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L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en œuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ces outils de collecte de données sur l’état du milieu marin répondent à deux objectifs : • servir des besoins institutionnels en fournissant aux pouvoirs publics des informations répondant aux exigences de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), des conventions de mers régionales (OSPAR et Barcelone) et de la réglementation sanitaire relative à la salubrité des coquillages de production conchylicoles ou de pêche ; • acquérir des séries de données nourrissant les programmes de recherche visant à mieux comprendre le fonctionnement des écosystèmes côtiers et à identifier les facteurs à l’origine des changements observés dans ces écosystèmes. Le dispositif comprend : le réseau d’observation et de surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie dans les eaux littorales (REPHY), le réseau de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (REPHYTOX), le réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), le réseau de contrôle microbiologique (REMI) et les réseaux de surveillance benthique pour la DCE (DCE Benthos). Les Laboratoires Environnement et Ressources (LER) de l’Ifremer opèrent également des observatoires de la ressource conchylicole : ECOSCOPA pour l’huitre creuse, MYTILOBS pour la moule bleue. Toutes les données obtenues intègrent la base de données Quadrige² qui est le référentiel national des données de la surveillance des eaux littorales et forme une composante du Système national d’information sur l’eau (SIEau). Le bulletin de la Qualité Littoral du Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc-Roussillon (LER/LR) contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux pour la région Occitanie en 2020. Des représentations graphiques homogènes pour tout le littoral français, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés sur les bandes littorales et dans les lagunes des départements des Pyrénées Orientales, de l’Aude, de l’Hérault, du Gard.

Les evolutions reglementaires en matiere de securite sanitaire et de salubrite des cultures marines (directive cadre sur l’eau de 2000, reglementation europeenne de 2004 relative a la mise sur le marche des mollusques bivalves vivants) et les dispositions de la directive sur les eaux de baignade de 2006 ont cree un cadre reglementaire plus exigeant et conduisent les maitres d’ouvrage a disposer d’outils de connaissance des fonctionnements de leurs reseaux d’assainissement, parti culierement en temps de pluie.Dans ce contexte, les collectivites regroupees au sein du Syndicat mixte du bassin de Thau ont souhaite engager une reflexion et construire un cadre scientifique et technique pour repondre a des attentes fortes : mieux connaitre les sources et les mecanismes de transferts des pollutions microbiologiques du bassin versant vers la lagune, de leur impact sur la qualite de l’eau et sur les cultures marines; disposer d’une aide a la programmation des investissements et des equipements necessaires pour garantir une maitrise de la qualite des eaux, en lien avec les reflexions en cours sur le terri - toire : Schema de coherence territoriale (SCOT), Schema d’amenagement et de gestion des eaux (SAGE) et renouvellement du contrat qualite; construire un systeme d’avertissement precoce : pour avertir les usagers des risques de contamination et permettre une gestion preventive des activites conchylicoles ou de baignade. La demarche mise en place baptisee Omega Thau (outil de management environnemental et de gestion de l’avertissement de la lagune de Thau) est un programme de recherche et de developpement associant secteur public et prive. Apres 18 mois de mesures simultanees sur le bassin versant et la lagune, et la mise en place d’une modelisation des phenomenes d’apport et de transfert des pollutions, la phase 1 du programme arrive a terme et va permettre a la collectivite de bâtir son programme d’actions. Cet article revient plus particulierement sur les campagnes de mesures et leur exploitation pour la construction du modele « bassin versant ».

Aims The Thau lagoon shellfish are regularly impacted by microbial pollution of faecal origin, which cause European health standards to be exceeded and closure of the shellfish harvest. The aims of this study were to investigate the impact of weather and hydrological conditions on Escherichia coli (E. coli) accumulation factor (AF) between water and oysters and to evaluate the relevance of the use of this ratio for the purpose of sanitary risk assessment. Methods and results Water and oysters (Crassostrea gigas) were sampled simultaneously in situ during 18 months in periods of dry weather and after rainfall events. Shellfish sanitary thresholds were exceeded in both periods. The E. coli AFs measured after rainfall (median = 6) were lower than in dry weather (median = 32), suggesting different shellfish faecal contaminations were operating in this system process. Conclusion The AFs we measured appeared to be relevant markers for generating sanitary risk assessments for Thau lagoon shellfish. Significance and impact of the study The results of the study address the need to assess the relationship between water quality measures and shellfish flesh quality. This study will contribute to the elaboration of a management tool to guide local authorities in prioritizing the sources of pollution and in optimizing public investment in the watershed.

Ce rapport présente les résultats de l’étude de dossier, de l’inspection du littoral et des campagnes de localisation des gisements de tellines réalisés dans le cadre de l’étude sanitaire de la zone de production n°34.09 «Bande littorale de Port Ambonne au feu ouest du Brise Lames extérieur du port des quilles», sous financement de la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL), et à maîtrise d’ouvrage de la Direction Départementale des Territoires de la Mer (DDTM). Les principales sources potentielles de pollution de la zone de production n°34.09 semblent être, par ordre de criticité décroissant : le ruissellement pluvial de la ville de Sète, le ruissellement pluvial de Marseillan-Ambonne, le port de Marseillan-Ambonne, les installations en assainissement non-collectif d’Agde et de Sète, les rejets des stations d’épuration d’Agde et de Sète, les déversoirs d’orage de Marseillan-Ambonne, les campings du Lido et les oiseaux. Le croisement des informations collectées sur les sources de pollution, la localisation des gisements, la climatologie et la courantologie de la zone d’étude, a permis de définir la stratégie d’échantillonnage à mettre en œuvre au cours de l’étude de zone. Trois points de prélèvements de tellines devront être suivis dans le cadre de l’étude de zone, dans la mesure où la DDTM déciderait la poursuite de l’étude, malgré les faibles rendements de pêche de telline observés au cours de cette première partie d’étude.

En 2009, 24 classements sanitaires en A, 11 en B et 3 en C étaient définis par arrêtés préfectoraux dans les départements de l’Hérault et du Gard. Peu de données fiables sont disponibles sur la production de coquillages en Languedoc-Roussillon. Selon les informations récoltées auprès des organisations professionnelles et de la DDTM la production annuelle dans l’Hérault et le Gard se situeraient en 2009 entre 11 600 tonnes et 8 400 tonnes d’huîtres, autour de 85 tonnes de tellines, aucune donnée n’étant disponible pour les palourdes et les coquillages du groupe 1. En 2009, 20 points de prélèvements de coquillages filtreurs, répartis dans 11 zones de production ont été échantillonnés dans l’Hérault et le Gard. Les résultats acquis sur la période 2007-2008-2009 permettent d’estimer la qualité microbiologique selon les seuils microbiologiques définis par le règlement européen (CE) n°854/2004, modifié par le règlement (CE) 1021/2008, en B pour 8 zones, en C pour une zone, en D pour une zone et en A pour une zone. Ces estimations ne sont pas conformes aux classements sanitaires pour 4 des 11 zones suivies. En 2009, les teneurs en métaux réglementés suivis dans le cadre du réseau d'observation de la contamination chimique (ROCCH sanitaire), en 8 points de prélèvements représentatifs de ces zones de production, sont inférieures aux seuils fixés par le règlement modifié (CE) n°466/2001. En 2009, 33 alertes ont été déclenchées dans l’Hérault et le Gard, donnant lieu à quatre mesures de gestion des zones de production de coquillages par le Préfet de l’Hérault. Plusieurs Toxi-Infections Alimentaires Collectives (TIAC) impliquant les coquillages de la zone d’élevage de la lagune de Thau ont été déclarées par les services de l’Etat en février 2009

Infectious diseases linked to the consumption of raw shellfish have long been identified. Over the past century, various strategies have been set up in shellfish growing areas throughout the world to guarantee the sanitary quality of shellfish and to protect consumers. However despite sanitary improvements, human enteric viruses - especially Hepatitis A virus and norovirus– have been found to be associated with shellfish outbreaks. A recent example demonstrated the impact of storm events. Following heavy rain and sewage overflow, shellfish beds were contaminated and the shellfish from them were marketed after depuration. However, since viruses persist longer than fecal contamination indicator bacteria, several clusters of gastroenteritis cases were reported. Analysis of both clinical and shellfish samples showed the presence of up to eight different strains of viruses: norovirus genogroup I genogroup II, astrovirus, and rotavirus, all strains being identical between clinical and environmental samples. Finding such a mixture is an indication of a fecally contaminated source such as sewage, especially in winter when a high diversity of strains may be present. In the future, standardization of methods, a better understanding of virus epidemiology will lead to improved shellfish safety for the consumer and to protect shellfish growing areas and to identify all possible sources of contamination.

Following a flooding event close to a shellfish production lagoon, 205 cases of gastroenteritis were linked to oyster consumption. Twelve stool samples from different individuals were collected. Analysis showed that eight samples were positive for multiple enteric viruses, and one stool sample had seven different enteric viruses. Analysis of shellfish implicated in the outbreak allowed detection of the same diversity of enteric viruses, with some viral genomic sequences being identical to those obtained from stool sample analysis. Shellfish were contaminated by as many as five different enteric viruses. For the first time in Europe, Aichi virus was identified in oyster samples. Shellfish samples collected over 3 weeks following the outbreak showed a progressive decline in the level of virus contamination as measured by the virus diversity detected and by quantitative reverse transcription-PCR.

Ce rapport présente les résultats de l'étude de la zone de la «Bande littorale de l’est du port de Palavas au feu sud du Port de la Grande Motte», menée du 07/02/2006 au 29/01/2008 par le Laboratoire Environnement Ressources du Languedoc Roussillon de l'Ifremer de Sète, avec le concours du Comité Local des Pêches du Grau du Roi pour la réalisation des prélèvements de coquillages. Le traitement des données acquises permet d’estimer en B la qualité microbiologique de cette zone pour le groupe 2 selon les seuils microbiologiques définis par l’arrêté du 21 mai 1999 et par le règlement 854/2004iv. Les résultats des analyses chimiques sont compatibles avec cette estimation en B de la qualité. La surveillance régulière de la zone 34.33 «Bande littorale de l’est du port de Palavas au feu sud du Port de la Grange Motte», pour le groupe 2 est basée sur le point Le Grand Travers, il a été intégré au dispositif de surveillance REMI en février 2008.

Ce rapport présente les résultats de l’étude de la zone « Etang d’Ingril » n° 34.16, menée de mars 2006 à août 2008 par l’Ifremer avec le concours du Comité Local des Pêches du Grau du Roi et le GIE des Vénériculteurs de Frontignan pour la réalisation des prélèvements de palourdes. La qualité microbiologique de cette zone est estimée en C la pour le groupe 2 selon les seuils microbiologiques définis par l’arrêté du 21 mai 1999 et par le règlement (CE) n° 854/2004. Sur les 110 échantillons prélevés au niveau des 4 points de suivi, répartis dans le Nord et le Sud en fonction des principales sources de pollution et des principaux gisements de palourdes, 12 (soit 10,9%) sont supérieurs au seuil de 4 600 E.coli/100 g de chair et de liquide intervalvaire (CLI) et aucun ne dépasse le seuil de 46 000 E.coli/100 g de CLI. Les deux points de prélèvement localisés dans le Nord de la lagune présentent des profils de contamination microbiologique d’origine fécale plus dégradés que ceux localisés dans Sud. A la demande de la Direction Inter Départementale des Affaires Maritimes de l’Hérault et du Gard, la qualité microbiologique a également été estimée pour les secteurs Nord et Sud de la zone n°34.16, localisés de part et d’autre du canal du Rhône à Sète. La qualité microbiologique estimée du secteur Ingril Sud est B car 5,3% des résultats dépassent le seuil de 4 600 E.coli/100 g. Dans le Nord, 17% des résultats sont supérieurs à ce seuil ce qui oriente l’estimation de la qualité microbiologique en C. Les résultats des analyses de métaux sont largement inférieurs aux critères chimiques fixés par le règlement modifié (CE) n° 1881/2006, et sont compatibles avec un classement en A, B ou C de la zone de l’étang d’Ingril.

Après une présentation des caractéristiques et des sources de pollution microbiologiques des zones de production n°11.04 « Etang de Mateille » et n°11.03 « Etang des Ayguades », ce rapport présente la méthodologie employée dans le cadre de l’étude de la qualité microbiologique et chimique ces zones (indicateurs de contamination et méthodes d’analyses, critères d’évaluation des niveaux de contamination, stratégie d’échantillonnage), ainsi que les résultats obtenus. Le traitement des données acquises de mars 2008 à mars 2009 avec le concours de la société P2A Développement pour la réalisation des prélèvements de palourdes, permet de proposer de nouvelles délimitations géographiques des zones de production, en prenant en compte la localisation de la ressource et des principales sources de pollution, et d’estimer la qualité microbiologique et chimique de ces zones pour le groupe 2 selon les seuils microbiologiques définis par l’arrêté du 21 mai 1999 et par le règlement européen (CE) n°854/2004.

L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en œuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux : de contrôle microbiologique (REMI), d’observation et de surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie dans les eaux littorales (REPHY), de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (REPHYTOX), d’observation de la contamination chimique (ROCCH), d’observations conchylicoles (ECOSCOPA) des départements des Pyrénées Orientales, de l’Aude, de l’Hérault, du Gard du littoral de la région Occitanie en 2021. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.

Ce cahier des charges décrit les activités de recherche et dénombrement du phytoplancton toxique qui seront confiées par le Laboratoire Environnement Ressources Languedoc-Roussillon (LER/LR) à un prestataire en 2023 dans le cadre du volet Sanitaire du réseau d’observation et de surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie dans les eaux littorales (REPHY).

Ce rapport présente les résultats de l'étude de la zone de production n°34.22 « Etang de Vic » initiée à l’automne 2008 par le Laboratoire Environnement Ressources de l’Ifremer de Sète suite à une demande de la Direction Interdépartementale des Affaires Maritimes de Sète. Quatre points de suivi de la qualité microbiologique des palourdes ont été échantillonnés entre le 16/09/2008 et le 10/11/2009 dans le cadre de cette étude. Les prélèvements ont été effectués par la société P2A Développement sur les gisements naturels en septembre et octobre 2008, puis dès novembre 2008 à partir de palourdes placées au minimum 15 jours dans des casiers, en raison de la raréfaction de la ressource. Au total, 96 prélèvements de palourdes ont été réalisés au niveau des 4 points de suivi de la zone de production. Les résultats permettent d’estimer en B la qualité microbiologique de la zone de production « Etang de Vic », pour le groupe 2, selon les critères du règlement européen (CE) 854/2004. Les résultats des analyses de métaux sont inférieurs aux critères chimiques fixés par le règlement modifié (CE) n° 1881/2006, et sont compatibles avec un classement en A, B ou C de la zone. Suite au classement sanitaire de cette zone pour le groupe 2, le point de prélèvement « Etang de Vic – Diamantis » sera échantillonné mensuellement dans le cadre de la surveillance régulière REMI, sous réserve de la présence de palourdes en quantité suffisante.

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2020 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2020 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2015-2020 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2020 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2015-2020 pour 6 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau et pour 5 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (Bages-Sigean, Ayrolle, Thau et Berre). Une masse d’eau est concernée par une perte de classe qualité (La Palme en état moyen pour l’état physico-chimique) pour la période 2015-2020 par rapport à la période 2013-2018 et deux masses d’eau par des gains de classe de qualité (Berre en très bon état physico-chimique et en bon état pour le phytoplancton ; Canet en état médiocre pour le phytoplancton). L’application de méthodes statistiques adaptées (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données acquises de 2015 à 2020 ont permis :  d’évaluer la confiance accompagnant les diagnostics DCE des masses d’eau,  de mettre en évidence une tendance à l’augmentation au cours de la période 2015-2020 des concentrations en nutriments sur 2 masses d’eau (La Palme et Thau) et une tendance à la diminution sur une masse d’eau (Palavasiens-Est),  de mettre en évidence une tendance à l’augmentation au cours de la période 2015-2020 de la biomasse de phytoplancton sur une masse d’eau (La Palme). Les indicateurs fournis permettent ainsi de détecter des changements de façon précoce et d’attirer l’attention sur des nouveaux signes de dégradation ou de restauration de l’état des lagunes.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2020 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. En 2020, 24 zones de production ont été suivies par le REMI en Occitanie dont 10 dans l’Aude, 13 dans l’Hérault et 1 dans le Gard au travers de 30 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2020 est de 96,6%, et 46 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2021 à partir des résultats de la période 2018-2020 est : « A » pour 2 zones (8,3%), « B » pour 12 zones (50%), « C » pour 6 zones (25%) et « très mauvaise » pour 2 zones (8,3%), le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité de 2 zones de pêche de palourdes pour lesquelles le suivi a été initié en 2020. Parmi ces zones, 16 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité et 6 ont un classement sanitaire plus favorable que l’estimation de leur qualité. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.

Ce rapport présente les résultats de l'étude de la qualité microbiologique et chimique de la zone n°34.02 "Bande littorale de l'embouchure de l'Aude au Grau d'Agde"menée par l'Ifremer. Les prélèvements de tellines ont été réalisés entre le 06/02/2006 au 06/11/2007 avec le concours du Comité Local des Pêches de Valras. Les résultats permettent d’estimer en B la qualité microbiologique de cette zone pour le groupe 2 selon les seuils microbiologiques définis par l’arrêté du 21 mai 1999 et par le règlement 854/2004ii. Les résultats des analyses chimiques sont compatibles avec cette estimation en B de la qualité.

Cette spécification technique a pour objet de décrire la stratégie d’échantillonnage des lieux de surveillance du REPHY Sanitaire et REPHYTOX en Occitanie. Les logigrammes, présentés par secteur géographique, indiquent la logique opérationnelle à suivre entre les lieux de surveillance du REPHY et du REPHYTOX dans le cadre de la mise en oeuvre des stratégies de ces réseaux. Ces stratégies sont détaillées dans le document de procédure nationale REPHYTOX (version en vigueur) et plus particulièrement dans le paragraphe « STRATEGIE D'ECHANTILLONNAGE ».

Microbes regularly contaminate Thau lagoon shellfish. Between 1997 and 2007, 18% of the analyses carried out in dry weather recorded more than 230 Escherichia coli / 100 g of bivalves (Ifremer French microbial monitoring network), leading the administration to restrict the shellfish harvest area, including suspension of production. This study aims to determine, the contribution of seabirds, which roost at night on the Thau lagoon shellfish growing frames, to shellfish faecal pollution in dry weather.Data were collected in 2008 from both the drainage area (pollution input) and the lagoon (water quality and microbial monitoring, seabird counts) in dry weather. The data showed that, with no watershed input or lagoon resurgence, microbial contaminants were present in shellfish under oyster farming structures used by seabirds, particularly at night, as roosting areas. Shellfish contamination levels were higher under roosting areas than under control structures. Initial results of F+ specific RNA bacteriophage genotyping in shellfish samples suggested contamination of animal origin.

Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2018 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2018 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2013-2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne sont réalisés qu’un été sur deux depuis 2015 ; (2) appliquer des indicateurs plus sensibles que les indicateurs DCE, mettant en évidence, sur les périodes d’évaluation, les tendances d’évolution et la variabilité de l’état du phytoplancton et de la colonne d’eau, compartiments les plus réactifs des écosystèmes lagunaires. Les suivis réalisés au cours de l’été 2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires ont montré que le bon état DCE est atteint pour la période 2013-2018 pour 7 masses d’eau en ce qui concerne les paramètres physico-chimiques de la colonne d’eau et pour 4 masses d’eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton. Quatre masses d’eau atteignent le bon état pour les deux compartiments colonne d’eau et phytoplancton (La Palme, Bages-Sigean, Ayrolle et Thau). L’application de méthodes statistiques adaptées (bootstrap, tests de Mann Kendall et de Kruskal-Wallis) sur les données acquises de 2013 à 2018 ont permis : · d’évaluer la confiance accompagnant les diagnostics DCE des masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des concentrations en nutriments sur 4 masses d’eau et une tendance à la diminution sur deux masses d’eau, · de mettre en évidence une tendance à l’augmentation des abondances de phytoplancton sur une masse d’eau et une tendance à la diminution sur une masse d’eau. Les indicateurs fournis permettent ainsi de détecter des changements de façon précoce et d’attirer l’attention sur des nouveaux signes de dégradation ou de restauration de l’état des lagunes.

Trois points de suivi de tellines ont été échantillonnés de manière irrégulière entre juillet 2006 et décembre 2008, dans le cadre de l’étude de la zone n°11.21 « Bande littorale de Port la Nouvelle à la Franqui », avec le concours du Comité Local des Pêches de Port Vendres et la Prud’homie de Bages-Port la Nouvelle pour la réalisation des prélèvements. Le traitement des données acquises, permet d’estimer en B la qualité microbiologique de la zone n°11.21 pour le groupe 2 selon le règlement (CE) n°854/2004. Les résultats des analyses chimiques sont compatibles avec cette estimation en B de la qualité. Les résultats ne mettent pas en évidence de différence statistiquement significative entre les niveaux de contamination mesurés au niveau des trois points de suivi, par conséquent le point « Bande Littorale - Justice » localisé dans la partie centrale de la zone de production est retenu pour la surveillance régulière REMI à une fréquence mensuelle. L’échantillonnage des deux points de prélèvement de palourdes de la zone n°11.12 Sud « Etang de Bages-Sigean Sud » a été réalisé entre juillet 2006 et septembre 2007 de manière irrégulière en raison des difficultés d’accès à la ressource, liées aux conditions météorologiques fréquemment défavorables (vents violents) dans la lagune de Bages Sigean. A l’issue de cette période, 36 prélèvements et résultats d’analyses ont été obtenus sur les 52 attendus pour permettre une estimation de la qualité microbiologique de la zone. Les niveaux de contamination détectés et la fréquence de dépassement des seuils de 4 600 E.coli/100 g de CLI (22.2%) et 46 000 E.coli/100 g de CLI (2.8%) indiquent que les résultats sont compatibles avec une catégorie D de la zone suivant les seuils définis par le règlement (CE) 854/2004. Ces résultats ont conduit la prud’homie de Bages-Port la Nouvelle, en accord avec Ifremer et les Affaires Maritimes, à interrompre les échantillonnages avant la fin de l’étude de zone. Malgré la pollution de la lagune de Bages-Sigean par le cadmium, les résultats d’analyses chimiques sur les palourdes du Sud de la lagune sont inférieurs aux critères chimiques fixés par le règlement modifié (CE) n° 1881/2006 pour les trois métaux (mercure total, plomb, cadmium) et corroborent ceux acquis antérieurement en 2001 et 2007 sur cette espèce.

1 - In the Thau lagoon (Southern Mediterranean Coast) the main anthropogenic pressure is represented by the urban development in the watershed, whilst oyster and mussel farming represents one of the main economical activities in the region. 2 - During the last decade, the increasing organic loads from watershed and urban settlements in the lagoon surroundings have caused a diffuse contamination by faecal bacteria. Also toxic algal blooms have been occurring, impairing water quality with major impacts on shellfish farming, fishery and bathing. 3 - In this study, indicators and scenarios identified for the lagoon have been integrated in a Decision Support System (DSS) to evaluate the best solutions for reducing pressures and improving both water quality and ecosystem status. 4 - The watershed has been analysed with reference to indicators of pollution sources and transfer rates to the lagoon. In parallel, socio-economic indicators and descriptors of urban growth and development have been assessed. Numerical models have been run in order to simulate the lagoon hydrodynamics in relation to both meteorological factors and watershed runoff. The impact of faecal bacteria contamination has been evaluated in terms of economical losses and social conflicts, arising from the restriction of shellfish farming and marketing during contamination events. Finally, the DSS prototype has been applied to the lagoon in support to management and future planning.

Les coquillages vivent au contact de l’eau et des sédiments, dans lesquels ils trouvent leur nourriture (plancton, matières en suspension). En filtrant l’eau, ils peuvent concentrer dans leurs tissus des micro-organismes (bactéries, virus), mais également du phytoplancton toxique ainsi que des contaminants chimiques. Ces contaminants, qui peuvent être naturellement présents dans le milieu ou apportés par les bassins-versants, génèrent potentiellement des risques microbiologiques, phycotoxiniques et chimiques pour la santé des consommateurs. Dès 1913, à la suite d’intoxications alimentaires, des restaurateurs parisiens ont organisé les premiers contrôles sanitaires. Progressivement, plusieurs réseaux ont été mis en place pour assurer la surveillance des différentes sources de risque (bactérie, toxines, chimie, etc.), évoluant au cours du temps et de la réglementation. Dès les années 1920, l’Office scientifique et technique des pêches maritimes (OSTPM), devenu aujourd’hui l’IFREMER, s’empare de la surveillance. Même si la cartographie des réseaux de surveillance sanitaire semble complexe, chacun a sa spécificité : - Le REMI assure la surveillance microbiologique : son objectif est d’évaluer la qualité des zones de production de coquillages et de détecter et suivre les épisodes inhabituels de contamination. Les résultats permettent une gestion de la zone par les services de l’État (fermetures quand il y a contamination par exemple). - Le REPHY Sanitaire surveille la présence du phytoplancton toxique dans le milieu - Le REPHYTOX recherche dans les coquillages les phycotoxines produites par ce phytoplancton - Le ROCCH suit les contaminants chimiques dans le milieu Au-delà de l’aspect sanitaire (et alerte éventuelle), ces réseaux de surveillance apportent des connaissances importantes pour comprendre le fonctionnement et l’évolution des écosystèmes littoraux (REPHY et ROCCH), nourrissant de nombreux travaux de recherche. Enfin, grâce au réseau SIPEN et aux missions du Cépralmar effectuées dans le cadre du Réseau d’Observation Lagunaire (ROL), la performance (mortalité, croissance, taux de remplissage) des coquillages d’élevage est également suivie.

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2019 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. Jusqu’en mars 2019, 28 zones de production été suivies par le REMI en Occitanie dont 12 dans l’Aude, 14 dans l’Hérault et 1 dans le Gard1 et 1 interdépartementale Hérault-Gard. Suite à la révision de la stratégie REMI en mars 2019, le suivi a été arrêté sur 5 d’entre elles (2 dans l’Aude, 2 dans l’Hérault et la zone interdépartementale Hérault-Gard). Le suivi REMI est opéré sur ces 23 zones de production au travers de 34 points de suivi. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique en 2019 est de 96,9%, et 45 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité microbiologique estimée en 2020 à partir des résultats de la période 2017-2019 est : « A » pour 3 zones (10,7%), « B » pour 14 zones (50%), « C » pour 6 zones (21.4%), « très mauvaise » pour 4 zones (14.3%) et le nombre de données est insuffisant pour estimer la qualité d’une zone. Parmi ces zones, 19 ont un classement sanitaire concordant avec l’estimation de leur qualité et 8 ont un classement sanitaire qui ne concorde pas avec l’estimation de leur qualité. Pour 4 des zones présentant un classement et une qualité non concordants, seul un résultat ou un point fait basculer l’estimation de la qualité de la zone. La qualité chimique est satisfaisante pour l’ensemble des points suivis.

Ce rapport a été réalisé à la demande de la Direction Départementale de la Protection des Populations de l’Hérault (DDPP34). Les résultats en toxines lipophiles réglementées (Acide Okadaïque, Dinophysis toxines et Pectenotoxines uniquement) dans les moules et les huîtres prélevées au point « Parc Leucate 2 » dans le cadre du REPHYTOX, ainsi que les dénombrements du phytoplancton toxique du genre Dinophysis réalisés dans le cadre du REPHY dans la lagune de Leucate, sont présentés sur des graphiques permettant une visualisation temporelle des épisodes de contamination entre janvier 2014 et décembre 2020.