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International audience; The influence of a staggered molecular field in frustrated rare-earth pyrochlores, produced via the magnetic iridium occupying the transition metal site, can generate exotic ground states, such as the fragmentation of the magnetization in the Ho compound. At variance with the Ising Ho3+ moment, we focus on the behavior of the quasi-isotropic magnetic moment of the Gd3+ ion at the rare-earth site. By means of macroscopic measurements and neutron scattering, we find a complex situation where different components of the magnetic moment are decoupled and contribute to two antiferromagnetic noncollinear arrangements: a high-temperature all in–all out order induced by the Ir molecular field, and Palmer and Chalker correlations that tend to order at much lower temperatures. This is enabled by the anisotropic nature of the Gd-Gd interactions and requires a weak easy-plane anisotropy of the Gd3+ moment due to the mixing of the ground state with multiplets of higher spectral terms.

L'indice diatomique antillais (IDA) est un outil de bioindication, destiné à l'évaluation de la qualité biologique des cours d'eau des Antilles françaises à partir de la structure de la communauté des diatomées benthiques. Cet outil a été développé conjointement par Asconit et Irstea, dans le cadre d'un programme de recherche-et développement sous la maîtrise d'Ouvrage des Offices de l'Eau de Guadeloupe et de Martinique, avec la participation des Directions de l'Environnement, de l'Aménagement et du Logement (DEAL) de Guadeloupe et de Martinique, et avec le soutien technique et financier de l'Agence Française pour la Biodiversité (AFB), afin de doter les Antilles d'un outil « DCE-compatible » disponible pour le 2e plan de gestion DCE (2016-2021 ; European Commission 2000, MTES 2018 a & b). Réglementairement, l'usage de l'IDA est limité au suivi du réseau de contrôle et de surveillance (RCS). Le présent guide a pour objet de cadrer la mise en oeuvre opérationnelle de l'IDA afin d'obtenir les résultats d'évaluation les plus fiables possible. A chaque étape de l'acquisition des données de surveillance, il convient de respecter le protocole de mise en oeuvre de l'indice de la phase de terrain jusqu'au calcul de la note ou EQR, notamment lors de la conception du plan d'échantillonnage, de sa mise en oeuvre, du traitement des échantillons récoltés, de la détermination des espèces et du comptage des unités diatomiques, ainsi que du calcul des notes indicielles à partir des inventaires spécifiques. Des incertitudes peuvent être générées à chaque niveau de mise en oeuvre du protocole. Aussi, cet ouvrage a pour but de décrire précisément chacune des étapes-clés de la démarche, afin que la mise en oeuvre de l'indice soit la plus rigoureuse et reproductible possible. Le présent guide ne saurait se substituer à une formation adaptée d'opérateurs qualifiés.

International audience; La Nouvelle-Calédonie, archipel français ultramarin du Pacifique Sud-Ouest, est considérée comme un hot-spot mondial de biodiversité en raison de l'endémisme exceptionnel de sa faune et de sa flore. L'île principale, appelée la Grande Terre, s'étire sur environ 450 km de long pour 40 à 50 km de large et présente une superficie d'environ deux fois la Corse. Ses affleurements ultramafiques font l'objet d'une activité minière liée à l'exploitation des gisements de nickel. Elle subit aussi des pollutions urbaines (dont celles de l'agglomération de Nouméa, qui représente 100 000 habitants) et domestiques (tribus), des pollutions agricoles, etc... De ce fait, la gestion de l'environnement est une préoccupation majeure de la vie politique locale, en particulier pour les aspects de protection de la ressource en eau et de la biodiversité patrimoniale. En fonction de son statut de collectivité sui generis, la Nouvelle-Calédonie n'est pas soumise à la réglementation européenne. Cependant, les dispositions règlementaires prises pour préserver la qualité des hydrosystèmes s'inspirent largement de la Directive Cadre sur l'Eau, en utilisant notamment des compartiments biologiques pertinents pour l'évaluation de leur état écologique. A cet effet, un programme de recherche-développement visant à la mise au point d'un nouvel indice d'évaluation diatomique des cours d'eau de Nouvelle-Calédonie a été réalisé entre fin 2012 et fin 2017. Les réalisations de terrain, basées sur 4 campagnes de prélèvements réparties sur 2 saisons (saison sèche-saison humide), ont permis d'obtenir 210 doublets de données associant des descripteurs abiotiques de qualité des milieux et les inventaires diatomiques correspondants.Les investigations de données ont débuté par une phase d'analyses exploratoires classiques (analyses multivariées, analyses des correspondances...), en vue d'appréhender : 1) la nature et l'intensité des gradients abiotiques présents localement et 2) leur mise en relation avec la distribution des espèces diatomiques locales, qui restaient encore méconnues avant la réalisation de ce programme, tant sur le plan taxinomique que de leur autoécologie spécifique. En complément, une analyse ascendante hiérarchique a permis de repérer la typologie des assemblages diatomiques, à associer les biotypes obtenus avec les conditions environnementales locales, et à en repérer les principales espèces structurantes au moyen de l'IndVal. Au bilan, ces différentes approches nous ont permis de cerner la diversité et la structure des communautés diatomiques des cours d'eau calédoniens et de commencer à appréhender l'effet de structuration exercé par les facteurs environnementaux et les pressions anthropiques. Dans un second temps, une approche innovante s'est appuyée sur l'utilisation du programme TITAN (Threshold Indicator Taxa ANalysis) pour la détection de seuils écologiques d'augmentation ou de diminution de la distribution de taxons, permettant le repérage et la sélection de taxons d'alerte vis-à-vis de 7 métriques élémentaires d'anthropisation (4 d'entre elles étant relatives à l'enrichissement trophique et 3 se focalisant sur les impacts miniers).Au final, l'IDNC (Indice Diatomique de Nouvelle-Calédonie) adopte le principe d'One Out-All Out pour déterminer l'état écologique des cours d'eau de Nouvelle-Calédonie sur la base du plus mauvais état observé (métrique intégrée trophique versus métrique intégrée minière).

New Caledonia, tropical archipelago of Oceania located in the Pacific Ocean, 17 000 km far from metropolitan France, consists of very specific natural environments whose biological communities have a high rate of endemism, that gives them a strong heritage value worldwide. Local anthropogenic pressures (urbanization, nickel mining activities, agricultural activities, settlement of tribes ...) lead to risks of alteration of the concerned natural environments. Due to its sui generis status, the WFD does not apply in New Caledonia. However, the Deliberations of the North Province and the South Province have settled-up specific monitoring and protection systems for natural environments, which require the implementation of monitoring tools adapted to the local conditions and the specific biological processes that occur there. It is in such a context that EIL and CNRT "Nickel and its Environment" set up a research and development program aimed at the development and transfer of a new diatomic index adapted to the evaluation of ecological status of the "Grande Terre" watercourses, the New Caledonia Diatom Index (IDNC). This program, supported by the ASCONIT-Irstea consortium, benefited from the support of a CIFRE PhD thesis from the ANRT and from important logistical and technical support from the local BIOEKO consultant. Its implementation, phased from October 2012 to mid-2017, relied on 4 field campaigns covering 2 different seasons, which finally allowed to collect 210 complete doublets of data associating chemical analyzes of water to diatom inventories, on 74 different field sites covering an assortment of local natural conditions (reference sites) and anthropized (trophic pollution, mining alterations). As a result of extensive taxonomic work on globally unknown flora, 466 different diatom species have been identified, of which 217 freshwater taxa actually contribute to the calculation of the IDNC. The bio-statistical part of the program first included exploratory analyzes of abiotic data (description of data and gradients covered by the study dataset) and biotypological analyses (typical diatom communities associated with specific environmental conditions). Then the TITAN tool was mobilized to select alert taxa for 7 anthropogenic descriptors, 4 of which representing a nutrient enrichment (BOD5, NH4, PO4, NO3) and 3 other ones more dedicated to typical mining alterations (nickel and dissolved chromium, lateritic clogging). The notes of each individual metric were re-normed in EQR (scale ranging from 0 to 1) in order to take into account the appropriate reference level for the natural area considered ("adapted" HER frame). The IDNC, which is a resolutely multimetric diatom index, uses the aggregation of these 7 metrics into 2 integrative metrics, a trophic metric and a metric of mining alterations. According to the One Out - All Out principle, the final index result is the one given by the most altered metric of both. The development of a new hydrobiological index in a so specific biogeographic zone (biological communities little described and economic and very specific societal issues, including nickel mining) was a risky project in terms of initial feasibility. Depending on the good range of skills covered and prior experience capitalized on comparable overseas sites, the consortium in charge of the implementation of this program successfully overcame the difficulties encountered at different levels. At the end, the IDNC is a both innovative and operational tool: in addition to taxonomic decoding of neo-Caledonian species previously unrecognized worldwide, as well as their ecology, that is to our knowledge the world's first diatom index, built on a multimetric basis, which uses the detailed composition of communities at the specific level to assess an integrated ecological status taking into account trophic, physical and toxic alterations. In addition, the present program largely took into account the methodological transfer of this new method with the elaboration of a methodological guide IDNC, of a taxonomic atlas of New Caledonia integrating the chorology and the self-ecology of taxa, and a project of on-site training session dedicated to interested local private consultants, managers and decision-makers. Following this program, it would still be useful, later on, to develop an index calculation application allowing the automatic calculation of the regionalized diatomic status (in EQR) based on IDNC, according to the geographic coordinates of the field sites.; Objectifs : - Découvrir et identifier les diatomées des cours d'eau de Nlle-Calédonie, dénombrer les communautés des relevés diatomiques des sites d'étude, - Analyser leur autoécologie (préférences naturelles, réponse aux pollutions anthropiques), - Mettre au point un nouvel indice diatomique pour l'évaluation de la pollution des cours d'eau de Nouvelle-Calédonie, ainsi que ses documents de transfert-utilisateur.

The present document is Volume 2 of the IDNC Final Development Report (New Multi-Metric Index dedicated to the Ecological Assessment of New Caledonian watercourses from the species composition of the benthic diatom communities). Volume 2 constitutes a collation of useful annexes in addition to the content of the IDNC final report (reference cited above). It provides additional information on the study sites and their environmental conditions at the date of each sampling, on the methods of chemical analysis of water used by the laboratories, on the taxonomy and enumeration of the diatomic inventories of the study, on the biotypology of the local diatom communities, on the selection of alert taxa and their assignment to the IDNC alteration parameters, and finally on the IDNC assessment provided by each diatom sampling collected at one of the 74 study sites.; Le présent document est le Tome 2 du rapport final d'élaboration de l'IDNC (nouvel indice multimétrique dédié à l'évaluation écologique des cours d'eau de Nouvelle-Calédonie à partir de la composition des communautés de diatomées benthiques déterminée à l'espèce). Il contient un recueil des annexes utiles en complément du contenu du corps du rapport final IDNC (cf. référence pré-citée). Il donne des informations complémentaires sur les sites d'étude et leurs conditions mésologiques à la date de chaque prélèvement, sur les méthodes d'analyse chimique des eaux employées par les laboratoires, sur la taxonomie et les dénombrements des inventaires diatomiques de l'étude, sur la biotypologie des assemblages diatomiques locaux, sur la sélection des taxons d'alerte et leur affectation par paramètre d'altération de l'IDNC et enfin, sur l'évaluation produite par l'IDNC pour chaque relevé diatomique individuel collecté sur l'un des 74 sites d'étude.

New Caledonia, tropical archipelago of Oceania located in the Pacific Ocean, 17 000 km far from metropolitan France, consists of very specific natural environments whose biological communities have a high rate of endemism, that gives them a strong heritage value worldwide. Local anthropogenic pressures (urbanization, nickel mining activities, agricultural activities, settlement of tribes ...) lead to risks of alteration of the concerned natural environments. Due to its sui generis status, the WFD does not apply in New Caledonia. However, the Deliberations of the North Province and the South Province have settled-up specific monitoring and protection systems for natural environments, which require the implementation of monitoring tools adapted to the local conditions and the specific biological processes that occur there. It is in such a context that EIL and CNRT "Nickel and its Environment" set up a research and development program aimed at the development and transfer of a new diatomic index adapted to the evaluation of ecological status of the "Grande Terre" watercourses, the New Caledonia Diatom Index (IDNC). This program, supported by the ASCONIT-Irstea consortium, benefited from the support of a CIFRE PhD thesis from the ANRT and from important logistical and technical support from the local BIOEKO consultant. Its implementation, phased from October 2012 to mid-2017, relied on 4 field campaigns covering 2 different seasons, which finally allowed to collect 210 complete doublets of data associating chemical analyzes of water to diatom inventories, on 74 different field sites covering an assortment of local natural conditions (reference sites) and anthropized (trophic pollution, mining alterations). As a result of extensive taxonomic work on globally unknown flora, 466 different diatom species have been identified, of which 217 freshwater taxa actually contribute to the calculation of the IDNC. The bio-statistical part of the program first included exploratory analyzes of abiotic data (description of data and gradients covered by the study dataset) and biotypological analyses (typical diatom communities associated with specific environmental conditions). Then the TITAN tool was mobilized to select alert taxa for 7 anthropogenic descriptors, 4 of which representing a nutrient enrichment (BOD5, NH4, PO4, NO3) and 3 other ones more dedicated to typical mining alterations (nickel and dissolved chromium, lateritic clogging). The notes of each individual metric were re-normed in EQR (scale ranging from 0 to 1) in order to take into account the appropriate reference level for the natural area considered ("adapted" HER frame). The IDNC, which is a resolutely multimetric diatom index, uses the aggregation of these 7 metrics into 2 integrative metrics, a trophic metric and a metric of mining alterations. According to the One Out - All Out principle, the final index result is the one given by the most altered metric of both. The development of a new hydrobiological index in a so specific biogeographic zone (biological communities little described and economic and very specific societal issues, including nickel mining) was a risky project in terms of initial feasibility. Depending on the good range of skills covered and prior experience capitalized on comparable overseas sites, the consortium in charge of the implementation of this program successfully overcame the difficulties encountered at different levels. At the end, the IDNC is a both innovative and operational tool: in addition to taxonomic decoding of neo-Caledonian species previously unrecognized worldwide, as well as their ecology, that is to our knowledge the world's first diatom index, built on a multimetric basis, which uses the detailed composition of communities at the specific level to assess an integrated ecological status taking into account trophic, physical and toxic alterations. In addition, the present program largely took into account the methodological transfer of this new method with the elaboration of a methodological guide IDNC, of a taxonomic atlas of New Caledonia integrating the chorology and the self-ecology of taxa, and a project of on-site training session dedicated to interested local private consultants, managers and decision-makers. Following this program, it would still be useful, later on, to develop an index calculation application allowing the automatic calculation of the regionalized diatomic status (in EQR) based on IDNC, according to the geographic coordinates of the field sites.; Objectifs : - Découvrir et identifier les diatomées des cours d'eau de Nlle-Calédonie, dénombrer les communautés des relevés diatomiques des sites d'étude, - Analyser leur autoécologie (préférences naturelles, réponse aux pollutions anthropiques), - Mettre au point un nouvel indice diatomique pour l'évaluation de la pollution des cours d'eau de Nouvelle-Calédonie, ainsi que ses documents de transfert-utilisateur.

International audience; La Nouvelle-Calédonie est un archipel français ultramarin du Pacifique Sud-Ouest dont l'île principale s'étire sur environ 450 km de long pour 40 à 50 km de large (soit environ deux fois la Corse). Elle est considérée comme un «hot-spot» de biodiversité en raison de l'endémisme exceptionnel de sa faune et de sa flore et des menaces qu'implique l'exploitation de ses gisements de nickel. La gestion de l'environnement est donc un axe majeur de la vie politique locale dont la préservation de la ressource en eau est essentielle. La Nouvelle Calédonie a un statut juridique sui generis qui ne la soumet pas à la réglementation européenne, néanmoins, ses propres dispositions règlementaires quant à la stratégie adoptée concernant la qualité des masses d'eaux s'inspire largement de la Directive Cadre sur l'Eau. Cette dernière prévoit notamment que des compartiments biologiques-clés pertinents, prédéfinis par grand type de masse d'eau contribuent au diagnostic de l'état écologique. A cet effet, une étude sur la mise en place d'un nouvel indice de bioévaluation des rivières de Nouvelle-Calédonie à l'aide des diatomées benthiques a été initiée fin 2012. Tout d'abord, une démarche statistique exploratoire classique (analyses multivariées, analyses des correspondances…) a permis d'appréhender la nature et l'intensité des liaisons du jeu de données des paramètres abiotiques (valeurs de physico-chimie) et biotiques (dénombrement des taxons) représentatifs et propres au contexte local. Cela permet une première évaluation de la diversité et de la structure des communautés diatomiques et de déterminer les principaux facteurs environnementaux et spatiaux régissant ces peuplements au sein des écosystèmes calédoniens. Dans un second temps, une approche innovante a été employée à l'aide du programme TITAN (Threshold Indicator Taxa ANalysis), permettant la détection de seuils écologiques d'augmentation ou de diminution d'abondance et de fréquence de taxons sur un unique gradient d'impacts anthropogéniques prédéfinis. Pour détecter ces points de changement (ou seuils), TITAN utilise la mesure de dissimilarité multivariée entre paires d'échantillons et obtient une partition optimale en maximisant la dissimilarité inter-groupe par rapport à la dissimilarité intra-groupe, sur la base d'un calcul réalisé à l'aide d'une métrique de distance écologique sélectionnée par l'utilisateur. L'IndVal le plus élevé obtenu (celui qui est au-dessus ou en dessous du seuil) est sélectionné pour chaque taxon, puis pour l'ensemble des IndVal cumulés de la communauté et lui détermine alors un seuil propre, ce qui rend la méthode sensible aux taxons rares ou dont l'abondance est très variable. Une expertise a été nécessaire pour compléter la liste des taxons d'alerte obtenus selon les paramètres étudiés. Cette méthode a permis le développement d'un indice phytocénotique en milieu minier, évaluant des réponses spécifiques à des pollutions métalliques diverses en milieu naturel.

International audience

International audience; Les sources hydrothermales terrestres et sous-marines sont nombreuses et de fonctionnement varié en Guadeloupe, du fait de l’activité volcanique et de la nature altérée et fracturée du massif. Bien que les systèmes hydro-thermaux du massif de la Soufrière fassent l’objet d’un suivi physico-chimique depuis les années 1960 dans le cadre de la surveillance de l’activité volcanique réalisée par l’Observatoire volcanologique et sismologique de la Guadeloupe, les compartiments biologiques des sources hydrothermales de la Guadeloupe n’ont que très peu été étudiés. Sans prétendre à l’exhaustivité, une première étude a permis d’explorer les principaux compartiments constituant le biofilm qui se développe dans et à proximité immédiate des sources guadeloupéennes : les diatomées, les bactéries, les cyanobactéries ainsi que les Archées. Dans un second temps, l’étude des diatomées des sources hydrothermales de la Martinique est venue compléter les données acquises en Guadeloupe. En ce qui concerne les diatomées, aucune étude naturaliste n’avait eu lieu depuis la mission P. Allorge en 1936, qui avait permis à Manguin et Bourrelly de décrire plusieurs taxons dont certains rarement observés depuis, par exemple Navicula guadalupensis Manguin in Bourrelly & Manguin et Navicula thermophila Manguin in Bourrelly & Manguin. Cette dernière est maintenant attribuée au genre Chamaepinnularia : C. thermophila (Manguin) C.E. Wetzel & Ector (2016). Compte tenu de l’évolution de la taxonomie, et à la lumière de nos observations réalisées en microscopie électronique, Navicula guadalupensis devrait maintenant appartenir au genre Microcostatus. Une espèce du genre Halamphora est potentiellement nouvelle pour la science. Ces études ont permis de mettre en évidence la présence d’autres micro-organismes photosynthétiques ou non inféodés à ces conditions environnementales extrêmes et ont également révélé des interactions biologiques et peut-être biochimiques originales (Cyanobactéries du genre des Plectonema associées à des bactéries sulfo-oxydantes du genre Thiomicrospira), ce qui confirme que les sources hydrothermales des Antilles françaises restent un laboratoire naturel encore à explorer.

International audience

En métropole comme en Europe continentale, les diatomées benthiques sont considérées de longue date comme un compartiment d’intérêt pour surveiller la qualité des milieux aquatiques, et de nombreux pays ont pu développer ou utiliser des indices biotiques basés sur l’abondance relative des différentes espèces composant les communautés diatomiques. La Directive-Cadre sur l’Eau (DCE), adoptée depuis le 23/10/2000 par l’Union Européenne, est venue conforter l’importance de ces indices biotiques en préconisant la prise en compte de l’état écologique au même titre que l’état chimique, et en s’appuyant pour cela sur quelques maillons biologiques-clés dont font partie, pour les cours d’eau, les diatomées benthiques au même titre que les poissons ou les macro-invertébrés. La Nouvelle Calédonie, du fait de son statut juridique, n’est pas partie intégrante de l’Union Européenne, et La DCE n’a pas vocation légale à s’appliquer. Cependant la gestion intégrée de la ressource en eau est une préoccupation importante des gestionnaires de ce territoire considéré comme un hot-spot de biodiversité. Même s’il existe à l’heure actuelle un indice biotique basé sur la composition des communautés de macro-invertébrés benthiques et validé dans le contexte très spécifique de la Nouvelle-Calédonie, l’Indice Biotique de Nouvelle-Calédonie (IBNC, Mary 1999), d’autres tentatives complémentaires n’ont pas pour l’instant débouché sur des produits aboutis (exemple de l’Indice Bio-Sédimentaire ou IBS, lui aussi basé sur les macro-invertébrés et destiné à évaluer les altérations latéritiques dues à l’activité minière). En fonction de succès récents de démarches de création d’indices diatomiques dans des coditions ultramarines relativement comparables à celles de la Nouvelle-Calédonie (création de l’IDR à la Réunion en 2012, de l’IDA aux Antilles à partir de 2013), un projet comparable s’échelonnant sur 4 ans a été entrepris en Nouvelle Calédonie à partir d’Octobre 2012, à l’initiative de l’OEIL et avec l’appui de la DAVAR et des Provinces. Ce programme, qui a bénéficié de la collaboration locale de BioeKo et de la réalisation d’une thèse CIFRE financée par l’ANRT (thèse de Julien Marquié, Asconit Consultants, dirigée par Michel Coste d’Irstea), a été réalisé en intégralité par le consortium Asconit Consultants – Irstea. L’acquisition d’environ 220 relevés couplant inventaires diatomiques et conditions chimiques à la station a été réalisée à la faveur de 4 campagnes de prélèvement positionnées de façon équilibrée sur les 2 saisons climatiques principales. Un gros challenge initial de ce programme était d’arriver à identifier ces espèces locales, dont beaucoup sont endémiques et dont la grande majorité était encore fortement méconnue jusqu’à cette étude, au moyen d’une bibliographie taxonomique à réaliser à une échelle mondiale. Ces échantillons ont ensuite fait l’objet d’identification et de comptages en abondances relatives, et les inventaires diatomiques ainsi obtenus ont été analysés afin de mettre en évidence la réponse différenciée des diatomées aux conditions naturelles d’une part, aux différentes altérations anthropiques d’autre part. Ce verrou étant levé, l’étude s’est poursuivie par l'analyse biomathématique finale des données, afin d'établir les profils écologiques des espèces et de concevoir le nouvel Indice Diatomique pour la Nouvelle-Calédonie (IDNC). Outre la fourniture de ce nouvel indice diatomique, d’autres livrables prévus de ce programme sont composés d’un guide iconographique des principaux taxons présents en Nouvelle-Calédonie, d’un guide méthodologique et de l’organisation sur place d’une formation d’acteurs locaux en fin de programme pour accompagner le transfert opérationnel de cette nouvelle méthode. Le présent guide iconographique est destiné à permettre l’identification fiable des taxons qui sont pris en compte dans le calcul de la note d’IDNC (taxons indiciels). En effet, leur bonne reconnaissance est un élément important pour garantir la bonne application de la méthode et la robustesse du résultat. Bénéficiant de l’expérience antérieure capitalisée dans le cadre des programmes précédents conduits aux Antilles et à la Réunion, il est composé de 2 volumes : Le Volume 1 décrit chaque taxon individuellement, et le présent Volume 2 compile des illustrations de taxons morphologiquement proches afin de pouvoir les comparer et de faciliter leur identification en routine.

En métropole comme en Europe continentale, les diatomées benthiques sont considérées de longue date comme un compartiment d'intérêt pour surveiller la qualité des milieux aquatiques, et de nombreux pays ont pu développer ou utiliser des indices biotiques basés sur l'abondance relative des différentes espèces composant les communautés diatomiques. La Directive-Cadre sur l'Eau (DCE), adoptée depuis le 23/10/2000 par l'Union Européenne, est venue conforter l'importance de ces indices biotiques en préconisant la prise en compte de l'état écologique au même titre que l'état chimique, et en s'appuyant pour cela sur quelques maillons biologiques-clés dont font partie, pour les cours d'eau, les diatomées benthiques au même titre que les poissons ou les macro-invertébrés. La Nouvelle Calédonie, du fait de son statut juridique, n'est pas partie intégrante de l'Union Européenne, et La DCE n'a pas vocation légale à s'appliquer. Cependant la gestion intégrée de la ressource en eau est une préoccupation importante des gestionnaires de ce territoire considéré comme un hot-spot de biodiversité. Même s'il existe à l'heure actuelle un indice biotique basé sur la composition des communautés de macro-invertébrés benthiques et validé dans le contexte très spécifique de la Nouvelle-Calédonie, l'Indice Biotique de Nouvelle-Calédonie (IBNC, Mary 1999), d'autres tentatives complémentaires n'ont pas pour l'instant débouché sur des produits aboutis (exemple de l'Indice Bio-Sédimentaire ou IBS, lui aussi basé sur les macro-invertébrés et destiné à évaluer les altérations latéritiques dues à l'activité minière). En fonction de succès récents de démarches de création d'indices diatomiques dans des coditions ultramarines relativement comparables à celles de la Nouvelle-Calédonie (création de l'IDR à la Réunion en 2012, de l'IDA aux Antilles à partir de 2013), un projet comparable s'échelonnant sur 4 ans a été entrepris en Nouvelle Calédonie à partir d'Octobre 2012, à l'initiative de l'OEIL et avec l'appui de la DAVAR et des Provinces. Ce programme, qui a bénéficié de la collaboration locale de BioeKo et de la réalisation d'une thèse CIFRE financée par l'ANRT (thèse de Julien Marquié, Asconit Consultants, dirigée par Michel Coste d'Irstea), a été réalisé en intégralité par le consortium Asconit Consultants - Irstea. L'acquisition d'environ 220 relevés couplant inventaires diatomiques et conditions chimiques à la station a été réalisée à la faveur de 4 campagnes de prélèvement positionnées de façon équilibrée sur les 2 saisons climatiques principales. Un gros challenge initial de ce programme était d'arriver à identifier ces espèces locales, dont beaucoup sont endémiques et dont la grande majorité était encore fortement méconnue jusqu'à cette étude, au moyen d'une bibliographie taxonomique à réaliser à une échelle mondiale. Ces échantillons ont ensuite fait l'objet d'identification et de comptages en abondances relatives, et les inventaires diatomiques ainsi obtenus ont été analysés afin de mettre en évidence la réponse différenciée des diatomées aux conditions naturelles d'une part, aux différentes altérations anthropiques d'autre part. Ce verrou étant levé, l'étude s'est poursuivie par l'analyse biomathématique finale des données, afin d'établir les profils écologiques des espèces et de concevoir le nouvel Indice Diatomique pour la Nouvelle-Calédonie (IDNC). Outre la fourniture de ce nouvel indice diatomique, d'autres livrables prévus de ce programme sont composés d'un guide iconographique des principaux taxons présents en Nouvelle-Calédonie, d'un guide méthodologique et de l'organisation sur place d'une formation d'acteurs locaux en fin de programme pour accompagner le transfert opérationnel de cette nouvelle méthode. Le présent guide iconographique est destiné à permettre l'identification fiable des taxons qui sont pris en compte dans le calcul de la note d'IDNC (taxons indiciels). En effet, leur bonne reconnaissance est un élément important pour garantir la bonne application de la méthode et la robustesse du résultat. Bénéficiant de l'expérience antérieure capitalisée dans le cadre des programmes précédents conduits aux Antilles et à la Réunion, il est composé de 2 volumes : le présent Volume 1 décrit chaque taxon individuellement, et le second compile des illustrations de taxons morphologiquement proches afin de pouvoir les comparer et de faciliter leur identification en routine.

En métropole comme en Europe continentale, les diatomées benthiques sont considérées de longue date comme un compartiment d’intérêt pour surveiller la qualité des milieux aquatiques, et de nombreux pays ont pu développer ou utiliser des indices biotiques basés sur l’abondance relative des différentes espèces composant les communautés diatomiques. La Directive-Cadre sur l’Eau (DCE), adoptée depuis le 23/10/2000 par l’Union Européenne, est venue conforter l’importance de ces indices biotiques en préconisant la prise en compte de l’état écologique au même titre que l’état chimique, et en s’appuyant pour cela sur quelques maillons biologiques-clés dont font partie, pour les cours d’eau, les diatomées benthiques au même titre que les poissons ou les macro-invertébrés. La Nouvelle Calédonie, du fait de son statut juridique, n’est pas partie intégrante de l’Union Européenne, et La DCE n’a pas vocation légale à s’appliquer. Cependant la gestion intégrée de la ressource en eau est une préoccupation importante des gestionnaires de ce territoire considéré comme un hot-spot de biodiversité. Même s’il existe à l’heure actuelle un indice biotique basé sur la composition des communautés de macro-invertébrés benthiques et validé dans le contexte très spécifique de la Nouvelle-Calédonie, l’Indice Biotique de Nouvelle-Calédonie (IBNC, Mary 1999), d’autres tentatives complémentaires n’ont pas pour l’instant débouché sur des produits aboutis (exemple de l’Indice Bio-Sédimentaire ou IBS, lui aussi basé sur les macro-invertébrés et destiné à évaluer les altérations latéritiques dues à l’activité minière). En fonction de succès récents de démarches de création d’indices diatomiques dans des coditions ultramarines relativement comparables à celles de la Nouvelle-Calédonie (création de l’IDR à la Réunion en 2012, de l’IDA aux Antilles à partir de 2013), un projet comparable s’échelonnant sur 4 ans a été entrepris en Nouvelle Calédonie à partir d’Octobre 2012, à l’initiative de l’OEIL et avec l’appui de la DAVAR et des Provinces. Ce programme, qui a bénéficié de la collaboration locale de BioeKo et de la réalisation d’une thèse CIFRE financée par l’ANRT (thèse de Julien Marquié, Asconit Consultants, dirigée par Michel Coste d’Irstea), a été réalisé en intégralité par le consortium Asconit Consultants – Irstea. L’acquisition d’environ 220 relevés couplant inventaires diatomiques et conditions chimiques à la station a été réalisée à la faveur de 4 campagnes de prélèvement positionnées de façon équilibrée sur les 2 saisons climatiques principales. Un gros challenge initial de ce programme était d’arriver à identifier ces espèces locales, dont beaucoup sont endémiques et dont la grande majorité était encore fortement méconnue jusqu’à cette étude, au moyen d’une bibliographie taxonomique à réaliser à une échelle mondiale. Ces échantillons ont ensuite fait l’objet d’identification et de comptages en abondances relatives, et les inventaires diatomiques ainsi obtenus ont été analysés afin de mettre en évidence la réponse différenciée des diatomées aux conditions naturelles d’une part, aux différentes altérations anthropiques d’autre part. Ce verrou étant levé, l’étude s’est poursuivie par l'analyse biomathématique finale des données, afin d'établir les profils écologiques des espèces et de concevoir le nouvel Indice Diatomique pour la Nouvelle-Calédonie (IDNC). Outre la fourniture de ce nouvel indice diatomique, d’autres livrables prévus de ce programme sont composés d’un guide iconographique des principaux taxons présents en Nouvelle-Calédonie, d’un guide méthodologique et de l’organisation sur place d’une formation d’acteurs locaux en fin de programme pour accompagner le transfert opérationnel de cette nouvelle méthode. Le présent guide iconographique est destiné à permettre l’identification fiable des taxons qui sont pris en compte dans le calcul de la note d’IDNC (taxons indiciels). En effet, leur bonne reconnaissance est un élément important pour garantir la bonne application de la méthode et la robustesse du résultat. Bénéficiant de l’expérience antérieure capitalisée dans le cadre des programmes précédents conduits aux Antilles et à la Réunion, il est composé de 2 volumes : Le Volume 1 décrit chaque taxon individuellement, et le présent Volume 2 compile des illustrations de taxons morphologiquement proches afin de pouvoir les comparer et de faciliter leur identification en routine.

International audience; La Nouvelle-Calédonie relève de la souveraineté française depuis 1853, elle dispose d’un statut particulier, sui generi, de large autonomie, instauré lors de l’accord de Nouméa (1998), différent des collectivités d’outre-mer. L’île principale, appelée Grande Terre, grande comme 2 fois la corse est située dans le Pacifique Sud-Ouest, juste au-dessus du tropique du Capricorne, à 1400 km à l’Est de l’Australie et 1800 km au Nord de la Nouvelle-Zélande. Son isolement géographique et son contexte géologique particulier ont vu l’émergence d’une faune et d’une flore originale fragile, d’autant plus menacée par l’activité d’exploitation en carrière de gisements nickélifères (6e rang des pays producteurs). Alors considéré comme un « point chaud » de biodiversité, le territoire tente de se doter d’outils pertinents et opérationnels d’évaluation de l’état de santé des masses d’eau. Dans le cadre de la mise en place d’un nouvel indice de bio évaluation des rivières de Nouvelle-Calédonie, une étude des diatomées benthiques a été initiée fin 2012, avec l’appui financier de l’Observatoire pour l’Environnement en NC (OEIL), de la Direction des Affaires Vétérinaires Alimentaires et Rurales (DAVAR) et du CNRT Nickel et son Environnement. Sa réalisation a été confiée au consortium Asconit-Irstea. La flore locale a déjà fait l’objet de plusieurs publications, essentiellement Moser et al. (1995, 1998) et Moser (1999) qui décrit le pays comme les « Galapagos des diatomées », en raison du contexte géologique particulier et du fort taux d’endémisme rencontrés (environ 40%) sur cette île du Pacifique. Au cours de 4 campagnes de prélèvements, 2 en saison humide et 2 en saison sèche, au total, 222 relevés prélevés sur 80 sites différents de terrain ont été exploités, associant la description des conditions abiotiques des sites de terrain (dont la chimie de l’eau) et la composition des assemblages diatomiques multi spécifiques exprimée en abondances relatives. La composition de ces assemblages a été caractérisée sur la base des principales espèces structurantes, hiérarchisées à l’aide de l’INDVAL. Ce qui ressort de ces analyses, c’est l’importance du contexte géochimique dans la répartition des flores. En particulier en ce qui concerne les assemblages sur substrats ultrabasiques, composés presque exclusivement de taxons endémiques, représentés par les genres Cymbella, Cymbopleura, Delicata, Frustulia, Brachysira ou encore le genre mono spécifique endémique au territoire, Coxia guillauminii.

International audience; Dans le cadre d’une étude sur la mise en place d’un nouvel indice de bio évaluation des rivières de Nouvelle-Calédonie, une étude des diatomées benthiques a été initiée fin 2012. La flore locale a déjà fait l’objet de plusieurs publications, essentiellement Moser et al. (1995, 1998) et Moser (1999) qui décrit le pays comme les « Galapagos des diatomées », en raison du contexte géologique particulier et du fort taux d’endémisme rencontrés (environ 40%) sur cette île du Pacifique. L’étude d’une cinquantaine de stations prélevées en saison sèche et en saison humide entre 2012 et 2014 (soit 4 campagnes), réparties sur les 6 hydro écorégions que connait la Grande Terre a révélé des taxons posant ou ayant posés des soucis de détermination. Ce poster invite le lecteur à partager nos interrogations.

As part of the obligation to implement the WFD in the French overseas departments, a research and development program, aiming at setting-up a diatom index for the ecological status assessment of the streams of the French West Indies, was initiated And financed by the Water Offices and the DEALs of Martinique and Guadeloupe, with financial support from ONEMA. This program was carried out by the Asconit-Irstea consortium, which also self-financed part of it from 2009 to 2011. In order to solve some improvement points identified on the basis of the first version of IDA, the initial program was supplemented by new data acquisitions covering 2012 and 2013, some of them issued from the traditional sampling campaigns of the monitoring networks currently in place, others being more targeted in order to clarify certain insufficiently detailed aspects, including a more precise approach to clarify the ecology of the Nitzschia inconspicua (NINC) species in the West Indies. These acquisitions of additional data provided an opportunity to supplement the taxonomic lists and to consolidate the ecological information acquired on the taxa sufficiently found in Guadeloupe and Martinique during the 5 years covered by field campaigns. The content of this Volume 1 of the "Methodological and Iconological Guide" contains: - the main elements relating to the biology and ecology of diatoms, useful for understanding the operating principles of the diatomic bioindication in general, and of this new index in particular, - a summary of the different steps of development of the IDA, - the methodology developed to calculate this index, - the taxonomic data acquired during this Research-Development program, which may prove useful for the determination of the diatom species sampled in the French West Indies. Elements related to the classification of species found during our study include a glossary, an original diatom determination key, the iconological positioning of the taxa found in the study, and a practical system of small summary tables indicating the reference of photographic plates where one can find the taxon in this first and in the 2nd volume. - finally, Volume 1 includes 94 iconological and iconographic plates allowing to present the photographs acquired on most of the taxa encountered during the study. The 2nd volume, for its part, is a collection of plates containing the iconographic, chorological and auto-ecological information about the taxa sufficiently encountered during the study and involved in the calculation of the new diatomic index of the Antilles (IDA). The 2 volumes of this methodological guide therefore synthesize all the information needed for the implementation of the new IDA by water managers and public contractors.; Dans le cadre de l’obligation de mise en application de la DCE dans les DOM, un programme de Recherche-Développement visant à mettre en place un indice diatomique pour l’évaluation d’état des cours d’eau des Antilles Françaises a été initié et financé par les Offices de l’Eau et les DEAL de Martinique et de Guadeloupe, avec un appui financier de l’ONEMA. Ce programme a été réalisé par le consortium Asconit – Irstea, qui en a également autofinancé une partie, de 2009 à 2011. Afin de résoudre quelques points perfectibles repérés sur la base de la première version d’IDA, ce programme initial a été complété par de nouvelles acquisitions de données en 2012 et 2013, certaines acquises dans le cadre des campagnes classiques d’échantillonnages des réseaux de surveillance actuellement en place, d’autres plus ciblées visant à préciser certains points insuffisamment renseignés dont une approche plus précise de l’écologie de l’espèce Nitzschia inconspicua (NINC) aux Antilles. Ces acquisitions de données additionnelles ont donné l’occasion de compléter les listes taxonomiques et de consolider l’information écologique acquise sur les taxons suffisamment trouvés en Guadeloupe et Martinique lors de ces 5 années couvertes par des campagnes de terrain. Le contenu du présent Volume 1 du « Guide méthodologique et iconologique » contient : - les principaux éléments relatifs à la biologie et l’écologie des diatomées, utiles à la compréhension des principes de fonctionnement de la bio-indication diatomique en général, et de ce nouvel indice en particulier, - le résumé des étapes de la mise au point de l’indice, - la méthodologie élaborée pour calculer cet indice, - les données taxonomiques acquises au cours de ce programme de Recherche-Développement, qui pourront se révéler utiles à la détermination des espèces de diatomées échantillonnées aux Antilles. Les éléments concernant la classification des espèces trouvées lors de notre étude comprennent un glossaire, une clé de détermination originale des diatomées, le positionnement iconologique des taxons trouvés lors de l’étude, ainsi qu’un système pratique de petits tableaux récapitulatifs indiquant la référence des planches photographiques ou on peut trouver le taxon dans ce premier et dans le 2ème volume. - enfin, il inclut 94 planches iconologiques et iconographiques permettant de présenter les clichés acquis sur la plupart des taxons rencontrés au cours de l’étude. Le 2ème volume, pour sa part, est un recueil de planches contenant notamment les éléments taxonomiques, iconographiques, chorologiques et auto-écologiques des taxons suffisamment rencontrés en cours d’étude et qui interviennent au dans le calcul du nouvel indice diatomique des Antilles (IDA). Les 2 volumes du présent guide méthodologique synthétisent donc toutes les informations utiles à la mise en oeuvre du nouvel IDA par les gestionnaires de l’eau et les intervenants de Marchés Publics.

As part of the obligation to implement the WFD in the French overseas departments, a research and development program, aiming at setting-up a diatom index for the ecological status assessment of the streams of the French West Indies, was initiated And financed by the Water Offices and the DEALs of Martinique and Guadeloupe, with financial support from ONEMA. This program was carried out by the Asconit-Irstea consortium, which also self-financed part of it from 2009 to 2011. In order to solve some improvement points identified on the basis of the first version of IDA, the initial program was supplemented by new data acquisitions covering 2012 and 2013, some of them issued from the traditional sampling campaigns of the monitoring networks currently in place, others being more targeted in order to clarify certain insufficiently detailed aspects, including a more precise approach to clarify the ecology of the Nitzschia inconspicua (NINC) species in the West Indies. These acquisitions of additional data provided an opportunity to supplement the taxonomic lists and to consolidate the ecological information acquired on the taxa sufficiently found in Guadeloupe and Martinique during the 5 years covered by field campaigns. The methodological guide helping to support the good IDA practice consists of 2 complementary documents. The Volume 1: "Methodological and iconological guide" contains: - the main elements relating to the biology and ecology of diatoms, useful for understanding the operating principles of the diatomic bio-indication in general, and of this new index in particular, - a summary of the different steps of development of the IDA, - the methodology developed to calculate this index, - the taxonomic data acquired during this Research-Development program, which may prove useful for the determination of the diatom species sampled in the French West Indies. Elements related to the classification of species found during our study include a glossary, an original diatom determination key, the iconological positioning of the taxa found in the study, and a practical system of small summary tables indicating the reference of photographic plates where one can find the taxon in this first and in the 2nd volume. - finally, Volume 1 includes 94 iconological and iconographic plates allowing to present the photographs acquired on most of the taxa encountered during the study. The present Volume 2, for its part, is a collection of taxa-cards containing the iconographic, chorological and auto-ecological information about the taxa sufficiently encountered during the study and involved in the calculation of the new diatomic index of the Antilles (IDA). The 2 volumes of this methodological guide therefore synthesize all the information needed for the implementation of the new IDA by water managers and public contractors.; Dans le cadre de l'obligation de mise en application de la DCE dans les DOM, un programme de Recherche-Développement visant à mettre en place un indice diatomique pour l'évaluation d'état des cours d'eau des Antilles Françaises a été initié et financé par les Offices de l'Eau et les DEAL de Martinique et de Guadeloupe, avec un appui financier de l'ONEMA. Ce programme a été réalisé par le consortium Asconit - Irstea, qui en a également autofinancé une partie, de 2009 à 2011. Afin de résoudre quelques points perfectibles repérés sur la base de la première version d'IDA, ce programme initial a été complété par de nouvelles acquisitions de données en 2012 et 2013, certaines acquises dans le cadre des campagnes classiques d'échantillonnages des réseaux de surveillance actuellement en place, d'autres plus ciblées visant à préciser certains points insuffisamment renseignés dont une approche plus précise de l'écologie de l'espèce Nitzschia inconspicua (NINC) aux Antilles. Ces acquisitions de données additionnelles ont donné l'occasion de compléter les listes taxonomiques et de consolider l'information écologique acquise sur les taxons suffisamment trouvés en Guadeloupe et Martinique lors de ces 5 années couvertes par des campagnes de terrain. Le guide méthodologique venant appuyer la bonne pratique de l'IDA est constitué de 2 documents complémentaires. Le Volume 1: "Guide méthodologique et iconologique", contient : - les principaux éléments relatifs à la biologie et l'écologie des diatomées, utiles à la compréhension des principes de fonctionnement de la bio-indication diatomique en général, et de ce nouvel indice en particulier, - le résumé des étapes de la mise au point de l'indice, - la méthodologie élaborée pour calculer cet indice, - les données taxonomiques acquises au cours de ce programme de Recherche-Développement, qui pourront se révéler utiles à la détermination des espèces de diatomées échantillonnées aux Antilles. Les éléments concernant la classification des espèces trouvées lors de notre étude comprennent un glossaire, une clé de détermination originale des diatomées, le positionnement iconologique des taxons trouvés lors de l'étude, ainsi qu'un système pratique de petits tableaux récapitulatifs indiquant la référence des planches photographiques ou on peut trouver le taxon dans ce premier et dans le 2ème volume. - enfin, il inclut 94 planches iconologiques et iconographiques permettant de présenter les clichés acquis sur la plupart des taxons rencontrés au cours de l'étude. Le présent Volume 2, pour sa part, est un recueil de planches contenant notamment les éléments taxonomiques, iconographiques, chorologiques et auto-écologiques des taxons suffisamment rencontrés en cours d'étude et qui interviennent au dans le calcul du nouvel indice diatomique des Antilles (IDA). Les 2 volumes du présent guide méthodologique synthétisent donc toutes les informations utiles à la mise en oeuvre du nouvel IDA par les gestionnaires de l'eau et les intervenants de Marchés Publics.

Dans le contexte biogéographique particulier des Antilles, aucune méthode de bio-indication diatomique pré-existante n’est réellement utilisable pour diagnostiquer l’état écologique des cours d’eau, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole. La DCE ayant vocation à s’appliquer dès que possible dans les DOM français, les Offices de l’Eau et DEALs de Martinique et de Guadeloupe, appuyés par l’ONEMA, ont lancé en 2009 un premier programme de recherche-transfert de 3 à 4 ans destiné : 1) à repérer et identifier les flores diatomiques de chaque Île ; 2) à étudier leur écologie ; 3) à mettre en place un nouvel indice diatomique spécifique destiné à être utilisé ensuite en routine dans le cadre des réseaux de surveillance. Ce programme initial, pris en charge par le consortium ASCONIT-IRSTEA, a abouti à une première version d’Indice Diatomique des Antilles utilisable (Rapport Final IDA du 14-10-2013). Cette première version présentait quelques défauts de jeunesse essentiellement dus à un manque de recul-données. La réalisation de campagnes complémentaires d’échantillonnage en 2012 et 2013 a permis de renforcer de façon ciblée certaines situations insuffisamment documentées. Au final, huit campagnes saisonnières de prélèvement, qui ont concerné en tout 130 stations réparties de façon presque égale sur les deux îles, ont permis de disposer de façon couplée d’échantillonnages d’eau et de mesures de terrain permettant de caractériser le milieu abiotique, ainsi que de prélèvements de biofilms diatomiques représentatifs de l’état des stations. 607 relevés complets ont été pleinement exploitables, permettant d’identifier et de compter 512 taxons diatomiques différents et de réaliser une nouvelle fois les analyses de données. Des analyses exploratoires à visée typologique ont notamment permis d’asseoir un zonage naturel simplifié en 2 grands ensembles naturels. L’IDA-2 (Indice Diatomique des Antilles, version 2) a été construit sur un Gradient Composite Multimétrique d’Anthropisation (GCMA) intégratif de 10 variables abiotiques significativement influencées par les pressions humaines. Sa division en 5 classes de qualité a permis, après intervention d’un double seuillage quantitatif, de calculer les profils écologiques de 186 espèces ainsi sélectionnées. 8 d’entre eux provenant d’entrés halines littorales, 178 taxons participent au final au calcul de l’indice, dont 131 «Taxons +» non–porteurs de message particulier relatif à l’altération anthropique. 47 taxons sont porteurs d’un message d’alerte. Par rapport à l’IDA-1, une interprétation raffinée de leurs profils a permis de les répartir en 25 «Taxons», révélateurs d’altérations anthropiques moyennes, et 22 «Taxons2» indicateurs d’altération anthropique forte, qui exercent un poids différent dans la diminution des notes d’indice. Une stratégie d’évaluation d’état écologique au relevé, basée sur l’élaboration de 2 grilles d’EQRs, une pour la zone aux eaux peu minéralisées des massifs volcaniques des 2 îles (Zone « Volcan »), et une pour la zone à hydrochimie naturelle fortement minéralisée regroupant les Mornes et la Plaine du Lamentin en Martinique (Zone « Plaine ») a pu être calée et donne satisfaction. Concernant l’évaluation temporelle intégrée au site, dans l’attente de stabilisation de règles officielles nationales qui seront diffusées dans un prochain Arrêté d’Evaluation, 4 types de scénarios prospectifs d’agrégation ont été testés et évalués dans le cadre de ce programme. Un scénario de type OO-AO ménagé avec tolérance 25% a donné des résultats satisfaisants en utilisant les mêmes grilles que pour déterminer l’état au relevé. Comme il n’est pas voué à passer en application, un travail complémentaire d’adaptation de ces grilles reste donc à réaliser sur la base des règles précises proposées au niveau national (moyenne sur 3 ans par site).

As part of the obligation to implement the WFD in the French overseas departments, a research and development program, aiming at setting-up a diatom index for the ecological status assessment of the streams of the French West Indies, was initiated And financed by the Water Offices and the DEALs of Martinique and Guadeloupe, with financial support from ONEMA. This program was carried out by the Asconit-Irstea consortium, which also self-financed part of it from 2009 to 2011. In order to solve some improvement points identified on the basis of the first version of IDA, the initial program was supplemented by new data acquisitions covering 2012 and 2013, some of them issued from the traditional sampling campaigns of the monitoring networks currently in place, others being more targeted in order to clarify certain insufficiently detailed aspects, including a more precise approach to clarify the ecology of the Nitzschia inconspicua (NINC) species in the West Indies. These acquisitions of additional data provided an opportunity to supplement the taxonomic lists and to consolidate the ecological information acquired on the taxa sufficiently found in Guadeloupe and Martinique during the 5 years covered by field campaigns. The content of this Volume 1 of the "Methodological and Iconological Guide" contains: - the main elements relating to the biology and ecology of diatoms, useful for understanding the operating principles of the diatomic bioindication in general, and of this new index in particular, - a summary of the different steps of development of the IDA, - the methodology developed to calculate this index, - the taxonomic data acquired during this Research-Development program, which may prove useful for the determination of the diatom species sampled in the French West Indies. Elements related to the classification of species found during our study include a glossary, an original diatom determination key, the iconological positioning of the taxa found in the study, and a practical system of small summary tables indicating the reference of photographic plates where one can find the taxon in this first and in the 2nd volume. - finally, Volume 1 includes 94 iconological and iconographic plates allowing to present the photographs acquired on most of the taxa encountered during the study. The 2nd volume, for its part, is a collection of plates containing the iconographic, chorological and auto-ecological information about the taxa sufficiently encountered during the study and involved in the calculation of the new diatomic index of the Antilles (IDA). The 2 volumes of this methodological guide therefore synthesize all the information needed for the implementation of the new IDA by water managers and public contractors.; Dans le cadre de l’obligation de mise en application de la DCE dans les DOM, un programme de Recherche-Développement visant à mettre en place un indice diatomique pour l’évaluation d’état des cours d’eau des Antilles Françaises a été initié et financé par les Offices de l’Eau et les DEAL de Martinique et de Guadeloupe, avec un appui financier de l’ONEMA. Ce programme a été réalisé par le consortium Asconit – Irstea, qui en a également autofinancé une partie, de 2009 à 2011. Afin de résoudre quelques points perfectibles repérés sur la base de la première version d’IDA, ce programme initial a été complété par de nouvelles acquisitions de données en 2012 et 2013, certaines acquises dans le cadre des campagnes classiques d’échantillonnages des réseaux de surveillance actuellement en place, d’autres plus ciblées visant à préciser certains points insuffisamment renseignés dont une approche plus précise de l’écologie de l’espèce Nitzschia inconspicua (NINC) aux Antilles. Ces acquisitions de données additionnelles ont donné l’occasion de compléter les listes taxonomiques et de consolider l’information écologique acquise sur les taxons suffisamment trouvés en Guadeloupe et Martinique lors de ces 5 années couvertes par des campagnes de terrain. Le contenu du présent Volume 1 du « Guide méthodologique et iconologique » contient : - les principaux éléments relatifs à la biologie et l’écologie des diatomées, utiles à la compréhension des principes de fonctionnement de la bio-indication diatomique en général, et de ce nouvel indice en particulier, - le résumé des étapes de la mise au point de l’indice, - la méthodologie élaborée pour calculer cet indice, - les données taxonomiques acquises au cours de ce programme de Recherche-Développement, qui pourront se révéler utiles à la détermination des espèces de diatomées échantillonnées aux Antilles. Les éléments concernant la classification des espèces trouvées lors de notre étude comprennent un glossaire, une clé de détermination originale des diatomées, le positionnement iconologique des taxons trouvés lors de l’étude, ainsi qu’un système pratique de petits tableaux récapitulatifs indiquant la référence des planches photographiques ou on peut trouver le taxon dans ce premier et dans le 2ème volume. - enfin, il inclut 94 planches iconologiques et iconographiques permettant de présenter les clichés acquis sur la plupart des taxons rencontrés au cours de l’étude. Le 2ème volume, pour sa part, est un recueil de planches contenant notamment les éléments taxonomiques, iconographiques, chorologiques et auto-écologiques des taxons suffisamment rencontrés en cours d’étude et qui interviennent au dans le calcul du nouvel indice diatomique des Antilles (IDA). Les 2 volumes du présent guide méthodologique synthétisent donc toutes les informations utiles à la mise en oeuvre du nouvel IDA par les gestionnaires de l’eau et les intervenants de Marchés Publics.

In the specific biogeographical context of the french Caribbean, which includes many species of tropical diatoms unknown in continental France, no pre-existing diatom-based method of bio-indication is proven reliable for the diagnosis of ecological status in rivers. In order to implement the WFD, which should also apply to the French overseas departments, Martinique and Guadeloupe hydrosystem management services (Water Offices , DEALs) supported by ONEMA launched in 2009 a research - transfer program of 3 to 4 years in the aim to : 1) track and identify diatom flora of each island; 2) study their ecology ;3) implement a specific diatomic index that can then be used to diagnose the ecological status in the context of routine monitoring networks. This program taken in charge by the ASCONIT - IRSTEA consortium prospected a total of 110 stations on the two islands during five seasonal sampling campaigns, and performed 483 biofilm samples representative of each site, linked with more than thirty abiotic descriptors (including 27 physico-chemical parameters) at the same date. Among them, 475 complete surveys were fully exploited . 470 different diatom taxa have been identified and taken into account. An exploratory analysis using a neural unsupervised technique (SOM) identified a bio-typology made of natural assemblages on the one hand, and those organized by the main types of alterations encountered in the Caribbean on the other one. Classical multivariate techniques (PCA, CCA…) were used to explain the structure of abiotic gradients contained in the dataset and their correspondence with the species distribution and assemblage composition. IDA (Indice Diatomique des Antilles) was built on an “anthropogenic composite integrative gradient” made of nine abiotic variables significantly influenced by human pressures. After locating the broad natural variation on the natural reference sites, the composite gradient of human impact has been divided into five abiotic quality classes and then used to decline ecological profiles of the constitutive species. After thresholding species on the base of their occurrence and relative abundance, 179 taxa were judged as sufficiently distributed to wear a calculation of environmental quality profile and to be involved in the calculation of the index. 49 of them are considered as “Alert Taxa” and contribute to the decrease of the index notes. As part of this final report, which incorporated the methodological changes discussed at the final steering committee of the initial study, two large natural ensembles were identified to set-up two grids based on Equivallent Quality Ratios, used as a basis for the evaluation of the Ecological Status: 1) a common little mineralized volcanic zone regrouping the volcanic portions of the two islands, on which the NINC species is considered as an alert taxon; and 2) a zone of highly mineralized plains corresponding to the “zone des Mornes” of Martinique, which does not take into account NINC as an “Alert Taxon”. The evaluation system tested here gives relatively satisfactory overall results, but seems to be perfectible on some particular sites. It will be consolidated at a later stage with the acquisition of additional data acquired on targeted sites, which will aim in particular to better identify the ecological profile of NINC and the final modalities of its mobilization in the calculation of the IDA.; Dans le contexte biogéographique particulier des Antilles, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole, aucune méthode de bio-indication diatomique pré-existante ne s’est avérée fiable pour le diagnostic d’état écologique des cours d’eau. Afin de pouvoir mettre en ½uvre la DCE, qui doit aussi s’appliquer dans les DOM français, les services gestionnaires de Martinique et de Guadeloupe (Offices de l’Eau, DEALs) appuyés par l’ONEMA ont lancé en 2009 un programme de recherche-transfert de 3 à 4 ans destiné à repérer et identifier les flores diatomiques de chaque Île, à étudier leur écologie et à mettre en place un indice diatomique spécifique utilisable ensuite pour diagnostiquer l’état écologique dans le cadre des réseaux de surveillance de routine. Ce programme réalisé par le consortium ASCONIT-IRSTEA a permis de prospecter, au cours de 5 campagnes saisonnières de prélèvement, un total de 110 stations réparties sur les deux îles et d’effectuer 483 échantillonnages permettant de recueillir de façon couplée plus d’une trentaine de descripteurs abiotiques (dont 27 descripteurs physico-chimiques) et des échantillonnages de biofilms diatomiques représentatifs de l’état des stations. Parmi eux, 475 relevés complets ont été pleinement exploitables. 470 taxons diatomiques différents ont pu être recensés et être pris en compte dans les comptages. Une analyse exploratoire réalisée à partir d’une technique neuronale non supervisée (SOM) a permis de dégager une typologie des assemblages naturels et de ceux structurés par les principaux types d’altérations rencontrés aux Antilles. Des techniques multivariées classiques (ACP, ACC) ont permis d’expliciter la structuration des gradients abiotiques présents et leur correspondance avec la distribution des espèces et la composition des assemblages. L’IDA (Indice Diatomique des Antilles) a été bâti sur un gradient composite d’anthropisation intégratif de 9 variables abiotiques significativement influencées par les pressions humaines. Après repérage de l’étendue du domaine de variation naturelle des sites de référence, le gradient composite d’anthropisation a été divisé en 5 classes de qualité abiotique ensuite utilisées pour décliner les profils écologiques des espèces constitutives. Après seuillage sur l’occurrence et les abondances relatives, 179 taxons ont été suffisamment occurrents et abondants pour qu’il soit possible de leur calculer un profil de qualité écologique et de les faire participer au calcul de l’indice. 49 d’entre eux sont considérés comme taxons d’alerte et contribuent à la diminution des notes d’indice. Dans le cadre du présent rapport final, qui a intégré les inflexions méthodologiques discutées lors du comité de pilotage final de l’étude initiale, deux grands ensembles naturels ont été repérés pour décliner une stratégie d’EQRs servant de base à l’évaluation d’état écologique : une zone volcanique peu minéralisée commune aux parties volcaniques des 2 îles, sur laquelle l’espèce NINC est considérée comme taxon d’alerte, et une zone de plaines très minéralisées concernant uniquement la zone des Mornes de Martinique qui ne prend pas en compte NINC comme taxon d’alerte. Le système d’évaluation testé ici donne des résultats relativement satisfaisants sur le plan global, mais semble perfectible sur certains sites particuliers. Il sera consolidé ultérieurement avec l’acquisition de données complémentaires acquises sur des sites ciblés, qui viseront notamment à mieux cerner le profil écologique de NINC et les modalités définitives de sa mobilisation dans le calcul de l’IDA.

International audience; La Directive 2000/60/CE (DCE) établit le cadre de la politique communautaire dans le domaine de l'eau et définit les objectifs environnementaux à atteindre pour l'ensemble des eaux. Les Antilles françaises, sont concernées au même titre que la métropole par cette directive. Cependant le contexte biogéographique totalement différent et la méconnaissance de la flore diatomique ont rendu indispensable la conception d’un indice diatomique spécifique. ASCONIT Consultants et l’Irstea se sont associés pour créer ce nouvel outil de bioindication de la qualité de l’eau aux Antilles dans le cadre d’un programme de recherche financé par l’ONEMA, les offices de l’eau et les DEAL de chaque îles. Ce programme de recherche s’articule autour de 2 axes : une phase préalable d’acquisition des données floristiques et une phase d’analyses statistiques des données qui a abouti au calcul de l’indice. Cette étude a permis de réaliser un gros effort d’échantillonnage par rapport aux précédents travaux réalisés en Guadeloupe. Le nombre de taxons inventoriés a, de ce fait, fortement augmenté pour chacune des 2 îles. L’analyse de ces inventaires a permis de mettre en évidence les caractéristiques essentielles des peuplements diatomiques antillais (nombre de taxons, de genres, inventaires spécifiques, répartition des taxons selon leur abondance relative au sein des inventaires ou selon leur occurrence). Les premières étapes des analyses statistiques des données ont permis d’aborder la structuration des communautés de diatomées (biotypologie des assemblages diatomiques) et, dans un deuxième temps, de confronter ces biotypes aux paramètres abiotiques auxquels ils sont associés. Chaque biotype diatomique peut alors être caractérisé par quelques espèces emblématiques et par les conditions environnementales qui y ont été mesurées. La projection de ces biotypes sur les cartes des stations étudiées permet de visualiser leur réalité géographique et/ou temporelle. La poursuite des analyses statistiques permettra, à terme de déterminer le profil écologique de chaque espèce et de calculer un indice diatomique spécifique et adapté au contexte insulaire tropical des Antilles Française.