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Peste des petits ruminants (PPR) is caused by a Morbillivirus (Paramyxoviridae) that infects mostly goats and sheep. Discovered in Ivory Coast in 1942, this disease is now endemic in most African countries and has spread in Asia as far as India and China1. In immunologically naïve small ruminant populations, mortality rate is around 90% among younger animals, whilst it has milder effects on older ones. PPR has a devastating effect on the economies of low-income families. A live attenuated vaccine was developed in the 1980's, providing a life-long immunity after a single injection. The global eradication of PPR is now on the agenda of the Food and Agricultural Organization of the United Nations (FAO) and World Animal Health Organization (OIE) who play a pivotal role as they aim to reach this goal before 2030 ². Mobility of live animals is the most important factors in the diffusion and in maintaining the disease endemic in West Africa. It is a complex phenomenon involving different types of movements: small ruminants' trade among Western Africa countries (http://faostat.fao.org/); transhumance from arid areas of the North to greener areas in the South and sometimes crossing frontiers; religious festivity, like Tabaski during which millions of sheep are slaughtered. With this respect, Senegal and Mauritania have developed a system of animal health certificates to track livestock movements. These data allow researchers to re-construct the mobility network at the country level, and provides hint about animal movements across their borders. To describe PPR diffusion patterns, estimate its infectious burden, and assess the effects of PPR vaccination strategies we have been developing a metapopulation model for PPR in Mauritania and Senegal. We consider a network whose nodes correspond to administrative districts, and whose links represent the animal movements between two of them. The model couples the virus transmission and small ruminant population dynamics occurring at the local (within-district) level, with the virus diffusion due to livestock mobility. The model uses different data sources. The mobility network is built on the data collected by the Mauritanian and Senegalese Veterinarian Services. Small ruminant population dynamics is calibrated on the data from previous follow-up studies implemented in Senegal 3. PPR prevalence and epidemiological data are taken from the VACNADA project (http://au-ibar.org/vacnada). We briefly present the analysis of the different data sources to provide a panoramic view of the situation in West Africa. We then present some of the results of the model, focusing on the conditions that could lead to PPR outbreaks, maintain its endemicity, or stop the epidemics.

Purpose: Rift Valley fever virus (RVFV) is a mosquito-borne zoonosis endemic in Africa. Since 1930, outbreaks have occurred in tropical, hot-irrigated or arid ecosystems. In 2008-2009, an outbreak occurred in a temperate and mountainous area of Madagascar highlands. We conducted a 3-year serological follow-up in cattle in a pilot area of these highlands (894 bovine in 2009, 516 in 2010 and 210 in 2011). Cattle exchange and vector population dynamics were investigated. Despite unfavourable climatic conditions and absence of Aedes mosquitoes (main vectors in Africa), results showed that the virus kept circulating till 2011 in absence of clinical cases. The objective of this study was to understand the mechanisms allowing the virus to circulate in this unfavourable ecosystem. We propose a model coupling cattle exchange practices and vector-borne transmission to explain the RVFV spread and persistence in this area. Methods: The model is parameterized to reproduce the local conditions of Madagascar highlands, using observational data collected in the area: villages/ rice field locations, number of cattle per village, cattle birth/death rates, cattle exchange networks built using SNA methodology, monthly abundance of mosquitoes, monthly variations of the mosquito parity rate. Non-observable parameters such as transmission parameters were estimated using collected serological data. The model was used to analyse 3 potential mechanisms that could explain the recurrent circulation of RVFV in the area: (i) recurrent introductions from other regions of Madagascar, (ii) RVFV direct transmission between cattle during calving period, (iii) a low level vector-based circulation during winter thanks to a residual vector population. All possible combinations were tested. Results: Predictions satisfactorily reproduced field observations. Results appeared robust according to the sensitivity analysis. Conclusions/ Relevance: Interweaving between agricultural works in rice fields, seasonality of vector proliferation, cattle exchange and traditional practices (socio-economic practices) could be a key element for understanding RVFV circulation in this area of Madagascar highlands. (Texte intégral)

La Fièvre de la Vallée du Rift, isolée pour la première fois en 1979 sur les hauts plateaux malgaches, a causée des épidémies en 1991 et 2008. En 2008, des cas humains et animaux ont été identifiés dans le district d'Anjozorobe. Une étude sérologique des bovins identifiés de cette zone a montré un taux de séroprévalence de 28% pour cette même année. L'analyse des données suggère une circulation récurrente du virus de la FVR dans cette zone, favorisée par les mouvements commerciaux de bovins. Le rôle des mouvements de bétails ayant déjà été mis en évidence dans la diffusion des maladies animales, l'objectif de cette étude était de décrire et analyser le réseau commercial des bovins de la zone d'Anjozorobe et de déterminer le lien potentiel entre la structure du réseau et la circulation du virus dans la zone. Une enquête auprès des éleveurs de la zone a été menée de Février à Juillet 2009 afin de collecter les données commerciales. Ces données ont été utilisées pour construire le réseau commercial, les villages étant définis comme noeuds et les mouvements d'animaux comme liens. Dans le même temps, les bovins qui étaient séronégatifs en 2008 ont été rééchantillonnés en 2009 afin de détecter des séroconversions. Un taux d'incidence intra-village annuel a été estimé. Une analyse multivariée a été menée pour étudier l'association entre l'occurrence de séroconversion dans chaque village (variable binaire), et les paramètres de centralité (degrés d'échanges et d'achat/vente) ainsi qu'une variable environnementale qui avait précédemment été liée au risque de transmission (distance du village au point d'eau le plus proche) et le taux de séroprévalence en 2008 (i.e., niveau de couverture immunitaire du cheptel bovin). Du fait de la non-dépendance des observations (les villages sont liés par le commerce d'animaux), une procédure bootstrap a été utilisée pour estimer l'effet des variables explicatives. L'enquête incluait 777 animaux et 386 éleveurs de 41 villages parmi 52 existants dans la zone d'étude. Le taux d'incidence intra-village s'étalait de 0% à 20%. Deux types de mouvements commerciaux de bovins ont été observés : échanges et achats/ventes. Deux différents réseaux ont donc été construit et analysés. La distribution des degrés suggère que les deux réseaux sont libres d'échelle avec un fort degré d'hétérogénéité. Une significative mais faible corrélation a été observée entre les deux réseaux (0.16, p

En 2008, des épisodes de Fièvre de la Vallée du Rift ou FVR sont apparus dans la commune d'Ambongamarina. Pourtant, le contexte climatique de cette zone n'est pas favorable au développement de vecteurs en forte densité. Nous avons donc cherché à étudier les mouvements des bovins liés à cette zone, qui pourraient être à l'origine d'une transmission directe. Les pratiques commerciales des éleveurs de cette commune ont été étudiées afin de déterminer l'impact qu'elles peuvent avoir sur cette répartition de la maladie. Le réseau de commercialisation a ainsi été identifié. Sur les 68 marchés du réseau identifié, 18 ont pu être enquêtés. Les données de mouvements entre chaque village de la commune ont été ajoutées à l'analyse. Au sein de la Commune Ambongamarina, deux types de commerce ont pu être mis en avant. Lors des enquêtes, 163 personnes nous ont révélés avoir pratiqué des achats/ventes entre 2007 et 2009, contre 73 pour les échanges. Les réseaux d'échanges et d'achats/ventes de la Commune Ambongamarina ont été construits grâce à la méthode d'Analyse des Réseaux Sociaux (SNA). L'analyse de ces deux réseaux montre qu'ils sont très différents par leurs chemins de commercialisations mais aussi par leurs plaques tournantes. De même, le réseau des flux de bovins existant entre les marchés et les villages de la Commune, a été construit et représente à la fois les activités commerciales des éleveurs et des collecteurs. Les indices de centralité, spécifiques au SNA, qui ont été appliqués semblent désigner les marchés d'Ambatomena et Ambohimandroso comme les marchés les plus influents du réseau. Il semblerait, par ailleurs, que celui d'Ambatomena soit un super spreader. Pour la Commune, 3 villages ressortent comme à risques pour la diffusion de la FVR. Les indices de centralité pourraient indiquer que les villages les plus à risque pour la diffusion de la FVR d'après les analyses statistiques, basées sur la typologie des élevages de la Commune étudiée, ne soient pas les villages les plus centraux du réseau. Cependant des liens commerciaux ont pu être dégagés entre ces villages dits les plus à risque et les marchés liés à la Commune, notamment celui d'Ambatomena. L'ensemble des résultats préliminaires semble mettre en avant une influence des mouvements de bovins dans la dispersion de la FVR au sein de la commune étudiée. Ces résultats ne sont cependant pas suffisants pour affirmer cette influence. Cette première étape de modélisation servira de base et sera approfondie par d'autres études, lors d'une thèse de doctorat sur la Diffusion de la FVR par les mouvements de ruminants.

France is one of Europe’s foremost poultry producers and the world’s fifth largest producer of poultry meat. In November 2016, highly pathogenic avian influenza (HPAI) virus subtype H5N8 emerged in poultry in the country. As of 23 March 2017, a total of 484 confirmed outbreaks were reported, with consequences on animal health and socio-economic impacts for producers. Methods: We examined the spatio-temporal distribution of outbreaks that occurred in France between November 2016 and March 2017, using the space–time K-function and space–time permutation model of the scan statistic test. Results: Most outbreaks affected duck flocks in south-west France. A significant space–time interaction of outbreaks was present at the beginning of the epidemic within a window of 8 km and 13 days. This interaction disappeared towards the epidemic end. Five spatio-temporal outbreak clusters were identified in the main poultry producing areas, moving sequentially from east to west. The average spread rate of the epidemic front wave was estimated to be 5.5 km/week. It increased from February 2017 and was negatively associated with the duck holding density. Conclusion: HPAI-H5N8 infections varied over time and space in France. Intense transmission events occurred at the early stages of the epidemic, followed by long-range jumps in the disease spread towards its end. Findings support strict control strategies in poultry production as well as the maintenance of high biosecurity standards for poultry holdings. Factors and mechanisms driving HPAI spread need to be further investigated., Eurosurveillance, 23 (26), ISSN:1560-7917

Rift Valley fever (RVF) is a zoonotic disease first described in 1930 in Kenya. Primarily transmitted between ruminant by mosquitoes of Aedes, Culex and Anopheles genus, it can also be transmitted to humans by direct contact with abortion products or body fluids of viraemic animals. This disease has been described in many African countries, in the Arabian Peninsula and the Indian Ocean. The circulation of RVF virus (RVFV) has been reported in three ecosystems: (i) semi-arid areas of South and East Africa, (ii) temporary ponds in arid areas, (iii) irrigated areas near large rivers. Within each of these ecosystems, the role of animal movements in the introduction of RVFV and that of mosquitoes in virus transmission has been strongly emphasized. Despite the existence of statistical models that predict the emergence of RVFV in East Africa based on rainfall level, the transmission mechanisms involved in other areas are still uncertain. The occurrence of an outbreak in a temperate and mountainous ecosystem of Madagascar, where the species and vector abundances are unfavorable to the persistence of RVFV, raises questions about these mechanisms.The objective of this thesis is to identify the factors and the epidemiological processes that support the RVFV recurrent circulation in a temperate ecosystem of Madagascar. The study took into account the socio-economic practices as well as major mosquito vectors of the area. The main modes of virus spread between cattle were studied during a three years serological follow-up. A mathematical model was elaborated and calibrated using empirical and field data collected in the area. Two cattle exchange practices could be distinguished: the usual trade and a traditional practice of barter. The results of the analysis suggest a different impact of these two practices in RVFV circulation. While trade may allow virus introduction, the barter practice would support its spread within the area. A deterministic model was built to compare four scenarios that could explain the recurrent virus circulation in this unfavorable ecosystem. Results suggest that, if the vector-based transmission remains the main transmission mode, direct transmission from viremic cows at calving could also play a role. RVFV circulation is favored by socio-economic practices of the area that led, despite the dry season, to the exposure of introduced, and potentially viremic, cattle to vectors., La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une arbovirose zoonotique décrite pour la première fois en 1930 au Kenya. Transmise principalement entre ruminants par des moustiques des genres Aedes, Culex et Anopheles, elle peut aussi se transmettre à l’homme par contact direct avec des produits d’avortement ou des fluides corporels d'animaux virémiques. Cette maladie a été décrite dans de nombreux pays d’Afrique ainsi que sur la péninsule arabique et dans l’Océan Indien. La circulation du virus de la FVR (VFVR) a été décrite dans 3 écosystèmes distincts : (i) les zones semi-arides sud- et est-africaines, (ii) les mares temporaires des zones arides, (iii) les zones irriguées adjacentes à de grands fleuves. Au sein de chacun de ces écosystèmes, le rôle des mouvements d’animaux dans l’introduction du VFVR et des moustiques vecteurs dans sa transmission ont fortement été mis en avant. Malgré l’existence de modèles statistiques pouvant prédire l’émergence du VFVR en Afrique de l’est notamment grâce au niveau de pluviométrie, les mécanismes de transmissions en jeu dans les autres régions sont encore incertains. L’apparition de foyers dans un écosystème tempéré et montagneux de Madagascar, où les espèces et abondances vectorielles ne sont pas favorables à la persistance du VFVR, suscite des interrogations quant à ces mécanismes.L’objectif de cette thèse est d’identifier les facteurs et les processus épidémiologiques permettant la circulation récurrente du VFVR dans un écosystème tempéré de Madagascar. L’étude a pris en considération les pratiques socio-économiques ainsi que les principaux moustiques vecteurs du virus de la zone tempérée des hautes terres malgaches. Les principaux modes de diffusion du virus entre bovins ont été étudiés au cours de 3 années de suivi sérologique. Un modèle mathématique calibré sur la base de nombreuses données empiriques collectées dans cette zone est proposé. Deux pratiques commerciales ont pu être distinguées : le commerce classique et une pratique traditionnelle de troc. Les résultats de l’analyse suggèrent une implication différente de ces deux pratiques dans la circulation du VFVR. Alors que le commerce pourrait permettre l’introduction du virus, la pratique du troc serait quant à elle le support de la circulation au sein de la zone. Un modèle déterministe est construit afin de comparer quatre scénarios pouvant expliquer la circulation virale dans cet écosystème peu favorable. Les résultats suggèrent que, si la transmission vectorielle reste la principale voie de transmission dans cet écosystème inhabituel, la transmission directe lors du vêlage de vaches virémiques pourrait également jouer un rôle. La circulation du VFVR est de plus favorisée par les pratiques socio-économiques de la zone qui permettent, malgré la saison sèche, l’exposition des bovins introduits et potentiellement virémiques aux moustiques vecteurs.