Search

Additional file 1: Table S1. Data are case numbers (N and n) and percentages. #Derived from a homemade social deprivation index categorising the 24 municipalities of the island into tree levels based on three indices: socio-economic composition (three variables) [20]. Table S2. Data are numbers, weighted seropositive rates (%), population-readjusted prevalence proportion ratios (PPR) and 95% confidence intervals (95% CI). NA: not assessed. P values are given for weighted chi2 tests and not for Wald tests. #Derived from a homemade social deprivation index categorising the 24 municipalities of the island into tree levels based on three indices: socio-economic composition (three variables) [20]. Table S3. Data are numbers that are not cumulative, crude seropositive rates (%), population-readjusted prevalence proportion ratios (PPR), matched odd ratios (OR), and 95% confidence intervals (95% CI). NA: not assessed. P values are given for Wald tests and not for Pearson chi2 tests. *Recurrent miscarriage, stillbirth, or preterm birth, small-for-gestational age, congenital malformations, oligohydramnios or polyhydramnios. Seropositive women were matched with as many seronegative women as possible on maternal hypertension, diabetes, addiction and foetal gender. Table S4. Data are percentages.

Additional file 1. Methodological appendix; Table S1 Maternal and foetal characteristics in the South Réunion island reproductive population and the study population; Table S2 Adverse pregnancy outcomes (APO) in the eligible population and the study population according to maternal and foetal characteristics; Supplemental findings; Table S3 Adverse pregnancy outcomes associated with Q fever seropositivity in bivariate and multivariate analysis; Table S4 Cumulative seroincidence rates of adverse pregnancy outcomes (APOs) associated with positive Q fever serology (any cut-off) in prospective observational studies reported in the literature.

Additional file 1: Table S1. Socio-demographic characteristics of the study population and Réunion island population, 2009. Data are numbers and percentages related to age, gender and residence at both the study population and the community. Table S2. Factors associated with typhus group Rickettssiae (TGR) seropositivity in bivariate analysis, Reunion island, 2009. Table S3. Factors associated with Spotted Fever Group Rickettsiae (SFGR) seropositivity in bivariate analysis, Reunion island, 2009. For Tables S2 and S3, data are numbers, weighted seropositive rates, crude prevalence proportion ratios, and 95% confidence intervals.

Purpose Population growth, changes in food systems, urbanisation, and climate change linked in a web of global trade throw up new challenges for disease control. Animal health surveillance is widely recognized as an effective tool for disease management, but investment is often low and poorly targeted. For European decision-makers, economic criteria are important in decision-making for surveillance. Yet, economic evaluations of surveillance (EES) are sparse and available guidelines for the evaluation of surveillance fail to provide guidance on systematic economic appraisal. Methods The RISKSUR consortium (www.fp7-risksur.eu) that investigates novel approaches for cost-effective surveillance has developed a web-based surveillance design and evaluation tool directed at users with advanced surveillance knowledge and skills. A key innovative feature is the provision of user-friendly and practical guidance for the design and implementation of EES. Economic theory underpinning EES is explained and challenges that accrue from application of differing paradigms highlighted. In particular, the three-variable relationship between surveillance, intervention and loss avoidance; value of information, and non-monetary benefits are elaborated and linked to economic analysis methods commonly used in animal health. Results The application of the tool for EES for classical and African swine fever, bovine viral diarrhoea, avian influenza, and Salmonella Dublin infection in five European countries showed that cost-benefit, cost-effectiveness, and least-cost analyses were the methods of choice. Difficulties encountered include estimation of fixed and variable costs, non-monetary benefits, co-benefits resulting from using synergies, and the selection of meaningful effectiveness measures. Selected results will be presented. Conclusions and relevance The tool promotes understanding of critical concepts, suitable methods, data and time requirements and is expected to nurture the use of EES, which is still in its infancy. In the long term, this will increase professional capacity and help to address the problem of resource allocation for surveillance to the benefit of all. (Texte intégral)

Les bégomovirus, transmis par l'aleurode Bemisia tabaci, représentent un genre viral en pleine expansion, dont malgré l'importance économique on commence à peine à déterminer les contours de la diversité. Ces virus sont responsables de nombreuses maladies émergentes causant des dégâts majeurs aux cultures. Les bégomovirus présentent une très grande capacité d'évolution avec l'émergence de nouveaux variants plus agressifs dont la force évolutive principale semble être la recombinaison interspécifique (Paddidam et al., 1999). Dans un contexte de prédictions des risques épidémiques, la réalisation d'un état des lieux de la diversité des bégomovirus est primordiale pour estimer la pression parasitaire existante et les risques futurs. C'est dans cette optique qu'une campagne d'échantillonnage a été menée entre 2001 et 2006 dans les différentes îles du sud ouest de l'Océan Indien. A partir de prélèvements d'échantillons de tomate, pois, tabac et piment présentant des symptômes d'enroulement foliaire typiques des maladies à bégomovirus, des travaux de détection par PCR, de clonage et de séquençage de l'ADN des bégomovirus ont été réalisés. Le séquençage partiel de l'ORF de la protéine de capside, puis le séquençage complet d'une partie de ces virus ont été accomplis. Les analyses phylogénétiques et de recombinaison (logiciel RDP2) ont permis de montrer l'existence de plusieurs groupes de virus génétiquement différents, pour lesquels l'échange de matériel génétique semble avoir été un facteur clef dans leur évolution. En accord avec le seuil de distinction taxonomique des bégomovirus (< 89% identité), nous proposons l'existence de 13 nouvelles espèces virales. (Texte intégral)

Begomoviruses (Geminiviridae familly) cause many disease outbreaks all around the world in a large variety of crops. Previous studies have shown the high diversity of these viruses and the importance of recombination in their evolution (Paddidam et al., 1999). To better understand the evolutionnary mechanisms of Begomoviruses, a study of the diversity of indigenous monopartite begomovirus in the South West Indian Ocean (SWIO) islands was done.

La maladie des feuilles jaunes en cuillère représente la plus importante contrainte virale de la tomate à l'île de La Réunion et dans de très nombreuses régions du monde. Cette maladie peut être causée par plusieurs espèces virales (Begomovirus, Geminiviridae) dont le Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV). Les bégomovirus sont transmis selon le mode circulant par leur insecte vecteur Bemisia tabaci. Des résultats contrastés ont été publiés en ce qui concerne la multiplication des souches de TYLCV dans leur vecteur et la production d'une descendance infectieuse par des parents virulifères. Ainsi, Ghanim et al. (1998) montrent que la souche "Israël" recombinante du TYLCV peut être transmise à des plantes de tomates par des descendants d'une femelle infectieuse du biotype B alors que Bosco et al. (2004) démontrent le contraire avec la souche "Mild" non-recombinante du TYLCV du Portugal et le biotype B. Les données actuelles suggèrent que l'interaction virus-vecteur pourrait dépendre de l'espèce et/ou de la souche de virus et du biotype de B. tabaci. Les travaux présentés ici portent sur l'étude de l'interaction entre l'isolat réunionnais du TYLCV-Mild (TYLCV-Mld[RE]) et le biotype B de B. tabaci, à l'aide de la PCR conventionnelle et de la PCR quantitative avec une sonde Taqman-MGB. Au cours d'une alimentation continue sur une plante infectée par le TYLCV-Mld[RE], la charge virale dans les insectes entiers et dans des compartiments de l'aleurode testés séparément (intestin, glandes salivaires et hémolymphe), atteint très rapidement un palier, qui varie peu pendant tout le reste de l'expérimentation. Une persistance importante de la charge virale est détectée dans les aleurodes entiers transférés sur une plante non hôte du TYLCV après une alimentation infectieuse de 3 jours. Le tractus intestinal constitue le lieu de stockage principal du virus. Les glandes salivaires représentent un lieu de stockage secondaire alors que la tête, les stylets et l'hémolymphe ne seraient qu'un lieu de transit du virus dans l'insecte vecteur. Ces observations indiquent que le TYLCV-Mld[RE] est transmis selon le mode circulant non multipliant par le biotype B de B. tabaci. L'absence de transmission transovarienne de l'isolat réunionnais du TYLCV-Mild par la population réunionnaise du biotype B de B. tabaci corrobore cette hypothèse et confirme pour un deuxième isolat de TYLCV-Mld les travaux de Bosco et al. (2004). (Texte intégral)

Suite à la première épidémie de Tomato yellow leaf curl virus (Begomovirus, Geminiviridae) à La Réunion en 1997, une enquête a été menée sur les cultures maraîchères des îles du sud-ouest de l'océan Indien, afin d'évaluer les risques sanitaires liés aux bégomovirus. Des campagnes de prélèvement de feuilles de tomate présentant des symptômes de feuille en cuillère, de jaunissement et de nanisme, ont été effectuées à Madagascar en 2001, dans les archipels des Comores (Mayotte, Anjouan et Grande Comore) en 2003-04 et des Seychelles (Mahé) en 2004. L'utilisation d'un couple d'amorces dégénérées spécifiques des bégomovirus qui amplifient la partie centrale du gène de la protéine de capside (CP) a permis de détecter par PCR la présence de bégomovirus dans de nombreux échantillons foliaires. Sur la base de la séquence de la CP, certains isolats pouvaient être provisoirement classées dans deux nouvelles espèces au sein du genre Begomovirus: (1) le Tomato leaf curl Madagascar virus (ToLCMGV) détecté à Madagascar dans trois régions de la côte ouest, Miandrivazo, Morondava et Toliary et (2) le Tomato leaf curl Mayotte virus (ToLCMYV) détecté à Mayotte, sur la côte est à Dembeni et sur la côté ouest à Combani et Kahani. Ce dernier a également été détecté aux Seychelles à Mahé et dans le nord de Madagascar à Namakely et à Ambilobe. La distinction de deux nouvelles espèces a été confirmé par la séquence complète de l'ADN-A de deux isolats du ToLCMGV-[Morondava] et -[Toliary] de Madagascar, de deux isolats du ToLCMYV-[Dembeni] et - [Kahani] de Mayotte et d'un isolat réunionnais du TYLCV-Mld[RE]. A l'exception de l'isolat Toliary, le pouvoir infectieux des clones viraux a été vérifié par agroinfection de jeunes plants de tomate. Ces clones agroinfectés provoquent des symptômes typiques de nanisme et de feuilles en cuillère comparables à ceux observés au champ, et sont transmissibles par aleurode B. tabaci. Ceci suggère que l'ADN-A représente l'intégralité du génome de ces virus. Des recherches de composants B et beta à l'aide d'amorce PCR à spectre large ont été infructueuses. L'étude des relations phylogénétiques montre que le ToLCMGV et le ToLCMYV appartiennent au groupe Africain des bégomovirus monopartites et qu'ils sont génétiquement proches des bégomovirus africains du manioc (bipartites) et méditerranéens de la tomate (monopartites). Contrairement au TYLCV qui a été introduit à La Réunion, ces deux nouvelles espèces virales semblent endémiques de la région: la plupart des îles du sud ouest de l'Océan Indien hébergent au moins une des deux espèces, la diversité intra espèces est relativement importante et les deux espèces sont plus proches l'une de l'autre que des autres bégomovirus. (Texte intégral)

Characteristic symptoms of Tomato yellow leaf curl disease on tomato plants with a great economic impact were recently observed in several islands of the South West part of the Indian Ocean. Tomato leaf samples presenting symptoms were assessed for viral presence by degenerate begomoviruses primers. Samples from Madagascar, Mayotte and Réunion were tested positive for DNA-A. No presence of DNA-B or DNA-? was revealed. For Réunion, the complete DNA-A was cloned and sequenced. Agroinoculation of tomato plants and transmission by Bemisia tabaci confirmed the Koch's postulate. The most significant alignments were obtained with Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) isolates with 98 to 99% nucleotide identity (DNAMAN, Lynnon Corporation, Quebec), suggesting that the virus present in Réunion is an isolate of TYLCV. For Madagascar, the 522 bp of the core region of the capsid protein (Whyatt and Brown, 1994) showed the most significant alignments with begomoviruses (NCBI, BLAST), 86 to 88% nucleotide identity (DNAMAN) with the isolates from Mayotte, 82% nucleotide identity with TYLCV isolates, South African mosaic virus - M12 (SACMV-[M12]) and East African mosaic Malawi virus - Malawi [K]. For Mayotte, the same region of the capsid protein showed similarly the most nucleotide identity with the isolate from Madagascar (86 to 88%), 86 to 87% nucleotide identity with TYLCV isolates and 85 to 86% nucleotide identity with SACMV-[M12]. The low nucleotide identity of begomovirus isolates from Madagascar and Mayotte (< 89%) with available begomovirus nucleotide sequences suggest the presence of two new species. To perform our analysis, the cloning and sequencing of the complete DNA-A of these viruses is actually in course. (Texte intégral)