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1. Extracts from Wallis Sponges Inhibit Vibrio harveyi Biofilm Formation

Author

Caudal, Flore, Rodrigues, Sophie, Dufour, Alain, Artigaud, Sébastien, Le Blay, Gwénaëlle, Petek, Sylvain, Bazire, Alexis, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
sponge extract, anti-biofilm activity, [SDV]Life Sciences [q-bio], marine natural products, Vibrio harveyi, biofilm
Abstract

International audience; Pathogenic bacteria and their biofilms are involved in many human and animal diseases and are a major public health problem with, among other things, the development of antibiotic resistance. These biofilms are known to induce chronic infections for which classical treatments using antibiotic therapy are often ineffective. Sponges are sessile filter-feeding marine organisms known for their dynamic symbiotic partnerships with diverse microorganisms and their production of numerous metabolites of interest. In this study, we investigated the antibiofilm efficacy of different extracts from sponges, isolated in Wallis, without biocidal activity. Out of the 47 tested extracts, from 28 different genera, 11 showed a strong activity against Vibrio harveyi biofilm formation. Moreover, one of these extracts also inhibited two quorum-sensing pathways of V. harveyi.

Published
2023
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2. Identification of the quorum sensing signal of the opportunistic pathogen inducing bleaching disease in the red macroalga Halymenia floresii holobiont

Author

Shareen A Abdul Malik, Mahasweta Saha, Laure Taupin, Gilles Bedoux, Nathalie Bourgougnon, Daniel Robledo, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], General Engineering
Abstract

Seaweed surface provides a suitable substratum for the settlement of microorganisms (bacteria, viruses, and plankton). These microbial partners may have either beneficial or detrimental effects on the host since surface microbiota can act either as a protective layer to the macroalgae (symbiotic beneficial relations) or, under changing environmental conditions, the microbial equili-brium may shift to a detrimental, pathogenic state thus inducing diseases in the host. In commer-cial aquaculture, seaweed diseases feature a growing concern. Pathogenicity of microorganisms that infect algal hosts is closely related to the release of virulence factors and the formation of biofilms, both of which are regulated by Quorum Sensing (QS). The main focus of this study is to determine the pathogenicity of the surface-associated bacteria of Halymenia floresii, a carrageenophyte that originated from distinct habitats. Twenty-five bacterial species isolated from the surface of H. floresii were individually tested for tip bleaching assay to evaluate their potential pathogenicity. Ten isolates significantly reduced the risk of tip bleaching in H. floresii and were designated as “significantly non-pathogenic”. Vibrio owensii was identified as a “significant pathogen” inducing bleaching disease in H. floresii. By using LC-MS, we here identified its HomoSerine Lactones (HSL) QS signal, as a C4-HSL (short-chain). This study thus suggests a possible involvement of QS signal (short-chain) in the disease-inducing bacterium from the aquaculture ponds (an integrated multitrophic aquaculture system). This study firstly reports on the surface-associated bacteria of a lambda-carrageenophyte. This study must contribute to the development of dedicated strategies for disease control based on HSL disruption in aquaculture.

Published
2022
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3. Monitoring de la croissance de bactéries / biofilms bactériens via une sonde coaxiale

Author

Longo, Matthieu, Rioual, Stéphane, Talbot, Philippe, Fay, Fabienne, Hellio, Claire, Lescop, Benoît, Equipe Smart Materials and Related Technologies (Lab-STICC_SMART), Laboratoire des sciences et techniques de l'information, de la communication et de la connaissance (Lab-STICC), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, [SDE]Environmental Sciences
Abstract

International audience;  Le but de ce travail est de développer une sonde radiofréquence pour le suivi du développement de bactéries et/ou de biofilm bactérien. Il s'agit d'une sonde coaxiale ouverte plongée dans un réservoir rempli d'une solution. Des simulations HFSS ont été effectuées afin de vérifier la faisabilité de la sonde. Le suivi de la prolifération de deux bactéries modèles a été testé avec succès. La détermination de la présence d'un biofilm est aussi possible. Ces suivis peuvent être obtenus à une fréquence unique permettant un suivi temps réel à faible coût.

Published
2023

4. Brown Seaweed Sargassum-Based Sorbents for the Removal of Cr(III) Ions from Aqueous Solutions

Author

Natalia Niedzbała, Katarzyna Dziergowska, Maja Wełna, Anna Szymczycha-Madeja, Jacek Chęcmanowski, Nathalie Bourgougnon, Izabela Michalak, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Process Chemistry and Technology, seaweed, Cr(III) ions sorption, [SDE]Environmental Sciences, nanoparticles biosynthesis, extraction, Chemical Engineering (miscellaneous), Bioengineering, wastewater
Abstract

International audience; In this study, zinc oxide nanoparticles (ZnO NPs) were biosynthesized with the use of an extract derived from seaweed (Sargassum sp.) and used as a sorbent for the removal of Cr(III) ions from wastewater. The biosorption properties of the seaweed itself as well as of the post-extraction residue were investigated for comparison. ZnO NPs were characterized with UV–vis, ICP-OES, FTIR, XRD, and SEM techniques. The sorption capacity of the (bio)sorbents was investigated as a function of contact time at different pH values and initial concentrations of metal ions. Sorption kinetics and isotherms were studied in order to comprehend the sorption nature and mechanism. The sorption kinetic data were well-fitted with the pseudo-second-order model, and the highest sorption capacity was calculated for ZnO NPs (137 mg/g), whereas those calculated for Sargassum sp. (82.0 mg/g) and the post-extraction residue (81.3 mg/g) were comparable (at pH 5 and 300 mg of Cr(III) ions/L). The adsorption isotherms for all sorbents were well described using the Langmuir model. According to these findings, ZnO NPs were superior to the sorption properties of the tested biosorbents and can be used as a potential sorbent for the removal of metal ions from wastewater. Renewable seaweed biomass can be used for the sustainable biosynthesis of nanoparticles used for environmental protection.

Published
2023
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5. Design of Polyhydroxyalkanoate (PHA) Microbeads with Tunable Functional Properties and High Biodegradability in Seawater

Author

Eric Balnois, Anthony Magueresse, Chloé Volant, Stéphane Bruzaud, Guillaume Vignaud, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
chemistry.chemical_classification, Materials science, Environmental Engineering, Polymers and Plastics, Polymer, 02 engineering and technology, Biodegradation, 010402 general chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, 01 natural sciences, Polyhydroxyalkanoates, Amorphous solid, 0104 chemical sciences, chemistry.chemical_compound, chemistry, Polylactic acid, Chemical engineering, Surface roughness, Materials Chemistry, Degradation (geology), [CHIM]Chemical Sciences, sense organs, Cellulose, 0210 nano-technology
Abstract

Commercial poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyvalerate) (PHBHV) and poly(3-hydroxybutyrate-co-3-hydroxyhexanoate) (PHBHHx) were used to prepare microbeads, with diameter ranging from 50 to 100 µm, by an emulsion-evaporation process. The properties of the beads reveal that the elaboration process enables the formation of spherical particles, that the crystallinity of the former polymer is not altered during the process and that the surface roughness of the particles can be tuned by changing the nature of the lateral chain in the PHA structure, in good correlation with its crystalline behavior. The mechanical properties of the different PHA beads are also found to be intimely linked with the crystalline content of the beads, with modulus varying between 1 to 7 GPa. All these properties are also governing the degradation behavior of these materials, as tested under marine environment. With a rapid degradation, similar to cellulose, and a degradation rate correlated with the crystalline content, these results emphasize the interest in developing PHA materials with tunable functions and degradation properties.

Published
2021
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6. Biofuel Production from Seaweeds: A Comprehensive Review

Author

Yiru Zhao, Nathalie Bourgougnon, Jean-Louis Lanoisellé, Thomas Lendormi, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Control and Optimization, Renewable Energy, Sustainability and the Environment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Energy Engineering and Power Technology, Building and Construction, Electrical and Electronic Engineering, Engineering (miscellaneous), Energy (miscellaneous)
Abstract

International audience; Seaweeds represent a promising and sustainable feedstock for biofuel production which raises increasing research interests. Their high availability, easy fermentable composition, and good degradation potential make them a suitable candidate for alternating fossil fuels as an advantageous energy resource. This comprehensive review aims to summarize and discuss data from the literature on the biochemical composition of seaweeds and its potential for biomethane and biohydrogen production, as well as to investigate the effect of the common pretreatment methods. Satisfactory yields comparable to terrestrial biomass could be obtained through anaerobic digestion; concerning dark fermentation, the challenge remains to better define the operating conditions allowing a stable production of biohydrogen. Finally, we propose a potential energy production scheme with the seaweed found by the Caribbean Islands of Guadeloupe and Martinique, as well as current techno-economic challenges and future prospects. An annual energy potential of 66 GWh could be attained via a two-stage biohythane production process, this tends to be promising in terms of energetic valorization and coastal management.

Published
2022
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7. Enzyme-assisted extraction of red seaweed Solieria chordalis (C.Agardh) J. Agardh 1842—the starting point for the production of biostimulants of plant growth and biosorbents of metal ions

Author

Olivia Spain, Kevin Hardouin, Nathalie Bourgougnon, Izabela Michalak, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Renewable Energy, Sustainability and the Environment, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

The underexploited biomass of red seaweed Solieria chordalis (C.Agardh) J.Agardh 1842 represents a potential source for biotechnological development. Extracts obtained from S. chordalis by enzyme-assisted extraction using Protamex® and Neutrase® were evaluated as potential biostimulants of plant growth. Additionally, this alga, as well as post-extraction residues, were examined as biosorbents of metal ions. The biostimulant properties of different concentrations of algal extracts (20, 40, 60, 80, 100%) were tested in vitro on radish seeds. Chlorophyll content, plant weight, and height were measured for each experimental group. For all tested concentrations, the plants demonstrated higher chlorophyll content and were higher and heavier than the control group, showing that enzyme extracts could be used as efficient biostimulants. The biosorption properties of seaweed and post-extraction residues were tested on Cr(III) ions for different experimental conditions—pH, initial metal ion concentration, and biosorbent dosage. The maximum biosorption capacity of S. chordalis was 48.1 mg/g, for the post-extraction residue obtained with Protamex®, 47.6 mg/g, and Neutrase®, 50.5 mg/g. The binding of Cr(III) ions to the surface of biosorbents was confirmed by FT-IR analysis. Good biosorption properties of tested materials can be used in the production of novel components of fertilizers or biosorbents for wastewater treatment. In this paper, it was shown that waste biomass of S. chordalis can be turned into valuable bio-products using environmental-friendly technologies.

Published
2022
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8. Sulfated Polysaccharides from Seaweed Strandings as Renewable Source for Potential Antivirals against Herpes simplex Virus 1

Author

Hugo Pliego-Cortés, Kévin Hardouin, Gilles Bedoux, Christel Marty, Stéphane Cérantola, Yolanda Freile-Pelegrín, Daniel Robledo, Nathalie Bourgougnon, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines, Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], Drug Discovery, Pharmaceutical Science, Ulva sp, Sargassum muticum, Halymenia floresii, Solieria chordalis, red seaweed, Vero cells, Herpes simplex virus, polysaccharides, Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics (miscellaneous)
Abstract

International audience; Herpes simplex virus 1 (HSV-1) remains a prominent health concern widespread all over the world. The increasing genital infections by HSV-1 that might facilitate acquisition and transmission of HIV-1, the cumulative evidence that HSV-1 promotes neurodegenerative disorders, and the emergence of drug resistance signify the need for new antiviral agents. In this study, the in vitro anti-herpetic activity of sulfated polysaccharides (SPs) extracted by enzyme or hot water from seaweeds collected in France and Mexico from stranding events, were evaluated. The anti-herpetic activity evaluation of the semi-refined-polysaccharides (sr-SPs) and different ion exchange purified fractions showed a wide range of antiviral activity. Among them, the sr-SPs from the Rhodophyta Halymenia floresii showed stronger activity EC50 0.68 μg/mL with SI 1470, without cytotoxicity. Further, the antiviral activity of the sr-SPs evaluated at different treatment schemes showed a high EC50 of 0.38 μg/mL during the viral adsorption assays when the polysaccharide and the virus were added simultaneously, whilst the protection on Vero cell during the post-infection assay was effective up to 1 h. The chemical composition, FTIR and 1H NMR spectroscopic, and molecular weights of the sr-SPs from H. floresii were determined and discussed based on the anti-herpetic activity. The potential utilization of seaweed stranding as a source of antiviral compounds is addressed.

Published
2022
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9. Pseudoalteromonas ostreae sp. nov., a new bacterial species harboured by the flat oyster Ostrea edulis

Author

Amine M. Boukerb, Olivier Lesouhaitier, Yannick Fleury, Leila Parizadeh, Héléna Cuny, Camille Jégou, Clément Offret, Alexis Bazire, Patrick Le Chevalier, Benjamin Brillet, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0106 biological sciences, 0303 health sciences, Oyster, biology, Strain (chemistry), [SDV]Life Sciences [q-bio], Context (language use), General Medicine, Phenotypic trait, biology.organism_classification, 16S ribosomal RNA, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Microbiology, 03 medical and health sciences, Pseudoalteromonas, biology.animal, Ostrea edulis, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Bacteria, 030304 developmental biology
Abstract

Three bacterial strains, named hOe-66T, hOe-124 and hOe-125, were isolated from the haemolymph of different specimens of the flat oyster Ostrea edulis collected in Concarneau bay (Finistère, France). These strains were characterized by a polyphasic approach, including (i) whole genome analyses with 16S rRNA gene sequence alignment and pangenome analysis, determination of the G+C content, average nucleotide identity (ANI), and in silico DNA–DNA hybridization (isDDH), and (ii) fatty acid methyl ester and other phenotypic analyses. Strains hOe-66T, hOe-124 and hOe-125 were closely related to both type strains Pseudoalteromonas rhizosphaerae RA15T and Pseudoalteromonas neustonica PAMC 28425T with less than 93.3% ANI and 52.3% isDDH values. Regarding their phenotypic traits, the three strains were Gram-negative, 1–2 µm rod-shaped, aerobic, motile and non-spore-forming bacteria. Cells grew optimally at 25 °C in 2.5% NaCl and at 7–8 pH. The most abundant fatty acids were summed feature 3 (C16:1 ω7c/C16:1 ω6c), C16:0 and C17:1 ω8c. The strains carried a genome average size of 4.64 Mb and a G+C content of 40.28 mol%. The genetic and phenotypic results suggested that strains hOe-66T, hOe-124 and hOe-125 belong to a new species of the genus Pseudoalteromonas . In this context, we propose the name Pseudoalteromonas ostreae sp. nov. The type strain is hOe-66T (=CECT 30303T=CIP 111911T).

Published
2021
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10. Mathematical Modeling of Air Impingement Drying of the Brown Algae Sargassum muticum (Fucales)

Author

Pascal Morançais, Virginie Boy, Jean-Louis Lanoisellé, Jeanne Le Loeuff, Nathalie Bourgougnon, Thibaut Colinart, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0106 biological sciences, biology, Chemistry, General Chemical Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], 04 agricultural and veterinary sciences, General Chemistry, biology.organism_classification, 040401 food science, 01 natural sciences, Industrial and Manufacturing Engineering, Brown algae, 0404 agricultural biotechnology, 010608 biotechnology, Environmental chemistry, Air drying, Sorption isotherm, Sargassum muticum, Fucales, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021
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11. Inter-Kingdom Signaling of Stress Hormones: Sensing, Transport and Modulation of Bacterial Physiology

Author

Mohamed Zommiti, Rikki Knowlton, Ouiza Mesguida, Mélyssa Cambronel, Marc G. J. Feuilloley, Sophie Rodrigues, Nathalie Connil, Amine M. Boukerb, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Microbiology (medical), [SDV]Life Sciences [q-bio], Virulence, Physiology, Review, medicine.disease_cause, Microbiology, 03 medical and health sciences, Immune system, stress hormones, medicine, Escherichia coli, sensing, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Biofilm, biology.organism_classification, Vibrio, QR1-502, bacterial physiology, Salmonella enterica, transport, catecholamines, Bacteria, Hormone
Abstract

Prokaryotes and eukaryotes have coexisted for millions of years. The hormonal communication between microorganisms and their hosts, dubbed inter-kingdom signaling, is a recent field of research. Eukaryotic signals such as hormones, neurotransmitters or immune system molecules have been shown to modulate bacterial physiology. Among them, catecholamines hormones epinephrine/norepinephrine, released during stress and physical effort, or used therapeutically as inotropes have been described to affect bacterial behaviors (i.e., motility, biofilm formation, virulence) of various Gram-negative bacteria (e.g., Escherichia coli, Salmonella enterica serovar Typhimurium, Pseudomonas aeruginosa, Vibrio sp.). More recently, these molecules were also shown to influence the physiology of some Gram-positive bacteria like Enterococcus faecalis. In E. coli and S. enterica, the stress-associated mammalian hormones epinephrine and norepinephrine trigger a signaling cascade by interacting with the QseC histidine sensor kinase protein. No catecholamine sensors have been well described yet in other bacteria. This review aims to provide an up to date report on catecholamine sensors in eukaryotes and prokaryotes, their transport, and known effects on bacteria.

Published
2021
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12. Antifouling properties of amphiphilic poly(3-hydroxyalkanoate): an environmentally-friendly coating

Author

Isabelle Linossier, A Guennec, Estelle Renard, Valérie Langlois, E Balnois, Fabienne Faÿ, G Q Chen, Karine Vallée-Réhel, L Brelle, Christelle Simon-Colin, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Chimie et des Matériaux Paris-Est (ICMPE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)

Subjects
Materials science, Biofouling, Polymers, Surface Properties, 02 engineering and technology, Aquatic Science, engineering.material, 010402 general chemistry, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, Polyethylene Glycols, chemistry.chemical_compound, Coating, Amphiphile, Copolymer, [CHIM]Chemical Sciences, Phaeodactylum tricornutum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Water Science and Technology, Diatoms, biology, Polydimethylsiloxane, 021001 nanoscience & nanotechnology, biology.organism_classification, Environmentally friendly, 6. Clean water, 0104 chemical sciences, chemistry, Chemical engineering, engineering, Biopolymer, 0210 nano-technology
Abstract

The development of biofouling is a major problem for marine industries. The conception of antifouling and fouling release coatings, with controlled physical-chemical properties is a promising strategy. Among them, amphiphilic systems, such as those composed of a hydrophobic polydimethylsiloxane matrix and a hydrophilic polyethyleneglycol additive are the most efficient and up to date. Despite their effectiveness, these systems are questioned due to the petrochemical origin of PDMS. The aim of this project was to substitute the PDMS matrix with a biopolymer, poly(3-hydroxybuyrate-co-3-hydroxyvalerate) and to improve its anti-adhesion properties through the elaboration of an amphiphilic system, via the addition of PEG or PHBHHx-b-PEG copolymer. The results, including the physico-chemical properties of PHBHV based coatings and static adhesion tests on a marine bacterium, Bacillus 4J6 and a diatom, Phaeodactylum tricornutum are compared with those of PDMS and PEG-modified PDMS coatings. Real antiadhesion activity was obtained for the PHBHV/PHBHHx-b-PEG system for a promising eco-friendly strategy.

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2021
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13. Cinnamomum cassia and Syzygium aromaticum Essential Oils Reduce the Colonization of Salmonella Typhimurium in an In Vivo Infection Model Using Caenorhabditis elegans

Author

Emmanuel Duteil, Marie Lang, Aude Montjarret, Gilles Bedoux, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Salmonella, [SDV]Life Sciences [q-bio], Pharmaceutical Science, Organic chemistry, medicine.disease_cause, Caenorhabditis elegans, swimming motility, Article, Analytical Chemistry, 03 medical and health sciences, QD241-441, Cassia, In vivo, Drug Discovery, medicine, Food science, Physical and Theoretical Chemistry, essential oils, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, feed additives, Salmonella Typhimurium, biology, colonization assay, 030306 microbiology, Chemistry, biology.organism_classification, Nematode, Chemistry (miscellaneous), Syzygium, Toxicity, Molecular Medicine, Cinnamomum
Abstract

The regulation of intestinal colonization in livestock by means of non-bactericidal additives is an important management lever for zoonotic bacteria such as Salmonella spp. Caenorhabditis elegans is proposed here as a model for the evaluation of five essential oils (EOs) as anti-colonization products against Salmonella Typhimurium. An evaluation of the toxicity of EOs for C. elegans showed LD50 values ranging from 74.5 ± 9.6 µg/mL for Cinnamomum cassia (CEO) to 271.6 ± 14.9 µg/mL for Syzygium aromaticum (SyEO). Both EOs significantly inhibited bacterial colonization in the digestive tract of C. elegans with reductions of 0.88 and 0.70 log CFU/nematode at nontoxic concentrations of 50 µg/mL and 150 µg/mL, respectively. With the minimal bactericidal concentrations of CEO and SyEO against S. Typhimurium being 312.5 µg/mL and 625 µg/mL, respectively, an antibacterial effect can be excluded to explain the inhibition of the bacterial load. The anti-colonizing activity of these two EOs could, however, be related to an inhibition of the swimming motility, which was significantly reduced by 23.47% for CEO at 50 µg/mL and 19.56% for SyEO at 150 µg/mL. This study shows the potential of C. elegans as a predictive in vivo model of anti-colonizing activities that is suitable for the evaluation of essential oils.

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2021
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14. Poly- and Oligosaccharide Ulva sp. Fractions from Enzyme-Assisted Extraction Modulate the Metabolism of Extracellular Matrix in Human Skin Fibroblasts: Potential in Anti-Aging Dermo-Cosmetic Applications

Author

Thomas Latire, Nicolas Lebonvallet, Raphael Leschiera, Gilles Bedoux, Claudie Le Goff-Pain, Mathilde Fournière, Nathalie Bourgougnon, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines, Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire sur les interactions Epithéliums Neurones (LIEN), and Université de Brest (UBO)

Subjects
0106 biological sciences, Proteomics, collagen, matrix metalloproteinase, [SDV]Life Sciences [q-bio], extracellular matrix, Pharmaceutical Science, Oligosaccharides, Human skin, Cosmetics, Matrix (biology), Polysaccharide, 01 natural sciences, Article, Dermal fibroblast, Extracellular matrix, Glycosaminoglycan, 03 medical and health sciences, Ulva, Polysaccharides, Drug Discovery, Humans, Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics (miscellaneous), lcsh:QH301-705.5, Cells, Cultured, 030304 developmental biology, Cell Proliferation, Skin, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, Ulva sp, Gene Expression Profiling, Biological activity, Oligosaccharide, Fibroblasts, human dermal fibroblast, Skin Aging, chemistry, Biochemistry, lcsh:Biology (General), seaweed, Matrix Metalloproteinase 1, 010606 plant biology & botany
Abstract

Ulva sp. is known to be a source of bioactive compounds such as ulvans, but their biological activity on human dermal fibroblast extracellular matrix (ECM) is poorly reported. In this work, the regulation of ECM has been investigated for the first time at both proteomic and transcriptomic levels in normal human skin dermal fibroblasts, after 48 h of incubation with poly- and oligosaccharide fractions from Ulva sp. obtained after enzyme-assisted extraction and depolymerization. Cell proliferation enhancement (up to +68%) without exhibiting any cytotoxic effect on fibroblasts was demonstrated at 50 and 1000 µg/mL by both fractions. At the proteomic level, polysaccharide fractions at 1000 µg/mL enhanced the most the synthesis of glycosaminoglycans (GAGs, up to +57%), total collagen, especially types I (up to +217%) and III, as well as the synthesis and activity of MMP-1 (Matrix Metalloproteinase-1, up to +309%). In contrast, oligosaccharide fractions had no effect on GAGs synthesis but exhibited similarities for collagens and MMP-1 regulation. At the transcriptomic level, the decrease of COL1A1 and COL1A2 expression, and increase of COL3A1 and MMP-1 expression, confirmed the modulation of ECM metabolism by both fractions. Our research emphasizes that poly- and oligosaccharide Ulva sp. fractions exhibit interesting biological activities and supports their potential use in the area of skin renewal for anti-aging dermo-cosmetic applications.

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2021
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15. Anti-Herpes simplex virus (HSV-1) activity and antioxidant capacity of carrageenan-rich enzymatic extracts from Solieria filiformis (Gigartinales, Rhodophyta)

Author

Madera-Santana Tomás, Bedoux Gilles, Bourgougnon Nathalie, Peñuela Ana, Freile-Pelegrin Yolanda, Robledo Daniel, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Antioxidant, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], Carbohydrase, Herpesvirus 1, Human, 02 engineering and technology, Carrageenan, Polysaccharide, Antiviral Agents, Biochemistry, Antioxidants, Hydrolysate, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Phenols, Picrates, Polysaccharides, Structural Biology, medicine, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, ABTS, Protease, biology, Plant Extracts, Biphenyl Compounds, General Medicine, 021001 nanoscience & nanotechnology, chemistry, Rhodophyta, biology.protein, 0210 nano-technology
Abstract

Solieria filiformis has been reported to have molecules with various biological activities. In this study we used environmentally friendly extraction methods, such as enzyme-assisted extraction (EAE), as a first step to obtain bioactive compounds from this species. Five combinations of protease (PRO) and carbohydrase (AMG) were utilized (1:0, 0:1, 2:1, 1:1, 1:2 PRO:AMG) to obtain Water Soluble Enzymatic Hydrolysates (WSEHs). Extraction yields, biochemical and structural characterization, as well as in vitro activity against Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) and antioxidant capacities were determined. All PRO:AMG combinations significantly improved yields. EAE yielded heterogeneous extracts rich in iota-carrageenan and phenols, as confirmed by FTIR spectra. The highest antiherpetic activity (EC50 4.5 ± 0.4 μg mL−1) was found in the WSEHs obtained under 2:1 PRO:AMG. At this combination high antioxidant capacity was also obtained for ABTS (2,2′-Azino-Bis-3-ethylbenzoThiazoline-6-Sulfonic acid) radical scavenging activity and Ferric Reducing Antioxidant Power (FRAP). These could probably play a synergistic role associated to the strong antiviral activity obtained. These results suggest that 2:1 PRO:AMG could be effective in promoting the hydrolytic breakdown of high MW polysaccharides, contributing to the improvement of WSEHs bioactivity. Although Solieria filiformis WSEHs showed promising results, further research, including separation and purification techniques are needed.

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2021
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16. Food sources, digestive efficiency and resource allocation in the sea cucumber Holothuria forskali (Echinodermata: Holothuroidea): Insights from pigments and fatty acids

Author

Hélène Laguerre, Gwen Herault, Cédric Hubas, Théo Bordelet, Frank David, Nadia Ameziane, Aicha Badou, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station de Biologie Marine de Concarneau, Direction générale déléguée à la Recherche, à l’Expertise, à la Valorisation et à l’Enseignement-Formation (DGD.REVE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)

Subjects
0106 biological sciences, 0303 health sciences, Holothuria forskali, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, Aquatic Science, biology.organism_classification, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Sea cucumber, Botany, [SDE]Environmental Sciences, Resource allocation, 14. Life underwater, 030304 developmental biology
Abstract

International audience; Various research projects in Europe and North Africa have recently intended to breed temperate holothurians to alleviate fishing pressure on natural populations. However, to date little is known about the nutritional requirements of East Atlantic and Mediterranean species. In this study, we propose a “natural population”‐oriented approach to characterize food sources, digestive efficiency and resources allocation based on the composition of pigments and fatty acids (FA) in gut contents and tissues (muscles, gonads and digestive tract walls) of wild individuals of the species Holothuria (Panningothuria) forskali (Delle Chiaje, 1823) sampled in Brittany (France). Our study reveals that neither green nor red algae enter the diet of H. forskali in spring and that the only fresh vegetal material found in gut contents is brown algae (very likely diatoms). The high nutritional quality of gut contents however contrasts with the detrital nature of the ingested food sources, suggesting that a trophic upgrading of organic matter occurs before digestion. In addition, unusual FA (i.e. only present in a few groups of living species) such as long‐chain monounsaturated FA (especially the FA 23:1ω9) were found in large proportions in muscles and gonad and their effect on sea cucumber fitness needs further investigation.

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2020
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17. An Analysis of the Nutritional and Health Values of Caulerpa racemosa (Forsskål) and Ulva fasciata (Delile)—Two Chlorophyta Collected from the Philippines

Author

Magdugo, Rexie, Terme, Nolwenn, Lang, Marie, Pliego-Cortés, Hugo, Marty, Christel, Hurtado, Anicia, Bedoux, Gilles, Bourgougnon, Nathalie, Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), and Université de Bretagne Sud (UBS)

Subjects
lipids, amino acids, [SDV]Life Sciences [q-bio], human food, biological activities, green seaweeds, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; Polysaccharides, lipids and amino acid profiles were investigated to understand the nutritional value of Caulerpa racemosa and Ulva fasciata from the Philippines. The results revealed that both species contain high amounts of proteins (8.8-19.9% for C. racemosa and 8.0-11.1% for U. fasciata). The portions of the total amino acids that were essential amino acids (EAAs) (45.28 ± 0.12% for C. racemosa and 42.17 ± 0.12% for U. fasciata) out were comparable to FAO/WHO requirements. Leucine, valine, isoleucine, and lysine are the dominant EAAs in C. racemosa, while leucine, valine, lysine, and phenylalanine are those in U. fasciata. The fatty acid profiles are dominated by monounsaturated fatty acids and polyunsaturated fatty acids in C. racemosa (56.2%), while saturated fatty acids (72.1%) are dominant in U. fasciata. High C18/C20 polyunsaturated fatty acid ratios were recorded in both species. Mineral contents for both seaweeds were within levels considered safe for functional foods. Total pigment content of C. racemosa (140.84 mg/g dw) was almost 20 times higher than that of U. fasciata (7.54 mg/g dw). Hot water extract (HWE) from C. racemosa showed in vitro antiherpetic activity without cytotoxicity. Nutritional characteristics confirmed that C. racemosa could be potentially used as a nutritious and functional food items for human consumption.

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2020
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18. Chemical defense against microfouling by allelopathic active metabolites of Halymenia floresii (Rhodophyta)

Author

A Abdul Malik, Shareen, Bedoux, Gilles, Robledo, Daniel, García-Maldonado, José, Freile-Pelegrín, Yolanda, Bourgougnon, Nathalie, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), and Université de Bretagne Sud (UBS)

Subjects
[SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

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2020
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19. Draft Genome Sequences of Four Pseudomonas aeruginosa Clinical Strains with Various Biofilm Phenotypes

Author

Olivier Lesouhaitier, Albane Jouault, Emeline Bouffartigues, Alexis Bazire, Elise Persyn, Emilie Portier, Amine M. Boukerb, Sylvie Chevalier, Jocelyne Caillon, Erwan Pernet, Alain Dufour, Marjolaine Simon, Marc G. J. Feuilloley, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Thérapeutiques cliniques et expérimentales des infections (EA 3826) (EA 3826), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), and Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)

Subjects
congenital, hereditary, and neonatal diseases and abnormalities, 0303 health sciences, Pseudomonas aeruginosa, Genome Sequences, Biofilm, Biology, medicine.disease_cause, medicine.disease, Genome, C content, Phenotype, Cystic fibrosis, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 3. Good health, Microbiology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Immunology and Microbiology (miscellaneous), Genetics, medicine, Molecular Biology, Genome size, 030217 neurology & neurosurgery, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract

Biofilms produced by Pseudomonas aeruginosa present a serious threat to cystic fibrosis patients. Here, we report the draft genome sequences of four cystic fibrosis isolates displaying various mucoid and biofilm phenotypes. The estimated average genome size was about 6,255,986 ± 50,202 bp with a mean G+C content of 66.52 ± 0.06%.

Published
2020
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20. Bioactivity of compounds secreted by symbiont bacteria of Nudibranchs from Indonesia

Author

Kristiana, Rhesi, Bedoux, Gilles, Pals, Gerard, Mudianta, I. Wayan, Taupin, Laure, Marty, Christel, Asagabaldan, Meezan Ardhanu, Ayuningrum, Diah, Trianto, Agus, Bourgougnon, Nathalie, Radjasa, Ocky Karna, Sabdono, Agus, Hanafi, Muhammad, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Clinical Genetics, VU University Medical Center [Amsterdam], Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), and Université de Bretagne Sud (UBS)

Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

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2020
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21. Isolation and characterisation of an enterocin P-producing Enterococcus lactis strain from a fresh shrimp (Penaeus vannamei)

Author

Patrick Le Chevalier, Taoufik Ghrairi, Paola Cremonesi, Yannick Fleury, Omrane Bel Hadj, Khaled Hani, Olfa Ben Braïek, Stefano Morandi, Hamdi Ghomrassi, Université de Sousse, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de biochimie, Faculté de médecine de Sousse [Ibn EL Jazzar], Institut Supérieur des Sciences et Technologies de l'Environnement, Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)

Subjects
0301 basic medicine, Antibiotic resistance, Bacteriocin, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Virulence, medicine.disease_cause, Microbiology, 03 medical and health sciences, Bacteriocins, Penaeidae, Listeria monocytogenes, RNA, Ribosomal, 16S, Lactic acid bacteria, medicine, Animals, Antibiotic resistance Bacteriocin Enterococcus lactis Lactic acid bacteria Shrimps Virulence factors, Molecular Biology, Virulence factors, Strain (chemistry), biology, food and beverages, General Medicine, biology.organism_classification, Biopreservation, Enterococcus, Lactococcus garvieae, Enterococcus lactis, Shrimps, Bacteria
Abstract

International audience; Screening for lactic acid bacteria (LAB) from fresh shrimp samples (Penaeus vannamei) collected from retail seafood markets in the Tunisian's coast, resulted in the isolation of an Enterococcus strain termed Q1. This strain was selected for its antagonistic activity against pathogenic bacteria such as Listeria monocytogenes, Pseudomonas aeruginosa, Lactococcus garvieae and against fungi (Aspergillus niger and Fusarium equiseti). The Q1 strain was characterised using standard morphological and biochemical tests, growth assays at different temperatures, pH and salinity. 16S rRNA, rpoA and pheS gene sequencing, as well as the 16S-23S rRNA intergenic spacer analyses, were combined to identify strain Q1 as a strain of Enterococcus lactis. The bacteriocin produced by E. lactis Q1 is thermostable, active in the pH range from 4.0 to 9.0 and has a bactericidal mode of action. The enterocin P structural gene was detected by specific PCR in strain E. lactis Q1, which is in good agreement with SDS-PAGE data of the purified bacteriocin. A lack of significant antibiotic resistance genes and virulence determinants was confirmed by specific PCRs. This work provides the first description of an enterocin P producer E. lactis strain isolated from a fresh shrimp. Based on its safety properties (absence of haemolytic activity, virulence factors and antibiotic resistance genes), this strain has the potential to be used as a natural additive or adjunct protective culture in food biopreservation and/or probiotic culture.

Published
2017
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22. Some Cheilostomata (Bryozoa) from the Java Sea, central Indonesian Archipelago, with a description of Pleurocodonellina jeparaensis n. sp. (Smittinidae)

Author

Nathalie Bourgougnon, Meezan Ardhanu Asagabaldan, Gilles Bedoux, Rhesi Kristiana, Ocky Karna Radjasa, Agus Sabdono, A. Magueresse, Agus Trianto, Prastyo Abi Widyananto, Diah Ayuningrum, Sakti Imam Muchlissin, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud (UBS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche Dupuy de Lôme (IRDL), and Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0106 biological sciences, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Java, 010607 zoology, Intertidal zone, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Bryozoa, Smittinidae, Poricellariidae, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Gymnolaemata, Lepraliellidae, [CHIM]Chemical Sciences, Animalia, Animals, 14. Life underwater, Bivalve shell, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, computer.programming_language, Taxonomy, Cheilostomatida, Phidoloporidae, Islands, biology, Ecology, National park, Cheilostomata, Onychocellidae, Water, Biodiversity, biology.organism_classification, Bivalvia, Indonesia, Animal Science and Zoology, Bay, computer, Candidae
Abstract

The Java Sea region has a high diversity of marine organisms of interest to scientists and tourists alike. Neglected among this diversity are intertidal bryozoans, relatively few of which have been reported from this area. Here we describe six species, one of which is new to science. These were collected from three shallow-water localities—Karimunjawa Marine National Park, Awur Bay and Panjang Island—in the south-central part of the sea. The five known species belong to the families Candidae, Poricellariidae, Onychocellidae, Lepraliellidae, and Phidoloporidae. The new species, Pleurocodonellina jeparaensis n. sp. (Smittinidae), is found at Awur Bay, attached to a bivalve shell fragment. Biogeographically, the suite of species is predominantly tropical Indo-West Pacific in distribution, representing a small fraction of the additional hundreds of species that are anticipated for the Java Sea region.

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2019
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23. Production of Active Poly- and Oligosaccharidic Fractions from Ulva sp. by Combining Enzyme-Assisted Extraction (EAE) and Depolymerization

Author

Thomas Latire, Marie Lang, Nolwenn Terme, Mathilde Fournière, Gilles Bedoux, Nathalie Bourgougnon, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), Université de Bretagne Sud (UBS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and GDR 3711CNRS Cosm’Actifs

Subjects
0301 basic medicine, Ammonium sulfate, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, lcsh:QR1-502, 02 engineering and technology, Fractionation, enzyme-assisted extraction, Polysaccharide, Biochemistry, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Lipoxygenase, green seaweed, ulvan, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Ammonium, depolymerization, Molecular Biology, chemistry.chemical_classification, endo-protease Protamex ®, endo-protease Protamex®, Chromatography, biology, Depolymerization, Extraction (chemistry), polysaccharide, human dermal fibroblast, lipoxygenase, 021001 nanoscience & nanotechnology, 6. Clean water, 030104 developmental biology, Enzyme, chemistry, biology.protein, 0210 nano-technology
Abstract

Data on fractionation and depolymerization of the matrix ulvan polysaccharides, and studies on the biological activities on skin cells, are very scarce. In this work, crude ulvans were produced by using EAE (enzyme-assisted extraction) and compared to maceration (an established procedure). After different fractionation procedures—ethanolic precipitation, dialysis, or ammonium sulfate precipitation—the biochemical composition showed that EAE led to an increased content in ulvans. Coupling EAE to sulfate ammonium precipitation led to protein enrichment. Oligosaccharides were obtained by using radical depolymerization by H2O2 and ion-exchange resin depolymerization. Sulfate groups were partially cleaved during these chemical treatments. The potential bioactivity of the fractions was assessed using a lipoxygenase inhibition assay for anti-inflammatory activity and a WST-1 assay for human dermal fibroblast viability and proliferation. All ulvans extracts, poly- and oligosaccharidic fractions from EAE, expanded the fibroblast proliferation rate up to 62%. Our research emphasizes the potential use of poly- and oligosaccharidic fractions of Ulva sp. for further development in cosmetic applications.

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2019
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24. Stress tolerance and photoadaptation to solar radiation in Rhodymenia pseudopalmata (Rhodophyta) through mycosporine-like amino acids, phenolic compounds, and pigments in an Integrated Multi-Trophic Aquaculture system

Author

Hugo Pliego-Cortés, Nathalie Bourgougnon, Gilles Bedoux, Daniel Robledo, Romain Boulho, Laure Taupin, Yolanda Freile-Pelegrín, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud (UBS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0106 biological sciences, Photoinhibition, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, DPPH, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Pigment, chemistry.chemical_compound, otorhinolaryngologic diseases, [CHIM]Chemical Sciences, 14. Life underwater, Food science, Integrated multi-trophic aquaculture, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, 010604 marine biology & hydrobiology, Thallus, Salinity, chemistry, 13. Climate action, Photosynthetically active radiation, Photoprotection, visual_art, visual_art.visual_art_medium, Agronomy and Crop Science
Abstract

Rhodymenia pseudopalmata lives in the intertidal zone receiving high doses of solar radiation, including the potentially harmful UVR. Previous studies proved it ability to adapt to different artificial light intensities and salinity concentrations. The aim of this study was to describe the differences on the Mycosporine-like amino acids (MAAs), phenolic compounds, and pigments of R. pseudopalmata due to exposure to high solar radiation. Vegetative thalli were exposed to solar radiation using a Solar Exposure Chambers System (SECS) under an Integrated Multi-Trophic Aquaculture (IMTA) approach with marine fish culture. Samples from natural populations in Playa de Carmen, Mexico were included as reference. The biosynthesis of MAAs, and phenolic compounds were stimulated as a response to the stress caused by the exposure to high solar irradiation. Liquid Chromatography-Mass Spectrometry (LC-MS) revealed seven MAAs and their precursor deoxygadusol. Five MAAs were partially characterized through MS2 and fragmentation patterns suggested a common fragmentation pattern pathway. After seven days (D7), the MAAs total content was significant five-fold higher compared to wild populations (0.26 ± 0.1 mg g−1 DW). The Individual composition increased from four MAAs at D0, up to eight at D7, including deoxygadusol, palythene and usujirene, MAAs with high antioxidant activity. At D7, phenolic compounds increased up to 20%, and the 2, 2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) antioxidant activity reduced the IC50 to 4.0 ± 0.6 mg mL−1. The pigment content, Phycoerythrin (PE):Chl-a, and MAAs:Chl-a ratios might confer a unique photoprotection role from PE and MAAs to Chl-a. Similarly, Fv/Fm which was adapted to the variations of Photosynthetic Active Radiation (PAR) indicated a process of dynamic photoinhibition. Overall, our results evidenced the ability of this species to tolerate the stress to high solar irradiance and suggested the photoadaptation of the thalli. Farming possibilities, expected MAAs productivity, potential applications of MAAs and ecological considerations are also discussed.

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2019
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25. New Insights into and Updates on Antimicrobial Agents from Natural Products

Author

Artur Alves, Chedly Chouchani, Yannick Fleury, Allaeddin El Salabi, Taoufik Ghrairi, Sophie Jaraud, Institut Supérieur des Sciences et Technologies de l'Environnement, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0303 health sciences, Biological Products, Article Subject, General Immunology and Microbiology, Bacteria, 030306 microbiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:R, lcsh:Medicine, General Medicine, Computational biology, Biology, Plants, Antimicrobial, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Natural (archaeology), Water Purification, 03 medical and health sciences, Editorial, Anti-Infective Agents, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology
Abstract

International audience

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2019
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26. Protective Efficacy of a Pseudoalteromonas Strain in European Abalone, Haliotis tuberculata, Infected with Vibrio harveyi ORM4

Author

Hélène Laguerre, Yannick Fleury, Clément Offret, Jérôme Mounier, Benjamin Brillet, Patrick Le Chevalier, Vincent Rochard, Sylvain Huchette, laboratoire universitaire de biodiversité et écologie microbienne- IUT de Quimper (LUBEM Quimper), Université de Brest (UBO), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Scea France Haliotis, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0301 basic medicine, Oyster, food.ingredient, Abalone, [SDV]Life Sciences [q-bio], Gastropoda, 030106 microbiology, Microbiology, 03 medical and health sciences, food, Pseudoalteromonas, Aquaculture, Hemolymph, biology.animal, Animals, 14. Life underwater, Haliotis, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, biology, Vibrio harveyi, business.industry, fungi, biology.organism_classification, Bacterial Load, Vibrio, 3. Good health, 030104 developmental biology, Vibrio Infections, Molecular Medicine, business
Abstract

The hemolymph of healthy marine invertebrates is known to harbor antibiotic-producing bacteria belonging to the genus Pseudoalteromonas. Such strains are potential probiotics to control infectious diseases in aquaculture. In the present study, we screened a collection of Pseudoalteromonas strains isolated from the hemolymph of oyster and mussel for antimicrobial activity against Vibrio harveyi, a pathogenic species responsible for high mortality in abalone. Subsequently, the protective efficacy of the most active strain named hCg-6 was investigated in abalone culture faced with a Vibrio harveyi ORM4 infection. First, we have controlled the Pseudoalteromonas hCg-6 safety for abalone health. To that end, animals were immersed for 4 h in Pseudoalteromonas hCg-6 suspensions in seawater. The abalone viability was monitored and Pseudoalteromonas hCg-6 was tracked by quantitative-PCR in abalone hemolymph. After immersion, no abalone death occurred while the strain hCg-6 was significantly detected in hemolymph. Therefore, the strain hCg-6 was considered safe for abalone and evaluated for its ability to protect abalone against V. harveyi (injection of 1 × 103 Vibrio per animal). A 4-h long immersion of abalone in a seawater suspension of Pseudoalteromonas hCg-6 (1 × 106 CFU mL−1) prior to infection with Vibrio harveyi significantly improved the abalone viability. Indeed, 15 days post infection, the hCg-6 treatment used increased the abalone survival rate from 16% in untreated animals to 40% in treated abalone. We hypothesized that Pseudoalteromonas hCg-6 antibacterial activity increased the hemomicrobiota shielding effect. In conclusion, Pseudoalteromonas hCg-6 is a promising anti-Vibrio strain for abalone culture.

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2019
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27. Potential antifouling properties of copper loaded zeolites on fouling diatoms

Author

Florian Traon, Karine Réhel, Isabelle Linossier, Fabienne Faÿ, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)

Subjects
chemistry.chemical_element, 02 engineering and technology, 010402 general chemistry, 7. Clean energy, 01 natural sciences, Biofouling, Metal, [CHIM]Chemical Sciences, General Materials Science, Microalgae growth, Amphora sp, Zeolite, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Fouling, Chemistry, General Chemistry, 021001 nanoscience & nanotechnology, Condensed Matter Physics, Copper, 0104 chemical sciences, Chemical engineering, 13. Climate action, Mechanics of Materials, visual_art, visual_art.visual_art_medium, Leaching (metallurgy), 0210 nano-technology
Abstract

Biofouling is a phenomenon affecting all the infrastructures immerged in marine and freshwater environments. This colonization leads to a deterioration of the surfaces implied and affects the performances of the different structures as the decrease of ship speed or the increase of fuel consumption. Polemics around harmful antifouling coatings being more and more concerning, an alternative to toxic compounds is here proposed. The effect of three different zeolites, pure or copper loaded, is evaluated on two fouling diatoms, Cylindrotheca closterium and Amphora sp. These organisms display different sensitivities to copper usually used in antifouling paint. Finally, it has been shown that pure zeolites had stimulating effect on microalgae growth while copper loaded ones seemed efficient to inhibit their development. However, natural zeolite appeared less effective than the two synthetic after 7 days incubation. These differences seemed to be due to the bonds created by copper in the materials and to the leaching of metallic ions. Finally, the constant release of active agent in the medium by the minerals appeared to be the key for an interesting application in antifouling systems.

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2021
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28. Alterins Produced by Oyster-Associated Pseudoalteromonas Are Antibacterial Cyclolipopeptides with LPS-Binding Activity

Author

Yannick Fleury, Abderrafek El Harras, Martine Pugnière, Florie Desriac, Benjamin Brillet, Patrick Le Chevalier, Matthieu Simon, Arnaud Bondon, Patrice Got, Delphine Destoumieux-Garzón, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and Modat, Anne

Subjects
Oyster, Pharmaceutical Science, Human pathogen, Context (language use), Microbiology, 03 medical and health sciences, Pseudoalteromonas, Immune system, antibiotic, biology.animal, Drug Discovery, Hemolymph, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], lcsh:QH301-705.5, Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics (miscellaneous), 030304 developmental biology, cyclolipopeptides, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], biology.organism_classification, lcsh:Biology (General), bacteria, Antibacterial activity, alterin, Bacteria
Abstract

Discovery after discovery, host-associated microbiota reveal a growing list of positive effects on host homeostasis by contributing to host nutrition, improving hosts' immune systems and protecting hosts against pathogens. In that context, a collection of oyster associated bacteria producing antibacterial compounds have been established to evaluate their role in non-host-derived immunity. Here, we described alterins, potent anti-Gram negative compounds produced by Pseudoalteromonas hCg-6 and hCg-42 isolated from different healthy oyster hemolymph. The strains hCg-6 and hCg-42 produce a set of at least seven antibacterial compounds, ranging from 926 to 982 Da structurally characterized as cyclolipopeptides (CLPs). Alterins share the same cationic heptapeptidic cycle connected via an amido bond to different hydrophobic hydrocarbon tails. Their MICs disclosed a potent antibacterial activity directed against Gram-negative bacteria including oyster and human pathogens that may confer a beneficial defense mechanism to the host but also represents an untapped source of new antibiotics. The alterins&rsquo, mechanisms of action have been deciphered: after binding to lipopolysaccharides (LPS), alterins provoke a membrane depolarization and permeabilization leading to bacterial lysis. As hCg-6 and hCg-42 produced a set of natural derivatives, the structure/activity relationship linked to the carbon tail is clarified. We showed that the hydrocarbon tail determines the LPS-binding properties of alterins and consequently their antibacterial activities. Its length and saturation seem to play a major role in this interaction.

Published
2020
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29. An Analysis of the Nutritional and Health Values of Caulerpa racemosa (Forsskål) and Ulva fasciata (Delile)—Two Chlorophyta Collected from the Philippines

Author

Christel Marty, Nathalie Bourgougnon, Gilles Bedoux, Marie Lang, Anicia Q. Hurtado, Hugo Pliego-Cortés, Rexie Magdugo, Nolwenn Terme, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Université de Bretagne Sud - Vannes (UBS Vannes), and Université de Bretagne Sud (UBS)

Subjects
0106 biological sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Pharmaceutical Science, Chlorophyta, 01 natural sciences, Analytical Chemistry, lcsh:QD241-441, lipids, Caulerpa racemosa, lcsh:Organic chemistry, Valine, 010608 biotechnology, Drug Discovery, Food science, Physical and Theoretical Chemistry, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, amino acids, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, human food, Organic Chemistry, biological activities, Fatty acid, biology.organism_classification, green seaweeds, Amino acid, chemistry, Chemistry (miscellaneous), Molecular Medicine, Leucine, Isoleucine, Polyunsaturated fatty acid
Abstract

Polysaccharides, lipids and amino acid profiles were investigated to understand the nutritional value of Caulerpa racemosa and Ulva fasciata from the Philippines. The results revealed that both species contain high amounts of proteins (8.8&ndash, 19.9% for C. racemosa and 8.0&ndash, 11.1% for U. fasciata). The portions of the total amino acids that were essential amino acids (EAAs) (45.28 &plusmn, 0.12% for C. racemosa and 42.17 &plusmn, 0.12% for U. fasciata) out were comparable to FAO/WHO requirements. Leucine, valine, isoleucine, and lysine are the dominant EAAs in C. racemosa, while leucine, valine, lysine, and phenylalanine are those in U. fasciata. The fatty acid profiles are dominated by monounsaturated fatty acids and polyunsaturated fatty acids in C. racemosa (56.2%), while saturated fatty acids (72.1%) are dominant in U. fasciata. High C18/C20 polyunsaturated fatty acid ratios were recorded in both species. Mineral contents for both seaweeds were within levels considered safe for functional foods. Total pigment content of C. racemosa (140.84 mg/g dw) was almost 20 times higher than that of U. fasciata (7.54 mg/g dw). Hot water extract (HWE) from C. racemosa showed in vitro antiherpetic activity without cytotoxicity. Nutritional characteristics confirmed that C. racemosa could be potentially used as a nutritious and functional food items for human consumption.

Published
2020
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30. Vibrio tapetis Displays an Original Type IV Secretion System in Strains Pathogenic for Bivalve Molluscs

Author

Dias, Graciela M., Bidault, Adeline, Le Chevalier, Patrick, Choquet, Gwenaëlle, Der Sarkissian, Clio, Orlando, Ludovic, Medigue, Claudine, Barbe, Valerie, Mangenot, Sophie, Thompson, Cristiane C., Thompson, Fabiano L., Jacq, Annick, Pichereau, Vianney, Paillard, Christine, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Interactions cellulaires et moléculaires (ICM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IFR140-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Section for GeoGenetics, Globe Institute, Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Institut des sciences biologiques (INSB), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Signalisation et Réseaux de Régulations Bactériens (SRRB), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), 266157, Seventh Framework Programme, 678589, Horizon 2020 Framework Programme, ANR-10-LABX-19, Agence Nationale de la Recherche, 4002- 659 00152B, Natur og Univers, Det Frie Forskningsråd, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-Faculty of Health and Medical Sciences, University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH)-University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse (AMIS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), European Project: 266157,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2010-4,BIVALIFE(2011), European Project: 678589,H2020,H2020-SFS-2015-2,VIVALDI(2016), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)

Subjects
Vibrio tapetis, T4SS, core genome, pangenome, ACL, [SDV]Life Sciences [q-bio], pathogenicity, comparative genomics, Venerupis philippinarum, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Microbiology, Original Research
Abstract

The Brown Ring Disease (BRD) caused high mortality rates since 1986 in the Manila clam Venerupis philippinarum introduced and cultured in Western Europe from the 1970s. The causative agent of BRD is a Gram-Negative bacterium, Vibrio tapetis, which is also pathogenic to fish. Here we report the first assembly of the complete genome of V. tapetis CECT4600T, together with the genome sequences of 16 additional strains isolated across a broad host and geographic range. Our extensive genome dataset allowed us to describe the pathogen pan- and core genomes and to identify putative virulence factors. The V. tapetis core genome consists of 3,352 genes, including multiple potential virulence factors represented by haemolysins, transcriptional regulators, Type I restriction modification system, GGDEF domain proteins, several conjugative plasmids, and a Type IV secretion system. Future research on the coevolutionary arms race between V. tapetis virulence factors and host resistance mechanisms will improve our understanding of how pathogenicity develops in this emerging pathogen.

Published
2018
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31. The involvement of the ami operon in Pseudomonas aeruginosa virulence regulation and biofilm formation reveals new functions for the amidase AmiE

Author

Clamens, T., Desriac, F., Rosay, T., Crépin, Alexandre, Dufour, Alain, Cornelis, P, Bouffartigues, E, Chevalier, S, Feuilloley, M, Lesouhaitier, Olivier, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lesouhaitier, Olivier, Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM)

Subjects
[SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology
Abstract

International audience; We have previously shown that the C-type Natriuretic Peptide (CNP), a peptide produced by the lung, prevents Pseudomonas aeruginosa biofilm formation. In the present study, we identified AmiC as the bacterial target explaining CNP effects, and we studied the involvement of the aliphatic amidase AmiE in these effects. Comparison of 3D structures of human natriuretic peptide receptors and Pseudomonas proteins revealed that the bacterial protein AmiC shows significant similarity with the human C-type natriuretic peptide receptor (hNPR-C). Recombinant protein AmiC was purified and protein/peptide interactions assessed using MicroScale Thermophoresis. Results showed that both CNP and hNPR-C agonists bind the AmiC protein. The amiC gene belongs to the ami operon. This operon also encodes the aliphatic amidase AmiE which hydrolyses short-chain aliphatic amides to their corresponding organic acids. We investigated AmiE potential alternative functions in P. aeruginosa. We observed that over expression of AmiE protein altered biofilm formation, bacterial motilities and quorum sensing molecules production. Using several infection models, we demonstrated that AmiE overproduction led to a strong decrease in P. aeruginosa virulence both in vitro and in vivo, suggesting that in addition to its carbon-nitrogen metabolic process activities, AmiE would have multiple other functions. We demonstrate that the bacterial protein AmiC is an ortholog of the eukaryotic receptor hNPR-C, acting as a CNP sensor in P. aeruginosa. Our data show that the whole ami operon has new functions in bacteria, allowing to modulate the switch between chronic and acute infection depending on exposition to host factors.

Published
2017

32. Preparative separation of marine bioactive compounds by centrifugal partition chromatography

Author

Gilles Bedoux, J. Le Roux, C. Le Quémener, Anne-Sophie Burlot, Nathalie Bourgougnon, Grégoire Audo, Romain Boulho, Université de Bretagne Sud (UBS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Armen Instrument, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)

Subjects
Pharmacology, Chromatography, 010405 organic chemistry, Chemistry, Centrifugal partition chromatography, [SDV]Life Sciences [q-bio], Organic Chemistry, Pharmaceutical Science, 01 natural sciences, 0104 chemical sciences, Analytical Chemistry, 010404 medicinal & biomolecular chemistry, Complementary and alternative medicine, Drug Discovery, [SDE]Environmental Sciences, Molecular Medicine, [CHIM]Chemical Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016
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33. Antiviral and Cytotoxic Activities of Polysaccharides Extracted from Four Tropical Seaweed Species

Author

Bedoux, Gilles, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Bourgougnon, Nathalie

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE] Environmental Sciences, [CHIM.ANAL] Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

34. Le « C-type Natriuretic Peptide » (CNP) comme arme dans la lutte contre les biofilms de Pseudomonas aeruginosa : Présentation du mécanisme d’action

Author

Clamens, Thomas, Kentache, Takfarinas, Hardouin, Julie, Cosette, Pascal, Bazire, Alexis, Crépin, Alexandre, Dufour, Alain, Bouffartigues, Emeline, Chevalier, Sylvie, Feuilloley, Marc, Lesouhaitier, Olivier, Lesouhaitier, Olivier, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Polymères Biopolymères Surfaces (PBS), Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme de Protéomique PISSARO, Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

35. The absence of the Pseudomonas aeruginosa OprF protein leads to increased biofilm formation through variation in c-di-GMP level

Author

Alain Dufour, Olivier Lesouhaitier, Joerg Overhage, Gwendoline Gicquel, Gerald Brenner-Weiss, Alexis Bazire, Joana A. Moscoso, Olivier Maillot, Rachel Duchesne, Alain Filloux, Sylvie Chevalier, Nicole Orange, Thibaut Rosay, Magalie Bénard, Patrice Lerouge, Marc G. J. Feuilloley, Emeline Bouffartigues, Laurène Fito-Boncompte, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Imperial College London, Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plate-Forme de Recherche en Imagerie Cellulaire de Haute-Normandie (PRIMACEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-High-tech Research Infrastructures for Life Sciences (HeRacLeS), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bazire, Alexis, Laboratoire de Microbiologie du Froid – Signaux et Micro-Environnement ( LMDF-SME ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Reproduction et développement des plantes ( RDP ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines ( LBCM ), Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Université de Brest ( UBO ), Institute for Research and Innovation in Biomedicine ( IRIB ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Karlsruhe Institute of Technology ( KIT ), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale ( Glyco-MEV ), UR DER Développement et économie rurale, Institut Supérieur d'Agriculture Rhône-Alpes, Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne ( LICB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)

Subjects
SIGMA-FACTOR SIGX, EXPRESSION, Microbiology (medical), OUTER-MEMBRANE PROTEIN, Mutant, lcsh:QR1-502, Biology, [ SDV.MP.BAC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, medicine.disease_cause, Microbiology, lcsh:Microbiology, biofilm, Sigma factor, medicine, ECF, NATURAL sciences & mathematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Original Research, Science & Technology, CYSTIC-FIBROSIS, ROLES, RECEPTOR, Pseudomonas aeruginosa, exopolysaccharides, Biofilm, OprF, SigX, c-di-GMP, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, EXOPOLYSACCHARIDE PRODUCTION, GENE, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Cell aggregation, POLYSACCHARIDE, Regulon, Porin, ddc:500, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Bacterial outer membrane, Life Sciences & Biomedicine, MATRIX
Abstract

OprF is the major outer membrane porin in bacteria belonging to the Pseudomonas genus. In previous studies, we have shown that OprF is required for full virulence expression of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe molecular insights on the nature of this relationship and report that the absence of OprF leads to increased biofilm formation and production of the Pel exopolysaccharide. Accordingly, the level of c-di-GMP, a key second messenger in biofilm control, is elevated in an oprF mutant. By decreasing c-di-GMP levels in this mutant, both biofilm formation and pel gene expression phenotypes were restored to wild-type levels. We further investigated the impact on two small RNAs, which are associated with the biofilm lifestyle, and found that expression of rsmZ but not of rsmY was increased in the oprF mutant and this occurs in a c-di-GMP-dependent manner. Finally, the extracytoplasmic function (ECF) sigma factors AlgU and SigX displayed higher activity levels in the oprF mutant. Two genes of the SigX regulon involved in c-di-GMP metabolism, PA1181 and adcA (PA4843), were up-regulated in the oprF mutant, partly explaining the increased c-di-GMP level. We hypothesized that the absence of OprF leads to a cell envelope stress that activates SigX and results in a c-di-GMP elevated level due to higher expression of adcA and PA1181. The c-di-GMP level can in turn stimulate Pel synthesis via increased rsmZ sRNA levels and pel mRNA, thus affecting Pel-dependent phenotypes such as cell aggregation and biofilm formation. This work highlights the connection between OprF and c-di-GMP regulatory networks, likely via SigX (ECF), on the regulation of biofilm phenotypes.

Published
2015
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36. Enzymatic recovery of metabolites from seaweeds: potential applications

Author

Hardouin, Kevin, Bedoux, Gilles, Burlot, Anne-Sophie, Nyvall-Collén, Pi, Bourgougnon, Nathalie, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and N. Bourgougnon

Subjects
ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014
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37. Corrigendum to 'Marine ecosystems' responses to climatic and anthropogenic forcings in the Mediterranean' [Prog. Oceanogr. 91 (2011) 97-166]

Author

P. L. Merle, Frédéric Mélin, David Doxaran, D. Ruiz Pino, Christian Tamburini, Christophe Migon, Marcel Babin, B. Bonsang, Stéphane Gasparini, Romaric Verney, J. L. Gonzalez, F. Eyrolles, Thierry Moutin, Jordi Dachs, Chrystelle Bancon-Montigny, Andrew P. Rees, William L. Miller, Jean-François Ghiglione, Lars Stemmann, Camila Fernandez, Lars-Eric Heimbürger, F. Van Wambeke, René Galzin, Tsuneo Tanaka, Isabelle Taupier-Letage, Bruno Charrière, Jean-Claude Gaertner, J. F. Cadiou, Ioanna Bouloubassi, Bastien Mérigot, Malik Chami, Olivier Radakovitch, Richard Sempéré, Christophe Rabouille, Wade H. Jeffrey, Anne Petrenko, Jean-François Rontani, M. Eléaume, C. Mellon, Vincent Taillandier, J. Para, Mireille Pujo-Pay, Cécile Guieu, Marie-Dominique Loÿe-Pilot, Behzad Mostajir, Louis Marie Prieur, Karine Leblanc, Marie-Alexandrine Sicre, Catherine Goyet, L. Mousseau, Thierry Perez, Melika Baklouti, Sophie Bonnet, Frédéric Gazeau, Frédéric Diaz, Marc Mallet, R. Lemé, Jean-Christophe Poggiale, Christophe Brunet, Franck Touratier, Francois Carlotti, Sandrine Vaz, Nathaniel Bensoussan, Fabien Joux, Patrick Raimbault, S. H.M. Jacquet, Fabrizio D'Ortenzio, Benedicte Thouvenin, Pulido-Villena, Lionel Guidi, Dominique Lefèvre, Claude Estournel, Pierre Testor, Françoise Elbaz-Poulichet, Hervé Thébault, L. Méjanelle, Vincent Vantrepotte, P. Le Hir, Caroline Ulses, Sabine Charmasson, Daniel Cossa, S. Fowler, Laurent Mortier, Jacek Tronczynski, Philippe Koubbi, Katell Guizien, Sauveur Belviso, X. Durrieu de Madron, Patrice Francour, Pascal Conan, Marc Tedetti, Jean-Claude Dutay, Christophe Lejeusne, Céline Ridame, Paléoclimats, proxies, processus ( PALEOPROXUS ), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques ( LOCEAN ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Couplage physique-biogéochimie-carbone ( PHYBIOCAR ), Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] ( LSCE ), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines ( UVSQ ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de MicrobiologiE de Géochimie et d'Ecologie Marines (LMGEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - 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Subjects
Mediterranean climate, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDU.STU.GP]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geophysics [physics.geo-ph], 010505 oceanography, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], Geology, Aquatic Science, 01 natural sciences, [ SDU.STU.GP ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Geophysics [physics.geo-ph], [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, Oceanography, [ PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], Environmental science, Marine ecosystem, 14. Life underwater, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract

International audience; Not Available

Published
2011
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38. Phlorotannin and Pigment Content of Native Canopy-Forming Sargassaceae Species Living in Intertidal Rockpools in Brittany (France): Any Relationship with Their Vertical Distribution and Phenology?

Author

Jégou C, Connan S, Bihannic I, Cérantola S, Guérard F, and Stiger-Pouvreau V

Subjects
Animals, Aquatic Organisms, France, Ultraviolet Rays, Ecosystem, Phaeophyceae chemistry, Pigments, Biological chemistry, Tannins chemistry
Abstract

Five native Sargassaceae species from Brittany (France) living in rockpools were surveyed over time to investigate photoprotective strategies according to their tidal position. We gave evidences for the existence of a species distribution between pools along the shore, with the most dense and smallest individuals in the highest pools. Pigment contents were higher in lower pools, suggesting a photo-adaptive process by which the decreasing light irradiance toward the low shore was compensated by a high production of pigments to ensure efficient photosynthesis. Conversely, no xanthophyll cycle-related photoprotective mechanism was highlighted because high levels of zeaxanthin rarely occurred in the upper shore. Phlorotannins were not involved in photoprotection either; only some lower-shore species exhibited a seasonal trend in phlorotannin levels. The structural complexity of phlorotannins appears more to be a taxonomic than an ecological feature: Ericaria produced simple phloroglucinol while Cystoseira and Gongolaria species exhibited polymers. Consequently, tide pools could be considered as light-protected areas on the intertidal zone, in comparison with the exposed emerged substrata where photoprotective mechanisms are essential.

Published
2021
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