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216 results on '"Nevoux Marie"'

1. Electrofishing eel, salmon and trout: impact of waveform and frequency on capture-per-unit-effort and spinal damage

Author

Pottier Gaétan, Nevoux Marie, and Marchand Frédéric

Subjects
electrofishing, waveform, current frequency, catch-per-unit-effort, spinal damage, Aquaculture. Fisheries. Angling, SH1-691
Abstract

Performing fish survey protocols with different electrofishing equipment and settings can lead to difficulties in comparing the data obtained. In this study, we captured two fish taxa (i.e. the European eel and salmonids: Atlantic salmon and brown trout) in the field using four models of electrofishers that provided different waveforms: direct current (DC), pulsed direct current (PDC) and pulsed exponential current (PEC). This study aimed to assess effects of using different waveforms and frequencies, while considering environmental variables, on i) attraction, represented by occurrence and catch-per-unit-effort (CPUE) of fishes, and ii) spinal damage, based on ultrasound of the spinal column. For all species, DC and PDC yielded equivalent occurrences and CPUEs, regardless of the frequency. In contrast, PEC induced a significant decrease in occurrences and CPUEs of both eels and salmonids. The percentage of injured fishes increased as the frequency or length of the salmonids increased while waveform had no effect. Ultrasound was determined to be a good non-invasive method to detect injuries in fishes.

Published
2020
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3. A deep neural network for multi-species fish detection using multiple acoustic cameras

Author

Garcia, Guglielmo Fernandez, Martignac, François, Nevoux, Marie, Beaulaton, Laurent, and Corpetti, Thomas

Subjects
Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition
Abstract

Underwater acoustic cameras are high potential devices for many applications in ecology, notably for fisheries management and monitoring. However how to extract such data into high value information without a time-consuming entire dataset reading by an operator is still a challenge. Moreover the analysis of acoustic imaging, due to its low signal-to-noise ratio, is a perfect training ground for experimenting with new approaches, especially concerning Deep Learning techniques. We present hereby a novel approach that takes advantage of both CNN (Convolutional Neural Network) and classical CV (Computer Vision) techniques, able to detect a generic class ''fish'' in acoustic video streams. The pipeline pre-treats the acoustic images to extract 2 features, in order to localise the signals and improve the detection performances. To ensure the performances from an ecological point of view, we propose also a two-step validation, one to validate the results of the trainings and one to test the method on a real-world scenario. The YOLOv3-based model was trained with data of fish from multiple species recorded by the two common acoustic cameras, DIDSON and ARIS, including species of high ecological interest, as Atlantic salmon or European eels. The model we developed provides satisfying results detecting almost 80% of fish and minimizing the false positive rate, however the model is much less efficient for eel detections on ARIS videos. The first CNN pipeline for fish monitoring exploiting video data from two models of acoustic cameras satisfies most of the required features. Many challenges are still present, such as the automation of fish species identification through a multiclass model. 1 However the results point a new solution for dealing with complex data, such as sonar data, which can also be reapplied in other cases where the signal-to-noise ratio is a challenge.

Published
2021

5. Taking full advantage of the diverse assemblage of data at hand to produce time series of abundance: a case study on Atlantic salmon populations of Brittany

Author

Lebot, Clement, Arago, Marie-Andree, Beaulaton, Laurent, Germis, Gaelle, Nevoux, Marie, Rivot, Etienne, and Prevost, Etienne

Subjects
Atlantic salmon -- Case studies -- Distribution -- Environmental aspects, Stock assessment (Wildlife management) -- Case studies -- Methods, Time-series analysis -- Case studies -- Usage, Company distribution practices, Earth sciences
Abstract

Estimation of abundance with wide spatiotemporal coverage is essential to the assessment and management of wild populations. But, in many cases, data available to estimate abundance time series have diverse forms, variable quality over space and time and they stem from multiple data collection procedures. We developed a hierarchical Bayesian modelling (HBM) approach that take full advantage of the diverse assemblage of data at hand to estimate homogeneous time series of abundances irrespective of the data collection procedure. We apply our approach to the estimation of adult abundances of 18 Atlantic salmon (Salmo salar) populations of Brittany (France) from 1987 to 2017 using catch statistics, environmental covariates, and fishing effort. Additional data of total or partial abundance collected in four closely monitored populations are also integrated into the analysis. The HBM framework allows the transfer of information from the closely monitored populations to the others. Our results reveal no clear trend in the abundance of adult returns in Brittany over the period studied. L'estimation de l'abondance a vaste couverture spatiotemporelle est necessaire pour revaluation et la gestion de populations d'animaux sauvages. Dans de nombreux cas, toutefois, les donnees disponibles pour l'estimation de series chronologiques d'abondance prennent differentes formes, sont de qualite variable dans le temps et l'espace et ont ete obtenues par differentes procedures. Nous avons elabore une approche de modelisation bayesienne hierarchique (MBH) pour tirer pleinement parti de l'assemblage varie de donnees disponibles pour estimer des series chronologiques homogenes d'abondance, quelle que soit la procedure de collecte de donnees. Nous appliquons l'approche a l'estimation de l'abondance d'adultes dans 18 populations de saumon atlantique (Salmo salar) de Bretagne (France) de 1987 a 2017, en utilisant des statistiques sur les prises, des covariables environnementales et l'effort de peche. D'autres donnees sur l'abondance totale ou partielle obtenues pour quatre populations faisant l'objet d'une surveillance etroite sont aussi integrees a l'analyse. Le cadre de MBH permet le transfert d'information sur des populations etroitement surveillees aux autres populations. Nos resultats ne font ressortir aucune tendance nette de l'abondance des adultes de retour en Bretagne au cours de la periode etudiee. [Traduit par la Redaction], Introduction For assessing past and current conservation status of fish populations and providing fisheries management advice, reliable time series of abundance are required. At a single spatiotemporal unit (e.g., a [...]

Published
2022
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7. Diadromous fish run assessment: a double-observer model using acoustic cameras to correct imperfect detection and improve population abundance estimates

Author

Boulenger, Clarisse, Roussel, Jean-marc, Beaulaton, Laurent, Martignac, François, Nevoux, Marie, Boulenger, Clarisse, Roussel, Jean-marc, Beaulaton, Laurent, Martignac, François, and Nevoux, Marie

Abstract

Introduction: Diadromous fish populations have strongly declined over decades, and many species are protected through national and international regulations. They account for less than 1% of fish biodiversity worldwide, but they are among the most perceptible linkages between freshwater and marine ecosystems. During their migration back and forth, diadromous fish species are subjected to many anthropogenic threats, among which river damming can severely limit access to vital freshwater habitats and jeopardize population sustainability. Here, we developed a method based on a double-observer modeling approach for estimating the abundance of diadromous fish during their migration in rivers. Methods: The method relies on two independent and synchronous records of fish counts that were analyzed jointly thanks to a hierarchical Bayesian model to estimate detection efficiencies and daily fish passage. We used simulated data to test model robustness and identify conditions under which the developed approach can be used. The approach was then applied to empirical data to estimate the annual silver eel run in the Touques River, France. Results: The analysis of simulated datasets and the study case gives evidence that the model can provide robust,accurate, and precise estimates of detection probabilities and total fish abundance in a set of conditions dependent on the information provided in the data (annual distribution of fish passage, annual number of observation, pairing period, etc.). Discussion: Then, the method can be applied to various species and counting systems, including nomad acoustic camera devices. We discuss its relevance for programs on river continuity restoration, notably to quantify population restoration associated with dam removals.

Published
2024
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8. Growth during the first summer at sea modulates sex-specific maturation schedule in Atlantic salmon

Author

Trehin, Cecile, Rivot, Etienne, Lamireau, Ludivine, Meslier, Lisa, Besnard, Anne-Laure, Gregory, Stephen D., and Nevoux, Marie

Subjects
Atlantic salmon -- Environmental aspects -- Growth, Summer -- Environmental aspects, Zoological research, Plants -- Development, Company growth, Earth sciences
Abstract

Recent decline in abundance of Atlantic salmon (Salmo salar) and concomitant changes in life history may result from a decline in the growth conditions during marine migration. Available literature suggests the existence of a sex-specific reaction norm linking maturation with environmental growth conditions at sea. However, the extent to which this mechanism explains variations in age at maturity remains unclear. Using a historical collection of scales (1987-2017) from the Selune River, France, we showed that marine growth declined over the first summer and remained stable during the subsequent periods at sea among returning salmon. Results support the hypothesis of a sex-specific probabilistic reaction norm, with individual probability to return after 1 year at sea increasing when growth increases. Females may require higher growth than males to attain their maturation threshold. This mechanism is a good candidate to explain temporal variability in sea-age at return at both the individual and population level in the Selune population and in many other southern European populations. Les baisses recentes de l'abondance des saumons atlantiques (Salmo salar), ainsi que des changements concomitants du cycle biologique pourraient decouler d'une deterioration des conditions de croissance durant la migration en mer. La documentation disponible semble indiquer l'existence d'une norme de reaction dependant du sexe qui relie la maturation aux conditions ambiantes durant la croissance en mer. La mesure dans laquelle ce mecanisme pourrait expliquer les variations de l'age a la maturite demeure toutefois incertaine. En utilisant une collection historique (1987-2017) d'ecailles provenant de la riviere Selune (France), nous demontrons que la croissance en mer diminuait durant le premier ete, pour ensuite demeurer stable durant les periodes subsequentes en mer chez les saumons de retour a la riviere. Les resultats appuient l'hypothese d'une norme de reaction probabiliste dependant du sexe, la probabilite individuelle de retour apres 1 an en mer augmentant de concert avec la croissance. Les femelles pourraient necessiter une croissance plus forte que les males pour atteindre leur seuil de maturation. Ce mecanisme est un bon candidat pour expliquer la variabilite temporelle de l'age en mer au moment du retour tant a l'echelle de l'individu que de la population dans la population de la riviere Selune et de nombreuses autres populations d'Europe meridionale. [Traduit par la Redaction], Introduction Climate change has induced widespread changes in the physical characteristics of the marine environment over recent decades, including increased sea-surface temperature (SST) and ocean acidification (Hoegh-Guldberg and Bruno 2010; [...]

Published
2021
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13. A multi‐population approach supports common patterns in marine growth and maturation decision in Atlantic salmon (Salmo salar L.) from Southern Europe

Author

Tréhin, Cécile, primary, Rivot, Etienne, additional, Santanbien, Valentin, additional, Patin, Rémi, additional, Gregory, Stephen D., additional, Lamireau, Ludivine, additional, Marchand, Frédéric, additional, Beaumont, William R. C., additional, Scott, Luke J., additional, Hillman, Robert, additional, Besnard, Anne‐Laure, additional, Boisson, Pierre‐Yves, additional, Meslier, Lisa, additional, King, R. Andrew, additional, Stevens, Jamie R., additional, and Nevoux, Marie, additional

Published
2023
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14. A multi‐population approach supports common patterns in marine growth and maturation decision in Atlantic salmon (Salmo salar L.) from southern Europe.

Author

Tréhin, Cécile, Rivot, Etienne, Santanbien, Valentin, Patin, Rémi, Gregory, Stephen D., Lamireau, Ludivine, Marchand, Frédéric, Beaumont, William R. C., Scott, Luke J., Hillman, Robert, Besnard, Anne‐Laure, Boisson, Pierre‐Yves, Meslier, Lisa, King, Andrew R., Stevens, Jamie R., and Nevoux, Marie

Subjects
ATLANTIC salmon, LIFE history theory, AIDS to navigation, SALMON, MARITIME history, SYNCHRONIC order
Abstract

This study provides a regional picture of long‐term changes in Atlantic salmon growth at the southern edge of their distribution, using a multi‐population approach spanning 49 years and five populations. We provide empirical evidence of salmon life history being influenced by a combination of common signals in the marine environment and population‐specific signals. We identified an abrupt decline in growth from 1976 and a more recent decline after 2005. As these declines have also been recorded in northern European populations, our study significantly expands a pattern of declining marine growth to include southern European populations, thereby revealing a large‐scale synchrony in marine growth patterns for almost five decades. Growth increments during their sea sojourn were characterized by distinct temporal dynamics. At a coarse temporal resolution, growth during the first winter at sea seemed to gradually improve over the study period. However, the analysis of finer seasonal growth patterns revealed ecological bottlenecks of salmon life histories at sea in time and space. Our study reinforces existing evidence of an impact of early marine growth on maturation decision, with small‐sized individuals at the end of the first summer at sea being more likely to delay maturation. However, each population was characterized by a specific probabilistic maturation reaction norm, and a local component of growth at sea in which some populations have better growth in some years might further amplify differences in maturation rate. Differences between populations were smaller than those between sexes, suggesting that the sex‐specific growth threshold for maturation is a well‐conserved evolutionary phenomenon in salmon. Finally, our results illustrate that although most of the gain in length occurs during the first summer at sea, the temporal variability in body length at return is buffered against the decrease in post‐smolt growth conditions. The intricate combination of growth over successive seasons, and its interplay with the maturation decision, could be regulating body length by maintaining diversity in early growth trajectories, life histories, and the composition of salmon populations. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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15. Inventaire de biodiversité des poissons et crustacés d’eau douce par pêche à l’électricité en petits cours d’eau tropicaux : réglages, efficacité et recommandations

Author

Roussel, Jean-marc, Pottier, Gaétan, Azam, Didier, Vigouroux, Régis, Marchand, Frédéric, Bargier, Nicolas, Nevoux, Marie, Raitif, Julien, Penil, Caroline, Cosson, Eddy, Beaulaton, Laurent, Roussel, Jean-marc, Pottier, Gaétan, Azam, Didier, Vigouroux, Régis, Marchand, Frédéric, Bargier, Nicolas, Nevoux, Marie, Raitif, Julien, Penil, Caroline, Cosson, Eddy, and Beaulaton, Laurent

Abstract

La pêche à l’électricité est une méthode classiquement utilisée pour les inventaires de biodiversité des poissons et crustacés dans le cadre de la surveillance réglementaire de l’état écologique des cours d’eau. Elle pose un certain nombre de difficultés en territoires ultramarins tropicaux, de par certaines spécificités physiques (conductivité de l’eau basse à très basse) et écologiques (communautés mixtes de poissons et de crustacés, biodiversité forte à très forte) qui les caractérisent. Issues du partenariat OFB-INRAE, les recherches menées en collaboration avec l’entreprise HYDRECO-Guyane ont permis de définir des conditions spécifiques d’application de la pêche à l’électricité pour les petits cours d’eau (< 6 mètres de large) tropicaux. Grâce à des essais au laboratoire et in situ, en Guyane, aux Antilles et à La Réunion, nous avons identifié les réglages électriques les plus efficaces pour la capture, l’estimation de la richesse spécifique et de l’abondance des espèces et le respect de la santé animale. Ces recherches se placent dans l’objectif plus large d’améliorer la qualité des données bancarisées pour le suivi environnemental des masses d’eau. Elles donnent lieu à des recommandations pour la maitrise d’œuvre et la maitrise d’ouvrage de la pêche à l’électricité en petits cours d’eau tropicaux.

Published
2023
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16. Inventaire de biodiversité des poissons et crustacés d’eau douce par pêche à l’électricité en petits cours d’eau tropicaux : réglages, efficacité et recommandations

Author

ROUSSEL, Jean-Marc, primary, POTTIER, Gaétan, additional, AZAM, Didier, additional, VIGOUROUX, Régis, additional, MARCHAND, Frédéric, additional, BARGIER, Nicolas, additional, NEVOUX, Marie, additional, RAITIF, Julien, additional, PENIL, Caroline, additional, COSSON, Eddy, additional, and BEAULATON, Laurent, additional

Published
2023
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25. Guide pour l’interprétation des écailles et l’estimation de l’âge chez le saumon atlantique (salmo salar) dans les populations françaises

Author

Baglinière, Jean-Luc, Jeannot, Nicolas, Nevoux, Marie, Lamireau, Ludivine, Lange, Frédéric, Josset, Quentin, Marchand, Frédéric, and Marchand, Frédéric

Subjects
[SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, scalimétrie, Salmo salar, estimation de l’âge, France, Saumon atlantique, écaille
Abstract

Un premier travail réalisé en 1985 a fourni un guide pour l’interprétation des écailles et l’estimationde l’âge du saumon atlantique (Salmo salar) des populations françaises. Mais depuis plus de 30ans, les structures démographiques des populations et les stratégies d’histoire de vie de l’espècese sont modifiées en raison d’une forte variabilité des conditions de vie en eau douce et en merliée au changement global. De fait, l’objectif de ce nouveau guide est de confirmer les clés taille-âge des populations françaises actuelles de saumons et de synthétiser l’ensemble des difficultésrencontrées actuellement pour l’interprétation des écailles en s’appuyant, notamment, sur lesopérations de suivi par capture-marquage-recapture menées sur certains cours d’eau. L’espèce estencore naturellement présente dans de nombreux cours d’eau français, notamment en Bretagne,Normandie et Pays basque. Après une présentation des connaissances actuelles sur l’écologie etles stratégies d’histoire de vie du saumon en France, la structure de son écaille, les méthodes derécolte, de préparation et de montage sont rapidement décrites. Les définitions des structuresscalimétriques et le système de notation de l’âge standard sont reprécisés en se référant auxpropositions déjà faites dans les guides scalimétriques du genreSalmo. Ce nouveau guide estlargement illustré à l’aide d’exemples d’écailles de saumons provenant de différentes régionsmontrant les structures typiques observées. Enfin, les principales difficultés rencontrées pourl’estimation de l’âge sont analysées à l’aide d’exemples en proposant de possibles solutions et ensuivant certaines recommandations.

Published
2022

29. Salmonids population dynamics: from ecology to management, and back…

Author

Nevoux, Marie, Nevoux, Marie, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

30. Un Réseau Neuronal Profond pour la Détection de Poissons Multi-Espèces Utilisant un Méthode Multi-Caméras Acoustiques

Author

Garcia, Guglielmo Fernandez, Martignac, François, Nevoux, Marie, Beaulaton, Laurent, Corpetti, Thomas, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Office français de la biodiversité (OFB), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique (LETG - Rennes), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université d'Angers (UA)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (IGARUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
FOS: Computer and information sciences, Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV), Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition, convolutional neural network, deep learning, [INFO.INFO-CV]Computer Science [cs]/Computer Vision and Pattern Recognition [cs.CV], artificial intelligence, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, fisheries management, ARIS, [SDE]Environmental Sciences, DIDSON, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, sonar cameras
Abstract

Underwater acoustic cameras are high potential devices for many applications in ecology, notably for fisheries management and monitoring. However how to extract such data into high value information without a time-consuming entire dataset reading by an operator is still a challenge. Moreover the analysis of acoustic imaging, due to its low signal-to-noise ratio, is a perfect training ground for experimenting with new approaches, especially concerning Deep Learning techniques. We present hereby a novel approach that takes advantage of both CNN (Convolutional Neural Network) and classical CV (Computer Vision) techniques, able to detect a generic class ''fish'' in acoustic video streams. The pipeline pre-treats the acoustic images to extract 2 features, in order to localise the signals and improve the detection performances. To ensure the performances from an ecological point of view, we propose also a two-step validation, one to validate the results of the trainings and one to test the method on a real-world scenario. The YOLOv3-based model was trained with data of fish from multiple species recorded by the two common acoustic cameras, DIDSON and ARIS, including species of high ecological interest, as Atlantic salmon or European eels. The model we developed provides satisfying results detecting almost 80% of fish and minimizing the false positive rate, however the model is much less efficient for eel detections on ARIS videos. The first CNN pipeline for fish monitoring exploiting video data from two models of acoustic cameras satisfies most of the required features. Many challenges are still present, such as the automation of fish species identification through a multiclass model. 1 However the results point a new solution for dealing with complex data, such as sonar data, which can also be reapplied in other cases where the signal-to-noise ratio is a challenge.

Published
2021

33. Rapport final des travaux liés à la convention 1078068

Author

Druet, Morgan, Rault, Pablo, Acou, Antony, Azam, Didier, Bardonnet, Agnes, Lasne, Emilien, Evanno, Guillaume, Feunteun, Eric, LAUNEY, Sophie, Lizé, Anne, Martignac, François, Nevoux, Marie, Prod’homme, Jordane, Emma, Robin, TEICHERT, Nils, Petit, Eric, Marchand, Frédéric, Unité Expérimentale d'Ecologie et d'Ecotoxicologie Aquatique - U3E (Rennes, France) (U3E ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Patrimoine naturel (PatriNat), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Office français de la biodiversité (OFB), pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Agence de l'Eau Seine-Normandie (AESN), dans le cadre du Programme Sélune, Agence de l'Eau Seine-Normandie, Pôle OFB-INRAE- Agrocampus Ouest-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement, AGROCAMPUS OUEST-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)

Subjects
Sélune, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Published
2021

34. Influence de l’environnement sur les traits d’histoire de vie et la dynamique des populations: Retour sur cinq cas d’études chez les oiseaux, les mammifères et les poissons

Author

Nevoux, Marie, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes 1, and Pr Luc Madec

Subjects
[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, dynamique des populations, Population dynamics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology
Published
2021

35. Dispersion et (re)colonisation du cours de la Sélune et de ses affluents : terminer un état de référence pour les poissons migrateurs amphihalins et anticiper l’expansion spatiale de l’écrevisse de Californie

Author

Druet, Morgan, Rault, Pablo, Acou, Antony, Azam, Didier, Bardonnet, Agnes, Lasne, Emilien, Evanno, Guillaume, Feunteun, Eric, Launey, Sophie, Lizé, Anne, Martignac, François, Nevoux, Marie, Prod’homme, Jordane, Emma, Robin, Teichert, Nils, Petit, Eric, Marchand, Frédéric, and NICOL, Clotilde

Subjects
Sélune, [SDV.EE] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment
Published
2021

36. Long-term changes in marine growth modulates maturation schedule in Atlantic salmon

Author

Tréhin, Cécile, Rivot, Etienne, Santanbien, Valentin, Lamireau, Ludivine, Meslier, Lisa, Besnard, Anne-Laure, Bolstad, Geir H., Czorlich, Yann, Gregory, Stephen D., Nevoux, Marie, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

37. Predicting the effects of environmental factors and juvenile body length on adult marine return rates of Atlantic salmon Salmo salar

Author

Simmons, Olivia, Britton, J. Robert, Gillingham, Phillipa K., Nevoux, Marie, Riley, William D., Rivot, Etienne, Gregory, Stephen D., Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

38. Interprétation des écailles et estimation de l’âge chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) dans les écosystèmes aquatiques de l’île de la Réunion : Contribution à la connaissance de ses traits d’histoire de vie

Author

Baglinière, Jean-Luc, Marie, Amandine, Nevoux, Marie, Gabriel, Hoarau, Marchand, Frédéric, Roussel, Jean-Marc, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INRAE, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Published
2021

39. Reconciling stock-assessment with MCMC - Optimizing the new ICES WGNAS Atlantic Salmon stock-assessment model

Author

Patin, Rémi, Hernvann, Pierre-Yves, Nevoux, Marie, Olmos, Maxime, Rivot, Etienne, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2021

41. Predicting how environmental conditions and smolt body length when entering the marine environment impact individual Atlantic salmon Salmo salar adult return rates.

Author

Simmons, Olivia Meredith, Britton, J. Robert, Gillingham, Phillipa K., Nevoux, Marie, Riley, William D., Rivot, Etienne, and Gregory, Stephen D.

Subjects
ATLANTIC salmon, BODY size, FRESH water, ENVIRONMENTAL auditing, SEA basses, ESTUARIES, MARINE biodiversity
Abstract

Populations of Atlantic salmon Salmo salar have experienced precipitous declines in abundance since the 1970s. This decline has been associated with reduced numbers of adult salmon returning to fresh water from their marine migration, i.e., their marine return rates (MRR). Thus, understanding the factors that affect MRR is of crucial conservation importance. The authors used a state‐space model with a 13‐year time series of individually tagged salmon mark‐recapture histories on the River Frome, southern England, to test the effect of smolt body length on their MRR. In addition to smolt length, the model tested for the influence of environmental covariates that were representative of the conditions experienced by the smolts in the early stages of their seaward migration, i.e., from the lower river to the estuary exit. The model indicated that, even when accounting for environmental covariates, smolt body length was an important predictor of MRR. Although larger smolts have a higher probability of returning to their natal river as adults than smaller smolts, and one‐sea‐winter salmon have a survival rate twice as high as multi‐sea‐winter salmon, the actual biological mechanisms underpinning this phenomenon remain uncertain. These results have important applications for salmon conservation, as efforts to bolster salmon populations in the freshwater environment should consider methods to improve smolt quality (i.e., body size) as well as smolt quantity. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2022
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42. Archived scales of Atlantic salmon reveal a sex specific maturation reaction norm related to growth at sea

Author

Tréhin, Cécile, Rivot, Etienne, Evanno, Guillaume, Lamireau, Ludivine, Nevoux, Marie, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

43. Le saumon atlantique

Author

Prévost, Etienne, Nevoux, Marie, Rivot, Etienne, Baglinière, Jean-Luc, Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Philippe Keith, Nicolas Poulet, Gaël Denys, Thomas Changeux, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

44. Long term changes in marine growth modulates maturation schedule in Atlantic salmon

Author

Tréhin, Cécile, Rivot, Etienne, Santanbien, Valentin, Lamireau, Ludivine, Meslier, Lisa, Besnard, Anne-Laure, Gregory, Stephen D., Nevoux, Marie, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

46. State-space modeling of multi-decadal mark-recapture data reveals low adult dispersal in a nursery-dependent fish metapopulation

Author

Lecomte, Jean-baptiste, Le Pape, Olivier, Baillif, Hélène, Nevoux, Marie, Vermard, Youen, Savina-rolland, Marie, Veron, Matthieu, Lehuta, Sigrid, Hunter, Ewan, Rivot, Etienne, Lecomte, Jean-baptiste, Le Pape, Olivier, Baillif, Hélène, Nevoux, Marie, Vermard, Youen, Savina-rolland, Marie, Veron, Matthieu, Lehuta, Sigrid, Hunter, Ewan, and Rivot, Etienne

Abstract

Quantifying connectivity within fish metapopulations is an important component in understanding population dynamics and providing an evidence base for assessment and management. We investigate meta-population connectivity of the common sole (Solea solea L.) in the Eastern English Channel (EEC). The EEC common sole stock is currently assessed as a single and spatially homogeneous population but connectivity induced through adult movements within this stock and with nearby stocks remains unknown. To fill this knowledge gap, we developed a state-space mark-recovery model, designed to estimate adult connectivity, using mark-recapture data from multiple release experiments from 1970 to 2018 across the EEC and adjacent management areas. The model estimates seasonal fish movements between five pre-defined areas, Western English Channel, Eastern English Channel (split into three discrete sub-areas) and North Sea. Over 32000 fish were tagged, 4036 of which were recovered via fisheries. Our results suggest minimal large-scale adult movements between these areas: movements among spatial units within the EEC were very low with even lower levels of immigration from areas adjoining the EEC. Our results support the hypothesis of segregated populations within the EEC. The importance of accommodating population substructure in the fisheries management is considered.

Published
2020
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47. Spatial synchrony in the response of a long range migratory species (Salmo salar) to climate change in the North Atlantic Ocean

Author

Olmos, Maxime, Payne, Mark R, Nevoux, Marie, Prévost, Etienne, Chaput, Gérald, Du Pontavice, Hubert, Guitton, Jérôme, Sheehan, Timothy, Mills, Katherine, Rivot, Etienne, Olmos, Maxime, Payne, Mark R, Nevoux, Marie, Prévost, Etienne, Chaput, Gérald, Du Pontavice, Hubert, Guitton, Jérôme, Sheehan, Timothy, Mills, Katherine, and Rivot, Etienne

Abstract

A major challenge in understanding the response of populations to climate change is to separate the effects of local drivers acting independently on specific populations, from the effects of global drivers that impact multiple populations simultaneously and thereby synchronize their dynamics. We investigated the environmental drivers and the demographic mechanisms of the widespread decline in marine survival rates of Atlantic salmon (Salmo salar) over the last four decades. We developed a hierarchical Bayesian life cycle model to quantify the spatial synchrony in the marine survival of 13 large groups of populations (called stock units, SU) from two continental stock-groupings (CSG) in North America (NA) and Southern Europe (SE) over the period 1971-2014. We found strong coherence in the temporal variation in post-smolt marine survival among the 13 SU of NA and SE. A common North Atlantic trend explains 37% of the temporal variability of the survivals for the 13 SU and declines by a factor 1.8 over the 1971-2014 time series. Synchrony in survival trends is stronger between SU within each CSG. The common trends at the scale of NA and SE capture 60% and 42% of the total variance of temporal variations, respectively. Temporal variations of the post-smolt survival are best explained by the temporal variations of sea surface temperature (SST, negative correlation) and net primary production indices (PP, positive correlation) encountered by salmon in common domains during their marine migration. Specifically, in the Labrador Sea/Grand Banks for NA populations 26% and 24% of variance is captured by SST and PP, respectively and in the Norwegian Sea for SE populations 21% and 12% of variance is captured by SST and PP, respectively. The findings support the hypothesis of a response of salmon populations to large climate induced changes in the North Atlantic simultaneously impacting populations from distant continental habitats.

Published
2020

50. Mapping the kelp distribution area of the Sept-Iles marine reserve (Brittany, France) using hydroacoustics

Author

Martignac, François, Provost, Pascal, Nevoux, Marie, Écologie et santé des écosystèmes (ESE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Nevoux, Marie

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

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