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135 results on '"Lecointe, François"'

1. Prophage induction can facilitate the in vitro dispersal of multicellular Streptomyces structures.

Author

Jaffal, Hoda, Kortebi, Mounia, Misson, Pauline, Tavares, Paulo, Ouldali, Malika, Leh, Hervé, Lautru, Sylvie, Lioy, Virginia S., Lecointe, François, and Bury-Moné, Stéphanie G.

Subjects
STREPTOMYCES, MOBILE genetic elements, BACTERIAL physiology, SOIL ecology, BACTERIOPHAGES
Abstract

Streptomyces are renowned for their prolific production of specialized metabolites with applications in medicine and agriculture. These multicellular bacteria present a sophisticated developmental cycle and play a key role in soil ecology. Little is known about the impact of Streptomyces phage on bacterial physiology. In this study, we investigated the conditions governing the expression and production of "Samy," a prophage found in Streptomyces ambofaciens ATCC 23877. This siphoprophage is produced simultaneously with the activation of other mobile genetic elements. Remarkably, the presence and production of Samy increases bacterial dispersal under in vitro stress conditions. Altogether, this study unveiled a new property of a bacteriophage infection in the context of multicellular aggregate dynamics. Little is known about the impact of phages on Streptomyces physiology. In this study, induction of the prophage 'Samy' was found to enhance the dispersal of multicellular aggregates of Streptomyces ambofaciens bacteria in response to stress, likely promoting lineage propagation. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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3. Phage-mediated dispersal of multicellular bacteria

Author

Jaffal, Hoda, primary, Korbeti, Mounia, additional, Misson, Pauline, additional, Tavares, Paulo, additional, Ouldali, Malika, additional, Leh, Hervé, additional, Lautru, Sylvie, additional, Lioy, Virginia S., additional, Lecointe, François, additional, and Bury-Moné, Stéphanie G, additional

Published
2023
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4. Greedy reduction of Bacillus subtilis genome yields emergent phenotypes of high resistance to a DNA damaging agent and low evolvability

Author

Dervyn, Etienne, primary, Planson, Anne-Gaëlle, additional, Tanaka, Kosei, additional, Chubukov, Victor, additional, Guérin, Cyprien, additional, Derozier, Sandra, additional, Lecointe, François, additional, Sauer, Uwe, additional, Yoshida, Ken-Ichi, additional, Nicolas, Pierre, additional, Noirot, Philippe, additional, and Jules, Matthieu, additional

Published
2023
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8. Condition-Dependent Transcriptome Reveals High-Level Regulatory Architecture in Bacillus subtilis

Author

Nicolas, Pierre, Mäder, Ulrike, Dervyn, Etienne, Rochat, Tatiana, Leduc, Aurélie, Pigeonneau, Nathalie, Bidnenko, Elena, Marchadier, Elodie, Hoebeke, Mark, Aymerich, Stéphane, Becher, Dörte, Bisicchia, Paola, Botella, Eric, Delumeau, Olivier, Doherty, Geoff, Denham, Emma L., Fogg, Mark J., Fromion, Vincent, Goelzer, Anne, Hansen, Annette, Härtig, Elisabeth, Harwood, Colin R., Homuth, Georg, Jarmer, Hanne, Jules, Matthieu, Klipp, Edda, Le Chat, Ludovic, Lecointe, François, Lewis, Peter, Liebermeister, Wolfram, March, Anika, Mars, Ruben A. T., Nannapaneni, Priyanka, Noone, David, Pohl, Susanne, Rinn, Bernd, Rügheimer, Frank, Sappa, Praveen K., Samson, Franck, Schaffer, Marc, Schwikowski, Benno, Steil, Leif, Stülke, Jörg, Wiegert, Thomas, Devine, Kevin M., Wilkinson, Anthony J., van Dijl, Jan Maarten, Hecker, Michael, Völker, Uwe, Bessières, Philippe, and Noirot, Philippe

Published
2012
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9. Global Network Reorganization During Dynamic Adaptations of Bacillus subtilis Metabolism

Author

Buescher, Joerg Martin, Liebermeister, Wolfram, Jules, Matthieu, Uhr, Markus, Muntel, Jan, Botella, Eric, Hessling, Bernd, Kleijn, Roelco Jacobus, Le Chat, Ludovic, Lecointe, François, Mäder, Ulrike, Nicolas, Pierre, Piersma, Sjouke, Rügheimer, Frank, Becher, Dörte, Bessieres, Philippe, Bidnenko, Elena, Denham, Emma L., Dervyn, Etienne, Devine, Kevin M., Doherty, Geoff, Drulhe, Samuel, Felicori, Liza, Fogg, Mark J., Goelzer, Anne, Hansen, Annette, Harwood, Colin R., Hecker, Michael, Hubner, Sebastian, Hultschig, Claus, Jarmer, Hanne, Klipp, Edda, Leduc, Aurélie, Lewis, Peter, Molina, Frank, Noirot, Philippe, Peres, Sabine, Pigeonneau, Nathalie, Pohl, Susanne, Rasmussen, Simon, Rinn, Bernd, Schaffer, Marc, Schnidder, Julian, Schwikowski, Benno, Van Dijl, Jan Maarten, Veiga, Patrick, Walsh, Sean, Wilkinson, Anthony J., Stelling, Jörg, Aymerich, Stéphane, and Sauer, Uwe

Published
2012
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11. Etude de machines moléculaires impliquées dans la dynamique des génomes bactériens et phagiques

Author

Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris Saclay, and Fabrice Confalonieri

Subjects
Single strand annealing, Molecular machines, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Appariement simple brin, Double strand break repair, Machines moléculaires, Bacterial and bacteriophage evolution, Evolution des bactéries et des bactériophages, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, NHEJ, réparation des cassures double brin
Abstract

Les différentes recherches que je mène depuis ma thèse portent sur la caractérisation de mécanismes mis en jeu dans différents aspects du métabolisme des acides nucléiques chez les microbes. L'étude des protéines isolées impliquées dans ces processus, bien qu'essentielle, s'est avérée rapidement limitée pour comprendre les mécanismes dans leur ensemble et expliquer des processus, même simples. Suite à mon recrutement à l'INRA, je me suis donc focalisé sur l'identification des machines moléculaires, i.e. des complexes protéiques ou nucléoprotéiques, assurant ces mécanismes, et sur la caractérisation des interactions assurant leur cohésion et leur dynamique.J’ai tout d’abord étudié la recombinaison homologue et le redémarrage de la réplication chez Bacillus subtilis via l'étude du partenariat de la protéine de fixation à l'ADN simple brin, SSB, ainsi que la voie de réparation par recombinaison non homologue (NHEJ), via l'étude de la protéine Ku et de son partenaire LigD. J’ai alors pu établir un modèle de leurs rôles respectifs dans ces mécanismes de réparation.Plus récemment, je me suis intéressé aux machines moléculaires impliquées dans les mécanismes de recombinaison de l’ADN chez les phages (virus de bactérie). En effet, ces entités suscitent un regain d’intérêt ces dernières années en raison de leur potentiel thérapeutique pour lutter contre le phénomène d'antibiorésistance des bactéries pathogènes, apparu rapidement après l'utilisation massive des antibiotiques au cours du XXème siècle, et qui représente désormais un problème de santé publique majeur. Un inconvénient possible à l'emploi de la phagothérapie est lié à l’évolution génétique rapide des phages, due en partie à leur capacité à coder des systèmes de recombinaison de l'ADN particulièrement divers et efficaces. Ces systèmes restent cependant pour la plupart à caractériser. De plus, et contrairement aux organismes cellulaires, ces systèmes ne sont pas ubiquitaires, soulevant la question de leur rôle, à la fois pour le phage lui-même, mais également potentiellement pour son hôte bactérien.Ainsi, ma recherche actuelle vise premièrement à caractériser des mécanismes de recombinaison phagiques originaux, via l'étude des machines impliquées. Deuxièmement, je cherche à comprendre l'impact de ces systèmes de réparation sur le cycle de vie des phages et en quoi ils influencent la physiologie des bactéries à l'état lysogénique.Pour répondre à ces objectifs, deux machines moléculaires sont en cours d'étude. La première implique la recombinase Sak4 et sa SSB, codées par le phage HK620 d'Escherichia coli. Nous avons montré que l'association des deux est requise pour une recombinaison homologue par appariement simple brin efficace. Cette caractéristique est inédite puisque les SSB sont connues pour inhiber cette activité chez les autres recombinases de la même famille (type RAD51), faisant de Sak4 une recombinase particulièrement intéressante à caractériser d'un point de vue évolution et fonction. Nous cherchons aussi à déterminer l'influence de ce couple dans le processus d'induction du cycle lytique du phage. La deuxième machine est composée a minima des protéines Mu-Gam et RecT du phage Gally, potentiellement impliquées respectivement dans des évènements de recombinaison non homologue et homologue. Cette combinatoire au sein d'un même phage et la résultante en terme de mécanisme de recombinaison n'a jamais été étudiée chez les phages et nos premiers résultats indiquent que ces deux protéines fonctionnent ensemble dans un mécanisme en cours de caractérisation. Ce mécanisme n'influe que très peu sur la capacité de Gally à produire des virions. A l'inverse, des données préliminaires nous indique que Mu-Gam et RecT pourraient être impliquées dans la virulence de la souche E. coli LF82, une souche porteuse du prophage Gally et qui est impliquée dans la maladie de Crohn. Nous cherchons maintenant à valider ces résultats et à comprendre le lien entre recombinaison phagique et virulence bactérienne.L'ensemble des résultats générés au cours de ces études permet de mieux comprendre les mécanismes de réparation de l'ADN chez les phages, et une partie de ces connaissances devraient être transposables chez les organismes cellulaires. Ces études impliquent également que des mécanismes de réparation phagiques, à l'origine de leur évolution et du bon déroulement de leur cycle de vie, pourraient être adoptés par leur hôte bactérien pour leur propre bénéfice dans des environnements génotoxiques.

Published
2021

13. Nonhomologous End-Joining in Bacteria

Author

Thibessard, Annabelle, Bertrand, Claire, Bartlett, Edward, Doherty, Aidan, Bruand, Claude, Leblond, Pierre, Lecointe, François, Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Imperial College London, University of Sussex, Genome Damage & Stability Centre, Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Joseph Jez

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

15. Role of ATP in the single strand annealing activity of the 'RecA core only' Sak4 of phage HK620

Author

Son, Olivier, Baconnais, Sonia, Petit, Marie Agnès, Le Cam, Eric, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Interactions moléculaires et cancer (IMC (UMR 8126)), Signalisation, noyaux et innovations en cancérologie (UMR8126), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), and Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA). FRA.

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2019

16. ATP-Dependent Formation Of Sak4 Filaments: A First Step Towards The Single Strand Annealing

Author

son, olivier, Baconnais, Sonia, Petit, Marie-Agnès, Le Cam, Eric, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Signalisation, noyaux et innovations en cancérologie (UMR8126), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

19. Sak4 of Phage HK620 Is a RecA Remote Homolog With Single-Strand Annealing Activity Stimulated by Its Cognate SSB Protein

Author

Hutinet, Geoffrey, Besle, Arthur, Son, Olivier, McGovern, Stephen, Guérois, Raphaël, Petit, Marie-Agnès, Ochsenbein, Françoise, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence Nationale de la Recherche (Dynamophage contract), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Assemblage moléculaire et intégrité du génome (AMIG), Département Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale (B3S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay

Subjects
Microbiology (medical), RecA, AMIG, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:QR1-502, annealase, Microbiology, lcsh:Microbiology, Rad51 paralog, recombineering, bacteriophage, strand exchange protein, Sak4, B3S, SSB, Original Research
Abstract

International audience; Bacteriophages are remarkable for the wide diversity of proteins they encode to perform DNA replication and homologous recombination. Looking back at these ancestral forms of life may help understanding how similar proteins work in more sophisticated organisms. For instance, the Sak4 family is composed of proteins similar to the archaeal RadB protein, a Rad51 paralog. We have previously shown that Sak4 allowed single-strand annealing in vivo, but only weakly compared to the phage λ Redβ protein, highlighting putatively that Sak4 requires partners to be efficient. Here, we report that the purified Sak4 of phage HK620 infecting Escherichia coli is a poorly efficient annealase on its own. A distant homolog of SSB, which gene is usually next to the sak4 gene in various species of phages, highly stimulates its recombineering activity in vivo. In vitro, Sak4 binds single-stranded DNA and performs single-strand annealing in an ATP-dependent way. Remarkably, the single-strand annealing activity of Sak4 is stimulated by its cognate SSB. The last six C-terminal amino acids of this SSB are essential for the binding of Sak4 to SSB-covered single-stranded DNA, as well as for the stimulation of its annealase activity. Finally, expression of sak4 and ssb from HK620 can promote low-level of recombination in vivo, though Sak4 and its SSB are unable to promote strand exchange in vitro. Regarding its homology with RecA, Sak4 could represent a link between two previously distinct types of recombinases, i.e., annealases that help strand exchange proteins and strand exchange proteins themselves.

Published
2018

22. Sak4 of phage HK620 is an SSB-stimulated annealase that is involved in the lytic development of the phage

Author

Hutinet, Geoffrey, Besle, Arthur, Son, Olivier, Mcgovern, Stephen, Guérois, Raphaël, Ansaldi, Mireille, Djedid, Ahlem, Petit, Marie-Agnès, Ochsenbein, Françoise, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de chimie bactérienne (LCB), and Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2017

23. Double strand break repair triggers genome plasticity in Streptomyces

Author

Hoff, Grégory, Bertrand, Claire, PIOTROWSKI, Emilie, Mcgovern, Stephen, Lecointe, François, Thibessard, Annabelle, Leblond, Pierre, Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech

Subjects
enzymes and coenzymes (carbohydrates), [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], fungi, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology
Abstract

International audience; Double strand breaks (DSB) are the most detrimental damage that bacterial cells have to cope with. Two main DSB repair pathways, namely homologous recombination (HR) and non-homologous end joining (NHEJ) are in charge of DSB repair. HR relies on an intact copy of the damaged DNA molecule as a template. On the other hand, NHEJ, which is presumably present in only 20% to 25% of the bacteria, is considered as a mutagenic pathway. Hence, in the absence of template, NHEJ is an error-prone mechanism triggering nucleotide additions or deletions at DSB healing site. We recently identified a putative NHEJ repair mechanism in Streptomyces ambofaciens. Among the NHEJ-like genes, we distinguished a set of genes conserved across the Streptomyces species, and a set of variable genes likely inherited by horizontal transfer. Strikingly, both gene sets were involved in response to DNA damage treatments. Although the high plasticity of the Streptomyces linear chromosome was reported as soon as the first genetic studies, the relative contribution of HR and NHEJ to the stability and evolution of Streptomyces replicons remains unknown. Here we show that repair of chromosomal DSBs (induced by heterologous I-SceI expression) in the chromosome arms is accompanied by the formation of large deletions. In contrast, DSB healing in the conserved region of the chromosome is associated to mutagenic repair in the absence of chromosome rearrangement (probably counterselected). This mutagenic repair is resulting from NHEJ as shown by DSB repair surveys in mutants deficient for different putative NHEJ actors (Ku, ligases). Homologous recombination is shown to occur between duplicated genes (sigma factor encoding genes, transposases) distributed along the chromosome, leading to chromosomal arm replacement and intense DNA amplification. NHEJ repair occurs between sequences sharing or not microhomologies (up to six nucleotides) and induces chromosomal circularization and the formation of large deletions. Further, the involvement of NHEJ was concomitant with the integration of genetic material at the healing site. These data strongly support that DSB repair drives genome plasticity in Streptomyces, and that NHEJ may favor insertion of information from horizontal transfer. These recombination processes could confer a strong capacity to evolve in response to environmental adversity.

Published
2017

24. Sak4 of phage HK620 is a RecA remote homolog with single-strand annealing activity stimulated by its cognate SSB protein

Author

Hutinet, Geoffrey, Besle, Arthur, Son, Olivier, Moncaut, Elisabeth, Mc Govern, Stephen, Guérois, Raphaël, Petit, Marie-Agnès, Ochsenbein, Françoise, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2017

25. Sak4 of phage HK620 is a RecA paralog with single-strand annealing activity stimulated by its cognate SSB protein

Author

Hutinet, Geoffrey, Besle, Arthur, Son, Olivier, Moncaut, Elisabeth, Mc Govern, Stephen, Guérois, Raphaël, Petit, Marie-Agnès, Ochsenbein, Françoise, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2016

29. Multiple and Variable NHEJ-Like Genes Are Involved in Resistance to DNA Damage in Streptomyces ambofaciens

Author

Hoff , Grégory, Bertrand , Claire, Zhang , Lingli, Piotrowski , Emilie, Chipot , Ludovic, Bontemps , Cyril, Confalonieri , Fabrice, Mcgovern , Stephen, Lecointe , François, Thibessard , Annabelle, Leblond , Pierre, Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris-Saclay, French National Research Agency program Streptoflux ANR 0096_01, ANR through the Laboratory of Excellence ARBRE ANR-12-LABXARBRE-01, Region Lorraine, Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Radiorésistance des bactéries et des archées (RBA), Département Biologie des Génomes (DBG), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne ( DynAMic ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Lorraine ( UL ), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Radiorésistance des bactéries et des archées ( RBA ), Département Biologie des Génomes ( DBG ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé humaine ( MICALIS ), and Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech

Subjects
double strand breaks (DSBs), Phytopathology and phytopharmacy, fungi, lcsh:QR1-502, DNA repair, [ SDV.MP.BAC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Phytopathologie et phytopharmacie, Microbiology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, lcsh:Microbiology, Streptomyces, non-homologous end joining, Non homologous end joining, ligases, Ku protein, DNA damage
Abstract

International audience; Non-homologous end-joining (NHEJ) is a double strand break (DSB) repair pathway which does not require any homologous template and can ligate two DNA ends together. The basic bacterial NHEJ machinery involves two partners: the Ku protein, a DNA end binding protein for DSB recognition and the multifunctional LigD protein composed a ligase, a nuclease and a polymerase domain, for end processing and ligation of the broken ends. In silico analyses performed in the 38 sequenced genomes of Streptomyces species revealed the existence of a large panel of NHEJ-like genes. Indeed, ku genes or ligD domain homologues are scattered throughout the genome in multiple copies and can be distinguished in two categories: the " core " NHEJ gene set constituted of conserved loci and the " variable " NHEJ gene set constituted of NHEJ-like genes present in only a part of the species. In Streptomyces ambofaciens ATCC23877, not only the deletion of " core " genes but also that of " variable " genes led to an increased sensitivity to DNA damage induced by electron beam irradiation. Multiple mutants of ku, ligase or polymerase encoding genes showed an aggravated phenotype compared to single mutants. Biochemical assays revealed the ability of Ku-like proteins to protect and to stimulate ligation of DNA ends. RT-qPCR and GFP fusion experiments suggested that ku-like genes show a growth phase dependent expression profile consistent with their involvement in DNA repair during spores formation and/or germination.

Published
2016

30. Characterization of the non homologous end joining (NHEJ) mechanism in B. subtilis: the dual role of the C-terminal part of Ku

Author

Mc Govern, Stephen, Baconnais, Sonia, Roblin, Pierre, Nicolas, Pierre, Drevet, Pascal, Simonson, Héloïse, Piétrement, Olivier, Charbonnier, Jean-Baptiste, Le Cam, Eric, Noirot, Philippe, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Signalisation, noyaux et innovations en cancérologie (UMR8126), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Caractérisation et Elaboration des Produits Issus de l'Agriculture (CEPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

31. C-terminal region of bacterial Ku controls DNA bridging, DNA threading and recruitment of DNA ligase D for double strand breaks repair

Author

McGovern, Stephen, primary, Baconnais, Sonia, additional, Roblin, Pierre, additional, Nicolas, Pierre, additional, Drevet, Pascal, additional, Simonson, Héloïse, additional, Piétrement, Olivier, additional, Charbonnier, Jean-Baptiste, additional, Le Cam, Eric, additional, Noirot, Philippe, additional, and Lecointe, François, additional

Published
2016
Full Text
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32. Caractérisation du mécanisme de recollement d'extrémités non homologues (NHEJ) chez Bacillus subtilis

Author

Mc Govern, Stephen, Simonson, Héloïse, Drevet, Pascal, Roblin, Pierre, Charbonnier, Jean-Baptiste, Noirot, Philippe, Lecointe, François, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Département Caractérisation et Elaboration des Produits Issus de l'Agriculture (CEPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Synchrotron SOLEIL

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2013

34. New DNA binding sites for CcpA, the major regulator of the carbon catabolite response in Bacillus subtilis

Author

Pigeonneau, Nathalie, Lecointe, François, Nicolas, Pierre, Noirot, Philippe, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité Mathématique Informatique et Génome (MIG), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2010

35. The dynamic protein partnership of RNA polymerase in Bacillus subtilis

Author

Delumeau, Olivier, Lecointe, François, Guillot, Alain, Monnet, Veronique, Polard, Patrice, Noirot, Philippe, MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire de microbiologie et génétique moléculaires (LMGM), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2010

37. SSB : coordinateur des mécanismes de réparation des fourches de réplication ?

Author

Lecointe, François, Costes, Audrey, Mc Govern, Stephen, Cheruel, Sophie, Polard, Patrice, genetique microbienne (UR895), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de microbiologie et génétique moléculaires (LMGM), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de biochimie et biophysique moléculaire et cellulaire (IBBMC), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
interactomique, coordination, dynamique du génome, [SDV]Life Sciences [q-bio], SSB, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Bacillus subtilis
Abstract

National audience

Published
2009

39. Un rôle général de SSB dans la surveillance des fourches de réplication chez les bactéries

Author

Lecointe, François, Sérèna, Céline, Velten, Marion, Mc Govern, Stephen, Costes, Audrey, Meile, Jean-Christophe, Errington, Jeffrey, Noirot, Philippe, Polard, Patrice, genetique microbienne (UR895), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Newcastel University, Université d'Oxford, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2007

40. Mécanismes de radiorésistance chez Deinococcus radiodurans

Author

Lecointe, François, Bailone, Adriana, Sommer, Suzanne, Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), and Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2003

42. Purification et caractérisation biochimique de l'ARNt: pseudouridine 38/39 synthétase (Pus3p) de S. cerevisiae

Author

Lecointe, François, Motorin, Yuri, Grosjean, Henri, Laboratoire d'Enzymologie et Biochimie Structurales (LEBS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire (SFBBM). FRA., and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2000

50. Deciphering the molecular bases of Mycobacterium tuberculosis binding to the lectin DC-SIGN reveals an underestimated complexity

Author

Pitarque, Sylvain, primary, Herrmann, Jean-Louis, additional, Duteyrat, Jean-Luc, additional, Jackson, Mary, additional, Stewart, Graham R., additional, Lecointe, François, additional, Payre, Bruno, additional, Schwartz, Olivier, additional, Young, Douglas B., additional, Marchal, Gilles, additional, Lagrange, Philippe H., additional, Puzo, Germain, additional, Gicquel, Brigitte, additional, Nigou, Jérôme, additional, and Neyrolles, Olivier, additional

Published
2005
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