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After an endurance run, the pattern of functional recovery is described as biphasic, being characterized by immediate functional deficits, followed by partial recovery at 2 h, before new deficits 1 to 2 days later only gradually diminishing over several days. Because of the potential protective effect of estrogen hormones, especially at the muscle level, women may be more resistant to fatigue and recover more quickly. However, the literature has focused on the recovery of men, mainly in the acute phase. The delayed phase, however, is characterized by an inflammatory phenomenon related to the regeneration of ultrastructural muscle damage caused by running. This phase is accompanied by delayed onset muscle soreness that disappears before recovery is complete, which constitutes a potentially increased risk of injury when resuming practice. The main objective of this thesis work was to establish and compare the structural and functional recovery patterns of female and male runners after a 20-km gradient endurance race. Our results highlight the interaction between sex and the assessment test used. Women showed more muscle soreness and structural alterations (both on ultrasound and magnetic resonance imaging) of the hamstring muscles than men. However, their functional deficits were less and their recovery earlier in some tests. This work highlights the weak links between structural alterations and functional deficits, as well as the richness of neuromuscular adjustments in dynamic multi-joint and muscle testing conditions. The functional differences observed between the sexes seem to be strongly influenced by the specific organization of muscle synergies specific to each sex.; Après une course d'endurance, le patron de récupération fonctionnelle est décrit comme biphasique, étant caractérisé par des déficits fonctionnels immédiats, suivis d'une récupération partielle à 2 h, avant de nouveaux déficits 1 à 2 jours plus tard ne s'atténuant que progressivement sur plusieurs jours. En raison du potentiel effet protecteur des hormones œstrogènes, notamment au niveau musculaire, les femmes pourraient mieux résister à la fatigue et récupérer plus rapidement. La littérature s’est néanmoins focalisée sur la récupération des hommes et principalement en phase aiguë. La phase retardée se caractérise pourtant par un phénomène inflammatoire lié à la régénérescence des microlésions musculaires causées par la course. Cette phase s’accompagne de courbatures musculaires qui disparaissent avant que la récupération ne soit complète, ce qui constitue un risque potentiellement accru de blessure à la reprise de la pratique. L’objectif principal de ce travail de thèse était d’établir et de comparer la cinétique de récupération structurale et fonctionnelle de coureurs féminins et masculins après une course d’endurance de 20 km avec dénivelé. Nos résultats soulignent l‘interaction entre le sexe et le test d’évaluation utilisé. Les femmes ont présenté plus de courbatures et d’altérations structurales (tant à l’échographie que par imagerie par résonance magnétique) des muscles ischio-jambiers que les hommes. Par contre, leurs déficits fonctionnels étaient moindres et leur récupération plus précoce dans certains tests. Ce travail souligne la faiblesse des liens entre les altérations structurales et les déficits fonctionnels, autant que la richesse des ajustements neuromusculaires en situations dynamiques pluri-articulaires et musculaires. Les différences fonctionnelles observées entre les sexes semblent fortement influencées par l’organisation spécifique des synergies musculaires propres à chaque sexe.