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Les mortalités massives de naissain d’huître creuse, apparues en France en 2008, font peser de lourdes contraintes sur les entreprises conchylicoles. Le projet EVILS s’est explicitement inscrit comme une première étape dans l’application d’une démarche d’amélioration de la survie du naissain d’huître creuse. L’objectif visé était de proposer une méthodologie permettant aux éleveurs d’identifier des critères d’approvisionnement en naissain, dans le but de sélectionner les lots les plus à mêmes de présenter les plus faibles taux de mortalité en élevage. Les protocoles déployés ont d’abord permis de caractériser la variation inter-lots des taux de survie, qui restait jusque là peu explorée. Par ailleurs, les analyses réalisées mettent en évidence l’effet de quelques indicateurs de l’état de santé, de l’origine de production et des pratiques d’élevage précoce sur la variation de la survie. Les taux de mortalité estimés pour le naissain d’écloserie 3n paraissent notamment réduits par rapport à ceux mesurés pour le naissain 2n d’écloserie. Le remplissage et la taille des individus constituant le lot apparaissent également comme des critères prédictifs des taux de mortalité. La démonstration de ces relations parait particulièrement prometteuse pour une éventuelle application ultérieure en matière de recommandation d’élevage, dans la mesure où l’origine et la taille constituent des critères faciles à prendre en compte par les éleveurs lors du choix de leurs lots de naissain. Le but du projet EVILS consistait toutefois à tester une méthodologie destinée à identifier des critères prédictifs des taux de mortalité en élevage, plutôt qu’à identifier ces critères. Afin de poursuivre la démarche d’amélioration, cette méthodologie sera appliquée à nouveau au cours des années à venir afin d’accroître l’effort d’échantillonnage et de dégager de nouvelles relations entre indicateurs des pratiques d’élevage et variation des taux de survie. L’identification des pratiques d’élevage associées à la variation des taux de survie constituera une première étape dans la démarche d’amélioration. L’effet des facteurs de risques identifiés alors devrait ensuite être testé à une échelle intermédiaire dans les entreprises afin d’identifier les rapports coûts-bénéfices induits et de finalement valider l’applicabilité des recommandations formulées en situation de production. Ce projet est le fruit d’une démarche collégiale, mise en œuvre dans le cadre du Centre de Référence sur l’Huître. Il a été soutenu par le Conseil Régional de Basse-Normandie, les Conseils Généraux du Calvados et de la Manche. Ce document constitue le rapport final d’activité présentant l’ensemble des actions et des tâches réalisées à l’issue du projet.

Created in 1992, the REPAMO network (Network of mollusc pathology), is a national zoosanitary surveillance network of shellfish health status along the French coasts. Ils activities are in keeping with two European Directives, 91167/EEC and 95170/EC and are a part of the institutional tasks of Ifremer. The aims of the network are to prevent the introduction and spread of exotic pathogens and to sm'vey the evolution of notifiable pathogens already present in France. The network focused on the survey of listed diseases (bonamiosis and marteiliosis of flat oyster) in two areas under agreement process (Granville bed and zone X). In 2005, only samples of the Granville bed could be analysed due to the difflculty to obtain flat oysters (sparse oyster beds, beds no easy accessible). The notifiable parasite Bonamia ostreae was observed in two oysters of Granville bed; an inquiry was conducted and it revealed that oysters came from an area outside of the wild bed. In 2005, the study of abnormal mortalities has been carried on and the number of reported cases was lower than 2004. Mortality occurred mostly in summer and affected the main production areas. Majority reports concemed Pacific oyster, Crassostrea gigas. OsHV-1 was detected in several mortality cases of oyster spat like previous years. The notifiable parasite Haplosporidium nelsoni was frequentiy observed in 2005 but the detection frequency remains low (, Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s' inscrit dans le cadre de deux Directives Européennes, les Directives 91 /67/CEE et 95170/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'agents pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. En 2005, la surveillance assurée par le réseau a consisté en un suivi des maladies à déclaration obligatoire présentes en France (la bonamiose et la marteiliose de l'huître plate). Cette surveillance est restreinte aux deux secteurs en demande d'agrément, le banc de Granville et la zone X. En raison de difficultés d'approvisionnement en huîtres plates sur ces deux secteurs (gisements épars et difficiles d'accès), seuls des prélèvements sur le banc de Granville ont été réalisés. Le parasite à déclaration obligatoire Bonamia ostreae a été détecté chez deux huîtres de ce gisement. Après enquête auprès des pêcheurs ayant réalisé les prélèvements, il s'est avéré que les huîtres avaient été prélevées en dehors des limites supposées du gisement. L'étude des cas de mortalités anormales a été poursuivie; le nombre de cas en 2005 est inférieur à celui de 2004. Les mortalités ont principalement eu lieu en période estivale et ont touché la plupart des bassins de production. La plupart des déclarations concernait l'huître creuse. Comme les armées précédentes, OsHV -1 a été détecté par PCR dans de nombreux cas de mortalités de naissain. Il est à noter qu'en 2005, le parasite à déclaration obligatoire Haplosporidium nelsoni a été observé de manière plus fréquente chez l'huître creuse contrairement aux années précédentes. Toutefois, sa fréquence de détection reste faible (inférieure à 1%). Des mortalités d'ormeaux ont été observées en Normandie comme ce fut le cas en 2004 ; elles ont touché les ormeaux des gisements naturels du nord Cotentin contrairement à 2004 où elles avaient essentiellement été observées dans des fermes d'élevage. Des agents pathogènes ont été détectés dans certains cas de mortalités anormales mais tous les cas ne peuvent pas être expliqués par la présence d'agents pathogènes. Des facteurs environnementaux, zootechniques et physiologiques peuvent également intervenir de manière directe ou indirecte dans les mortalités. Pour les armées 2004-2005, la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques a ciblé les deux espèces de palourde, Ruditapes decussatus et Ruditapes philippinarum et particulièrement leur infestation par le parasite Perkinsus olseni. En 2005, 3 secteurs supplémentaires ont été suivis par rapport à 2004 soit un total de 9 secteurs étudiés. Une analyse globale des premiers résultats des deux armées d'étude a été faite mais reste à affiner. Il en ressort que Perkinsus olseni est présent sur tout le littoral étudié y compris en Manche. Les secteurs fortement infectés (bassin d'Arcachon, Méditerranée) en 2004 le sont également en 2005 ; en revanche, la prévalence apparente du parasite est très faible dans les Abers et en Charente Maritime. D'une manière générale, l' infestation par Perkinsus olseni est moindre sur l'ensemble des secteurs en 2005 comparé à 2004. Cependant, aucune mortalité de palourdes n'a été déclarée en 2004 et en 2005 ce qui pose des questions quant à l'impact réel de ce parasite sur les stocks de palourdes.

Created in 1986, the REPAMO network (Network of mollusc pathology), is a national zoosanitary surveillance network of shellfish health status along the French coasts. Its activities are in keeping with two European Directives, 91 /67/EEC and 95/70/EC and are a patt of the institutional tasks ofIfremer. The aims of the network are to prevent the introduction and spread of exotic pathogens and to survey the evolution of notifiable pathogens already present in France. The network focused on the survey of listed diseases (bonamiosis and marteiliosis of flat oyster) in two areas under agreement process (Banc de Granville and zone X). In 2004, no sample couId be analysed to these two areas because of the difficulty to obtain flat oysters (sparse oyster beds, beds no easy accessible).In 2004, the study of abnormal mortalities has been carried on and the number of reported cases is lower than 2003 which was a special year (summer heatwave in august). Mortality occured mostly in summer and the main impacted areas were South Brittany, Arcachon Bay and Normandy. Majority reports concerned Pacific oyster, Crassostrea gigas. Nevertheless, several abalone mortalities were recorded in abalone farms and in one abalone bed. Sorne pathogens were detected associated with mortality cases but ail the mortality cases could not be explained by the pathogens. Environmental, physiological, zootechnical factors couId play a direct or indirect part in reported mortalities. Since 2003, the pathogen detection during abnormal mortalities seems more frequent than the previous years; this increase can be explained by the network restructuring and the better reactivity of shellfish farmers. The new sampling strategy of zoosanitary surveillance of cultured and wild populations of shellfish was carried out and concerns for the years 2004-2005 the clams Ruditapes decussatus and R. philippinarum particularly their infection by the parasite Perkinsus olseni. This preliminary study showned that Perkinsus olseni is present in the main production areas of clams and that in some areas, clams can be strongly infected by the parasite. Meanwhile, no clam mortality was recorded in 2004, so the question of the Perkinsus olseni impact on the clam stocks can be asked., Créé en 1986, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de deux Directives Européennes, les Directives 91167/CEE et 95/70/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'agents pathogènes, en palticulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. En 2004, la surveillance assurée par le réseau a consisté en un suivi des maladies à déclaration obligatoire présentes en France (la bonamiose et la marteiliose de l'huître plate). Cette surveillance est restreinte aux deux secteurs en demande d'agrément, le banc de Granville et la zone X. En raison de difficultés d'approvisionnement en huîtres plates sur ces deux secteurs (gisements épars et difficiles d' accès), il n'a pas été possible d'effectuer des analyses cette année. L'étude des cas de mortalités anormales a été poursuivie; le nombre de cas en 2004 est légèrement inférieur à celui de 2003, qui avait été une année particulière d'un point de vue climatique (canicule en août 2003). Les mortalités ont principalement eu lieu en période estivale et ont touché la plupart des bassins de production, particulièrement la Bretagne sud, le bassin d'Arcachon et la Normandie. La majorité des déclarations concernaient l 'huître creuse, Crassostrea gigas et se sont concentrées sur une courte période (début juin à début juillet). De nombreuses mortalités d'ormeaux ont également été signalées à la fin de l'été dans les fermes aquacoles et 1 cas dans le milieu naturel. Des agents pathogènes ont été détectés dans certains cas de mortalités anormales mais tous les cas ne peuvent pas être expliqués par la présence d'agents pathogènes. Des facteurs environnementaux, zootechniques et physiologiques peuvent également intervenir de manière directe ou indirecte dans les mortalités. Depuis 2003, la détection d'agents pathogènes lors de mortalités semble plus fréquente que les années antérieures; cette augmentation de détection peut être entre autre liée à la restructuration du réseau et à une meilleure réactivité des professionnels. L'année 2004 a été également l'occasion d'appliquer la nouvelle stratégie d'échantillonnage concernant la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques. Pour les années 2004 et 2005, cette surveillance cible les palourdes, Ruditapes decussatus et Ruditapes philippinarum, particulièrement leur infection par le parasite Perkinsus olseni. Des premiers résultats analysés, il ressort que Perkinsus olseni est présent dans tous les secteurs étudiés et que les palourdes de certains sites sont fortement infectées par ce parasite. Cependant, aucune mortalité de palourdes n'a été déclarée en 2004 ce qui pose des questions quant à l'impact réel de ce parasite sur les stocks de palourdes.

The network named REMONOR (REseau MOllusqueNORmandie) aims to assess mortality, growth and tissue quality of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, cultivated in Normandy over an annual cycle. This local network relies on the same material and methods as the national one named REMORA (REseau Mollusques Ressources Aquacoles). The study was carried out in 17 sites, which were distributed in the four basins where oyster rearing occurs in Normandy (West and East coast of Cotentin, Baie des Veys and Meuvaines). In 2003, a new site was added, which was located in the area of Ver-Sur-Mer (Calvados). The results obtained in 2003 showed a low annual mortality for adults (8%) as well as for juveniles (10%). Growth was also low for the two age classes of oyster except for the sites of Lingreville (West coast of Cotentin), Le Lézard (Chausey) and Géfosse (Baie des Veys). The condition index, representative of tissue quality, increased regularly since 2000 whereas the level of oyster infestation by the worm Polydora remained stable., Le réseau régional de suivi Remonor s'appuyant sur les acquis du réseau national REMORA de l'Ifremer, évalue la mortalité, la croissance et la qualité des huîtres creuses. Depuis 1998, les points de suivi ne cessent d'augmenter puisqu'une nouvelle station vient d'être créer pour cette année 2003 sur la zone conchylicole de Ver-sur-Mer. Constitué de 17 stations réparties sur les quatre bassins ostréicoles bas-Normand, son objectif est de suivre annuellement deux classes d'âge, juvéniles et adultes, d'huîtres creuses. Les résultats 2003, montre une mortalité faible tant chez les adultes (8%) que chez les juvéniles (11%), une croissance peu importante pour les deux classes d'âges mis à part sur les stations de Lingreville (Côte Ouest), Le Lézard (Chausey) et Géfosse (Baie des Veys). L'indice de chair régional est en légère progression depuis l'année 2000 (11,4) et l'indice polydora reste stable.

Depuis 2001, les activités du Laboratoire Conchylicole de Normandie ont été prioritairement orientées vers la problématique des mortalités ostréicoles en Baie des Veys, développées dans le cadre du programme national MOREST. Cinq types d'actions ont été développés dans ce cadre au cours de l'année 2003 :action 1 : suivi de la dynamique spatio-temporelle de la mortalité et des performances biologiques de Crassostrea gigas en baie des veys (SUMO), mené en collaboration avec l'Université de Caen (tâche 2.2.3. du défi MOREST)action n°2 : comparaison inter sites des souches "R" et "S" dans deux écosystèmes et pour deux classes d’âges (beray) (tâche 2.2.1. du défi MOREST)action n° 3 : Réduire la période critique pré-ponte : provoquer la ponte des huîtres en Baie des Veys (tâche 4.3. du Défi MOREST)action n° 4 : Influence des transferts de cheptels sur les mortalités ostréicoles : Ecarter les huîtres de la Baie des Veys avant le bloom phytoplanctonique de printemps (tâche 4.4. du Défi MOREST)action n° 5 : Nouvelle cartographie sédimentaire de la zone conchylicole de Grandcamp-Maisy en Baie des Veys (tâche 6.2.4. du Défi MOREST).Dans le même temps, les réseaux de suivi REMORA/REMONOR (survie, croissance, qualité) et REPAMO (pathologie des mollusques) ont été poursuivis. De même, le travail de doctorat entreprit sur la problématique de l'infestation des huîtres par les polydores à été mené à son terme, la soutenance finale étant prévue à la fin du premier semestre 2004.Les perspectives sont présentées dans le cadre d'une restructuration interne à l'IFREMER conduisant à la création du nouveau Laboratoire Environnement Ressource de Normandie (LER/N) issu de la mise en commun des moyens des deux laboratoires DRV/RA et DEL régionaux. Ce rapprochement a pour principal objectif de faciliter le développement de projets liant l'environnement et la ressource par des approches à caractère pluridisciplinaire.

The REPAMO network (network ofmollusc pathology), created in 1986, ensures the survey of shellfish health status along French coasts according? to European Directives 91/67/EEC and 95/70/EEC. The aims of the network are 1 - to prevent the introduction and spread of exotic pathogens, 2-to study the means to decrease the impact of pathogens already present and to survey their evolution. In 2003, the REPAMO network focused on the survey oflisted diseases (bonamiosis and marteiliosis) in two areas under agreement process (Banc de Granville and zone X) and on the study of abnormal morlalities. Number of reported abnormal morlalities has increased in 2003. This rise can be partly explained by the recent network restructuring, but also by the summer heatwave and associated indemnity claims for farming calamity. More than half of mortality cases were reported in summer. The main impacted areas were Brittany, Charente, Mediterranean and in a less purpose the North and Normandy. Majority of reports concerned Pacific cupped oyster, Crassostrea gigas. Nevertheless, more cockle and mussel mortalities were recorded this year. These species seem to be less resistant than Pacific cupped oyster to high temperatures. Some of Crassostrea gigas spat mortalities were attributed to the OsHV-1 herpesvirus. Bacteria from the genus Vibrio could be isolated from Crassostrea gigas batches bred in closed structures. Some gametocytosis cases were reported in cupped oysters more frequently than previous years. Its impact is unknown but vigilance towards this disease must be increased in the future., Le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques), créé en 1986, assure la surveillance de l'état de santé des coquillages du littoral français métropolitain en réponse aux Directives Européennes 91/67/CEE et 95/70/CEE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'agents pathogènes exotiques, en particulier ceux à déclaration obligatoire et d'étudier les moyens de diminuer l'impact des agents pathogènes déjà présents tout en surveillant leur évolution. En 2003, la surveillance assurée par le réseau REPAMO consistait en un suivi des maladies à déclaration obligatoire présentes en France (bonamiose et marteiliose) dans les deux secteurs en cours de demande d'agrément (banc de Granville et zone X) et à l'étude des cas de mortalités anormales. Le nombre de cas de mortalités déclarés apparaît en hausse en 2003. Cette augmentation s'explique en partie par la restructuration du réseau en 2002, mais aussi par l'épisode caniculaire estival et les demandes d' indemnités pour calamité agricole associées. Plus de la moitié des cas de mortalités anormales est déclarée au cours de l'été. Les principaux secteurs concernés par ces déclarations sont la Bretagne, la Charente, la Méditerranée, et, dans une moindre mesure le Nord et la Normandie. La majorité des déclarations concerne l' huître creuse, Crassostrea gigas. Cependant, d'avantage de mortalités de coques et de moules ont pu être enregistrées cette année. Ces espèces ont semble-t il moins bien résisté que l'huître creuse, aux fortes températures enregistrées au cours de l'été. Certains cas de mortalité de naissain d'huître creuse ont été attribués au virus OsHV-1. Des bactéries du genre Vibrio ont pu être isolées sur des lots d'huîtres creuses provenant principalement de structures d'élevage fermées telles qu 'écloseries-nurseries. Des cas de virose des gamètes ont pu être relevés plus fréquemment que les années précédentes chez l'huître creuse. Son impact reste inconnu, mais la vigilance s'impose vis-à-vis de cette maladie pour les années à venir.

The national REMORA network is targeted on the studies of growth, flesh quality and mortality of a sample of cupped oyster Crassostrea gigasdistributed on 9 stations along the coast of Normandy. As a better precision is needed for regional purpose, 7 new stations have been added. A total number of 16 stations is now sampled from Chausey to Meuvaines. Weak rates of mortality have been noticed in 2002 on both adults (7%) and spat (6 %). These rates are the weakest ever seen. The mortality rates in the Baie des veys were less than 10 %. This rearing area shows usually a much higher mortality level. Growth rates were noticed weaker than usual. They slowly decline from 1999. From Mach to December, the growth rate of adults has been computed to 0,21 %/day (for a final weigh reaching 59,9 g). This rate is the weakest ever met since the beginning of REMORA's study in 1998. The shell's filling up is relatively constant compared to previous years, up to 11 %. The infestation by worms, genus Polydora, has been noticed to be in light decreasing since 1999. Confirmation has been brought in 2002., L'ajout de stations à vocations régionales en 1998 au suivi national REMORA d'évaluation de la mortalité et de la croissance et de la qualité des huîtres creuses a permis de mieux cerner la problématique normande sur ce sujet. Au total, seize points sont suivis de Meuvaines à Chausey. L'année 2002 se distingue par un faible taux de mortalité pour les adultes (7%) comme pour les juvéniles (6%). Ces taux sont les plus faibles depuis le début du réseau REMONOR. La Baie des Veys, souvent sujette à des mortalités estivales, présente des taux inférieurs à 10% sur cette période. Par ailleurs, la croissance est plus faible que l'année précédente. En fait, les taux de croissance diminuent depuis 1999. Entre mars et décembre il est de 0,21%/j (pour un poids individuel final de 59,9 g) pour les adultes, c'est le taux le plus faible que l'on ait rencontré depuis le début du REMONOR en 1998. Les indices de chair se maintiennent à des niveaux élevés (11%) identiques à ceux des années précédentes. L'infestation par le ver Polydora est en léger recul depuis 1999. Cela se confirme encore cette année.

This report present results obtained by the LCN in coastal Ecology of the MOREST program. Most of works presented here have been realised in collaboration with different partners who are cited before each action. This report is divided in 8 parts in 3 themes. WP2 : Characterisation of in-situ summers mortalities • Task 2.2.1. : dynamics of mortality, reproduction and spawning. lntersite comparisons (BASE) • Task 2.2.4 : study of the summer mortalities dynamics of Crassostrea gigas in Bay of Veys (SUMO) WP4 : Experimental tests to cast off summer mortalities problem • Task 4.3.: reduce the critical period before laid: induce oyster laid in the Bay of Veys. • Task 4.4.1.: effects of transfer livestock on summer mortalities : move oysters before the phytoplancton bloom. Delay the introduction date of oyster in the Bay of Veys. WP6 : Coastal ecology and Environmental characterisation • Initial approach of a comparison between Iwo oysters rearing areas : the Bay of Veys (low Normandy) and the Marennes-Oléron Bassin (Charente Maritime from 1997 to 2002b (Unplanned study developed by the LCPC and the LCN) • Shellfish-farming characteristics in the dynamic evolution of the Bay of Veys si nee 10 years (Unplanned study developed by the GEMEL and the LCN), En tant que partenaire du défi MOREST, le LCN a en charge la gestion et la coordination des actions de terrain sur le site atelier de la Baie des Veys. Ce rapport présente l'ensemble des résultats obtenus par le LCN dans le cadre de la thématique "Ecologie Côtière" concernant ce site atelier. La plupart de ces travaux ont été réalisés en étroite collaboration avec différents partenaires qui sont rappelés pour chaque action. Ces dernières se répartissent selon 8 chapitres au sein de 3 thématiques : WP2 : Caractérisation des mortalités estivales in situ • tâche 2.2.1. : dynamique de mortalité, maturation et ponte. Comparaison inter sites (Babe) • tâche 2.2.4 : suivi de la dynamique spatio-temporelle de la mortalité et des performances biologiques de Crassostrea gigas en Baie des Veys (SUMO) WP4 : Tests expérimentaux in situ pour s'affranchir des problèmes de mortalité estivale • tâche 4.3.: réduire la période critique pré-ponte : provoquer la ponte des huîtres en Baie des Veys • tâche 4.4.1.: influence des transferts de cheptels sur les mortalités ostréicoles : Ecarter les huîtres de la Baie des Veys avant le bloom phytoplanctonique de printemps. Retarder la date d'implantation des huîtres en Baie des Veys WP6 : Ecologie côtière et caractérisation de l'environnement • Première approche d'une comparaison entre deux sites ostréicoles: la Baie des Veys (Basse Normandie) et le Bassin de Marennes - Oléron (Charente Maritime) de 1997 à 2002 (contribution non programmée au défi MOREST) • Les caractéristiques conchylicoles dans le contexte de la dynamique évolutive de la Baie des Veys au cours des 10 dernières années. (contribution non programmée au défi MOREST)

At the end of its third year, the regional network for monitoring REMONOR, confirms the particularities of oyster from Normandy in matter of growth and quality. Results from 2 000 are globally very close of those from 1998. Mortality of adults reached 14% and juvenile 6% which represent a low death rate. For this year the most blow area is the Baie des Veys with 31% death rate at Géfosse. Observed growth this year had been weaker than the past two years despite the spring and automnal growth. At spring, the higher recorded growth rate on the West coast with 0.42% (regional average : 0.29%). This seasonal trend seems more and more obvious every year. Regarding the classification of the special oysters, despite the change of the standard, the Baie des Veys is the best sector in which the filling index are the most higher with an average index of 15 (regional average : 11.3). Here again, results from 2 000 are together very close of those from the past two years. Concerning the problem of shell infestation by annelids worms (Polydora and Boccardia), results shown for this year a low compare with 1999. This precisely confirms that the West coast is relatively saved with regard to the other sectors with an average index of 0.22 for the adults and 0.05 for the juveniles (regional average : 0.31 for adults, 0.11 for juveniles). The strong rates observed in 1999 were because of a primary infestation of the oysters., Pour sa troisième année d'existence, le réseau régional de suivi REMONOR confirme les particularités de croissance et de qualité des huîtres de Normandie. Les résultats 2000 sont dans leur ensemble très proches de ceux qui ont été obtenus en 1998. Ainsi la mortalité des adultes a été de 14% et celle des juvéniles de 6%, ce qui représente dans l'ensemble d'assez faibles taux de mortalité. Le secteur le plus touché reste cette année encore la Baie des Veys avec un taux qui a atteint 31% à Géfosse. La croissance observée cette année a été plus faible que les deux années précédentes malgré «des pousses printanières et automnales» plus fortes. Les plus forts taux de croissance printanière ont été enregistrés sur la Côte Ouest avec 0,42 %/j (moyenne régionale : 0,29%/j). Cette tendance saisonnière semble de plus en plus marquée d'année en année. Malgré le changement de norme concernant la limite de classification des huîtres spéciales, la Baie des Veys reste le bassin pour lequel les indices de remplissage sont de loin les plus élevés avec un indice moyen de 15 (moyenne régionale : 11,3). Les résultats obtenus en 2000 sont similaires aux deux années précédentes. Concernant le phénomène d'infestation des huîtres par les annélides des genres Polydora et Boccardia, les résultats sont cette année à la baisse par rapport à l'année 1999.On notera encore, que la Côte Ouest reste relativement épargnée par rapport aux autres bassins avec un indice moyen de 0,22 pour les adultes et 0,05 pour les juvéniles ( moyenne régionale pour les adultes : 0,31 et pour les juvéniles : 0,11). Les forts taux observés en 1999, étaient donc bien dus à une infestation initiale des lots plus forte comme indiqué précédemment.

Crassostrea gigas and Mytilus edulis are reared in four areas along the eastern coast of Cotentin (Normandy). Every five years, a stock assessment survey, based on a stratified random sampling is carried out using aerial photographs. During September 2000, oysters bags and mussel banks random samplings have been weighed on leasing grounds and in random sampled farms in order to evaluate the overall total gross and net weights breeded (oysters 40 000 and mussels 17 000 metric tons, net weights). Age compositions of each stock in each rearing area have been computed. This last stock assessment showed that cultural regulations are less and less observed in Normandy's breeding areas. A strong increase in bag densities has been noticed since 1995. As stock levels remained stable, decreases in yields have been noticed. As a consequence of this report, farmers and Official Authorities should adopt recommendations on cultural practices in Normandy in order to improve shellfish culture management., Comme tous les cinq ans, une étude de stock a été réalisée en 2000 par photographies aériennes de l'ensemble des concessions ostréicoles normandes. La lecture de ces documents a été conduite après stratification des différents bassins sur la base des travaux précédents. Pour les huîtres, des pesées aléatoires de poches sur parcs et dans les ateliers conchylicoles ont été faites. Pour les moules, le calcul des biomasses a nécessité une évaluation du taux d'exploitation des bouchots et du volume moyen de moules qu'ils supportent (moyennes par pieu, par bouchot et par ligne). La composition en âge de ces stocks (moules de un an ou de deux ans, naissain, demi-élevage ou huîtres de taille commerciale) a été calculée bassin par bassin. Les stocks totaux normands ont été évalués à 17 000 t pour les moules et 40 000 t d'huîtres. Une mention particulière a été faite concernant le respect des Schéma Départementaux des structures par les professionnels. De fortes dérives récentes ont été constatées quant aux densités de mollusques en élevage. Malgré cet effort de production supplémentaire, le niveau des stocks est resté parfaitement stable depuis 1995. La dégradation des rendements en produits commerciaux, par unité de surface (huîtres) ou de longueur (moules) est la conséquence directe de cette tendance. En ce qui concerne les huîtres, plus particulièrement, une baisse générale du poids de mollusque vivant, par poche, a été relevée. L'impact des mortalités anormales qui ont affecté la Baie des Veys est également mis en évidence. Une perte d'environ 1800 t a été évaluée. L'ensemble de ces observations devrait conduire la Profession à faire des choix drastiques de gestion collective des différents bassins.

Grâce à une approche multidisciplinaire, ce document constitue la synthèse des connaissances acquises sur la filière conchylicole (huîtres creuses et moules) de la côte Ouest du Cotentin depuis 3 ans. Les aspects positifs, les contraintes et les difficultés physiques, administratives, socio-économiques et biologiques qui caractérisent cette activité ont été abordés tour à tour. Leur synergie a été analysée pour mettre en évidence les mesures de gestion réaliste les plus adaptées.

This report describes the mussel Mytilus edulis sampling stock strategy developed to carry out stock assesments along the French Normandy coastline between 1989 and 1993. The overall totalnetweight reached 13,992 metric tons in 1993 with 27% precision level. Simultaneously, a growth study was carried out on 36 experimental sites to estimate overall variability. Individual total weight varied from 6.6 to 12 g at rearing cycle completion. An empirical management model conceming the Western Cotentin rearing areas was proposed and explained 68% of total weight variance. Based on a stepwise multilinear relationship, the model linked overall growth performance to local stocking density, tidal distribution, and distance from the main runoffs inputs. It aims to provide recommendations in support of decision-making to improve shellfish culture management, La mise au point de la stratégie d'échantillonnage des stocks mytilicoles dans la Manche (Normandie) est présentée ainsi que les estimations des biomasses en élevage en 1989, 1992et 1993. Le tonnage brut du stock, estimé en 1993 avec une précision de27 %, atteint 15.72lt pour 13.992t net. Cette dernière année a fait l'objet, sur 36 stations, d'une étude simultanée de la variabilité des croissances de Mytilus edulis qui s'échelonnent de 6,5 à 12 g en fin de cycle d'élevage. Un modèle global d'interprétation de la croissance mytilicole sur la côte Ouest expliquant 68% de la variabilité de croissance est proposé. Basé sur une régression multilinéaire pas à pas, ce modèle introduit comme variables explicatives les biomasses locales, le niveau d'émersion, un gradient géographique nord-sud et l'éloignement vis-à-vis des principaux havres. Le modèle doit faciliter les prises de décisions d'aménagement des cultures marines.

L'élément marquant intervenu durant l'année 1995 est l'augmentation considérable de la production d'huîtres commercialisables sur l'ensemble du littoral avec 44.000 tonnes produites en 1995 (dont 34.500 t pour le seul département de la Manche) contre 36.000 tonnes en 1990. Cette augmentation était déjà pressentie dans un précédent rapport (Jeanneret et al, 1992), car de nombreux terrains concédés n'étaient pas encore mis en exploitation. Le mot "commercialisable" est important car il ne préjuge pas de la quantité d'huîtres réellement commercialisée. On sait combien la campagne de vente 1995 a été difficile pour l'ensemble des ostréiculteurs français, avec notamment un effondrement des prix de vente à la production (- 30 %) et une part importante d'invendus qui ont été écoulés ensuite partiellement et difficilement, en particulier par des ventes à l'étranger à bas prix. Le marché des huîtres est déjà européen et bientôt mondial. La France est en Europe le principal consommateur d'huîtres (loin devant les autres nations) et des pays comme l'Irlande, la Grande-Bretagne et les Pays-Bas, qui consomment très peu d'huîtres, approvisionnent maintenant le marché européen (et donc la France) avec des produits de bonne qualité. Le problème vient d'un marché déjà saturé par la seule production française. On peut épiloguer longtemps sur le fait que ce phénomène correspond à une surproduction ou une sous consommation, le résultat est le même: les prix baissent et les invendus augmentent. Dans ce contexte nous avons toujours dit que la qualité devait primer la quantité. Si la production locale est importante et place la Normandie en tête des régions de production ostréicole. la qualité des huîtres produites reste fort heureusement au dessus de la moyenne nationale, comme l'attestent les performances de croissance enregistrées à travers le réseau REMORA de l'IFREMER. Les professionnels le savent bien, et nos observations de terrain le prouvent : si le nombre de poches en élevage a augmenté récemment, la charge par poche a diminué et ceci a permis d'augmenter la quantité d'huîtres produites sans nuire à leur qualité. Mais il faut être vigilant, car nous avons déjà atteint un seuil limite de production vendable, et toute initiative visant à promouvoir les produits normands et leur qualité est bienvenue (ex: label régional). La création récente d'une Organisation de Producteurs régionale est une initiative positive qui permettra peut être d'assainir le marché de l'huître, en visant à une meilleure organisation de la profession face à la demande et aux exigences de la grande distribution. Les professionnels normands sont en général d'excellents producteurs, mais peu d'entre eux ont été formés pour affronter les centrales d'achat. Peut-être faudra-t-il également explorer de nouveaux modes de consommation et surtout convaincre les consommateurs. A ce sujet, notons que 90 % des huîtres consommées par les Américains du Nord sont vendues écoquillées pour être cuisinées ou transformées (fumées, congelées ou appertisées). Au delà de ces difficultés économiques les professionnels se trouvent exposés à des problèmes biologiques. En Normandie, les mortalités de naissains n'ont pas atteint les proportions alarmantes observées dans les régions au sud de la Loire. li faut cependant savoir que. faute de captage naturel, la Normandie se repose entièrement sur ces mêmes régions pour son approvisionnement en naissains ; ainsi tout problème apparaissant dans les régions de captage naturel s'étendra immanquablement à la Normandie, et les professionnels locaux restent donc attentifs aux mortalités atteignant les élevages de leur collègues de la côte Atlantique. Le seul élément positif de ces mortalités, comme nous le rappelait un ostréiculteur arcachonnais en 1995, est d'avoir diminué les surdensités de naissains en élevage suite au captage pléthorique de 1994. La situation est cependant suffisamment préoccupante pour que l'IFREMER ait classé comme prioritaires les programmes de recherches sur les mortalités d'huîtres.

Triploid oysters Crassllstrea gigas were: produced in 1990 by treating fertilized eggs with cytochalasin B (CS). Triploids, treated diploids, and controls were deployed early 1991 in a high carrying capacity ecosystem on the Eastern Coast of Normandy (France). A monthly monitoring in 1992 showed that triploids yielded significantly higher growth rate and biochemical composition. However, growth was more heterogeneous. No evidence was found for a length or weight bimodal frequency distribution within triploid groups after a 26 months rearing cycle. Triploids showed retardation of gametogenesis. Carbohydrates content in triploids remained almost constant (40%) from June to September. Their survival rates were significantly lower than controls. Moreover treated diploids were found more sensitive to environmental conditions than controls, demonstrating long term CS effect on oysters. Therefore, the method of induction should be improved to maximize triploidy and long term survival rates. We recommend further field testings to assess triploid response to stressfuI environmental conditions, particularly 10 low carrying capacity ecosystems., Des huîtres creuses triploïdes Crassostrea gigas ont été produites en 1990 au moyen d'un traitement des oeufs fertilisés à la cytochalasine B (CB). Ces lots d'huîtres triploïdes, ainsi que des huîtres traitées mais restées diploïdes, et des diploïdes témoins (non traités) de la même origine ont été mis en élevage dans la Baie des Veys qui représente un écosystème à capacité trophique élevée (Côte est Cotentin, Normandie). Un suivi mensuel des différents lots en 1992 a montré des performances de croissance et un engraissement supérieurs chez les triploïdes par rapport aux diploïdes avec cependant une hétérogénéité de croissance également supérieure. A la fin du cycle d'élevage de 26 mois, aucune fréquence de distribution bimodale, pouvant résulter d'une différence entre triploïdes obtenues en méiose 1et II, des variables 'taille' et 'poids' n'a pu être observés. Les huîtres triploïdes ont présenté une gamétogénèse retardée. Les teneurs élevées en sucres chez les huîtres triploïdes ont présenté une faible variabilité autour de 40% de juin à septembre. Leurs taux de survie ont été inférieurs à ceux de la population témoin diploïde. Par ailleurs, les huîtres réfractaires au traitement à la cytochalasine S, et donc restées diploïdes, ont été plus sensibles aux facteurs de stress environnementaux indiquant ainsi un effet à long terme du traitement. Par conséquent, il apparaît important d'améliorer la méthode d'induction afin de maximiser le taux de triploïdie et de survie à long terme. A partir des informations obtenues, il apparaît important de compléter les tests in-situ dans des écosystèmes pouvant présenter des facteurs de stress plus importants, en particulier dans des milieux à faible capacité trophique.

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Banamia ostreae chez l'huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l'huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Le secteur en attente d'agrément vis à vis de ces deux maladies est la zone X. En accord avec l'autorité compétente, il a été décidé de suspendre cette surveillance depuis 2007 (difficulté d'accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X). L'étude des cas des hausses de mortalités a été poursuivie avec 69 évènements recensés, 69 lots prélevés et analysés, 22 constats rédigés). Comme en 2008, des hausses de mortalités d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l'ensemble des bassins de production principalement en période estivale (60 évènements, 63 lots prélevés et analysés, 18 constats). Le naissain d'huîtres creuses (50/63 lots) a été principalement atteint avec des taux de mortalité calculés particulièrement élevés. Aucun agent à déclaration obligatoire n'a été détecté dans les lots d'huîtres creuses analysés. Des agents viraux (herpèsvirus OsHV -1) et bactériens (bactéries du groupe de Vibrio splendidus, principalement) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2009 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les producteurs que sur les animaux de l'observatoire conchylicole Ifremer ; Il est à noter que les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l'herpès virus OsHV-1 et des bactéries Vibrio aestuarianus et V. splendidus sur les échantillons d'huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2009 ont été réalisés par la cellule analytique du Laboratoire de Génétiques et de Pathologie (LGP) et par des laboratoires d'analyses externes, pour lesquels deux sessions de transfert de méthodes diagnostiques ont été réalisées en 2009. Des hausses de mortalités ont également affecté d'autres espèces de mollusques en élevage (moules de bouchot sur la côte Ouest du Cotentin et en baie de Somme) et en gisement (moules en baie de Seine; palourdes dans le pertuis d'Antioche et dans l'estuaire de la Gironde; coquilles Saint-Jacques dans le pertuis breton et la baie de Quiberon; coques près du Conquet; flions tronqués en baie de Quiberon). L'agent Marteilia refringens a été détecté dans un échantillon de moules prélevé en baie de Seine avec une localisation atypique dans les tissus de l'hôte (présence de M. refringens dans le tissu conjonctif du manteau, des palpes labiaux et des branchies de la moule M. edulis). L'agent Perkinsus olseni a été détecté dans un échantillon de palourdes prélevé en estuaire de la Gironde. La surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques visant à caractériser les espèces de parasites Bonamia chez l'huître plate Ostrea edulis a été poursuivie en 2009. Les nouveaux sites échantillonnés ont été la rivière de la Rance (dept. 35), le pertuis d'Antioche (dept. 17), le golfe de Fos (dept. 13) et le golfe du Morbihan (dept.56), complétant l'échantillonnage réalisé en 2008 à l' issu duquel Bonamia ostreae avait été détecté en baie de Cancale, en rade de Brest et en baie de Quiberon. Enfin, un projet de recherche visant à étudier le cycle du parasite Marteilia refringens a contribué à mettre en évidence l'agent Bonamia exitiosa en co-détection avec Bonamia ostreae dans un échantillon d'huîtres plates Ostrea edulis prélevé dans l'étang de Diana en Corse.

Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Repamo a pour objectif de détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’étude des hausses de mortalités a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la collecte d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (44 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production de mai à août pour le naissain (< 1 an), d’avril à septembre pour les juvéniles (1-2 ans) et toute l’année surtout en juillet-août pour les huîtres creuses adultes. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses prélevés et analysés. Des agents viraux (herpès virus OsHV-1 dans 68 % des lots analysés) et bactériens (Vibrio aestuarianus dans 77 % des lots analysés) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 chez des huîtres creuses prélevées chez les producteurs. Les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 ont été réalisées par neuf laboratoires agréés et les analyses en histo-cytopathologie ont été réalisées par l’unité technique du Laboratoire de Génétique et de Pathologie des Mollusques Marins (LGMM). Des hausses de mortalités ont également affecté d’autres espèces de mollusques : moules d’élevage (Mytilus edulis) à Oye-Plage [ZIR 001] ; praires sauvages (Venus verrucosa) au large de Granville [ZIR 018] ; flions tronqués sauvages (Donax trunculus) en baie de Douarnenez [ZIR 040] et en baie de Quiberon [ZIR 055], des palourdes (Ruditapes philippinarum) d’élevage en rivière d’Auray [ZIR 060], aux traicts du Croisic [ZIR 068] et sauvages sur des gisements en baie du Mont Saint-Michel [ZIR 020] et à l’île d’Oléron [ZIR080]. Le protozoaire du genre Mikrocytos sp a été à nouveau détecté chez des flions tronqués prélevés en baie de Douarnenez en août 2013 et en baie de Quiberon en septembre 2013. Un protozoaire à déclaration obligatoire a été détecté sur une palourde aux Traicts du Croisic.

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de deux Directives Européennes, les Directives 91 /67/CEE et 95/70/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Bonamia ostreae et la Marteiliose à Marteilia refringens chez l'huître plate Ostrea edulis Les deux secteurs en attente d'agrément vis à vis de ces deux maladies sont la zone X et le banc de Granville situé dans la zone IX. En accord avec la DPMA, il a été décidé de suspendre cette surveillance en 2007 (difficulté d'accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X, détection de Bonamia ostreae sur le banc de Granville en 2006). L'étude des cas de mortalités anormales a été poursuivie; le nombre d'évènements en 2007 est supérieur à celui de 2006 (38 évènements, 78 lots analysés, 12 constats rédigés), ils ont principalement eu lieu en période estivale et ont touché la majorité des bassins de production. Comme les années précédentes, OsHV -1 a été détecté par PCR dans de nombreux cas de mortalités de jeunes huîtres creuses (larves, naissain et juvéniles). De nouvelles méthodes diagnostiques reposant sur des techniques biomoléculaires spécifiques ont été développées en 2007 et sont désormais employées pour la recherche de bactéries Vibrionacées connues pour être impliquées dans des mortalités de mollusques (Vibrio splendidus, V. aestuarianus et V. coralliilyticus). Des cas de co·infections OsHV-1 et bactéries Vibrionacées ont été mis en évidence. Dans une moindre mesure, des mortalités ont également affecté des moules de différentes classes d'âge en Méditerranée et en baie de Vilaine ainsi que des ormeaux dans le Cotentin. Pour les années 2006·2007, la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques a ciblé les deux espèces de moules, Mytilus edulis et Mytilus galloprovincialis et leur infection par le parasite Marteilia refringens. En 2007, 6 secteurs de captage et/ou de production mytilicoles ont été suivis (8 en 2006). Il en resort que Marteilia refringens est présent dans les sites mytilicoles de la Baie des Veys (14), de la Rade de Brest (29) et de l'étang de Thau (34) avec une faible prévalence (10% maximum) et affecte principalement des moules cultivées adultes, sauf dans l'étang de Thau où les moules sauvages comme les moules cultivées, naissain comme adultes sont touchées. Les trois protocoles d'épidémiosurveillance ont été complétés par une étude particulière avec l'accord de l'autorité compétente. En 2007, faisant suite à la déclaration par l'Espagne et l'Irlande de cas d'infections à Candidatus Xenohaliotis califomiensis chez des ormeaux d'élevage, il a été décidé d'effectuer une recherche de cet organisme à déclaration obligatoire (Office International des Epizooties) dans les ormeaux produits en France.

Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l’introduction et la propagation d’organismes pathogènes, en particulier ceux à réglementés et de surveiller l’évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font partie des missions institutionnelles de l’IFREMER. L’étude des hausses de mortalités (protocole II) a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la réalisation d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (47 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production principalement au printemps et en été pour le naissain, en été et en automne pour les huîtres creuses adultes. Le naissain d’huîtres creuses a été atteint comme les années précédentes et a fait l’objet de 26 interventions. Il est également à noter que l’année 2012 a été marquée par des demandes d’interventions sur des huîtres creuses adultes de taille marchande (16 interventions). Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses prélevés et analysés. Des agents viraux (herpès virus OsHV-1 dans 72 % des lots analysés) et bactériens (Vibrio aestuarianus dans 64 % des lots analysés) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2012 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les producteurs (42 échantillons) que sur les animaux du réseau d’Observations Conchylicoles (RESCO) (5 échantillons). Il est à noter que les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2012 ont été réalisées par 8 laboratoires agréés et par l’unité technique du Laboratoire de Génétique et de Pathologie des Mollusques Marins (LGP2M). Des hausses de mortalités ont également affecté d’autres espèces de mollusques : moules d’élevage (Mytilus edulis) à Oye-Plage [ZIR 001] ; coques sauvages (Cerastoderma edule) en baie des Veys, Brévands [ZIR 014] et en baie de Somme, gisement Nord [ZIR 007] ; palourdes sauvages (Ruditapes philippinarum) dans le Golfe du Morbihan sur les gisements de Truscat et Noyalo [ZIR020]. Les organismes pathogènes détectés sur ces espèces sont des parasites protozoaires du genre Perkinsus sp. chez des palourdes du gisement naturel de Noyalo dans le Golfe du Morbihan [ZIR 061] en octobre 2012 et la bactérie Vibrio aestuarianus chez des coques d’un gisement en baie de Somme [ZIR 007] en août 2012. Le couple organisme pathogène / espèce hôte de mollusque (protocole III) étudié en 2011-2012 est le couple Mikrocytos sp. chez les flions tronqués Donax trunculus. Un protozoaire du genre Mikrocytos a en effet été détecté à plusieurs reprises lors de mortalité de flions tronqués en 2008 (baie de Quiberon ZIR055), en 2010 (baie de Quiberon ZIR055, baie d’Audierne ZIR042, côte ouest de l’île d’Oléron ZIR075) et en 2011 (baie d’Audierne ZIR042, baie de Douarnenez ZIR040). Il a été décidé de réaliser un suivi d’un an (avril 2011-avril 2012) des flions tronqués sur un gisement naturel où cet agent avait été détecté (Vert Bois sur la côte Ouest de l’île d’Oléron) pour essayer de déterminer une période propice à la détection de cet agent et caractériser l’espèce. Les résultats démontrent qu’il ne s’agit pas de l’espèce Mikrocytos mackini et suggèrent que cet agent est détectable surtout pendant les épisodes de mortalité. La Direction Générale de l’Alimentation (DGAl) a demandé à la plateforme de surveillance épidémiologique en santé animale de considérer le ‘dispositif de surveillance de la pathologie des mollusques Repamo’ dans son programme 2012 d’évaluation des dispositifs de surveillance. Cette évaluation a été menée au cours du premier trimestre 2012 et a fait l’objet d’un rapport d’évaluation. Les points soulevés et les pistes d’amélioration suggérées à l’issue de l’évaluation sont repris pour information en annexe 5 du présent bilan 2012 du réseau Repamo.

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l’introduction et la propagation d’organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l’évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l’IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Bonamia ostreae chez l’huître plate Ostrea edulis et la marteiliose à Marteilia refringens chez l’huître plate Ostrea edulis et les moules Mytilus edulis et M. galloprovincialis. Le secteur en attente d’agrément vis-à-vis de ces deux maladies est la zone X. En accord avec l’autorité compétente, il a été décidé de suspendre cette surveillance depuis 2007 (difficulté d’accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X). L’étude des cas des hausses de mortalités a été poursuivie avec 81 lots prélevés et analysés et 42 constats rédigés pour les huîtres creuses. Comme en 2009, des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) ont été recensées dans l’ensemble des bassins de production principalement en période estivale. Le naissain d’huîtres creuses a été principalement atteint (89 % des lots analysés), avec des taux de mortalité calculés particulièrement élevés. Aucun agent à déclaration obligatoire n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses analysés. Des agents viraux (herpèsvirus OsHV-1) et bactériens (bactéries du groupe de Vibrio splendidus, principalement) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2010 aussi bien chez les huîtres creuses prélevées chez les producteurs que sur les animaux de l’observatoire conchylicole Ifremer. Il est à noter que les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et des bactéries Vibrio aestuarianus et V. splendidus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2010 ont été réalisés par la cellule analytique du Laboratoire de Génétiques et de Pathologie (LGP) et par des laboratoires d’analyses externes agréés, pour lesquels deux sessions de transfert de méthodes diagnostiques ont été réalisées en 2009 et une en 2010. Des mortalités ont également affecté d’autres espèces de mollusques en élevage (moules, Mytilus edulis, dans le Nord-Pas-de-Calais, la Picardie, le Finistère et la Charente-Maritime) et en gisements naturels (flions tronqués, Donax trunculus, à Oléron, Quiberon, en baie d’Audierne et de Douarnenez). Un protozoaire du genre Mikrocytos, distinct des espèces connues chez d’autres mollusques bivalves a été détecté dans trois prélèvements de flions tronqués. Ce parasite a également été retrouvé dans un prélèvement de flions tronqués réalisé en 2008 dans le cadre de mortalités anormales, et fera l’objet d’une étude particulière en 2011. Pour les années 2008- 2010, la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques visait à caractériser les espèces des parasites Bonamia chez l’huître plate Ostrea edulis dans les principaux sites français de captage, de production et les gisements naturels. Les parasites Bonamia ostreae et Bonamia exitiosa ont été détectés en 2009 dans l’étang de Diana en Corse. En 2010, les recherches se sont focalisées sur l’étang de Diane, avec trois prélèvements de 150 individus en mai, août et novembre. Des Bonamia sp. ont été détectés dans chaque prélèvement et sont en cours de caractérisation pour en déterminer l’espèce.

The Normandy region is presently a leading shellfish rearing area in France yielding 35,000 metric tons of oysters C. gigas and Il,000 metric tons of mussels M. edulis on a yearly basis. Preliminary studies were initiated in 1989, 1991 and 1992 to develop the sampling strategy for cultured mussel stock assessment. Comprehensive mussel stock assessment and concomitant growth monitoring were carried out in 1993 to study mussel population and optimize overall s1l1ellfish culture management. A three-stage cluster sampling strategy combined with stratification was tested on the 278 kms 'bouchot' type culture with a sampling effort of 275 units. Stratification was based upon two criteria including geographical sector and tidal level. Overall biomass was estimated to be 15,721 metric tons (1,069 t on the eastern coast o fCotentin) with a 27.7% precision level, representing a total 13,992 t net weight. Concomitant oyster growth monitoring on 36 sites prompted us to study spatial variability and establish relationships to maximize the current spatial management. An empirical model is proposed to link overall growth performance to local stocking density, tidal distribution and distance from the main runoffs inputs. It aims to provide recommendations in support of decision-making to improve shellfish culture. This approach is discussed in view of assumptions inherent in the model and used as a basis for further research programs., La Normandie est actuellement un des principaux secteurs de production des bivalves avec un tonnage annuel de 35 000 t d'huîtres C. gigas et Il 000 t de moules M . edulis. Des études préliminaires ont été effectuées en 1989, 1991 et 1992 afin de mettre au point la stratégie d'échantillonnage des stocks de moules en élevage. Une évaluation complète des stocks et, simultanément, des performances de croissance a été réalisée en 1993 afin d'étudier la population de moules et d'optimiser l'aménagement des cultures de bivalves. Une stratégie d'échantillonnage à 3 degrés combinée à une stratification a été testée sur les 278 kms de bouchots avec un effort d'échantillonnage de 275 unités. La stratification est basée sur les secteurs géographiques et le niveau intertidal. La biomasse brute a été estimée à 15 721 t dont 1069 t sur la côte est avec une précision de 27,7%. La biomasse totale nette représente 13 992 t. En parallèle, les suivis de croissance sur 36 sites nous permettent d'étudier la variabilité spatiale et d'établir des corrélations afin d'optimiser l'aménagement spatial actuel. Un modèle empirique est proposé afin de corréler la performance de croissance à la biomasse en élevage, au niveau d'émersion et l'éloignement des élevages vis à vis des principales sources d'apports terrigènes. L'objectif est de proposer un outil d'aménagement afin de faciliter les choix d'options d'aménagement et d'optimiser les élevages en place. Cette approche est analysée en fonction des hypothèses du modèle et en tant que support pour le développement de programmes de recherches complémentaires.