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Introduction : l’abcès cérébral est une infection touchant 3 à 9 cas par million d’habitant et de morbi-mortalité élevée. Les méthodes de diagnostic microbiologique sont la culture et la biologie moléculaire, mais aucune documentation n’est retrouvée dans 20% des cas. Le séquençage a déjà été réalisé dans de rares séries et semblent montrer des résultats intéressants.Matériel et méthode : nous avons étudié la faisabilité d’une utilisation du whole-genome sequencing avec une méthode Nanopore sur des abcès cérébraux prélevés de 2017 à 2021. Nous décrivons rétrospectivement les documentations retrouvées, l’efficacité et les limites de ce protocole comparativement à la culture et la PCR ARNr 16S.Résultats : dans l’étude, nous avons inclus 36 abcès cérébraux, permettant d’identifier avec le séquençage plus de 29 espèces différentes et une positivité dans 91,7% des cas contre 80,6% des cas en culture et 61,8% en PCR ARNr 16S. Le séquençage a permis dans plusieurs situations la détection de pathogènes non retrouvés en culture et PCR ARNr 16S. Fusobacterium nucleatum se retrouve être le premier microorganisme détecté en nombre mais aussi en quantité de read, confirmant son rôle pathogène central. Le nanopore permet aussi une rapidité diagnostique avec un résultat dans la journée. Néanmoins, la sensibilité de la méthode sur les streptocoques et entérobactéries parait limitée dans cette étude.Conclusion : le séquençage Nanopore semble donc une méthode rapide et prometteuse utilisable en routine dans le diagnostic microbiologique de l’abcès cérébral, notamment dans la détection des anaérobies.