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O objetivo do presente trabalho foi documentar o processo de germinação inicial e crescimento in vitro de plântulas de Cattleya walkeriana sob diferentes meios nutritivos a fim de aperfeiçoar o processo de propagação dessa espécie. Plântulas de 90 dias (0,8 ± 0,1 cm de comprimento) foram repicadas entre os meios nutritivos Vacin & Went, WPM, Knudson-C, Phytamax® e ½ MS. Após 90 dias de crescimento (180 dias depois da semeadura), as características biométricas da altura da planta, número de folhas, número de raízes, largura da maior raiz, comprimento da maior raiz e massa de matéria fresca (parte caulinar e radicial) foram avaliadas e as médias separadas pelo teste de Tukey a 5%. O embrião de Cattleya walkeriana origina, a partir do polo micropilar da semente, uma esférula que gera uma estrutura cônica clorofilada denominada protocormo após 30 dias da semeadura. Aos 60 dias, o protocormo desenvolve folíolos na parte superior e papilas absortivas na porção inferior. O meio de cultura ½ MS favoreceu o crescimento in vitro e pode ser recomendado para a produção de plantas de Cattleya walkeriana.

Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-27T11:27:08Z No. of bitstreams: 0 Made available in DSpace on 2014-05-27T11:27:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-01 Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) has been used as a biofertilizer, bringing benefits to agriculture as Phosphorus Solubilizing Bacteria (PSB), indole-acetic acid (IAA) producers, and with other activites. The goal of this report was the identification of PGPR from soils under sugarcane crops by 16S rRNA sequencing, and the evaluation of the ability of phosphorus solubilizing and IAA production by biological assays. The isolates of this work were obtained from three areas of sugarcane crop from São Paulo State, Brazil. All isolates came from rhizosphere soil, and in a total of 60 isolates just 10 have showed high ability in phosphorus solubilizing. The selection of PSB may be done by phenotypic and/or genotypic characterization. Among ten isolates Enterobacter sp. (FJ890899), Entrobacter homaechei subsp. verschuerennii (FJ890998), Burkholderia sp. (FJ890895), and Labrys portucalensis (FJ890891) were able to IAA production. © 2006-2012 Asian Research Publishing Network (ARPN). Departamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidad Estadual Paulista, São Paulo Departamento de Tecnologia Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Universidad Estadual Paulista, São Paulo

A utilização de meios nutritivos formulados a partir de fertilizantes comerciais pode representar umaalternativa simples e de baixo custo para a propagação de orquídeas de interesse comercial. Opresente estudo objetivou avaliar o crescimento in vitro de plântulas de Cattleya trianaei nos meiosnutritivos MS reduzido e obtidos a partir do fertilizante Peters® NPK 10-30-20 em diferentes doses.Protocormos de 90 dias de idade com dois folíolos foram transferidos para cinco tratamentos (T1 –MS reduzido; T2 – Peters® 1 g L-1; T3 – Peters® 2 g L-1; T4 – Peters® 3 g L-1 e T5 – Peters® 5 g L-1), dispostosem um delineamento inteiramente casualizado com cinco repetições contendo 25 plântulas paracada tratamento e incubados durante 180 dias, com repicagens a cada 60 dias, quando foramavaliados o número de raízes, comprimento da maior raiz, número de folhas, altura da parte aéreae massa de matéria fresca da planta inteira. O meio de cultura simplificado com fertilizante Peters®3 g L-1 apresentou resultados estatisticamente diferentes para as características número de raízes,número de folhas, altura da parte aérea e massa de matéria fresca da planta inteira e pode serrecomendado para o crescimento in vitro desta orquídea ornamental. In vitro propagation of Cattleya trianaei (Linden & Reichenbach fil.) (Orchidaceae)in culture media under commercial fertilizer concentrationsThe use of culture media produced with commercial fertilizers can represent a simple and low costalternative for commercial orchid propagation. The aim of this study was to evaluate the in vitrogrowth of plantlets of Cattleya trianaei in culture medium MS reduced and and formulated withPeters® NPK 10-30-20 in different doses. 90 day-old plantlets with two leaflets were submitted to fivetreatments (T1 – reduced MS; T2 – Peters® 1 g L-1; T3 – Peters® 2 g L-1; T4 – Peters® 3 g L-1 and T5 – Peters®5 g L-1) arranged in a completely randomized design with five replicates with 25 plantlets for eachtreatment and incubated during 180 days, with subcultures at each 60 days, when the numberof roots, root length, number of leaves, shoot length and shoot fresh matter were evaluated. Thesimplified culture medium with fertilizer Peters® 3 g L-1 presented results statistically different as for thenumber of roots, number of leaves, shoot length and shoot fresh matter and it can be recommendedfor in vitro growth of this ornamental orchid.

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:46:17Z No. of bitstreams: 1 S0100-06832011000300008.pdf: 878761 bytes, checksum: 75e578abf37a2a9ce156506fd8e7ee10 (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T18:46:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S0100-06832011000300008.pdf: 878761 bytes, checksum: 75e578abf37a2a9ce156506fd8e7ee10 (MD5) Previous issue date: 2011-06-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T19:35:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-06832011000300008.pdf: 878761 bytes, checksum: 75e578abf37a2a9ce156506fd8e7ee10 (MD5) S0100-06832011000300008.pdf.txt: 36113 bytes, checksum: 390442c86c5950bd6c3daee9d4225c2c (MD5) Previous issue date: 2011-06-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T13:17:36Z No. of bitstreams: 2 S0100-06832011000300008.pdf: 878761 bytes, checksum: 75e578abf37a2a9ce156506fd8e7ee10 (MD5) S0100-06832011000300008.pdf.txt: 36113 bytes, checksum: 390442c86c5950bd6c3daee9d4225c2c (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T13:17:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-06832011000300008.pdf: 878761 bytes, checksum: 75e578abf37a2a9ce156506fd8e7ee10 (MD5) S0100-06832011000300008.pdf.txt: 36113 bytes, checksum: 390442c86c5950bd6c3daee9d4225c2c (MD5) Previous issue date: 2011-06-01 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Bactérias produtoras de auxinas habitam raízes de orquídeas e podem trazer benefícios para a planta hospedeira. Plantas dessa família são multiplicadas em condições assimbióticas in vitro e pouco se conhece sobre a função desses microrganismos para a aclimatização ex vitro. Quatro rizobactérias isoladas da espécie Cattleya walkeriana foram avaliadas por sua capacidade de promoção do crescimento e sobrevivência de plântulas germinadas in vitro durante a aclimatização. Essas rizobactérias foram identificadas como Bacillus, Burkholderia, Enterobacter e Curtobacterium, com base no sequenciamento do gene 16S rRNA. A presença de compostos indólicos no sobrenadante filtrado de culturas líquidas foi quantificada por ensaios colorimétricos e cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE). Ácidos 3-indol lático (AIL) e indol-3-acetaldeído (AIAld) foram encontrados em grande quantidade, exceto na cultura de Enterobacter sp., em que ácido 3-indol acético (AIA) e ácido 3-indol pirúvico (AIP) prevaleceram. As rizobactérias foram inoculadas em plântulas germinadas in vitro, aclimatizadas em casa de vegetação durante 90 dias e avaliadas quanto à sua capacidade de promover o crescimento. Burkholderia sp. e Curtobacterium sp. proporcionaram a menor eficiência para o crescimento, enquanto Bacillus sp. e Enterobacter sp. favoreceram incrementos em todas as características avaliadas e ampliaram a percentagem de sobrevivência. Este trabalho elucida a função de rizobactérias produtoras de auxinas e seus benefícios para a promoção de crescimento de uma orquídea brasileira germinada em condições assimbióticas durante a aclimatização - condição que confere alta letalidade e limitante para a propagação de orquídeas. Auxin-producing bacteria inhabit the roots of orchids and can bring benefits to the host plant. Plants of this family are multiplied by in vitro assimbiotic conditions and little is known about the role of these microorganisms for ex vitro acclimatization. Four auxin-producing rhizobacteria isolated from the specie Cattleya walkeriana were evaluated for their ability to promote survival and growth of in vitro germinated plantlets during ex vitro acclimatization. Partial sequencing of the 16S rRNA genes of bacteria cultures from root velamen of this epiphytic species identified them as Bacillus, Burkholderia, Enterobacter and Curtobacterium. The presence of indole compounds in the filtered supernatants of liquid cultures was quantified by colorimetric assay and confirmed by HPLC. Indole-3-lactic acid (ILA) and indole-3-acetaldehyde (IAAld) were present in high quantities, except in Enterobacter sp. cultures, where in indole-3-acetic acid (IAA) and indole-3-pyruvic acid (IPA) were more prevalent. These rhizobacteria were inoculated into asymbiotically-germinated plantlets of the host orchid, acclimatized in greenhouse for 90 days and assessed for their growth-promoting ability. The lowest ability to promote growth was observed for Burkholderia sp. and Curtobacterium sp., while Bacillus sp. and Enterobacter sp. improved growth in all evaluated characteristics and increased the percentage of plantlet survival. This study highlights the role of auxin-producing rhizobacteria and their benefits for growth promotion of a Brazilian orchid germinated in asymbiotic conditions, during acclimatization, when plant mortality is high, limiting orchid propagation. UNESP FCAV Laboratory of Biochemistry of Microrganisms and Plants UNESP FCAV Laboratory of Biochemistry of Microrganisms and Plants FAPESP: 07/52874-3

Diesel oil is a compound derived from petroleum, consisting primarily of hydrocarbons. Poor conditions in transportation and storage of this product can contribute significantly to accidental spills causing serious ecological problems in soil and water and affecting the diversity of the microbial environment. The cloning and sequencing of the 16S rRNA gene is one of the molecular techniques that allows estimation and comparison of the microbial diversity in different environmental samples. The aim of this work was to estimate the diversity of microorganisms from the Bacteria domain in a consortium specialized in diesel oil degradation through partial sequencing of the 16S rRNA gene. After the extraction of DNA metagenomics, the material was amplified by PCR reaction using specific oligonucleotide primers for the 16S rRNA gene. The PCR products were cloned into a pGEM-T-Easy vector (Promega), and Escherichia coli was used as the host cell for recombinant DNAs. The partial clone sequencing was obtained using universal oligonucleotide primers from the vector. The genetic library obtained generated 431 clones. All the sequenced clones presented similarity to phylum Proteobacteria, with Gammaproteobacteria the most present group (49.8 % of the clones), followed by Alphaproteobacteira (44.8 %) and Betaproteobacteria (5.4 %). The Pseudomonas genus was the most abundant in the metagenomic library, followed by the Parvibaculum and the Sphingobium genus, respectively. After partial sequencing of the 16S rRNA, the diversity of the bacterial consortium was estimated using DOTUR software. When comparing these sequences to the database from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), a strong correlation was found between the data generated by the software used and the data deposited in NCBI. O óleo diesel é um composto derivado do petróleo, constituído basicamente por hidrocarbonetos. Condições precárias no processo de transporte e armazenagem desse produto contribuem significativamente para derrames acidentais, ocasionando sérios problemas ecológicos no solo e água, alterando assim toda a diversidade microbiológica do ambiente. A estratégia de clonagem e sequenciamento do gene 16S rRNA é uma das técnicas moleculares que permitem estimar e comparar a diversidade microbiana de diferentes amostras ambientais, sejam elas impactadas ou não. O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade de microrganismos pertencentes ao domínio Bacteria em um consórcio degradador de óleo diesel por meio de sequenciamento parcial do gene 16S rRNA. Após extração do DNA metagenômico, o material foi amplificado por reação de PCR com oligonucleotídeos iniciadores específicos para o gene 16S rRNA. Os produtos da reação de PCR foram clonados em vetor pGEM T Easy (Promega) e transformados em células competentes de Escherichia coli. O sequenciamento parcial dos clones foi feito com oligonucleotídeos universais do vetor. A biblioteca obtida gerou 431 clones. Todos os clones mostraram similaridade com o filo Proteobacteria, onde as Gammaproteobacteria compreenderam o grupo de maior representatividade, com 49,8 % dos clones, seguida das Alphaproteobacteira, com 44,8 %, e das Betaproteobacteria, com 5,4 %. O gênero Pseudomonas destacou-se como representante com maior frequência de clones na biblioteca, seguido pelos gêneros Parvibaculum e Sphingobium. Após o sequenciamento parcial do gene 16S rRNA, a diversidade bacteriana do consórcio foi estimada utilizando-se o software DOTUR. Essas sequências, quando comparadas com as do banco do National Center for Biotechnology Information (NCBI), mostraram grande correlação entre os dados gerados pelo software utilizado e aqueles depositados no NCBI.

In some vegetable species, the distinction between varieties can be made based on morphological aspects of the leaves, permitting the differentiation even when these ones do not display flowers and/or fruits. Consequently, the present research was conducted, aiming at the morphological characterization and grouping of rambutan plants. Were evaluated: plant height (cm), cup diameter and geometry (between lines and plants, in cm), trunk diameter (cm), leaves and leaflet size (length and width, in cm), leaflet number, stem length (cm), length of the petiolate (cm), left area (cm²), plant vigor, cold sensibility, leaflet format, pilosity, coloration of the leaflet (inferior and superior sides), veining type and leaflet disposition in the stem. The data were submitted to analysis of grouping by the UPGMA Clustering Method, starting from the Mahalanobis distance. Based on the results obtained, it can be concluded that the use of morphological descriptors is efficient in determining the genetic divergence between the materials of rambutan studied, but visual distinction is not possible, because no outstanding characteristic exists. Em certas espécies vegetais, a distinção entre variedades pode ser realizada com base em aspectos morfológicos das plantas, o que permite a identificação mesmo quando não apresentam flores e/ou frutos. Diante disso, realizou-se o presente trabalho cujo objetivo foi a caracterização morfológica e o agrupamento de plantas de rambutan. Foram avaliados: altura da planta (cm), diâmetro e geometria da copa (entre linhas e entre plantas, em cm), diâmetro do tronco (cm) e disposição dos ramos no tronco, tamanho de folhas e folíolos (comprimento e largura, em cm), número de folíolos, comprimento da ráquis (cm), comprimento do pecíolo (cm), área foliar (cm2), vigor das plantas, sensibilidade ao frio, formato dos folíolos, pilosidade, coloração dos folíolos (faces superior e inferior), tipo de nervação e disposição dos folíolos na ráquis. Os dados foram submetidos à análise de agrupamento pelo método UPGMA, a partir da distância de Mahalanobis. Com base nos resultados obtidos, pode-se concluir que o uso de descritores morfológicos é eficiente na determinação de divergência genética entre os materiais de rambutan estudados, não sendo, porém, possível sua distinção visual, por não existir uma característica discriminatória satisfatória.

Fungos do gênero Guignardia são frequentemente isolados em diferentes espécies de plantas, sendo muitas vezes caracterizados como fungos endofíticos. Entretanto, algumas espécies deste fungo, a exemplo de G. citricarpa e G. psidii, são causadores de importantes doenças que afetam culturas agrícolas, como a Mancha-Preta dos Citros (MPC) e a podridão dos frutos de goiabeira, respectivamente. Também são apontados como causadores de manchas foliares em diferentes espécies de frutíferas e também em outras culturas. Este trabalho teve o objetivo de isolar, identificar e caracterizar a diversidade genética existente entre isolados de Guignardia oriundos de citros, mangueira, goiabeira, eucaliptos, jabuticabeira e pitangueira através da análise da sequência de DNA do cístron ITS1-5,8-S-ITS2. Verificou-se que os isolados obtidos pertencem às espécies G. citricarpa e G. mangiferae. Entretanto, dois grupos encontrados em mangueira não puderam ser identificados em nível de espécie com base em sua sequência de DNA em função da baixa similaridade com as sequências de diferentes espécies de Guignardia já depositadas em banco de dados. Desta forma, goiabeira, eucaliptos, jabuticabeira e pitangueira são hospedeiras de G. mangiferae, enquanto os citros hospedam duas formas, G. citricarpa e G. mangiferae. Já a mangueira é hospedeira de G. mangiferae e de dois outros grupos ainda não identificados. Verificou-se ainda que isolados de Guignardia obtidos de sintomas de podridão de fruto de goiabeira foram identificados como G. mangiferae. Fungi of Guignardia genera are commonly isolated from different plant species and most of the time they are characterized as endophytics. However, some species of this genus, as G. citricarpa and G. psidii are known as causal agents of serious diseases that affect cultures, such as the Citrus Black Spot and the guava fruit rot, respectively. They are also responsible for diseases that cause foliar spots in different fruit species and also in other cultures. This work has the objective of isolate, identify and characterize the genetic diversity present among Guignardia isolates obtained from citrus, mango, guava, eucalyptus, Brazilian grape tree and Surinam cherry by analysis of DNA sequence from cístron ITS1-5,8SITS2. It was verified that the obtained isolates belong to G. mangiferae and G. citricarpa species. Two different Guignardia types, that were found in mango, could not be identified in species, and do not belong to none of the species deposited in GenBank. So, this work found that mango, guava, eucalyptus, Brazilian grape tree and Surinam cherry host only G. mangiferae, whereas citrus hosts G. mangiferae and G. citricarpa species. Mango hosts three different Guignardia, G. mangiferae and two others types that remain without identification of the species level. It was also verified that isolates of Guignardia obtained from guava fruit rot symptoms were identified as G. mangiferae.

Embora estudos recentes relatem a utilização de RCPC (Rizobactérias Promotoras de Crescimento de Plantas) no Brasil, raríssimos trabalhos avaliam a presença natural dessas espécies bacterianas no solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência de RPCP em duas amostras de solo sob diferentes tipos de manejo, através da construção e do seqüenciamento de bibliotecas de DNA metagenômico. Utilizaram-se oligonucleotídeos específicos para amplificação da região hipervariável do espaço intergênico dos genes ribossomais 16S-23S de DNA extraído de diferentes solos, sob Eucalyptus sp. e sob mata. Os fragmentos obtidos foram inseridos em vetor e clonados. As bibliotecas geraram 495 clones, que foram seqüenciados e identificados através de comparações realizadas pelo software Blast. O solo sob Eucalyptus sp. apresentou maior número de RPCP do que sob mata. Os filos Actinobacteria e Proteobacteria eram maiores no solo sob Eucalyptus sp., estando o filo Firmicutes ausente no solo sob mata. Somente oito espécies diferentes de RPCP foram detectadas: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas gladioli. O trabalho forneceu valiosos dados sobre a presença de RPCP em solos com espécies florestais e sua possível utilização em reflorestamentos, assim como para o melhor conhecimento desses microrganismos nos solos do Brasil. Although new studies describe the use of PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria) in Brazil, they rarely evaluate the natural existence of these bacterial species in the soil. The objective of this study was to evaluate PGPR in two samples under different use types, one with native forest and the other with eucalyptus, through construction and sequencing of a metagenomic DNA library. Using specific probes from the internally transcribed region of 16S-23S rRNA genes, fragments of PCR products were inserted into the vector and cloned. The library generated 495 clones, which were sequenced and identified using Blast software. A greater number of PGPR was found in the soil under eucalyptus than under forest. Actinobacteria and Proteobacteria phyla were more abundant in Eucalyptus sp soil, and the phylum Firmicutes was not found in forest soil. Only eight different species were detected: Bacillus subtilis, Bacillus megaterium, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium sp., Frankia sp., Pseudomonas fluorescens and Pseudomonas gladioli. This study provided valuable information about PGPR in soils under forest species and their possible used in reforestation, as well as for a more detailed understanding of these microorganisms in Brazilian soils.

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de diferentes fontes de carbono na composição dos exopolissacarídeos produzidos por Rhizobium tropici SEMIA 4077 e SEMIA 4080, e o efeito da inoculação dessas estirpes na nodulação em feijoeiro. As fontes de carbono utilizadas interferiram nas concentrações de galactose e glicose dos exopolissacarídeos, que foram maior na SEMIA 4080 em meio com sacarose. Embora a SEMIA 4080 tenha liberado grande quantidade de exopolissacarídeos na cultura, não houve diferença entre as estirpes quanto ao número de nódulos do feijoeiro, independentemente da fonte de carbono utilizada no preparo do inóculo. No parâmetro matéria seca de nódulos, houve diferença entre as estirpes, independentemente da fonte de carbono utilizada no preparo do inóculo. The objective of this work was to evaluate the effect of different carbon souces on the exopolysaccharides composition produced by Rhizobium tropici SEMIA 4077 and SEMIA 4080, and the effect of these strains inoculation on the nodulation in common bean. The carbon sources used interfered on the concentrations of the galactose and glucose of exopolysaccharides, being higher in SEMIA 4080 strain when cultivated in sucrose medium. Even though SEMIA 4080 strain produced a large quantity of exopolysaccharides in culture, there was no difference between strains regarding the number of nodules, independently of the carbon source used for inoculum preparation. However, in the parameter dry weight of nodules there was significant difference between the strains, independently of the carbon sources used for inoculum preparation.