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International audience; Invasive infections due to Trichosporon spp. are life-threatening opportunistic fungal infections that may affect a wide array of organs. Here, we described a case of pericardial effusion due to Trichosporon japonicum in a 42-year-old female after a heart transplantation. T. japonicum was isolated from the pericardial fluid, pericardial drain hole and the swab of the sternal surgery scar wound. The late mycological diagnosis due to blood culture negative, the ineffective control of pulmonary bacterial infection and the late start antifungal therapy were the contributing factors in the patient’s death.

Few data are available in the literature regarding Pneumocystis jirovecii infection in children under 3 years old. This retrospective cohort study aimed to describe medically relevant information among them. All children under 3 years old treated in the same medical units from April 2014 to August 2020 and in whom a P. jirovecii evaluation was undertaken were enrolled in the study. A positive case was defined as a child presenting at least one positive PCR for P. jirovecii in a respiratory sample. Medically relevant information such as demographical characteristics, clinical presentation, microbiological co-infections, and treatments were collected. The objectives were to describe the characteristics of these children with P. jirovecii colonization/infection to determine the key underlying diseases and risk factors, and to identify viral respiratory pathogens associated. The PCR was positive for P. jirovecii in 32 children. Cardiopulmonary pathologies (21.9%) were the most common underlying disease in them, followed by severe combined immunodeficiency (SCID) (18.8%), hyaline membrane disease (15.6%), asthma (9.4%) and acute leukaemia (6.3%). All SCID children were diagnosed with pneumocystis pneumonia. Co-infection with Pj/Rhinovirus (34.4%) was not significant. Overall mortality was 18.8%. Paediatric pneumocystis is not restricted to patients with HIV or SCID and should be considered in pneumonia in children under 3 years old.

The molecular detection of Candida plays an important role in the diagnosis of candidaemia, a major cause of morbidity and mortality. The sensitivity of this diagnosis is partly related to the efficiency of yeast DNA extraction. In this monocentric study, we investigated the suitability of 11 recent automated procedures for the extraction of low and high amounts of Candida DNA from spiked blood. The efficacy of the DNA extraction procedures to detect Candida spp. in blood samples ranged from 31.4% to 80.6%. The NucliSENSTM easyMAGTM procedure was the most efficient, for each species and each inoculum. It significantly outperformed the other procedures at the lower Candida inocula mimicking the clinical setting. This study highlighted a heterogeneity in DNA extraction efficacy between the five main Candida species (Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida tropicalis and Candida krusei). Up to five automated procedures were appropriate for C. krusei DNA extraction, whereas only one method yielded an appropriate detection of low amount of C. tropicalis. In the era of the syndromic approach to bloodstream infection diagnosis, this evaluation of 11 automated DNA extraction methods for the PCR diagnosis of candidaemia, puts the choice of an appropriate method in routine diagnosis within the reach of laboratories.

Il existe peu de données épidémiologiques récentes sur les infections parasitaires intestinales chez l’Homme en France. Nous avons mené une étude prospective visant à estimer la prévalence de dix protozoaires entériques au CHU de La Timone à Marseille, France, à l'aide d'un diagnostic basé sur la détection de l’ADN de ces parasites par la PCR en temps réel. Un total de 643 prélèvements de selles, provenant de 488 patients, adressées au laboratoire de parasitologie-mycologie du Centre Hospitalo-Universitaire de Marseille sur une période de 6 mois a été inclus. La moyenne d’âge des patients était de 44 ans (intervalle : 0 – 97 ans).En amont de cette étude nous avons comparé le kit manuel le plus représenté dans la littérature QIAmp® DNA Stool Mini Kit (Qiagen) avec une technique semi automatisée alliant prétraitement mécanique, chimique, enzymatique et extraction automatisée par EZ1® (Qiagen). A l’issu de cette étude préliminaire, nous avons choisi d’extraire L'ADN en utilisant la méthode semi-automatisée EZ1® (Qiagen). Les parasites d’intérêt ont été détectés à l’aide de PCR « singleplex » quantitatives (qPCR). Le choix des amorces pour chaque protozoaire a été réalisé à partir d’une recherche bibliographique dans pubmed. Pour les échantillons positifs, le sous-type Blastocystis a été déterminé par analyse de séquence. Au cours de l'étude, la prévalence globale des protozoaires entériques était de 17%. Blastocystis spp. a été l’espèce la plus fréquente (10,5%), suivie par Dientamoeba fragilis (2,3%) et Giardia intestinalis (2,3%). La prévalence des autres protozoaires était inférieure à 1% chacun. Pour Blastocystis spp. les sous types (ST) retrouvés ont été les suivants : le sous-type 3 (ST3) prédominant (43,6%) et les autres sous-types ST1, ST2, ST4 et ST6. A notre connaissance, c'est la première fois qu'un diagnostic basé sur la qPCR est utilisé pour étudier la prévalence de dix protozoaires entériques dans un hôpital universitaire français.