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Biodiversity used within the context of plant enhancement presupposes an analysis of the locally existing genotypes adapted to particular environments. Within the scope of a pigeon pea enhancement project, we carried out the exploration and collection of pigeon pea landraces from Lambayeque, department located at the north of Peru. Then, we proceeded to the agro-morphological characterization of the maternal families (derived from these landraces) based on descriptors. At the same time, we undertook the molecular characterization of the collection, as well as in some Indian and African accessions, by using microsatellites markers developed by us. We also used microsatellites provided by the ICRISAT. The molecular characterization is an important stage, which requires low-cost precision instruments, efficient and easy to use. One of them are the microsatellites, codominant markers. Thanks to these seven microsatellite markers, we made evident the diversity inside the collection and the proximity between the Peruvian and the African groups. Using molecular techniques such as the microsatellites is important as they are supplementary to that of the descriptors. Besides, they play an essential role in the assessment of promising crops in countries like Peru., L’utilisation de la biodiversité dans le cadre de l’amélioration végétale présuppose une analyse des génotypes existants localement et adaptés à des environnements particuliers. Dans le cadre d’un projet d’amélioration du pois d’Angola ou pigeonpea, nous avons réalisé la prospection et la collecte de landraces du pigeonpea à Lambayeque, département au nord du Pérou. Par la suite, nous avons procédé à la caractérisation agro-morphologique des familles maternelles (issues de ces landraces) sur base des descripteurs. Parallèlement, nous avons effectué la caractérisation moléculaire de la collection ainsi que celles de certaines accessions indiennes et africaines à l’aide de marqueurs microsatellites que nous avons développés. Nous avons également utilisé des microsatellites fournis par l’ICRISAT. La caractérisation moléculaire est une étape importante, elle nécessite des outils précis, au coût peu élevé, performants et facilement utilisables. Un de ceux-ci : les microsatellites, marqueurs co-dominants. Grâce à ces sept marqueurs microsatellites, nous avons pu mettre en évidence la diversité au sein de la collection ainsi que le rapprochement entre le pool péruvien et africain. L’utilisation des techniques moléculaires comme les microsatellites s’avère importante car elle est complémentaire à celle des descripteurs. D’ailleurs son rôle est essentiel dans la valorisation des cultures d’avenir dans des pays comme le Pérou., (DOCSC03 ) -- FUNDP, 2009

Beta vulgaris is a biennial plant, which under both vernalization and long photoperiods, shows early flowering during the first growing year. Early flowering of sugar beet results in a reduction of sugar yields. Despite systematic phenotypic counter-selection, early flowering plants are still observed in the fields. The aim of this work was to identify sequence polymorphisms statistically associated with early flowering in sugar beet so they can be used to develop new molecular markers. These markers would contribute to improve breeding and selection for sugar beet varieties more resistant to early flowering. To reach this goal, we followed a candidate gene approach relying on the extensive knowledge of flowering time control available on the model species Arabidopsis thaliana. In our strategy, we first isolated homologous genes related to flowering time control in sugar beet, we then studied their polymorphisms by performing EcoTILLING in contrasted samples originating from the same cultivar (Angeliqua). We finally looked for putative association between the identified genetic polymorphisms and the early flowering phenotype. At the end of this research, we were able to identify SNP and indel polymorphisms in BvGI, BvSUF4, BvPHYB, BvPHYA, BvFT1, BvCRY1, BvFY and BvTINYL2 genes. Following the genotyping of two sets of contrasted sugar beet plants with PAMSA probes, statistically significant associations were confirmed between detected polymorphisms within BvGI, BvSUF4, BvPHYB, BvTINYL2 genes and the early flowering phenotype. In conclusion, the candidate gene approach proved to be a promising method to investigate phenotype / genotype association in sugar beet. Four promising targets were identified in this study. These results might favor the development of improved varieties of sugar beet., (DOCSC03) -- FUNDP, 2014

In China, rapid growing population and economy are confronted with shortage of fresh water, food and fuels. The exploitation of marginal lands in coastal and estuarine regions is commonly hindered by the presence of salinity. The halophyte species Kosteletzkya virginica was called “soybean of saline land” for its great potential as sources of food, fodder and biofuel. In the last two decades, it has been cultivated in the saline mudflats in eastern coasts of China. Besides its extraordinary ability of salt tolerance, the edible seed oil was found to contain high proportion of unsaturated fatty acids, and could be transformed into biodiesel. The stem has been tested for producing bioethanol while the root contains bioactive components. However, the extensive anthropogenic activities, especially booming industrial practices, have introduced huge amount of heavy metals in soils and waters in the relevant regions. Heavy metal accumulation has been reported in conventional staple crops such as rice in local markets and therefore become a serious threat to human health. The responses of K. virginica to heavy metal stresses are, to the best of our knowledge, never been documented before. A comprehensive investigation of heavy metal stresses in the presence or the absence of sodium chloride is thus of special importance. This thesis characterizes physiologically the heavy metal tolerance of K. virginica to Cu, Cd and Zn, reveals the positive effect of sodium chloride in spite of growth stimulation, elucidates the distribution of metal elements in seeds, and analyzes the potential of roots for phytoremediation of soils or waters contaminated with heavy metals. The putative role of mucilage in heavy metal tolerance is discussed., (AGRO 3) -- UCL, 2013

Belgium is the world's largest producer of industrial chicory. This species is cultivated to extract inulin, a storage polysaccharide with pre-biotic properties used in food processing. The selection of chicory varieties is mainly phenotypic and based essentially on sugar yield, bolting, disease resistance and root morphology. The objective of this work is to develop molecular tools that can improve and facilitate breeding. EST (Expressed Sequence Tag) libraries were used to develop SSR (Simple Sequence Repeats) and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) genic markers. A total of 130 markers were validated for industrial chicory. These markers were used to build a genetic map of 1208 cM composed of 237 markers (152 AFLP markers, 27 SNP markers and 40 SSR markers) in collaboration with UCL and the Chicoline Company. The transcribed sequences associated with mapped genic markers were then used to search for orthologs in lettuce to develop a comparative map between the two species. This analysis has allowed identifying regions of synteny in which there were positional candidate genes potentially involved in different mechanisms of interest for the selection of chicory., La Belgique est le premier producteur mondial de chicorée industrielle. Cette espèce est cultivée afin d’en extraire l’inuline, un polysaccharide de réserve utilisé dans l’agro-alimentaire et aux vertus pré-biotiques. La sélection des variétés cultivées de chicorée est majoritairement phénotypique et basée essentiellement sur le rendement en sucre, la montaison, la résistance aux maladies ainsi que sur la morphologie racinaire. L’objectif de ce travail consiste à développer des outils moléculaires pouvant améliorer et faciliter cette sélection. Les banques EST (Expressed Sequence Tag) ont été utilisées afin de développer des marqueurs géniques de type SSR (Simple Sequence Repeats) et SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Au total, 130 marqueurs ont été validés chez la chicorée industrielle. Ces marqueurs ont été utilisés pour la construction d’une carte génétique de 1208 cM composée de 237 marqueurs (152 marqueurs AFLP, 27 marqueurs SNP et 40 marqueurs SSR) en collaboration avec l’UCL et la société Chicoline. Les séquences transcrites associées aux marqueurs géniques cartographiés ont ensuite été utilisées pour la recherche d’orthologues chez la laitue afin d’élaborer une carte comparative entre les deux espèces. Cette analyse a permis de mettre en évidence des régions de synténie dans lesquelles se trouvaient des gènes candidats positionnels potentiellement impliqués dans divers mécanismes d’intérêt pour la sélection de la chicorée., (DOCSC03) -- FUNDP, 2012

Les pectines de la paroi cellulaire végétale sont impliquées dans un grand nombre de processus physiologiques. Toutefois, la fonction exacte des pectines - au niveau structurel comme dans le contexte de la biologie et du développement cellulaire - est toujours un sujet de controverses. D'autre part, des observations soulèvent la question du rôle des fragments pectiques dans le contrôle de la floraison (Marfà et al., 1991) et les changements de communication intercellulaire observés au sein du méristème apical lors de la transition florale (Ormenese et al., 2000, 2002) impliquent des modifications biochimiques de la structure de la paroi cellulaire. Comme décrit par Liners et al. (1994), nous avons étudié par immunocytochimie (microscopie électronique et confocale) la nature, la localisation et le contenu en pectines dans des méristèmes de plantes de Sinapis en conditions végétatives ainsi que lors de la transition florale. Une diminution importante mais transitoire du contenu en homogalacturonanes de la paroi cellulaire est observée au cours des premières heures de la transition florale. Cette diminution du contenu en pectines doit être la conséquence d'une libération d'enzymes pectolytiques dont les pectine méthylestérases (PME) au niveau du méristème. Afin d'étudier l'expression des PME dans le méristème lors de la transition florale, nous avons produit et caractérisé un polysérum contre un zone extrêmement conservée des gènes de PME de S. alba./Immunocytochemical study of pectins and pectin modifications at floral transition in meristems of Sinapis alba L. By Stéphanie Sobry Abstract : Plant cell wall pectins are implicated in a large number of physiological processes. However, the exact functions of pectins - at a structural level as well as in the context of cell biology and development - are still debatable. On the other hand, observations raise the question as to whether pectic fragments are involved in the in vivo control of flowering (Marfà et al., 1991) an, (DOCSC03)--FUNDP, 2004