171 results on '"Lebrun, Luc"'
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2. A new approach to using Diffusive Gradient in Thin-films (DGT) labile concentration for Water Framework Directive chemical status assessment: adaptation of Environmental Quality Standard to DGT for cadmium, nickel and lead
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Amouroux, Isabelle, Gonzalez, Jean-Louis, Guesdon, Stephane, Belzunce-Segarra, María Jesús, Bersuder, Philippe, Bolam, Thi, Caetano, Miguel, Correia Dos Santos, Margarida, Larreta, Joana, Lebrun, Luc, Marras, Barbara, Millán Gabet, Vanessa, McHugh, Brendan, Menchaca, Iratxe, Menet-Nédélec, Florence, Montero, Natalia, Perceval, Olivier, Pierre-Duplessix, Olivier, Regan, Fiona, Rodríguez, Jose Germán, Rodrigo Sanz, Marta, Schintu, Marco, White, Blánaid, and Zhang, Hao
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- 2023
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3. Can shellfish be used to monitor SARS-CoV-2 in the coastal environment?
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Desdouits, Marion, Piquet, Jean-Côme, Wacrenier, Candice, Le Mennec, Cécile, Parnaudeau, Sylvain, Jousse, Sarah, Rocq, Sophie, Bigault, Lionel, Contrant, Maud, Garry, Pascal, Chavanon, Fabienne, Gabellec, Raoul, Lamort, Laure, Lebrun, Luc, Le Gall, Patrik, Meteigner, Claire, Schmitt, Anne, Seugnet, Jean Luc, Serais, Ophélie, Peltier, Cécile, Bressolette-Bodin, Céline, Blanchard, Yannick, and Le Guyader, Françoise S.
- Published
- 2021
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4. Metal concentrations in transitional and coastal waters measured by passive (Diffusive Gradients in Thin-films) and spot sampling: MONITOOL Project Dataset
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Rodríguez, José Germán, Guesdon, Stephane, Amouroux, Isabelle, Belzunce-Segarra, María Jesús, Bersuder, Philippe, Bolam, Thi, Brito, Pedro, Caetano, Miguel, Carvalho, Inês, Correia Dos Santos, Margarida M, Desogus, Alessandro, Fones, Gary R, Gonzalez, Jean-Louis, Larreta, Joana, Lebrun, Luc, Marras, Barbara, McHugh, Brendan, Menet-Nédélec, Florence, Menchaca, Iratxe, Millán Gabet, Vanessa, Monteiro, Carlos E, Montero, Natalia, Nolan, Martin, Regan, Fiona, Rodrigo, Marta, Rosa, Nuno, Schintu, Marco, Schmitt, Anne, Todde, Debora, Warford, Lee, White, Blánaid, Zhang, Hao, Rodríguez, José Germán, Guesdon, Stephane, Amouroux, Isabelle, Belzunce-Segarra, María Jesús, Bersuder, Philippe, Bolam, Thi, Brito, Pedro, Caetano, Miguel, Carvalho, Inês, Correia Dos Santos, Margarida M, Desogus, Alessandro, Fones, Gary R, Gonzalez, Jean-Louis, Larreta, Joana, Lebrun, Luc, Marras, Barbara, McHugh, Brendan, Menet-Nédélec, Florence, Menchaca, Iratxe, Millán Gabet, Vanessa, Monteiro, Carlos E, Montero, Natalia, Nolan, Martin, Regan, Fiona, Rodrigo, Marta, Rosa, Nuno, Schintu, Marco, Schmitt, Anne, Todde, Debora, Warford, Lee, White, Blánaid, and Zhang, Hao
- Abstract
The MONITOOL project (2017-2023) was carried out to describe the relationships between total dissolved and labile metal concentrations measured in spot water samples and in concurrently deployed Diffusive Gradients in Thin-films (DGTs) passive samplers, respectively. The ultimate aim was to adapt existing marine metal Environmental Quality Standards (EQS ) for DGTs, enabling their use in the context of the European Directives (the Water Framework Directive (WFD) and the Marine Strategy Framework Directive (MSFD)). Time-integrated metal concentrations provided by DGTs, representing several days, are an advantage compared to conventional spot sampling, especially in highly dynamic systems, such as transitional waters. Hence, the MONITOOL project aimed to provide a robust database of dissolved and labile metal concentrations in transitional and coastal waters, based upon co-deployments of DGTs and collection of spot water samples at several sampling sites (England, France, Ireland, Italy, Northern Ireland, Portugal, Scotland and Spain), followed subsequently by DGT and water metal analysis. Samplings were carried out in 2018 and 2022, following agreed protocols developed in the framework of the project. The MONITOOL dataset includes metal concentrations from DGTs, measured with Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry (ICP-MS: Cd, Co, Cu, Fe, Mn, Ni, Pb, Zn) and in concurrently collected spot water samples by ICP-MS (Al, Cd, Co, Cu, Mn, Ni, Pb, Zn) and Anodic/Cathodic Stripping Voltammetry (ASV/CSV: Cd, Pb, Ni). Moreover, data on seawater physical-chemical parameters (salinity, temperature, dissolved oxygen, pH, turbidity, total suspended solids, dissolved organic carbon, and total organic carbon) is provided. This database presents the results obtained using, concurrently, different forms of sampling and analytical techniques, enabling the comparison of the results obtained by these strategies and allowing the adaptation of EQS in marine water (EQS to DGTs (EQS )
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- 2024
5. Metal concentrations in transitional and coastal waters measured by passive (Diffusive Gradients in Thin-films) and spot sampling: MONITOOL Project Dataset
- Author
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Rodríguez, José Germán, primary, Guesdon, Stephane, additional, Amouroux, Isabelle, additional, Belzunce-Segarra, María Jesús, additional, Bersuder, Philippe, additional, Bolam, Thi, additional, Brito, Pedro, additional, Caetano, Miguel, additional, Carvalho, Inês, additional, Correia dos Santos, Margarida M., additional, Desogus, Alessandro, additional, Fones, Gary R., additional, Gonzalez, Jean-Louis, additional, Larreta, Joana, additional, Lebrun, Luc, additional, Marras, Barbara, additional, McHugh, Brendan, additional, Menet-Nédélec, Florence, additional, Menchaca, Iratxe, additional, Gabet, Vanessa Millán, additional, Monteiro, Carlos E., additional, Montero, Natalia, additional, Nolan, Martin, additional, Regan, Fiona, additional, Rodrigo, Marta, additional, Rosa, Nuno, additional, Schintu, Marco, additional, Schmitt, Anne, additional, Todde, Debora, additional, Warford, Lee, additional, White, Blánaid, additional, and Zhang, Hao, additional
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- 2024
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6. Évaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département du Finistère. Période 2020-2022
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Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Lebrun, Luc, Terre Terrillon, Aouregan, Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Lebrun, Luc, and Terre Terrillon, Aouregan
- Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats des réseaux de surveillance microbiologique REMI et d’observation des contaminants chimiques ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du Finistère. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité des zones de production de coquillages classées et l’évolution de leur qualité. Sur la période 2020-2022, pour dix zones, la qualité estimée est plus dégradée que le classement en vigueur : c’est le cas pour les huîtres de la baie de Morlaix large, des rivières de l’Elorn aval et de La Laïta, des anses de Moulin neuf, dePenfoul et de Camaret (moules), des tellines de la mer d’Iroise et de la baie de Douarnenez, des coques des rivières de Pont l’Abbé aval, de l’Aven aval et du Bélon aval. À l’inverse, les coques de la baie de Locquirec présentent une qualité estimée meilleure que leur classement.
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- 2023
7. Rapport d'activité 2022. Laboratoire Environnement Ressources de Bretagne Occidentale
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Piquet, Jean-come, Demeule, Carole, Terre Terrillon, Aouregan, Derrien, Amelie, Duval, Audrey, Doner, Anne, Lebrun, Luc, Boulben, Sylviane, Lassudrie, Malwenn, Mertens, Kenneth, Chomerat, Nicolas, Bilien, Gwenael, Piquet, Jean-come, Demeule, Carole, Terre Terrillon, Aouregan, Derrien, Amelie, Duval, Audrey, Doner, Anne, Lebrun, Luc, Boulben, Sylviane, Lassudrie, Malwenn, Mertens, Kenneth, Chomerat, Nicolas, and Bilien, Gwenael
- Abstract
Le Laboratoire Environnement Ressources Bretagne Occidentale (LER/BO) est l’un des neuf laboratoires de l’Unité Littoral. La thématique centrale est l’observation des écosystèmes littoraux. Plus particulièrement, le laboratoire de Concarneau est un pôle d’expertise national et international dans le domaine de la taxonomie du phytoplancton. Implanté sur un site historique des sciences de la mer, au sein d’un territoire où les enjeux littoraux sont prégnants, le LER/BO développe une recherche en phase avec les enjeux et les attentes sociétales locales : expertises en appui aux décisions publiques, actions de communication grand public, sciences participatives… Il opère également différents réseaux de suivis environnementaux (microbiologique, phytoplancton et phycotoxines, contaminants chimiques…) qui permettent de connaitre l’état de santé de nos écosystèmes littoraux. Le Laboratoire développe tout particulièrement une expertise en taxinomie des micro-algues (formes benthiques ou pélagiques, enkystées ou végétatives). Une grande partie des projets du laboratoire concerne ainsi : - Les outils et méthodes d’observation des micro-algues et de leurs effets (outils moléculaires, observation des eaux colorées, veille d’émergence sur les toxines…), - L’amélioration des connaissances relatives aux algales toxiques ou nuisibles, et leurs impacts sur la santé humaine, l’environnement ou les activités économiques. On peut notamment citer les travaux suivants : - Les méthodes d’observation basées sur l’ADN environnemental (ROME colors) - L’observation participative des eaux colorées (PHENOMER) - La surveillance d’Ostreopsis dans le pays basque (OSS64) - Les mécanismes de contamination et de décontamination des pectinidés par l’acide domoïque en appui à la gestion des pêcheries (MASCOET) - Les risques liés aux Micro-Algues toxiques d’Outre-Mer : Risques cIguatériques et ichtyotoXiques (MAORIX) - L’amélioration des connaissances phénotypiques chez le phytoplancton océanique (PHENOM
- Published
- 2023
8. Metal Concentrations in Transitional and Coastal Waters Measured by Passive (Diffusive Gradients in Thin-Films) and Spot Sampling: Monitool Project Dataset
- Author
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Rodríguez, José Germán, primary, Stephane, Guesdon, additional, Isabelle, Amouroux, additional, Jesús, Belzunce-Segarra María, additional, Philippe, Bersuder, additional, Bolam, Thi, additional, Brito, Pedro, additional, Miguel, Caetano, additional, Carvalho, Inês, additional, Santos Margarida, Correia Dos, additional, Desogus, Alessandro, additional, Fones, Gary R., additional, Gonzalez, Jean-Louis, additional, Larreta, Joana, additional, Lebrun, Luc, additional, Barbara, Marras, additional, McHugh, Brendan, additional, Florence, Menet-Nédélec, additional, Menchaca, Iratxe, additional, Vanessa, Millán Gabet, additional, Monteiro, Carlos E., additional, Natalia, Montero, additional, Nolan, Martin, additional, Fiona, Regan, additional, Marta, Rodrigo Sanz, additional, Rosa, Nuno, additional, Marco, Schintu, additional, Schmitt, Anne, additional, Todde, Debora, additional, Warford, Lee, additional, Blánaid, White, additional, and Hao, Zhang, additional
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- 2023
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9. The selection of an ideal diet for Ostrea edulis (L.) broodstock conditioning (part B)
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González-Araya, Ricardo, Lebrun, Luc, Quéré, Claudie, and Robert, René
- Published
- 2012
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10. Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département du Finistère. Edition 2022
- Author
-
Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Lebrun, Luc, and Terre Terrillon, Aouregan
- Subjects
REMI ,département du Finistère ,ROCCH ,contaminations bactériologique et chimique des coquillages ,E. coli ,classement sanitaire des zones de production conchylicole - Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats des réseaux de contrôle microbiologique REMI et d’observation des contaminants chimiques ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du Finistère. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité des zones de production de coquillages classées et l’évolution de leur qualité. En 2021, pour quelques zones, la qualité estimée est plus dégradée que le classement en vigueur, c’est le cas pour les huîtres de baie de Morlaix large, de la presqu’île de Sainte Marguerite, de la rivière de l’Aulne et sillon des Anglais, de la rivière de l’Odet aval, les coques de l’anse de Penfoul et de la rivière de l’Aven. A l’inverse, les huîtres creuses de la rivière de l’Elorn aval, de l’anse du Moulin neuf, les moules de l’anse de Camaret et les palourdes de l’anse de Penfoul présentent une amélioration de leur qualité.
- Published
- 2022
11. Qualité du milieu marin littoral. Bulletin de la surveillance 2021. Département du Finistère
- Author
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Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Derrien, Amelie, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Le Gac-abernot, Chantal, Piquet, Jean-come, Terre Terrillon, Aouregan, Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Derrien, Amelie, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Le Gac-abernot, Chantal, Piquet, Jean-come, and Terre Terrillon, Aouregan
- Abstract
L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en oeuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux pour le département du Finistère. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.
- Published
- 2022
12. Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département du Finistère. Edition 2021
- Author
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Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Lebrun, Luc, and Terre Terrillon, Aouregan
- Subjects
REMI ,département du Finistère ,ROCCH ,contaminations bactériologique et chimique des coquillages ,E. coli ,classement sanitaire des zones de production conchylicole - Abstract
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats des réseaux de contrôle microbiologique REMI et d’observation des contaminants chimiques ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département du Finistère. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité des zones de production de coquillages classées et l’évolution de leur qualité. En 2020, pour quelques zones, la qualité estimée est plus dégradée que le classement en vigueur, c’est le cas pour les coques de la baie de Locquirec, les huîtres de baie de Morlaix aval et large, et en eaux profondes de la rade de Brest, les palourdes de l’anse de Penfoul, les huîtres en eaux profondes du Guilvinec et de Bénodet, des coques de la rivière de Pont l’Abbé, les huîtres de la rivière de l’Odet et les coques de la rivière de l’Aven. A l’inverse, les huîtres creuses de la presqu’île de Sainte Marguerite, de la rivière de l’Aulne et les coques de la baie de Daoulas et de l’anse du Pouldon présentent une amélioration de leur qualité.
- Published
- 2021
13. Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2020. Département du Finistère
- Author
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Boulben, Sylviane, Derrien, Amelie, Demeule, Carole, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Le Gac-abernot, Chantal, Terre Terrillon, Aouregan, Boulben, Sylviane, Derrien, Amelie, Demeule, Carole, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Le Gac-abernot, Chantal, and Terre Terrillon, Aouregan
- Abstract
L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en œuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux pour le Finistère. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.
- Published
- 2021
14. Substances prioritaires DCE : Etude de détermination de facteurs de bioaccumulation (BAF) sur les mollusques en milieu marin
- Author
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Amouroux, Isabelle, Gonzalez, Jean-Louis, Menet-Nedelec, Florence, Maheux, Frank, Brach-Papa, Christophe, Ravel, Christophe, Chavanon, Fabienne, Munaron, Dominique, Guillou, Jean-Louis, Guesdon, Stephane, Seugnet, Jean-Luc, Pierre-Duplessix, Olivier, Schmitt, Anne, Lebrun, Luc, Terre Terrillon, Aouregan, Rozuel, Emmanuelle, and Bely, Nadege
- Abstract
Pour permettre d’évaluer la qualité chimique des masses d’eau en utilisant les résultats de la surveillance opérée sur les bivalves via le ROCCH ou le RINBIO, il est nécessaire de transposer les seuils existants applicables dans les eaux marines en seuils « mollusques » et ainsi d’adapter les NQE eau marine (Normes de Qualité Environnementale) en VGE mollusques (Valeur Guide Environnementale). Cette adaptation nécessite d’utiliser des facteurs de conversion eau-biote : les facteurs de bioconcentration (BCF) ou les facteurs de bioaccumulation (BAF) spécifiques de couples substance-espèce. Les BAF sont les facteurs à privilégier autant que possible car plus représentatifs de ce qui se passe dans le milieu avec notamment la prise en compte des différentes voies d’exposition des organismes aquatiques aux contaminants, i.e. la voie directe (eau) et la voie trophique (ingestion de proies contaminées). Cette démarche de détermination de VGE mollusques est engagée par Ifremer - OFB depuis 2015, et plusieurs étapes ont été réalisées : proposition de VGE mollusques (1) sur la base de données existantes, élaboration d’une méthodologie de détermination de BAF pour les mollusques en milieu marin afin d’acquérir des données BAF terrain. Cette étude de détermination des BAF sur les mollusques en milieu marin a été conduite entre 2016 et 2019, elle concerne 27 substances prioritaires : 3 composés métalliques et 24 substances organiques. Sept sites ont été échantillonnés en parallèle sur les matrices eau marine et mollusques. Suivant les points, les mollusques échantillonnés étaient des moules sauvages (ou d’élevage) et / ou des moules encagés, et deux sites disposaient en plus d’huîtres encagées. Les concentrations dans l’eau marine ont été mesurées sur eau brute et / ou eau filtrée. En dépit des nombreuses difficultés logistiques rencontrées, cette étude souligne d’un point de vue technique, l’intérêt de la SBSE (Stir Bar Sorptive Extraction), pour la recherche de certaines substances organiques dans l’eau marine, la pertinence de rechercher ces substances sur eau brute mais également sur eau filtrée. Cette étude permet de disposer de résultats acquis en parallèle à la fois sur moules encagées, sur moules sauvages ou d’élevage et de mesurer des BAF pour 10 substances : Cd, Ni, Pb, anthracène, PBDE, DDT total, HCH, naphtalène, octylphénol, TBT, permettant d’affiner les VGE mollusques.
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- 2020
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15. Qualité du milieu marin littoral. Bulletin de la surveillance 2019. Département du Finistère
- Author
-
Le Bec, Claude, Le Gac-Abernot, Chantal, Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Amelie Derrien, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, and Terre Terrillon, Aouregan
- Abstract
L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en œuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux pour le Finistère. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.
- Published
- 2020
16. SmartCRF: A Prototype to Visualize, Search and Annotate an Electronic Health Record from an i2b2 Clinical Data Warehouse
- Author
-
COSSIN, Sebastien, LEBRUN, Luc, AYMERIC, Niamkey, MOUGIN, Fleur, LAMBERT, M., DIALLO, Gayo, THIESSARD, Frantz, JOUHET, Vianney, Bordeaux population health (BPH), and Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
- Subjects
User-Computer Interface ,MESH: Data Warehousing ,Data Warehousing ,ComputingMilieux_COMPUTERSANDSOCIETY ,Electronic Health Records ,Information Storage and Retrieval ,MESH: Information Storage and Retrieval ,MESH: Electronic Health Records ,[INFO.INFO-AI]Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI] - Abstract
International audience; Clinical information in electronic health records (EHRs) is mostly unstructured. With the ever-increasing amount of information in patients' EHRs, manual extraction of clinical information for data reuse can be tedious and time-consuming without dedicated tools. In this paper, we present SmartCRF, a prototype to visualize, search and ease the extraction and structuration of information from EHRs stored in an i2b2 data warehouse.
- Published
- 2019
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17. Qualité du milieu marin littoral. Bulletin de la surveillance 2018. Département du Finistère
- Author
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Le Bec, Claude, Le Gac-Abernot, Chantal, Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Amelie Derrien, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, and Terre Terrillon, Aouregan
- Published
- 2019
18. Emergent’Sea Recherche de Substances d’intérêt Emergent en Milieu Marin
- Author
-
Amouroux, Isabelle, Munschy, Catherine, Gonzalez, Jean-louis, Grouhel-pellouin, Anne, Aminot, Yann, Ponzevera, Emmanuel, Dallet, Melissa, Menet-nedelec, Florence, Bizzozero, Lucie, Trut, Gilles, Bouchoucha, Marc, Cheve, Julien, Lebrun, Luc, Gabellec, Raoul, Munaron, Dominique, Bruneau, Audrey, Devreker, David, Amouroux, Isabelle, Munschy, Catherine, Gonzalez, Jean-louis, Grouhel-pellouin, Anne, Aminot, Yann, Ponzevera, Emmanuel, Dallet, Melissa, Menet-nedelec, Florence, Bizzozero, Lucie, Trut, Gilles, Bouchoucha, Marc, Cheve, Julien, Lebrun, Luc, Gabellec, Raoul, Munaron, Dominique, Bruneau, Audrey, and Devreker, David
- Abstract
Dans le cadre du Réseau de Surveillance Prospective, un volet littoral est décliné en 2019, avec l’objectif de proposer un dispositif de recherche des substances d’intérêt émergent (contaminants of emerging concern - CEC) en milieu marin qui permettre in fine d’alimenter la liste des substances pertinentes candidates aux PSEE (Polluants Spécifiques de l’Etat Ecologique). Cela se traduit par l’élaboration en 2019 d’une stratégie d’acquisition de données (substances, matrices, points d’échantillonnage, fréquence et période) et sa déclinaison opérationnelle pour une acquisition de données en 2020-2022. Le principe est d’assurer la pérennité et l’évolutivité de ce dispositif. L’élaboration de cette stratégie s’appuie sur les travaux engagés depuis plus de 10 années par l’Ifremer sur les échantillonneurs passifs en lien avec l’AFB et Aquaref et sur l’expertise et la mise en œuvre de la surveillance environnementale opérées via le ROCCH et le projet de recherche Veille-POP.
- Published
- 2020
19. Détection automatique des œdèmes aigus pulmonaires de surcharge post-transfusionnels dans les dossiers patients informatisés
- Author
-
Cossin, Sébastien, Puntous, Maryse, Pujol, Sophie, Lebrun, Luc, Ferté, Thomas, Augis, Vanessa, Roger, Isabelle, Jouhet, Vianney, and Cossin, Sebastien
- Subjects
[SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie ,[INFO.INFO-CL] Computer Science [cs]/Computation and Language [cs.CL] ,[INFO.INFO-TT] Computer Science [cs]/Document and Text Processing - Abstract
Transfusion-associated circulatory overload (TACO) is a serious adverse event following the transfusion of a labile blood product. Although these events must be reported, under-reporting is common. In this article, we describe the implementation of a semi-automated surveillance system based on automatic language processing of textual data from electronic health records. An algorithm detects the concepts of transfusion and pulmonary edema in the same sentence and generates an alert transmitted to the hemovigilance department. Several unreported cases of TACO were detected by this approach and confirmed after manual validation. This innovative approach is likely to help hemovigilance units detect and monitor post-transfusion adverse events., Les oedèmes aigus pulmonaires de surcharge post-transfusionnels (TACO) sont des évènements indésirables graves consécutifs à la transfusion d'un produit sanguin labile. Bien que ces évènements doivent être signalés, les sous-déclarations sont fréquentes. Dans cet article, nous décrivons l'implémentation d'un système de surveillance semi-automatisé basé sur le traitement automatique de la langue des données textuelles des dossiers patients informatisés. Un algorithme détecte les concepts de transfusion et d'oedème pulmonaire dans une même phrase et génère une alerte transmise aux hémovigilants. Plusieurs cas de TACO non signalés ont été détectés par cette approche puis confirmés après enquête d'hémovigilance. Cette approche innovante est susceptible d'aider les unités d'hémovigilance à détecter et surveiller des évènements indésirables post-transfusionnels dans les établissements.
- Published
- 2019
20. Automatic detection of transfusion-associated circulatory overload (TACO) in electronic health records
- Author
-
Cossin, Sébastien, Puntous, Maryse, Pujol, Sophie, Lebrun, Luc, Ferté, Thomas, Augis, Vanessa, Roger, Isabelle, Jouhet, Vianney, and Cossin, Sebastien
- Subjects
[SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie ,[INFO.INFO-CL] Computer Science [cs]/Computation and Language [cs.CL] ,[INFO.INFO-TT] Computer Science [cs]/Document and Text Processing - Abstract
Transfusion-associated circulatory overload (TACO) is a serious adverse event following the transfusion of a labile blood product. Although these events must be reported, under-reporting is common. In this article, we describe the implementation of a semi-automated surveillance system based on automatic language processing of textual data from electronic health records. An algorithm detects the concepts of transfusion and pulmonary edema in the same sentence and generates an alert transmitted to the hemovigilance department. Several unreported cases of TACO were detected by this approach and confirmed after manual validation. This innovative approach is likely to help hemovigilance units detect and monitor post-transfusion adverse events., Les oedèmes aigus pulmonaires de surcharge post-transfusionnels (TACO) sont des évènements indésirables graves consécutifs à la transfusion d'un produit sanguin labile. Bien que ces évènements doivent être signalés, les sous-déclarations sont fréquentes. Dans cet article, nous décrivons l'implémentation d'un système de surveillance semi-automatisé basé sur le traitement automatique de la langue des données textuelles des dossiers patients informatisés. Un algorithme détecte les concepts de transfusion et d'oedème pulmonaire dans une même phrase et génère une alerte transmise aux hémovigilants. Plusieurs cas de TACO non signalés ont été détectés par cette approche puis confirmés après enquête d'hémovigilance. Cette approche innovante est susceptible d'aider les unités d'hémovigilance à détecter et surveiller des évènements indésirables post-transfusionnels dans les établissements.
- Published
- 2019
21. Bassins insubmersibles et contamination par les micro-algues toxiques (BICMAT)
- Author
-
Derrien, Amelie, Terre Terrillon, Aouregan, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Doner, Anne, Rovillon, Georges-augustin, Amzil, Zouher, Le Bec, Claude, Derrien, Amelie, Terre Terrillon, Aouregan, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Doner, Anne, Rovillon, Georges-augustin, Amzil, Zouher, and Le Bec, Claude
- Abstract
En cas de fermeture de zone de production pour cause de présence d'une espèce de micro algues toxique, une mesure prévoit pour les professionnels de la conchyliculture l'interdiction générale d'utilisation de l'eau de mer déjà pompée dans un bassin insubmersible. C'est dans ce contexte que la DGAL a sollicité l'appui du LER BO pour la mise en place d'une étude dans des conditions professionnelles. Cette étude vise à déterminer d'il existe un risque de contamination lors de l'immersion de coquillages non contaminés dans un bassun insubmersible rempli en eau de mer pompée dans une zone fermée pour cause de présence de micro-algues toxiques. Entre fin juin et début juillet, la présence de Dinophysis sp a entraîné la fermeture de la baie de Concarneau. Des poches de moules et d'huîtres "saines" ont alors été disposées sur le site d'étude choisi (Penfoulic). Après 15 jours d'expérimentation, aucune contamination n'a été mesurée sur les huîtres et les moules stockées en bassin, contrairement à celles placées simultanément sur l'estran.
- Published
- 2019
22. Qualité du milieu marin littoral. Bulletin de la surveillance 2017. Laboratoire Environnement Ressources de Bretagne Occidentale. Département du Finistère
- Author
-
Le Bec, Claude, Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Derrien, Amelie, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Terre Terrillon, Aouregan, Le Bec, Claude, Boulben, Sylviane, Demeule, Carole, Derrien, Amelie, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, and Terre Terrillon, Aouregan
- Published
- 2018
23. Etude sanitaire microbiologique - Site de la Baie de Goulven
- Author
-
Monfort, Patrick and Lebrun, Luc
- Subjects
dioxines ,coques ,plomb ,cadmium ,polychlorobiphényles ,zone conchylicole ,contamination fécale ,Escherichia coli ,benzo(a)pyrène ,mercure ,Baie de Goulven - Abstract
Sur le plan conchylicole, la baie de Goulven est exclusivement concernée par les gisements de coques, aucune activité de production de coquillages n’y étant pratiquée. Le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM), après avoir engagé une évaluation du stock de bivalves par un bureau d’études (Allain et Bernard 2015), a sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) du Finistère pour entreprendre une étude sanitaire et permettre ainsi le classement sanitaire de cette zone et son accès pour les pêcheurs à pied professionnels. Ayant répondu favorablement à cette demande de la profession, l’administration a missionné le laboratoire Ifremer de Concarneau pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus sur le point de suivi « Keremma » ont mis en évidence une qualité bactériologique conforme à un classement sanitaire en classe B pour la zone. Un dépassement du seuil de la classe B en août (16000 E.coli/100g) incite toutefois à la vigilance en période estivale. La qualité chimique, quant à elle, a été estimée à partir des coques et des palourdes prélevées sur la ria de Morlaix dont les résultats satisfont à la réglementation en vigueur. Ce constat implique un passage de ces coquillages dans un établissement conchylicole agréé pour en assurer la purification avant leur mise sur le marché. Au vu de ces conclusions, nous proposons un classement en B de cette zone et l’intégration du point Keremma au sein du réseau de surveillance REMI pour un suivi pérenne de sa salubrité. La réglementation européenne ne se borne pas à fixer des normes pour la production et la mise en marché des coquillages vivants. Désormais, un guide des bonnes pratiques préconise une démarche préventive du risque sanitaire. Pour ce faire, elle suggère d’œuvrer à l’élaboration d’une étude sanitaire incluant l’identification des sources potentielles de contamination d’origine humaine et animale, la détermination des variations intra-annuelles de ces contaminations ou encore la modélisation éventuelle de la circulation de ces polluants biologiques et chimiques. Les données acquises auprès des diverses administrations, collectivités territoriales ou associations suggèrent une contamination concomitante des eaux littorales, l’une générée préférentiellement par l’assainissement littoral qu’il soit collectif (station d’épuration et poste de relèvement) ou autonome (camping) et l’autre d’origine agricole en provenance du bassin versant. Sur ce dernier point, une attention particulière devrait être portée aux points d’abreuvement direct en rivière dont l’impact bactériologique a longtemps été sous-estimé. Enfin, une évaluation de qualité des rejets recensés sur le littoral apporterait des éléments utiles au diagnostic, préliminaires à l’élaboration d’un plan d’actions.
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- 2017
24. Etude sanitaire microbiologique - Site de la rivière de Penzé
- Author
-
Monfort, Patrick and Lebrun, Luc
- Abstract
L’ostréiculture en baie de Morlaix demeure une activité emblématique du territoire qui contribue à sa notoriété ainsi qu’à son attractivité. Cette activité du secteur primaire, qui emploie 107 personnes en Equivalent Temps Plein (ETP), produit annuellement environ 7000 tonnes d’huîtres creuses et environ 90 tonnes d’huîtres plates ce qui représentent indéniablement un poids socio-économique significatif à l’échelon local. Le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM), après avoir engagé une évaluation du stock de bivalves fouisseurs (coques et palourdes) par un bureau d’études (Allain et Bernard 2015), a sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) du Finistère pour entreprendre une étude sanitaire de cette zone et permettre ainsi le classement sanitaire des coquillages du groupe 2. Cette demande ayant fait l’objet d’une acceptation par l’administration, le laboratoire Environnement Ressources Finistère Bretagne Nord de Concarneau a été désigné pour réaliser cette étude sanitaire. Les résultats obtenus au cours de cette année d’étude ont permis d’évaluer les qualités bactériologique et chimique sur les 2 points de suivi, le point « Pointe Saint Jean » d’une part, et le point « Lann ar vern » d’autre part. L’analyse des résultats conclut au classement en salubrité B des deux points échantillonnés et donc au passage de ces coquillages dans un établissement agréé pour la purification avant toute mise sur le marché. Dans le cadre de la surveillance ultérieure de la zone conchylicole, nous avons maintenu le point « Pointe Saint Jean » comme point de référence du réseau REMI en raison de la qualité sanitaire moindre de ce dernier. En effet, un échantillon a présenté une valeur supérieure au seuil réglementaire de la classe B et la moyenne géométrique de 471 E.coli/100g est près du double du point « Lann ar vern (243 E.coli/100g). La réglementation européenne ne se borne pas à fixer des normes pour la production et la mise sur la marché des coquillages vivants. Désormais, le guide des bonnes pratiques préconise une démarche préventive du risque sanitaire. Pour ce faire, elle suggère d’œuvrer à l’élaboration d’une étude sanitaire incluant l’identification des sources potentielles de contamination d’origine humaine et animale, la détermination des variations intra-annuelles de ces contaminations ou encore la modélisation de la circulation de ces polluants biologiques et chimiques. Dans le cadre de cette nouvelle approche méthodologique, nous avons engagé l’étude sanitaire à l’échelle du bassin versant de la Penzé, afin d’identifier les sources potentielles de contamination microbiologique des eaux. Pour y parvenir, nous avons synthétisé de multiples informations obtenues auprès de diverses administrations et collectivités territoriales concernées. Cette synthèse documentaire a été complétée par une visite sur le terrain (inspection du littoral) ayant pour objectif de recenser les rejets, connus ou sauvages, sur le territoire étudié. Les données acquises accréditent l’idée d’une contamination concomitante des eaux littorales, l’une générée préférentiellement par l’assainissement collectif et l’autre d’origine agricole, en lien avec les rejets ponctuels et diffus. Les programmes de bassin versant et la création d’un SAGE sur le bassin versant de la Penzé, prenant en compte les enjeux de la restauration de la qualité de l’eau, de la protection et du développement de la conchyliculture, offre donc une perspective rassurante sur la pérennisation de cette activité traditionnelle, très dépendante de son environnement.
- Published
- 2017
25. Etude sanitaire microbiologique. Ria de la rivière de Morlaix
- Author
-
Monfort, Patrick and Lebrun, Luc
- Subjects
dioxines ,plomb ,cadmium ,polychlorobiphényles ,zone conchylicole ,palourde ,Rivière de Morlaix ,contamination fécale ,Escherichia coli ,benzo(a)pyrène ,mercure - Abstract
La rivière de Morlaix est traditionnellement et exclusivement tournée vers la production d’huîtres creuses depuis des décennies. Dans ce contexte d’activité conchylicole, elle fait l’objet d’un classement sanitaire pour les coquillages du groupe 3 pris par arrêté préfectoral n° 2012 2361-0003 en date du 26/12/2012. Le Comité Régional de la Conchyliculture (CRC) et le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) ont conjointement sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) pour entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (coques et palourdes). Cette demande s’inscrit dans un double objectif de diversification de la production conchylicole dans un contexte difficile de mortalités ostréicoles récurrentes d’une part et de l’accès à de nouveaux gisements pour les pêcheurs à pied professionnels d’autre part. Ayant répondu favorablement à cette demande de la profession, l’administration a missionné le laboratoire Ifremer de Concarneau pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des coques et des palourdes prélevées sur la ria de Morlaix. La qualité bactériologique, quant à elle, conduit à un classement sanitaire en classe B pour l’ensemble des points échantillonnés ce qui traduit une qualité microbiologique homogène des zones conchylicoles. Ce constat implique un passage de ces coquillages dans un établissement conchylicole agréé pour en assurer la purification avant leur mise sur le marché. En raison des points échantillonnés situés sur 2 zones, nous suggérons de retenir le point « La Palud » (zone 29.01.030) et Barnenez (zone 29.01.040) comme points de suivi pérenne du réseau REMI. La réglementation européenne ne se borne pas à fixer des normes pour la production et la mise en marché des coquillages vivants. Désormais, un guide des bonnes pratiques préconise une démarche préventive du risque sanitaire. Pour ce faire, elle suggère d’œuvrer à l’élaboration d’une étude sanitaire incluant l’identification des sources potentielles de contamination d’origine humaine et animale, la détermination des variations intra-annuelles de ces contaminations ou encore la modélisation éventuelle de la circulation de ces polluants biologiques et chimiques. Les données acquises auprès des diverses administrations, collectivités territoriales ou associations suggèrent une contamination concomitante des eaux littorales, l’une générée préférentiellement par l’assainissement collectif (station d’épuration et poste de relèvement) et l’autre d’origine agricole. Sur ce dernier point, une attention particulière devrait être portée aux points d’abreuvement direct en rivière dont l’impact bactériologique a longtemps été sous-estimé. Enfin, une évaluation de qualité des rejets recensés sur le littoral apporterait des éléments utiles au diagnostic, préliminaire à l’élaboration d’un plan d’actions.
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- 2015
26. Romedi: An Open Data Source About French Drugs on the Semantic Web.
- Author
-
Cossin, Sébastien, Lebrun, Luc, Lobre, Grégory, Loustau, Romain, Jouhet, Vianney, Griffier, Romain, Mougin, Fleur, Diallo, Gayo, and Thiessard, Frantz
- Subjects
SEMANTIC Web ,INFORMATION sharing ,MEDICAL language ,VOCABULARY ,PRODUCT attributes - Abstract
The W3C project, “Linking Open Drug Data” (LODD), linked several publicly available sources of drug data together. So far, French data, like marketed drugs and their summary of product characteristics, were not integrated and remained difficult to query. In this paper, we present Romedi (Référentiel Ouvert du Médicament), an open dataset that links French data on drugs to international resources. The principles and standard recommendations created by the W3C for sharing information were adopted. Romedi was connected to the Unified Medical Language System and DrugBank, two central resources of the LODD project. A SPARQL endpoint is available to query Romedi and services are provided to annotate textual content with Romedi terms. This paper describes its content, its services, its links to external resources, and expected future developments. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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- 2019
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27. Etude sanitaire microbiologique. Ria de la rivière du Faou
- Author
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Monfort, Patrick and Lebrun, Luc
- Subjects
dioxines ,plomb ,cadmium ,polychlorobiphényles ,contamination fécale ,Escherichia coli ,benzo(a)pyrène ,zone conchyli cole ,mercure ,Rivière du Faou ,palourdes - Abstract
L'activité conchylicole sur la rivière du Faou se résume pour l'heure à l'élevage d'huîtres creuses pour lequel d'estuaire est classé en zone de salubrité B. Suite à la sollicitation du Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) de Bretagne pour y entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (palourdes), l'administration départementale a donné un avis favorable et mission l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la MER (Ifremer) pour mener à bien cette étude. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des palourdes et à l'opposé, une qualité bactériologique médiocre, induisant une estimation de la qualité en zone de salubrité C pour ces bivalves du groupe 2. En l'absence de différence marquée entre les deux points échantillonnés celui de Verveur vian a été identifié comme plus exposé aux sources d'apports contaminants situées en amont de la rivière du Faou. Il a donc été retenu comme point de référence dans le cadre de la surveillance ultérieure du réseau microbiologique REMI. L'analyse des données a pu déceler une différence marquée entre les niveaux de contamination moyens entre la période estivale (juin à septembre) et le reste de l'année (octobre à mai). Cependant, la fréquence élevée des concentrations bactériennes, supérieures au seuil réglementaire de 4600 E.coli/100g tout au long de l'année n'a pas permis de proposer un classement alternatif de la zone. Par ailleurs, l'absence de relation entre la pluviométrie et la contamination bactérienne souligne le rôle prépondérant des rejets ponctuels sur les rejets diffus. Dans le cadre de la réglementation européenne des zones conchylicoles et de l'approche préventive qu'elle sous-tend, nous avons entrepris l'identification des sources potentielles de contamination bactériologique à l'échelle du bassin versant. Les informations fournies par les acteurs du bassin versant (administrations, collectivités...) accréditent l'idée d'une contamination aux origines multiples (urbaine, agricole voire industrielle). Un recensement des émissaires sur le littoral estuarien a été complété par deux campagnes de prélèvements d'eaux pour apprécier les apports antrophiques. Les résultats révèlent des concentrations plus abondantes à quatre exutoires, le Faou amont, le Faou rive droite, Poulmoïc et Keronézou. Une évaluation complémentaire des flux bactériens en périodes sèches et pluvieuses permettrait de mieux appréhender l'impact respectif des sous bassins incriminés, base d'un plan d'actions approprié et hiérarchisé susceptible de restaurer la qualité sanitaire des eaux estuariennes et donc d'affirmer la vocation conchylicole de cet espace maritime.
- Published
- 2015
28. Etude de zone microbiologique. Ria de la rivière de Morlaix
- Author
-
Monfort, Patrick and Lebrun, Luc
- Subjects
dioxines ,plomb ,cadmium ,polychlorobiphényles ,zone conchylicole ,Rivière de Morlaix ,contamination fécale ,Escherichia coli ,benzo(a)pyrène ,palourdes ,mercure - Abstract
La rivière de Morlaix est traditionnellement et exclusivement tournée vers la production d'huîtres creuses depuis des décennies. Dans ce contexte d'activité conchylicole, elle fait l'objet d'un classement sanitaire pour les coquillages du groupe 3 pris par l'arrêté préfectoral n° 2012 2361-0003 en date du 26/12/2012. Le Comité Régional de la Conchyliculture (CRC) et le Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) ont conjointement sollicité la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) pour entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2 (coques et palourdes). Cette demande s'inscrit dans un double objectif de diversification de la production conchylicole dans un contexte difficile de mortalités ostréicoles récurrentes d'une part et de l'accès à de nouveaux gisements pour les pêcheurs à pied professionnels d'autre part. Ayant répondu favorablement à cette demande de la profession, l'administration a missionné le laboratoire Ifremer de Concarneau pour mener à bien cette étude. Ce rapport préliminaire ne traite que des données bactériologiques et chimiques des coquillages acquises dans le cadre de l'étude sanitaire et ceci dans le souci d'une transmission rapide de l'information aux acteurs concernés. Le second volet de l'étude relatif aux sources potentielles de la contamination, dite étude sanitaire, plus chronophage, complétera ce document ultérieurement. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des coques et des palourdes prélevées sur la ria de Morlaix. La qualité bactériologique, quant à elle, conduit à un classement sanitaire en classe B pour l'ensemble des points échantillonnés ce qui traduit une qualité microbiologique homogène des zones conchylicoles. En raison des points échantillonnés situés sur 2 zones, nous suggérons de retenir le point "La Palud" (zone 29.01.030) et Barnenez (zone 29.01.040) comme points de suivi pérenne du réseau REMI.
- Published
- 2014
29. Etude de zone microbiologique. Ria de la rivière du Faou
- Author
-
Monfort, Patrick and Lebrun, Luc
- Subjects
dioxines ,plomb ,cadmium ,polychlorobiphényles ,zone conchylicole ,contamination fécale ,Escherichia coli ,benzo(a)pyrène ,palourdes ,mercure ,Rivière du Faou - Abstract
L'activité conchylicole sur la rivière du Faou se résume pour l'heure à l'élevage d'huîtres creuses pour lequel l'estuaire est classé en zone de salubrité B. Suite à la sollicitation du Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins (CRPMEM) de Bretagne pour y entreprendre une étude sanitaire sur les coquillages du groupe 2, l'administration départementale a donné un avis favorable et missionné l'Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la MER (IFREMER) pour mener à bien cette étude. Ce rapport préliminaire ne traite que les données bactériologiques et chimiques des coquillages acquises dans le cadre du suivi sanitaire et ceci dans un souci d'une transmission rapide de l'information aux acteurs concernés. Le second volet relatif aux sources potentielles de contaminations, dite étude sanitaire, plus chronophage, complétera ce document par la suite. Les résultats obtenus ont mis en évidence une qualité chimique satisfaisante des palourdes et une qualité bactériologique médiocre, induisant un classement sanitaire en zone de salubrité C pour ces bivalves du groupe 2. En l'absence de différence marquée entre les deux points échantillonnés celui de Verveur vian a été retenu comme point de référence dans le cadre de la surveillance ultérieure du réseau microbiologique REMI. L'analyse des données a décelé une différence marquée entre la période estivale (juin à septembre) et le reste de l'année (octobre à mai). Cependant, le niveau élevé de cette contamination bactériologique tout au long de l'année ne permet pas d'envisager un classement alternatif de la zone. Par ailleurs, l'absence de relation entre la pluviométrie et la contamination bactérienne souligne le rôle prépondérant des rejets ponctuels sur les rejets diffus. Les deux campagnes d'analyse d'eau menées sur le bassin versant révèlent des concentrations plus abondantes à quatre exutoires, le Faou amont, le Faou rive droite, Poulmoïc et Keronézou. Une évaluation complémentaire des flux bactériens permettrait de mieux appréhender l'impact respectif des sous bassins incriminés, base d'un plan d'actions pour une restauration de la qualité sanitaire des eaux estuariennes.
- Published
- 2014
30. Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins
- Author
-
Lupo, Coralie, Osta Amigo, Axel, Fleury, Elodie, Robert, Stephane, Garcia, Celine, Arzul, Isabelle, Baillon, Laury, Bechemin, Christian, Canier, Lydie, Chollet, Bruno, Dechamps, Lucie, Dubreuil, Christine, Faury, Nicole, Francois, Cyrille, Godfrin, Yoann, Lapegue, Sylvie, Morga, Benjamin, Travers, Marie-agnes, Tourbiez, Delphine, Masson, Jean-claude, Verin, Francoise, Cordier, Remy, Gangnery, Aline, Louis, Wilfried, Mary, Charlotte, Normand, Julien, Penot, Julia, Cheve, Julien, Dagault, Francoise, Le Jolivet, Aurore, Le Gal, Dominique, Lebrun, Luc, Bellec, Gwenael, Bouget, Jean-francois, Cochennec-laureau, Nathalie, Palvadeau, Hubert, Grizon, James, Chabirand, Jean-michel, Pepin, Jean-francois, Seugnet, Jean-luc, D'Amico, Florence, Maurer, Daniele, Le Gall, Patrik, Mortreux, Serge, Baldi, Yoann, Orsoni, Valerie, Bouchoucha, Marc, Le Roy, Valerian, Pouvreau, Stephane, Queau, Isabelle, Lamoureux, Alice, Lupo, Coralie, Osta Amigo, Axel, Fleury, Elodie, Robert, Stephane, Garcia, Celine, Arzul, Isabelle, Baillon, Laury, Bechemin, Christian, Canier, Lydie, Chollet, Bruno, Dechamps, Lucie, Dubreuil, Christine, Faury, Nicole, Francois, Cyrille, Godfrin, Yoann, Lapegue, Sylvie, Morga, Benjamin, Travers, Marie-agnes, Tourbiez, Delphine, Masson, Jean-claude, Verin, Francoise, Cordier, Remy, Gangnery, Aline, Louis, Wilfried, Mary, Charlotte, Normand, Julien, Penot, Julia, Cheve, Julien, Dagault, Francoise, Le Jolivet, Aurore, Le Gal, Dominique, Lebrun, Luc, Bellec, Gwenael, Bouget, Jean-francois, Cochennec-laureau, Nathalie, Palvadeau, Hubert, Grizon, James, Chabirand, Jean-michel, Pepin, Jean-francois, Seugnet, Jean-luc, D'Amico, Florence, Maurer, Daniele, Le Gall, Patrik, Mortreux, Serge, Baldi, Yoann, Orsoni, Valerie, Bouchoucha, Marc, Le Roy, Valerian, Pouvreau, Stephane, Queau, Isabelle, and Lamoureux, Alice
- Abstract
Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d
- Published
- 2016
31. Anaesthesia and gonad sampling in the European flat oyster ( Ostrea edulis)
- Author
-
Suquet, Marc, Araya, Ricardo Gonzales, Lebrun, Luc, Queau, Isabelle, Mingant, Christian, and Robert, René
- Published
- 2010
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32. Bilan 2013 du réseau Repamo - Réseau national de surveillance de la santé des mollusques marins
- Author
-
Francois, Cyrille, Joly, Jean-pierre, Garcia, Celine, Lupo, Coralie, Travers, Marie-agnes, Tourbiez, Delphine, Chollet, Bruno, Faury, Nicole, Haffner, Philippe, Dubreuil, Christine, Serpin, Delphine, Renault, Tristan, Cordier, Remy, Hebert, Pascale, Le Gagneur, Eric, Parrad, Sophie, Gerla, Daniel, Cheve, Julien, Penot, Julia, Le Gal, Dominique, Lebrun, Luc, Le Gac-abernot, Chantal, Langlade, Aime, Bedier, Edouard, Palvadeau, Hubert, Grizon, James, Chabirand, Jean-michel, Robert, Stephane, Seugnet, Jean-luc, Rumebe, Myriam, Le Gall, Patrick, Bouchoucha, Marc, Baldi, Yoann, Masson, Jean-claude, Francois, Cyrille, Joly, Jean-pierre, Garcia, Celine, Lupo, Coralie, Travers, Marie-agnes, Tourbiez, Delphine, Chollet, Bruno, Faury, Nicole, Haffner, Philippe, Dubreuil, Christine, Serpin, Delphine, Renault, Tristan, Cordier, Remy, Hebert, Pascale, Le Gagneur, Eric, Parrad, Sophie, Gerla, Daniel, Cheve, Julien, Penot, Julia, Le Gal, Dominique, Lebrun, Luc, Le Gac-abernot, Chantal, Langlade, Aime, Bedier, Edouard, Palvadeau, Hubert, Grizon, James, Chabirand, Jean-michel, Robert, Stephane, Seugnet, Jean-luc, Rumebe, Myriam, Le Gall, Patrick, Bouchoucha, Marc, Baldi, Yoann, and Masson, Jean-claude
- Abstract
Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Repamo a pour objectif de détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’étude des hausses de mortalités a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la collecte d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (44 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production de mai à août pour le naissain (< 1 an), d’avril à septembre pour les juvéniles (1-2 ans) et toute l’année surtout en juillet-août pour les huîtres creuses adultes. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses prélevés et analysés. Des agents viraux (herpès virus OsHV-1 dans 68 % des lots analysés) et bactériens (Vibrio aestuarianus dans 77 % des lots analysés) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 chez des huîtres creuses prélevées chez les producteurs. Les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 ont été réalisées par neuf laboratoires agréés et les analyses en histo-cytopathologie ont été réalisées par l’unité technique du Laboratoire de Génétique et de Pathologie des Mollusques Marins (LGMM). Des hausses de mortalités ont également affecté d’autres espèces de mollusques : moules d’élevage (Mytilus edulis) à Oye-Plage [ZIR 001] ; praires sauvages (Venus verrucosa) au large de Granville [ZIR 018] ; flions tronqués sauvages (Donax trunculus) en baie de Douarnen
- Published
- 2014
33. Étude sur la prolifération de la micro algue Alexandrium minutum en rade de Brest
- Author
-
Chapelle, Annie, Le Bec, Claude, Amzil, Zouher, Dreanno, Catherine, Guillou, Laure, Klouch, Khadidja, Labry, Claire, Le Gac, Mickael, Pineau-guillou, Lucia, Siano, Raffaele, Abernot, Chantal, Andrieux, Francoise, Caradec, Florian, Destombe, Christophe, Dia, A., Doner, Anne, Duval, Julia, Gouriou, Jeremie, Lazure, Pascal, Lebrun, Luc, Le Gal, Dominique, Malestroit, Pascale, Petton, Sebastien, Plus, Martin, Quere, Julien, Savar, Veronique, Schmitt, Sophie, Terre, A., Youenou, Agnes, Chapelle, Annie, Le Bec, Claude, Amzil, Zouher, Dreanno, Catherine, Guillou, Laure, Klouch, Khadidja, Labry, Claire, Le Gac, Mickael, Pineau-guillou, Lucia, Siano, Raffaele, Abernot, Chantal, Andrieux, Francoise, Caradec, Florian, Destombe, Christophe, Dia, A., Doner, Anne, Duval, Julia, Gouriou, Jeremie, Lazure, Pascal, Lebrun, Luc, Le Gal, Dominique, Malestroit, Pascale, Petton, Sebastien, Plus, Martin, Quere, Julien, Savar, Veronique, Schmitt, Sophie, Terre, A., and Youenou, Agnes
- Abstract
Suite à l’événement de grande ampleur d’efflorescence d’Alexandrium minutum et des toxicités associées en Rade de Brest en 2012, un projet a été élaboré avec la Région Bretagne dans le cadre du développement du port de Brest. L’Ifremer a organisé un échantillonnage dans l’estuaire de la rivière de Daoulas, zone la plus touchée en 2012, au cours des printemps-été 2013 et 2014. Un suivi de la présence d’A. minutum dans les sédiments a également été réalisé en hiver 2014. De ces suivis, des mesures réalisées au laboratoire à ce jour, des simulations du modèle Prévimer ainsi que des résultats du réseau Rephy et Velyger, il ressort que: * La rade de Brest peut aujourd’hui être considérée comme une zone à risque pour Alexandrium minutum. En effet, depuis 2012 les blooms sont récurrents, dépassant le seuil d’alerte et entrainant une toxicité des coquillages. L’ensemble de la rade présente des sédiments contaminés par la présence d’A. minutum. * La période à risque s’étend de mi-mai à fin août. Les estuaires du fond de rade, ainsi que le Sillon des Anglais sont les zones les plus touchées. En Baie de Daoulas et au Sillon des Anglais, l’année 2014 a été une année présentant un développement d’A. minutum, ainsi que des toxicités, sur une période très longue par rapport à 2012 et 2013. Le secteur Elorn a vu des concentrations en A. minutum ponctuellement supérieures au seuil d’alerte mais pas de toxicité. * Le suivi Daoulex a mis en évidence l’importance de la température de l’eau pour le démarrage du bloom. 2014 est une année où les températures de l’eau ont été plus chaudes au printemps ce qui coïncide avec un démarrage beaucoup plus précoce, dès mi-mai du bloom. C’était la situation opposée en 2013. * Les apports de nutriments par la rivière Mignonne semblent aussi être un facteur non négligeable, 2014 se situant entre les forts débits de 2012 et les débits plus faibles de 2013. L’intensité du bloom d’A. minutum présente cette même différence interannuelle. * Les blooms d’A
- Published
- 2014
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34. Utilisation de bactéries de la classe des Bacilli pour la fabrication d'une composition pour la prévention du syndrome de compression des vertébrés chez les salmonidés
- Author
-
Aubin, Joel, Labbé, Laurent, Gatesoupe, François, Lebrun, Luc, Sol Agro et hydrosystème Spatialisation (SAS), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Salmoniculture Expérimentale Marine INRA Ifremer SEMII (SEMII), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Nutrition, Aquaculture et Génomique (NUAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), and Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)
- Subjects
salmonidae ,bactérie ,aquaculture ,bacilli ,A61K35/74 ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,bacillus ,[SDE]Environmental Sciences ,[INFO]Computer Science [cs] ,compression des vertébrés ,SALMONIDE - Published
- 2003
35. Impact techniques de triploïdisation sur les facteurs de qualité chez la truite arc-en-ciel
- Author
-
Aubin, Joël, Lefèvre, Florence, Haffray, Pierrick, Fauconneau, Benoit, Jalabert, Bernard, Labbé, Laurent, Bizouarn, Yvon, Guiavarc'h, E., Houis, Vincent, Lebrun, Luc, Station de Salmoniculture Expérimentale Marine INRA Ifremer SEMII (SEMII), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Station commune de Recherches en Ichtyophysiologie, Biodiversité et Environnement (SCRIBE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF)
- Subjects
salmonidae ,oncorhynchus mykiss ,eau douce ,poisson ,eau de mer ,qualité ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,triploidisation ,éclosérie ,croissance ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,truite arc en ciel - Abstract
National audience
- Published
- 2002
36. Effect of sampling location, release technique and time after activation on the movement characteristics of scallop (Pecten maximus) sperm
- Author
-
Suquet, Marc, Quere, Claudie, Mingant, Christian, Lebrun, Luc, Ratiskol, Dominique, Miner, Philippe, Cosson, Jacky, Suquet, Marc, Quere, Claudie, Mingant, Christian, Lebrun, Luc, Ratiskol, Dominique, Miner, Philippe, and Cosson, Jacky
- Abstract
Sperm characteristics of scallops have not been well described in the scientific literature. The effects of sperm release technique (thermal shock versus serotonin injection), of sperm collection technique (testis sampling versus serotonin injection), of sperm sampling location along the genital tract, of in vitro sperm maturation, and of time post activation on scallop sperm characteristics were assessed in the present work. Whatever sperm release technique used, no significant differences were observed regarding the percentage of motile spermatozoa and the velocity of the average path (YAP). Compared to testicular sperm, a higher percentage of motile spermatozoa, YAP and intracellular adenosine triphosphate (ATP) content were observed for sperm shed after serotonin injection. From the distal part of testes up to the gonopore, an increase of the percentage of motile spermatozoa and YAP was assessed, suggesting a sperm 'maturation process' along the genital ducts. A higher increase in the percentage of motile sperm was recorded during a 5 mm incubation of testicular sperm in seawater containing 2 mM serotonin and seawater containing 10 mM caffein compared to seawater (control). In addition, a higher YAP was assessed, incubating testicular sperm in caffein, compared to control or serotonin. Then, the percentage of motile spermatozoa, YAP and intracellular ATP content exhibited a progressive reduction during the 10 h swimming period. Mean values of the percentage of motile spermatozoa, YAP, sperm track linearity (LIN) and intracellular ATP content recorded at the beginning of the movement period for sperm samples collected after intragonadal serotonin injection, were 82 +/- 7%, 162 +/- 15 mu m s(-1), 0.33 +/- 0.12 and 212 +/- 133 nmol x 10(-9) spermatozoa (n = 9 males), respectively. The present study confirms the existence of a sperm "maturation process" along scallop genital ducts. In addition, the cessation of scallop sperm movement can be explained by the exhausti
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- 2013
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37. Effect of age and environmental conditions on the movement characteristics of Pacific oyster (Crassostrea gigas) trochophores
- Author
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Suquet, Marc, Rimond, Flore, Cosson, J., Wilson-leedy, J., Lebrun, Luc, Queau, Isabelle, Mingant, Christian, Fauvel, Christian, Suquet, Marc, Rimond, Flore, Cosson, J., Wilson-leedy, J., Lebrun, Luc, Queau, Isabelle, Mingant, Christian, and Fauvel, Christian
- Abstract
The movement characteristics of Pacific oyster trochophores have received very little coverage in the scientific literature. Described here are not only changes in the swimming characteristics of Crassostrea gigas trochophores (size: 53-77 mu m) in relation to time after fertilization and to inter-female variation but also the effects of salinity and pH on movement characteristics. The percentage of motile trochophores was measured on images obtained through a dissecting microscope and the Velocity Average Path (VAP) was assessed using a Computer Assisted Sperm Analysis (CASA) system. At 20 degrees C, the first movements of the trochophores were observed at 6.5 h post-fertilization. The mean (+/- SD) percentage of swimming trochophores and the VAP observed in seawater at 11.5 h post-fertilization were 85 +/- 10% and 146 +/- 75 mu m s(-1), respectively (n = 8 females). Significant inter-female variation in the percentage of motile trochophores (range: +/- 16-93 +/- 3%) and in the VAP (55 +/- 47 -180 +/- 90 mu m s(-1)) was detected. Most of the trochophores were motile in a 9 parts per thousand salinity solution. Adjusting the pH of the seawater to values from 5.10 to 9.08 had no effect on swimming characteristics. The present study shows that the movement of oyster trochophores exhibits high plasticity in relation to environmental conditions because the highest percentages of swimming trochophores and optimal velocity values were recorded within large ranges of salinity and pH. Further research is required to determine whether the swimming performances of trochophores can be used to assess embryo quality in commercial hatcheries.
- Published
- 2013
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38. Setting of a procedure for experimental fertilisation of Pacific oyster (Crassostrea gigas) oocytes
- Author
-
Song, Yun-peng, Suquet, Marc, Queau, Isabelle, Lebrun, Luc, Song, Yun-peng, Suquet, Marc, Queau, Isabelle, and Lebrun, Luc
- Abstract
The quality of oyster spermatozoa has become an issue for modern aquaculture. However, reliable protocols used to assess gamete quality are lacking. The aim of this work is to define a standardised experimental fertilisation protocol for Pacific oyster oocytes. Six experiments have been carried out in this study. The optimal conditions for Pacific oyster experimental fertilisation have been defined: (1) oocytes can be conserved in seawater for at least 4 h before fertilisation. (2) oocyte concentration: 100-1000 ml(-1) seawater, (3) fertilisation volume: 10-100 nil, (4) spermatozoa: oocyte ratio: 400 to maintain discriminating conditions, (5) gamete contact time: longer than 10 mill and (6) fertilisation and incubation temperatures: both 19 degrees C. The effect of individual male significantly influenced the fertilisation success. The results of this study will be exploited for spermatozoal quality analysis in combination with other techniques. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
- Published
- 2009
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39. Anesthesia in Pacific oyster, Crassostrea gigas
- Author
-
Suquet, Marc, De Kermoysan, Goulwen, Araya, Ricardo Gonzalez, Queau, Isabelle, Lebrun, Luc, Le Souchu, Pierrick, Mingant, Christian, Suquet, Marc, De Kermoysan, Goulwen, Araya, Ricardo Gonzalez, Queau, Isabelle, Lebrun, Luc, Le Souchu, Pierrick, and Mingant, Christian
- Abstract
A reliable anaesthesia and sampling protocol for Pacific oysters will enable experiments to be conducted without sacrificing animals and will facilitate successive sampling of individuals for gametogenesis studies. As no such techniques were available for Crassostrea gigas, the present study aimed to define suitable anaesthetic conditions for use with this species. Three groups of ten oysters (mean weight +/- SD, 32.1 +/- 9.0 g) were anaesthetised in 5 L containers. Among different chemicals: benzocaine, eugenol and three different types of magnesium chloride (a laboratory one Flucka (R) - and two designed for agriculture - DEUSA International (R) and Dead SeaWorks (R)) and concentrations tested, one laboratory (concentration: 72 g L-1) and one agricultural (Dead SeaWorks (R) 50 g L-1) type of magnesium chloride were the most effective, respectively inducing anaesthesia in 73 +/- 3% and 80 +/- 3% after three hours. Lower oyster weight and a two day period of starving prior to treatment significantly increased the number of anaesthetised animals. Using this protocol, losses of 0 to 10% of oysters were observed one week after anaesthesia. Increasing anaesthesia duration from 3 to 16 h resulted in a significant increase in the number of anaesthetised oysters (from 50 +/- 10 to 97 +/- 7%) but no increase in mortality (7 +/- 11%). On the other hand, reducing water temperature from 19.5 degrees C to 15.3 degrees C, resulted in a significant decrease in anaesthesia efficacy. A reliable anaesthesia protocol was developed: 100% of Pacific oysters are anaesthetised using 50 g L-1 MgCl2 Dead Sea Work (R) for a 16 h duration. This long duration facilitates tissue sampling and does not increase the working time needed. This protocol was validated by monthly anaesthesia and gonad sampling during a three month period with the loss of only a single oyster. It can thus be used for routine applications., Un protocole complet d'anesthésie chez les huîtres creuses devrait faciliter l'échantillonnage successif des mêmes animaux, sans les sacrifier, favorisant notamment l'étude de la gamétogenèse. Cette étude a pour but de définir des conditions fiables d'anesthésie adaptées à l'huître creuse, Crassostrea gigas. Trois groupes de 10 huîtres chacun (poids moyen $\pm $ écart-type, 32,1 $\pm $ 9,0 g) ont été anesthésiés dans des récipients de 5 L. Parmi les différents anesthésiants testés : benzocaïne, eugénol et trois types de chlorure de magnésium différents (un de laboratoire Flucka $^{\circledR}$ et deux agricoles : DEUSA International $^{\circledR}$ et Dead Sea Works $^{\circledR })$, les chlorures de magnésium de laboratoire (concentration : 72 g L-1) ou destinés à l'agriculture (Dead Sea Work, 50 g L-1) sont les plus efficaces, anesthésiant respectivement 73 $\pm $ 3 % et 80 $\pm $ 3 % des huîtres après un traitement de trois heures. Un poids plus faible des huîtres ou une mise à jeun préalable de deux jours améliorent significativement les résultats. Une semaine après l'anesthésie, des pertes comprises entre 0 et 10 % des huîtres sont observées. L'accroissement de la durée du traitement de 3 à 16 h augmente de façon significative le nombre d'huîtres anesthésiées (de 50 $\pm $ 10 à 97 $\pm $ 6 %) sans modifier la mortalité observée (7 $\pm $ 11 %). La baisse de la température de l'eau de 19,5 à 15,3 °C diminue significativement l'efficacité de la technique. Ce protocole d'anesthésie s'avère très fiable : 100 % des animaux sont anesthésiés après un bain dans une solution de 50 g L-1 de MgCl2 (Dead Sea Work $^{\circledR })$ durant 16 h. Cette longue durée facilite l'échantillonnage et n'accroît pas la charge de travail. Le protocole a été validé par l'anesthésie et le prélèvement mensuel successif de gonades, réalisés durant une période de trois mois ; à l'exception d'une seule huître, aucune mortalité n'a été constatée. Ce protocole peut être utilisé lors de pratiqu
- Published
- 2009
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40. Setting of a procedure for experimental incubation of Pacific oyster (Crassostrea gigas) embryos
- Author
-
Suquet, Marc, Amourda, Christopher, Mingant, Christian, Queau, Isabelle, Lebrun, Luc, Brizard, Raphael, Suquet, Marc, Amourda, Christopher, Mingant, Christian, Queau, Isabelle, Lebrun, Luc, and Brizard, Raphael
- Abstract
Standardized experimental protocols designed to study Pacific oyster (Crassostrea gigas) gamete quality have not been previously published. Gamete sampling variations and confounding effect of interacting factors result in large variations between replicates, decreasing the effects of the studied factors. This work aims at defining a standardized procedure for incubation of oyster embryos designed for experimental purposes. In a first phase, four experiments were developed to improve embryo sampling and handling. They showed that a minimum of 50 embryos must be counted to decrease the variation between counting replicates. For reliable results, sampling must be carried out from 0 to 7 min after a careful agitation of seawater containing embryos (salinity: 35.6 parts per thousand). Compared to control and a 30 cm one, the D-larval yield of embryos submitted to a 1 m fall was significantly reduced, showing the limited effect of mechanical disturbance on Pacific oyster oocytes survival. Then, maintaining 2.2 million embryos in 250 ml seawater for a two hours period resulted in a decrease of D-larval yield which could not be explained by a decrease of O-2 content and pH of seawater. The second phase of this work included a set of five experiments, defining experimental incubation conditions. A higher larval yield was observed using 1.8 1 beakers and 150 1 tanks compared to 0.3 ml microtiter plates and 1 1 fish egg incubators. Higher larval yields were recorded when embryo density ranged from 5 to 100 ml(-1), compared to values between 500 and 2000 ml(-1). Compared to controls (no antibiotic or no presence of light), no changes of D-larval yield were observed by adding 20 ppm chloramphenicol or by maintaining embryos in total darkness. Then, a significant decrease of pH and O-2 content was observed during the incubation period. However, these changes could not be considered as limiting for Pacific oyster embryo development. In conclusion, experimental incubation conditio
- Published
- 2007
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41. Effect of sampling location, release technique and time after activation on the movement characteristics of scallop (Pecten maximus) sperm
- Author
-
Suquet, Marc, primary, Quere, Claudie, additional, Mingant, Christian, additional, Lebrun, Luc, additional, Ratiskol, Dominique, additional, Miner, Philippe, additional, and Cosson, Jacky, additional
- Published
- 2013
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42. Trial of probiotics to prevent the vertebral column compression syndrome in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum)
- Author
-
Aubin, Joel, Gatesoupe, Joel, Labbe, Laurent, Lebrun, Luc, Aubin, Joel, Gatesoupe, Joel, Labbe, Laurent, and Lebrun, Luc
- Abstract
Two probiotics were tested as alternative treatment to limit the prevalence of the vertebral column compression syndrome (VCCS) in rainbow trout, compared with a preventive treatment with florfenicol. Either the antibiotic, or a lactic acid bacterium, Pediococcus acidilactici, or a yeast, Saccharomyces cerevisiae var. boulardii, was introduced into experimental diets, which were compared with the control diet without supplementation. The antibiotic caused some mortality during the first week after treatment, likely because of the toxicity of the compound. However, this antibiotic treatment limited the occurrence of VCCS to 3%, vs. 13% of fish affected in the control group. Pediococcus acidilactici provided the same level of protection as the antibiotic, but on condition that the treatment was applied during the 5 months of the experiment, without any adverse effect on survival. A treatment with P. acidilactici only during the first 20 days of feeding was not sufficient to limit VCCS, nor was the treatment with the yeast sufficient. These results were discussed while comparing the microbiota associated with the intestine. The experiment reinforced the hypothesis that pathogenic bacteria are involved in VCCS. The long-term dietary supplementation with P. acidilactici seemed promising as a preventive treatment against the syndrome, but large-scale investigation in fish farms will be necessary to confirm its prophylactic relevance.
- Published
- 2005
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43. Anesthesia in Pacific oyster,Crassostrea gigas
- Author
-
Suquet, Marc, primary, de Kermoysan, Goulwen, additional, Araya, Ricardo Gonzalez, additional, Queau, Isabelle, additional, Lebrun, Luc, additional, Le Souchu, Pierrick, additional, and Mingant, Christian, additional
- Published
- 2009
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44. Trial of probiotics to prevent the vertebral column compression syndrome in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum)
- Author
-
Aubin, Joel, primary, Gatesoupe, Francois-Joel, additional, Labbe, Laurent, additional, and Lebrun, Luc, additional
- Published
- 2005
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45. Arthur : roi de la Table ronde / texte de Mauricette Vial ; illustration de Luc Lebrun
- Author
-
Vial-Andru, Mauricette. Adaptateur, Lebrun, Luc. Illustrateur, Vial-Andru, Mauricette. Adaptateur, and Lebrun, Luc. Illustrateur
- Abstract
[Romans de la Table ronde (français). Adaptation. 1989], Collection : L'histoire fabuleuse ; 2, Appartient à l’ensemble documentaire : UnivJeun0, Contient une table des matières, Avec mode texte
- Published
- 1989
46. Bilan 2019 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins. REPAMO
- Author
-
Verin, Francoise, Hebert, Pascale, Louis, Wilfried, Julien Normand, Cheve, Julien, Le Gac-Abernot, Chantal, Lebrun, Luc, Bouget, Jean-Francois, Nathalie Cochennec-Laureau, Pierre-Duplessix, Olivier, Palvadeau, Hubert, Christophe Stavrakakis, Grizon, James, Chabirand, Jean-Michel, Seugnet, Jean-Luc, Geairon, Philippe, Amico Florence, D., Rumebe, Myriam, Patrik Le Gall, and Richard, Marion
47. Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2020. Département du Finistère
- Author
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Boulben, Sylviane, Amelie Derrien, Demeule, Carole, Doner, Anne, Duval, Audrey, Lebrun, Luc, Le Gac-Abernot, Chantal, and Terre Terrillon, Aouregan
- Abstract
L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en œuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux pour le Finistère. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.
48. Bilan 2018 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins. REPAMO
- Author
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Cyrille François, Verin, Francoise, Hebert, Pascale, Louis, Wilfried, Julien Normand, Cheve, Julien, Lebrun, Luc, Bouget, Jean-Francois, Nathalie Cochennec-Laureau, Palvadeau, Hubert, Christophe Stavrakakis, Grizon, James, Chabirand, Jean-Michel, Seugnet, Jean-Luc, Geairon, Philippe, Amico Florence, D., Rumebe, Myriam, Le Gall, Patrik, Mortreux, Serge, and Vogue, Benoist
49. Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins
- Author
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Lupo, Coralie, Osta Amigo, Axel, Elodie Fleury, Robert, Stephane, Garcia, Celine, Isabelle Arzul, Baillon, Laury, Bechemin, Christian, Canier, Lydie, Chollet, Bruno, Dechamps, Lucie, christine dubreuil, Faury, Nicole, Cyrille François, Godfrin, Yoann, Sylvie Lapegue, Benjamin Morga, Marie-Agnès Travers, Tourbiez, Delphine, Masson, Jean-Claude, Verin, Francoise, Cordier, Remy, Gangnery, Aline, Louis, Wilfried, Mary, Charlotte, Julien Normand, Penot, Julia, Cheve, Julien, Dagault, Francoise, Le Jolivet, Aurore, Le Gal, Dominique, Lebrun, Luc, Bellec, Gwenael, Bouget, Jean-Francois, Nathalie Cochennec-Laureau, Palvadeau, Hubert, Grizon, James, Chabirand, Jean-Michel, Pepin, Jean-Francois, Seugnet, Jean-Luc, Amico Florence, D., Maurer, Daniele, Le Gall, Patrik, Mortreux, Serge, Baldi, Yoann, Orsoni, Valerie, Bouchoucha, Marc, Le Roy, Valerian, Stéphane Pouvreau, Queau, Isabelle, and Lamoureux, Alice
- Subjects
maladie ,coquillages ,pathologie ,mollusques ,surveillance ,santé ,mortalité ,réseau - Abstract
Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.
50. RESCO - National framework for spatial and temporal evolution of summer mortality : Results 2014
- Author
-
Amico Florence, D., Bouget, Jean-Francois, Chabirand, Jean-Michel, Fouillaron, Pierre, Grizon, James, Lamoureux, Alice, Lebrun, Luc, Patrik Le Gall, Louis, Wilfried, Mary, Charlotte, Maurer, Daniele, Mortreux, Serge, Julien Normand, Palvadeau, Hubert, Penot, Julia, Pepin, Jean-Francois, Sébastien Petton, Pien, S., Stéphane Pouvreau, Queau, Isabelle, Robert, Stephane, Seugnet, Jean-Luc, Lefe, V., Quemener, Loïc, Masson, Jean-Claude, Dominique Soudant, Haury, A., Petton Bruno, and Cheve, Julien
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