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14 results on '"Nicolas Lachaussée"'

1. Data quality control considerations in multivariate environmental monitoring: experience of the French coastal network SOMLIT

Author

Elsa Breton, Nicolas Savoye, Peggy Rimmelin-Maury, Benoit Sautour, Eric Goberville, Arnaud Lheureux, Thierry Cariou, Sophie Ferreira, Hélène Agogué, Samir Alliouane, Fabien Aubert, Sébastien Aubin, Eric Berthebaud, Hadrien Blayac, Lucie Blondel, Cédric Boulart, Yann Bozec, Sarah Bureau, Arnaud Caillo, Arnaud Cauvin, Jean-Baptiste Cazes, Léo Chasselin, Pascal Claquin, Pascal Conan, Marie-Ange Cordier, Laurence Costes, Romain Crec’hriou, Olivier Crispi, Muriel Crouvoisier, Valérie David, Yolanda Del Amo, Hortense De Lary, Gaspard Delebecq, Jeremy Devesa, Aurélien Domeau, Maria Durozier, Claire Emery, Eric Feunteun, Juliette Fauchot, Valérie Gentilhomme, Sandrine Geslin, Mélanie Giraud, Karine Grangeré, Gerald Grégori, Emilie Grossteffan, Aurore Gueux, Julien Guillaudeau, Gael Guillou, Manon Harrewyn, Orianne Jolly, Florence Jude-Lemeilleur, Paul Labatut, Nathalie Labourdette, Nicolas Lachaussée, Michel Lafont, Veronique Lagadec, Christophe Lambert, Jezebel Lamoureux, Laurent Lanceleur, Benoit Lebreton, Eric Lecuyer, David Lemeille, Yann Leredde, Cédric Leroux, Aude Leynaert, Stéphane L’Helguen, Camilla Liénart, Eric Macé, Eric Maria, Barbara Marie, Dominique Marie, Sébastien Mas, Fabrice Mendes, Line Mornet, Behzad Mostajir, Laure Mousseau, Antoine Nowaczyk, Sandra Nunige, René Parra, Thomas Paulin, David Pecqueur, Franck Petit, Philippe Pineau, Patrick Raimbault, Fabienne Rigaut-Jalabert, Christophe Salmeron, Ian Salter, Pierre-Guy Sauriau, Laurent Seuront, Emmanuelle Sultan, Rémi Valdès, Vincent Vantrepotte, Francesca Vidussi, Florian Voron, Renaud Vuillemin, Laurent. Zudaire, and Nicole Garcia

Subjects
environmental monitoring network, data quality control, inter-laboratory comparison exercises, measurement uncertainty, analyst performance, multivariate dataset, Science, General. Including nature conservation, geographical distribution, QH1-199.5
Abstract

IntroductionWhile crucial to ensuring the production of accurate and high-quality data—and to avoid erroneous conclusions—data quality control (QC) in environmental monitoring datasets is still poorly documented.MethodsWith a focus on annual inter-laboratory comparison (ILC) exercises performed in the context of the French coastal monitoring SOMLIT network, we share here a pragmatic approach to QC, which allows the calculation of systematic and random errors, measurement uncertainty, and individual performance. After an overview of the different QC actions applied to fulfill requirements for quality and competence, we report equipment, accommodation, design of the ILC exercises, and statistical methodology specially adapted to small environmental networks (

Published
2023
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2. Ecological Observations Based on Functional Gene Sequencing Are Sensitive to the Amplicon Processing Method

Author

Fabien Cholet, Agata Lisik, Hélène Agogué, Umer Z. Ijaz, Philippe Pineau, Nicolas Lachaussée, and Cindy J. Smith

Subjects
amplicon sequencing, functional genes, nitrogen cycle, amplicon sequence variant, coastal sediments, Microbiology, QR1-502
Abstract

ABSTRACT Until recently, the de facto method for short-read-based amplicon reconstruction was a sequence similarity threshold approach (operational taxonomic units [OTUs]). This has changed with the amplicon sequence variant (ASV) method where distributions are fitted to abundance profiles of individual genes using a noise-error model. While OTU-based approaches are still useful for 16S rRNA/18S rRNA genes, where thresholds of 97% to 99% are used, their use for functional genes is still debatable as there is no consensus on clustering thresholds. Here, we compare OTU- and ASV-based reconstruction approaches and taxonomy assignment methods, the naive Bayesian classifier (NBC) and Bayesian lowest common ancestor (BLCA) algorithm, using a functional gene data set from the microbial nitrogen-cycling community in the Brouage mudflat (France). A range of OTU similarity thresholds and ASVs were used to compare amoA (ammonia-oxidizing archaea [AOA] and ammonia-oxidizing bacteria [AOB]), nxrB, nirS, nirK, and nrfA communities between differing sedimentary structures. Significant effects of the sedimentary structure on weighted UniFrac (WUniFrac) distances were observed for AOA amoA when using ASVs, an OTU at a threshold of 97% sequence identity (OTU-97%), and OTU-85%; AOB amoA when using OTU-85%; and nirS when using ASV, OTU-90%, and OTU-85%. For AOB amoA, significant effects of the sedimentary structures on UniFrac distances were observed when using OTU-97% but not ASVs, and the inverse was found for nrfA. Interestingly, conclusions drawn for nirK and nxrB were consistent between amplicon reconstruction methods. We also show that when the sequences in the reference database are related to the environment in question, the BLCA algorithm leads to more phylogenetically relevant classifications. However, when the reference database contains sequences more dissimilar to the ones retrieved, the NBC obtains more information. IMPORTANCE Several analysis pipelines are available to microbial ecologists to process amplicon sequencing data, yet to date, there is no consensus as to the most appropriate method, and it becomes more difficult for genes that encode a specific function (functional genes). Standardized approaches need to be adopted to increase the reliability and reproducibility of environmental amplicon-sequencing-based data sets. In this paper, we argue that the recently developed ASV approach offers a better opportunity to achieve such standardization than OTUs for functional genes. We also propose a comprehensive framework for quality filtering of the sequencing reads based on protein sequence verification.

Published
2022
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3. A Machine-Learning Approach to Intertidal Mudflat Mapping Combining Multispectral Reflectance and Geomorphology from UAV-Based Monitoring

Author

Guillaume Brunier, Simon Oiry, Nicolas Lachaussée, Laurent Barillé, Vincent Le Fouest, and Vona Méléder

Subjects
UAV, multispectral, temperate mudflat, geomorphic mapping, random forest classification, microphytobenthos, Science
Abstract

Remote sensing is a relevant method to map inaccessible areas, such as intertidal mudflats. However, image classification is challenging due to spectral similarity between microphytobenthos and oyster reefs. Because these elements are strongly related to local geomorphic features, including biogenic structures, a new mapping method has been developed to overcome the current obstacles. This method is based on unmanned aerial vehicles (UAV), RGB, and multispectral (four bands: green, red, red-edge, and near-infrared) surveys that combine high spatial resolution (e.g., 5 cm pixel), geomorphic mapping, and machine learning random forest (RF) classification. A mudflat on the Atlantic coast of France (Marennes-Oléron bay) was surveyed based on this method and by using the structure from motion (SfM) photogrammetric approach to produce orthophotographs and digital surface models (DSM). Eight classes of mudflat surface based on indexes, such as NDVI and spectral bands normalised to NIR, were identified either on the whole image (i.e., standard RF classification) or after segmentation into five geomorphic units mapped from DSM (i.e., geomorphic-based RF classification). The classification accuracy was higher with the geomorphic-based RF classification (93.12%) than with the standard RF classification (73.45%), showing the added value of combining topographic and radiometric data to map soft-bottom intertidal areas and the user-friendly potential of this method in applications to other ecosystems, such as wetlands or peatlands.

Published
2022
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5. Thapsus, port antique de Méditerranée

Author

Laurence Tranoy, Yamen Sghaïer, Laurent Brassous, Mohamed Ben Nejma, Guillaume Bruniaux, Jean-Michel Carozza, Lorenzo Fornaciari, Ahmed Gadhoum, Fatma Haddad, Nicolas Lachaussée, François Lévêque, Vivien Mathé, Chokri Touhiri, and Natacha Volto

Subjects
General Earth and Planetary Sciences, General Environmental Science
Published
2023
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6. Nycthemeral Movements of Wintering Shorebirds Reveal Important Differences in Habitat Uses of Feeding Areas and Roosts

Author

J. Gernigon, David Pinaud, Pierrick Bocher, C. Pignon-Mussaud, F. Robin, C. Jourdan, Nicolas Lachaussée, Jérôme Fort, J.-C. Lemesle, Philippe Pineau, P. Delaporte, P. Rousseau, LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), and Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Foraging, Intertidal zone, Context (language use), Aquatic Science, Nocturnal, 01 natural sciences, Predation, Intertidal mudflats, Coastal ecology, 14. Life underwater, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Ecology, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, 15. Life on land, biology.organism_classification, GPS tracking, Geography, Habitat, Nocturnal foraging, Limosa lapponica, Godwit, [SDE]Environmental Sciences, Coastal habitats
Abstract

Most shorebirds depend on coastal habitats for much of their life cycle. The quality and diversity of feeding areas during the wintering period directly condition their winter survival, subsequent migration, and breeding success. During their wintering in France, shorebirds use intertidal areas for feeding, both in daylight and at night, depending on the availability of mudflats during the tidal cycle. In this context, we studied whether the bar-tailed godwit (Limosa lapponica) shows contrasting foraging behaviors and distributions between day and night in response to differences in visual capacities, prey availability, potential predation risk, and human activities. We carried out a fine-scale GPS tracking of birds at one of their main wintering sites along the French Atlantic coast. We predicted smaller foraging home ranges at night because of limits for godwits to detect prey visually, suggesting more sediment probing and less movement. Godwits used the entire time window when they have access to intertidal areas, but they faithfully selected distinct diurnal and nocturnal feeding areas using a low number of patches. This variability in space use highlights differences in selection of habitats, such as seagrass beds selected by most of the tracked godwits by day and used much less at night. In addition, distinct feeding distributions of monitored birds revealed interindividual variability in habitat selection, even more by night, most likely to reduce intraspecific competition. We therefore urge greater consideration of the night distribution of birds, rarely evaluated in shorebird studies, to define areas and habitats of importance to future management and conservation measures.

Published
2021
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8. ACCURACY ASSESSMENT OF COASTAL TOPOGRAPHY DERIVED FROM UAV IMAGES

Author

Nicolas Lachaussée, Frédéric Pouget, Nathalie Long, B. Millescamps, Xavier Bertin, A. Dumon, LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), and Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
lcsh:Applied optics. Photonics, business.product_category, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Coastal monitoring, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, lcsh:Technology, 01 natural sciences, Data acquisition, Digital Surface Model, Structure from motion, 14. Life underwater, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, Image resolution, Accuracy, 021101 geological & geomatics engineering, 0105 earth and related environmental sciences, Digital camera, Remote sensing, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, lcsh:T, lcsh:TA1501-1820, Ranging, UAV photogrammetry, Geography, Photogrammetry, Lidar, lcsh:TA1-2040, GNSS applications, lcsh:Engineering (General). Civil engineering (General), business
Abstract

To monitor coastal environments, Unmanned Aerial Vehicle (UAV) is a low-cost and easy to use solution to enable data acquisition with high temporal frequency and spatial resolution. Compared to Light Detection And Ranging (LiDAR) or Terrestrial Laser Scanning (TLS), this solution produces Digital Surface Model (DSM) with a similar accuracy. To evaluate the DSM accuracy on a coastal environment, a campaign was carried out with a flying wing (eBee) combined with a digital camera. Using the Photoscan software and the photogrammetry process (Structure From Motion algorithm), a DSM and an orthomosaic were produced. Compared to GNSS surveys, the DSM accuracy is estimated. Two parameters are tested: the influence of the methodology (number and distribution of Ground Control Points, GCPs) and the influence of spatial image resolution (4.6 cm vs 2 cm). The results show that this solution is able to reproduce the topography of a coastal area with a high vertical accuracy (< 10 cm). The georeferencing of the DSM require a homogeneous distribution and a large number of GCPs. The accuracy is correlated with the number of GCPs (use 19 GCPs instead of 10 allows to reduce the difference of 4 cm); the required accuracy should be dependant of the research problematic. Last, in this particular environment, the presence of very small water surfaces on the sand bank does not allow to improve the accuracy when the spatial resolution of images is decreased.

Published
2016
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9. Impact of human activities on the spatio-seasonal dynamics of plankton diversity in drained marshes and consequences on eutrophication

Author

Olivier Philippine, Martine Bréret, Valérie David, François-Xavier Robin, Christine Dupuy, Sébastien Tortajada, Nicolas Lachaussée, Nicolas Savoye, UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Union des marais de la Charente-Maritime (UNIMA)

Subjects
Environmental Engineering, Marsh, 0208 environmental biotechnology, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Zooplankton, Phytoplankton, Dominance (ecology), Animals, Humans, Human Activities, 14. Life underwater, Waste Management and Disposal, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Water Science and Technology, Civil and Structural Engineering, geography, geography.geographical_feature_category, Ecology, Ecological Modeling, Hypoxia (environmental), Pelagic zone, 15. Life on land, Plankton, Eutrophication, Pollution, 6. Clean water, 020801 environmental engineering, 13. Climate action, Wetlands, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, Seasons, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract

The functional diversity of two planktonic functional compartments, the nano-microphytoplankton and the mesozooplankton was used in order to better understand i) the drained marshes functioning and their related ecological functions, ii) the impacts of human control (replenishment) and human activities on the catchment basin (urbanization and catchment basin size). It was based on a monthly seasonal survey on 7 freshwater drained marshes. Both nano-microphyto- and mesozooplankton displayed high seasonal variations linked to the environmental fluctuations and human control on sea lock gates. Winter presented the lower biomasses of both compartments. Winter that is characterized by low water temperature, low light availability and high flood is actually related to the dominance of tychopelagic phytoplankton and K-strategists zooplankton. Spring and summer were characterized by i) the succession of pelagic large cells, small cells and then taxa with alternatives food strategies due to nitrogen limitation and phosphorous desorption from the sediment leading to eutrophication processes and ii) the dominance of r-strategists for mesozooplankton. The artificial summer replenishment acts positively on water quality by decreasing the eutrophication processes since the nitrogen inputs limit the proliferation of phytoplankton mixotrophs and diazotrophs and increase the ecological efficiency during the warm period. Both small and large catchment basins may lead to summer eutrophication processes in drained marshes since the largest ones imply higher hydrodynamic features at the root of large inputs of nitrogen nutrient favoring the phytoplankton development while the smallest ones exhibit hypoxia problems due to high proliferation of macrophytes. Urbanized marshes are less subjected to eutrophication during summer than non urbanized marshes due to more recurrent nutrient inputs from urban waste. However they exhibited a lower ecological efficiency. The results suggest that a better management of the hydrodynamics of such anthropogenic systems can avoid eutrophication risks on coastal areas.

Published
2018
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10. PAMELi, un drone marin de surface au service de l’interdisciplinarité

Author

Christine Drezen, Nicolas Lachaussée, Philippe Pineau, Laurent Testut, Michel Calzas, Isabelle Brenon, Vincent Lefouest, Xavier Bertin, Thibault Coulombier, Lionel Fichen, Antoine Guillot, Guy Wöppelmann, Valérie Ballu, Christine Plumejeaud-Perreau, Etienne Poirier, LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Division technique INSU/SDU (DTI), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, [SDE]Environmental Sciences, 010502 geochemistry & geophysics, 01 natural sciences, Geology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract

International audience

Published
2018
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11. Dynamics of particulate organic matter composition in coastal systems: Forcing of spatio-temporal variability at multi-systems scale

Author

Philippe Pineau, Aurore Gueux, Martine Bréret, Sophie Ferreira, Muriel Crouvoisier, Cédric Leroux, Pascal Claquin, Francois Dindinaud, Peggy Rimmelin-Maury, Camilla Liénart, Elsa Breton, Gaël Guillou, Pascal Conan, Mireille Pujo-Pay, Patrick Raimbault, Franck Petit, Béatrice Lauga, Emilie Grossteffan, Nicolas Susperregui, Michel Lafont, Paco Rodriguez Tress, Véronique Lagadec, Emmanuelle Sultan, Eric Maria, Pierre-Guy Sauriau, Yann Bozec, Julien Guillaudeau, Jézabel Lamoureux, Sandrine Geslin, Fabien Aubert, Orianne Jolly, Anne-Marie Corre, Nicolas Savoye, Maïa Durozier, Laurence Costes, Eric Feunteun, Sabrina Bichon, Stéphane L'Helguen, Eric Macé, Benoit Lebreton, Nicolas Lachaussée, Christophe Boinet, Valérie David, Vincent Marieu, Laure Mousseau, Jocelyne Caparros, Hervé Derriennic, Yolanda Del Amo, Vanessa Rouaud, Jean-Paul Lehodey, Sébastien Aubin, Robert Duran, Thierry Cariou, Nicole Garcia, Line Bourasseau, Pierre Ramond, Vincent Hanquiez, Eric Lecuyer, Jérémy Devesa, Antoine Nowaczyk, UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques de l'Environnement Côtier (DYNECO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Station marine Dinard, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHImie Marine (CHIM), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeuro), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie et de biogéochimie (LOB), Université de la Méditerranée - 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CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)

Subjects
0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Environmental forcing, Forcing (mathematics), Aquatic Science, 01 natural sciences, Water column, Particulate organic matter, Phytoplankton, medicine, Coastal systems, 14. Life underwater, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, Trophic level, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, geography, geography.geographical_feature_category, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, Geology, Estuary, Seasonality, medicine.disease, Meta-analysis, Oceanography, 13. Climate action, Benthic zone, [SDE]Environmental Sciences, Environmental science, Sedimentary rock, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract

International audience; In costal systems, particulate organic matter (POM) results from a multiplicity of sources having their respective dynamics in terms of production, decomposition, transport and burial. The POM pool experiences thus considerable spatial and temporal variability. In order to better understand this variability, the present study employs statistical multivariate analyses to investigate links between POM composition and environmental forcings for a panel of twelve coastal systems distributed along the three maritime regions of France and monitored weekly to monthly for 1 to 8 years.At multi-system scale, two main gradients of POC composition have been identified: a 'Continent-Ocean' gradient associated with hydrodynamics, sedimentary dynamics and depth of the water column, and a gradient of trophic status related to nutrient availability. At local scale, seasonality of POC composition appears to be station-specific but still related to part of the above-mentioned forcings. A typology of systems was established by coupling spatial and temporal variability of POC composition. Four groups were highlighted: (1) the estuarine stations where POC composition is dominated by terrestrial POM and driven by hydrodynamics and sedimentary processes, (2) the oligotrophic systems, characterized by the contribution of diazotrophs due to low nutrient availability, and the marine meso/eutroph systems whose POC composition is (3) either deeply dominated by phytoplankton or (4) dominated by phytoplankton but where the contribution of continental and benthic POC is not negligible and is driven by hydrodynamics, sedimentary processes and the height of the water column.Finally, the present study provides several insights into the different forcings to POM composition and dynamics in temperate coastal systems at local and multi-system scales. This work also presents a methodological approach that establishes statistical links between forcings and POM composition, helping to gain more objectively insight of forcings.

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2018
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12. Dynamics of particulate organic matter composition in coastal systems: a spatio-temporal study at multi-systems scale

Author

Francois Dindinaud, Michel Lafont, Aurore Gueux, Benoit Lebreton, Christophe Boinet, Vincent Cornille, Gaël Guillou, Jocelyne Caparros, Martine Bréret, Jean-Paul Lehodey, Julien Guillaudeau, Pierre Richard, Fabien Aubert, Sabrina Bichon, Stéphane L'Helguen, Fabrice Garcia, Eric Maria, Laurence Costes, Yolanda Del Amo, Eric Macé, Nicolas Lachaussée, Sandrine Geslin, Pascal Riera, Gauthier Schaal, Elsa Breton, Emilie Grossteffan, Valérie David, Laure Mousseau, Emmanuelle Sultan, Pierre-Guy Sauriau, Karine Grangeré, Nicolas Savoye, Maïa Durozier, Nicole Garcia, Line Bourasseau, Eric Lecuyer, Olivier Crispi, Pascal Claquin, Michel Fornier, David Lemeille, Yann Bozec, Philippe Kerhervé, Franck Petit, Mireille Pujo-Pay, Cédric Leroux, Anne-Marie Corre, Marie Czamanski, Antoine Nowaczyk, Jérémy Devesa, Karine Charlier, Jézabel Lamoureux, Orianne Joly, Hervé Derriennic, Sébastien Aubin, Thierry Cariou, Peggy Rimelin-Maury, Vincent Hanquiez, Sébastien Lefebvre, Camilla Liénart, Patrick Raimbault, Eric Feunteun, Philippe Pineau, Sophie Ferreira, Muriel Crouvoisier, Pascal Conan, Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHImie Marine (CHIM), Adaptation et diversité en milieu marin (ADMM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Station marine Dinard, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecogéochimie et Fonctionnement des Ecosystèmes Benthiques (EFEB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherches en environnement côtier (CREC), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux (EPOC), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lille-Université du Littoral Côte d'Opale-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 (LIENSs), Centre de recherche et d'enseignement des systèmes côtiers (CRESCO), Harte Research Institute for Gulf of Mexico Studies, Texas A&M University [Corpus Christi], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), ESEO-GSII (GSII), ESEO-Tech, Université Bretagne Loire (UBL)-Université Bretagne Loire (UBL), CNRS 5320, Centre de Recherche Paul Pascal (CRPP), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Nutrition et Neurobiologie intégrée (NutriNeur0), Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique-Institut Polytechnique de Bordeaux-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Observatoire Volcanologique et Sismologique de Guadeloupe (OVSG), Institut de Physique du Globe de Paris, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay, Université de Brest (UBO), EMBIO, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), UMS 3113, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO), Biologie des écosystèmes aquatiques (UR BELY), Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), Normandie Université (NU), Centre Émile Durkheim (CED), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques ( BOREA ), Université des Antilles ( UA ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques ( EPOC ), Observatoire aquitain des sciences de l'univers ( OASU ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), CHImie Marine ( CHIM ), Adaptation et diversité en milieu marin ( ADMM ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 ( LOG ), Université du Littoral Côte d'Opale-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Océanographie Microbienne ( LOMIC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 ( LIENSs ), Université de La Rochelle ( ULR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de recherche et d'enseignement des systèmes côtiers ( CRESCO ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens ( CEFREM ), Université de Perpignan Via Domitia ( UPVD ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Harte Research Institute for Gulf of Mexico Studies, Texas A&M University – Corpus Christi, Rongeurs Sauvages – Risques Sanitaires et Gestion des Populations, INRA, VetAgro Sup ( USC1233/RS2GP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Laboratoire d'océanographie de Villefranche ( LOV ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecogéochimie et Fonctionnement des Ecosystèmes Benthiques ( EFEB ), ESEO-GSII ( GSII ), PRES Université Nantes Angers Le Mans ( UNAM ) -PRES Université Nantes Angers Le Mans ( UNAM ), Centre de recherche Paul Pascal, CNRS, Université de Bordeaux ( UPR8641 ), Centre de Recherche Paul Pascal, CNRS, Université de Bordeaux, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), UMR 5805 Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux ( EPOC ), Station biologique de Roscoff [Roscoff] ( SBR ), Nutrition et Neurobiologie intégrée ( NutriNeur0 ), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut Polytechnique de Bordeaux-Ecole nationale supérieure de chimie, biologie et physique, OVSG-IPGP, Observatoire Volcanologique et sismologique de la Soufrière de Guadeloupe, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule ( I2BC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Brest ( UBO ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de recherches en environnement côtier ( CREC ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Biologie des écosystèmes aquatiques ( UR BELY ), CEMAGREF, Normandie Université ( NU ), Centre Émile Durkheim ( CED ), and Université de Bordeaux ( UB ) -Sciences Po-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )

Subjects
0106 biological sciences, Mediterranean climate, 010504 meteorology & atmospheric sciences, chibido, Mixing model, Aquatic Science, 01 natural sciences, coastal systems, N ratio [C], C:N ratio, Water column, Particulate organic matter, Phytoplankton, Littoral zone, medicine, Coastal systems, Organic matter, 14. Life underwater, particulate organic matter, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, chemistry.chemical_classification, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, geography, geography.geographical_feature_category, C and N stable isotopes, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, Geology, Estuary, Seasonality, mixing model, medicine.disease, meta-analysis, Oceanography, chemistry, 13. Climate action, Benthic zone, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, france
Abstract

International audience; In coastal systems, the multiplicity of sources fueling the pool of particulate organic matter (POM) leads to divergent estimations of POM composition. Eleven systems (two littoral systems, eight embayments and semi-enclosed systems and one estuary) distributed along the three maritime façades of France were studied for two to eight years in order to quantify the relative contribution of organic matter sources to the surface-water POM pool in coastal systems. This study was based on carbon and nitrogen elemental and isotopic ratios, used for running mixing models. The POM of the estuary is dominated by terrestrial material (93% on average), whereas the POM of the other systems is dominated by phytoplankton (84% on average). Nevertheless, for the latter systems, the POM composition varies in space, with 1) systems where POM is highly composed of phytoplankton (≥ 93%), 2) systems characterized by a non-negligible contribution of benthic (8 to 19%) and/or riverine (7 to 19%) sources, and 3) the Mediterranean systems characterized by the contribution of diazotroph organisms (ca. 14%). A continent-to-ocean gradient of riverine and/or benthic POM contribution is observed. Finally, time series reveal 1) seasonal variations of POM composition, 2) differences in seasonality between systems, and 3) an inshore-offshore gradient of seasonality within each system that were sampled at several stations. Spatial and seasonal patterns of POM composition are mainly due to local to regional processes such as hydrodynamics and sedimentary hydrodynamic (e.g. resuspension processes, changes in river flows, wind patterns influencing along-shore currents) but also due to the geomorphology of the systems (depth of the water column, distance to the shore). Future studies investigating the link between these forcings and POM composition would help to better understand the dynamics of POM composition in coastal systems.

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2017
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13. Factors influencing prokaryotes in an intertidal mudflat and the resulting depth gradients

Author

Céline Lavergne, Rutger de Wit, Martine Bréret, Mélanie Raimonet, Hélène Agogué, Philippe Pineau, Aude Leynaert, Christine Dupuy, Nicolas Lachaussée, LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), School of Biochemical Engineering (EIB), Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Charente Maritime, CPER 2006-2014, EC2CO CAPABIOC, CNRS, LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)

Subjects
0106 biological sciences, 0301 basic medicine, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Stratification (water), Intertidal zone, microbial communities, Aquatic Science, Intertidal ecology, Oceanography, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Ecosystem, 14. Life underwater, sediment depth, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, benthic ecology, ACL, Sediment, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, 15. Life on land, Salinity, 030104 developmental biology, Benthic zone, Environmental science, intertidal mudflat, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bay
Abstract

International audience; Intertidal mudflats are rich and fluctuating systems. The upper 20 cm support a high diversity and density of microorganisms that ensure diversified roles. The depth profiles of microbial abundances and activities were measured in an intertidal mudflat (Marennes-Oléron Bay, SW France) at centimeter-scale resolution (0-10 cm below the sediment surface). The aim of the study was to detect microbial stratification patterns within the sediments and how this stratification is shaped by environmental drivers. Two sampling dates, i.e. one in summer and another in winter, were compared. The highest activities of the microbial communities were observed in July in the surface layers (0-1 cm), with a strong decrease of activities with depth. In contrast, in February, low microbial bulk activities were recorded throughout the sediment. In general, prokaryotic abundances and activities were significantly correlated. Variation partitioning analysis suggested a low impact of predation and a mainly bottom-up-controlled prokaryotic community. Hence, in the top layer from the surface to 1–3.5 cm depth, microbial communities were mainly affected by physicochemical variables (i.e., salinity, phosphate and silicate concentrations). Below this zone and at least to 10 cm depth, environmental variables were more stable and prokaryotic activities were low. The transition zone between both layers probably represents a rather smooth gradient (environmental ecocline). The results of our study provide a better understanding of the complex interactions between micro-organisms and their environment in a fluctuating ecosystem such as an intertidal mudflat.

Published
2017
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14. Influence of environmental gradients on the distribution of benthic resources available for shorebirds on intertidal mudflats of Yves Bay, France

Author

David Pinaud, Mikhail Karpytchev, Cyril Goulevant, Philippe Pineau, Anne S. Philippe, Nicolas Lachaussée, Marie-Laure Cayatte, Pierrick Bocher, LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Réeserve Naturelle Nationale du Marais d’Yves, LPO, LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMRi 7266 (LIENSs), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)

Subjects
0106 biological sciences, Cerastoderma edule, food.ingredient, Pertuis Charentais, Intertidal zone, Aquatic Science, Biology, Oceanography, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, food, Yves Bay, 14. Life underwater, Relative species abundance, Tidal cycle, Ecology, Trophic zonality, 010604 marine biology & hydrobiology, Marine molluscs, biology.organism_classification, Bay of Biscay, Grain size, Calidris, Hydrobia, Benthic zone, Marine annelids, 46°02′N–01°03′W, [SDE]Environmental Sciences, France, Bay, Macoma balthica
Abstract

International audience; The case study of Yves Bay (Pertuis Charentais, France) highlighted links between environmental gradients (i.e. sediment characteristics and emersion time) and prey distribution and availability for the two most numerous shorebird species overwintering in Yves Bay: the red knot Calidris canutus and the dunlin Calidris alpina. Two hundred and fifty-two stations were sampled on a predetermined 250 m regular grid covering the intertidal mudflats of this major wintering site in France for east-Atlantic migratory shorebirds. The distribution of principal benthic species abundance and biomass was modelled along two environmental gradients: sediment structure (particularly pronounced north–south sand-mud gradient) and emersion time. The effect of emersion time combined with sedimentary structure strongly explained abundances and biomasses of the main prey for C. canutus and C. alpina in the bay (Cerastoderma edule, Hydrobia ulvae, Macoma balthica, Scrobicularia plana, and Nephtys hombergii). This study highlighted prey species-specific spatial segregation/overlapping as well as spatial interferences in the trophic niche of the two shorebirds.

Published
2016
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