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Fundamento: La aparición de nuevas opciones terapéuticas con diferentes efectividad y costes requiere la revaluación del papel de los actuales programas de anticoagulación oral (AO) para informar la toma de decisiones. El objetivo del trabajo es estimar el impacto presupuestario de la utilización generalizada de Dabigatrán a dosis de 110mg y 150 mg en pacientes con fibrilación atrial (FA) respecto al escenario actual de tratamiento con acenocumarol. Métodos: Cálculo del impacto presupuestario en 3 escenarios diferentes de anticoagulación oral: a) tratamiento con acenocumarol, b) sustitución generalizada de acenocumarol por Dabigatrán a dosis de 110 mg y c) sustitución generalizada de acenocumarol por Dabigatrán a dosis de de 150 mg. El análisis se realizó desde la perspectiva de la Agencia Valenciana de Salud y con un horizonte temporal de 1 año (2009). La efectividad y los efectos adversos se extrapolaron del estudio RE-LY, mientras que los datos de prevalencia y costes procedieron de las estimaciones en el Departamento Sanitario. Resultados: Se incluyó a 5.889 pacientes (2,4% de la población >18 años) diagnosticados de FA de origen no valvular, de los que 3.726 (63,2%) recibían tratamiento con acenocumarol. Los costes totales de los respectivos escenarios fueron de 1.119.412 € (300 € paciente/año) para acenocumarol, 4.985.095€ (1.337€ paciente/año) para dabigatrán 110mg y 4.981.226€ (1.336€ paciente/año) para dabigatrán 150mg, con un impacto económico de 1.037 euros por paciente que cambiara de acenocumarol a dabigatrán 150. Conclusiones: El elevado impacto presupuestario de pasar a un escenario de sustitución generalizada de dicumarínicos a Dabigatrán apoya la restricción de esta estrategia terapéutica a subgrupos de pacientes de alto riesgo o de difícil control. Background: To Estimate, in the context of a Health Department of the Valencia Health Agency, the budgetary impact of the widespread use of dabigatran at doses of 110 and 150 mg in patients with non-valvular atrial fibrillation (AF), regarding the current scenario with acenocoumarol therapy. Methods: Budget impact analysis of three scenarios of oral anticoagulation use in AF: a) current treatment with acenocoumarol, b) widespread replacement of acenocoumarol for Dabigatran 110 mg and, c) idem at doses of 150 mg. The analysis was conducted from the perspective of the Valencia Health Agency with a time horizon of one year (2009). The effectiveness and adverse effects were extrapolated from the RE-LY study, while prevalence and cost data correspond to the Health Department estimates in 2009. Results: We included 5889 patients (2.4% of the population > 18 years) diagnosed with AF, of which 3726 (63.2%) were treated with acenocoumarol. The total costs of each scenario were € 1,119,412 (€ 300 patient/year) for acenocoumarol, € 4,985,095 (€ 1,337 patient/year) for dabigatran 110 and € 4,981,226 (€ 1,336 patient/year) for dabigatran 150, with a budget impact of 1,037 euros/year per patient shifted from acenocumarol to dabigatran-150. Conclusions: The high budgetary impact of moving to a scenario of widespread substitution of warfarin for Dabigatran supports the restriction of this therapeutic strategy to subgroups of patients at high risk or difficult control.

La estratificación pronóstica de los pacientes con Leucemia Linfática Crónica (LLC) se basa en el índice pronóstico LLC-IPI, que integra marcadores clínicos, citogenéticos y biológicos, como el estudio de la región variable del gen de la cadena pesada de las inmunoglobulinas (IGVH) y del gen TP53. La secuenciación de nueva generación (NGS), ha permitido identificar las alteraciones genéticas asociadas con el desarrollo, progresión y resistencia a los tratamientos convencionales, y desarrollar nuevas herramientas pronósticas, y novedosas terapias dirigidas. Con la inmunoquimioterapia (IQT), la evolución clonal después de la terapia es la regla, mientras que con Ibrutinib, es la adaptación del tumor a la resistencia a la terapia. A día de hoy, se desconocen los parámetros clínicos y las alteraciones clonales que impactan sobre la evolución de la enfermedad, y si su estudio puede guiar las decisiones terapéuticas. El objetivo principal ha sido analizar el impacto en la evolución clonal de las variables clínicas, biológicas y moleculares con valor pronóstico y/o predictivo potencial en la LLC. Se realizó un estudio observacional retrospectivo de 96 pacientes con LLC/LLCP (1999 y 2020) no tratados, de los que se describieron las características clínicas y biológicas, de progresión, administración de tratamiento, y respuesta. Se caracterizó en la muestra basal y en 302 de seguimiento, el estado mutacional de TP53, SF3B1, BIRC3, NOTCH1, MYD88, XPO1, EGR2, POT1, NFKBIE, ATM y FBXW7 por NGS. Se determinó el clonotipo y estado mutacional IGVH por Secuenciación Sanger (Sseq), y por NGS a partir de una estrategia in house y la herramienta de análisis B-MyRepCLL. Se diseñó y validó el panel IBR-R para la detección de mutaciones en BTK y PLC&2 asociados a resistencias a Ibrutinib. La evaluación de la enfermedad medible residual (EMR) se realizó por citometría de flujo. Conocer el patrón genético ha permitido evaluar la fracción alélica secuencial de cada mutación como indicador de la capacidad evolutiva de la enfermedad a corto y largo plazo, fundamentando la asociación entre una dinámica clonal temprana y una respuesta adversa a según qué tipo de tratamiento y en función del tiempo. Las mutaciones adquiridas en TP53 y SF3B1, y la del(17p13), han revelado el patrón de evolución más relacionado con la resistencia molecular a la IQT, y con Ibrutinib, se ha asociado a otros genes driver, con una relación indirecta entre TP53mut y la competencia clonal. El panel IBR-R, ha permitido detectar la mutación en el gen BTK p.Cys481Ser meses antes de la recaída clínica, reforzando el papel de estas mutaciones en la resistencia a Ibrutinib. El método in house y la herramienta específica B-MyRepCLL, es robusto en la anotación de los reordenamientos VDJ y en la detección del repertorio inmunogenético con respecto a Sseq. Ha servido para detectar la EMR con mayor sensibilidad y rastrear las poblaciones de células B clonales, su dinámica y características moleculares.

El sistema inmune adaptativo está orquestado por una amplia batería de anticuerpos, secretados por linfocitos B, encargados del reconocimiento de moléculas antigénicas. Para expresar el receptor transmembrana tipo Inmunoglobulina en su superficie, las células B sufren un proceso de recombinación en las cadenas pesada y ligera del receptor. Esto ocurre durante su desarrollo, involucrando a los segmentos génicos V(D)J (uno de cada de los posibles genes V, D y J reordena, conformando el dominio variable del locus IGH). Al receptor se le confiere variabilidad adicional después de la exposición antigénica, con la introducción de mutaciones somáticas que aumentan la especificidad del reconocimiento antígeno-receptor. El grado de mutación en el locus IGH es especialmente determinante como factor pronóstico en la Leucemia Linfocítica Crónica (LLC), donde los pacientes clasificados como mutados tienden a llevar un curso de la enfermedad más indolente comparado con los pacientes con receptores de células B no mutados. El objetivo principal de esta tesis es el desarrollo de herramientas bioinformáticas para la determinación clínica del locus IGH en pacientes diagnosticados de LLC. Para ello, se empleó un método simple y de bajo coste para la preparación de las librerías de secuenciación de la región VDJ del locus IGH, y se diseñó un pipeline bioinformático específico (BMyRepCLL) basado en análisis de clonas de células B orientado a la obtención de una secuencia consenso. Un método de corte específico se implementó en este flujo de trabajo para diferenciar los reordenamientos de la fracción clonal y subclonal de cada paciente. Un segundo pipeline llamado CLL Immcantation se adaptó del “Immcantation Framework”; una suite que reúne herramientas para el análisis de datos de repertorios inmunológicos. Ambos flujos de trabajo se han usado para analizar un set de datos de 314 pacientes con LLC diagnosticados con los protocolos y criterios estándar, y comparar la determinación del estado mutacional. Además, los resultados de BMyRepCLL han sido validados exhaustivamente con respecto al gold-standard. Debido a que los dos pipelines se basan en métodos diferentes, CLL Immcantation se usó para la comparativa de la caracterización de muestras con múltiples clonas por BMyRepCLL, así 14 como también para llevar a cabo análisis posteriores específicos para datos de repertorios inmunológicos. Los resultados muestran acuerdo entre BMyRepCLL y SSeq en cuanto a la anotación de los genes IGHV e IGHJ y la extracción de las secuencias de CDR3. El estado mutacional fue caracterizado con éxito en el 99% de los reordenamientos. Las clonas fueron detectadas con una especificidad y sensibilidad del 97% y 100%, respectivamente. Con el desarrollo de estos métodos, contribuimos a la estandarización de los protocolos NGS para la determinación del locus IGH en LLC, el cuál será muy ventajoso por aumentar drásticamente el alcance de SSeq y permitir estudiar en profundidad la arquitectura clonal de la LLC. The adaptive immune system is orchestrated by a wide battery of antibodies, secreted by B lymphocytes, in charge of the recognition of antigenic molecules. In order to express the Immunoglobulin-type receptor transmembrane protein on their surface, B cells suffer recombination of the receptor Heavy and Light Chains genes. This occurs during their development and involving V(D)J gene segments (one of each of the possible V, D and J genes rearrange, conforming the IGH locus variable domain). Additional variability is conferred on the receptor after antigen exposure, when somatic mutations are introduced to augment the specificity of antigen-receptor recognition. The degree of mutation in the IGH locus is especially determinant as a prognostic factor in CLL, where patients classified as mutated tend to have more indolent disease course compared to patients with unmutated B cell receptors. The main aim of this thesis work is the development of bioinformatics tools for clinical determinations of the IGH locus in CLL patients. For that purpose, a simple and cost-effective library preparation protocol was employed to sequence the VDJ region of the IGH locus, and a specific bioinformatics pipeline for analysis of B cell clones based on the construction of a consensus sequence was designed (BMyRepCLL). A specific cut-off method was implemented within this workflow to differentiate the clonal and subclonal rearrangements fraction among patients. A second pipeline (CLL Immcantation) was adapted from the Immcantation Framework; a suite which unites tools to analyze immune repertoires data. Both workflows have been used to analyze a dataset of 314 CLL patients previously diagnosed with the standard criteria and protocols, and to compare the assessment of mutational status. Moreover, the results from BMyRepCLL have been validated exhaustively against the gold-standard. Since both pipelines are based in different methodologies, CLL Immcantation was used for benchmarking the characterization of samples with multiple clones by BMyRepCLL, as well as to perform downstream analyses specific to immune repertoire data. Results show agreement between BMyRepCLL and SSeq regarding IGHV and IGHJ genes annotation and CDR3 sequence extraction. The mutational status was characterized accordingly in 99% of the rearrangements. Clones were detected with a specificity and sensitivity of 97% and 100%, respectively. With the development of these methods we contribute to the standardization of NGS protocols for the determination of IGH locus in CLL, which will be highly advantageous for augmenting drastically the scope of SSeq and allowing to study in deep the clonal architecture in CLL.