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RATIONALE - Two coffee species are mainly cultivated: Arabica and Robusta. Beside these species, the 139 wild coffee species/taxa belong to the Coffea genus are largely unknown to coffee scientists although these species may be crucial for future coffee crop development to face climate changes. These wild coffee species conserved in living collection revealed large morphological variations, but also growth habitats and adaptation. In addition to morphology, large variations were observed in terms of seed biochemical compounds involved in the quality of coffee such as caffeine, trigonelline, sucrose and mangiferin contents into others. However, this diversity was reported so far in any publicly available database. METHODS A database has been built using Pl@ntNet Publish. It is an IT platform dedicated to the dissemination of botanical data focused on taxa or specimen levels. It is based on Symfony (PHP) and MongoDB and allows users to manage data publication spaces. RESULTS - In this study, we developed the Wild Coffee Species (WCS) database: http://publish.plantnet-project. org/project/wildcofdb_en. It presents: (i) each species held in collection on the sites of La Reunion island and Kianjavato (Madagascar) with a photo gallery (597 images); (ii) different detailed information such as synonymy, natural distributions, habitats, architectural, morphological, phenological, biochemistry, genetic/genomic data (chloroplast genomes, whole genome sequencing and GBS), trait of interest retrieved from the literature and personal observations on living collection; (iii) a general geographical map of the species distribution. CONCLUSIONS & PERSPECTIVES - The WCS database represents the first comprehensive information about wild coffees species, to help researchers working in the preservation of coffee species, geneticists and breeders working with trait or genes of interest and improvement of cultivated species or breeders motivated to re-cultivate forgotten species adapted to climate changes or adapted to specific habitats.

Le cacao de Madagascar est réputé pour donner un chocolat fruité et aromatique. La production (4000-6000 tonnes) est concentrée dans la vallée du Sambirano. Le développement des traits de qualité et de saveur est lié à la variété de cacao, au type de sol, au climat, à la gestion des cultures et aux traitements post-récolte. La fermentation, en particulier, est considérée comme une étape clé dans le développement des arômes. Mais une grande partie de la production du Sambirano provient de petits producteurs avec de faibles quantités de cacao frais et pas d'installation pour les traitements post-récolte. Cette situation conduit à une absence ou à une mauvaise fermentation du cacao, ce qui entraîne une perte de qualité. L'objectif principal de cette étude était d'adapter la fermentation aux contraintes locales: faible volume de cacao frais et pas d'installation adaptée. Cette étude a été réalisée en utilisant le cacao de la plantation biologique Akesson à Ambanja. Au total, 80 échantillons ont été fermentés dans des conditions contrôlées. Trois fermenteurs différents ont été testés: des sacs, des bidons d'huile comestible et les bidons d'huile comestible isolés avec des feuilles de bananier. Chaque fermenteur a été testé pour 3 volumes de cacao: 5, 10 et 20 litres. Des échantillons de contrôle supplémentaires ont été fermentés dans les fermenteurs industriels d'Akesson. La qualité des fermentations a été estimée au travers des profils de températures de fermentation, du test à la coupe, de la couleur et des profils biochimiques et sensoriels. Les paramètres physiques de la fermentation (températures et rendement) et les critères biochimiques (polyphénols et azote ammoniacal) indiquent qu'une fermentation a bien eu lieu dans tous les cas. Les profils sensoriels montrent que la note qualité globale est similaire pour tous les cacaos, sans différence significative avec les contrôles, à l'exception de l'essai "Bidon-isolé - 20 litres" qui a été noté de moindre qualité en raison d'un goût alcoolique plus élevé. Ces résultats permettent le transfert de bonnes pratiques de fermentation aux agriculteurs, avec du matériel disponible partout à un prix minimum. Cette approche se traduira par une mise à niveau de la qualité, similaire aux plantations industrielles, et nous l'espérons, une croissance des revenus des petits agriculteurs.

Malgré des caractéristiques organoleptiques très appréciées par les chocolatiers, la grande majorité des productions de cacao malgaches est achetée en " cacao standard " aux petits paysannats. Seules les plantations industrielles mettent en marché du cacao de qualité supérieure. Le cacao de Madagascar figure parmi les rares cacaos fins de la planète. Peu d'études concernant la filière cacaoyère malgache ont été réalisées. Ce travail a pour but de mettre en lumière des liens pouvant exister entre les modes de transformation post-récolte des divers producteurs de fèves de cacao et leur qualité sensorielle. Deux études conduites dans le Sambirano en 2013 dans le cadre du réseau de coopération scientifique en océan Indien QualiREG1 ont permis de faire un point sur les vergers cacaoyers et sur les procédés de transformation dans les différentes zones du Sambirano et les différentes structures de production du petit paysan à la plantation industrielle. Ces études remettent en cause les affirmations communément publiées que le verger cacaoyer est en déclin et que le cacao du Sambirano se dégrade par manque d'encadrement et de compétence des petits producteurs. Elles montrent en effet l'intérêt des familles rurales pour le produit cacao puisque ces dernières sans appui technique ni aide financière cultivent et rénovent à leur rythme les cacaoyères par la mise en oeuvre de dispositifs de plantation et de pratiques culturales comparables à ceux des compagnies industrielles. Les échantillons provenant de divers producteurs de la région du Sambirano (Madagascar) ont été comparés du point de vue biochimique et sensoriel. Les analyses sensorielles et chimiques ont confirmé la qualité des cacaos malgaches et ont montré que les procédés de transformation du cacao mis en oeuvre par les paysans, principalement en sacs, permettent d'obtenir des produits de qualités biochimique et sensorielle équivalentes à celle du procédé suivi par les industriels, lorsque la durée de fermentation est de 5 à 6 jours L'augmentation d'année en année des produits de moindre qualité quel que soit le type d'exploitation découle non d'une méconnaissance par les paysans mais de fécondations croisées entre Forastero et Trinitario et d'une forte demande en cacao standard pour laquelle les producteurs et les collecteurs réduisent la durée de fermentation. Il convient d'enrayer cette dégradation continue par la distribution massive d'un matériel végétal Trinitario à amande claire. Ce constat milite pour une relance de la sélection variétale qui devra être suivie de la distribution de matériel végétal quantitativement et qualitativement performant. Dans cette optique, la création de champs semenciers biclonaux et des essais de multiplication végétative par greffe- bouturage et embryogenèse somatique ont été démarrés dans le cadre des travaux du projet PARRUR QUALIKKO.

International audience; Située au Nord-Ouest de Madagascar, la plaine de Sambirano est la première région favorable aux planta-tions de cacaoyers. Le cacao malgache présente un potentiel qualitatif parmi les meilleurs au monde mais la production est encore insuffisante et la qualité du produit nécessite des améliorations pour rester con-currentiel dans le marché international. Cette étude a été menée pour avoir une situation de la réalité du terrain en 2013 et pour identifier les actions à entreprendre sur les dispositifs de plantations des produc-teurs afin de déterminer les éléments pour un futur projet de développement de cacaoyers dans le Sam-birano. Le diagnostic est fait suivant (i) les trois structures d'exploitation étudiées, groupe industriel (SO-MIA), producteurs membres de coopératives (ADAPS) et producteurs indépendants et (ii) selon le décou-page géographique de la zone d'étude en six unités notamment : Périphérie, l'Ouest et le Sud d'Ambanja, le Bas Sambirano (route en piste du Sud d'Ambanja de PK 6 au PK 12) , le Moyen (de PK 12 au PK 36) et le Haut Sambirano (de PK 36 au PK 70). Pour cela, dans 80 placettes de 100 m², les méthodes suivants sont adoptés : inventaire des espèces végétales composantes les associations culturales et les arbres d'ombrage compris, l'appréciation de la texture du sol, la mesure de la lumière hors et dans l'association culturale et l'estimation de la floraison, le comptage de cherelles et de cabosses des cacaoyers dans la période du stage. Les résultats de l'étude ont montré que dans 59 % des cas les arbres d'ombrage asso-ciés aux cacaoyers sont Samanea saman et Albizia lebbeck et pour les jeunes cacaoyers des bananiers servent d'ombrage provisoire dans 17 % des placettes. Les cacaoyers ne sont pas associés à d'autres cul-tures sauf pour quelques paysans qui les exploitent avec les vanilliers, les caféiers, les ylangs ylang, les poivriers. Les cacaoyers du Moyen Sambirano sont plus chargés en fruit pendant le stage : le nombre de cabosses et de cherelles moyen est respectivement six et deux. Nous avons collecté des échantillons de fèves dans chaque zone suivant le découpage géographique établi. Ceux-ci seront caractérisés par leurs descripteurs sensoriels au niveau du DP " Co- conception de système agro-alimentaires de qualité de la Réunion ".Les analyses sont en cours et les résultats seront intégrés dans cette étude. (Résumé d'auteur)

The Coffea genus includes 103 species with 53 endemic to Madagascar (namely Mascarocoffea).The three main centres of species diversity for coffee trees are Madagascar (naturally low-caffeine species), Cameroon and Tanzania. However, Madagascar has the higher Coffea diversity in terms of total number of species due to the great variety of forest types including littoral, evergreen, gallery, mixed deciduous, dry, xerophytic and high-altitude. During these last 20 years, deforestation in Madagascar has become dramatic and has drastically reduced the distribution area of Coffea species. The collection maintained at the Kianjavato Research Station is unique since no living material is authorized to be conserved out of Madagascar. Conservation strategies based on scientific data are needed and become urgent in terms of biodiversity preservation and sustainable development. Recent studies in Coffea trees showed that their phenotypic plasticity could be explain the restricted distribution of Coffea species. Our recent preliminary results showed a high architectural diversity (i.e. architectural model, growth process, branching degree, branch location) between Coffea species and an interspecific variability of functional traits (Leaf Area Mass, wood density). The functional-structural model GreenLab is a dynamic model taking into account architectural plasticity of the plants and biomass allocation to organ level. Potentials of GreenLab model to represent environment x genotype interactions, in particular through its stable endogenous parameter as such the organ sink functions have been demonstrated in some species and they will be tested for Coffea species. The present study focuses on 5 species endemic to Madagascar with different phenotypic traits and forest habitats. For each species, architecture and genetic comparative analyses between individuals growing in situ (natural forest) and ex situ (common garden test) will be performed. In addition, we have set up two experimental stands to analyse the site effect. These whole results will be used to introduce genetic factors into the GreenLab model. The global aim of our approach is to analyse the adaptive capacity and phenotypic plasticity at the individual level within Coffea populations. (Texte intégral)

L'analyse systématique des dérivés hydroxycinnamiques est effectuée sur les graines de fruits matures de 56 populations de caféiers sauvages de la région malgache (Mascarocoffea) et de 14 échantillons de 9 espèces africaines (Eucoffea). Le profil chromatographique (CLHP) de la fraction phénolique totale est complexe et les acides phénols sont souvent caractérisés sous forme d'esters méthyliques par comparaison de leurs temps de rétention, spectres UV et spectres de masse avec des témoins commerciaux. Les acides ferulique et p-coumarique sont largement représentés dans les échantillons, l'acide caféique l'étant dans tous. Chez les Mascarocoffea, les acides sinapique et 4-méthoxycinnamique sont en faibles concentrations relatives dans plusieurs peuplements alors que les acides o-coumarique, 3,4-diméthoxycinnamique et 3,4,5-triméthoxycinnam ique sont, quand ils sont présents, les composés phénoliques majeurs du mélange. Les acides phénols sont de bons marqueurs de la diversité biochimique des caféiers

L'étude systématique de la composition en acides hydroxycinnamiques, bases puriques et diterpènes glycosidiques a été effectuée sur les graines de fruit matures de 56 populations de caféiers sauvages de la région malgache (#Mascarocoffea$), 14 échantillons répartis sur 9 espèces africaines (#Eucoffea$) et 81 génotypes hybrides entre caféiers cultivés et caféiers sauvages d'origine africaine et malgache. Les composés étudiés, bon marqueurs chimiotaxinomiques, permettent de caractériser des subdivisions infragénériques et infraspécifiques. Les résultats complètent les données génétiques et peuvent ainsi contribuer à une meilleure gestion de conservation du matériel végétal ("core collection"). Les analyses multivariées définissent deux compartiments biochimiques fondamentaux : "les caféiers à caféine" et les "caféiers sans caféine". La structuration de la diversité biochimique globale correspond à un continuum répondant au concept de complexe d'espèces. En ce qui concerne la composition biochimique, la dominance des espèces cultivées a été observées chez les hybrides et une importante ségrégation apparaît dans la descendance des BC1. (D'après résumé d'auteur)