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137 results on '"Nadia Naffakh"'

1. Structures of influenza A and B replication complexes give insight into avian to human host adaptation and reveal a role of ANP32 as an electrostatic chaperone for the apo-polymerase

Author: Benoît Arragain, Tim Krischuns, Martin Pelosse, Petra Drncova, Martin Blackledge, Nadia Naffakh, and Stephen Cusack
Subjects: Science
Abstract: Abstract Replication of influenza viral RNA depends on at least two viral polymerases, a parental replicase and an encapsidase, and cellular factor ANP32. ANP32 comprises an LRR domain and a long C-terminal low complexity acidic region (LCAR). Here we present evidence suggesting that ANP32 is recruited to the replication complex as an electrostatic chaperone that stabilises the encapsidase moiety within apo-polymerase symmetric dimers that are distinct for influenza A and B polymerases. The ANP32 bound encapsidase, then forms the asymmetric replication complex with the replicase, which is embedded in a parental ribonucleoprotein particle (RNP). Cryo-EM structures reveal the architecture of the influenza A and B replication complexes and the likely trajectory of the nascent RNA product into the encapsidase. The cryo-EM map of the FluB replication complex shows extra density attributable to the ANP32 LCAR wrapping around and stabilising the apo-encapsidase conformation. These structures give new insight into the various mutations that adapt avian strain polymerases to use the distinct ANP32 in mammalian cells.
Published: 2024
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2. The host RNA polymerase II C-terminal domain is the anchor for replication of the influenza virus genome

Author: Tim Krischuns, Benoît Arragain, Catherine Isel, Sylvain Paisant, Matthias Budt, Thorsten Wolff, Stephen Cusack, and Nadia Naffakh
Subjects: Science
Abstract: Abstract The current model is that the influenza virus polymerase (FluPol) binds either to host RNA polymerase II (RNAP II) or to the acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32), which drives its conformation and activity towards transcription or replication of the viral genome, respectively. Here, we provide evidence that the FluPol-RNAP II binding interface, beyond its well-acknowledged function in cap-snatching during transcription initiation, has also a pivotal role in replication of the viral genome. Using a combination of cell-based and in vitro approaches, we show that the RNAP II C-terminal-domain, jointly with ANP32, enhances FluPol replication activity. We observe successive conformational changes to switch from a transcriptase to a replicase conformation in the presence of the bound RNPAII C-terminal domain and propose a model in which the host RNAP II is the anchor for transcription and replication of the viral genome. Our data open new perspectives on the spatial coupling of viral transcription and replication and the coordinated balance between these two activities.
Published: 2024
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3. A polarized cell system amenable to subcellular resolution imaging of influenza virus infection

Author: Jean-Baptiste Brault, Catherine Thouvenot, Magda Cannata Serio, Sylvain Paisant, Julien Fernandes, David Gény, Lydia Danglot, Adeline Mallet, and Nadia Naffakh
Subjects: Medicine, Science
Published: 2024

4. Type B and type A influenza polymerases have evolved distinct binding interfaces to recruit the RNA polymerase II CTD.

Author: Tim Krischuns, Catherine Isel, Petra Drncova, Maria Lukarska, Alexander Pflug, Sylvain Paisant, Vincent Navratil, Stephen Cusack, and Nadia Naffakh
Subjects: Immunologic diseases. Allergy, RC581-607, Biology (General), QH301-705.5
Abstract: During annual influenza epidemics, influenza B viruses (IBVs) co-circulate with influenza A viruses (IAVs), can become predominant and cause severe morbidity and mortality. Phylogenetic analyses suggest that IAVs (primarily avian viruses) and IBVs (primarily human viruses) have diverged over long time scales. Identifying their common and distinctive features is an effective approach to increase knowledge about the molecular details of influenza infection. The virus-encoded RNA-dependent RNA polymerases (FluPolB and FluPolA) are PB1-PB2-PA heterotrimers that perform transcription and replication of the viral genome in the nucleus of infected cells. Initiation of viral mRNA synthesis requires a direct association of FluPol with the host RNA polymerase II (RNAP II), in particular the repetitive C-terminal domain (CTD) of the major RNAP II subunit, to enable "cap-snatching" whereby 5'-capped oligomers derived from nascent RNAP II transcripts are pirated to prime viral transcription. Here, we present the first high-resolution co-crystal structure of FluPolB bound to a CTD mimicking peptide at a binding site crossing from PA to PB2. By performing structure-based mutagenesis of FluPolB and FluPolA followed by a systematic investigation of FluPol-CTD binding, FluPol activity and viral phenotype, we demonstrate that IBVs and IAVs have evolved distinct binding interfaces to recruit the RNAP II CTD, despite the CTD sequence being highly conserved across host species. We find that the PB2 627 subdomain, a major determinant of FluPol-host cell interactions and IAV host-range, is involved in CTD-binding for IBVs but not for IAVs, and we show that FluPolB and FluPolA bind to the host RNAP II independently of the CTD. Altogether, our results suggest that the CTD-binding modes of IAV and IBV may represent avian- and human-optimized binding modes, respectively, and that their divergent evolution was shaped by the broader interaction network between the FluPol and the host transcriptional machinery.
Published: 2022
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5. Influenza viruses and coronaviruses: Knowns, unknowns, and common research challenges.

Author: Olivier Terrier, Mustapha Si-Tahar, Mariette Ducatez, Christophe Chevalier, Andrés Pizzorno, Ronan Le Goffic, Thibaut Crépin, Gaëlle Simon, and Nadia Naffakh
Subjects: Immunologic diseases. Allergy, RC581-607, Biology (General), QH301-705.5
Abstract: The development of safe and effective vaccines in a record time after the emergence of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a remarkable achievement, partly based on the experience gained from multiple viral outbreaks in the past decades. However, the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) crisis also revealed weaknesses in the global pandemic response and large gaps that remain in our knowledge of the biology of coronaviruses (CoVs) and influenza viruses, the 2 major respiratory viruses with pandemic potential. Here, we review current knowns and unknowns of influenza viruses and CoVs, and we highlight common research challenges they pose in 3 areas: the mechanisms of viral emergence and adaptation to humans, the physiological and molecular determinants of disease severity, and the development of control strategies. We outline multidisciplinary approaches and technological innovations that need to be harnessed in order to improve preparedeness to the next pandemic.
Published: 2021
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6. Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Reveal Differences in Monocyte Susceptibility to Influenza A Virus Infection Between Africans and Europeans

Author: Mary B. O’Neill, Hélène Quach, Julien Pothlichet, Yann Aquino, Aurélie Bisiaux, Nora Zidane, Matthieu Deschamps, Valentina Libri, Milena Hasan, Shen-Ying Zhang, Qian Zhang, Daniela Matuozzo, Aurélie Cobat, Laurent Abel, Jean-Laurent Casanova, Nadia Naffakh, Maxime Rotival, and Lluis Quintana-Murci
Subjects: Monocytes, single-cell ‘omics, transcriptomics, ancestry, population, influenza virus, Immunologic diseases. Allergy, RC581-607
Abstract: There is considerable inter-individual and inter-population variability in response to viruses. The potential of monocytes to elicit type-I interferon responses has attracted attention to their role in viral infections. Here, we use single-cell RNA-sequencing to characterize the role of cellular heterogeneity in human variation of monocyte responses to influenza A virus (IAV) exposure. We show widespread inter-individual variability in the percentage of IAV-infected monocytes. Notably, individuals with high cellular susceptibility to IAV are characterized by a lower activation at basal state of an IRF/STAT-induced transcriptional network, which includes antiviral genes such as IFITM3, MX1 and OAS3. Upon IAV challenge, we find that cells escaping viral infection display increased mRNA expression of type-I interferon stimulated genes and decreased expression of ribosomal genes, relative to both infected cells and those never exposed to IAV. We also uncover a stronger resistance of CD16+ monocytes to IAV infection, together with CD16+-specific mRNA expression of IL6 and TNF in response to IAV. Finally, using flow cytometry and bulk RNA-sequencing across 200 individuals of African and European ancestry, we observe a higher number of CD16+ monocytes and lower susceptibility to IAV infection among monocytes from individuals of African-descent. Based on these data, we hypothesize that higher basal monocyte activation, driven by environmental factors and/or weak-effect genetic variants, underlies the lower cellular susceptibility to IAV infection of individuals of African ancestry relative to those of European ancestry. Further studies are now required to investigate how such cellular differences in IAV susceptibility translate into population differences in clinical outcomes and susceptibility to severe influenza.
Published: 2021
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7. Influenza B Virus Infection Is Enhanced Upon Heterotypic Co-infection With Influenza A Virus

Author: Nicolas Malausse, Sylvie van der Werf, Nadia Naffakh, and Sandie Munier
Subjects: influenza virus, co-infection, heterotypic, influenza B virus, viral interference, Microbiology, QR1-502
Abstract: Homotypic co-infections with influenza viruses are described to increase genetic population diversity, to drive viral evolution and to allow genetic complementation. Less is known about heterotypic co-infections between influenza A (IAV) and influenza B (IBV) viruses. Previous publications showed that IAV replication was suppressed upon co-infection with IBV. However, the effect of heterotypic co-infections on IBV replication was not investigated. To do so, we produced by reverse genetics a pair of replication-competent recombinant IAV (A/WSN/33) and IBV (B/Brisbane/60/2008) expressing a GFP and mCherry fluorescent reporter, respectively. A549 cells were infected simultaneously or 1 h apart at a high MOI with IAV-GFP or IBV-mCherry and the fluorescence was measured at 6 h post-infection by flow cytometry. Unexpectedly, we observed that IBV-mCherry infection was enhanced upon co-infection with IAV-GFP, and more strongly so when IAV was added 1 h prior to IBV. The same effect was observed with wild-type viruses and with various strains of IAV. Using UV-inactivated IAV or type-specific antiviral compounds, we showed that the enhancing effect of IAV infection on IBV infection was dependent on transcription/replication of the IAV genome. Our results, taken with available data in the literature, support the hypothesis that the presence of IAV proteins can enhance IBV genome expression and/or complement IBV defective particles.
Published: 2021
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8. Influenza virus genome reaches the plasma membrane via a modified endoplasmic reticulum and Rab11-dependent vesicles

Author: Isabel Fernández de Castro Martin, Guillaume Fournier, Martin Sachse, Javier Pizarro-Cerda, Cristina Risco, and Nadia Naffakh
Subjects: Science
Abstract: Transport of neo-synthesized influenza A virus viral ribonucleoproteins (vRNPs) from the nucleus to the plasma membrane involves Rab 11 but the mechanism is unclear. Here the authors show that vRNPs are transported through a modified Rab11-positive endoplasmic reticulum and Rab11-dependent vesicles.
Published: 2017
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9. Influenza virus polymerase subunits co-evolve to ensure proper levels of dimerization of the heterotrimer.

Author: Kuang-Yu Chen, Emmanuel Dos Santos Afonso, Vincent Enouf, Catherine Isel, and Nadia Naffakh
Subjects: Immunologic diseases. Allergy, RC581-607, Biology (General), QH301-705.5
Abstract: The influenza A virus RNA-dependent RNA polymerase complex consists in three subunits, PB2, PB1 and PA, that perform transcription and replication of the viral genome through very distinct mechanisms. Biochemical and structural studies have revealed that the polymerase can adopt multiple conformations and form oligomers. However so far it remained unclear whether the available oligomeric crystal structures represent a functional state of the polymerase. Here we gained new insights into this question, by investigating the incompatibility between non-cognate subunits of influenza polymerase brought together through genetic reassortment. We observed that a 7:1 reassortant virus whose PB2 segment derives from the A/WSN/33 (WSN) virus in an otherwise A/PR/8/34 (PR8) backbone is attenuated, despite a 97% identity between the PR8-PB2 and WSN-PB2 proteins. Independent serial passages led to the selection of phenotypic revertants bearing distinct second-site mutations on PA, PB1 and/or PB2. The constellation of mutations present on one revertant virus was studied extensively using reverse genetics and cell-based reconstitution of the viral polymerase. The PA-E349K mutation appeared to play a major role in correcting the initial defect in replication (cRNA -> vRNA) of the PR8xWSN-PB2 reassortant. Strikingly the PA-E349K mutation, and also the PB2-G74R and PB1-K577G mutations present on other revertants, are located at a dimerization interface of the polymerase. All three restore wild-type-like polymerase activity in a minigenome assay while decreasing the level of polymerase dimerization. Overall, our data show that the polymerase subunits co-evolve to ensure not only optimal inter-subunit interactions within the heterotrimer, but also proper levels of dimerization of the heterotrimer which appears to be essential for efficient viral RNA replication. Our findings point to influenza polymerase dimerization as a feature that is controlled by a complex interplay of genetic determinants, can restrict genetic reassortment, and could become a target for antiviral drug development.
Published: 2019
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10. Detection and Quantification of Influenza Virus Defective Viral Genomes from NGS Datasets Obtained after RT or RT-PCR Product Sequencing

Author: Jeremy Boussier, Sandie Munier, Bernadette Crescenzo-Chaigne, Sylvie Behillil, Vincent Enouf, Sylvie van der Werf, and Nadia Naffakh
Subjects: defective viral genomes, influenza, RNA-seq, General Works
Abstract: Like most RNA viruses, influenza viruses (IAV) generate defective viral genomes (DVGs) during viral replication. Although there is accumulating evidence of a biological impact of DVGs, the molecular mechanisms leading to their production remain to be unveiled. Various next-generation sequencing (NGS) technologies and detection methods can be used to characterize DVGs. Here, we developed a bioinformatics pipeline called DG-seq to quickly identify and quantify DVGs in influenza viral stocks and compared two processing methods for NGS, with or without PCR amplification. To evaluate the performance of the DG-seq pipeline, we used either synthetic in-vitro-transcribed DVGs mixed with the full set of synthetic full-length genomic RNAs, or biological RNA samples extracted in duplicate from three IAV stocks: mutant viruses with a K635A or a R638A mutation in the PA subunit of the polymerase that impairs viral transcription, and their wild-type (WT) counterpart. Viral genomic RNAs were reverse-transcribed and either directly subjected to Illumina sequencing (RT-seq) or PCR-amplified prior to sequencing (RT-PCR-seq). Both methods displayed a good reproducibility between batches, with a lower detection rate but a more accurate quantification of DVGs in RT-seq samples. The PA mutants produced more DVGs than the WT virus, derived mostly from the polymerase gene segments, but also from the NA and HA segments, suggesting that an imbalance between transcription and replication can promote DVG production. Breakpoints occurred near the segment extremities, with no hotspot identified. Interestingly, we observed short direct A/T-rich repeats adjacent to the breakpoint ends at a significantly higher frequency than in the random case. This work provides the first comparison of DVG detection and quantification from NGS data obtained in the presence or absence of PCR amplification and gives novel insight into the mechanisms of influenza virus DVG production.
Published: 2020
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11. Mutations Conferring Increased Sensitivity to Tripartite Motif 22 Restriction Accumulated Progressively in the Nucleoprotein of Seasonal Influenza A (H1N1) Viruses between 1918 and 2009

Author: Isabel Pagani, Andrea Di Pietro, Alexandra Oteiza, Michela Ghitti, Nadir Mechti, Nadia Naffakh, and Elisa Vicenzi
Subjects: influenza A virus, TRIM22, evolution, nucleoprotein, restriction, Microbiology, QR1-502
Abstract: ABSTRACT Influenza A viruses (IAVs) can cause zoonotic infections with pandemic potential when most of the human population is immunologically naive. After a pandemic, IAVs evolve to become seasonal in the human host by acquiring adaptive mutations. We have previously reported that the interferon (IFN)-inducible tripartite motif 22 (TRIM22) protein restricts the replication of seasonal IAVs by direct interaction with the viral nucleoprotein (NP), leading to its polyubiquitination and proteasomal degradation. Here we show that, in contrast to seasonal H1N1 IAVs, the 2009 pandemic H1N1 strain as well as H1N1 strains from the 1930s are resistant to TRIM22 restriction. We demonstrate that arginine-to-lysine substitutions conferring an increased sensitivity to TRIM22-dependent ubiquitination accumulated progressively in the NP of seasonal influenza A (H1N1) viruses between 1918 and 2009. Our findings suggest that during long-term circulation and evolution of IAVs in humans, adaptive mutations are favored at the expense of an increased sensitivity to some components of the innate immune response. IMPORTANCE We have uncovered that long-term circulation of seasonal influenza A viruses (IAV) in the human population resulted in the progressive acquisition of increased sensitivity to a component of the innate immune response: the type I interferon-inducible TRIM22 protein, which acts as a restriction factor by inducing the polyubiquitination of the IAV nucleoprotein (NP). We show that four arginine residues present in the NP of the 1918 H1N1 pandemic strain and early postpandemic strains were progressively substituted for by lysines between 1918 and 2009, rendering NP more susceptible to TRIM22-mediated ubiquitination. Our observations suggest that during long-term evolution of IAVs in humans, variants endowed with increased susceptibility to TRIM22 restriction emerge, highlighting the complexity of selection pressures acting on the NP.
Published: 2018
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12. Comparative Profiling of Ubiquitin Proteasome System Interplay with Influenza A Virus PB2 Polymerase Protein Recapitulating Virus Evolution in Humans

Author: Elise Biquand, Juline Poirson, Marwah Karim, Marion Declercq, Nicolas Malausse, Patricia Cassonnet, Cyril Barbezange, Marie-Laure Straub, Louis Jones, Sandie Munier, Nadia Naffakh, Sylvie van der Werf, Yves Jacob, Murielle Masson, and Caroline Demeret
Subjects: comparative interactomics, influenza viruses, ubiquitination, virus-host interactions, Microbiology, QR1-502
Abstract: ABSTRACT The optimized exploitation of cell resources is one cornerstone of a successful infection. Differential mapping of host-pathogen protein-protein interactions (PPIs) on the basis of comparative interactomics of multiple strains is an effective strategy to highlight correlations between host proteome hijacking and biological or pathogenic traits. Here, we developed an interactomic pipeline to deliver high-confidence comparative maps of PPIs between a given pathogen and the human ubiquitin proteasome system (UPS). This subarray of the human proteome represents a range of essential cellular functions and promiscuous targets for many viruses. The screening pipeline was applied to the influenza A virus (IAV) PB2 polymerase proteins of five strains representing different levels of virulence in humans. An extensive PB2-UPS interplay has been detected that recapitulates the evolution of IAVs in humans. Functional validation with several IAV strains, including the seasonal H1N1pdm09 and H3N2 viruses, confirmed the biological relevance of most identified UPS factors and revealed strain-independent and strain-specific effects of UPS factor invalidation on IAV infection. This strategy is applicable to proteins from any other virus or pathogen, providing a valuable resource with which to explore the UPS-pathogen interplay and its relationship with pathogenicity. IMPORTANCE Influenza A viruses (IAVs) are responsible for mild-to-severe seasonal respiratory illness of public health concern worldwide, and the risk of avian strain outbreaks in humans is a constant threat. Elucidating the requisites of IAV adaptation to humans is thus of prime importance. In this study, we explored how PB2 replication proteins of IAV strains with different levels of virulence in humans hijack a major protein modification pathway of the human host cell, the ubiquitin proteasome system (UPS). We found that the PB2 protein engages in an extended interplay with the UPS that evolved along with the virus’s adaptation to humans. This suggests that UPS hijacking underlies the efficient infection of humans and can be used as an indicator for evaluation of the potential of avian IAVs to infect humans. Several UPS factors were found to be necessary for infection with circulating IAV strains, pointing to potential targets for therapeutic approaches.
Published: 2017
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13. Time-Resolved Visualisation of Nearly-Native Influenza A Virus Progeny Ribonucleoproteins and Their Individual Components in Live Infected Cells.

Author: Sergiy Avilov, Julie Magnus, Stephen Cusack, and Nadia Naffakh
Subjects: Medicine, Science
Abstract: Influenza viruses are a global health concern because of the permanent threat of novel emerging strains potentially capable of causing pandemics. Viral ribonucleoproteins (vRNPs) containing genomic RNA segments, nucleoprotein oligomers, and the viral polymerase, play a central role in the viral replication cycle. Our knowledge about critical events such as vRNP assembly and interactions with other viral and cellular proteins is poor and could be substantially improved by time lapse imaging of the infected cells. However, such studies are limited by the difficulty to achieve live-cell compatible labeling of active vRNPs. Previously we designed the first unimpaired recombinant influenza WSN-PB2-GFP11 virus allowing fluorescent labeling of the PB2 subunit of the viral polymerase (Avilov et al., J.Virol. 2012). Here, we simultaneously labeled the viral PB2 protein using the above-mentioned strategy, and virus-encoded progeny RNPs through spontaneous incorporation of transiently expressed NP-mCherry fusion proteins during RNP assembly in live infected cells. This dual labeling enabled us to visualize progeny vRNPs throughout the infection cycle and to characterize independently the mobility, oligomerization status and interactions of vRNP components in the nuclei of live infected cells.
Published: 2016
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14. Recruitment of RED-SMU1 complex by Influenza A Virus RNA polymerase to control Viral mRNA splicing.

Author: Guillaume Fournier, Chiayn Chiang, Sandie Munier, Andru Tomoiu, Caroline Demeret, Pierre-Olivier Vidalain, Yves Jacob, and Nadia Naffakh
Subjects: Immunologic diseases. Allergy, RC581-607, Biology (General), QH301-705.5
Abstract: Influenza A viruses are major pathogens in humans and in animals, whose genome consists of eight single-stranded RNA segments of negative polarity. Viral mRNAs are synthesized by the viral RNA-dependent RNA polymerase in the nucleus of infected cells, in close association with the cellular transcriptional machinery. Two proteins essential for viral multiplication, the exportin NS2/NEP and the ion channel protein M2, are produced by splicing of the NS1 and M1 mRNAs, respectively. Here we identify two human spliceosomal factors, RED and SMU1, that control the expression of NS2/NEP and are required for efficient viral multiplication. We provide several lines of evidence that in infected cells, the hetero-trimeric viral polymerase recruits a complex formed by RED and SMU1 through interaction with its PB2 and PB1 subunits. We demonstrate that the splicing of the NS1 viral mRNA is specifically affected in cells depleted of RED or SMU1, leading to a decreased production of the spliced mRNA species NS2, and to a reduced NS2/NS1 protein ratio. In agreement with the exportin function of NS2, these defects impair the transport of newly synthesized viral ribonucleoproteins from the nucleus to the cytoplasm, and strongly reduce the production of infectious influenza virions. Overall, our results unravel a new mechanism of viral subversion of the cellular splicing machinery, by establishing that the human splicing factors RED and SMU1 act jointly as key regulators of influenza virus gene expression. In addition, our data point to a central role of the viral RNA polymerase in coupling transcription and alternative splicing of the viral mRNAs.
Published: 2014
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15. Productive infection of human skeletal muscle cells by pandemic and seasonal influenza A(H1N1) viruses.

Author: Marion Desdouits, Sandie Munier, Marie-Christine Prevost, Patricia Jeannin, Gillian Butler-Browne, Simona Ozden, Antoine Gessain, Sylvie Van Der Werf, Nadia Naffakh, and Pierre-Emmanuel Ceccaldi
Subjects: Medicine, Science
Abstract: Besides the classical respiratory and systemic symptoms, unusual complications of influenza A infection in humans involve the skeletal muscles. Numerous cases of acute myopathy and/or rhabdomyolysis have been reported, particularly following the outbreak of pandemic influenza A(H1N1) in 2009. The pathogenesis of these influenza-associated myopathies (IAM) remains unkown, although the direct infection of muscle cells is suspected. Here, we studied the susceptibility of cultured human primary muscle cells to a 2009 pandemic and a 2008 seasonal influenza A(H1N1) isolate. Using cells from different donors, we found that differentiated muscle cells (i. e. myotubes) were highly susceptible to infection by both influenza A(H1N1) isolates, whereas undifferentiated cells (i. e. myoblasts) were partially resistant. The receptors for influenza viruses, α2-6 and α2-3 linked sialic acids, were detected on the surface of myotubes and myoblasts. Time line of viral nucleoprotein (NP) expression and nuclear export showed that the first steps of the viral replication cycle could take place in muscle cells. Infected myotubes and myoblasts exhibited budding virions and nuclear inclusions as observed by transmission electron microscopy and correlative light and electron microscopy. Myotubes, but not myoblasts, yielded infectious virus progeny that could further infect naive muscle cells after proteolytic treatment. Infection led to a cytopathic effect with the lysis of muscle cells, as characterized by the release of lactate dehydrogenase. The secretion of proinflammatory cytokines by muscle cells was not affected following infection. Our results are compatible with the hypothesis of a direct muscle infection causing rhabdomyolysis in IAM patients.
Published: 2013
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16. Experimental Approaches to Study Genome Packaging of Influenza A Viruses

Author: Catherine Isel, Sandie Munier, and Nadia Naffakh
Subjects: influenza virus, packaging signal, packaging assay, single-molecule FISH, RNA-RNA interaction, competitive reverse genetics, Microbiology, QR1-502
Abstract: The genome of influenza A viruses (IAV) consists of eight single-stranded negative sense viral RNAs (vRNAs) encapsidated into viral ribonucleoproteins (vRNPs). It is now well established that genome packaging (i.e., the incorporation of a set of eight distinct vRNPs into budding viral particles), follows a specific pathway guided by segment-specific cis-acting packaging signals on each vRNA. However, the precise nature and function of the packaging signals, and the mechanisms underlying the assembly of vRNPs into sub-bundles in the cytoplasm and their selective packaging at the viral budding site, remain largely unknown. Here, we review the diverse and complementary methods currently being used to elucidate these aspects of the viral cycle. They range from conventional and competitive reverse genetics, single molecule imaging of vRNPs by fluorescence in situ hybridization (FISH) and high-resolution electron microscopy and tomography of budding viral particles, to solely in vitro approaches to investigate vRNA-vRNA interactions at the molecular level.
Published: 2016
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17. Influenza virus ribonucleoprotein complexes gain preferential access to cellular export machinery through chromatin targeting.

Author: Geoffrey P Chase, Marie-Anne Rameix-Welti, Aurelija Zvirbliene, Gintautas Zvirblis, Veronika Götz, Thorsten Wolff, Nadia Naffakh, and Martin Schwemmle
Subjects: Immunologic diseases. Allergy, RC581-607, Biology (General), QH301-705.5
Abstract: In contrast to most RNA viruses, influenza viruses replicate their genome in the nucleus of infected cells. As a result, newly-synthesized vRNA genomes, in the form of viral ribonucleoprotein complexes (vRNPs), must be exported to the cytoplasm for productive infection. To characterize the composition of vRNP export complexes and their interplay with the nucleus of infected cells, we affinity-purified tagged vRNPs from biochemically fractionated infected nuclei. After treatment of infected cells with leptomycin B, a potent inhibitor of Crm1-mediated export, we isolated vRNP export complexes which, unexpectedly, were tethered to the host-cell chromatin with very high affinity. At late time points of infection, the cellular export receptor Crm1 also accumulated at the same regions of the chromatin as vRNPs, which led to a decrease in the export of other nuclear Crm1 substrates from the nucleus. Interestingly, chromatin targeting of vRNP export complexes brought them into association with Rcc1, the Ran guanine exchange factor responsible for generating RanGTP and driving Crm1-dependent nuclear export. Thus, influenza viruses gain preferential access to newly-generated host cell export machinery by targeting vRNP export complexes at the sites of Ran regeneration.
Published: 2011
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18. Influenza virus infection induces the nuclear relocalization of the Hsp90 co-chaperone p23 and inhibits the glucocorticoid receptor response.

Author: Xingyi Ge, Marie-Anne Rameix-Welti, Elyanne Gault, Geoffrey Chase, Emmanuel dos Santos Afonso, Didier Picard, Martin Schwemmle, and Nadia Naffakh
Subjects: Medicine, Science
Abstract: The genomic RNAs of influenza A viruses are associated with the viral polymerase subunits (PB1, PB2, PA) and nucleoprotein (NP), forming ribonucleoprotein complexes (RNPs). Transcription/replication of the viral genome occurs in the nucleus of infected cells. A role for Hsp90 in nuclear import and assembly of newly synthetized RNA-polymerase subunits has been proposed. Here we report that the p23 cochaperone of Hsp90, which plays a major role in glucocorticoid receptor folding and function, associates with influenza virus polymerase. We show that p23 is not essential for viral multiplication in cultured cells but relocalizes to the nucleus in influenza virus-infected cells, which may alter some functions of p23 and Hsp90. Moreover, we show that influenza virus infection inhibits glucocorticoid receptor-mediated gene transactivation, and that this negative effect can occur through a p23-independent pathway. Viral-induced inhibition of the glucocorticoid receptor response might be of significant importance regarding the physiopathology of influenza infections in vivo.
Published: 2011
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19. Enhancement of the influenza A hemagglutinin (HA)-mediated cell-cell fusion and virus entry by the viral neuraminidase (NA).

Author: Bin Su, Sébastien Wurtzer, Marie-Anne Rameix-Welti, Dominic Dwyer, Sylvie van der Werf, Nadia Naffakh, François Clavel, and Béatrice Labrosse
Subjects: Medicine, Science
Abstract: BACKGROUND:The major role of the neuraminidase (NA) protein of influenza A virus is related to its sialidase activity, which disrupts the interaction between the envelope hemagglutinin (HA) protein and the sialic acid receptors expressed at the surface of infected cells. This enzymatic activity is known to promote the release and spread of progeny viral particles following their production by infected cells, but a potential role of NA in earlier steps of the viral life cycle has never been clearly demonstrated. In this study we have examined the impact of NA expression on influenza HA-mediated viral membrane fusion and virion infectivity. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS:The role of NA in the early stages of influenza virus replication was examined using a cell-cell fusion assay that mimics HA-mediated membrane fusion, and a virion infectivity assay using HIV-based pseudoparticles expressing influenza HA and/or NA proteins. In the cell-cell fusion assay, which bypasses the endocytocytosis step that is characteristic of influenza virus entry, we found that in proper HA maturation conditions, NA clearly enhanced fusion in a dose-dependent manner. Similarly, expression of NA at the surface of pseudoparticles significantly enhanced virion infectivity. Further experiments using exogenous soluble NA revealed that the most likely mechanism for enhancement of fusion and infectivity by NA was related to desialylation of virion-expressed HA. CONCLUSION/SIGNIFICANCE:The NA protein of influenza A virus is not only required for virion release and spread but also plays a critical role in virion infectivity and HA-mediated membrane fusion.
Published: 2009
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20. A polarized cell system amenable to subcellular resolution imaging of influenza virus infection

Author: Jean-Baptiste, Brault, primary, Catherine, Thouvenot, additional, Magda, Cannata Serio, additional, Sylvain, Paisant, additional, Julien, Fernandes, additional, David, Gény, additional, Lydia, Danglot, additional, Adeline, Mallet, additional, and Nadia, Naffakh, additional
Published: 2023
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21. Design and synthesis of naturally-inspired SARS-CoV-2 inhibitors

Author: Haitham Hassan, Jeanne Chiavaralli, Afnan Hassan, Loay Bedda, Tim Krischuns, Kuang-Yu Chen, Alice Shi Ming Li, Adrien Delpal, Etienne Decroly, Masoud Vedadi, Nadia Naffakh, Fabrice Agou, Sergio Mallart, Reem K. Arafa, Paola B. Arimondo, Chimie biologique épigénétique - Epigenetic Chemical Biology (EpiCBio), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Criblage chémogénomique et biologique (Plateforme) - Chemogenomic and Biological Screening Platform (PF-CCB), Zewail City of Science and Technology, Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus (CNRS-UMR3569), University of Toronto, Aix Marseille Université (AMU), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Fondation de France grant Programme Féderateur de Recherche sur SARS-CoV2 & COVID-19 PRF7 SARS-CoV2 drugpipeline project (to PBA). Vedadi's lab is funded by the US NIH 1U19AI171110-01.The 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign of Institut Pasteur and by the Agence Nationale de la Recherche (grants ANR-18-CE18-0026, ANR-18-CE18-0028 and ANR-10-LABX-62-IBEID), The authors thank Dr Benjamin BARDIAUX, Structural Bioinformatics Laboratory, Institute Pasteur, for constructive proofreading of the in silico studies part. The authors thank the Institut Pasteur and Fondation de France grants for the installation and the Drug pipeline against SARS-CoV-2 project. Sylvain Paisant and Marine Ghazarian are acknowledged for providing technical help for the Mpro cell-based assay., ANR-18-CE18-0026,microFLU-REASSORT,Analyse à haut-débit du réassortiment entre virus influenza A par microfluidique et séquençage du génome ARN de virus uniques - application à l'analyse du risque pandémique et à l'optimisation des virus candidats vaccins(2018), and ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)
Subjects: Pharmacology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Organic Chemistry, Drug Discovery, Pharmaceutical Science, Molecular Medicine, Biochemistry
Abstract: International audience; A naturally inspired chemical library of 25 molecules was synthesised guided by 3-D dimensionality and natural product likeness proved to have antiviral activity against SARS-CoV-2.
Published: 2023

22. The RBPome of influenza A virus mRNA reveals a role for TDP-43 in viral replication

Author: Maud Dupont, Tim Krischuns, Quentin Giai-Gianetto, Sylvain Paisant, Stefano Bonazza, Jean-Baptiste Brault, Thibaut Douché, Joel I Perez-Perri, Matthias W Hentze, Stephen Cusack, Mariette Matondo, Catherine Isel, David G Courtney, Nadia Naffakh, Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Plateforme de Protéomique / Proteomics platform, Université Paris Cité (UPCité)-Spectrométrie de Masse pour la Biologie – Mass Spectrometry for Biology (UTechS MSBio), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Wellcome-Wolfson Institute for Experimental Medicine, Queen's University [Belfast] (QUB), European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg] (EMBL), European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL), This work was funded by the Agence Nationale de la Recherche [ANR-18-CE18-0028 to SC and NN, ANR-10-LABX-62IBEID to MM and NN, ANR-21-CE35-0007 to MM], the Marie-Skłodowska Curie Global Fellowship [MSCA-IF-GF:747810 to DGC], and the European Research Council Fellowship [PTFLU 949506 to DGC and SB]. Funding for open access charges [Agence Nationale de la Recherche/ANR-10-LABX-62IBEID], We would like to thank Dr. Feng Zhang (Broad Institute, Cambridge, USA), Dr. Mikhael Matrosovich (Philipps Universität, Marburg, Germany), Dr. Pierre-Olivier Vidalain (CIRI, Lyon), Dr. Daniel Marc (INRAE, Nouzilly, France), Dr. Caroline Demeret, Dr. Sandie Munier and the National Reference Center for Respiratory Viruses (all at Institut Pasteur, Paris, France) and for sharing reagents used in this work. We would like to thank Yves Jacob, Anastasia Komarova and Valérie Najburg (Institut Pasteur, Paris, France) for helpful discussions. Some figures were created with BioRender.com, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), and ANR-21-CE35-0007,PureMagRupture,Un flux de travail de la gMEP (Genetic magnetic-extraction-proteomics) pour comprendre le lien entre la rupture vacuolaire de Shigella et l'autophagie(2021)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Recent technical advances have significantly improved our understanding of the RNA-binding protein (RBP) repertoire present within eukaryotic cells, with a particular focus on the RBPs that interact with cellular polyadenylated mRNAs. However, recent studies utilising the same technologies have begun to tease apart the RBP interactome of viral mRNAs, notably SARS-CoV-2, revealing both similarities and differences between the RBP profiles of viral and cellular mRNAs. Herein, we comprehensively identified the RBPs that associate with the NP mRNA of an influenza A virus. Moreover, we provide evidence that the viral polymerase is essential for the recruitment of RPBs to viral mRNAs through direct polymerase-RBP interactions during transcription. We show that loss of TDP-43, which associates with the viral mRNAs, results in lower levels of viral mRNAs within infected cells, and a decreased yield of infectious viral particles. Overall, our results uncover an important role for TDP-43 in the influenza A virus replication cycle via a direct interaction with viral mRNAs, and point to a role of the viral polymerase in orchestrating the assembly of viral mRNPs.
Published: 2023

23. A community effort to discover small molecule SARS-CoV-2 inhibitors

Author: Johannes Schimunek, Philipp Seidl, Katarina Elez, Tim Hempel, Tuan Le, Frank Noé, Simon Olsson, Lluís Raich, Robin Winter, Hatice Gokcan, Filipp Gusev, Evgeny M. Gutkin, Olexandr Isayev, Maria G. Kurnikova, Chamali H. Narangoda, Roman Zubatyuk, Ivan P. Bosko, Konstantin V. Furs, Anna D. Karpenko, Yury V. Kornoushenko, Mikita Shuldau, Artsemi Yushkevich, Mohammed B. Benabderrahmane, Patrick Bousquet-Melou, Ronan Bureau, Beatrice Charton, Bertrand C. Cirou, Gérard Gil, William J. Allen, Suman Sirimulla, Stanley Watowich, Nick A. Antonopoulos, Nikolaos E. Epitropakis, Agamemnon K. Krasoulis, Vassilis P. Pitsikalis, Stavros T. Theodorakis, Igor Kozlovskii, Anton Maliutin, Alexander Medvedev, Petr Popov, Mark Zaretckii, Hamid Eghbal-zadeh, Christina Halmich, Sepp Hochreiter, Andreas Mayr, Peter Ruch, Michael Widrich, Francois Berenger, Ashutosh Kumar, Yoshihiro Yamanishi, Kam Y.J. Zhang, Emmanuel Bengio, Yoshua Bengio, Moksh J. Jain, Maksym Korablyov, Cheng-Hao Liu, Gilles Marcou, Enrico Glaab, Kelly Barnsley, Suhasini M. Iyengar, Mary Jo Ondrechen, V. Joachim Haupt, Florian Kaiser, Michael Schroeder, Luisa Pugliese, Simone Albani, Christina Athanasiou, Andrea Beccari, Paolo Carloni, Giulia D'Arrigo, Eleonora Gianquinto, Jonas Goßen, Anton Hanke, Benjamin P. Joseph, Daria B. Kokh, Sandra Kovachka, Candida Manelfi, Goutam Mukherjee, Abraham Muñiz-Chicharro, Francesco Musiani, Ariane Nunes-Alves, Giulia Paiardi, Giulia Rossetti, S. Kashif Sadiq, Francesca Spyrakis, Carmine Talarico, Alexandros Tsengenes, Rebecca C. Wade, Conner Copeland, Jeremiah Gaiser, Daniel R. Olson, Amitava Roy, Vishwesh Venkatraman, Travis J. Wheeler, Haribabu Arthanari, Klara Blaschitz, Marco Cespugli, Vedat Durmaz, Konstantin Fackeldey, Patrick D. Fischer, Christoph Gorgulla, Christian Gruber, Karl Gruber, Michael Hetmann, Jamie E. Kinney, Krishna M. Padmanabha Das, Shreya Pandita, Amit Singh, Georg Steinkellner, Guilhem Tesseyre, Gerhard Wagner, Zi-Fu Wang, Ryan J. Yust, Dmitry S. Druzhilovskiy, Dmitry A. Filimonov, Pavel V. Pogodin, Vladimir Poroikov, Anastassia V. Rudik, Leonid A. Stolbov, Alexander V. Veselovsky, Maria De Rosa, Giada De Simone, Maria R. Gulotta, Jessica Lombino, Nedra Mekni, Ugo Perricone, Arturo Casini, Amanda Embree, D. Benjamin Gordon, David Lei, Katelin Pratt, Christopher A. Voigt, Kuang-Yu Chen, Yves Jacob, Tim Krischuns, Pierre Lafaye, Agnès Zettor, M. Luis Rodríguez, Kris M. White, Daren Fearon, Frank Von Delft, Martin A. Walsh, Dragos Horvath, Charles L. Brooks III, Babak Falsafi, Bryan Ford, Adolfo García-Sastre, Sang Yup Lee, Nadia Naffakh, Alexandre Varnek, Günter Klambauer, and Thomas M. Hermans
Abstract: The COVID-19 pandemic continues to pose a substantial threat to human lives and is likely to do so for years to come. Despite the availability of vaccines, searching for efficient small-molecule drugs that are widely available, including in low- and middle-income countries, is an ongoing challenge. In this work, we report the results of a community effort, the “Billion molecules against Covid-19 challenge”, to identify small-molecule inhibitors against SARS-CoV-2 or relevant human receptors. Participating teams used a wide variety of computational methods to screen a minimum of 1 billion virtual molecules against 6 protein targets. Overall, 31 teams participated, and they suggested a total of 639,024 potentially active molecules, which were subsequently ranked to find ‘consensus compounds’. The organizing team coordinated with various contract research organizations (CROs) and collaborating institutions to synthesize and test 878 compounds for activity against proteases (Nsp5, Nsp3, TMPRSS2), nucleocapsid N, RdRP (Nsp12 domain), and (alpha) spike protein S. Overall, 27 potential inhibitors were experimentally confirmed by binding-, cleavage-, and/or viral suppression assays and are presented here. All results are freely available and can be taken further downstream without IP restrictions. Overall, we show the effectiveness of computational techniques, community efforts, and communication across research fields (i.e., protein expression and crystallography, in silico modeling, synthesis and biological assays) to accelerate the early phases of drug discovery.
Published: 2023

24. High-throughput droplet-based analysis of influenza A virus genetic reassortment by single-virus RNA sequencing

Author: Kuang-Yu Chen, Jayaprakash Karuppusamy, Mary B. O’Neill, Vaitea Opuu, Mathieu Bahin, Sophie Foulon, Pablo Ibanez, Lluis Quintana-Murci, Tatsuhiko Ozawa, Sylvie van der Werf, Philippe Nghe, Nadia Naffakh, Andrew Griffiths, Catherine Isel, Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Chimie-Biologie-Innovation (UMR 8231) (CBI), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Mathematics in the Sciences (MPI-MiS), Max-Planck-Gesellschaft, Institut de biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), University of Toyama, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae [Paris] (CNR - laboratoire coordonnateur), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), This work is supported by grants from the Agence Nationale de la Recherche (ANR 18 CE18 0026 01 FLU_REASSORT, ANR-10-LABX-62-IBEID, ANR-10-IDEX-0001-02 PSL, ANR-10-LABX-31 Institut Pierre-Gilles de Gennes). We also thank the Hospices de Nuits-Saint-Georges for their financial support., We are grateful to Drs. R. Marquet and P. Dumas (Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Strasbourg), Dr. G. Simon (ANSES, Ploufragan, France) for insightful discussions. We thank the Genotyping and sequencing core facility at the Institut du Cerveau-ICM (Paris, France) and the Biomics Platform at the Institut Pasteur (Paris, France) for Next Generation Sequencing and S. Behillil and V. Enouf (National Reference Center for Respiratory Viruses, Institut Pasteur, Paris, France) for providing the virus samples used in this study., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-LABX-0031,IPGG_LABEX,Pierre-Gilles de Gennes Institute for microfluidics(2010), and ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010)
Subjects: single-cell RNA-seq, droplet microfluidics, genetic reassortment, Multidisciplinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], direct coupling analysis, influenza
Abstract: International audience; The segmented RNA genome of influenza A viruses (IAVs) enables viral evolution through genetic reassortment after multiple IAVs coinfect the same cell, leading to viruses harboring combinations of eight genomic segments from distinct parental viruses. Existing data indicate that reassortant genotypes are not equiprobable; however, the low throughput of available virology techniques does not allow quantitative analysis. Here, we have developed a high-throughput single-cell droplet microfluidic system allowing encapsulation of IAV-infected cells, each cell being infected by a single progeny virion resulting from a coinfection process. Customized barcoded primers for targeted viral RNA sequencing enabled the analysis of 18,422 viral genotypes resulting from coinfection with two circulating human H1N1pdm09 and H3N2 IAVs. Results were highly reproducible, confirmed that genetic reassortment is far from random, and allowed accurate quantification of reassortants including rare events. In total, 159 out of the 254 possible reassortant genotypes were observed but with widely varied prevalence (from 0.038 to 8.45%). In cells where eight segments were detected, all 112 possible pairwise combinations of segments were observed. The inclusion of data from single cells where less than eight segments were detected allowed analysis of pairwise cosegregation between segments with very high confidence. Direct coupling analysis accurately predicted the fraction of pairwise segments and full genotypes. Overall, our results indicate that a large proportion of reassortant genotypes can emerge upon coinfection and be detected over a wide range of frequencies, highlighting the power of our tool for systematic and exhaustive monitoring of the reassortment potential of IAVs.
Published: 2023

25. The metabolite succinate inhibits influenza virus replication through succinylation and nuclear retention of the viral nucleoprotein

Author: Adeline Cezard, Antoine Guillon, Deborah Bréa-Diakite, Alan Wacquiez, Thomas Baranek, Jérôme Bourgeais, Frédéric Picou, Virginie Vasseur, Léa Meyer, Adrien Auvet, José M Carballido, Lydie Nadal Desbarats, Florent Dingli, Andrei Turtoi, Audrey Le Gouellec, Florence Fauvelle, Amélie Donchet, Thibaut Crépin, Pieter S. Hiemstra, Christophe Paget, Damarys Loew, Olivier Hérault, Nadia Naffakh, Ronan Le Goffic, and Mustapha Si-Tahar
Published: 2022

26. La dimérisation, une nouvelle propriété de l’ARN polymérase des virus influenza

Author: Kuang-Yu Chen, Catherine Isel, Nadia Naffakh, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: 0303 health sciences, 03 medical and health sciences, 030306 microbiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], General Medicine, Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 030304 developmental biology, 3. Good health
Abstract: International audience; No abstract available
Published: 2020

27. Host succinate inhibits influenza virus infection through succinylation and nuclear retention of the viral nucleoprotein

Author: Antoine Guillon, Deborah Brea‐Diakite, Adeline Cezard, Alan Wacquiez, Thomas Baranek, Jérôme Bourgeais, Frédéric Picou, Virginie Vasseur, Léa Meyer, Christophe Chevalier, Adrien Auvet, José M Carballido, Lydie Nadal Desbarats, Florent Dingli, Andrei Turtoi, Audrey Le Gouellec, Florence Fauvelle, Amélie Donchet, Thibaut Crépin, Pieter S Hiemstra, Christophe Paget, Damarys Loew, Olivier Herault, Nadia Naffakh, Ronan Le Goffic, Mustapha Si‐Tahar, Lassailly-Bondaz, Anne, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée - - FRISBI2010 - ANR-10-INBS-0005 - INBS - VALID, CBH-EUR-GS - - CBH-EUR-GS2017 - ANR-17-EURE-0003 - EURE - VALID, Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 (CEPR), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Université de Tours (UT), ERL 7001 LNOx (Leukemic Niche & redOx metabolism / Niche leucémique et métabolisme redOx) (LNOx), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Microenvironnement des niches tumorales (CNRS GDR 3697 Micronit ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Groupe innovation et ciblage cellulaire (GICC), EA 7501 [2018-...] (GICC EA 7501), Université de Tours (UT)-Université de Tours (UT), Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Novartis Institutes for BioMedical Research (NIBR), Imagerie et cerveau (iBrain - Inserm U1253 - UNIV Tours ), Institut Curie [Paris], Laboratoire de Spectrométrie de Masse Protéomique, Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Institut du Cancer de Montpellier (ICM), Translational microbial Evolution and Engineering (TIMC-TrEE), Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 (TIMC ), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), IRMaGe (IRMaGe), CHU Grenoble-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), [GIN] Grenoble Institut des Neurosciences (GIN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), Leiden University Medical Center (LUMC), Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This work was partially supported by the following grants: Inserm, Université of Tours, Région Centre-Val de Loire FLU-MET#2018-00124196, VLM#RF2018052289 (to M.S.-T.), FEDER Euro-FERI (to M.S.-T. and C.P.), Studium research fellowship (to P.S.H. and M.S.-T.), French research network on influenza viruses (ResaFlu, GDR2073) financed by CNRS (to M.S.-T, R.L.G, N.N., T.C., C.C.), SIRIC Montpellier Cancer Grant INCa_Inserm_DGOS_12553 (to A.T.), LabEx IBEID Grant No. 10-LABX-0062 (to N.N.), Ph.D. fellowship from INRAe – Department of animal health (to L.M.). This work used the platforms of the Grenoble Instruct-ERIC center (ISBG, UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) within the Grenoble Partnership for Structural Biology (PSB), supported by FRISBI (ANR-10-INBS-05-02) and GRAL, financed by the University Grenoble Alpes – Ecoles Universitaires de Recherche CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Universiteit Leiden, and Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus (CNRS-UMR3569)
Subjects: [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, General Immunology and Microbiology, General Neuroscience, Influenza A Virus, H3N2 Subtype, viruses, Succinic Acid, Pneumonia, virus, Nucleocapsid Proteins, Virus Replication, Antiviral Agents, antiviral, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Mice, Influenza A Virus, H1N1 Subtype, Nucleoproteins, Orthomyxoviridae Infections, Influenza, Human, Animals, Humans, influenza, signaling, Molecular Biology, metabokine, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Influenza virus infection causes considerable morbidity and mortality, but current therapies have limited efficacy. We hypothesized that investigating the metabolic signaling during infection may help to design innovative antiviral approaches. Using bronchoalveolar lavages of infected mice, we here demonstrate that influenza virus induces a major reprogramming of lung metabolism. We focused on mitochondria-derived succinate that accumulated both in the respiratory fluids of virus-challenged mice and of patients with influenza pneumonia. Notably, succinate displays a potent antiviral activity in vitro as it inhibits the multiplication of influenza A/H1N1 and A/H3N2 strains and strongly decreases virus-triggered metabolic perturbations and inflammatory responses. Moreover, mice receiving succinate intranasally showed reduced viral loads in lungs and increased survival compared to control animals. The antiviral mechanism involves a succinate-dependent posttranslational modification, that is, succinylation, of the viral nucleoprotein at the highly conserved K87 residue. Succinylation of viral nucleoprotein altered its electrostatic interactions with viral RNA and further impaired the trafficking of viral ribonucleoprotein complexes. The finding that succinate efficiently disrupts the influenza replication cycle opens up new avenues for improved treatment of influenza pneumonia.
Published: 2022

28. Influenza Virus RNA-Dependent RNA Polymerase and the Host Transcriptional Apparatus

Author: Maria Lukarska, Stephen Cusack, Nadia Naffakh, Tim Krischuns, Biologie des ARN et virus influenza - RNA Biology of Influenza Virus, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), European Molecular Biology Laboratory [Grenoble] (EMBL), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-18-CE11-0028,FluTranscript,Mécanisme moléculaire de transcription par la polymérase du virus de la grippe(2018)
Subjects: Transcription, Genetic, RNA polymerase II, Context (language use), Biochemistry, Genome, Virus, promoter-proximal pausing, Cap snatching, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Viral Proteins, RNA polymerase, medicine, Humans, nuclear cap-binding complex, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Host (biology), 030302 biochemistry & molecular biology, cap-snatching, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, influenza polymerase, Orthomyxoviridae, RNA-Dependent RNA Polymerase, 3. Good health, Cell biology, RNAP II, medicine.anatomical_structure, chemistry, RNA Cap-Binding Proteins, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Host-Pathogen Interactions, biology.protein, RNA Polymerase II, transcription, Nucleus
Abstract: International audience; Influenza virus RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) transcribes the viral RNA genome in the infected cell nucleus. In the 1970s, researchers showed that viral transcription depends on host RNA polymerase II (RNAP II) activity and subsequently that FluPol snatches capped oligomers from nascent RNAP II transcripts to prime its own transcription. Exactly how this occurs remains elusive. Here, we review recent advances in the mechanistic understanding of FluPol transcription and early events in RNAP II transcription that are relevant to cap-snatching. We describe the known direct interactions between FluPol and the RNAP II C-terminal domain and summarize the transcription-related host factors that have been found to interact with FluPol. We also discuss open questions regarding how FluPol may be targeted to actively transcribing RNAP II and the exact context and timing of cap-snatching, which is presumed to occur after cap completion but before the cap is sequestered by the nuclear cap-binding complex.
Published: 2021

29. Heterogeneity of monocyte subsets and susceptibility to influenza virus contribute to inter-population variability of protective immunity

Author: Qian Zhang, Aurélie Bisiaux, Valentina Libri, Hélène Quach, Shen-Ying Zhang, Julien Pothlichet, Nadia Naffakh, Daniela Matuozzo, Laurent Abel, Milena Hasan, Yann Aquino, Nora Zidane, Mary B. O’Neill, Matthieu Deschamps, Jean-Laurent Casanova, Aurélie Cobat, Maxime Rotival, and Lluis Quintana-Murci
Subjects: Innate immune system, Monocyte, Antigen presentation, CD16, Biology, medicine.disease_cause, Virus, medicine.anatomical_structure, Interferon, Immunology, medicine, Influenza A virus, Tumor necrosis factor alpha, medicine.drug
Abstract: There is considerable inter-individual and inter-population variability in response to viruses. The potential of monocytes to elicit type-I interferon responses has attracted attention to their role in viral infections. Here, we use an ex vivo model to characterize the role of cellular heterogeneity in human variation of monocyte responses to influenza A virus (IAV) exposure. Using single-cell RNA-sequencing, we show widespread inter-individual variability in the percentage of IAV-infected monocytes. We show that cells escaping viral infection display increased mRNA expression of type-I interferon stimulated genes and decreased expression of ribosomal genes, relative to both infected cells and those never exposed to IAV. While this host defense strategy is shared between CD16+/CD16- monocytes, we also uncover CD16+-specific mRNA expression of IL6 and TNF in response to IAV, and a stronger resistance of CD16+ monocytes to IAV infection. Notably, individuals with high cellular susceptibility to IAV are characterized by a lower activation at basal state of an IRF/STAT-induced transcriptional network, which includes antiviral genes such as IFITM3, MX1, and OAS3. Finally, using flow cytometry and bulk RNA-sequencing across 200 individuals of African and European ancestry, we observe a higher number of CD16+ monocytes and lower susceptibility to IAV infection among monocytes from individuals of African-descent. Collectively, our results reveal the effects of IAV infection on the transcriptional landscape of human monocytes and highlight previously unappreciated differences in cellular susceptibility to IAV infection between individuals of African and European ancestry, which may account for the greater susceptibility of Africans to severe influenza.Significance StatementMonocytes may play a critical role during severe viral infections. Our study tackles how heterogeneity in monocyte subsets and activation contributes to shape individual differences in the transcriptional response to viral infections. Using single-cell RNA-sequencing, we reveal heterogeneity in monocyte susceptibility to IAV infection, both between CD16+/CD16- monocytes and across individuals, driven by differences in basal activation of an IRF/STAT-induced antiviral program. Furthermore, we show a decreased ability of IAV to infect and replicate in monocytes from African-ancestry individuals, with possible implications for antigen presentation and lymphocyte activation. These results highlight the importance of early cellular activation in determining an individuals’ innate immune response to viral infection.
Published: 2020

30. Influenza virus infection induces widespread alterations of host cell splicing

Author: U. Ashraf, Sandie Munier, Vincent Navratil, Vincent Lacroix, Guillaume Fournier, Nadia Naffakh, Clara Benoit-Pilven, Odile Sismeiro, Cécile Ligneau, Jean-Yves Coppée, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris]-Université de Paris (UP), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle Rhône-Alpin de BioInformatique [Lyon] (PRABI), Université de Lyon-Université de Lyon, European Virus Bioinformatics Center [Jena], Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Transcriptome et Epigénome (PF2), Institut Pasteur [Paris], French National Research Agency [ANR-16-CE23-0001 to V.L.], LabEx IBEID [10-LABX-0062 to N.N.], Horizon 2020—Research and Innovation Framework Programme [665807 to U.A. as a participant in the Pasteur-Paris University International PhD Program], Institut Carnot Pasteur Microbes & Santé [to U.A. as a participant in the Pasteur-Paris University International PhD Program], ANR-16-CE23-0001,ASTER,Algorithmes et outils logiciels pour le séquençage d'ARN de troisième génération(2016), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 665807,H2020,H2020-MSCA-COFUND-2014,PASTEURDOC(2015), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Lacroix, Vincent, Algorithmes et outils logiciels pour le séquençage d'ARN de troisième génération - - ASTER2016 - ANR-16-CE23-0001 - AAPG2016 - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Institut Pasteur International Docotal Program - PASTEURDOC - - H20202015-10-01 - 2020-10-01 - 665807 - VALID, Genomics of Sex Differences, and Institute for Molecular Medicine Finland
Subjects: AcademicSubjects/SCI01140, AcademicSubjects/SCI01060, AcademicSubjects/SCI00030, Standard Article, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], Biology, AcademicSubjects/SCI01180, Virus, 03 medical and health sciences, Exon, 0302 clinical medicine, Structural Biology, Interferon, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Gene expression, 111 Mathematics, Genetics, medicine, [SDV.BC.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], TRANSCRIPTION, Molecular Biology, 030304 developmental biology, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 0303 health sciences, Messenger RNA, Applied Mathematics, Alternative splicing, 1184 Genetics, developmental biology, physiology, Intron, 3. Good health, Computer Science Applications, Cell biology, RNA splicing, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], AcademicSubjects/SCI00980, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], 030217 neurology & neurosurgery, medicine.drug
Abstract: Influenza A viruses (IAVs) use diverse mechanisms to interfere with cellular gene expression. Although many RNA-seq studies have documented IAV-induced changes in host mRNA abundance, few were designed to allow an accurate quantification of changes in host mRNA splicing. Here, we show that IAV infection of human lung cells induces widespread alterations of cellular splicing, with an overall increase in exon inclusion and decrease in intron retention. Over half of the mRNAs that show differential splicing undergo no significant changes in abundance or in their 3′ end termination site, suggesting that IAVs can specifically manipulate cellular splicing. Among a randomly selected subset of 21 IAV-sensitive alternative splicing events, most are specific to IAV infection as they are not observed upon infection with VSV, induction of interferon expression or induction of an osmotic stress. Finally, the analysis of splicing changes in RED-depleted cells reveals a limited but significant overlap with the splicing changes in IAV-infected cells. This observation suggests that hijacking of RED by IAVs to promote splicing of the abundant viral NS1 mRNAs could partially divert RED from its target mRNAs. All our RNA-seq datasets and analyses are made accessible for browsing through a user-friendly Shiny interface (http://virhostnet.prabi.fr:3838/shinyapps/flu-splicing or https://github.com/cbenoitp/flu-splicing).
Published: 2020

31. Detection and Quantification of Influenza Virus Defective Viral Genomes from NGS Datasets Obtained after RT or RT-PCR Product Sequencing

Author: Sylvie van der Werf, Sylvie Behillil, Jeremy Boussier, Bernadette Crescenzo-Chaigne, Vincent Enouf, Nadia Naffakh, and Sandie Munier
Subjects: biology, RNA, RNA-Seq, lcsh:A, Computational biology, Virus, law.invention, Real-time polymerase chain reaction, Viral replication, law, biology.protein, defective viral genomes, RNA-seq, lcsh:General Works, influenza, Polymerase chain reaction, Polymerase, Illumina dye sequencing
Abstract: Like most RNA viruses, influenza viruses (IAV) generate defective viral genomes (DVGs) during viral replication. Although there is accumulating evidence of a biological impact of DVGs, the molecular mechanisms leading to their production remain to be unveiled. Various next-generation sequencing (NGS) technologies and detection methods can be used to characterize DVGs. Here, we developed a bioinformatics pipeline called DG-seq to quickly identify and quantify DVGs in influenza viral stocks and compared two processing methods for NGS, with or without PCR amplification. To evaluate the performance of the DG-seq pipeline, we used either synthetic in-vitro-transcribed DVGs mixed with the full set of synthetic full-length genomic RNAs, or biological RNA samples extracted in duplicate from three IAV stocks: mutant viruses with a K635A or a R638A mutation in the PA subunit of the polymerase that impairs viral transcription, and their wild-type (WT) counterpart. Viral genomic RNAs were reverse-transcribed and either directly subjected to Illumina sequencing (RT-seq) or PCR-amplified prior to sequencing (RT-PCR-seq). Both methods displayed a good reproducibility between batches, with a lower detection rate but a more accurate quantification of DVGs in RT-seq samples. The PA mutants produced more DVGs than the WT virus, derived mostly from the polymerase gene segments, but also from the NA and HA segments, suggesting that an imbalance between transcription and replication can promote DVG production. Breakpoints occurred near the segment extremities, with no hotspot identified. Interestingly, we observed short direct A/T-rich repeats adjacent to the breakpoint ends at a significantly higher frequency than in the random case. This work provides the first comparison of DVG detection and quantification from NGS data obtained in the presence or absence of PCR amplification and gives novel insight into the mechanisms of influenza virus DVG production.
Published: 2020

32. Multiple hosts and Influenza A viruses genetic mixing

Author: Pierre, Rivailler, Dorothée, Moisy, and Nadia, Naffakh
Abstract: Influenza A viruses have a segmented, negative-stranded RNA genome. These viruses are classified according to the antigenic properties of the two glycoproteins, expressed on the surface of the virus particles, the hemagglutinin (HA or H) and the neuraminidase (NA or N). To date, 17 H and 10 N have been described and 116 HxNy combinations or subtypes reported. Except for the H17N10 subtype recently identified in bats, all identified subtypes have been identified in wild aquatic birds. These birds are considered to be the natural reservoir of influenza A viruses, from which some subtypes can be transmitted to other bird and mammal species, including humans. Interspecies transmissions seem to occur regularly, and can occasionally lead to the adaptation and stable establishment of a new viral lineage in a given species. This review recalls the genetic diversity of avian, swine and human influenza viruses and focuses on lesser-known influenza A viruses, identified in horses, dogs and very recently in bats. It discusses the genetic mixing that may result from interspecies transmission, and the associated risks of epizootics, zoonosis and pandemics.
Published: 2020

33. Interactions moléculaires entre les ribonucléoprotéines des virus influenza de type A et la cellule hôte

Author: Dorothée, Moisy and Nadia, Naffakh
Abstract: The study of molecular interactions between viral components and cellular components have become a very active field of research during the recent years. At stake is a better understanding of the determinants of viral pathogenicity and zoonotic potential, and the identification of new therapeutic targets. The viral ribonucleoproteins (vRNPs), which are key components of the viral multiplication cycle and relatively conserved, are of particular interest. Various methodological approaches, including high-throughput screens, have been developed in order to identify cellular factors that are physically or functionally associated to vRNPs. The documented vRNP-host cell interactions are mainly related to the nucleocytoplamic trafficking of vRNPs, to the synthesis and maturation of viral RNAs, and not so expectedly, to the regulation of the innate immune response to viral infection. However, we are far from unraveling the complexity and dynamics of these interactions and from understanding which ones are most critical with respect to host-range.
Published: 2020

34. Commentaires sur le rapport de surveillance de culture du MON 810 en 2018. Paris, le 25 février 2020

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Hubert de Verneuil, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université de Tours (UT), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Université Francois Rabelais [Tours], Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Abeilles et Environnement (AE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Massart, Isabelle, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Pasteur [Paris], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Tours, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SHS]Humanities and Social Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences
Abstract: Les analyses contenues dans le rapport de surveillance de Bayer Agriculture BVBA ne font apparaître aucun problème majeur associé à la culture de maïs MON 810 en 2018. Toutefois, le CS du HCB identifie encore certaines faiblesses et limites méthodologiques concernant la surveillance de la sensibilité des ravageurs ciblés à la toxine Cry1Ab, remettant en question les conclusions du rapport. Le HCB estime notamment que l’utilisation d’une dose diagnostic présente certaines limites pour la détection précoce de l’évolution de la résistance, tant dans son principe intrinsèque que dans sa mise en oeuvre par Bayer, et recommande une méthode alternative de type F2 screen permettant de déterminer la fréquence des allèles de résistance au sein d’une population de ravageurs cibles. Par ailleurs, le HCB formule des recommandations destinées à renforcer la mise en oeuvre des zones refuges pour prévenir ou retarder le développement de résistance à la toxine Cry1Ab chez les ravageurs ciblés. Concernant la surveillance générale, le CS du HCB relève un problème de pertinence méthodologique quant aux questions étudiées, avec des règles de décision arbitraires, des conclusions incorrectement justifiées et un possible biais associé au format d’enquête auprès du panel d’agriculteurs qui ont accepté de répondre au questionnaire. Enfin, le CS du HCB recommande que le rapport de surveillance considère la présence de téosinte dans des zones de culture du maïs MON 810 en Espagne et les risques potentiels associés à une éventuelle introgression de gènes de maïs MON 810 chez le téosinte.
Published: 2020

35. Structural basis of an essential interaction between influenza polymerase and Pol II CTD

Author: Patricia Resa-Infante, Guillaume Fournier, Nadia Naffakh, Maria Lukarska, Stephen Cusack, Alexander Pflug, and Stefan Reich
Subjects: Models, Molecular, 0301 basic medicine, Viral protein, viruses, Protein subunit, 030106 microbiology, RNA polymerase II, Crystallography, X-Ray, Virus Replication, medicine.disease_cause, Antiviral Agents, law.invention, Phosphoserine, 03 medical and health sciences, Orthomyxoviridae Infections, Protein Domains, Transcription (biology), law, Chiroptera, medicine, Animals, Amino Acid Sequence, Molecular Targeted Therapy, Polymerase, Binding Sites, Multidisciplinary, Virulence, biology, Orthomyxoviridae, RNA-Dependent RNA Polymerase, Virology, Molecular biology, Peptide Fragments, Influenza B virus, Protein Subunits, 030104 developmental biology, Viral replication, Influenza A virus, Mutation, biology.protein, Recombinant DNA, RNA Polymerase II, Transcription factor II D, Protein Binding
Abstract: The heterotrimeric influenza polymerase (FluPol), comprising subunits PA, PB1 and PB2, binds to the conserved 5' and 3' termini (the 'promoter') of each of the eight single-stranded viral RNA (vRNA) genome segments and performs both transcription and replication of vRNA in the infected cell nucleus. To transcribe viral mRNAs, FluPol associates with cellular RNA polymerase II (Pol II), which enables it to take 5'-capped primers from nascent Pol II transcripts. Here we present a co-crystal structure of bat influenza A polymerase bound to a Pol II C-terminal domain (CTD) peptide mimic, which shows two distinct phosphoserine-5 (SeP5)-binding sites in the polymerase PA subunit, accommodating four CTD heptad repeats overall. Mutagenesis of the SeP5-contacting basic residues (PA K289, R454, K635 and R638) weakens CTD repeat binding in vitro without affecting the intrinsic cap-primed (transcription) or unprimed (replication) RNA synthesis activity of recombinant polymerase, whereas in cell-based minigenome assays the same mutations substantially reduce overall polymerase activity. Only recombinant viruses with a single mutation in one of the SeP5-binding sites can be rescued, but these viruses are severely attenuated and genetically unstable. Several previously described mutants that modulate virulence can be rationalized by our results, including a second site mutation (PA(C453R)) that enables the highly attenuated mutant virus (PA(R638A)) to revert to near wild-type infectivity. We conclude that direct binding of FluPol to the SeP5 Pol II CTD is fine-tuned to allow efficient viral transcription and propose that the CTD-binding site on FluPol could be targeted for antiviral drug development.
Published: 2016

36. Influenza virus polymerase subunits co-evolve to ensure proper levels of dimerization of the heterotrimer

Author: Emmanuel Dos Santos Afonso, Nadia Naffakh, Catherine Isel, Vincent Enouf, Kuang-Yu Chen, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pasteur International Bioresources network (PIBNet), Institut Pasteur [Paris], Génétique moléculaire des virus à ARN ((U-Pasteur_ 2 / UMR_3569)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris]
Subjects: RNA viruses, Protein Conformation, viruses, Reassortment, Virus Replication, medicine.disease_cause, Physical Chemistry, Biochemistry, Polymerases, Transcription (biology), [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Influenza A virus, Biology (General), Pathology and laboratory medicine, Polymerase, Genetics, 0303 health sciences, biology, Microbial Mutation, 030302 biochemistry & molecular biology, virus diseases, Medical microbiology, Enzymes, 3. Good health, Chemistry, Physical Sciences, Viruses, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Pathogens, Oxidoreductases, Dimerization, Luciferase, Network Analysis, Reassortant Viruses, Research Article, Computer and Information Sciences, QH301-705.5, Protein subunit, Immunology, RNA polymerase complex, Microbiology, Virus, Viral Proteins, 03 medical and health sciences, Virology, DNA-binding proteins, Influenza, Human, medicine, Influenza viruses, Humans, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Medicine and health sciences, Organisms, Viral pathogens, Biology and Life Sciences, Proteins, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, RC581-607, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, RNA-Dependent RNA Polymerase, Viral Replication, Microbial pathogens, Signaling Networks, Protein Subunits, HEK293 Cells, Chemical Properties, Viral replication, A549 Cells, Mutation, Enzymology, biology.protein, Parasitology, Immunologic diseases. Allergy, Wireless Sensor Networks, Protein Multimerization, Orthomyxoviruses
Abstract: The influenza A virus RNA-dependent RNA polymerase complex consists in three subunits, PB2, PB1 and PA, that perform transcription and replication of the viral genome through very distinct mechanisms. Biochemical and structural studies have revealed that the polymerase can adopt multiple conformations and form oligomers. However so far it remained unclear whether the available oligomeric crystal structures represent a functional state of the polymerase. Here we gained new insights into this question, by investigating the incompatibility between non-cognate subunits of influenza polymerase brought together through genetic reassortment. We observed that a 7:1 reassortant virus whose PB2 segment derives from the A/WSN/33 (WSN) virus in an otherwise A/PR/8/34 (PR8) backbone is attenuated, despite a 97% identity between the PR8-PB2 and WSN-PB2 proteins. Independent serial passages led to the selection of phenotypic revertants bearing distinct second-site mutations on PA, PB1 and/or PB2. The constellation of mutations present on one revertant virus was studied extensively using reverse genetics and cell-based reconstitution of the viral polymerase. The PA-E349K mutation appeared to play a major role in correcting the initial defect in replication (cRNA -> vRNA) of the PR8xWSN-PB2 reassortant. Strikingly the PA-E349K mutation, and also the PB2-G74R and PB1-K577G mutations present on other revertants, are located at a dimerization interface of the polymerase. All three restore wild-type-like polymerase activity in a minigenome assay while decreasing the level of polymerase dimerization. Overall, our data show that the polymerase subunits co-evolve to ensure not only optimal inter-subunit interactions within the heterotrimer, but also proper levels of dimerization of the heterotrimer which appears to be essential for efficient viral RNA replication. Our findings point to influenza polymerase dimerization as a feature that is controlled by a complex interplay of genetic determinants, can restrict genetic reassortment, and could become a target for antiviral drug development., Author summary Influenza viruses, because of their yearly recurrence and the occasional emergence of pandemics, represent a worldwide major public health threat. Enhancing the fundamental knowledge on the influenza RNA-dependent RNA-polymerase, a PB1-PB2-PA heterotrimer which ensures transcription and replication of the viral genome, is essential to reach the goal of better prevention and treatment of the disease. Here we gained new insights into the viral polymerase function by investigating the incompatibility between polymerase subunits derived from distinct parental influenza viruses and brought together through genetic reassortment. Our data show that the polymerase subunits co-evolve to ensure not only optimal inter-subunit cooperation within the heterotrimer, but also proper levels of dimerization of the heterotrimer which appears to be essential for efficient viral RNA replication. Our findings point to influenza polymerase dimerization as a feature that can restrict genetic reassortment, a major evolutionary mechanism for influenza viruses, and could become an attractive target for antiviral drug development.
Published: 2019

37. Avis en réponse à la saisine HCB sur le dossier EFSA-GMO-ES-2018-154. Paris, le 5 avril 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UAR 0241 Direction des Ressources Humaines, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Direction des Ressources Humaines (DRH)-Direction des Ressources Humaines (DRH), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris], Cirad Direction Générale (Cirad-DG), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles & Environnement (UR 406 ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Abeilles et environnement (AE), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, and Massart, Isabelle
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published: 2019

38. Avis en réponse à la saisine HCB - dossier EFSA-GMO-RX-013. Paris, le 30 janvier 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean Luc Vilotte, ProdInra, Migration, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Cirad Direction Générale (Cirad-DG), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles et environnement (AE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Abeilles & Environnement (UR 406 ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published: 2019

39. Avis en réponse à la saisine HCB - EFSA-GMO-ES-2018-154. Paris, le 5 avril 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Cirad Direction Générale (Cirad-DG), Etablissement Français du Sang, EFS, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles et Environnement (AE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Migration, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published: 2019

40. Avis en réponse à la saisine HCB – dossier RX-016, Paris le 21 février 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Hubert de Verneuil, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (IEES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UAR 0241 Direction des Ressources Humaines, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Direction des Ressources Humaines (DRH)-Direction des Ressources Humaines (DRH), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris], Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UR 406 Abeilles & Environnement, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Cirad Direction Générale (Cirad-DG), Abeilles et Environnement (AE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Abeilles et environnement (AE), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Massart, Isabelle
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SHS]Humanities and Social Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences
Abstract: Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi sur le fondement du règlement (CE) n° 1829/2003 d’une demande d’avis relative au dossier EFSA-GMO-RX-016 dans le but de proposer des commentaires à destination de l’EFSA en contribution à l’évaluation européenne du dossier, et d’éclairer les autorités compétentes françaises dans une étape intermédiaire en amont du vote à la Commission européenne. Déposé par la société Syngenta Crop Protection NV/SA, ce dossier est une demande de renouvellement d’autorisation de mise sur le marché du maïs génétiquement modifié Bt11 à des fins d’importation, transformation, et alimentation humaine et animale dans l’Union européenne.
Published: 2019

41. Advances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing

Author: Vincent Lacroix, Nadia Naffakh, U. Ashraf, Clara Benoit-Pilven, Vincent Navratil, Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Baobab, Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle Rhône-Alpin de BioInformatique [Lyon] (PRABI), Université de Lyon-Université de Lyon, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CCSD, Accord Elsevier, and ANR-16-CE23-0001,ASTER,Algorithmes et outils logiciels pour le séquençage d'ARN de troisième génération(2016)
Subjects: Microbiology (medical), Systems biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Computational biology, Biology, Microbiology, Virus, 03 medical and health sciences, Virology, Humans, Gene, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Innate immune system, Host Microbial Interactions, 030306 microbiology, Host (biology), Alternative splicing, RNA, Immunity, Innate, [SDV] Life Sciences [q-bio], Alternative Splicing, Infectious Diseases, Viruses, RNA splicing
Abstract: Alteration of host cell splicing is a common feature of many viral infections which is underappreciated because of the complexity and technical difficulty of studying alternative splicing (AS) regulation. Recent advances in RNA sequencing technologies revealed that up to several hundreds of host genes can show altered mRNA splicing upon viral infection. The observed changes in AS events can be either a direct consequence of viral manipulation of the host splicing machinery or result indirectly from the virus-induced innate immune response or cellular damage. Analysis at a higher resolution with single-cell RNAseq, and at a higher scale with the integration of multiple omics data sets in a systems biology perspective, will be needed to further comprehend this complex facet of virus-host interactions.
Published: 2019

42. Avis en réponse à la saisine HCB- dossier 2019-159. Paris, le 16 décembre 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Hubert de Verneuil, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Direction Générale Déléguée à la Recherche et à la Stratégie (Cirad-Dgdrs), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles et Environnement (AE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Abeilles et environnement (AE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Massart, Isabelle, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SHS]Humanities and Social Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences
Abstract: Le Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a été saisi sur le fondement du règlement (CE) n° 1829/2003 d’une demande d’avis relative au dossier EFSA-GMO-NL-2019-159 dans le but de proposer des commentaires à destination de l’EFSA en contribution à l’évaluation européenne du dossier, et d’éclairer les autorités compétentes françaises dans une étape intermédiaire en amont du vote à la Commission européenne. Déposé par la société Pioneer Hi-Bred International, Inc., ce dossier est une demande d’autorisation de mise sur le marché du maïs génétiquement modifié DP202216 à des fins d’importation, de transformation et d’alimentation humaine et animale dans l’Union européenne.
Published: 2019

43. Avis en réponse à la saisine de l’ANSM. Paris le 20 décembre 2019

Author: Claude Bagnis, Pascal Boireau, Elie Dassa, Hubert De Verneuil, Claudine Franche, Philippe Guerche, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, François Lefevre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Christophe Pages, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Berengere Troadec, Jean-Luc Vilotte, Anthropologie bio-culturelle, Droit, Ethique et Santé (ADES), Aix Marseille Université (AMU)-EFS ALPES MEDITERRANEE-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), retraité, Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), NXP Semiconductors, IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Unité de recherche Génétique Microbienne (UGM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU de Tours), Laboratoire de Génétique et Pathologie (LGP), Amélioration génétique, du contrôle des performances et de la santé des mollusques marins (AGSAE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotecjnologies, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Pasteur [Paris], Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Massart, Isabelle
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology
Abstract: L'ANSM a récemment initié une réflexion en vue de la modification des modalités de qualification et de suivi des organismes et produits entrant dans la catégorie des micro-organismes et toxines, appelés MOT, devant nécessiter une déclaration d'utilisation. Au-delà de cette déclaration obligatoire, qui astreint à des mesures spécifiques de sécurité de manipulation et de stockage entre autres, l'ANSM déploie des mesures de contrôle des organismes déclarants. Outre les organismes et toxines mentionnés dans les listes officielles, des fragments de génomes de ces MOT peuvent faire l'objet d'études, en particulier par clonage et expression. Ces manipulations seraient alors à l'origine d'une catégorie particulière d'OGM (y compris des MGM) dont certains pourraient avoir des caractéristiques biologiques qui relèveraient d'une classification MOT. Aussi l'ANSM sollicite-t-elle le HCB afin qu'il produise une expertise permettant d'identifier et de caractériser ces OGM-MOT (Le HCB a été saisi 1 le 27 septembre 2019 par l'ANSM). La saisine est reproduite en annexe 1.
Published: 2019

44. Avis en réponse à la saisine HCB - habilitation agents 2019. Paris, le 4 juillet 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Cirad Direction Générale (Cirad-DG), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles et environnement (AE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UAR 0241 Direction des Ressources Humaines, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Direction des Ressources Humaines (DRH)-Direction des Ressources Humaines (DRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Abeilles & Environnement (UR 406 ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Massart, Isabelle
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published: 2019

45. Avis en réponse à la saisine HCB – habilitation agents juillet 2019. Paris, le 19 septembre 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Cirad Direction Générale (Cirad-DG), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles et environnement (AE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UAR 0241 Direction des Ressources Humaines, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Direction des Ressources Humaines (DRH)-Direction des Ressources Humaines (DRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Abeilles & Environnement (UR 406 ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Massart, Isabelle, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published: 2019

46. Commentaires sur le rapport de surveillance de culture du MON 810 en 2017. Paris, le 23 décembre 2019

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Hubert de Verneuil, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Direction Générale Déléguée à la Recherche et à la Stratégie (Cirad-Dgdrs), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles et Environnement (AE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Abeilles et environnement (AE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Haut Conseil des Biotechnologies, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Massart, Isabelle, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDE] Environmental Sciences, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, [SHS]Humanities and Social Sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences
Abstract: Les analyses contenues dans le rapport de surveillance de Monsanto ne font apparaître aucun problème majeur associé à la culture de maïs MON 810 en 2017. Cependant, le Comité scientifique (CS) du Haut Conseil des biotechnologies (HCB) a identifié une erreur significative d’analyse statistique remettant en question l’analyse du suivi de la sensibilité des sésamies à la toxine Cry1Ab, et suggérant un possible développement de résistance dans les populations du nord-est de la péninsule Ibérique. Par ailleurs, le CS du HCB identifie encore certaines faiblesses et limites méthodologiques concernant la surveillance de la résistance et la mise en oeuvre des zones refuges. Le HCB estime notamment que l’utilisation d’une dose diagnostic présente certaines limites pour la détection précoce de l’évolution de la résistance, et recommande une méthode alternative de type F2 screen permettant de déterminer la fréquence des allèles de résistance au sein d’une population de ravageurs cibles. Enfin, le HCB demande à obtenir les données brutes des différents essais biologiques pour évaluer la qualité des données et de leur analyse. Concernant la surveillance générale, le CS du HCB relève un problème de pertinence méthodologique quant aux questions étudiées, avec des règles de décision arbitraires, des conclusions incorrectement justifiées et un possible biais associé au format d’enquête auprès d’une sélection d’agriculteurs. Enfin, le CS du HCB recommande que le rapport de surveillance considère la présence de téosinte dans des zones de culture du maïs MON 810 en Espagne et les risques potentiels associés à une éventuelle introgression de gènes de maïs MON 810 chez le téosinte.
Published: 2019

47. Structural insights into influenza A virus ribonucleoproteins reveal a processive helical track as transcription mechanism

Author: Sandie Munier, Jaime Martín-Benito, José María de la Rosa-Trevín, Nadia Naffakh, Juan Ortín, Carlos Oscar S. Sorzano, Rocío Coloma, Rocío Arranz, Diego Carlero, Centro Nacional de Biotecnología [Madrid] (CNB-CSIC), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities (Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades) grant nos. BFU2017-90018-R and BFU2011-25090/BMC (J.M.-B.) and Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases LabEx grant no. 10-LABX-0062 (N.N.)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (España), Sorzano, Carlos Óscar S., Ortín, Juan, Martín-Benito, Jaime, Sorzano, Carlos Óscar S. [0000-0002-9473-283X], Ortín, Juan [0000-0002-6200-4678], Martín-Benito, Jaime [0000-0002-8541-4709], and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Microbiology (medical), Models, Molecular, Viral protein, Protein Conformation, Immunology, MESH: Influenza A virus, medicine.disease_cause, Virus Replication, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Viral Proteins, MESH: Protein Conformation, Transcription (biology), Genetics, medicine, Protein Interaction Domains and Motifs, Binding site, Polymerase, 030304 developmental biology, Ribonucleoprotein, Recombination, Genetic, 0303 health sciences, Messenger RNA, MESH: Protein Interaction Domains and Motifs, Binding Sites, biology, 030306 microbiology, Chemistry, MESH: Virus Replication, RNA, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Cell Biology, MESH: Viral Proteins, 3. Good health, Nucleoprotein, Cell biology, MESH: Ribonucleoproteins, Nucleoproteins, MESH: Binding Sites, Ribonucleoproteins, Influenza A virus, MESH: RNA, Viral, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, biology.protein, MESH: Nucleoproteins, RNA, Viral, MESH: Recombination, Genetic, MESH: Models, Molecular
Abstract: The influenza virus genome consists of eight viral ribonucleoproteins (vRNPs), each consisting of a copy of the polymerase, one of the genomic RNA segments and multiple copies of the nucleoprotein arranged in a double helical conformation. vRNPs are macromolecular machines responsible for messenger RNA synthesis and genome replication, that is, the formation of progeny vRNPs. Here, we describe the structural basis of the transcription process. The mechanism, which we call the 'processive helical track', is based on the extreme flexibility of the helical part of the vRNP that permits a sliding movement between both antiparallel nucleoprotein-RNA strands, thereby allowing the polymerase to move over the genome while bound to both RNA ends. Accordingly, we demonstrate that blocking this movement leads to inhibition of vRNP transcriptional activity. This mechanism also reveals a critical role of the nucleoprotein in maintaining the double helical structure throughout the copying process to make the RNA template accessible to the polymerase., This work was supported by the Spanish Ministry of Science, Innovation and Universities (Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades) grant nos. BFU2017-90018-R and BFU2011-25090/BMC (J.M.-B.) and Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases LabEx grant no. 10-LABX-0062 (N.N.)
Published: 2018

48. Metal-Tagging Transmission Electron Microscopy and Immunogold Labeling on Tokuyasu Cryosections to Image Influenza A Virus Ribonucleoprotein Transport and Packaging

Author: Martin, Sachse, Isabel Fernández, de Castro, Guillaume, Fournier, Nadia, Naffakh, and Cristina, Risco
Subjects: Staining and Labeling, Virus Assembly, Genome, Viral, Immunohistochemistry, RNA Transport, Viral Proteins, Microscopy, Electron, Transmission, Ribonucleoproteins, Influenza A virus, Metals, Influenza, Human, Humans, RNA, Viral, Cells, Cultured, Cryoultramicrotomy
Abstract: Transmission electron microscopy (TEM) has been instrumental for studying viral infections. In particular, methods for labeling macromolecules at the ultrastructural level, by integrating biochemistry, molecular biology, and morphology, have allowed to study the functions of viral macromolecular complexes within the cellular context. Here, we describe a strategy for imaging influenza virus ribonucleoproteins in infected cells with two complementary labeling methods, metal-tagging transmission electron microscopy or METTEM, a highly sensitive technique based on the use of a metal-binding protein as a clonable tag, and immunogold labeling on thawed cryosections, a very specific labeling method that allows to study the distribution of different proteins simultaneously. The combination of both labeling methods offers new possibilities for TEM analysis of viral components in cells.
Published: 2018

49. Mutations Conferring Increased Sensitivity to Tripartite Motif 22 Restriction Accumulated Progressively in the Nucleoprotein of Seasonal Influenza A (H1N1) Viruses between 1918 and 2009

Author: Nadir Mechti, Andrea Di Pietro, Nadia Naffakh, Isabel Pagani, Michela Ghitti, Alexandra Oteiza, Elisa Vicenzi, IRCCS San Raffaele Scientific Institute [Milan, Italie], Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IRCSS San Raffaele Scientific Institute [Milan, Italie], Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris]
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:QR1-502, restriction, Virus Replication, medicine.disease_cause, lcsh:Microbiology, Madin Darby Canine Kidney Cells, Tripartite Motif Proteins, Influenza A Virus, H1N1 Subtype, Ubiquitin, Interferon, Pandemic, Influenza A virus, nucleoprotein, education.field_of_study, biology, Viral Core Proteins, RNA-Binding Proteins, Nucleocapsid Proteins, QR1-502, 3. Good health, Host-Pathogen Interactions, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Research Article, medicine.drug, Ubiquitin-Protein Ligases, 030106 microbiology, Population, Arginine, TRIM22, Microbiology, Host-Microbe Biology, Evolution, Molecular, Minor Histocompatibility Antigens, 03 medical and health sciences, Dogs, Influenza, Human, evolution, medicine, Animals, Humans, influenza A virus, Amino Acid Sequence, education, Molecular Biology, Innate immune system, Lysine, Ubiquitination, Virology, Immunity, Innate, Protein Structure, Tertiary, Nucleoprotein, Repressor Proteins, HEK293 Cells, 030104 developmental biology, Amino Acid Substitution, Mutation, Mutagenesis, Site-Directed, biology.protein
Abstract: We have uncovered that long-term circulation of seasonal influenza A viruses (IAV) in the human population resulted in the progressive acquisition of increased sensitivity to a component of the innate immune response: the type I interferon-inducible TRIM22 protein, which acts as a restriction factor by inducing the polyubiquitination of the IAV nucleoprotein (NP). We show that four arginine residues present in the NP of the 1918 H1N1 pandemic strain and early postpandemic strains were progressively substituted for by lysines between 1918 and 2009, rendering NP more susceptible to TRIM22-mediated ubiquitination. Our observations suggest that during long-term evolution of IAVs in humans, variants endowed with increased susceptibility to TRIM22 restriction emerge, highlighting the complexity of selection pressures acting on the NP., Influenza A viruses (IAVs) can cause zoonotic infections with pandemic potential when most of the human population is immunologically naive. After a pandemic, IAVs evolve to become seasonal in the human host by acquiring adaptive mutations. We have previously reported that the interferon (IFN)-inducible tripartite motif 22 (TRIM22) protein restricts the replication of seasonal IAVs by direct interaction with the viral nucleoprotein (NP), leading to its polyubiquitination and proteasomal degradation. Here we show that, in contrast to seasonal H1N1 IAVs, the 2009 pandemic H1N1 strain as well as H1N1 strains from the 1930s are resistant to TRIM22 restriction. We demonstrate that arginine-to-lysine substitutions conferring an increased sensitivity to TRIM22-dependent ubiquitination accumulated progressively in the NP of seasonal influenza A (H1N1) viruses between 1918 and 2009. Our findings suggest that during long-term circulation and evolution of IAVs in humans, adaptive mutations are favored at the expense of an increased sensitivity to some components of the innate immune response. IMPORTANCE We have uncovered that long-term circulation of seasonal influenza A viruses (IAV) in the human population resulted in the progressive acquisition of increased sensitivity to a component of the innate immune response: the type I interferon-inducible TRIM22 protein, which acts as a restriction factor by inducing the polyubiquitination of the IAV nucleoprotein (NP). We show that four arginine residues present in the NP of the 1918 H1N1 pandemic strain and early postpandemic strains were progressively substituted for by lysines between 1918 and 2009, rendering NP more susceptible to TRIM22-mediated ubiquitination. Our observations suggest that during long-term evolution of IAVs in humans, variants endowed with increased susceptibility to TRIM22 restriction emerge, highlighting the complexity of selection pressures acting on the NP.
Published: 2018

50. Avis en réponse à la saisine HCB - dossier 2018-150. Paris, le 24 octobre 2018

Author: Comité Scientifique Du Haut Conseil Des Biotechnologies, Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Avner Bar-Hen, Marie-Anne Barny, Pascal Boireau, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Cécile Collonnier, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Barbara Demeneix, Claudine Franche, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez Raquet, Jamal Khalife, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, François Lefèvre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémy Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier NEGRE, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Jean-Christophe Pages, Xavier Raynaud, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Tristan Renault, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean Luc Vilotte, Haut Conseil des Biotechnologies (HCB), Unité Impacts Ecologiques des Innovations en Production Végétale (ECO-INNOV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Etablissement Français du Sang, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable (DRHDD), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé [Saint-Denis] (ANSM), Université Francois Rabelais [Tours], Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Virologie UMR1161 (VIRO), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Modélisation en pharmacologie de population (XPOP), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Abeilles et environnement (AE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Direction des Ressources Humaines et du Développement Durable, Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Abeilles & Environnement (UR 406 ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ProdInra, Migration, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SPI.GPROC] Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, [SHS] Humanities and Social Sciences, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SHS]Humanities and Social Sciences
Published: 2018

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