Os quelônios são animais de vida longa e poucos dos seus indivíduos chegam à fase adulta. Além da baixa taxa natural de recrutamento, diversas ações antrópicas vêm dificultando a manutenção das populações desse grupo. A exploração desordenada para abastecer o comércio ilegal vem se mostrando a mais danosa, principalmente em Podocnemis expansa, por ser uma espécie bastante apreciada na culinária amazônica, e muito vulnerável no período reprodutivo, época de maior captura. Seu histórico de exploração causou desequilíbrio populacional em diversas localidades na Amazônia, como pôde ser verificado durante as quase três décadas de monitoramento em importantes sítios de desova em unidades de conservação do rio Araguaia. O presente estudo desenvolveu marcadores moleculares com o objetivo de testá-los e compará-los com primers já utilizados, além de avaliar a diversidade genética e a estruturação populacional de P. expansa na bacia Tocantins-Araguaia. Para isso, foi coletado tecido cutâneo de 120 espécimes amostrados em três localidades no médio e submédio rio Araguaia, comparados com sequências do DNA mitocondrial de 22 localidades. A região controle do DNA mitocondrial de P. expansa é de difícil amplificação, sendo que o par de primers de outros estudos não amplificou com o material biológico utilizado neste trabalho, mostrando a eficiência do marcador molecular confeccionado. A utilização desses primers facilitará a amostragem em campo, pois, apesar de o tecido cutâneo conferir menor quantidade de DNA extraído quando comparado ao tecido sanguíneo, sua coleta como material biológico pode ser aplicada de forma mais simples, ampla e frequente em projetos de pesquisa e programas de monitoramento e manejo de quelônios, facilitando as pesquisas genéticas com esses animais. Quanto à avaliação genética, foi caracterizada panmixia na bacia Tocantins-Araguaia e baixa diversidade genética, concordando com dados da espécie. Caso as estratégias de conservação não sejam eficientes para reverterem um provável processo de deriva genética, poderão ocorrer prejuízos populacionais significativos, notadamente quanto às questões adaptativas da espécie. Chelonians are long-living animals and few of their individuals reach adulthood. In addition to the low natural recruitment rate, several anthropic actions have made it difficult to maintain the populations of this group. Disordered exploitation to supply the illegal trade has been the most harmful, especially in Podocnemis expansa, because it is a species highly appreciated in Amazonian cuisine, and very vulnerable in the reproductive period, a time of greatest capture. Its history of exploitation caused a population imbalance in several locations in the Amazon, as could be seen during the almost three decades of monitoring in important spawning sites in conservation units of the Araguaia River. The present study developed molecular markers with the objective of testing and comparing them with primers already used, in addition to evaluating the genetic diversity and population structure of P. expansa in the Tocantins-Araguaia basin. For this, cutaneous tissue was collected from 120 specimens sampled in three localities in the middle and sub-middle Araguaia river, compared with mitochondrial DNA sequences from 22 localities. The control region of mitochondrial DNA of P. expansa is difficult to amplify, and the pair of primers from other studies did not amplify with the biological material used in this work, showing the efficiency of the molecular marker made. The use of these primers will facilitate field sampling, although the use of skin tissue confers a smaller amount of DNA extracted when compared to blood tissue, their collection can be applied more widely and frequently as biological material in monitoring and management programs of chelonians, facilitating genetic research with these animals. As for genetic evaluation, panmixia was characterized in the Tocantins-Araguaia basin and low genetic diversity, agreeing with data of the species. If conservation strategies are not efficient in reversing a probable genetic drift process, significant population damage may occur, nodded ly regarding the adaptive issues of the species. Los quelonios son animales de larga vida y pocos de sus individuos llegan a la edad adulta. Además de la baja tasa de contratación natural, varias acciones antropópicas han dificultado el mantenimiento de las poblaciones de este grupo. La explotación desordenada para abastecer el comercio ilegal ha sido la más dañina, especialmente en Podocnemis expansa, porque es una especie muy apreciada en la cocina amazónica, y muy vulnerable en el período reproductivo, un momento de mayor captura. Su historia de explotación causó un desequilibrio poblacional en varios lugares de la Amazonía, como se pudo ver durante las casi tres décadas de monitoreo en importantes sitios de desove en unidades de conservación del río Araguaia. El presente estudio desarrolló marcadores moleculares con el objetivo de probarlos y compararlos con los primers ya utilizadas, además de evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional de P. expansa en la cuenca Tocantins- Araguaia. Para ello, se recogió tejido cutáneo de 120 ejemplares muestreados en tres localidades em el medio y medio del río Araguaia, en comparación con secuencias de ADN mitocondrial de 22 localidades. La región de control del ADN mitocondrial de P. expansa es difícil de amplificar, y el par de primers de otros estudios no se amplió con el material biológico utilizado en este trabajo, mostrando la eficiencia del marcador molecular hecho. El uso de estos primers facilitará el muestreo de campo, aunque el uso de tejido cutáneo confiere una menor cantidad de ADN extraído en comparación con el tejido sanguíneo, su recolección se puede aplicar más ampliamente y con frecuencia como material biológico en programas de monitoreo y manejo de quelones, facilitando la investigación genética con estos animales. En cuanto a la evaluación genética, la panmixia se caracterizó en la cuenca Tocantins- Araguaia y la baja diversidad genética, coincidiendo con los datos de la especie. Si las estrategias de conservación no son eficientes para revertir un probable proceso genético de deriva, pueden producirse daños significativos en la población, asintió con la cabeza con respecto a los problemas adaptativos de la especie.