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13 results on '"Mathieu Bahin"'

1. ALFA: annotation landscape for aligned reads

Author

Mathieu Bahin, Benoit F. Noël, Valentine Murigneux, Charles Bernard, Leila Bastianelli, Hervé Le Hir, Alice Lebreton, and Auguste Genovesio

Subjects
NGS, Quality control, Post mapping, Universal, Tool, Biotechnology, TP248.13-248.65, Genetics, QH426-470
Abstract

Abstract Background The last 10 years have seen the rise of countless functional genomics studies based on Next-Generation Sequencing (NGS). In the vast majority of cases, whatever the species, whatever the experiment, the two first steps of data analysis consist of a quality control of the raw reads followed by a mapping of those reads to a reference genome/transcriptome. Subsequent steps then depend on the type of study that is being made. While some tools have been proposed for investigating data quality after the mapping step, there is no commonly adopted framework that would be easy to use and broadly applicable to any NGS data type. Results We present ALFA, a simple but universal tool that can be used after the mapping step on any kind of NGS experiment data for any organism with available genomic annotations. In a single command line, ALFA can compute and display distribution of reads by categories (exon, intron, UTR, etc.) and biotypes (protein coding, miRNA, etc.) for a given aligned dataset with nucleotide precision. We present applications of ALFA to Ribo-Seq and RNA-Seq on Homo sapiens, CLIP-Seq on Mus musculus, RNA-Seq on Saccharomyces cerevisiae, Bisulfite sequencing on Arabidopsis thaliana and ChIP-Seq on Caenorhabditis elegans. Conclusions We show that ALFA provides a powerful and broadly applicable approach for post mapping quality control and to produce a global overview using common or dedicated annotations. It is made available to the community as an easy to install command line tool and from the Galaxy Tool Shed.

Published
2019
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2. Figure S1 from Discovery of Human-Similar Gene Fusions in Canine Cancers

Author

Catherine André, Benoît Hédan, Thomas Derrien, Arnaud Le Goff, Thierry Guillaudeux, Benoit Hennuy, David Gilot, Laura Bachelot, Florian Cabillic, Laurence Cornevin, Christophe Hitte, Catherine Thieblemont, Edouard Cadieu, Valentin Wucher, Audrey Rousseau, Nadine Botherel, Jean-Michel Coindre, Clotilde De Brito, Jérôme Abadie, Laetitia Lagoutte, Mathieu Bahin, Mélanie Rault, and Ronan Ulvé

Abstract

Characterization of the canine dermatofibrosarcoma protuberans-like.

Published
2023

3. Table S2 from Discovery of Human-Similar Gene Fusions in Canine Cancers

Author

Catherine André, Benoît Hédan, Thomas Derrien, Arnaud Le Goff, Thierry Guillaudeux, Benoit Hennuy, David Gilot, Laura Bachelot, Florian Cabillic, Laurence Cornevin, Christophe Hitte, Catherine Thieblemont, Edouard Cadieu, Valentin Wucher, Audrey Rousseau, Nadine Botherel, Jean-Michel Coindre, Clotilde De Brito, Jérôme Abadie, Laetitia Lagoutte, Mathieu Bahin, Mélanie Rault, and Ronan Ulvé

Abstract

Primers used for validation of the canine gene fusions.

Published
2023

4. Data from Discovery of Human-Similar Gene Fusions in Canine Cancers

Author

Catherine André, Benoît Hédan, Thomas Derrien, Arnaud Le Goff, Thierry Guillaudeux, Benoit Hennuy, David Gilot, Laura Bachelot, Florian Cabillic, Laurence Cornevin, Christophe Hitte, Catherine Thieblemont, Edouard Cadieu, Valentin Wucher, Audrey Rousseau, Nadine Botherel, Jean-Michel Coindre, Clotilde De Brito, Jérôme Abadie, Laetitia Lagoutte, Mathieu Bahin, Mélanie Rault, and Ronan Ulvé

Abstract

Canine cancers represent a tremendous natural resource due to their incidence and striking similarities to human cancers, sharing similar clinical and pathologic features as well as oncogenic events, including identical somatic mutations. Considering the importance of gene fusions as driver alterations, we explored their relevance in canine cancers. We focused on three distinct human-comparable canine cancers representing different tissues and embryonic origins. Through RNA-Seq, we discovered similar gene fusions as those found in their human counterparts: IGK-CCND3 in B-cell lymphoma, MPB-BRAF in glioma, and COL3A1-PDGFB in dermatofibrosarcoma protuberans-like. We showed not only similar partner genes but also identical breakpoints leading to oncogene overexpression. This study demonstrates similar gene fusion partners and mechanisms in human–dog corresponding tumors and allows for selection of targeted therapies in preclinical and clinical trials with pet dogs prior to human trials, within the framework of personalized medicine. Cancer Res; 77(21); 5721–7. ©2017 AACR.

Published
2023

5. High-throughput droplet-based analysis of influenza A virus genetic reassortment by single-virus RNA sequencing

Author

Kuang-Yu Chen, Jayaprakash Karuppusamy, Mary B. O’Neill, Vaitea Opuu, Mathieu Bahin, Sophie Foulon, Pablo Ibanez, Lluis Quintana-Murci, Tatsuhiko Ozawa, Sylvie van der Werf, Philippe Nghe, Nadia Naffakh, Andrew Griffiths, Catherine Isel, Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Chimie-Biologie-Innovation (UMR 8231) (CBI), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Mathematics in the Sciences (MPI-MiS), Max-Planck-Gesellschaft, Institut de biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), University of Toyama, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), This work is supported by grants from the Agence Nationale de la Recherche (ANR 18 CE18 0026 01 FLU_REASSORT, ANR-10-LABX-62-IBEID, ANR-10-IDEX-0001-02 PSL, ANR-10-LABX-31 Institut Pierre-Gilles de Gennes). We also thank the Hospices de Nuits-Saint-Georges for their financial support., We are grateful to Drs. R. Marquet and P. Dumas (Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Strasbourg), Dr. G. Simon (ANSES, Ploufragan, France) for insightful discussions. We thank the Genotyping and sequencing core facility at the Institut du Cerveau-ICM (Paris, France) and the Biomics Platform at the Institut Pasteur (Paris, France) for Next Generation Sequencing and S. Behillil and V. Enouf (National Reference Center for Respiratory Viruses, Institut Pasteur, Paris, France) for providing the virus samples used in this study., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-LABX-0031,IPGG_LABEX,Pierre-Gilles de Gennes Institute for microfluidics(2010), and ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010)

Subjects
single-cell RNA-seq, droplet microfluidics, genetic reassortment, Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], direct coupling analysis, influenza
Abstract

International audience; The segmented RNA genome of influenza A viruses (IAVs) enables viral evolution through genetic reassortment after multiple IAVs coinfect the same cell, leading to viruses harboring combinations of eight genomic segments from distinct parental viruses. Existing data indicate that reassortant genotypes are not equiprobable; however, the low throughput of available virology techniques does not allow quantitative analysis. Here, we have developed a high-throughput single-cell droplet microfluidic system allowing encapsulation of IAV-infected cells, each cell being infected by a single progeny virion resulting from a coinfection process. Customized barcoded primers for targeted viral RNA sequencing enabled the analysis of 18,422 viral genotypes resulting from coinfection with two circulating human H1N1pdm09 and H3N2 IAVs. Results were highly reproducible, confirmed that genetic reassortment is far from random, and allowed accurate quantification of reassortants including rare events. In total, 159 out of the 254 possible reassortant genotypes were observed but with widely varied prevalence (from 0.038 to 8.45%). In cells where eight segments were detected, all 112 possible pairwise combinations of segments were observed. The inclusion of data from single cells where less than eight segments were detected allowed analysis of pairwise cosegregation between segments with very high confidence. Direct coupling analysis accurately predicted the fraction of pairwise segments and full genotypes. Overall, our results indicate that a large proportion of reassortant genotypes can emerge upon coinfection and be detected over a wide range of frequencies, highlighting the power of our tool for systematic and exhaustive monitoring of the reassortment potential of IAVs.

Published
2023

6. p53/p21 pathway activation contributes to the ependymal fate decision downstream of GemC1

Author

Gonzalo Ortiz-Álvarez, Aurélien Fortoul, Ayush Srivastava, Matthieu X. Moreau, Benoît Bouloudi, Caroline Mailhes-Hamon, Nathalie Delgehyr, Marion Faucourt, Mathieu Bahin, Corinne Blugeon, Marielle Breau, Vincent Géli, Frédéric Causeret, Alice Meunier, and Nathalie Spassky

Subjects
General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Abstract

Multiciliated ependymal cells and adult neural stem cells are components of the adult neurogenic niche, essential for brain homeostasis. These cells share a common glial cell lineage regulated by the Geminin family members Geminin and GemC1/Mcidas. Ependymal precursors require GemC1/Mcidas expression to massively amplify centrioles and become multiciliated cells. Here, we show that GemC1-dependent differentiation is initiated in actively cycling radial glial cells, in which a DNA damage response, including DNA replication-associated damage and dysfunctional telomeres, is induced, without affecting cell survival. Genotoxic stress is not sufficient by itself to induce ependymal cell differentiation, although the absence of p53 or p21 in progenitors hinders differentiation by maintaining cell division. Activation of the p53-p21 pathway downstream of GemC1 leads to cell-cycle slowdown/arrest, which permits timely onset of ependymal cell differentiation in progenitor cells.

Published
2022

7. DNA Damage-p53/P21 Response Contributes to Ependymal Cell Development

Author

Frédéric Causeret, Vincent Géli, Ayush Srivastava, Alice Meunier, Nathalie Spassky, Marion Faucourt, Marielle Breau, Corinne Blugeon, Matthieu X Moreau, Mathieu Bahin, Aurélien Fortoul, Gonzalo Ortiz Álvarez, and Benoit Bouloudi

Subjects
Telomerase, Ependymal Cell, Centriole, biology, Ependymal Differentiation, biology.protein, Geminin, Cell cycle, Restriction point, Neural stem cell, Cell biology
Abstract

Multiciliated Ependymal Cells and Adult Neural Stem Cells are components of the adult neurogenic niche, essential for brain homeostasis. These cells share a common glial cell lineage regulated by the Geminin family members Geminin and GemC1/Mcidas. Ependymal precursors require GemC1/Mcidas expression to massively amplify centrioles and become multiciliated cells. Here we show that GemC1-dependent differentiation occurs mostly in cycling Radial Glial Cells, in which a DNA damage response, including replicative stress and dysfunctional telomeres, arrests the cell cycle after the G1/S restriction point due to the activation of the p53-p21 pathway, which contributes to centriole amplification. Telomerase expression in Radial Glial Cells impairs ependymal differentiation and favors the Neural Stem Cell fate.

Published
2021

8. m5C Methylation Guides Systemic Transport of Messenger RNA over Graft Junctions in Plants

Author

Federico Apelt, Justyna Jadwiga Olas, Runsheng Li, Vincent Colot, Amira Kramdi, Eleftheria Saplaoura, Bernd Mueller-Roeber, Manfred Heinlein, Lei Yang, Friedrich Kragler, Shoudong Zhang, Nicolas Pitzalis, Valentina Perrera, Mathieu Bahin, Auguste Genovesio, Ewelina M. Sokolowska, Wenna Zhang, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut für Biochemie und Biologie, Universität Potsdam, Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Botany and Plant Sciences [Riverside], University of California [Riverside] (UCR), University of California-University of California, Unité de recherche en génomique végétale (URGV), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPI-MP), Max-Planck-Gesellschaft, Universita degli Studi di Padova, Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Potsdam, Hong Kong Baptist University (HKBU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0301 basic medicine, root development, Biology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, phloem, mRNA methylation, 03 medical and health sciences, mRNA transport, 0302 clinical medicine, ddc:570, Translationally-controlled tumor protein, m5C, MRNA transport, Arabidopsis thaliana, Institut für Biochemie und Biologie, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Messenger RNA, long-distance transport, mRNA modification, plasmodesmata, MRNA modification, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Methylation, biology.organism_classification, grafting, Cell biology, 030104 developmental biology, DNA methylation, MRNA methylation, General Agricultural and Biological Sciences, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

In plants, transcripts move to distant body parts to potentially act as systemic signals regulating development and growth. Thousands of messenger RNAs (mRNAs) are transported across graft junctions via the phloem to distinct plant parts. Little is known regarding features, structural motifs, and potential base modifications of transported transcripts and how these may affect their mobility. We identified Arabidopsis thalianam RNAs harboring the modified base 5-methylcytosine (m(5)C) and found that these are significantly enriched in mRNAs previously described as mobile, moving over graft junctions to distinct plant parts. We confirm this finding with graft-mobile methylated mRNAs TRANSLATIONALLY CONTROLLED TUMOR PROTEIN 1 (TCTP1) and HEAT SHOCK COGNATE PROTEIN 70.1 (HSC70.1), whose mRNA transport is diminished in mutants deficient in m(5)C mRNA methylation. Together, our results point toward an essential role of cytosine methylation in systemic mRNA mobility in plants and that TCTP1 mRNA mobility is required for its signaling function.

Published
2019

9. ALFA: annotation landscape for aligned reads

Author

Alice Lebreton, Charles Bernard, Benoît Noël, Leïla Bastianelli, Mathieu Bahin, Auguste Genovesio, Valentine Murigneux, Hervé Le Hir, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Fondation pour la Recherche Médicale (FRM-AJE20131128944), Inserm ATIP-Avenir, Programme Émergences – Recherche médicale (Mairie de Paris), ANR-10-IDEX-0001-02/10-LABX-0054,MEMOLIFE,Memory in living systems: an integrated approach(2010), ANR-10-IDEX-0001-02/10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010), Lebreton, Alice, Initiative d'excellence - Paris Sciences et Lettres - - PSL2010 - ANR-10-IDEX-0001 - IDEX - VALID, Genovesio, Auguste, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
0106 biological sciences, lcsh:QH426-470, lcsh:Biotechnology, Arabidopsis, transcription, noncoding rna, tool, universal, post mapping, quality control, ngs, Saccharomyces cerevisiae, Computational biology, Biology, [SDV.BBM.BM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, 01 natural sciences, Data type, Mice, 03 medical and health sciences, Annotation, lcsh:TP248.13-248.65, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, Animals, Humans, Caenorhabditis elegans, 030304 developmental biology, Protein coding, 0303 health sciences, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Sequence Analysis, RNA, Gene Expression Profiling, Computational Biology, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Molecular Sequence Annotation, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], lcsh:Genetics, Homo sapiens, Data quality, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], DNA microarray, Functional genomics, Software, 010606 plant biology & botany, Biotechnology, Reference genome
Abstract

Background The last 10 years have seen the rise of countless functional genomics studies based on Next-Generation Sequencing (NGS). In the vast majority of cases, whatever the species, whatever the experiment, the two first steps of data analysis consist of a quality control of the raw reads followed by a mapping of those reads to a reference genome/transcriptome. Subsequent steps then depend on the type of study that is being made. While some tools have been proposed for investigating data quality after the mapping step, there is no commonly adopted framework that would be easy to use and broadly applicable to any NGS data type. Results We present ALFA, a simple but universal tool that can be used after the mapping step on any kind of NGS experiment data for any organism with available genomic annotations. In a single command line, ALFA can compute and display distribution of reads by categories (exon, intron, UTR, etc.) and biotypes (protein coding, miRNA, etc.) for a given aligned dataset with nucleotide precision. We present applications of ALFA to Ribo-Seq and RNA-Seq on Homo sapiens, CLIP-Seq on Mus musculus, RNA-Seq on Saccharomyces cerevisiae, Bisulfite sequencing on Arabidopsis thaliana and ChIP-Seq on Caenorhabditis elegans. Conclusions We show that ALFA provides a powerful and broadly applicable approach for post mapping quality control and to produce a global overview using common or dedicated annotations. It is made available to the community as an easy to install command line tool and from the Galaxy Tool Shed.

Published
2019

10. Discovery of Human-Similar Gene Fusions in Canine Cancers

Author

Thierry Guillaudeux, Audrey Rousseau, Catherine Thieblemont, Laetitia Lagoutte, Florian Cabillic, Nadine Botherel, Christophe Hitte, Jérôme Abadie, Thomas Derrien, Laurence Cornevin, Mathieu Bahin, Mélanie Rault, Valentin Wucher, David Gilot, Clotilde De Brito, Benoit Hennuy, Ronan Ulvé, Catherine André, Laura Bachelot, Jean-Michel Coindre, B. Hedan, Edouard Cadieu, Arnaud Le Goff, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Animaux modèles pour la recherche en oncologie comparée (AMaROC), Service de Pathologie, Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER-UNICANCER, Micro et Nanomédecines Translationnelles (MINT), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Cytogénétique et de Biologie Cellulaire, Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Liège, Microenvironnement et cancer (MiCa), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Plate-forme ImPACcell (ImPACcell), Chemistry, Oncogenesis, Stress and Signaling (COSS), Université de Rennes (UR)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), 2012-103, 2012–2016, Centre National de la Recherche Scientifique, ANR-11-INBS-0003, PIA, ANR-11-INBS-0003,CRB-Anim,Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques(2011), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Chard-Hutchinson, Xavier, and Infrastructures - Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques - - CRB-Anim2011 - ANR-11-INBS-0003 - INBS - VALID

Subjects
0301 basic medicine, Cancer Research, Lymphoma, B-Cell, Oncogene Proteins, Oncogene Proteins, Fusion, Blotting, Western, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, Biology, Bioinformatics, Translocation, Genetic, Fusion gene, 03 medical and health sciences, Chromosome Breakpoints, 0302 clinical medicine, Dogs, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Neoplasms, Fusions, medicine, Animals, Humans, cancer, Oncogene Fusion, Dog Diseases, Gene, Regulation of gene expression, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Base Sequence, business.industry, Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction, Cancer, Glioma, medicine.disease, 3. Good health, Lymphoma, Gene Expression Regulation, Neoplastic, spontaneous model, 030104 developmental biology, Oncology, 030220 oncology & carcinogenesis, dog, Personalized medicine, business
Abstract

Canine cancers represent a tremendous natural resource due to their incidence and striking similarities to human cancers, sharing similar clinical and pathologic features as well as oncogenic events, including identical somatic mutations. Considering the importance of gene fusions as driver alterations, we explored their relevance in canine cancers. We focused on three distinct human-comparable canine cancers representing different tissues and embryonic origins. Through RNA-Seq, we discovered similar gene fusions as those found in their human counterparts: IGK-CCND3 in B-cell lymphoma, MPB-BRAF in glioma, and COL3A1-PDGFB in dermatofibrosarcoma protuberans-like. We showed not only similar partner genes but also identical breakpoints leading to oncogene overexpression. This study demonstrates similar gene fusion partners and mechanisms in human–dog corresponding tumors and allows for selection of targeted therapies in preclinical and clinical trials with pet dogs prior to human trials, within the framework of personalized medicine. Cancer Res; 77(21); 5721–7. ©2017 AACR.

Published
2017

11. Translation in astrocyte distal processes sets molecular heterogeneity at the gliovascular interface

Author

Alice Gilbert, Nicolas Adam, Noémie Mazaré, Fabrice Chrétien, Mathieu Bahin, Stéphanie Chasseigneaux, Martine Cohen-Salmon, Corinne Blugeon, Sandrine Perrin, Bruno Saubaméa, Jean-Louis Laplanche, Stéphane Le Crom, Xavier Declèves, Juliette Pouch, Anne-Cécile Boulay, Bertrand Ducos, Leïla Bastianelli, Auguste Genovesio, Decleves, Xavier, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL), Variabilité de réponse aux Psychotropes (VariaPsy - U1144), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Descartes - Faculté de Pharmacie de Paris (UPD5 Pharmacie), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Plates-formes mutualisées du centre de recherche pharmaceutique de Paris (P-MIM - UMS 3612), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Histopathologie humaine et Modèles animaux, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre Hospitalier Sainte Anne [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GenomiqueENS (Genomique ENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Département de Biologie - ENS Paris, Laboratoire de Physique Statistique de l'ENS (LPS), Fédération de recherche du Département de physique de l'Ecole Normale Supérieure - ENS Paris (FRDPENS), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse des Données à Haut Débit en Génomique (ADHDG), Evolution Paris Seine, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Université Sorbonne Paris Cité (USPC), This work was supported by Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), the Labex MemoLife, and Fondation Gueules Cassées. The Ecole normale supérieure genomic platform was supported by the France Génomique national infrastructure, funded as part of the 'Investissements d'Avenir' program managed by the Agence Nationale de la Recherche (contract ANR-10-INBS-09)., ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Plateforme Génomique de l'IBENS, Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Optimisation thérapeutique en Neuropsychopharmacologie (OPTeN (UMR_S_1144 / U1144)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculté de Pharmacie de Paris - Université Paris Descartes (UPD5 Pharmacie), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)

Subjects
0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Bioinformatics, Biochemistry, Article, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, astrocyte, local translation, 0302 clinical medicine, translating ribosome immunoprecipitation, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, Protein biosynthesis, medicine, Molecular Biology, mRNAs localization, Chemistry, Endoplasmic reticulum, Translation (biology), Cell Biology, Golgi apparatus, Translocon, endfeet, Cell biology, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, Secretory protein, Membrane protein, symbols, gliovascular unit, 030217 neurology & neurosurgery, Astrocyte
Abstract

Astrocytes send out long processes that are terminated by endfeet at the vascular surface and regulate vascular functions as well as homeostasis at the vascular interface. To date, the astroglial mechanisms underlying these functions have been poorly addressed. Here we demonstrate that a subset of messenger RNAs is distributed in astrocyte endfeet. We identified, among this transcriptome, a pool of messenger RNAs bound to ribosomes, the endfeetome, that primarily encodes for secreted and membrane proteins. We detected nascent protein synthesis in astrocyte endfeet. Finally, we determined the presence of smooth and rough endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus in astrocyte perivascular processes and endfeet, suggesting for local maturation of membrane and secreted proteins. These results demonstrate for the first time that protein synthesis occurs in astrocyte perivascular distal processes that may sustain their structural and functional polarization at the vascular interface.

Published
2017

12. e-Science in France, a Life science Western story

Author

Le Bras, Yvan, Roult, Aurélien, Monjoeaud, Cyril, Mathieu, Bahin, Quenez, Olivier, Claudia, Heriveau, Sallou, Olivier, Bretaudeau, Anthony, Collin, Olivier, Bretaudeau, Anthony, Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes], GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

International audience

Published
2014

13. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment

Author

Le Bras, Yvan, Roult, Aurélien, Monjoeaud, Cyril, Mathieu, Bahin, Quenez, Olivier, Claudia, Heriveau, Bretaudeau, Anthony, Sallou, Olivier, Collin, Olivier, Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes], Université de Rennes (UR)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biological systems and models, bioinformatics and sequences (SYMBIOSE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Plateforme Génomique Santé Biogenouest®-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), and Bretaudeau, Anthony

Subjects
[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

International audience

Published
2013

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