Search

Ruscus is an evergreen shrub that offers dark-green glossy foliage used as green additions to bouquets and flower arrangements. One of the most significant ways to obtain new varieties of crop and ornamental plants is to induce mutations by radiation. Gamma radiation is most commonly used to obtain mutants in commercial food as well as feed crops and ornamental plants. In this study, we developed tissue culture methods for Ruscus proliferation from rhizomes to obtain rhizomes clusters. These clusters were subsequently irradiated with Gamma rays to obtain unique phenotypes, such as: elongated narrow phylloclades modified stem symmetry and dwarfed growth habit. Such Ruscus types can contribute to the expansion of the floral industry. Resumo Ruscus é um arbusto sempre-verde que oferece folhagem verde-escura brilhante, utilizado como componente de buquês e arranjos de flores. Uma das formas mais significativas de obter novas variedades de plantas e plantas ornamentais é induzir mutações por radiação. A radiação Gama é mais comumente usada para obter mutantes em culturas comerciais, como as destinadas à alimentação e as plantas ornamentais. Neste estudo, foram desenvolvidos métodos de cultura de tecidos para a proliferação de Ruscus a partir de rizomas para obtenção de aglomerados de rizomas. Esses aglomerados foram subsequentemente irradiados com raios Gama para obter fenótipos únicos, tais como: filocládios estreitos e alongados modificando a simetria do caule e o hábito de crescimento anão. Esses tipos de Ruscus podem contribuir para a expansão da indústria da floricultura.

Naturally occurring mutations in morphogenetic protein 15 (BMP15) are associated with decreased ovulation rate (OR), litter size (LS), and sterility. It is of a great interest to elucidate BMP15 gene in Cholistani sheep breed to uplift socio-economic status and the knowledge of Cholistani sheep breeding in Southern Punjab, Pakistan. In our study, a total of 50 infertile Cholistani sheep aged between 2-6 years and having no blood relation were screened for BMP15 mutations. For this purpose, a high-quality DNA was extracted from the blood of sheep followed by primer designing, Polymerase Chain Reaction (PCR) amplification, DNA sequencing, and in silico analyses. Out of total 50 samples, 9 samples including case 1 (T3), case 2 (T8), case 3 (T17), case 4 (T22), case 5 (T25), case 6 (T33), case 7 (T40), case 8 (T44), and case 9 (T47) were found positive for a variety of already reported and novel BMP15 mutations. Further in silico analyses of the observed mutations have shown the functional impact of these mutations on different characteristics (molecular weight, theoretical PI, estimated half-life, instability index, sub-cellular localization, and 3D confirmation) of the encoded proteins, possibly altering the normal functionality. In a nutshell, findings of this study have confirmed the possible essential role of the BMP15 mutations in the infertility of the Cholistani sheep. Resumo Mutações de ocorrência natural na proteína morfogenética 15 (BMP15) estão associadas à diminuição da taxa de ovulação (TO), tamanho da ninhada (TN) e esterilidade. Estudar a BMP15 na raça Cholistani para elevar o status socioeconômico e o conhecimento da criação de ovinos Cholistani no sul de Punjab, Paquistão. Em nosso estudo, 50 ovelhas Cholistani inférteis sem parentesco sanguíneo foram rastreadas para mutações BMP15. Para tanto, um DNA de alta qualidade foi extraído do sangue dessas ovelhas, seguido de concepção do primer, amplificação da reação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento de DNA e análises in silico. Do total de 50 amostras, 9, incluindo caso 1 (T3), caso 2 (T8), caso 3 (T17), caso 4 (T22), caso 5 (T25), caso 6 (T33), caso 7 (T40), caso 8 (T44) e caso 9 (T47), foram consideradas positivas para uma variedade de mutações BMP15 novas e já relatadas. Mais análises in silico das mutações observadas mostraram o impacto funcional dessas mutações em diferentes características (peso molecular, PI teórico, meia-vida estimada, índice de instabilidade, localização subcelular e confirmação 3D) das proteínas codificadas, possivelmente alterando a funcionalidade normal. Nossos achados confirmaram o possível papel essencial das mutações BMP15 na infertilidade de ovelhas Cholistani.

The first human coronavirus (HCoV) was identified in 1965. In the following years, types of strains were the focus of several studies, until the emergence of the Coronavirus that caused a highly pathogenic severe acute syndrome in 2002 to 2003. SARS-CoV-2 (Acronym for Coronavirus 2 of severe acute respiratory syndrome) identified in December 2019 as the etiologic agent of the disease caused by Coronavirus 2019 (COVID-19). The primary target of SARS-CoV-2 is the respiratory tract and its presence at the site causes inflammation that can cause clinical signs. This virus is capable of infecting multiple hosts, causing a variety of liver, enteric, respiratory, and central nervous system diseases. This study aimed to carry out a review of the scientific literature to identify and point out the importance of monitoring and interventions in patient care, due to new mutations of the new Coronavirus. To carry out the research, the keywords COVID-19, new coronavirus, monitoring, mutations and interventions were used. Such keywords were associated using the Boolean AND operator. Eleven articles were included in the results that characterized the study theme. In analyzing the articles, it was possible to identify that COVID-19 has been disseminated by several countries since 2019, being classified as a Pandemic by the WHO. Furthermore, it is observed that public health authorities took protective measures to monitor patients with COVID-19, in addition to monitoring the development of new variants of the virus through genomic sequencing. Furthermore, vaccines have been developed in order to prevent the spread of the virus and serious clinical signs in infected people. Soon, everyone will be immunized against the New Coronavirus and SARS-CoV-2 variants, stressing the importance and need for studies to understand the virus in its form, structure and possible mutations. En 1965 se identificó el primer coronavirus humano (HCoV). En los años siguientes, los tipos de cepas fueron objeto de diversas investigaciones, hasta la aparición del Coronavirus que causó un síndrome agudo severo altamente patógeno entre 2002 y 2003. El SARS-CoV-2 (síndrome respiratorio agudo severo) identificado en diciembre de 2019 es el agente etiológico de la enfermedad causada por el Coronavirus 2019 (COVID-19). El tracto respiratorio es el más afectado por el SARS-CoV-2, y su presencia allí provoca una inflamación. Este virus es capaz de infectar a múltiples huéspedes, causando una variedad de enfermedades hepáticas, entéricas, respiratorias y del sistema nervioso central. El presente estudio tuvo como objetivo realizar una revisión de la literatura científica para identificar y señalar la importancia de la vigilancia y las intervenciones en el cuidado de los pacientes, debido a las nuevas mutaciones del nuevo Coronavirus. Para la realización de esta investigación se utilizaron las palabras clave COVID-19, nuevo coronavirus, seguimiento, mutaciones e intervenciones. Estas palabras clave se asociaron mediante el operador booleano AND. En los resultados se incluyeron once artículos que caracterizaron el tema del estudio. En el análisis de los artículos se pudo identificar que, el COVID-19 se ha extendido por varios países desde 2019, siendo clasificado como Pandemia por la OMS. Además, se observa que las autoridades de salud pública han tomado medidas de protección para controlar a los pacientes con COVID-19, además de vigilar el desarrollo de nuevas variantes del virus mediante la secuenciación genómica. Además, se han desarrollado vacunas para prevenir la propagación del virus y los signos clínicos graves en las personas infectadas. Pronto, todo el mundo estará inmunizado contra el nuevo coronavirus y las variantes del SARS-CoV-2, lo que subraya la importancia y la necesidad de realizar estudios para comprender el virus en su forma, estructura y posibles mutaciones. Em 1965 o primeiro coronavírus humano (HCoV) foi identificado. Nos anos seguintes, tipos de cepas foram o foco de diversas pesquisas, até surgir o Coronavírus que ocasionou uma síndrome aguda grave altamente patogênica em 2002 a 2003. O SARS-CoV-2 (sigla do inglês que significa coronavírus 2 da síndrome respiratória aguda grave) identificado em dezembro de 2019 é o agente etiológico da doença causada pelo Coronavírus 2019 (COVID-19). O alvo primordial do SARS-CoV-2 é o trato respiratório e, sua presença no local, causa inflamações que podem ocasionar sinais clínicos. Esse vírus é capaz de infectar vários hospedeiros, causando uma variedade de doenças hepáticas, entéricas, respiratórias, e do sistema nervoso central. O presente estudo objetivou realizar uma revisão da literatura científica para identificar e apontar a importância do acompanhamento e das intervenções nos cuidados com os pacientes, devido as novas mutações do novo Coronavírus. Para realização da pesquisa, as palavras-chaves, COVID-19, novo coronavírus, acompanhamento, mutações e intervenções foram utilizados. Tais palavras chaves foram associadas utilizando o operador booleano AND. Foram incluídos 11 artigos nos resultados que caracterizavam o tema de estudo. Na análise dos artigos foi possível identificar que, a COVID-19 vem sendo disseminada por vários países desde 2019, sendo classificado como Pandemia pela OMS. Ademais, observa-se que autoridades de saúde pública tomaram medidas protetivas para acompanhar os pacientes com COVID-19, além de realizar o acompanhamento do desenvolvimento de novas variantes do vírus através do sequenciamento genômico. Além disso, vacinas têm sido desenvolvidas, com finalidade de evitar disseminação do vírus, e sinais clínicos graves em pessoas contaminadas. Em breve, todos estarão imunizados contra o Novo coronavírus e as variantes da SARS-CoV-2, frisando a importância e necessidade de estudos para compreensão do vírus em sua forma, estrutura e possíveis mutações.

Iron-Refractory Iron-Deficiency Anemia (IRIDA) is a rare autosomal recessive hypochromic microcytic anemia derived from loss-of-function mutations in the TMPRSS6 gene, which encodes Matriptase-2, a negative regulator of hepcidin expression. IRIDA patients have high hepcidin levels that prevent iron absorption and recycling. Very few studies concerning this pathology have been carried out in the Portuguese population and its molecular basis is still largely unknown. In this study, we aimed to identify genetic variants in TMPRSS6 in a sample of the Portuguese population with a hematological phenotype suggestive of iron deficiency. In addition, we intended to evaluate the performance of NGS for genetic screening of this large gene. We studied 100 adults with anemia and/or microcytosis and/or hypochromia collected by the Portuguese National Health Examination Survey (INSEF). Other possible genetic causes for these abnormal phenotypes, namely α- and β-thalassemia, were discarded after HBA1, HBA2 and HBB genetic screening. The TMPRSS6 gene (18 coding regions, exon/intron boundaries and regulatory regions) was amplified in 3 long-PCR fragments that were screened by NGS using Nextera XT libraries in a MiSeq platform. The genetic variants found were validated by Sanger sequencing (transcript ENST00000676104.1). Several known variants were identified along with two unreported mutations, c.1585T>C (p.Cys529Arg) and c.1580T>G (p.Phe527Cys). These novel mutations were classified as pathogenic by in silico analyses through Polyphen2, SIFT, and Missense3D. Moreover, Phyre2 software was used to produce a 3D structure of the mutated proteins, based on alignments with known protein structures, as there is no 3D model for Matriptase-2 on online databases. The two novel mutations were found in heterozygosity, explaining the mild abnormal hematological phenotypes and serum iron biomarkers presented by both patients. Functional studies should be performed to validate these findings. Our results widened the spectrum of TMPRSS6 pathogenic variants underlying hereditary iron deficiency-related pathologies. In addition, NGS revealed to be an appropriate tool for TMPRSS6 genetic screening. Este trabalho é um sub-estudo do INSEF, desenvolvido no âmbito do Projeto Pré-definido do Programa Iniciativas em Saúde Pública, foi promovido pelo Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge através do Departamento de Epidemiologia e beneficiou de apoio financeiro concedido pela Islândia, Liechtenstein e Noruega, através das EEA Grants N/A

Linhagens de celulas tumorais sao amplamente utilizadas em pesquisa, uma vez que sao uteis para estudos iniciais visando diferentes propositos, tais como triagem de compostos, ensaios de migracao, proliferacao, morte celular, expressao genica, identificacao de proteinas especificas, vias de sinalizacao, dentre outras. Neste aspecto, o conhecimento de caracteristicas moleculares das linhagens pode auxiliar no planejamento experimental e na interpretacao da resposta frente ao estimulo de morte em virtude de um tratamento. Nesta revisao, enfocamos nas alteracoes moleculares e seus impactos em vias de sinalizacao, em linhagens de melanoma mais comumente utilizadas como modelos para estudos in vitro . Portanto, essas informacoes podem ser uteis para ajudar na decisao do modelo celular mais adequado para determinada pergunta cientifica.

The mutations are genetic changes in the genome sequences and have a significant role in biotechnology, genetics, and molecular biology even to find out the genome sequences of a cell DNA along with the viral RNA sequencing. The mutations are the alterations in DNA that may be natural or spontaneous and induced due to biochemical reactions or radiations which damage cell DNA. There is another cause of mutations which is known as transposons or jumping genes which can change their position in the genome during meiosis or DNA replication. The transposable elements can induce by self in the genome due to cellular and molecular mechanisms including hypermutation which caused the localization of transposable elements to move within the genome. The use of induced mutations for studying the mutagenesis in crop plants is very common as well as a promising method for screening crop plants with new and enhanced traits for the improvement of yield and production. The utilization of insertional mutations through transposons or jumping genes usually generates stable mutant alleles which are mostly tagged for the presence or absence of jumping genes or transposable elements. The transposable elements may be used for the identification of mutated genes in crop plants and even for the stable insertion of transposable elements in mutated crop plants. The guanine nucleotide-binding (GTP) proteins have an important role in inducing tolerance in rice plants to combat abiotic stress conditions. Resumo Mutações são alterações genéticas nas sequências do genoma e têm papel significativo na biotecnologia, genética e biologia molecular, até mesmo para descobrir as sequências do genoma de um DNA celular junto com o sequenciamento do RNA viral. As mutações são alterações no DNA que podem ser naturais ou espontâneas e induzidas devido a reações bioquímicas ou radiações que danificam o DNA celular. Há outra causa de mutações, conhecida como transposons ou genes saltadores, que podem mudar sua posição no genoma durante a meiose ou a replicação do DNA. Os elementos transponíveis podem induzir por si próprios no genoma devido a mecanismos celulares e moleculares, incluindo hipermutação que causou a localização dos elementos transponíveis para se moverem dentro do genoma. O uso de mutações induzidas para estudar a mutagênese em plantas cultivadas é muito comum, bem como um método promissor para a triagem de plantas cultivadas com características novas e aprimoradas para a melhoria da produtividade e da produção. A utilização de mutações de inserção por meio de transposons ou genes saltadores geralmente gera alelos mutantes estáveis que são marcados quanto à presença ou ausência de genes saltadores ou elementos transponíveis. Os elementos transponíveis podem ser usados para a identificação de genes mutados em plantas de cultivo e até mesmo para a inserção estável de elementos transponíveis em plantas de cultivo mutadas. As proteínas de ligação ao nucleotídeo guanina (GTP) têm papel importante na indução de tolerância em plantas de arroz para combater as condições de estresse abiótico.

Este estudo teve por objetivo detectar a mutação XPV/POLH associada ao XP em pacientes atendidos no Instituto do Câncer Infantil do Agreste (ICIA). Os dados clínicos dos pacientes foram obtidos a partir da análise de prontuários. Em seguida, as amostras sanguíneas foram coletadas em tubos de EDTA (anticoagulante) para posterior extração do DNA. Foi realizado estudo de bioinformática empregando os softwares Staden® Pregap4, Mega® software, Primer3Plus e OligoAnalyzer da IDT® para delimitar as regiões de interesse que correspondem a mutação no gene XPV/POLH. A técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) foi empregada para amplificar as regiões de interesse, a visualização dos produtos amplificados foi realizada a partir de migração em gel de agarose 1%. Nesta análise, após a realização da coleta de dados dos prontuários utilizando-se formulário padronizado, foram detectados achados clínicos semelhantes àqueles descritos na literatura. Em seguida, as amostras foram submetidas à extração e purificação do DNA, amplificação por PCR convencional, eletroforese em gel de agarose e, por fim, sequenciamento. De acordo com o estudo realizado foi possível compreender como o quadro clínico dos pacientes se estabeleceu, visto que não se tinha até então dados referentes na região. Além disso, este trabalho permitiu traçar parte do perfil genético dos pacientes com XP de forma específica.

Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Universitário Egas Moniz De acordo com a Organização Mundial de Saúde, no final de 2019 existia aproximadamente 38 milhões de infetados com o Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV). Este número elevado deve-se sobretudo ao aumento da esperança média de vida das pessoas infetadas a realizar terapêutica antirretroviral. Ao longo dos anos, esta terapêutica sofreu ajustes e foram descobertos vários antirretrovirais bastante eficazes como os inibidores da integrase. Contudo, existem mutações no HIV que fazem diminuir a eficácia da terapêutica e existem variações genéticas entre os seres humanos que fazem com que cada organismo seja diferente, alterando a sua eficácia e toxicidade. Nesta revisão bibliográfica foi possível pesquisar e analisar os vários polimorfismos existentes para os inibidores da integrase bem como para as mutações do HIV. Foi possível encontrar várias mutações primárias e secundárias para o HIV que influenciam a eficácia dos inibidores da integrase, por exemplo Y143C/H/R, N155H e Q148H/K/R para o Raltegravir. Também foram pesquisados vários polimorfismos genéticos entre os quais se destacam rs2231142 para Dolutegravir e UGT1A1*28 para Raltegravir. Apesar de haver várias variantes genéticas encontradas e analisadas para o Raltegravir e Dolutegravir, a significância clínica da maioria destas ainda não geram concordância na comunidade científica. Assim, a grande conclusão desta monografia será alertar para a falta de meta-análises para os polimorfismos já investigados e para a falta de estudos para os polimorfismos dos inibidores que não tem investigações efetuadas. According to the World Health Organization, in the end of 2019 there were approximately 38 million infected with the Human Immunodeficiency Virus (HIV). This high number is mainly due to the increase of the average life expectancy of people infected with antiretroviral therapy. Over the years, this therapy has undergone adjustments and several effective antiretrovirals have been discovered, such as integrase inhibitors. However, there are mutations in HIV that decrease the effectiveness of therapy and there are genetic variations among humans that make each organism different, changing its effectiveness and toxicity. In this bibliographic review was possible to research and analyze the various existing polymorphisms for integrase inhibitors as well as for HIV mutations. It has been possible to find several primary and secondary mutations for HIV that influence the effectiveness of integrase inhibitors, for example Y143C/H/R, N155H and Q148H/K/R for Raltegravir. Several genetic polymorphisms were also researched, among which rs2231142 stands out for Dolutegravir and UGT1A1*28 for Raltegravir. Although there are several genetic variants found and analyzed for Raltegravir and Dolutegravir, the clinical significance of most of these still does not generate agreement in the scientific community. So, the big conclusion of this monograph will be to warn about the lack of meta-analyzes for the polymorphisms already investigated and for the lack of studies for the polymorphisms of inhibitors that have not been investigated.

Made available in DSpace on 2022-01-14T17:04:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 7990_17130.pdf: 1362872 bytes, checksum: 7d317d2c51b032a1e0479944743b1bb5 (MD5) Previous issue date: 2020-11-27

Nesta investigação estudamos e analisamos as práticas profissionais dos assistentes sociais que trabalham nas empresas públicas portuguesas. Abordamos a evolução histórica e a trajetória do Serviço Social nas empresas e identificamos as políticas públicas empresariais e os modelos de gestão/ administração, relacionando-os com as práticas profissionais do assistente social. Utilizamos uma metodologia indutiva, com recurso a uma abordagem qualitativa sustentada no paradigma interpretativista e critico. Aplicamos técnicas de recolha de dados a pesquisa documental, fontes orais de testemunhos vivos, entrevistas semi-estruturadas e a observação não participante. Os resultados obtidos revelam que as políticas empresariais, a nova gestão empresarial e os respetivos modelos pós managerialistas exercem influência no campo de atuação do assistente social, registando-se alterações nas funções e atividades profissionais. O Serviço Social de Empresa foi desafiado a reinventar-se através de novas formas de atuação, reforçando competências e estratégias para enfrentar o novo contexto profissional mais dinâmico e imprevisível. Concluímos que o Serviço Social de empresa carece de maior afirmação na definição de políticas públicas, bem como do reforço do seu papel na implementação e no acompanhamento das mesmas e nos modelos de gestão/administração empresarial. In this investigation we studied and analyzed the professional practices of social workers that work in Portuguese public companies. We approached the historical evolution and the trajectory of Social Work in companies and identify the corporate public policies and the management / administration models, relating them with the professional practices of social workers. We opted for inductive methodology, using a qualitative approach based on the interpretive and critical paradigm. The data collection techniques were documentary research, oral sources of live testimonies, semi-structured interviews and non-participant observation. The results obtained reveal that business policies, new business management and the respective post-managerialist models have an influence on the action field of the social worker, registering changes in professional functions and activities. Corporate Social Work was challenged to reinvent itself through new ways of acting, reinforcing skills and strategies to face new contexts, in a more dynamic and unpredictable way. We conclude that the Company Social Work needs greater affirmation in the definition of public policies, as well as the reinforcement of its role in the implementation and monitoring and in the models of management / business administration.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico O tumor de células granulares (TCG) é uma neoplasia benigna de tecidos moles de patogênese desconhecida que afeta principalmente a região da cabeça e pescoço. Os TCGs são derivados de células de Schwann e seus grânulos intracitoplasmáticos são considerados autofagossomos ou autofagolisossomos e são consistentes com o acúmulo de mielina. Neste estudo, uma amostra de conveniência de TCGs orais foi sequenciada por sequenciamento de nova geração com o objetivo de investigar a presença de variantes patogênicas. Em uma primeira etapa, investigamos a presença de mutações condutoras (do inglês drivers) no TCG oral esporádico por sequenciamento de nova geração alvo específico (do inglês targeted Next-Generation Sequencing) utilizando um painel de 50 oncogenes e genes supressores de tumor frequentemente mutados em neoplasias humanas. Mutações em KDR, GNAQ e ATM foram identificadas nestas lesões pela primeira vez, mas nenhuma mutação recorrente foi observada no coorte de 6 tumores estudados. Assim, em uma segunda etapa buscamos identificar mutações condutoras sem utilizar um painel de alvos pré-definidos, usando, portanto, a técnica de sequenciamento completo de exoma (do inglês Whole-Exome Sequencing, WES) para sequenciar um coorte de descoberta de 7 tumores. Os resultados do WES revelaram duas novas variantes nos genes do complexo V-ATPase: deleção frameshift c.746_749del em ATP6AP1 resultando em p.P249Hfs*4, e SNV nonsynonymous c.G868A em ATP6V1A resultando em p.D290N. Essas variantes ocorreram em um único caso cada, e foram investigadas por sequenciamento de Sanger em mais 15 amostras, não sendo detectadas em nenhuma delas. As 5 amostras que na análise por WES foram wild-type para as variantes nos genes do complexo V-ATPase, apresentaram variantes nos genes que fazem parte das redes endossômicas/lisossômicas/ autofagossômicas, incluindo ABCA8, ABCC6, AGAP3, ATG9A, CTSB, DNAJC13, GALC, NPC1, SLC15A3, SLC31A2 e TMEM104. Embora os mecanismos envolvidos na iniciação e progressão do TCG oral permaneçam obscuros, nossos resultados sugerem que os TCGs orais têm variantes da V-ATPase semelhantes aos TCGs que ocorrem em outros órgãos/tecidos, além de mostrar variantes nos genes do lisossomo/endossomo/autofagossomo. Granular cell tumor (GCT) is a benign soft tissue neoplasm of unknown pathogenesis that mainly affects the head and neck region. GCTs are derived from Schwann cells and, utrastructurally, their intracytoplasmic granules are considered autophagosomes or autophagolysosomes, and are consistent with myelin accumulation. In this study, a convenience sample of oral GCTs was sequenced by next generation sequencing in order to investigate the presence of pathogenic variants. In a first step, we investigated the presence of driver mutations in sporadic oral GCT by targeted next-generation sequencing using a panel of 50 oncogenes and tumor suppressor genes commonly altered in human neoplasms. Mutations in KDR, GNAQ and ATM were reported for the first time, but no recurrent mutations were observed in the discovery cohort of 6 tumors. In a second step, we seek to identify driver mutations without using a panel of predefined targets, therefore using the Whole-exome sequencing (WES) technique to sequence a discovery cohort of 7 tumors. WES results showed two new variants in genes of the V-ATPase complex: ATP6AP1 frameshift deletion c.746_749del, leading to p.P249Hfs*4, and ATP6V1A nonsynonymous SNV c.G868A, leading to p.D290N. These variants occurred in one case each and were investigated by Sanger sequencing in 15 more samples, not being detected in any of them. With regard to the 5 samples that were wild-type for for the variants in genes of V-ATPase complex, at least two samples presented variants in genes that are part of endosomal/lysosomal/autophagosomal networks including ABCA8, ABCC6, AGAP3, ATG9A, CTSB, DNAJC13, GALC, NPC1, SLC15A3, SLC31A2 and TMEM104. Although the mechanisms involved in oral GCT initiation and progression remains unclear, our results suggest that oral GCTs have V-ATPase variants similarly to GCTs from other tissues/organs, and additionally show variants in lysosomes/endosomes/autophagosomal genes.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES Alterações na sequência primária de aminoácidos podem resultar em alterações na estrutura tridimensional de proteínas e perda parcial ou total da sua função. Uma forma de representar as ligações e interações entre todos os aminoácidos de uma proteína é por meio das redes de interação de resíduos (RINs). Nas RINs a estrutura 3D de proteínas são apresentadas na forma de grafos, onde os nós representam os resíduos de aminoácidos e as arestas representam as interações físico-químicas entre os aminoácidos. Nossa hipótese é que a comparação entre RINs de uma mesma proteína em diferentes conformações pode ser utilizada para avaliação dos efeitos de mutações e polimorfismos, assim como para a análise e validação de modelos teóricos. Portanto, o estudo tem por objetivo construir uma ferramenta para comparação de diferentes RINs para uma proteína e utilizar tais dados para pontuar diferenças conformacionais entre proteínas e na validação de modelos gerados por homologia. As RINs foram criadas utilizando o RING 2.0 (Residue Interaction Network Generator). A ferramenta desenvolvida para isso, chamada de CoRINs (Comparator of Residue Interaction Networks), compara todos os nós de RINs geradas a partir de diferentes arquivos de estrutura (PDBs) de uma mesma proteína, levando em consideração a posição, a cadeia e o resíduo, bem como suas interações com os outros aminoácidos. A ferramenta apresenta um gráfico que estima a variação de interações formadas por cada resíduo, que pode ser utilizado com uma estimativa para a variação conformacional daquele sítio proteico, a partir do conjunto de PDBs comparados. Como aplicação para a ferramenta, utilizamos um conjunto de dados com oncogenes e genes supressores de tumor e suas respectivas mutações reportadas. Estas foram mapeadas de acordo com a variação da conectividade de cada resíduo. Os resultados demonstram que mutações associadas aos oncogenes apresentam uma maior tendência de ocorrer em sítios com maior variação na quantidade de interações em seus resíduos. Adicionalmente, a maioria das mutações anotadas como patogênicas e associadas ao câncer nestes genes ocorreu em sítios com maior quantidade de mudanças em interações químicas e físicas. Tais resultados demonstram que a ferramenta CoRINs pode ser útil na identificação das ligações químicas secundárias e interações não-covalentes essenciais à manutenção da estrutura proteica, podendo ser utilizada em estudos evolutivos, como na manutenção da função de proteínas homólogas com alta divergência de sequência primária e também na comparação e validação de modelos estruturais teóricos. Changes in the amino acid sequence may result in alterations in the three-dimensional protein structure, which may lead to partial or complete loss of function. One way to represent the chemical interactions between all amino acids in a protein is through the construction of residue interaction networks (RINs). In RINs, a graph represents the protein 3D structure, with the nodes as amino acid residues, and the edges as the physicochemical interactions between amino acids. We hypothesize that the comparison between RINs of the same protein in different conformations can be used to evaluate the effects of mutations and polymorphisms, as well as for the analysis and validation of theoretical protein models. Therefore, the present work aimed to build a tool to compare different RINs for a protein and to use such data to estimate conformational differences between proteins and also validate models generated by homology modeling. RINs were created using the RING 2.0 (Residue Interaction Network Generator) program. The tool developed for this purpose, called Comparator of Residue Interaction Networks (CoRINs), compares all RIN nodes generated from different structure files (PDBs) of the same protein, taking into account position, chain and residue, as well as their interactions with the other amino acids. The tool also presents a plot that estimates the variation of interactions formed by each residue, which we propose as an estimate for the conformational alterations of that protein site, from a set of compared PDBs. As a possible application for this tool, we used a dataset with oncogenes and tumor suppressor genes with their respective reported mutations mapped according to the connectivity deviation of each residue. Then we retrieved the different conformations for each resulting protein from a bank of structural conformers and constructed the RINs using the software RING 2.0 and compared them with CoRINs. The results show that mutations occurring in the tested oncogenes are more likely to occur in protein sites with a more significant deviation in the mean number of chemical interactions. Additionally, most of these genes’ mutations annotated as pathogenic and associated with clinical cancer cases occurred at sites with the most significant changes in chemical and physical interactions. These results demonstrate that the CoRINs tool can be useful in identifying non-covalent interactions essential for protein structure maintenance and in evolutionary studies, such as in the maintenance of homologous proteins function with high sequence divergence, as well as for the comparison and validation of theoretical structural models.

This work was supported by Instituto Evandro Chagas/Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de/Minist?rio da Sa?de (IEC/SVS/MS) and Funda??o Amaz?nia Paraense de Amparo ? Pesquisa (FAPESPA) Universidade Federal do Par?. N?cleo de Medicina Tropical. Programa de P?s-Gradua??o Stricto Sensu em Patologia Tropical. Bel?m, PA, Brasil / Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Laborat?rio de Virologia e Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Centro de Inova??es Tecnol?gicas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Centro de Inova??es Tecnol?gicas. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Laborat?rio de Virologia e Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Laborat?rio de Virologia e Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil. Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Laborat?rio de Virologia e Biologia Molecular. Ananindeua, PA, Brasil. Universidade Federal do Par?. N?cleo de Medicina Tropical. Programa de P?s-Gradua??o Stricto Sensu em Patologia Tropical. Bel?m, PA, Brasil. Introduction: Human cytomegalovirus is one of the causes of opportunist infections in immunocompromised patients, and is triggered by factors such as state of viral latency, weakened immune responses, and development of antiviral resistance to ganciclovir, the only drug offered by the public health system in Brazil to treat the infection. The goal of this study was to identify mutations that may be associated with antiviral resistance in immunocompromised patients. Methods: Molecular analysis was performed in 82 blood samples and subjected to genomic DNA extraction by a silica-based method. Three sequences of the HCMV UL97 gene, which encodes a phosphotransferase protein required for activation of ganciclovir, were amplified by polymerase chain reaction. Pyrosequencing methods were applied to one external 2096-bp segment DNA and two internal sequences between nucleotides 1087 to 1828 to detect mutations in this gene. Results: Approximately 10% of sequences contained mutations between nucleotides 377 and 594, in conserved regions of the UL97 gene, leading to amino acid changes. Eleven coding mutations were identified, including changes leading to amino acid substitutions, E596K and S604F, which were observed in 100% of samples and are described for the first time in Brazil. In addition, one mutation (A594V) that is associated with ganciclovir resistance was detected in a kidney transplant patient. Conclusions: Further studies to detect mutations associated with HCMV resistance to antiviral drugs are required to demonstrate the need to increase the variety and availability of drugs used to treat viral infections in the public health care system in Brazil

La hipertensión arterial pulmonar (HAP) es un trastorno cardiopulmonar grave e incurable que conlleva una importante morbilidad y mortalidad. Se caracteriza por la oclusión y remodelación de las arteriolas pulmonares, insuficiencia respiratoria progresiva, disfunción ventricular derecha, insuficiencia cardíaca y muerte prematura. Puede presentarse en diferentes formas, entre ellas la idiopática (HAPI) en ausencia de una causa conocida y la hereditaria (HAPH) en caso de relacionarse con una alteración genética o si hay agregación familiar. Existen además de estas formas, otras causas de HAP asociadas a diversas condiciones médicas (drogas, toxinas, infección por virus de la inmunodeficiencia humana -VIH-, etc.). A pesar de los avances recientes sigue siendo una enfermedad difícil de diagnosticar y tratar. La investigación de las bases genéticas de la HAP ha contribuido significativamente a mejorar la comprensión de esta patología. Las alteraciones genéticas más frecuentes asociadas a la HAP son mutaciones inactivantes del gen que codifica el receptor de la proteína morfogenética ósea tipo 2 (BMPR2, bone morphogenic protein receptor type 2). Los pacientes con HAP y mutaciones en BMPR2 se presentan a una edad más temprana con una enfermedad más grave y tienen un mayor riesgo de muerte o trasplante, que aquellos sin mutaciones. Avances recientes han conducido al descubrimiento de nuevos genes relacionados con la HAP, tales como ACVRL1 (activin A receptor like type 1), ENG (endoglin), CAV1 (caveolin-1), KCNK3 (potassium channel subfamily K, member 3), entre otros. En este artículo de revisión resumimos el conocimiento sobre las variantes genéticas raras y comunes que subyacen al desarrollo y pronóstico de la HAP. Además, esbozamos la importancia de implementar el asesoramiento y el estudio genético en centros especializados. La comprensión de la genética de la HAP proporcionará nueva información sobre los mecanismos subyacentes a la patobiología, potencialmente, útiles para desarrollar nuevas estrategias terapéuticas en el marco de una medicina personalizada. Pulmonary arterial hypertension (PAH) is a serious and incurable cardiopulmonary disorder with significant morbidity and mortality. It is characterized by the occlusion and remodeling of the pulmonary arterioles, progressive respiratory failure, right ventricular dysfunction, heart failure and premature death. PAH can occur in different forms, including idiopathic (IPAH) in absence of a known cause and hereditary (HPAH) if related to a genetic alteration or if there is familial aggregation. Besides these forms, there are other causes of PAH associated with various medical conditions (drugs, toxins, HIV infection, etc.). Despite recent advances in PAH, it remains a challenging disease to both diagnosis and management. Research about the genetic basis of PAH has contributed significantly to improve the understanding of this condition. The most common genetic alterations associated with PAH are inactivating mutations in the gene encoding a bone morphogenetic protein receptor type 2 (BMPR2). Patients with BMPR2 mutations present PAH at a younger age with more severe disease, and have an increased risk of death or transplantation, than those without mutations. Recent advances have led to the discovery of new genes related to PAH, such as ACVRL1 (activin A receptor like type 1), ENG (endoglin), CAV1 (caveolin-1), KCNK3 (potassium channel subfamily K, member 3), among others. In this review, we summarize the knowledge about rare and common genetic variants that underlie PAH development and prognosis. Additionally, we outline the importance of implementing genetic counseling and testing in specialized pulmonary hypertension centers. Understanding the genetics of PAH will provide new insights into the mechanisms underlying its pathobiology potentially useful for developing new therapeutic strategies within the scope of a personalized medicine. A hipertensão arterial pulmonar (HAP) é um distúrbio cardiopulmonar grave e incurável, com morbidade e mortalidade significativas. É caracterizada pela oclusão e remodelação das arteríolas pulmonares, insuficiência respiratória progressiva, disfunção ventricular direita, insuficiência cardíaca e morte prematura. Pode acontecer em diferentes formas, incluindo a idiopática (HAPI) na ausência de uma causa conhecida e a hereditária (HAPH) no caso de estar associada a uma anomalia genética ou quando há agregação familiar. Adicionalmente a estas formas, existem outras causas de HAP associadas a várias condições médicas (toxinas, drogas, infecção por HIV, etc.). Apesar dos avanços recentes, continua a ser uma doença difícil de diagnosticar e tratar. A pesquisa sobre a base genética da HAP contribuiu significativamente para melhorar a compreensão desta doença. As alterações genéticas mais comuns associadas à HAP são as mutações no gene que codifica o receptor da proteína morfogenética óssea tipo 2 (BMPR2, bone morphogenic protein receptor type 2). Pacientes com HAP e mutações BMPR2 se apresentam em idade mais jovem com doença mais grave e têm maior risco de morte ou transplante do que aqueles sem mutações. Avanços recentes levaram à descoberta de novos genes relacionados à HAP, tais como ACVRL1 (activin A receptor like type 1), ENG (endoglin), CAV1 (caveolin-1), KCNK3 (potassium channel subfamily K, member 3), entre outros. Neste artigo de revisão resumimos o conhecimento sobre as variantes genéticas raras e comuns associadas à etiologia e prognóstico da HAP. Ademais, destacamos a importância de implementar o aconselhamento genético e o estudo genético em centros especializados. A compreensão da genética da HAP vai proporcionar novo informação sobre os mecanismos subjacentes à patobiologia potencialmente úteis para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas no âmbito da medicina personalizada.

Objective: To identify phenylalanine hydroxylase (PAH) mutations in patients with phenylketonuria (PKU) from the Newborn Screening Service in Mato Grosso, Midwest Brazil. Methods: This is a cross-sectional descriptive study. The sample consisted of 19 PKU patients diagnosed by newborn screening. Molecular analysis: DNA extraction using the “salting-out” method. Detection of IVS10nt-11G>A, V388M, R261Q, R261X, R252W, and R408W mutations by the restriction fragment length polymorphism (RFLP) technique. Results: Two mutant alleles were identified in four patients (21.1%), one allele in five patients (26.2%), and none in the remaining ten patients (52.6%). A total of 13/38 alleles were detected, corresponding to 34.2% of the PAH alleles present. The most prevalent variant was V388M (13.2% of the alleles), followed by R261Q (10.1%) and IVS10nt-11G>A (7.9%). Three variants (R261X, R252W, and R408W) were not found. The most frequent mutation types were: missense mutation in eight alleles (18.4%) and splicing in four alleles (10.5%). The model proposed by Guldberg to determine a genotype/phenotype correlation was applied to four classical PKU patients with two identified mutations. In three of them, the predicted moderate/moderate or moderate PKU phenotype did not coincide with the actual diagnosis. The prediction coincided with the diagnosis of one classic PKU patient. The estimated incidence of PKU for Mato Grosso, Brazil, was 1:33,342 live births from 2003 to 2015. Conclusion: The only mutations found in the analyzed samples were the IVS10nt-11G>A, V388M, and R261Q. The genotype/phenotype correlation only occurred in four (5.3%) patients. RESUMO Objetivo: Identificar mutações da fenilalanina hidroxilase (PAH) em pacientes com PKU (fenilcetonúria) do Serviço de Triagem Neonatal em Mato Grosso. Métodos: Estudo de corte transversal. Amostra composta de 19 pacientes com PKU através do exame de triagem neonatal biológica. Análise molecular: a) extração de DNA pela metodologia “salting out”. B) detecção de mutações IVS10nt-11G>A, V388M, R261Q, R261X, R252W e R408W pela técnica de polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP). Resultados: Dois alelos foram identificados em quatro pacientes (21,1%), um alelo em cinco pacientes (26,2%) e nenhum nos dez pacientes restantes (52,6%). Um total de 13/38 alelos foram identificados, correspondendo a 34,2% dos alelos PAH presentes. A variante mais prevalente foi a V388M (13,2% dos alelos), seguida de R261Q (10,1%) e IVS10nt-11G>A (7,9%). Três variantes (R261X, R252W e R408W) não foram encontradas. Os tipos de mutações mais frequentes foram: troca de sentido em oito alelos (18,4%) e emenda em quatro alelos (10,5%). O modelo proposto por Guldberg para determinar uma correlação genótipo/fenótipo foi aplicado para quatro pacientes clássicos de PKU, com duas mutações identificadas. Em três, o fenótipo previsto de PKU moderada/moderada ou moderada não coincidiu com o diagnóstico real. A predição coincidiu com o diagnóstico de um paciente PKU clássico. A incidência de PKU estimada para Mato Grosso, Brasil foi de 1:33.342 nascidos vivos para o período de 2003 a 2015. Conclusões: Foram encontradas apenas as mutações IVS10nt-11G>A, V388M, R261Q nas amostras analisadas. A correlação genótipo/fenótipo ocorreu em quatro (5,3%) pacientes.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Tumores odontogênicos e cistos odontogênicos do desenvolvimento são lesões raras, muitas delas apresentando patogênese incerta. A utilização de técnicas de sequenciamento de próxima geração (NGS) tem auxiliado na identificação de mutações patogênicas drivers (condutoras) que dão origem a diferentes tumores. Pouco se sabe sobre a patogênese molecular do cisto odontogênico glandular (COG), do carcinoma odontogênico com dentinoide (COD) e do mixoma odontogênico (MO). No presente trabalho, buscou-se investigar a patogênese molecular do COG, do COD e MO. O perfil mutacional de quatro amostras de COG e duas de COD foi investigado por meio de NGS, utilizando-se um painel de mutações hotspot em 50 oncogenes e genes supressores de tumor comumente alterados em cânceres humanos. A validação das variantes patogênicas detectadas foi realizada por meio do sequenciamento de Sanger. O painel de mutações hotspot já foi previamente utilizado em MO, porém não foram identificadas mutações recorrentes. Considerando que o MO mostra semelhanças morfológicas com miofibromas intraósseos e que estes exibem mutações recorrentes em PDGFRβ, realizou-se o sequenciamento de Sanger em amostras de MO para avaliar a presença de mutações em PDGFRβ. Nos casos de COD, foi realizada a imunoistoquímica para β-catenina para avaliar se as mutações detectadas nos genes CTNNB1 e APC impactavam na localização da proteína β-catenina. Nenhuma mutação patogênica foi detectada no COG. Identificamos, nos COD, mutações patogênicas nos genes CTNNB1 e APC, ambos membros da via de sinalização WNT/β-catenina. Consistente com a ativação dessa via de sinalização, os COD mostraram acúmulo de β-catenina, principalmente no citoplasma das células neoplásicas. As amostras de MO estudadas não apresentam mutações nos éxons 12 ou 14 do PDGFRβ. Concluiu-se, após investigações, que mutações patogênicas nos genes supressores de tumores e oncogenes estudados não parecem explicar a patogênese dos COG. Mutações ativadoras da via da β-catenina parecem ser importantes eventos na patogênese do COD. A ausência de mutações em PDGFRβ nos MO sugere uma diferença na patogênese desse tumor e miofibroma. Mais estudos com painéis com maior número de genes ou sequenciamento completo do exoma são necessários para investigar se mutações patogênicas recorrentes ocorrem em COG e MO. Além disso, o estudo de novos casos de COD é importante para avaliar se nossos resultados são relevantes. Odontogenic tumors and delevopmental cysts are rare and most of them show uncertain pathogenesis. The use of next generation sequencing techniques (NGS) help to identify pathogenic driver mutations of different tumors. Little is known about the molecular pathogenesis of glandular odontogenic cyst (GOC), odontogenic carcinoma with dentinoid (OCD), and odontogenic myxoma (OM). The present study aimed to investigate the molecular pathogenesis of these three odontogenic lesions. To investigate the mutational profile of GOC, OCD we used a panel of hotspot mutations in 50 oncogenes and tumor suppressor genes, submitted to NGS. The pathogenic variants were validated by Sanger sequencing. This hotspot panel had already been used in OM, but no recurrent pathogenic mutations were identified. Considering that OM shows morphological similarities with intraosseous myofibromas and these lesions exhibit mutations in PDGFRβ, Sanger sequencing was performed in OM samples to assess hotspot mutations in PDGFRβ. Immunohistochemistry was performed in OCD cases to assess whether mutations detected in the CTNNB1 and APC genes impacted the localization of the β-catenin protein. No pathogenic mutations were detected in GOC. We identified pathogenic mutations in CTNNB1 and APC genes in OCD, both components of the WNT-signaling/β-catenin pathway. Consistent with activation of this signaling pathway, the tumors showed strong β-catenin accumulation mainly in the cytoplasm of neoplastic cells. The OM samples did not show PDGFRβ mutations. Pathogenic mutations in the tumor suppressor genes and oncogenes studied do not seem to explain the pathogenesis of GOC. Activating mutations of the β-catenin pathway appear to be important events in the pathogenesis of OCD. The absence of mutations in PDGFRβ in OM indicates a difference in the pathogenesis of this tumor and myofibroma. Further studies with larger gene panels or whole exome sequencing are needed to investigate whether recurrent pathogenic mutations occur in GOC and OM. In addition, the study of new cases of COD is important to assess whether our results are relevant.

Trabalho Final de Mestrado Integrado, Ciências Farmacêuticas, Universidade de Lisboa, Faculdade de Farmácia, 2019 Made available in DSpace on 2020-05-04T22:59:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2019-12-13 Hospital Beatriz Ângelo; Farmácia Luísa Todi

Os genótipos do vírus da hepatite B e a ocorrência de mutações no genoma podem interferir na resposta ao tratamento, na progressão da doença para a forma crônica, cirrose e carcinoma hepatocelular. O objetivo do presente estudo foi analisar as características moleculares do HBV em pacientes com hepatite B crônica em Goiânia-Goiás. Amostras sanguíneas (N=53) foram colhidas de pacientes que eram atendidos/acompanhados em um hospital de referência em Goiânia. Inicialmente, foi realizada uma entrevista com questionário estruturado sobre dados sociodemográficos, possíveis características associadas ao risco de aquisição do HBV e vacinação prévia contra hepatite B. Outras informações, como dados clínicos, uso de terapia antiviral e resultados de exames complementares foram coletadas no prontuário e confirmadas com o médico responsável. Todas as amostras foram submetidas à pesquisa dos marcadores sorológicos do HBV (HBsAg, Anti-HBc, Anti-HBs, HBeAg e Anti-HBe) empregando-se kits comerciais. Posteriormente, foi realizada a extração do DNA viral e uma semi-nested PCR utilizando primers complementares às regiões Pré-S/S (PS1, S2/S22 e SR) e Pré-C/C (X1, C2, X4 e C3) do HBV. Em seguida, as amostras foram sequenciadas para as regiões S e Pré-C/C do HBV, para a determinação dos genótipos/subgenótipos e pesquisa de mutações. O sequenciamento dos nucleotídeos foi realizado em 22 amostras, e os genótipos/subgenótipos A1 (n = 09), A2 (n = 01), D2 (n = 02), D3 (n = 07), e F2 (n = 03) foram encontrados. Mutações na região Pré C/C (A1762T, G1764A), região S (S45T, P46T, T114S, K122R, P127T, T143S, A159G, Y161F, I213L, L21S, T118A, V47G, P127L, F183C, M198I, Y206C, R24K, S61L, F8S, T127P, I68T, Y100C) e região P (I91L, Y126H, W153R, Y126R, V207L, L129M, Q130P) foram identificadas, sendo estas previamente descritas na literarura, em pacientes com hepatite B crônica. Ainda, observou-se a presença de algumas alterações nas regiões S (V47G, L42P, L12C, L13S, V14C, L15Y, Q16R, A17R, G44A, L49P, H61L, F158L, P178Q, F19C, I4L, T5H, S6Q, G7D, G10D, G18C, F19V) e também na P (E11Q, H13Y, H13T, I14S, I16T, P17L, R18G, T19P, P20L, A21L, R22V, V23L, T24Q, G25A, G26V, V27F, L29F, A38T, I53T, T54H, R110G, H122F, M124H, I130V, D134N, S135Y, S137T, Q139N/M, M145L, Y148F, K149Q, Y148F, Y151L/F) que não foram descritas em estudos prévios. Os resultados da presente investigação ratificam a predominância de circulação dos genótipos A/D/F no Brasil e em nossa Região. Além disso, confirmam a presença de várias mutações no genoma do HBV em pacientes virgens de tratamento ou sob uso de terapia antiviral. Portanto, estes dados contribuem para o conhecimento a respeito da infecção crônica pelo HBV e reforçam a importância do acompanhamento molecular em pacientes infectados. Genotypes of hepatitis B virus and the occurrence of mutations in the genome may interfere with treatment response, disease progression to chronic form, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. The objective of the present study was to analyze the molecular characteristics of HBV in patients with chronic hepatitis B in Goiânia-Goiás. Blood samples (N = 53) were collected from patients who were attended / followed at a referral hospital in Goiânia-Goiás. Initially, an interview was conducted with structured questionnaire on sociodemographic data, possible characteristics associated with the risk of HBV acquisition and previous vaccination against hepatitis B. Other information, such as clinical data, use of antiviral therapy and results of complementary tests were collected in the medical record and with the doctor in charge. All samples were screened for HBV serological markers (HBsAg, Anti-HBc, Anti-HBs, HBeAg and Anti-HBe) using commercial kits. Subsequently, viral DNA extraction and a semi- nested PCR were performed using primers complementary to the Pre-S / S (PS1, S2 / S22 and SR) and Pre-C / C (X1, C2, X4 and C3) regions of HBV. Then the samples were sequenced to the S and PreC / C regions of HBV for the determination of genotypes / subgenotypes and mutation screening. The nucleotide sequencing was performed in 22 samples, and the genotypes / subgenotypes A1 (n = 09), A2 (n = 01), D2 (n = 02), D3 (n = 07), and F2 were found. Mutations in the Pre C / C region (S171T, G1764A), region S (S45T, P46T, T114S, K122T, T123T, T143S, A159G, Y161F, I213L, L21S, T118A, V47G, P127L, F183C, M198I. Y206C, R24K, S61L, F8S, T127P, I68T, Y100C) and P region (I91L, Y126H, W153R, Y126R, V207L, L129M, Q130P) were identified and previously described in the literature, in patients with chronic hepatitis B. Furthermore, the presence of some nucleotide substitutions in the S regions (V47G, L42C, L14S, V14C, L15Y, Q16R, A17R, G44A, L49P, H61L, F158L, P178Q, F19C, I4L, T5H, G22D, G18C, F19V) and also in P (E11Q, H13Y, H13T, I16T, P17L, R18G, T19P, P20L, A21L, R22V, V23L, T24Q, G25A, G26V, V27F, L29F, A38T, R110G, H122F, M124H, L129M, I135N, S135Y, S137T, Q139N, M145L, Y148F, K149F, Y148F, Y151L) which have not been described in previous studies. The results of the present investigation confirm the predominance of circulation of A/D/F genotypes in Brazil and in our Region. In addition, they confirm the presence of mutations in the HBV genome in treatment-naive patients or under the use of antiviral therapy. Therefore, these data contribute to knowledge regarding chronic HBV infection and reinforce the importance of molecular monitoring in infected patients.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior β-glicosidases (EC 3.2.1.21) são enzimas chave no processo de produção de biocombustíveis de segunda geração. Elas agem em conjunto com endoglucanases e exoglucanases na conversão de biomassa em açúcares fermentáveis. Entretanto, a maior parte das β-glicosidases conhecidas são altamente inibidas por grandes concentrações de glicose. Assim, a busca por mutações que melhorem a atividade de β-glicosidases não tolerantes a inibição por glicose é de grande importância para a indústria. Nesta tese, é apresentada uma revisão sistemática da literatura para coletar informações sobre β-glicosidases glicose-tolerantes e construir uma base de dados, denominada BETAGDB. Além disso, são caracterizados resíduos importantes no bolsão catalítico para atividade e glicose-tolerância. Por fim, apresenta-se um método baseado na diferença de variação de assinaturas estruturais para propor mutações em enzimas, denominado SSV (Structural Signature Variation). SSV usa modelagem em grafos para criar uma assinatura estrutural identificadora de β-glicosidases glicose-tolerantes. O método SSV foi avaliado em três estudos de caso: (i) 27 mutações descritas na literatura foram manual-mente classificadas como benéficas ou não. A seguir, a classificação foi reproduzida utilizando SSV. O método obteve uma acurácia de 0,74 e uma precisão de 0,89; (ii) 18 mutações benéficas foram propostas para a β-glicosidase não tolerante Bgl1B. Resultados experimen-tais de três mutações corroboram os resultados obtidos pelo segundo estudo de caso e demonstram que SSV é um método eficaz para proposta de mutações em β-glicosidases; e (iii) comparou-se SSV com SVM para verificar se a distância euclidiana, métrica usada por SSV para comparação de assinaturas, era eficaz. Comparou-se ainda com BioGPS, um método que usa fingerprints para proposta de mutações baseadas em estruturas tridimensionais. SSV obteve valores de precisão e especificidade superiores a SVM. Na comparação com BioGPS, SSV foi capaz de predizer corretamente cinco em sete mutações validadas em bancada que inseriam atividade amidase em uma lipase. Os resultados obtidos nesta tese podem ajudar na produção de enzimas β-glicosidases mutantes capazes de aperfeiçoar a produção de biocombustíveis de segunda geração. O método SSV pode ser estendido a outras enzimas e pode ainda ser utilizado em conjunto com outras estratégias e ferramentas para propor mutações mais eficientes. SSV está disponível em: . β-glucosidases (EC 3.2.1.21) are key enzymes in the second-generation biofuel production. They act synergically with endoglucanases and exoglucanases in the conversion of biomass to fermentable sugars. However, most known β-glucosidases are highly inhibited by high glucose concentrations. Hence, the search for mutations that improve the activity of non-tolerant β-glucosidases has great importance to the industry. In this thesis, I present a systematic review of the literature to collect information about glucose-tolerant β-glucosidases and to construct a database, called BETAGDB. In addition, important residues for the activity and glucose-tolerance were characterized in the catalytic pocket. Finally, I proposed a method based on the difference of variation of structural signatures to propose mutations in enzymes, called Structural Signature Variation (SSV). SSV uses graph modeling to create a structural signature that identifies glucose-tolerant β-glucosidases. The SSV method was evaluated in three case studies: (i) 27 mutations described in the literature were manually classified as beneficial or not. The classification was then reproduced using SSV. The method obtained an accuracy of 0.74 and a precision of 0.89; (ii) 18 beneficial mutations were proposed for the non-tolerant β-glucosidase Bgl1B. Experimental results of three mutations corroborate the outcomes obtained by the second case study and demonstrate that SSV is an effective method for the proposal of mutations in β-glucosidases; and (iii) SSV was compared with SVM to verify whether the Euclidean distance, metric used by SSV for comparison of signatures, was effective. It was also compared with BioGPS, a method that uses fingerprints to propose mutations based on three-dimensional structures. SSV obtained values of precision and specificity superior to SVM. In comparison to BioGPS, SSV was able to correctly predict five in seven bench-validated mutations inserted amidase activity into a lipase. The results obtained in this thesis may aid in the production of mutant β-glucosidase enzymes capable of enhancing the production of second-generation biofuels. The SSV method can be extended to other enzymes and can also be used together to other strategies and tools to propose more efficient mutations. SSV is available at .

Submitted by Dante Bruno Avanso Rosan (danterosan@gmail.com) on 2019-03-13T10:49:31Z No. of bitstreams: 1 Tese_Dante_Rosan-submeter-repositorio.docx: 2181015 bytes, checksum: b819dd987474edec1e4612e240c8f5ad (MD5) Rejected by Paula Torres Monteiro da Torres (paulatms@sjrp.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: Problema 01) É necessário que o arquivo contendo a sua dissertação esteja no formato Portable Document Format (PDF) e não esteja protegido . Lembramos que o arquivo depositado no repositório deve ser igual ao impresso. Agradecemos a compreensão Paula Torres on 2019-03-14T17:50:04Z (GMT) Submitted by Dante Bruno Avanso Rosan (danterosan@gmail.com) on 2019-03-14T19:46:45Z No. of bitstreams: 1 Tese_Dante_Rosan_Final_submeter.pdf: 2104750 bytes, checksum: 5b846503791b52e4e36235232a6294e4 (MD5) Approved for entry into archive by Paula Torres Monteiro da Torres (paulatms@sjrp.unesp.br) on 2019-03-20T13:37:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rosan_dba_dr_sjrp_par.pdf: 1304875 bytes, checksum: 8b65a1440226fa6de92f34578ba0bef3 (MD5) Made available in DSpace on 2019-03-20T13:37:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rosan_dba_dr_sjrp_par.pdf: 1304875 bytes, checksum: 8b65a1440226fa6de92f34578ba0bef3 (MD5) Previous issue date: 2019-02-25 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O Transtorno do Espectro Autista (TEA), ou Autismo, corresponde a um grupo de afecções neuropsiquiátricas complexas, de etiologia heterogênea e desconhecida na maioria dos casos. A prevalência é muito alta na população em geral e os afetados são caracterizados por dificuldade de comunicação e socialização, além de manias e repetições. Familiares de autistas apresentam frequências significativamente maiores de alterações comportamentais vinculadas às características autísticas e este fenótipo mais amplo é conhecido como Broad Autism Phenotype (BAP). Há centenas de genes candidatos ao autismo ou regiões genômicas que apresentam alterações, que estão descritas não apenas em casuísticas de autistas, mas também de indivíduos com outros transtornos do comportamento, o que evidencia uma sobreposição etiológica entre tais afecções. Além disso, em uma mesma família, uma alteração genética pode estar presente em parentes assintomáticos, naqueles com BAP e naqueles com outros transtornos neuropsiquiátricos. Os estudos em familiares se limitam frequentemente à investigação de pais e irmãos. Este projeto objetivou investigar a presença de alterações genéticas previamente detectadas em autista,s em seus pais, irmãos e em outros familiares com transtornos neuropsiquiátricos, além da presença do BAP e de outros transtornos neuropsiquiátricos nas genealogias dos autistas. A presença e os aspectos relacionados ao BAP em pais de autistas também foram estudados e comparados com um grupo composto de pais de indivíduos com deficiência intelectual idiopática, sem autismo, e com um grupo de pais de indivíduos sem queixas de transtornos neurocomportamentais. As alterações moleculares previamente detectadas em indivíduos com TEA foram investigadas em seus familiares com a utilização de diferentes metodologias já implantadas nos laboratórios participantes deste estudo. O BAP foi investigado com a utilização do BAPQ (Broad Autism Phenotype Questionnaire), por meio de entrevistas previamente agendadas. 18 (36%) familiares de autistas apresentaram a mesma alteração genética encontrada no caso índice, sendo que oito (50%) deles também tinham BAP positivo. BAP foi observado nos três grupos de pais investigados, com frequência significativamente maior nos pais de autistas, que também apresentaram maiores escores para personalidade rígida do que os pais dos outros grupos. Nossos achados estão de acordo com os da literatura e acrescentam que algumas alterações genômicas podem predispor não apenas ao autismo como à esquizofrenia, transtorno do déficit de atenção com hiperatividade (TDAH) e BAP, além do fato de que BAP também é observado em pais de indivíduos com deficiência intelectual. É importante avaliar a presença de BAP em pais de autistas e de outros indivíduos com afecções do neurodesenvolvimento, como a deficiência intelectual, pois os resultados podem direcionar a orientação de riscos e o Aconselhamento Genético das famílias. Autism Spectrum Disorder (ASD), or Autism, is a group of complex neuropsychiatric disorders, witch heterogeneous and unknown etiology in most cases. The prevalence is high in the population and those affected are characterized by impairments in communication and socialization, as well restricted stereotypes. Relatives of individuals with autism have significantly higher frequencies of behavioral alterations related to autistic characteristics and this is known as Broad Autism Phenotype (BAP). There are hundreds of autism candidate genes or genomic regions that present variations, which are described not only in autistic cases, but also in individuals with other behavioral disorders, which shows an etiological overlap between these conditions. In addition, in a single family, a genetic alteration may be present in asymptomatic relatives, in those with BAP and in those with other neuropsychiatric disorders. Studies in relatives are often limited to the investigation of parents and siblings. This project aimed to investigate the presence of genetic alterations previously detected in autistic individuals, in their parents, siblings and other relatives with neuropsychiatric disorders, besides the presence of BAP and other neuropsychiatric disorders in the autistic genealogy. The presence of BAP parents of autistic children and the aspects related to this phenotype were also studied and compared to a group of parents of individuals with idiopathic intellectual disability without autism and with a group of parents of individuals without complaints of neurobehavioral disorders. The molecular alterations previously detected in individuals with ASD were investigated in their relatives with the use of different methodologies already implanted in the laboratories participating in this study. The BAP was investigated using the BAPQ (Broad Autism Phenotype Questionnaire), through interviews previously scheduled. 18 (36%) relatives presented the same genetic alteration that had been found in the non-autistic relative, with eight of them (50%) also having BAP positive. BAP was observed in the three groups of parents investigated, with a significantly higher frequency in the parents of autistic individuals, who also presented higher scores for rigid personality than the parents of the other groups. Our findings are in agreement with the literature, and add that some genomic alterations may predispose not only to autism but also to schizophrenia, Attention Deficit Hyperactivity Disorder" (ADHD) and BAP, which is also seen in parents of individuals with intellectual disability. It is important to evaluate the presence of BAP in parents of autistic individuals and other individuals with neurodevelopmental conditions, such as intellectual disability, because the results can guide the risk orientation and the Genetic Counseling of families.

Dissertação de mestrado em Bioquímica Aplicada, All the living systems suffers evolution during theirs lifespan. Evolution allows the development of beneficial traits able to increase the growth and reproduction of the population in a specific environment. New traits can be achieved through mutations in the genome. The fixation of mutations able to increase the growth and reproduction of the population is achieved through the passage of such mutation to the next generations, being this phenomena called natural selection. This principle can be applied in laboratory allowing the improvement of traits present in microorganisms interesting from an industrial point of view. Evolution of a strain may allow the production and accumulation of high-valued compounds, through the metabolism of recalcitrant carbon sources, whose production through chemical synthesis shows some throwbacks. During this thesis Pseudomonas sp. M1 was grown theoretically during an estimated time of 500 generations in Minimal Medium using Lactate or β-myrcene as the only available carbon sources. These carbon sources were chosen according to previous works from the investigation team, being the main focus the β-myrcene. This compound is a hydrophobic terpene that allows the production of terpenoids, compounds industrially valued, during its metabolic pathway. Within other projects developed by the investigation team, the final purpose of this work is the development of a biocatalyst based in Pseudomonas sp. M1, able to transform and accumulate terpenoids using β-myrcene as carbon source. Regarding the ongoing research, 3 colonies were isolated with possible improvement of β-myrcene transformation in comparison to the ancestor strain. To understand the evolution occurred in both conditions, the genome of the population was isolated and sequenced in 2 different time points, allowing the identification of 2 types of mutations, SNVs and Indels, in comparison to the ancestor. In lactate cultures, mutations in mutL and mutS genes were detected, being the mutation rate around one order of magnitude higher in comparison to the β-myrcene cultures. The number of mutations detected for β- myrcene cultures did not allow to conclude about the adaptation occurred in these cultures. In the future, this experiment should be continued, being also necessary the sequencing of isolated lineages and the characterization of the lineages already identified with a possible increase in β- myrcene catabolism., Todos os sistemas vivos passam por processos de evolução. Estes processos poderão permitir a adaptação a novos ambientes, através de ajustes evolutivos a nível molecular e fisiológico, podendo ser alcançado através de mutações no genoma. A fixação de mutações benéficas, mutações capazes de beneficiar o crescimento e reprodução da população no ambiente em que estão inseridas, é alcançada através da sua passagem para as gerações futuras. Este é o princípio da seleção natural. Este princípio pode ser aplicado em laboratório de modo a melhorar características presentes nos microrganismos que são interessantes do ponto de vista biotecnológico. A evolução ocorrida em determinada estirpe pode levar a uma produção rentável e acumulação de compostos valorizados, cuja produção através de síntese química mostra diversas complicações. Durante esta tese, Pseudomonas sp. M1 foi crescida em Meio Mínimo contendo Lactato ou β- mirceno como únicas fontes de carbono disponíveis. As fontes de carbono utilizadas estão de acordo com trabalhos anteriores da equipa de investigação, sendo o principal foco o β-myrceno. Este composto é um terpeno hidrofóbico, cujo metabolismo leva à produção de terpenóides, compostos valorizados industrialmente. O objetivo é o desenvolvimento de um biocatalisador capaz de transformar e acumular terpenoides utilizando β-mirceno como fonte de carbono e utilizando Pseudomonas sp. M1 para este propósito. No âmbito da investigação em curso, foram isoladas 3 linhagens com possível aumento na eficiência de transformação do β-mirceno, indicando a possível adaptação das culturas evoluídas. De modo a perceber a evolução ocorrida em ambas as condições, foi isolado e sequenciado o genoma da população em 2 tempos diferentes, permitindo a identificação de 2 tipos de mutações (SNVs e Indels) em relação à estirpe ancestral, sendo que o número de mutações detetadas variou consideravelmente entre as duas fontes de carbono utilizadas. Nas culturas de lactato foram detetados variantes nos genes mutL e mutS, apresentando um rácio de mutações cerca de uma ordem de grandeza superior às culturas de β-mirceno. O número de mutações detetadas em β-mirceno não permitiu concluir sobre a adaptação ocorrida nestas culturas. Futuramente a experiência deverá ser continuada e deverá proceder-se à sequenciação de linhagens isoladas e à caracterização das linhagens detetadas com um possível aumento na capacidade de catabolizar β-mirceno.

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2018 Submitted by Sofia Amador (sofiamador@fm.ul.pt) on 2020-03-24T12:11:19Z No. of bitstreams: 1 SuseConceição.pdf: 778639 bytes, checksum: 60422fbb3b76b9bff4c80d6be3fbc3a3 (MD5) Made available in DSpace on 2020-03-24T12:21:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SuseConceição.pdf: 778639 bytes, checksum: 60422fbb3b76b9bff4c80d6be3fbc3a3 (MD5) Previous issue date: 2018