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Copyright © 2014 John Wiley & Sons, Ltd. Copyright © 2014 John Wiley & Sons, Ltd. SummaryEUBrazilOpenBio is a collaborative initiative addressing strategic barriers in biodiversity research by integrating open access data and user-friendly tools widely available in Brazil and Europe. The project deploys the EU-Brazil Hybrid Data Infrastructure that allows the sharing of hardware, software and data on-demand. This infrastructure provides access to several integrated services and resources to seamlessly aggregate taxonomic, biodiversity and climate data, used by processing services implementing checklist cross-mapping and ecological niche modelling. A Virtual Research Environment was created to provide users with a single entry point to processing and data resources. This article describes the architecture, demonstration use cases and some experimental results and validation.

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Para o levantamento da microbiota em amostras de diferentes etapas da produção de polvilho azedo, foram utilizados os meios Plate Count Agar (PCA) e Man Rogosa e Sharpe Agar (MRSA) em condições de aerobiose e anaerobiose. As contagens totais dos microrganismos aeróbios e anaeróbios não foram alteradas durante a fermentação da fécula, demonstrando que ocorre uma mudança no tipo de microbiota, devido ao decréscimo do pH. Foram selecionadas 590 culturas das quais 23 (3,9%) perderam a viabilidade de crescimento, sendo portanto identificados 567 isolados do quais 18 (3,1 %) eram bactérias gram-negativo; 13 (2,2%) leveduras; 46 (7,8%) bactérias dos gêneros Bacillus e Corynebacterium; 14 (2,4%) Staphylococcus e Micrococcus como contaminantes do processo, e 476 (80,6%) como bactérias ácido-láticas, mostrando predominância deste último grupo. A identificação dos isolados foi feita através de matrizes de similaridade colocadas em um programa de computação. A água utilizada no processo também foi analisada, onde o número de aeróbios mesófilos foi de 1,1 x 103/ml; 9,5 x 103/l00ml de coliformes totais e 2,5 x 103/100ml de coliformes fecais. O gênero Lactobacillus foi predominante no processo, com 189 isolados (32,0%), seguido por Leuconostoc (21,0%) e cocos homofermentativos como Lactococcus (12,6%), Enterococcus (8,3%), Pediococcus (5,9%) e Streptococcus (0,8%). As linhagens de Lactobacillus foram classificadas como homofermentativos: L.farciminis (0,84%); L crispatus (1,19%); L sharpae (2,71%); L. vitulinus (0,34%); como heterofermentativos facultativos: L agilis (0,50%); L maltaromicus (3,56%); L. murinus (6,95%), L. plantarum (2,54%); L. sake (2,71%); L casei rhamnosus (4,58%); L. coryniformis torquens (0,51%); L. coryniformis coryniformis (0,34%); como heterofermentativos obrigatórios: L fermentum (0,50%),; L. bifermentum (0,17%); L. halotolerans (0,50%); L v;r;descens (0,17%) e Lactobacillus sp (3,89%). As linhagens de Leuconostoc foram classificadas como Leuconostoc mesenteroides mesenteroides (3,05%); Leuconostoc mesenteroides dextranicum (14,91%); Leuconostoc oenos (1,35%); Leuconostoc paramesenteroides (0,17%) e Leuconostoc sp (1,52%). As linhagens de Lactococcus foram classificadas como: Lactococcus lactis cremoris (1,02%); Lactococcus raffino/actis (4,41%); Lactococcus lactis lactis (7,0%), Lacotococcus sp (0,17%); de Pediococcus como Pediococcus inopinatus (5,90%); de Enterococcus como: E. faecium (2,38%); E. faecalis (2,38%); E. avium (1,35%); E. pseudoavium (1,35%) e Enterococcus sp (0,84%); e de Streptococcus como S. hansenii (0,17%) e Streptococcus sp (0,67%) Abstract: To survey the bacterial microflora of samples collected in differents steps of the production of "polvilho azedo", it was utilized the Plate Count Agar (PCA) and Man Rogosa & Sharpe Agar(MR.SA) in both aerobic and anaerobic conditions. The total counting of both aerobic and anaerobic microorganisms was not altered during fermentation of the cassava starch, shown that a shift of the bacterial microflora occurs, due to a pH decreasing. It was selected 590 cultures of which 23 (3,9%) were lost , it was therefore identified 567 isolateds of which 18 (3,1%) gram-negative bacteria, 13 (2,2%) yeast; 46 (7,8%) bacteria of the genera Bacillus and Corynebacterium; 14 (2,4%) Staphylococcus and Micrococcus as a contaminant of the process, and 476 (80,6%) as acid lactic bacteria, show predominance of the later group. The isolated identification was carried out by the use of probability matrices using a computer program. The water utilized in the process was also analyzed. The number of aerobie mesophilics of this water was 1,1 x 103/ml~ 9,5 x 103/l00ml of total coliforms, and 2,5 x 103/100ml fecal coliforms. The Lactobacillus sp. was prevailent in the process, with 189 strains (32,0%), followed fermentum (0,50%); L. bifermentum (0,17%); L. halotolerans (0,50%); L. viridescens (0,17%) Lactobacillus sp (3,89%). by strains of the Leuconostoc (21,0%) and homofermentative cocei such as Lactococcus (12,6%), Enterococcus (8,3%), Pediococcus (5,9%) and Streptococcus (0,8%). The Lactobacillus strains were classified as L. farciminis (0,84%); L. crispatus (1,19%); L. sharpae (2,71%); L. vitulinus (0,34%); L. agilis (0,50%); L maltaromiclls (3,56%); L. murinus (6,95%); L. plantarum (2,54%); L. sake (2,71%); L. casei rhamnosus ( 4,58%); L. coryniformis torquens (0,51%); L. coryniformis coryniformis (0,34%); L. Doutorado Doutor em Ciência de Alimentos

Orientador : Vanderlei Perez Canhos Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: O trabalha enfoca a influência da temperatura e o efeito da infecção lática sobre 3 produção de álcool e a viabilidade de duas linhagens de Saccharoswces cerevisiae (NRRL Y-2342 e FTPT 0472) cultivadas em caldo de cana enriquecido com N e P, a pH 4,5, e incubadas em um gradiente de temperatura na faixa entre 28 e 40 ºC. Determinações da concentração de leveduras (plaqueamento e microscopia), bactérias (plaqueamento), CO2 (gravimetria), massa celular seca (gravimetria), pH (potenciometria), açúcar (colorimetria) e etanol (cromatografia gasosa) foras quantificadas no substrato inicial e no fermentado. A partir desses dados, verificou-se que as temperaturas ótimas para a produção de etanol foram 38 ºC para a linhagem de NRRL Y-2342 e 34ºC para a linhagem FTPT 0472. 0 valor do coeficiente de rendimento alcoólico máximo apresentou o mesmo valor para ambas as linhagens (Yp/s = 0,47) e uma produtividade global ligeiramente maior para a linhagem NRRL Y-2342 (l1%). A reprodução das leveduras foi prejudicada a 40°C e beneficiada a temperaturas mais baixas que as indicadas para a produção máxima de etanol. A presença de Leaconostoc ou Lactobacillus no inicio das fermentações ocasionou respectivamente, a redução (5 %) ou aumento (6%) do rendimento alcoólico quando comparadas às fermentações realizadas cora culturas puras de S. cerevisiae. As produtividades obtidas com as culturas contaminadas foram superiores, exceto em algumas fermentações contaminadas com Lactobacillus. Ambos os contaminantes afetaram adversamente o brotamento da 1inhagem NRRL Y-2342 e pouco influíram no brotamento da linhagem FTPT 0472. No final das fermentações, o Leaconostoc não pode ser detectado enquanto que o nível de Lactobacillus se manteve praticamente constante. A ausência do Leaconostoc no final das fermentações pode ser atribuída à característica de crescimento do Leaconostoc e ao etanol produzido pelas leveduras, no meio utilizado Abstract: The goal of this work is to study the influence of temperature and infection of lactic acid bacteria on alcoholic yield and viability of two strains of two Saccharomyces cerevisiae (NRRL and FTPT 0472) growing on cane sugar broth at pH 4,5 supplemented with N and P. The incubation was carried on a temperature gradient incubator between 28 and 40ºC. Determination of yeast concentration (plate count and microscopy), bacterial concentration (plate county CO2 (gravimetry), dry cell mass (gravimetry), pH (potenciometry), sugar concentration (colorimetry) and ethanol (gas chromatography) was done in the initial and final samples. The optimum temperature for ethanol product ion was found to be 38 °C for strain NRRL Y-2342 and 34 ºC for strain FTPT 0472. The maximum alcoholic yield coefficient obtained was the- same for bath strains (Yp/s = 0,47). However the productivity was slightly higher (11%) for the strain NRRL Y-2342. The reproduction of yeasts was adversely affected above 40ºC but was enhanced at 1ower temperatures (28 to 32 °C) .There was a decrease in the alcoholic, yield of 5% in the presence of Leaconostoc and an increase of 6% in the presence of Lactobacillus. The productivity obtained with contaminated cultures was higher, with the exception of some experiments contaminated with Lactobacillus. Both bacterial contaminants affected adversely the budding of strain NRRL Y-2342 but did not affect the budding of strain FTPT 0472. At the end of fermentation the level of the Lactobacillus contamination remained constant, whereas viable cells of Leaconostoc could not be detected. This was due to the sensitivity of Leaconostoc against the ethanol produced during the alcoholic fermentation, and the growth characteristics of Leaconostoc in the medium tested Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Maria Beatriz Machado Bonacelli, Ana Lucia Delgado Assad Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias Resumo: A biodiversidade tem sido apontada como um elemento de importância estratégica devido, entre outros fatores, ao seu potencial como fornecedora de matéria-prima para diversos setores da economia. Diante deste quadro, mas também do de destruição deste patrimônio, têm se inserido muitas das atuais estratégias de empresas, as quais vêm procurando acompanhar e aproveitar o desenvolvimento de novas oportunidades tecnológicas abertas pelos mercados de produtos obtidos de forma ambientalmente responsável. A incorporação de modelos sustentáveis de uso dos recursos é, portanto, vista como um diferencial capaz de gerar vantagens competitivas. No entanto, falta ainda um ambiente institucional adequado para que o acesso a esses recursos se dê de modo a permitir a conservação dos mesmos, assim como a repartição dos benefícios advindos de sua exploração. Dessa forma, a presente dissertação de mestrado apresenta e discute de que forma algumas empresas brasileiras vêm utilizando em suas estratégias competitivas o potencial da biodiversidade como forma de criar e/ou de aproveitar novas oportunidades e explorar novos nichos de mercado, apontando as principais vantagens e limitações encontradas neste tipo de estratégia. Para tanto, analisa o processo de incorporação da variável ambiental pelo setor produtivo via abordagem evolucionista do processo de inovação discutindo, entre outros, os custos de transação aí envolvidos. Traz também a discussão sobre a construção do ambiente institucional, com foco no processo de regulamentação do acesso à biodiversidade no âmbito das diretrizes nacionais frente à Convenção sobre Diversidade Biológica. Por último, analisa o potencial do mercado brasileiro de produtos obtidos de forma sustentável nos segmentos de fitoterápicos, cosméticos, extratos naturais e de manejo florestal por meio de quatro casos de empresas nacionais que vêm adotando em suas estratégias competitivas o uso sustentável da biodiversidade. Parece claro que a incorporação dos preceitos do desenvolvimento sustentável no uso da biodiversidade é uma tendência que vem se fortalecendo, principalmente em setores altamente dependentes de matéria-prima advinda da biodiversidade. Neste contexto, destaca-se a importância da geração de inovações para atender à demanda por novas práticas e tecnologias, assim como da conformação de um ambiente institucional capaz de estimular a incorporação da variável ambiental por todo o setor produtivo Abstract: Biodiversity has been considered a strategic element due to, among other reasons, its potential as a raw material provider to many industry sectors. Nevertheless, the increasing degradation of the environment threatens this potential, therefore the urgency in the promotion of sustainable development. Motivated by this context, many companies are adopting, as part of their competitive strategies, the sustainable use of biodiversity so as to take advantage of new technological opportunities opened in the environmentally responsible products market. However, the institutional environment for the access to these resources is still under construction. Thus, the purpose of the present Master of Science dissertation is to analyze how some Brazilian companies are using the potential of biodiversity as part of their competitive strategies in order to create favorable market asymmetries. It also acknowledges the advantages and limitations concerning this strategy. Firstly, the incorporation of environmental issues by industry is analyzed. This analysis is based on the evolutionary approach of the innovation process, considering the transactional costs involved. Secondly, there is a discussion about the taken actions and the institutionalization process related to the implementation of the Convention on Biological Diversity in Brazil. Finally, this work presents the potential of the Brazilian environmentally responsible products market, focusing on phytoterapics, cosmetics, natural extracts and forestry. To illustrate this potential, the cases of four national companies are analyzed. This study has pointed out that the incorporation of the principles of sustainable development does not seem to be simply a temporary strategy, but a strong tendency especially to industry sectors highly dependent on biodiversity as raw material. Other issues addressed include the relevance of innovation to the generation of new proceedings and technologies as well as the importance of the conformation of a solid institutional environment Mestrado Política Científica e Tecnologica Mestre em Política Científica e Tecnológica

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Neste estudo foram testadas 38 linhagens de Lactobacillus fermentum através de metodologia de triagem orientada para probióticos, com ensaios de resistência a sais de bile, a antibióticos comumente utilizados em rações para suínos, a pH ácido e a presença de oxigênio. Para a seleção dos probióticos, foram utilizadas dosagens de inibidores menores do que aquelas definidas em literatura para ensaios de resistência não cinéticos. As dosagens foram padronizadas utilizando-se três linhagens de Lactobacillus fermentum, aleatoriamente escolhidas dentre as 38 testadas, através do método da dose mínima inibitória adaptada a microplacas. A análise das curvas de crescimento das 38 linhagens de Lactobacillus fermentum foi realizada por comparação do crescimento simultâneo das linhagens em meios com e sem o inibidor. Três linhagens de Lactobacillus acidophilus, utilizadas em probióticos disponíve.is no mercado, foram empregadas como controle positivo. Para cada inibidor, foram realizados 82 ensaios cinéticos simultâneos em microplacas, perfazendo um total de 492 curvas de crescimento, analisadas com metodologia baseada no tempo de indução (1-i1t) em comparação à variação da velocidade específica de crescimento (1-J.l%) das linhagens. Os resultados levaram à seleção de quatro linhagens para estudos posteriores por apresentarem resistência simultânea a pelo menos 4 dos 6 inibidores testados (sais de bile, virginiamicina, colistina, bacitracina de Zn, pH 3.0 e presença de oxigênio) Abstract: in the present study, 38 Lactobacillus fennentum strains were screened applying a methodology designed to identify potentiàl probiotics using trials based on their resistance to bile salts, antibiotics commonly used in porcine feed, low pH and oxygen. Probiotics, were screened at a defined concentration of inhibitor, below the value stated by the literature for non kinetical assays, determined by growing three randomly selected Lactobacillus fennentum strains with a Minimum Inhibitory Dose Method adapted to microplate. The analysis of the 38 Lactobacillus fennentum strains was performed by comparison of their simultaneous growth in a medium with and without the inhibitor. Three commercially available probiotic strains of Lactobacillus acidophilus, were used as positive controls. For each inhibitor, 82 kinetic results were simultaneously obtained from microplates. The four inhibitors tested generated a total of 492 growth curves analysed by two methods, based on the induction time (1-Llt) and growth rate (1-J.l%). The methodology developed allowed the selection of four Lactobacillus fermentum strains with high probiotic potential for future studies, wich presented simultaneous resistance to four of the 6 tested inhibitors (bile salts, virginiamicin, colistin, zinc bacitracin, pH 3.0 and oxygen) Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital. Abstract: The abstract is available with the full electronic digital document. Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Lucia Helena Innocentini Mei Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica Resumo: O tratamento biológico de efluentes é um processo promissor para a redução do impacto ambiental ocasionado pela liberação dos efluentes Abstract: Biological treatment of effluent is a promissing process for reduction of the environmental impact due to the effluent discharge from the pulp and paper industry. Two fungal strais, Lentinula (=Lentinus) edodes UEC-209 and UEC-2021, previously selected for this purpose were studied. The principal aim of this study was to determine the optimal conditions for the effluent treatment from pulp and paper industry with the selected fungi in a modified air-lift-packed bed reactor. The condictions for the lignin peroxidase (LiP) and for manganese peroxidase (MnP) production, L. edodes free and immobiljzed system at Erlenmeyer and bioreactor scale with different nature of organochloride compounds were studied. The oxygen transfer coefficient ('K IND. L¿a) in free and immobilized system at the flow rate of 400, 600, and 800 mL/min of oxygen, which is an essential information of aerobic treatment was also studied. The results showed that the best conditions for the enzymatic production were 1.25% of malt extract, without any extra nitrogen source and in free micelial growth. L. edodes UEC-2021 appeared as the most efficient fungus for effluent decontamination of different nature, reaching 100% of acute toxicity reduction. The kLamore adequate in the bioreactor studied was the free system (0.18 min-I). In this condition a 63% of phenoI reduction, 32% of chIorolignin degradation and 37.5% of AOX removal after 3 days of treatment were obtained ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations Doutorado Ciência e Tecnologia de Materiais Doutor em Engenharia Química

Orientador: Newton Muller Pereira Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Geociencias Resumo: A presente tese de doutoramento discorre sobre o processo de institucionalização do tema biodiversidade no cenário internacional e os programas e projetos a ela relacionados implementados no Brasil em decorrência da assinatura da Convenção sobre Diversidade Biológica. Descreve a situação atual da diversidade biológica, localiza os centros portadores de megabiodiversidade e discute a importância ambienta! e econômica dos recursos biológicos como fornecedores de bens e serviços. Para tanto, contextualiza a diversidade biológica na evolução da percepção social da importância do meio ambiente para as gerações presente e futuras. A partir dessa contextualização, a tese historia os passos que levaram a biodiversidade a ser objeto de atenção da Organização das Nações Unidas até que, por iniciativa dessa, fosse elaborado, em 1992, documento cujos signatários se comprometiam a cumprir e respeitar os princípios e recomendações do que se intitulou Convenção sobre Diversidade Biológica. A CDB tem por princípios básicos a conservação da diversidade biológica, o uso sustentável de seus componentes e a distribuição justa e eqüitativa dos benefícios dela derivados. Constitui-se no instrumento legal que estabelece as regras e obrigações, o planejamento e a forma de utilização do conhecimento relativo a diversidade biológica. Analisa os diferentes artigos da Convenção e como o Brasil tem procurado implementar suas recomendações. Também descreve e analisam as principais atividades e programas relativos a diversidade biológica em execução nas instituições brasileiras e o processo de articulação e integração entre elas. Com essa descrição mostra em que amplo panorama a problemática da diversidade biológica se internaliza e institucionaliza no país. Reconhece o esforço do Brasil em cumprir as recomendações da CDB, implantando ações voltadas à conservação e utilização sustentável da diversidade biológica em várias de suas instituições. Dentre essas merece ser destacada a atuação do Ministério do Meio Ambiente, que tem sob sua orientação os principais mecanismos de fomento e planejamento, pesquisa e desenvolvimento relativos ao tratamento da diversidade biológica no território brasileiro. Sob coordenação desse Ministério se desenvolve o Programa Nacional da Diversidade Biológica (Pronabio) e o Projeto de Conservação e Utilização Sustentável da Biodiversidade (probio), braço executivo do Pronabio. É apresentado também a atuação do Fundo Nacional da Biodiversidade (Funbio), com gestão privada. Apesar do reconhecido esforço do Brasil em adotar as recomendações emanadas da CDB, problemas de natureza política têm comprometido a aprovação das leis atualmente em tramitação no Congresso Nacional a exemplo da Lei de Acesso aos Recursos Genéticos, uma das recomendações centrais da CDB. Embora o trabalho tenha constatado inúmeras ações das instituições nacionais em biodiversidade, a articulação tênue entre as instituições, programas e projetos não propiciam a obtenção de resultados mais contundentes, inclusive a fixação de uma política para o setor. Tal fato pode acabar levando a duplicação de esforços e ao não aproveitamento integral do rico patrimônio biológico existente no País Abstract: This doctoral dissertation deals with the theme of biodiversity in the intemational action and the institutionalization process, as it relates to projects and programas implemented in Brazil as a result of the signing of the Convention on Biological Diversity (CDB) (Convenção sobre Diversidade Biológica - CDB). Other issues addressed include the current status of the biological diversty, sites containing megabiodiversity, and the environmental and economic importance of the biological resources as provide of goods and services. 1t thus contextualization biological diversity in the evolution of the social perception of the importance of the environmet for the present and the future generations. From this contextualization this dissertation presents the historical steps that placed biodiversity as a key issue for the United Nation, up to the point when it elaborated the Convention on Biological Diversity document, 1992, where the signed parties committed the adhere to the principIes and recommendations presented therein. The CDB has as basic principIes the conservation of biodiversity, the sustainable use of its components, and the fair and equitable distribution of the benefits derived from it. These are contained in its legal document wich establishes rules and obligations, and the planning and manner ofutilization ofknowledge related to biodiversity. This study analiyzes the various artic1es of the Convention and how its reeommendations have been implemented in Brazil. It also deseribes and analyzes the main aetivities and programs related to biodiversity, that are being earrled out in Brazilian institutions, and the interfaeing and integration proeess among them. With this deseription the dissertation Doutorado Política Científica e Tecnologica Doutor em Política Científica e Tecnológica

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Foi efetuado um estudo taxonômico de vinte e duas linhagens de Neurospora isoladas de beiju de mandioca e vegetação queimada nos Estados do Maranhão e São Paulo. As linhagens estudadas foram caracterizadas quanto à sua morfologia, perfil de proteínas totais, polimorfismos e fragmentos do rDNA 188,288, região espaçadora 188­288 e do gene histona H3-1, e produção de aroma. Foram incluídas neste estudo 7 linhagens de referência de 4 espécies de Neurospora: N crassa NRRL 2223, CCT 2680 (=ATCC 24698); N. sitophila ATCC 46892 (produtora de aroma), NRRL 2884 (=ATCC 36935, =CCT 0045); N. intermedia NRRL 5506 (N. sitophila ATCC 56753) e N. tetrasperma NRRL 2164. Os resultados obtidos na análise das características morfológicas sugerem que os isolados pertencem a 7 espécies diferentes. As linhagens obtidas do Maranhão foram identificadas como N. sitophila, com exceção de AC9, identificada como N crassa, enquanto que os isolados do Estado de 8ão Paulo apresentaram uma maior diversidade de espécies: N. sitophila, N. crassa, N tetrasperma, N. dodgei, N. galapogensis, N. africana e N. lineolata. As análises dos perfis de proteínas totais corroboraram os resultados da análise morfológica. Os resultados da análise de proteínas totais, assim como os de digestão da região espaçadora 188-288 com a endonuclease Ava II, permitiram agrupar a linhagem N. sitophila ATCC 46892 produtora de aroma e isolados obtidos do mesmo susbstrato (beiju de mandioca) e local (Maranhão). Estas linhagens formaram um grupo distinto das linhagens de referência e dos demais isolados. A digestão do rDNA 18S com a enzima de restrição Hae III resultou em padrões diferentes para as três linhagens de referência em estudo. A linhagem produtora de aroma N sitophila A TCC 46892 apresentou o mesmo padrão de restrição que as linhagens de referência N crassa NRRL 2223 e CCT 2680, assim como a maioria dos demais isolados. As linhagens AC4 e AC15 apresentaram padrão de restrição igual ao de N tetrasperma NRRL 2164. Os perfis de restrição do gene da proteína histona, his-3 obtido com as enzimas Dde I e Hae III, permitiram a diferenciação das duas espécies N. sitophila NRRL 2884, CCT 0045 e N. crassa NRRL 2223, CCT 2680. A linhagem N sitophila ATCC 46892 produtora de aroma, as linhagens N crassa NRRL 2223, CCT 2680, e as linhagens de Neurospora isoladas do mesmo local (Maranhão) apresentaram perfis idênticos de restrição. Os fragmentos amplificados na região conservada 288 não apresentaram polimorfismo com nenhuma das enzimas em estudo. Os resultados da avaliação sensorial indicaram que as linhagens de Neurospora isoladas do beiju de mandioca, apresentam características aromáticas muito semelhantes à da linhagem produtora de aroma de frutas N sitophila ATCC 46892. Os métodos moleculares e a taxonomia polifásica forneceram informações referentes ao grupo de linhagens de Neurospora obtidas do mesmo substrato da linhagem produtora de aroma N. sitophila ATCC 46892, reforçando o uso desses métodos na caracterização de microrganismos associados à produção de aroma, podendo auxiliar na escolha de linhagens para futuros estudos envolvendo a produção e aplicação tecnológica Abstract: Polyphasic taxonomic studies were done with twenty-two Neurospora strains isolated from cassava beiju and burned vegetation in Maranhão and São Paulo states. Strains were characterized regarding morphology, protein profiles and polymorphisms of 18S, 28S and 18S-28S rDNA spacer fragment, histone H3-1 gene, and aroma production. References strains: N crassa NRRL 2223, CCT 2680 (=ATCC 24698); NRRL 2884 (=ATCC 36935), CCT 0045 (=NRRL 2884); N. intermedia (N. sitophila ATCC 36935) N. sitophila ATCC 46892 (aroma producer) and N. tetrasperma NRRL 2164, were also studied. Results obtained from morphological analyses suggested that the isolates comprised 7 different species. Strains from Maranhão were identified as N. sitophila but, except for strain AC9, identified as N. crassa, whereas isolates from São Paulo were assigned to N. africana, N. crassa, N. dodgei, N. galapogensis, N. lineolata, N. sitophila, and N. tetrasperma. The analyses of total protein profiles agreed with the results from morphological analysis. Analysis of total protein profiles as well as spacer region digestion with Ava II endonuclease allowed the grouping of N sitophila A TCC 46892 aroma producer strain with the isolates of Neurospora spp. originated of same substrate (cassava beiju) and local (Maranhão). These strains formed a group distinct from the reference strains and from the others isolates. Digestion of 18S rDNA with restriction enzyme Hae III resulted in different patterns for the three reference strains in study. N sitophila ATCC 46892 aroma producer strain, reference strains N. crassa NRRL 2223, CCT 2680 and most of the isolates presented the same restriction patterns. AC4 and AC15 strains and the N. tetrasperma NRRL 2164 reference strain presented identical restriction patterns. Restriction profiles of the histone protein gene, his-3 obtained with Dde I and Hae III enzymes allowed the differentiation of the two species N. sitophila NRRL 2884, CCT 0045 and N. crassa NRRL 2223, CCT 2680. N. sitophila ATCC 46892 aroma producer strain, N crassa NRRL 2223, CCT 2680 strains and Neurospora strains isolated from same local (Maranhão) presented identical restriction pattern. Amplified fragments from 28S rDNA conserved region with studied enzymes did not present polymorphism. Sensorial evaluation indicated that Neurospora strains isolated of cassava beiju show aromatic characteristics similar to that of N sitophila ATCC 46892, producer of fruit aroma strain. Molecular methods and the polyphasic taxonomy provided information for the Neurospora group originated from the same substrate of the N. sitophila ATCC 46892 aroma producer strains. These methods corroborate characterization of microorganisms associated to production of aroma, and could was be collaborate useful with selection of strains for future studies related with technological production and application Doutorado Doutor em Ciência de Alimentos

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Alicyclobacillus acidoterrestris é um organismo contaminante e potencialmente deteriogênico de sucos de frutas e bebidas ácidas embaladas assepticamente. A detecção desses microrganismos acidotermofilicos requer procedimentos especiais que permitam a germinação de esporos dormentes. A pesquisa realizada envolveu a análise dos fatores que influenciam a recuperação de aliciclobacilos em amostras de suco concentrado de laranja, o estudo da sua ocorrência em sucos de frutas comerciais e um estudo taxonômico das linhagens isoladas. Os resultados demonstraram que a reconstituição do suco com água destilada, seguida de pasteurização e incubação a 50°C por 24 horas, foi o tratamento mais eficiente na recuperação destes organismos. Os meios utilizados - BAT (meio A. acidoterrestris), BCY (meio A. cycloheptanicus) e BAM (meio A. acidocaldarius) - citados na literatura, foram seletivos para Alicyclobacif./us. Foram positivas na detecção 15 das 19 amostras analisadas (79%). O plaqueamento de diluições das amostras pasteurizadas pela técnica de profundidade em meio BAT, incubadas a 50°C por 48 a 96 horas, foi um método eficiente na enumeração de ATSB (bacilos esporulados acidotermofilicos) em amostras de suco concentrado. A detecção de Alicyclobacillus em uma variedade de sucos industrializados comerciais do Brasil e de outros países revela uma distribuição cosmopolita, no entanto, sua presença tem sido pouco relatada ou subestimada. O estudo taxonômico baseado na análise qualitativa de ésteres metílicos de ácidos graxos por cromatografia gás-líquida demonstrou que todas as linhagens isoladas apresentam os ácidos ?-11-ciclohexil undecanóico e ?-13-ciclohexil tridecanóico como componentes principais (50-95%) do perfil de ácidos graxos. Estes ácidos são marcadores quimiotaxonômicos para as espécies Alicyclobacillus acidoterrestris e Alicyclobacillus acidocaldarius. A caracterização de 10 linhagens, comparativamente às linhagens de referência de A. acidoterrestris e A. acidocaldarius, evidenciou o caráter aeróbio estrito destes organismos e a sua capacidade de crescer sob condições de pH entre 3,0 e 6,0. Todas as linhagens apresentaram crescimento em temperaturas que variavam de 25 a 60°C, exceto a linhagem de A. acidocaldarius e a linhagem CCT 123 que cresceram em temperaturas entre 40°C e 70°C. O perfil bioquímico dessas linhagens foi estudado através da utilização de fontes de carbono, pelo sistema API 50 CH. Sete de dez linhagens analisadas foram identificadas como Alicyclobacillus acidoterrestris Abstract: Alicyclobacillus acidoterrestris is a contaminant and potentially deteriogenic organism in aseptically packed fruit juice and acidic drinks. The detection of thermoacidophilic deteriogenic microorganisms in concentrated orange juice samples requires special procedures to allow the germination of dormant spores. The present investigation included the analysis of factors which improved the recovery of alicyclobacilli from concentrated orange juice samples, the study of its occurrence in commercial fruit juices and a taxonomic study of isolated strains. The results demonstrated that the reconstitution of juice with distilled water, followed by pasteurization and incubation at 50°C for 24 hours, was the" most efficient treatment in the recuperation of these organisms. The media employed - BAT (A. acidoterrestris media), BCY (A. cycloheptanicus media) and BAM (A. acidocaldarius media) - mentioned in the literature, were selective for Alicyclobacillus. From 19 samples analysed, 15 were positive in the detection (79%). The plating of pasteurized sample dilutions by pour plate technique in BAT media, incubated at 50°C for 48 to 96 hours, was an efficient method for counting of ATSB (Acidothermophilic Sporeforming Bacilli) in the concentrated juice samples. The detection of Alicyclobacillus 'in a variety of commercial industrialized juices from Brazil and from other countries demonstrated its cosmopolitan distribution. However, its presence has been scarcely reported or underestimated. The taxonomic study based on qualitative analysis of fatty acid methyl esters by gas liquid chromatography revealed that all strains isolated presented the ? -l1-cyc1ohexyl-undecanoic and ? -13 -cyclohexyl-tridecanoic acids as principal components (50-95%) of the cell fatty acid profile. These acids are chemotaxonomic markers for Alicyclobacillus acidoterrestris and Alicyclobacillus acidocaldarius. This taxonomic criterion had a great importance for strain characterization in addition to conventional taxonomy. The characterization of 10 strains, comparatively to the reference strains of A. acidoterrestris and A. acidocaldarius, indicated their strict aerobic feature and capacity to grow under the pH conditions between 3,0 and 6,0. All the strains presented growth at temperatures from 25 to 60°C, except for A. acidocaldarius strains and strain CCT 123 which grew at temperatures between 40 and 70°C. The biochemical profile of these strains was studied using the carbon source uptake tests with the API 50 CH system. Seven out of the ten analyzed strains were identified as Alicyclobacillus acidoterrestris Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Com o objetivo de obter leveduras produtoras de inulinases com propriedades biotecnológicas interessantes fez-se o isolamento de leveduras a partir de suco da planta Agave e resíduos da indústria de si sal (substratos ricos em inulina). Para a seleção de linhagens tolerantes a pH baixo e altas temperaturas, utilizou-se o sistema "Microtiter Reader" automatizado para reduzir tempo, custo e mão-de-obra. A caracterização taxonômica incluiu técnicas convencionais, quimiotaxonômica e taxonomia numérica. Foram isoladas 79 leveduras a partir de 4 locais de coleta em condição seletiva (meio de cultura contendo inulina em diferentes temperaturas). A caracterização morfológica e bioquímica, junto com a determinação do tipo de coenzima-Q (quinona) foram utilizadas na identificação de 73 leveduras ascomicéticas compreendendo os estados anamórficos: 42 linhagens de Candida kefyr (estado teleomórfico Kluyveromyces marxianus); 11 linhagens de Candida lusitaniae (estado teleomórfico Clavispora lusitaniae) e 6 linhagens de Candida guilhermondii (estado teleomórfico Pichia guilhermondii); 14 isolados semelhantes à espécie Pichia strasburgensis, que não apresentaram reprodução sexuada; e 6 leveduras deuterornicéticas identificadas como pertencentes à espécie Rhodotorula rubra. Na análise por taxonomia numérica, utilizou-se 58 características fenotípicas para o cálculo da similaridade entre as leveduras (coeficientes "simple matching" e Jaccard) e foram construídos dendogramas através dos programas computacionais X e NTSYS. As leveduras foram agrupadas em sete "clusters". Três "clusters" Q6, Q7 e QIO apresentaram boa definição e incluíram 18 linhagens de Candida kefyr, 10 linhagens de Pichia strasburgensis e os 6 representantes da espécie Rhodotorula rubra, respectivamente. Um "cluster", denominado Major, apresentou-se heterogêneo reunindo linhagens das espécies C. kefyr (24), C. lusitaniae (8), C. guilhermondii (3) e Pichia strasburgensis (2) confirmando a semelhança em relação às características morfológicas e bioquímicas observada na taxonomia convencional, na ausência das características relacionadas à reprodução sexuada. A estratégia de seleção utilizada comprendeu o teste do crescimento dos isolados em meios mínimo (YNB) e complexo (YEP) acrescidos de inulina em diferentes condições de pH e temperatura. Os dados de cinética de crescimento foram comparados e foram selecionadas 20 linhagens de Candida kefyr com constante específica de crescimento (?máx)?0,50 em meio mínimo (YNB) pH 4,0 e a temperatura de 50°C. Onze linhagens apresentaram atividade enzimática superior à obtida para a cultura referência Kluyveromyces marxianus CBS 6556 no menor tempo testado (12 horas). A linhagem Candida kefyr A54a mostrou atividade inulolítica de 2,31 U a 12 horas de produção comparável à linhagem referência (2,64 U) em 18 horas de produção Abstract: Aiming to obtain inulinase-producing yeasts with interesting biotechnological properties the isolation of yeasts from Agave juice and from sisal industry residues (substrates rich in inulin) was carried on. For the screening of low pH and high temperature tolerant strains an automated microtiter reader system was utilized to reduce time, cost and work. The taxonomic characterization was performed using conventional and chemotaxonomic and numerical approaches. Were isolated 79 yeast strains from four sampling places on selective condition (culture medium with inulin at high temperatures). The morphological and biochemical characterization together with the coenzyme-Q type determination were utilized for the identification of 73 ascomycetous yeasts in anamorph state that include: 42 strains of Candida ke.fyr (sexual state Kluyveromyces marxianus); 11 strains of Candida lusitaniae (sexual state Clavispora lusitaniae); 6 strains of Candida guilhermondii (sexual state Pichia guilhermondii) and 14 isolates analogous to Pichia strasburgensis that did not show sexual reproduction and 6 deuteromycetous yeasts identified as Rhodotorula rubra. In the numerical analysis 58 phenotypic characters were utilized to ca1culated the similarity between isolates (simple matching and Jaccard coefficients) and c1ustering using X and NTSYS softwares. The yeasts were c1ustered on seven groups. The clusters Q6, Q7 e QlO presented a good definition and grouped 18 strains of C. ke.fyr, 10 strains of P. strasburgensis-lik.e and 6 strains of Rhodotorula rubra, respectively. One c1uster, defined Major, formed an heterogeneous group, c1ustering strains of C. ke.fyr (24), C. lusitaniae (8), C. guilhermondii (3) e P. strasburgensis (2) that confirms the similarity of these species based on the morphological and biochemical characteristics as shown by conventional taxonomy on absence of sexual reproduction. The screening strategy used included growth test at minimal medium YNB and complex medium YEP with inulin 1 % at different pH and temperature conditions. Kinetics data were compared and twenty strains were selected that presented specific growth constant (?máx)?0,50 h-1 at YNB pH 4,0 50°C condition. Of these, eleven strains of Candida kefyr showed inulolitic activity greater than reference culture (K. marxianus CBS 6556) with 12 hours of production. The strain C. ke.fyr A54a showed AE = 2,31 U (?moles of fructose per minute) at 12 hours of production, this value was comparable to strain K. marxianus CBS 6556 at 18 hours (2,64 U) Doutorado Doutor em Ciência de Alimentos

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: O gênero Lactobacillus é encontrado no trato intestinal de humanos saudáveis e animais, como também em vegetais fermentados, produtos cámeos, vinhos e cervejas. Por outro lado, são largamente utilizados na preparação de uma variedade de alimentos como culturas "starter" em queijos e outros laticínios (BOTIAZZI, 1988). Além disso, linhagens de Lactobacillus têm sido isoladas como contaminantes em usinas de álcool. O gênero Lactobacillus é o que contém o maior número de espécies de bactérias ácido-lácticas; é também o mais heterogêneo compreendendo espécies com uma grande variedade de propriedades bioquímicas e fisiológicas. A heterogeneidade se reflete pela extensão do teor de mol% de G+C das espécies incluídas no gênero que é de 32-53 mol%. Linhagens de Lactobacillus fermentum, isoladas de usinas de álcool do estado de São Paulo foram caracterizadas através de técnicas bioquímica e molecular, através dos perfis de fermentação de carboidratos e da técnica de RAPO (Randomly Amplified Polymorphic ONA). A partir da amplificação de fragmentos de ONA, utilizando-se "primers" arbitrários, foi possível gerar "fingerprintings" através da técnica de RAPD, capazes de discriminar entre linhagens da mesma espécie, permitindo o enquadramento em grupos distintos com características em comum. Através da análise dos perfis de fermentação de carboidratos, observou-se a formação de grupos com características próprias e que foram os mesmos grupos obtidos através da técnica de RAPO, indicando portanto a existência de grupos bem definidos de linhagens pertencentes ao gênero Lactobacillus que estão presentes como contaminantes de fermentação alcoólica Abstract: The Lactobacillus genus is found mainly in the intestinal tract of healthy humans and animals, as well as in fermented vegetables, fleshy products, wines and beers. Nevertheless, it is largely used in several food preparations, for instance, as starter cultures for cheeses and other dairy products (BOTI AZ'ZJ, 1988). Strains of Lactobacillus genus have been isolated from alcohol industries. The Lactobillus genus is the biggest one in the lactic-acidic bacteria group; it is also the most heterogeneous group, which comprises species with a large variety of biochemical and physiological properties. The heterogeneity is due to the high G+C content of species from this genus, 32 to 53 mol%. Lactobacillus fermentum strains isolated from alcohol industries from São Paulo State were characterized by biochemical and molecular techniques, such as carbohydrate fermentation profiles and RAPO technique (Randomly Amplified Polymorphic ONA). Based on amplification of ONA fragments, using random primers, the RAPO technique provides fingerprintings, enabling to discriminate between strains from the same species, besides it allows the formation of different groups with the same characteristics. Through analysis of carbohydrate fermentation profiles, it was possible to observe the formation of groups with their own features, which were the same group obtained through RAPO technique, showing, therefore, the existence of well defined groups of Lactobacillus strains which are present as alcoholic fermentation contaminants Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: : Amostras de mosto, vinho levedurado e leite levedurado foram coletadas durante o período de maio a dezembro de 1992, em duas usinas de açúcar e álcool da região de Piracicaba e Capivari no Estado de São Paulo. O estudo teve por objetivo o levantamento da diversidade de leveduras presentes na fermep.tação alcoólica. Foram utilizados os meios WLN ágar (para contagem total de leveduras), WLD ágar (para contagem de leveduras nãoSaeeharomyees eerevisiae), Usina ágar (para detecção de leveduras não-Saeeharomyees) e Lin ágar (para detecção de leveduras tipo Saeeharomyees). Foram isoladas 439 linhagens, sendo 221 da usina de Piracicaba e 218 da Usina de Capivari. Na Usina de Piracicaba o gênero Saeeharomyees se constituiu o contarninante mais freqüente (44,8%), seguido de Candida (38,9%), Piehia. (5,4%), ygosaeeharomyees/Torulaspora (2,7%), SaeeharomyeodeslHanseniaspora .(1,8%), Cryptoeoeeus (1,4%), Issatehenkia (1,4%), Sehizosaeeharomyees (1,4%), Triehosporon (1,4%), e Rhodotorula (0,9%). As linhagens de Candida isoladas foram as leveduras ~ontaminantes mais significativas e consistiram de C. tropiealis (30,2%), C. stellata (25,6%), C. rugosa (12,8%), C. krusei (10,5%), C. guilliermondii varo membranaefacíens (5,8%), C. collieulosa (3,5%), C. millerilC. holmii (3,5%), C. guilliermondii (2,3%), C. lusitaniae (2,3%), C. magnoliae (2,3%) e C. utilis (1,2%). Na Usina de Capivari o gênero Candida foi o contaminante mais freqüente (43,6%), seguido por Saceharomyces (33,0%), ZygosaeeharomyceslTorulaspora (10,lo/ç), Kluyveromyees (8,7%), Issatchenkia (1,8%), Rhodotorula (0,9%), Sehizosaeeharomyc,es (0,9%), Piehia (0,5%) e SaeeharomyeodeslHanseniaspora (0,5%). As linhagens de Candida foram classificadas como C. stellata (46,3%), C. tropiealis (20,0%), C. krusei (10,5%), C. rugosa (9,5%), C. eollieulosa (6,3%), C. kefyr (4,2%), C. dattila (1,1%), C. lipolytica (1,1 %) e C. parapsilosis (1,1 %). As Saccharomyees detectadas incluem também as linhagens selvagens. A maioria das linhagens contaminantes foram caracterizadas como fermentadoras, assimiladoras do etanol, osmotolerantes, termotolerantes, urease e DBB negativos e com brotamento multipolar. Espera-se, com estes resultados, obter melhor conhecimento da microbiota contaminante, e por conseguinte estabelecer sistemas de monitoramento mais eficazes nos processos de fermentação utilizados Abstract: Samples of cane juice (mosto), fermenting broth (vinho) and yeast celI slurry (leite levedurado), were colIected during the period of 1992 May to December, in 2 ethanol fermentation industries in São Paulo State, from 2 different cities: Piracicaba and Capivari. Both them had apure strain as the starting inoculum. This study aims the survey of the yeasts diversity present in ethanol fermentation processes. Medium WLN-agar (total yeast count), WLD-agar (non-Saccharomyces cerevisiae celIs count), Lysine-agar (detection of non-Saccharomyces) and Lin-agar (detection of Saccharomyces type celIs), were used for enumeration and isolation of the yeasts. 439 strains were isolated, namely 221 from Piracicaba e 218 from Capivari. Among the 221 strains isolated from Piracicaba, the genus Saccharomyces was the most frequent (44,8%), folIowed by Candida (38,9%), Pichia (5,4%), Zygosaccharomyces/Torulaspora (2,7%), SaccharomycockslHanseniaspora (1,8%), Schizosaccharomyces (1,4%), Issatchenkia (1,4%), Trichosporon (1,4%), Cryptococcus (1,4%) e Rhodotorula (0,9%). Yeasts belonging to Candida sp. were the most significant contaminant, and consisted of: C. tropicalis (30,2%), c. stellata (25,6%), C. rugos6l (12,8%), C. krusei (10,5%), C. guilliermondÜ varo membranaefadens (5,8%), C. colliculosa (3,5%), C. millerilC. holmÜ (3,5%), C. guilliermondÜ (2,3%), C. lusitaniae (2,3%), C. magnoliae (2,3%) and C. utilis (1,2%). Among the 218 strains isolated from Capivari, the genus Candida was the most frequent contaminant (43,6%): folIowed by Saccharomyces (33,0%), ZygosaccharomyceslTorulaspora (10,1%); Kluyveromyces (8,7%), Issatchenkia (1,8%), Schizosaccharomyces (0,9%), Rhodotorula (0,9%), Pichia (0,5%) and SaccharomycodeslHanseniaspora (0,5%). Candida strains were classified as C. stellata (46,3%), C. tropicalis (20,0%), C. krusei (10,5%), C. rugosa (9,5%), C. colliculosa (6,3%), C. kefyr (4,2%), C. dattUa (1,1%), C. lipolytica (1,1%) e C. parapsUosis (1,1 %). The detected Saccharomyces include also the wild strains. Most of the strains were fermentative, ethanol tolerant, osmotolerant, thermotolerant, urease and DBB negatives and vegetative reproduction by multipolar budding. It is expected that these results will be useful to improve the knowledge on the contarninating yeasts in ethanol production plants, and that this will be of help to establish more efficient systems for microbial control and monitoring in the ethanol fermentation processes Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Pilar Rodrigues de Massaguer Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Este estudo visou a avaliação das bactérias termófilas em pontos de controle de processamento de ervilha enlatada de três indústrias brasileiras, tendo a sua execução sido baseada no conceito de Sistema de Análise dos Perigos nos Pontos Críticos de Controle (HACCP). A análise microbiológica teve por objetivo a quantificação dos microrganismos termófilos totais (TT), dos termófilos esporulados causadores de acidez plana (FS), dos termófilos esporulados anaeróbios (TA) e dos sulfito redutores (SR). Estes não são microrganismos patogênicos, mas têm sido responsáveis por perdas na produção de hortaliças enlatadas de baixa acidez devido a deterioração por eles provocada, sendo que esta deterioração é agravada pelas condições favoráveis para o crescimento e multiplicação existentes em um país tropical como o Brasil. Os resultados indicaram que, a matéria-prima não foi a única responsável pela carga de TT e de FS encontrada no produto final, após autoclavagem e resfriamento. Depois da operação de reidratação, a variação da população de TT e FS foi a responsável pela maior variação destes termófilos no produto final. Quanto as operações de branqueamento e lavagem, ficou evidente que maior atenção deve ser despendida com relação ao tempo, temperatura e fluço de água utilizado. Já o tratamento térmico não agiu como um ponto crítico de controle de eliminação. A população de TT sofreu um acúmulo durante o processamento, sendo que em média, para as três indústrias, a ervilha desidratada entrou com 69 esporos/10 gramas (esp/10g) e no produto final, após autoclavagem e resfriamento, saiu com 102 esp/10 g. Quanto a população de FS, o valor médio da carga, apresentada para as três indústrias, foi de 33 esp/10 g na ervilha desidratada e de 15 esp/10 g no produto final. Com relação aos TA e SR, a seqüência de operações de processamento de ervilha enlatada mostrou-se eficiente para levar a suas diminuições no produto final, após autoclavagem e resfriamento, proporcionando um baixo risco de deterioração sulfídrica para as três indústrias analisadas. A população de TA foi encontrada como sendo de 38,1% tubos positivos/seis tubos inoculados (tb+/6tb inoc) na ervilha desidratada e de 3% tb +/6tb inoc no produto final, após a autoclavagem e resfriamento. Observou-se também, que as três indústrias possuíam características inerentes que promoveram diferentes efeitos nas cargas das bactérias termofílicas tornando, a indústria C, de forma geral, a menos contaminada por termófilos, e L indústria A a mais contaminada. A maior incidência evidenciada no produto final foi de TT, seguida das FS, TA e ausência em 10 gramas para SR. O ensaio de esterilidade comercial no produto final, após autoclavagem e resfriamento, confirmou o alto risco de deterioração tipo acidez plana das três indústrias. Após o ensaio de esterilidade comercial, das 180 latas analisadas, 67,2% apresentaram este tipo de deterioração no produto final, quando expostas as condições de incubação favoráveis ao desenvolvimento de termórilos Abstract: This study aimed to evaluate thermophiles on control points during canning peas production of three Brazilian industries. I t was planned based on The Hazard Analysis Critical Control Points System (HACCP). Microbiological Thermophiles analysis aimed to quantify total thermophiles (TT), thermophilic f1at sour (FS), anaerobic thermophiles sporeformers (TA); and sulfide spoilage sporeformers (SR). These microorganisms are not pathogenic, but they have been responsible for spoilage and loss of low acid canned vegetables, favorable specially in tropical countries like Brazil, where conditions to thermophile development and multiplication exist. The results indicated that the dryed peas were not the sole responsible for the TT and FS population found in final product. At the end of dehydration process, the TT and FS population variation was the responsible for the highest termophiles variation in final product. It became evident that during blanching and washing process, more attention should be given to time, temperature and water flux utilized.The TT population is accumulated during the process, and the mean TT count in dryed peas of the three industries was 69esp/10g, and in the final product it was 102 esp/10g. The mean FS population in dryed peas was 33 esp/10g, and 15 esp/10g in the final product. The process sequence of canned peas was efficient to reduce the TA and SR population in final product, conducting to low risc of sulfidric spoilage for the three industries analysed. The TA population in dryed peas was 38,1% and in the final product, it was 3% tb+/tb inoc. The SR population in dryed peas was esp/10g and final product was absent in 10 grams. It was observed that the three industries had their own characteristics which promoted different effects in thermophiles population making the industry C the less contaminated industry and industry A the most contaminated. The highest incidence 1n final product was of TT, followed by FS and TA, until total absence of SR in 10 grams. The comercial sterility test confirmed the high risc of flat sour spoilage in final product for the three industries. When 180 cans were analysed 67,2% showed flat sour spoilage after comercial sterility in favorable conditions for the thermophiles development. The results indicated that Industry C was the least contaminated and Industry A the most contaminated among the three. The TT and FS population in final product were more affected by TT and FS population in rehydrated peas for industries A and C. For industry B the TT population in the final product was more affected by TT population in blanched and washed peas; and FS population of final product was more affected by FS population in canned peas before sterilization. TA and SR population counted in final product was in general affected by TA and SR population in dryed peas Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador : Vanderlei Perez Canhos Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Foi efetuado um estudo taxômico de 15 isolados entomopatogênicos de mostras de solos e insetos do Brasil com características de bactérias aeróbias, formadoras de endosporos e presença de cristal. Treze isolados acarretaram 100 % de mortalidade a larvas de Aedes fluviatilis em leituras observadas a 24 h. Os resultados dos testes de caracterização morfológica, bioquímica e fisiológica indicaram que 14 isolados pertencem a espécie Bacillus thuringiensis (B.t.) enquanto que o 15° foi determinado como Bacillus sphaericus (B.s.). Através dos perfis eletroforéticos de proteínas totais 11 B.t. isolados foram identificados como subespécie israelensis (sorotipo H-14, incluindo duas linhagens não sorotipadas), 1 como kurstaki (soro tipo H3a, 3b) e 1 como morT!isoni (sorotipo H8a, 8b). As linhagens de B. thuringiensis subsp. israelensis (B.t.i.) formaram um grupo homogêneo distinto das linhagens de referências tóxicas. a lepidópteros e coleópteros. O isolado identificado como B. sphaericus demonstrou alta similaridade com a linhagem 2362 através de testes de atividade larVicida; fagotipagem (fagotipo 3) e sorologia (H5). Os 11 isolados identificados como B.t.i. pela sorologia e/ou perfIS eletroforéticos de proteínas totais não apresentaram polimorflsmo quanto aos fragmentos de restrição, quando foram utilizadas sondas do gene 16S rRNA e do cristal de B.t.i.. A sonda do gene toxigêniro de B.t.i. demonstrou ser bastante específica para a subespécie israelensis, não apresentando hibridizaçóes Com outras subespécies. O gene do cristal de B.t.i. de referência IPS82 e isolados identificados como B.t.i. foram amplificados através da reação em cadeia da polimerase (PCR), digeridos com Sau3AI e separados por eletroforese. Os perfis de restrição destes fragmentos foram idênticos. Esses resultados indicam que os B.t.i. isolados no Brasil formam uni grupo. homogêneo e de organização genética bastante conservada. Outras 28 linhagens de referência representando 12 subespécies de B.t. com 9 sorotipos diferentes, 4 B. cereus e 4 B. anthracis foram incluídas na análise do perfil de hibridização com o gene 16S rRNA Os dados obtidos mostraram correspondência com os testes de sorologia (DE BARJAC & FRACHON, 1990) e a taxonomia numérica (PRIEST et ai., 1988) Abstract: Fifteen bacterial isolates from Brazilian soil and insects with aerobic, endospores and crystal characteristics were taxonomically analysed. Thirteen strains were shown to be pathogenic to Aedes fluviatilis larvae causing 100 % mortality in 24 hours and two strains were non-pathogenic. The results of morphological, biochemical and physiological tests indicated that 14 strains belong B. thuringiensis (8.t.) while the remaining strain was identified as B. sphaericus. Electrophoresis ofwhole celI protein patterns helped in the identification of eleven isolates as israelensis (serotype H-14, including two non-serotypable strains), 1 as kurstaki (serotype H3a, 3b) and 1 as morrisoni (serotype H8a, 8b). Moreover, it was shown that alI B. thuringiensis subsp. israelensis (8.t.i.) strains. formed a homogenous group distinct from reference strains toxic for Lepidoptera or Coleoptera. The isolate identified as B. sphaericus presented high similarity with strain 2362 by larvicidal tests, phagotyping (group 3) and serotyping (H5). The is.olates identified as subspecies israelensis by serology and/or electrophoresis of whole cell proteins patterns showed the same patterns using restriction fragments length polymorphisms (RFLPs) analysis with the 16S rRNA and the crystal gene of B.t.i. as probes. The crystal gene of B.t.i. used as the probe was specific only to the subspecies israelensis. The crystal gene of B.t.i. reference (IPS82) and isolated strains of B.t.i. were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR), digested with Sau3AI and electrophoresed in agarose gel. The restriction fragment patterns obtained were identical. It confirmed as stated above that the B.t.i. isolates used in this study are a highly homogenous group with a conserva tive. genetic organization. Furthermore, 28B.t. reference strains representing 12 subspecies (with 9 different serotypes), 4 B. cereus and 4. B. anthracis were compared with regard to their ribosomal RNA gene restriction patterns. The results obtained match the serological tests (DEBARJAC & FRACHON, 1990) and numerical taxonomy studies (PRIEST et al., 1988). The results in this study suggest that the techniques could be an altemative to serological tests Doutorado Doutor em Ciência de Alimentos

Orientador : Vanderlei Perez Canhos Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos Resumo: Para o levantamento da microbiota bacteriana contaminante da fermentação alcoólica, amostras do leite de leveduras diluído antes da adição de ácido sulfúrico, do mesmo leite de leveduras ap6s adição e ação do ácido sulfúrico, do mosto adicionado ao mesmo leite de leveduras amostrado e do vinho final da mesma dorna de fermentação, foram coletadas durante o período de Julho a Dezembro de 1986, junto a Usina Costa Pinto de Piracicaba. A partir das placas de aeróbios em PCA e MRSA, adicionadas de 10 mg/l de actidiona, foram selecionadas 353 culturas das quais 19 (5,38%) foram perdidas e, portanto, utilizando-se 334 culturas bacterianas, para serem identificadas através de matrizes de similaridade colocadas em um programa de computação. A microbiota bacteriana isolada mostrou-se predominantemente Gram-positiva (98,52%), de bastonetes (87,76%) e de não esporulados (73,95%). O gênero Lactobacillus se constituiu no contaminante mais freqüente (59,75%), seguido de Bacillus (26,58%), Staphylococcus (8,76%), Micrococcus (1,56%), linhagens pertencentes à Família Enterobacteriaceae (1,48%), Pediococcus (1,26%> e Streptococcus (0,70%). As linhagens de Lactobacillus foram classificadas como L. fermentum (15,04%), L. helveticus (14,08%), L. plantarum (5,69%), L. animalis (4,55%), L. bucmeri (3,76%), L. acidophilus (3,07%), L. vitulinus (2,06%), L. viridescens (2,35%), L. amylophilus (1,88%), L. agili5 (1,25%), L. reuteri (1,22%), L. delbrueckii subsp. lactis (1,04%), L' murinus (1,02%), L. delbrueckii subsp. bulgaricus (0,71%), L .coryni formis subsp. torquens (0,71%) e L. sake (0,42%). As linhagens de Bacillus foram classificadas como B. coagulans (15,09%), B. stearothermophilus (6,91%), B. megaterium (2,43%), B. brevis (1,23%), B. lentus (0,70%) e B. pasteurii (0,22%). As linhagens de Staphylococcus foram classificadas como S. cohnii subsp. 1 (3,10%), S. caseolyticus (1,93%), S. comii subsp. 2 (1,42%), S. hyicus subsp. hyicus (0,84%), S. auricularis (0,79%) e S. epidermidis (0,68%). A classificação de Micrococcus apresentou M. roseus ( 1 , 56% ) . As linhagens de Pediococcus foram classificadas como P. acidilactici (0,87%) e P. inopinatus (0,39%). A classificação de Streptococcus apresentou S. pneumoniae (0,70%). Observou-se que o tratamento ácido realizado com ácido sulfúrico no pé-de-cuba, por um tempo aproximado de 2 horas a pH 2,5, provocou uma redução média de 44,55% na microbiota bacteriana presente Abstract: Samples of concentrated yeast cell suspension diluted before the addition of sulfuric acid, of the same concentrated yeast cell suspension after addition and action of sulfuric acid, of must added to the same concentrated yeast cell suspension collected and of fermented must from the same fermentation tank, were collected between July and December of 1986, at the Costa Pinto Sugar Mill, Piracicaba - ap, to determine the contaminant bacterial micro flora from alcoholic fermentation. Aerobic plate counts were made in PCA and MRSA added of 10 ppm of cicloheximide (actidione), and 353 colonies were selected, of which 19 were lost and 334 were utilized at the present work to be classified by the use of probability matrices. It was found that Gram-positive (98,52%), ( 73,95%) . Lactobacillua sp. were the major contaminant (59,75%), followed by strains of the Bacillus (26,58%), Staphylococcua (8,76% ) , Micrococcus (1,56%), strains of the Enterobacteriaceae Family (1,48%), Pediococcua (1,26%) and Streptococcus (0,70%). The Lactobacillus strainswere classified as L. fermentum (15,04%), L. helveticus (14,08%), L. plantarum (5,69%), L. animalis (4,55%), L. buchneri (3,76%), L. acidophilus (3,07%), L. vitulinus (2,96%), L. viridescens (2,35%), L. amylophilus (1,88%), L. agilis (1,25%), L. reuteri (1,22%), L. delbrueckii subsp. lactis (1,04%), L. murinus (1,02%), L. delbrueckii subsp. bulgaricus (0, 71%), L. coryniformis subsp. torquens (0,71%) and L. sake (0,42%). The Bacillus strains were classified as B. coagulans (15, 09%) , B. stearothermophilus (6,91 %), B. megaterium (2,43%), B. brevis (1,23%), B. lentus (0,70%) and B. pasteurii (0,22%). The Staphylococcus strains were classified as S. cohnii subsp 1 (3,10%), S. caseolyticus (1,93%), S. cohnii subep. 2 (1,42%), S. hyicus subsp. hyicus (0,84%), S. auricullis (0,79%) and S. epidermidis (0,68%). Micrococcus roseus (1.56%) was the only specie of Micrcocus. The Pediococcus strains were classified as P. acidilactici (0.87%) and P. inopinatus (0.39%). Streptococcus pneumoniae (0.70%) was the only specie of Streptococcus. It was found that the acid treatment with sulfuric acid, by more or less two hours at ph 2.5, decreased in 44.55% the contaminant bacterial micro flora initially present Doutorado Doutor em Ciência de Alimentos

Orientador: Vanderlei Perez Canhos Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos e Agrícola Resumo: Objetivou-se, no presente trabalho, a identificação dos principais microrganismos encontrados nas diversas fases de processamento de frangos. Para tal, realizaram-se conta¬gens totais de microrganismos e contagens totais de psicrotróficos da água do escaldador, água de abastecimento, água de ¿chiller", gelo, aves inteiras após a depenação, aves evisceradas após a passagem pelo "chiller" e antes de serem embaladas. Foram constatadas similaridades entre as contagens totais obtidas e as apresentadas na literatura. O meio de cultura Cristal Violeta Tetrazólio, sugerido para contagens de psicrotróficos, mostrou-se eficaz, na inibição de crescimento de microrganismos Gram positivos. Através de testes morfológicos e bioquímicos realizados nos microrganismos isolados, foram identificadas bactérias dos gêneros: Staphylococcus, Acetobacter, e os psicrotróficos: Achromobacter, Aeromonas e Pseudomonas Abstract: The objective of the present work was to identify the main contaminant microbial flora found at the different stages of poultry processing. Total counts and psychrotrophic total counts were carried out in the scalding water, washing water, chiller water and slush-ice also in the entire chicken after defeathering and eviscerated chicken after chilling and before packaging. Similarities were found among the total counts determined and the ones reported in the literature. Crystal Violet Tetrazolium media suggested for psychrotrophic count was efficient to inhibit growth of Gram positive organisms. The isolated organisms were examined by biochemical and morphological tests, and microorganisms of the genus Staphylococcus, Acetobacter and the psychrotrophic Achromobacter, Aeromonas and Pseudomonas were identified Mestrado Mestre em Ciência de Alimentos