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Overview of infectious and non-infectious diseases in French Guiana in 2022 Source of many myths, French Guiana represents an exceptional territory due to the richness of its biodiversity and the variety of its communities. The only European territory in Amazonia, surrounded by the Brazilian giant and the little-known Suriname, Ariane 6 rockets are launched from Kourou while 50% of the population lives below the poverty line. This paradoxical situation is a source of health problems specific to this territory, whether they be infectious diseases with unknown germs, intoxications or chronic pathologies. Some infectious diseases such as Q fever, toxoplasmosis, cryptococcosis or HIV infection are in common with temperate countries, but present specificities leading to sometimes different management and medical reasoning. In addition to these pathologies, many tropical diseases are present in an endemic and / or epidemic mode such as malaria, leishmaniasis, Chagas disease, histoplasmosis or dengue. Besides, Amazonian dermatology is extremely varied, ranging from rare but serious pathologies (Buruli ulcer, leprosy) to others which are frequent and benign such as agouti lice (mites of the family Trombiculidae) or papillonitis. Envenomations by wild fauna are not rare, and deserve an appropriate management of the incriminated taxon. Obstetrical, cardiovascular and metabolic cosmopolitan pathologies sometimes take on a particular dimension in French Guiana that must be taken into account in the management of patients. Finally, different types of intoxication are to be known by practitioners, especially due to heavy metals. European-level resources offer diagnostic and therapeutic possibilities that do not exist in the surrounding countries and regions, thus allowing the management of diseases that are not well known elsewhere. Thanks to these same European-level resources, research in Guyana occupies a key place within the Amazon region, despite a smaller population than in the surrounding countries. Thus, certain pathologies such as histoplasmosis of the immunocompromised patient, Amazonian toxoplasmosis or Q fever are hardly described in neighboring countries, probably due to under-diagnosis linked to more limited resources. French Guiana plays a leading role in the study of these diseases. The objective of this overview is to guide health care providers coming to or practicing in French Guiana in their daily practice, but also practitioners taking care of people returning from French Guiana. Panorama des pathologies infectieuses et non infectieuses de Guyane en 2022 Source de nombreux mythes, la Guyane représente un territoire exceptionnel par la richesse de sa biodiversité et par la variété des communautés qui la composent. Seul territoire européen en Amazonie, entouré du géant brésilien et du méconnu Suriname, on y lance des fusées Ariane 6 depuis Kourou tandis que 50 % de la population vit en dessous du seuil de pauvreté. Cette situation paradoxale est source de problématiques de santé spécifiques à ce territoire, qu’il s’agisse de maladies infectieuses à germes méconnus, d’intoxications, ou de pathologies chroniques. Certaines maladies infectieuses telles que la fièvre Q, la toxoplasmose, la cryptococcose ou l’infection à VIH sont communes aux pays tempérés, mais présentent en Guyane des spécificités entraînant une prise en charge et un raisonnement médical parfois différents. Parallèlement à ces pathologies, de nombreuses maladies tropicales sont par ailleurs présentes sur un mode endémique et / ou épidémique telles que le paludisme, la leishmaniose, la maladie de Chagas, l’histoplasmose ou la dengue. De plus, la dermatologie amazonienne est extrêmement variée, allant de pathologies rares, mais graves (ulcère de Buruli, lèpre), à d’autres fréquentes et bénignes telles que les poux d’agouti (acariens de la famille des Trombiculidae) ou la papillonite. Les envenimations par la faune sauvage ne sont pas rares, et méritent une prise en charge appropriée au taxon incriminé. Les pathologies obstétricale, cardiovasculaire et métabolique cosmopolites prennent parfois en Guyane une dimension particulière à prendre en compte dans la prise en charge des patients. Enfin, différents types d’intoxication sont à connaître par les praticiens, notamment aux métaux lourds. Les ressources de niveau européen offrent des possibilités diagnostiques et thérapeutiques inexistantes dans les pays et régions des environs, permettant ainsi la prise en charge de maladies peu connues ailleurs. Du fait de ces mêmes ressources de niveau européen, la recherche en Guyane occupe une place clé au sein de la région amazonienne, malgré une population moins nombreuse que dans les pays alentour. Ainsi, certaines pathologies telles que l’histoplasmose du patient immunodéprimé, la toxoplasmose amazonienne ou la fièvre Q ne sont pratiquement pas décrites dans les pays voisins, probablement du fait d’un sous-diagnostic lié à des ressources plus limitées. La Guyane joue ainsi un rôle moteur dans l’étude de ces pathologies. L’objectif de ce panorama est d’orienter les soignants venant ou exerçant en Guyane dans leur pratique quotidienne, mais également les praticiens prenant en charge des personnes au retour de Guyane., MTSI, Vol. 3 No 1 (2023): MTSI-Revue

International audience

International audience; Among mammals, rodents play a key role in the emergence of viral diseases. In French Guiana, with 36 rodent species recorded in various ecosystems (pristine forests, savannas, anthropized environments), some natural habitats today encounter anthropogenic perturbations that induce changes in community structure and population dynamics. These modifications are sometimes associated with the circulation and emergence of viral pathogens. For 10 years, investigations on the circulation of two rodent-borne viruses, Hantavirus and Mammarenavirus, are underway in rodent populations as well as in humans for hantavirus. These investigations identified viruses from both genera in their potential reservoirs and allow describing the most favourable habitats for the reservoirs of hantavirus where the risk of viral emergence may be higher. We suggest to investigate how anthropic perturbations in rodent communities can drive the emergence of viruses that are currently confined to a small scale and search for evidence of infection in the human population.; Les rongeurs sont décrits comme des réservoirs privilégiés de nom-breuses zoonoses. Du fait de leur forte abondance, de leur dynamique et, pour plusieurs espèces, de leur capacité à coexister avec les populations humaines, les rongeurs jouent un rôle clé dans le maintien et la transmission de pathogènes. En Guyane, 36 espèces de rongeurs ont été recensées et sont présentes aussi bien en forêt primaire et secondaire qu'en savane et en zones urbaines. Certaines populations de rongeurs font face, aujourd'hui, à des perturbations de leurs habitats, du fait des pressions anthropiques. Ces perturbations engendrent des change-ments dans la dynamique des populations et des communautés pouvant avoir un impact sur la circulation et l'émergence des pathogènes. Nous avons récemment identifié des virus appartenant à deux familles virales, Bunyaviridae et Arenavi-dae, dans leurs réservoirs potentiels ainsi que des hantavirus (Bunyaviridae) chez l'homme. De plus, la caractérisation des habitats les plus favorables des espèces réservoirs d'hantavirus a permis de mettre en évidence les zones à plus fort risque d'émergence. Le rôle des communautés de rongeurs doit maintenant être étudié afin de mieux appréhender les mécanismes d'émergence en milieu amazonien.

International audience; Environmental disturbances in the Neotropics (e.g., deforestation, agriculture intensifica-tion, urbanization) contribute to an increasing risk of cross-species transmission of microorganisms and to disease outbreaks due to changing ecosystems of reservoir hosts. Although Amazonia encompasses the greatest diversity of reservoir species, the outsized viral population diversity (virome) has yet to be investigated. Here, through a metagenomic approach, we identified 10,991 viral sequences in the saliva and feces of two bat species, Desmodus rotundus (hematophagous), trapped in two different caves surrounded by primary lowland forest, and Molossus molossus (insectivorous), trapped in forest and urban habitats. These sequences are related to 51 viral families known to infect a wide range of hosts (i.e., bacteria , plants, insects and vertebrates). Most viruses detected reflected the diet of bat species, with a high proportion of plant and insect-related viral families for M. molossus and a high proportion of vertebrate-related viral families for D. rotundus, highlighting its influence in shaping the viral diversity of bats. Lastly, we reconstructed the phylogenetic relationships for five vertebrate-related viral families (Nairoviridae, Circoviridae, Retroviridae, Herpesviri-dae, Papillomaviridae). The results showed highly supported clustering with other viral sequences of the same viral family hosted by other bat species, highlighting the potential association of viral diversity with the host's diet. These findings provide significant insight into viral bat diversity in French Guiana belonging to the Amazonian biome and emphasize that habitats and the host's dietary ecology may drive the viral diversity in the bat communities investigated.