Klebsiella Infections, Transformation (genetics), Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Genes, Bacterial, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, France, Transformation, Bacterial, OXA-48-like carbapenemases, medicine.drug, Plasmids
Abstract: In this work, we characterized a new, 160-kb, bla OXA-48 -harboring IncL/M-type plasmid isolated from a Klebsiella pneumoniae strain from France. Moreover, we report the transfer of a 60-kb OXA-48-encoding plasmid from Klebsiella pneumoniae to other Enterobacteriaceae in two patients.
Published: 2013
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16. Effects of a TREM-like transcript 1-derived peptide during hypodynamic septic shock in pigs

Author: Amir Boufenzer, Sébastien Gibot, Nguyen Tran, Alain Lozniewski, Corentine Alauzet, Frederique Groubatch, Marc Derive, Pierre Leroy, Youcef Bouazza, Damien Barraud, Risque cardiovasculaire, rigidité-fibrose et hypercoagulabilité (RCV), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Ecole de Chirurgie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Faculté de Médecine, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Cibles thérapeutiques, formulation et expertise pré-clinique du médicament (CITHEFOR), Université de Lorraine (UL), and Service de Réanimation Médicale [CHRU Nancy]
Subjects: Male, medicine.medical_specialty, Resuscitation, Mean arterial pressure, Swine, Multiple Organ Failure, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cardiac index, Peritonitis, 030204 cardiovascular system & hematology, Critical Care and Intensive Care Medicine, Norepinephrine (medication), Hydroxyethyl Starch Derivatives, 03 medical and health sciences, Random Allocation, 0302 clinical medicine, Immunologic, Internal medicine, Receptors, medicine, Animals, Receptors, Immunologic, Miniature, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Septic shock, business.industry, Septic, Hemodynamics, Cardiovascular Agents, Shock, Blood Coagulation Disorders, medicine.disease, Shock, Septic, 3. Good health, Endocrinology, Cardiovascular Diseases, Shock (circulatory), Cardiovascular agent, Emergency Medicine, Swine, Miniature, medicine.symptom, Hypotension, business, medicine.drug
Abstract: International audience; The objective of this study was to determine the effects of a TREM (triggering receptor expressed on myeloid cells 1)-like transcript 1-derived peptide (LR12) administration during septic shock in pigs. Two hours after induction of a fecal peritonitis, anesthetized and mechanically ventilated adult male minipigs were randomized to receive LR12 (n = 6) or its vehicle alone (normal saline, n = 5). Two animals were operated and instrumented without the induction of peritonitis and served as controls (sham). Resuscitation was achieved using hydroxyethyl starch (up to 20 mL/kg) and norepinephrine infusion (up to 10 μg/kg per minute). Hemodynamic parameters were continuously recorded. Gas exchange, acid-base status, organ function, and plasma cytokines concentrations were evaluated at regular intervals until 24 h after the onset of peritonitis when animals were killed under anesthesia. Peritonitis induced profound hypotension, myocardial dysfunction, lactic acidosis, coagulation abnormalities, and multiple organ failure. These disorders were largely attenuated by LR12. In particular, cardiovascular failure was dampened as attested by a better mean arterial pressure, cardiac index, cardiac power index, and S(v)O(2), despite lower norepinephrine requirements. LR12, a TREM-like transcript 1-derived peptide, exhibits salutary properties during septic shock in adult minipigs.
Published: 2013
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17. Desulfovibrio spp. survive within KB cells and modulate inflammatory responses

Author: Bisson-Boutelliez, C, Massin, F., Dumas, D., Miller, N, Lozniewski, A., Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Service de cardiologie [Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Plate-forme Imagerie et Biophysique Cellulaire et Tissulaire (PTIBC-IBISA Nancy), Université Henri Poincaré - Nancy 1 (UHP), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], periodontal disease, invasion, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, cytokines, epithelial cells
Abstract: International audience
Published: 2010

18. Mycobacterium xenopi and Drinking Water Biofilms

Author: Laurence Mathieu, M. Albert, S. Andolfatto, M. Dailloux, Philippe Hartemann, C. Laurain, A. Lozniewski, Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy ( CHRU Nancy ), Service d'Étude et de Recherche en Environment et Santé, Université Henri Poincaré - Nancy 1 ( UHP ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Laboratoire d'Hydroclimatologie Médicale Santé Environnement, École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)
Subjects: Mycobacterium xenopi, Colony Count, Microbial, Fresh Water, Public Health Microbiology, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, Distribution system, 03 medical and health sciences, Water Supply, [ SDV.MP ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, parasitic diseases, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecology, biology, 030306 microbiology, Biofilm, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, 6. Clean water, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Fresh water, Biofilms, [ CHIM.MATE ] Chemical Sciences/Material chemistry, [SDE]Environmental Sciences, Bacteria, Food Science, Biotechnology
Abstract: The ability of Mycobacterium xenopi to colonize an experimental drinking water distribution system (a Propella reactor) was investigated. M. xenopi was present in the biofilm within an hour following its introduction. After 9 weeks, it was always present in the outlet water (1 to 10 CFU 100 ml −1 ) and inside the biofilm (10 2 to 10 3 CFU cm −2 ). Biofilms may be considered reservoirs for the survival of M. xenopi .
Published: 2003
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19. Mobile Insertion Cassette Elements Found in Small Non-Transmissible Plasmids in Proteeae May Explain qnrD Mobilization

Author: Christophe de Champs, Céline Cartier, Béatrice Berçot, Janick Madoux, Thomas Guillard, Véronique Vernet-Garnier, Anne-Laure Lebreil, Emmanuelle Cambau, Alain Lozniewski, Antoine Grillon, J. Riahi, Laboratoire de Bactériologie–Virologie-Hygiène Hospitalière, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Entérobactéries Résistance Acquise - EA 4687 (ERA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), AP-HP Groupe Hospitalier Lariboisière, Emergence de la résistance bactérienne in vivo (EA3964), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy], and Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)
Subjects: Evolutionary Genetics, Bacterial Diseases, Klebsiella pneumoniae, Proteus vulgaris, Salmonella-enterica, lcsh:Medicine, Escherichia-coli, Gene, Plasmid, Gene Order, lcsh:Science, Determinants, Genetics, 0303 health sciences, Multidisciplinary, biology, Klebsiella-pneumoniae, Providencia rettgeri, Mediated quinolone resistance, Enterobacteriaceae, Bacterial Pathogens, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Infectious Diseases, Medical Microbiology, Enterobacter Infections, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, Medicine, Research Article, Plasmids, Molecular Sequence Data, Providencia, Microbial Sensitivity Tests, Drosophila-melanogaster, Microbiology, Bacillus-cereus, 03 medical and health sciences, Genetic Mutation, Drug Resistance, Bacterial, Biology, 030304 developmental biology, Evolutionary Biology, Base Sequence, 030306 microbiology, lcsh:R, Bacteriology, biology.organism_classification, Proteus mirabilis, Genes, Bacterial, DNA Transposable Elements, lcsh:Q, Mobile genetic elements, Mirabilis, Population Genetics
Abstract: International audience; qnrD is a plasmid mediated quinolone resistance gene from unknown origin, recently described in Enterobacteriaceae. It encodes a pentapeptide repeat protein 36-60% different from the other Qnr (A, B, C, S and VC). Since most qnrD-positive strains were described as strains belonging to Proteus or Providencia genera, we hypothesized that qnrD originated in Proteeae before disseminating to other enterobacterial species. We screened 317 strains of Proteeae for qnrD and its genetic support by PCR. For all the seven qnrD-positive strains (4 Proteus mirabilis, 1 Proteus vulgaris and 2 Providencia rettgeri) the gene was carried onto a small non-transmissible plasmid, contrarily to other qnr genes that are usually carried onto large multi-resistant plasmids. Nucleotide sequences of the qnrD-bearing plasmids were 96% identical. Plasmids contained 3 ORFs apart from qnrD and belonged to an undescribed incompatibility group. Only one plasmid, in P. vulgaris, was slightly different with a 1,568-bp insertion between qnrD and its promoter, leading to absence of quinolone resistance. We sought for similar plasmids in 15 reference strains of Proteeae, but which were tested negative for qnrD, and found a 48% identical plasmid (pVERM) in Providencia vermicola. In order to explain how qnrD could have been inserted into such native plasmid, we sought for gene mobilization structures. qnrD was found to be located within a mobile insertion cassette (mic) element which sequences are similar to one mic also found in pVERM. Our conclusions are that (i) the small non-transmissible qnrD-plasmids described here may result from the recombination between an as-yet-unknown progenitor of qnrD and pVERM, (ii) these plasmids are maintained in Proteeae being a qnrD reservoir (iii) the mic element may explain qnrD mobilization from non-transmissible plasmids to mobilizable or conjugative plasmids from other Enterobacteriaceae, (iv) they can recombined with larger multiresistant plasmids conjugated in Proteeae.
Published: 2014
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20. [AA-type amyloidosis secondary to multidrug resistant pulmonary tuberculosis: implications for therapy].

Author: Baux E, Henard S, Alauzet C, Goehringer F, Laurain C, Champigneulle J, Vaillant P, Hardy A, Rabaud C, and May T
Subjects: Adult, Antitubercular Agents therapeutic use, Drug Therapy, Combination, Humans, Male, Tuberculosis, Multidrug-Resistant drug therapy, Tuberculosis, Pulmonary drug therapy, Amyloidosis etiology, Tuberculosis, Multidrug-Resistant complications, Tuberculosis, Pulmonary complications
Abstract: Multidrug resistant pulmonary tuberculosis was diagnosed to a 32-year-old man. An AA-amyloidosis was subsequently diagnosed on the renal biopsy performed for nephrotic syndrome and macroscopic hematuria. A 6-drug antibiotic treatment was delivered quickly after first results of genotypic antibiogram given the renal failure, and was secondarily adapted to the phenotypic antibiogram. Multidrug therapy was fairly well tolerated. Clinical and biological improving were slow. Although tuberculosis is a classic cause of amyloidosis, this is the first case reporting an association between a multidrug resistant case and an amyloidosis in adults. This case also raises the question of MDR probabilistic treatments in situations whether a vital organ prognosis is engaged., (Copyright © 2015 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.)
Published: 2015
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21. Mobile insertion cassette elements found in small non-transmissible plasmids in Proteeae may explain qnrD mobilization.

Author: Guillard T, Grillon A, de Champs C, Cartier C, Madoux J, Berçot B, Lebreil AL, Lozniewski A, Riahi J, Vernet-Garnier V, and Cambau E
Subjects: Base Sequence, Drug Resistance, Bacterial genetics, Enterobacteriaceae drug effects, Gene Order, Genes, Bacterial, Microbial Sensitivity Tests, Molecular Sequence Data, Plasmids chemistry, DNA Transposable Elements, Enterobacteriaceae genetics, Plasmids genetics
Abstract: qnrD is a plasmid mediated quinolone resistance gene from unknown origin, recently described in Enterobacteriaceae. It encodes a pentapeptide repeat protein 36-60% different from the other Qnr (A, B, C, S and VC). Since most qnrD-positive strains were described as strains belonging to Proteus or Providencia genera, we hypothesized that qnrD originated in Proteeae before disseminating to other enterobacterial species. We screened 317 strains of Proteeae for qnrD and its genetic support by PCR. For all the seven qnrD-positive strains (4 Proteus mirabilis, 1 Proteus vulgaris and 2 Providencia rettgeri) the gene was carried onto a small non-transmissible plasmid, contrarily to other qnr genes that are usually carried onto large multi-resistant plasmids. Nucleotide sequences of the qnrD-bearing plasmids were 96% identical. Plasmids contained 3 ORFs apart from qnrD and belonged to an undescribed incompatibility group. Only one plasmid, in P. vulgaris, was slightly different with a 1,568-bp insertion between qnrD and its promoter, leading to absence of quinolone resistance. We sought for similar plasmids in 15 reference strains of Proteeae, but which were tested negative for qnrD, and found a 48% identical plasmid (pVERM) in Providencia vermicola. In order to explain how qnrD could have been inserted into such native plasmid, we sought for gene mobilization structures. qnrD was found to be located within a mobile insertion cassette (mic) element which sequences are similar to one mic also found in pVERM. Our conclusions are that (i) the small non-transmissible qnrD-plasmids described here may result from the recombination between an as-yet-unknown progenitor of qnrD and pVERM, (ii) these plasmids are maintained in Proteeae being a qnrD reservoir (iii) the mic element may explain qnrD mobilization from non-transmissible plasmids to mobilizable or conjugative plasmids from other Enterobacteriaceae, (iv) they can recombined with larger multiresistant plasmids conjugated in Proteeae.
Published: 2014
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22. "Streptococcus mutans" group in human saliva. Distribution of the different species and susceptibility to antimicrobial agents.

Author: Lion C, Lozniewski A, Weissenbach M, and Weber M
Subjects: Adolescent, Bacterial Typing Techniques, Child, Drug Resistance, Microbial, Humans, Microbial Sensitivity Tests, Species Specificity, Streptococcus mutans classification, Streptococcus mutans genetics, Saliva microbiology, Streptococcus mutans isolation & purification
Published: 1997

23. [Comparative study of four commercialized serologic methods for the diagnosis of gastric Helicobacter pylori infection].

Author: Antoine C, Lozniewski A, De Korwin JD, Conroy MC, Feldman L, Duprez A, and Weber M
Subjects: Adolescent, Adult, Aged, Aged, 80 and over, Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, Female, Gastric Mucosa pathology, Helicobacter Infections microbiology, Helicobacter Infections pathology, Humans, Male, Middle Aged, Stomach Diseases microbiology, Stomach Diseases pathology, Gastric Mucosa microbiology, Helicobacter Infections diagnosis, Helicobacter pylori isolation & purification, Stomach Diseases diagnosis
Abstract: Objective: Four commercially available enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) were evaluated for serological diagnosis of Helicobacter pylori (H. pylori) infection in 79 untreated patients., Methods: Infection has been diagnosed in 40 patients, in whom culture and/or urease test and histopathology from antral biopsies, were positive for H. pylori., Results: Sensitivity (Se) and specificity (Sp) of these tests, calculated with indeterminate serological results (9 patients) classified as positive (ind +) or negative (ind -), were not statistically different: GAP-test (Bio-Rad), Se = 95% (ind +), 90% (ind -), Sp = 84.6% (ind +), 89.7% (ind -); Pylori-Stat (Biowhittaker), Se = 97.5% (ind + or -), Sp = 71.8% (ind +), 71.9% (ind -); Premier H. pylori (Biomedical Diagnostics), Se = 92.5% (ind +), 90% (ind -), Sp = 84.6% (ind +), 81.2% (ind -); Cobas-Core (Roche), Se = 92.5% (ind + or -), Sp = 76.9% (ind +), 79.5% (ind -). There was a strong correlation between mucosal inflammation and H. pylori status. Discrepancies between infectious status and at least one serology result were observed in 16 patients (11 H. pylori negative and 5 H. pylori positive patients)., Conclusion: These 4 tests are of equivalent diagnostic value. Thus, the selection of one of them should take into account cost and practicability.
Published: 1995

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23 results on '"Laboratoire de Bactériologie [CHU Nancy]"'

1. Invasive pneumococcal infections in France: Changes from 2009 to 2021 in antibiotic resistance and serotype distribution of Streptococcus pneumoniae based on data from the French Regional Pneumococcal Observatories network

2. A sequence database analysis of 5-nitroimidazole reductase and related proteins to expand knowledge on enzymes responsible for metronidazole inactivation

3. Hypergravity disrupts murine intestinal microbiota

4. A new mechanism to render clinical isolates ofEscherichia colinon-susceptible to imipenem: substitutions in the PBP2 penicillin-binding domain

5. nimH, a novel nitroimidazole resistance gene contributing to metronidazole resistance in Bacteroides fragilis

6. Erratum to 'Predominance of healthcare-associated cases among episodes of community-onset bacteraemia due to extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae' [International Journal of Antimicrobial Agents 49/1 67-73]

7. Comparison of Vitek MS and MALDI Biotyper for Identification of Actinomycetaceae of Clinical Importance

8. Amylose AA secondaire à une tuberculose pulmonaire multi-résistante : implications thérapeutiques

9. Discrimination between Native and Tn 6010 -Associated oqxAB in Klebsiella spp., Raoultella spp., and other Enterobacteriaceae by Using a Two-Step Strategy

10. Infected Abdominal Aortic Aneurysm Attributable to Haemophilus influenzae

11. Comparison of four commercial real-time PCR assays for detection of Mycobacterium tuberculosis complex, associated or not to detection of anti-tuberculosis drug-resistance genes

12. The phylum Deferribacteres and the genus Caldithrix

13. Comparaison des performances de quatre coffrets de PCR pour la détection du complexe tuberculeux associée ou non à la recherche de gènes de résistance aux antituberculeux

14. Comparaison des performances de six coffrets de PCR pour la détection d'agents impliqués dans les pneumopathies atypiques communautaires

15. Characterization of a New blaOXA-48-Carrying Plasmid in Enterobacteriaceae

16. Effects of a TREM-like transcript 1-derived peptide during hypodynamic septic shock in pigs

17. Desulfovibrio spp. survive within KB cells and modulate inflammatory responses

18. Mycobacterium xenopi and Drinking Water Biofilms

19. Mobile Insertion Cassette Elements Found in Small Non-Transmissible Plasmids in Proteeae May Explain qnrD Mobilization

20. [AA-type amyloidosis secondary to multidrug resistant pulmonary tuberculosis: implications for therapy].

21. Mobile insertion cassette elements found in small non-transmissible plasmids in Proteeae may explain qnrD mobilization.

22. "Streptococcus mutans" group in human saliva. Distribution of the different species and susceptibility to antimicrobial agents.

23. [Comparative study of four commercialized serologic methods for the diagnosis of gastric Helicobacter pylori infection].

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