9 results on '"RAVAGEUR DES CULTURES"'
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2. Population dynamics and infestations of the South American tomato leafminer Tuta absoluta on three vegetable crops in Algeria: influence of the host plant and temperature variations
- Author
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Zaid, Radouane, Gauthier, Nathalie, Djazouli, Zahr Eddine, Université de Saâd Dahlab [Blida] (USDB ), Université Djilali Liabès [Sidi-Bel-Abbès], Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Université Saâd Dahlab Blida 1 (UB1)
- Subjects
temperature variations ,ravageur des cultures ,variations de température ,[SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy ,solanaceae ,infestation rates ,[SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics ,Tuta absoluta ,[SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology ,dynamique des populations ,population dynamics ,taux d'infestation ,crop pests ,[SDV.EE.BIO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Bioclimatology ,solanacées - Abstract
Description of the subject: Influence of tomato, eggplant and potato and temperature variations on the population and infestation dynamics of the leafminer Tuta absoluta Meyrick (Lepidoptera, Gelechiidae).Objective: Study of (i) the abundance dynamics of the different stages of T. absoluta, (ii) the species preference for the three crops, (iii) the gradation of the primary establishment plant and the age structure of the stages larvae present on each host plant, (iv) the importance of temperature variations on adult trapping, the abundance of larval stages and the levels of infestation of each crop.Methods: Adult males are caught using pheromone traps. Larval stages are counted according to a sampling protocol adapted to each host-plant. Temperature variations are recorded over the entire experimental period and for each site.Results : The dynamics of abundance of all T. absoluta biological forms and the resulting infestations are greater on tomato, and are significantly influenced by temperature variations (maximum and minimum temperatures) and the host-plant considered. Tomato is chronologically the first crop attacked.Conclusion : Our study shows the major roles of temperature variations and of the targeted solanaceous species on the dynamics of T. absoluta populations and on the dynamics of plant infestations by the larval stages; Description du sujet : Influence de la tomate, l'aubergine et la pomme de terre et des variations de température sur la dynamique des populations et des infestations de la mineuse Tuta absoluta Meyrick (Lepidoptera, Gelechiidae).Objectifs : Étude de (i) la dynamique d'abondance des différents stades de T. absoluta, (ii) la préférence de l'espèce pour les trois cultures, (iii) la gradation de l'installation primaire et la structure d'âge des stades larvaires présents sur chaque plante-hôte, (iv) l'importance des variations thermiques sur les captures, l'abondance des stades larvaires et les niveaux d'infestations de chaque culture.Méthodes : Les adultes mâles sont capturés au moyen de pièges à phéromones. Les stades larvaires sont dénombrés selon un protocole d'échantillonnage adapté à chaque plante-hôte. Les températures sont enregistrées durant toute la période expérimentale et pour chaque site.Résultats : La dynamique d'abondance des formes biologiques de T. absoluta et les infestations engendrées sont plus importantes sur tomate et sont significativement influencées par les variations thermiques (températures maximales et températures minimales) et la plante-hôte considérée. Les abondances et les taux d'infestations sont d'autant plus élevés que les températures sont élevées. La tomate est chronologiquement la première culture attaquée.Conclusion : Notre étude montre le rôle majeur des variations thermiques et de l'espèce de solanacée ciblée sur la dynamique des populations de T. absoluta et sur la dynamique d'infestations des plantes par les stades larvaires.
- Published
- 2019
3. First finding of a dual-meaning X wave for phloem and xylem fluid ingestion: characterization of Scaphoideus titanus (Hemiptera: Cicadellidae) EPG waveforms
- Author
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Nicolas Sauvion, Denis Thiéry, Julien Chuche, Elaine A. Backus, Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMR SAVE), Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Biology, Northern Arizona University [Flagstaff], Agricultural Research Service, San Joaquin Valley Agricultural Sciences Center, United States Department of Agriculture, Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), French National Institute for Agricultural Research (Inra), Conseil Interprofessionnel du Vin de Bordeaux (CIVB) ! Region Aquitaine, Crop Diseases, Pests, and Genetics Research Unit of the USDA Agricultural Research Service, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
- Subjects
0106 biological sciences ,Male ,[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,Food Chain ,Physiology ,ravageur des cultures ,electrical penetration graph ,Phloem ,010603 evolutionary biology ,01 natural sciences ,Hemiptera ,Xylem ,Botany ,Animals ,Cicadomorpha ,Herbivory ,protection de la vigne ,Cicadellinae ,biology ,electropenetrography ,biology.organism_classification ,cicadellidae ,flavescence dorée ,maladie des plantes ,Scaphoideus titanus ,Electrophysiological Phenomena ,sap-feeder ,Leafhopper ,010602 entomology ,cicadomorpha ,Phytoplasma ,Insect Science ,Flavescence dorée ,Female ,Introduced Species - Abstract
BGPI : équipe 6; The leafhopper Scaphoideus titanus (Hemiptera: Cicadomorpha: Cicadellidae), an invasive deltocephaline species introduced into Europe from North America, is the vector of the most important phytoplasma disease in European viticulture, flavescence dorée. In this first electropenetrography (EPG) study of S. titanus, we characterized its feeding waveforms and defined their biological meanings. Four typical waveform phases (pathway, X wave, sustained ingestion, and interruption) and four families within those phases (A, B, C, and N) were characterized using DC EPG technology. We proposed biological meanings for these waveforms based on excreta pH-ingestion correlations, presence of X waves, and comparison with previous AC, DC, and AC-DC EPG waveforms conducted on Cicadomorpha. We observed that sustained (i.e., >10 min) ingestion by a deltocephaline leafhopper can occur from both xylem and phloem vascular cells. Waveform C2x represented ingestion of xylem fluid, and two waveforms represented behaviors when stylets were inserted into phloem sieve elements: C2p variant 1 (C2p-1), which may represent salivation (perhaps simultaneous with ingestion), and C2p variant 2 (C2p-2), which represented active ingestion. Furthermore, we found that the EPG-recorded X wave has a dual meaning by occurring prior to sustained ingestion from either phloem or xylem. This X wave was very similar in appearance to the model X wave of sharpshooters, an entirely different leafhopper subfamily, Cicadellinae. All cicadellines are obligate xylem-ingesters. Such a “dual-meaning X wave” will provide insights into how the feeding tactics of S. titanus relate to other sheath-feeding hemipterans, and will provide support for future research to clarify the role of this leafhopper as a vector of plant pathogens.
- Published
- 2017
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4. A simple grapevine growth model: towards grape-pest, a x-pest model of damage caused by multiple pests on grapevine
- Author
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Smits, Nathalie, Dagher, Amani, Aubertot, Jean-Noel, Fonctionnement et conduite des Systèmes de culture Tropicaux et Méditerranéens, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, European Project: 265865,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2010-4,PURE(2011), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)
- Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,Phytopathology and phytopharmacy ,protection végétale ,ravageur des cultures ,viticulture ,Phytopathologie et phytopharmacie ,Sciences agricoles ,modèle de croissance ,pesticide ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,Agricultural sciences ,raisin ,[SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy - Abstract
International audience
- Published
- 2015
5. La protection intégrée : alternative efficace au « tout phytosanitaire » : Retour d’expérience de l’unité de recherche Inra en génétique et amélioration des fruits et légumes
- Author
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Jullian, Maurice and Lefebvre, Véronique
- Subjects
jachère ,lutte intégrée ,ravageur des cultures ,culture legumiere ,lutte par piégeage ,culture fruitière ,écosystème ,Agricultural sciences ,protection biologique intégrée ,ravageurs ,auxiliaires ,fruits et légumes ,produit phytosanitaire ,filet ,protection des cultures ,pratique culturale ,Sciences agricoles ,gestion intégrée des ravageurs - Abstract
Dès les années 2000, l’Unité de Recherche en Génétique et amélioration des fruits et légumes (GAFL, INRA) avait constaté la perte d’efficacité des applications de produits phytosanitaires sur la protection des cultures dans ses espaces confinés et extérieurs ; ce constat suggérait clairement l’adaptation des populations de bioagresseurs aux méthodes de lutte chimique. L’Unité décide alors collégialement d’appliquer sur son site la protection biologique intégrée, qui connait ses premiers succès sur les cultures de fruits et légumes dans les centres expérimentaux des alentours et à l’étranger. La mise en oeuvre de cette solution alternative nécessitait une analyse globale et en profondeur de l’écosystème du site et des contraintes expérimentales liées aux programmes de recherche développés par l’Unité. Les mesures prises ont donc ciblé d’abord l’environnement écosystémique du site, les infrastructures expérimentales, les pratiques culturales et le comportement du personnel y travaillant, et enfin bien sûr la conduite de la culture elle-même. Elles se sont appuyées sur l’association de multiples mesures prophylactiques et de moyens de lutte biologique. En 15 ans, les pratiques expérimentales de l’Unité GAFL se sont profondément transformées pour arriver à une situation d’équilibre stable sur le long terme entre l’arrivée régulière de bio-agresseurs et la diminution de leur nombre en dessous d’un seuil de nocivité grâce à la l’installation d’auxiliaires indigènes ou d’élevage. La réussite de cette méthode de lutte exige une surveillance quotidienne du site au sens large (abords, infrastructures, plante à plante) ainsi qu’une réactivité accrue dès l’apparition d’un foyer infectieux. L’équilibre entre ravageurs et auxiliaires est fragile ; son maintien repose sur l’implication de l’ensemble du personnel, celui dédié au suivi des installations expérimentales et celui des équipes de recherche intervenant sur les plantes ; il demande, en outre, des actions de formation et de communication continues au sein de l’Unité. Les efforts consentis par le collectif du GAFL sur les 15 dernières années ont permis ainsi de réduire les applications de produits phytosanitaires de près de 80% et contribuent aujourd’hui à la fois à offrir un lieu de travail sain à son personnel, ainsi qu’à maintenir une certaine harmonie avec l’environnement.
- Published
- 2015
6. Maladies et ravageurs émergents: stabilité pour la tomate
- Author
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Pitrat, Michel and Trottin-Caudal, Yannie
- Subjects
Botanics ,Phytopathology and phytopharmacy ,ravageur des cultures ,phytopathologie ,meloidogyne ,lutte biologique ,aculops lycopersici ,nezara viridula ,bemisia tabaci ,trialeurodes vaporariorum ,phytophthora infestans ,tetranychus urticae ,tomato chlorosis virus ,harmonia axyridis ,virus de l'enroulement jaune de la tomate ,macrolophus pygmaeus ,fulvia fulva ,trichogramma achaeae ,Phytopathologie et phytopharmacie ,tuta absoluta ,bacillus thuringiensis ,Agricultural sciences ,Botanique ,solanum lycopersicum ,auxiliaire de lutte biologique ,france ,Sciences agricoles ,agent pathogène - Abstract
Les cultures de tomate peuvent être attaquées par de nombreux agents pathogènes et ravageurs, aussi bien aériens que telluriques. Suivant le type de culture (en plein champ, sous abris froids ou chauffés), l’importance relative de ces maladies et ravageurs est très différente.
- Published
- 2015
7. DNA barcoding and the Associated PhylAphidB@se Website for the identification of European Aphids (Insecta: Hemiptera: Aphididae)
- Author
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Astrid Cruaud, Eric Pierre, Jean-Christophe Simon, Emmanuelle Artige, Emmanuelle Jousselin, Anne Laure Clamens, Guénaëlle Genson, Sylvie Hudaverdian, Jean-Yves Rasplus, Armelle Coeur d'acier, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, BIOFIS project [1001-001], project @-Speed-ID included in the network 'Bibliotheque du Vivant' - CNRS, Museum National d'Histoire Naturelle, INRA, CEA (Genoscope), SDIPS project, ANR JCJC-05 (Brachycaudus) grant, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, AGROCAMPUS OUEST-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
- Subjects
Biodiversité et Ecologie ,Plant Science ,Subspecies ,DNA barcoding ,Genus ,Molecular Systematics ,Databases, Genetic ,base de données de codes barres ,site web ,Phylogeny ,Animal Management ,Animal biology ,Plant Pests ,Multidisciplinary ,biology ,Ecology ,[SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology ,Agriculture ,Genomics ,Hemiptera ,Aphis ,puceron ,Medicine ,Taxonomy (biology) ,europe ,identification morphologique ,Research Article ,Brachycaudus ,food.ingredient ,taxonomie ,Science ,ravageur des cultures ,région tempérée ,Biodiversity and Ecology ,food ,Biologie animale ,Genetics ,Animals ,DNA Barcoding, Taxonomic ,Evolutionary Systematics ,Molecular Biology Techniques ,Molecular Biology ,Taxonomy ,Evolutionary Biology ,Gene Mapping ,Biology and Life Sciences ,Computational Biology ,Sequence Analysis, DNA ,Plant Pathology ,Genome Analysis ,biology.organism_classification ,Taxon ,Evolutionary biology ,Animal Taxonomy ,Aphids ,Veterinary Science ,Pest Control ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,Animal Genetics ,Zoology ,Entomology ,insecte phytophage - Abstract
International audience; Aphids constitute a diverse group of plant-feeding insects and are among the most important crop pests in temperate regions. Their morphological identification is time-consuming and requires specific knowledge, training and skills that may take years to acquire. We assessed the advantages and limits of DNA barcoding with the standard COI barcode fragment for the identification of European aphids. We constructed a large reference dataset of barcodes from 1020 specimens belonging to 274 species and 87 genera sampled throughout Europe and set up a database-driven website allowing species identification from query sequences. [br/]Results: In this unbiased sampling of the taxonomic diversity of European aphids, intraspecific divergence ranged from 0.0% to 3.9%, with a mean value of 0.29%, whereas mean congeneric divergence was 6.4%, ranging from 0.0% to 15%. Neighborjoining analysis generated a tree in which most species clustered in distinct genetic units. Most of the species with undifferentiated or overlapping barcodes belonged to the genus Aphis or, to a lesser extent, the genera Brachycaudus, Dysaphis and Macrosiphum. The taxa involved were always morphologically similar or closely related and belonged to species groups known to present taxonomic difficulties. [br/]Conclusions: These data confirm that COI barcoding is a useful identification tool for aphids. Barcode identification is straightforward and reliable for 80% of species, including some difficult to distinguish on the basis of morphological characters alone. Unsurprisingly, barcodes often failed to distinguish between species from groups for which classical taxonomy has also reached its limits, leading to endless revisions and discussions about species and subspecies definitions. In such cases, the development of an effective procedure for the accurate identification of aphid specimens continues to pose a difficult challenge.
- Published
- 2014
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8. Contraintes biologiques, gestion agricole et risque éco-toxicologique dans le district de Bignona (région de Ziguinchor/Sénégal) : pourquoi une vulnérabilité hétérogène ?
- Author
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Mbaye, Ibrahim, Sy, M. D., and Handschumacher, Pascal
- Subjects
Pesticides ,Sénégal ,région de Ziguinchor ,Département de Bignona ,Agriculture ,Ravageur des cultures ,Risque éco -toxicologique ,Ziguinchor area ,Bignona Department ,Pests ,Senegal ,Eco-toxicological risk - Abstract
Is it an heterogeneous vulnerability between biological constraints, agricultural management and eco-toxicological risks in Bignona Department (Senegal) In the Bignona Department, Ziguinchor area (Senegal), as in the whole S oudano-Guinean region, the problem of agriculture products exposition to pests is very acute. It concerns seeds preservation up to stocks conservation and exposes human population to grave sanitary risks. In 2005, the Bignona Department was confronted to an alarming digestive and neurological syndrome, characterised by a strong rate of letality (58 %). This syndrome effected 3 milages, especially in rainy season. The study showed a link between the syndrome and the use of pbytosanitary products or presence of stocks treated by these products into the houses. Does this uncontrolled use of highly toxic and often forbidden pesticides result from specific practices, from disparities of environment, from types of cultures, etc. I The seasonal variability of the risk shows here more the rhythm of the farming calendar than a direct climatic influence. Networks of unapproved pesticides supply, in direct link with Gambia, feed this environmental pollution. Up from these elements, we try to identify and describe ecotoxicologcal risk indicators for the agricultural areas of the Bignona department., Dans le département de Bignona, région de Ziguinchor (Sénégal), comme dans l’ensemble de la région soudano -guinéenne, le problème des ravageurs de cultures depuis la conservation des semences jusqu’aux stocks en passant par la préservation, fait courir de graves risques sanitaires à la population exposée. En 2005, cette zone avait connu l’un des syndromes digestif et neurologique le plus alarmant, caractérisé par un fort taux de létalité (58 %) et affectant 3 villages, surtout en saison des pluies. L’enquête a montré le Hen entre ce syndrome et l’existence de produits phytosanitaires ou de stocks traités par ces produits dans les habitations. Une utilisation incontrôlée de pesticides hautement toxiques, et souvent interdits, résulte-t-elle de pratiques spécifiques, de disparités d’habitat, de types de cultures, etc. ? La variabilité saisonnière du risque traduit quant à elle plus le rythme du calendrier cultural qu’une influence climatique directe. Des filières d’approvisionnement en pesticides non homologués, en lien direct avec la Gambie, nourrissent cette pollution de l’environnement. À partir de ces éléments peut-on décrire des indicateurs de risque éco -toxicologiques au regard des espaces agricoles de la zone de Bignona ?, Mbaye Ibrahim,Sy M. D.,Handschumacher Pascal. Contraintes biologiques, gestion agricole et risque éco-toxicologique dans le district de Bignona (région de Ziguinchor/Sénégal) : pourquoi une vulnérabilité hétérogène ?. In: Natures tropicales : enjeux actuels et perspectives. XIIes Journées de Géographie Tropicale du Comité National Français de Géographie - 16-18 novembre 2008. Bordeaux : Presses Universitaires de Bordeaux, 2011. pp. 57-68. (Espaces tropicaux, 20)
- Published
- 2011
9. Genome sequence of the pea aphid Acyrthosiphon pisum
- Author
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Richards, S, Gibbs, RA, Gerardo, NM, Moran, N, Nakabachi, A, Stern, D, Tagu, D, Wilson, ACC, Muzny, D, Kovar, C, Cree, A, Chacko, J, Chandrabose, MN, Dao, MD, Dinh, HH, Gabisi, RA, Hines, S, Hume, J, Jhangian, SN, Joshi, V, Lewis, LR, Liu, Y-S, Lopez, J, Morgan, MB, Nguyen, NB, Okwuonu, GO, Ruiz, SJ, Santibanez, J, Wright, RA, Fowler, GR, Hitchens, ME, Lozado, RJ, Moen, C, Steffen, D, Warren, JT, Zhang, J, Nazareth, LV, Chavez, D, Davis, C, Lee, SL, Patel, BM, Pu, L-L, Bell, SN, Johnson, AJ, Vattathil, S, Jr, WRL, Shigenobu, S, Dang, PM, Morioka, M, Fukatsu, T, Kudo, T, Miyagishima, S-Y, Jiang, H, Worley, KC, Legeai, F, Gauthier, J-P, Collin, O, Zhang, L, Chen, H-C, Ermolaeva, O, Hlavina, W, Kapustin, Y, Kiryutin, B, Kitts, P, Maglott, D, Murphy, T, Pruitt, K, Sapojnikov, V, Souvorov, A, Thibaud-Nissen, F, Camara, F, Guigo, R, Stanke, M, Solovyev, V, Kosarev, P, Gilbert, D, Gabaldon, T, Huerta-Cepas, J, Marcet-Houben, M, Pignatelli, M, Moya, A, Rispe, C, Ollivier, M, Quesneville, H, Permal, E, Llorens, C, Futami, R, Hedges, D, Robertson, HM, Alioto, T, Mariotti, M, Nikoh, N, McCutcheon, JP, Burke, G, Kamins, A, Latorre, A, Moran, NA, Ashton, P, Calevro, F, Charles, H, Colella, S, Douglas, A, Jander, G, Jones, DH, Febvay, G, Kamphuis, LG, Kushlan, PF, Macdonald, S, Ramsey, J, Schwartz, J, Seah, S, Thomas, G, Vellozo, A, Cass, B, Degnan, P, Hurwitz, B, Leonardo, T, Koga, R, Altincicek, B, Anselme, C, Atamian, H, Barribeau, SM, de Vos, M, Duncan, EJ, Evans, J, Ghanim, M, Heddi, A, Kaloshian, I, Vincent-Monegat, C, Parker, BJ, Perez-Brocal, V, Rahbe, Y, Spragg, CJ, Tamames, J, Tamarit, D, Tamborindeguy, C, Vilcinskas, A, Bickel, RD, Brisson, JA, Butts, T, Chang, C-C, Christiaens, O, Davis, GK, Duncan, E, Ferrier, D, Iga, M, Janssen, R, Lu, H-L, McGregor, A, Miura, T, Smagghe, G, Smith, J, van der Zee, M, Velarde, R, Wilson, M, Dearden, P, Edwards, OR, Gordon, K, Hilgarth, RS, Jr, RSD, Srinivasan, D, Walsh, TK, Ishikawa, A, Jaubert-Possamai, S, Fenton, B, Huang, W, Rizk, G, Lavenier, D, Nicolas, J, Smadja, C, Zhou, J-J, Vieira, FG, He, X-L, Liu, R, Rozas, J, Field, LM, Ashton, PD, Campbell, P, Carolan, JC, Douglas, AE, Fitzroy, CIJ, Reardon, KT, Reeck, GR, Singh, K, Wilkinson, TL, Huybrechts, J, Abdel-latief, M, Robichon, A, Veenstra, JA, Hauser, F, Cazzamali, G, Schneider, M, Williamson, M, Stafflinger, E, Hansen, KK, Grimmelikhuijzen, CJP, Price, DRG, Caillaud, M, van Fleet, E, Ren, Q, Gatehouse, JA, Brault, V, Monsion, B, Diaz, J, Hunnicutt, L, Ju, H-J, Pechuan, X, Aguilar, J, Cortes, T, Ortiz-Rivas, B, Martinez-Torres, D, Dombrovsky, A, Dale, RP, Davies, TGE, Williamson, MS, Jones, A, Sattelle, D, Williamson, S, Wolstenholme, A, Cottret, L, Sagot, MF, Heckel, DG, Hunter, W, Consortium, IAG, Universitat de Barcelona, Princeton University, Biologie des organismes et des populations appliquées à la protection des plantes (BIO3P), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Baylor College of Medicine (BCM), Baylor University, An algorithmic view on genomes, cells, and environments (BAMBOO), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IAGC, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon, Eisen, Jonathan A., and Eisen, Jonathan A
- Subjects
0106 biological sciences ,TANDEM REPEATS ,Genome, Insect ,Gene Transfer ,RRES175 ,Sequència genòmica ,Faculty of Science\Computer Science ,CPG METHYLATION ,01 natural sciences ,Genome ,Medical and Health Sciences ,International Aphid Genomics Consortium ,Biologiska vetenskaper ,Biology (General) ,GENE-EXPRESSION ,2. Zero hunger ,Genetics ,0303 health sciences ,Aphid ,Afídids ,General Neuroscience ,GENOME SEQUENCE ,food and beverages ,DROSOPHILA CIRCADIAN CLOCK ,Biological Sciences ,Genetics and Genomics/Microbial Evolution and Genomics ,INSECTE ,Genètica microbiana ,puceron ,APIS-MELLIFERA ,General Agricultural and Biological Sciences ,Infection ,symbiose ,Biotechnology ,Research Article ,VIRUS VECTORING ,175_Genetics ,SYMBIOTIC BACTERIA ,Gene Transfer, Horizontal ,QH301-705.5 ,ACYRTHOSIPHON PISUM ,Biology ,HOLOMETABOLOUS INSECTS ,HOST-PLANT ,010603 evolutionary biology ,PEA APHID ,INSECT-PLANT ,PHENOTYPIC PLASTICITY ,RAVAGEUR DES CULTURES ,SOCIAL INSECT ,General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology ,Horizontal ,03 medical and health sciences ,Buchnera ,Gene family ,Life Science ,Animals ,Symbiosis ,Gene ,030304 developmental biology ,Whole genome sequencing ,General Immunology and Microbiology ,Annotation ,Genome sequence ,Agricultural and Veterinary Sciences ,175_Entomology ,Genètica animal ,Bacteriocyte ,génome ,gène ,Human Genome ,Biology and Life Sciences ,15. Life on land ,biochemical phenomena, metabolism, and nutrition ,biology.organism_classification ,REPETITIVE ELEMENTS ,DNA-SEQUENCES ,Acyrthosiphon pisum ,Genome Sequence ,Genetics and Genomics/Genome Projects ,Aphids ,PHEROMONE-BINDING ,Insect ,Developmental Biology ,[SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis - Abstract
The genome of the pea aphid shows remarkable levels of gene duplication and equally remarkable gene absences that shed light on aspects of aphid biology, most especially its symbiosis with Buchnera., Aphids are important agricultural pests and also biological models for studies of insect-plant interactions, symbiosis, virus vectoring, and the developmental causes of extreme phenotypic plasticity. Here we present the 464 Mb draft genome assembly of the pea aphid Acyrthosiphon pisum. This first published whole genome sequence of a basal hemimetabolous insect provides an outgroup to the multiple published genomes of holometabolous insects. Pea aphids are host-plant specialists, they can reproduce both sexually and asexually, and they have coevolved with an obligate bacterial symbiont. Here we highlight findings from whole genome analysis that may be related to these unusual biological features. These findings include discovery of extensive gene duplication in more than 2000 gene families as well as loss of evolutionarily conserved genes. Gene family expansions relative to other published genomes include genes involved in chromatin modification, miRNA synthesis, and sugar transport. Gene losses include genes central to the IMD immune pathway, selenoprotein utilization, purine salvage, and the entire urea cycle. The pea aphid genome reveals that only a limited number of genes have been acquired from bacteria; thus the reduced gene count of Buchnera does not reflect gene transfer to the host genome. The inventory of metabolic genes in the pea aphid genome suggests that there is extensive metabolite exchange between the aphid and Buchnera, including sharing of amino acid biosynthesis between the aphid and Buchnera. The pea aphid genome provides a foundation for post-genomic studies of fundamental biological questions and applied agricultural problems., Author Summary Aphids are common pests of crops and ornamental plants. Facilitated by their ancient association with intracellular symbiotic bacteria that synthesize essential amino acids, aphids feed on phloem (sap). Exploitation of a diversity of long-lived woody and short-lived herbaceous hosts by many aphid species is a result of specializations that allow aphids to discover and exploit suitable host plants. Such specializations include production by a single genotype of multiple alternative phenotypes including asexual, sexual, winged, and unwinged forms. We have generated a draft genome sequence of the pea aphid, an aphid that is a model for the study of symbiosis, development, and host plant specialization. Some of the many highlights of our genome analysis include an expanded total gene set with remarkable levels of gene duplication, as well as aphid-lineage-specific gene losses. We find that the pea aphid genome contains all genes required for epigenetic regulation by methylation, that genes encoding the synthesis of a number of essential amino acids are distributed between the genomes of the pea aphid and its symbiont, Buchnera aphidicola, and that many genes encoding immune system components are absent. These genome data will form the basis for future aphid research and have already underpinned a variety of genome-wide approaches to understanding aphid biology.
- Published
- 2010
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