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Introduction: Following a COVID-19 mass vaccination campaign, it is important to evaluate the population level of SARS-CoV-2 antibodies. The aim of this study was to estimate the seroprevalence rate of SARS-CoV-2 specific antibodies acquired due to infection or vaccination in the Portuguese population. Material and methods: The National Serological Survey (third wave - ISN3COVID-19) is a cross-sectional nationwide epidemiological study developed on a sample of 4545 Portuguese residents aged one year or older, between the 28th September 2021 and the 19th November 2021. The SARS-CoV-2 anti-nucleoprotein and anti-spike IgG antibody levels were determined in serum samples using Abbott Chemiluminescent Microparticle Immunoassays. Seroprevalence estimates were stratified by age group, sex, administrative region and self-reported chronic conditions. Medians and respective 95% confidence intervals were used to describe the distribution of SARS-CoV-2 specific antibodies in specific population subgroups. Results: The total seroprevalence rate of SARS-CoV-2 was 86.4% (95% CI: 85.2% to 87.6%). A higher seroprevalence rate was estimated for women (88.3%), 50 to 59 years-old (96.5%) and in those with two or more self-reported chronic conditions (90.8%). A higher IgG (anti-Spike) concentration was observed in individuals vaccinated with the booster dose (median = 1 2601.3 AU/mL; 95% CI: 4127.5 to 19 089.1). Conclusion: There was a significant increase in SARS-CoV-2 seroprevalence following the mass vaccination campaign in Portugal. It is important to continue to monitor the distribution of specific SARS-COV-2 antibody at the population level to further inform public health policies. Introdução: Após uma campanha de vacinação em larga escala contra a COVID-19 é importante avaliar o nível de anticorpos anti-SARS-CoV-2 na população. O objetivo deste estudo foi estimar a taxa de seroprevalência dos anticorpos específicos contra SARS-CoV-2 adquiridos após infeção ou vacinação na população portuguesa. Material e Métodos: O Inquérito Serológico Nacional COVID-19 (terceira fase ISN3COVID-19) é um estudo epidemiológico transversal de âmbito nacional que foi desenvolvido numa amostra de 4545 residentes em Portugal com idade igual ou superior a um ano recrutados entre 28 de setembro e 19 de novembro de 2021. Procedeu-se à deteção de anticorpos IgG contra a proteína da nucleocápside e contra a subunidade 1 da proteína da espícula (anti-S) em amostras de soro usando os ensaios quimioluminiscentes de micropartículas (Abbott). As estimativas de seroprevalência foram estratificadas por grupo etário, sexo, região e presença de doenças crónicas. As medianas e os respetivos intervalos de confiança de 95% foram usados para descrever a distribuição de anticorpos específicos contra SARS-CoV-2 em subgrupos populacionais. Resultados: A taxa de seroprevalência total de SARS-CoV-2 foi de 86,4% (IC 95%: 85,2% a 87,6%). Uma maior taxa de seroprevalência foi estimada para mulheres (88,3%) entre os 50 e os 59 anos (96,5%) e naquelas que reportaram ter duas ou mais doenças crónicas (90,8%). Uma concentração de IgG (anti-S) mais elevada foi observada em indivíduos vacinados com a dose de reforço (mediana = 12 601,3 UA/mL; IC 95%: 4127,5 a 19 089,1). Conclusão: Verificou-se um aumento significativo na seroprevalência de SARS-CoV-2 após a campanha de vacinação em Portugal. É importante continuar a monitorizar a distribuição de anticorpos específicos contra SARS-COV-2 ao nível da população para informar futuras políticas de saúde pública. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

O presente relatório de execução, elaborado pelo Departamento de Epidemiologia, o Departamento de Doenças Infeciosas e os Serviços de Saúde Ocupacional do INSA, apresenta os resultados de implementação dos 12 meses do estudo, desenvolvido para estimar a efetividade da vacina contra a COVID-19 em profissionais de saúde do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA). Neste relatório é apresentada informação sobre a execução do estudo, incluindo descrição dos participantes e da sua participação nos diferentes momentos e etapas, bem como a informação recolhida através das diferentes fontes de dados. O estudo prospetivo de coorte teve como principal objetivo seguir grupos de profissionais vacinados e não-vacinados durante 12 meses para estimar a efetividade da vacina contra a COVID-19 nos trabalhadores do INSA e analisar a resposta imunológica humoral através da deteção de anticorpos vacinais. O estudo iniciou-se em janeiro de 2021 e terminou a 16 fevereiro 2022. info:eu-repo/semantics/draft

Colorectal Cancer is the third most common cancer and the second leading cause of death by cancer worldwide with about 1.3 million new cancer cases and 693,933 deaths reported in 2012. Here, we intend to determine an epigenetic roadmap of Colorectal Cancer to predict tumor progression and patient outcome. We analyzed whole-genome DNA methylation (Illumina Infinium HumanMethylation 450K array) and gene expression (Illumina HiSeq) in multiple stages of CRC (21 normal, 54 stage I, 131 stage II, 111 stage III, and 51 stage IV). The data is available in TCGA database, and was downloaded, processed and analyzed through R programming. Results show that, in stages I, II, III, and IV, 307, 400, 305 and 233 genes are differentially expressed (fold-change absolute value > 1.5, p-value adjusted 0.2, p-value adjusted0.8). Furthermore, 6, 1, and 5 genes and 87, 7, and 3 CpG sites were classified as good biomarkers for overall survival for stages I-IV, respectively. In addition, 3, 3, and 2 genes and 30, 12, 9 CpG sites were identified as good biomarkers for recurrence free survival for stages I-IV, respectively. These results suggest that different methylation events are associated to specific stages of CRC which can predict patient outcome and might improve colorectal cancer diagnosis and prognosis. O cancro colorretal é um evento biológico que compreende múltiplos passos, decorrendo de diversas alterações genéticas e epigenéticas. Apesar das melhorias no rastreio, diagnóstico e prognóstico de cancro, incluindo de cancro colorretal, este continua a ser o terceiro tipo de cancro mais comum em homens e segundo em mulheres, com mais de 1,3 milhões de novos casos diagnosticados, e 693.933 mortes reportados em todo o mundo no ano de 2012. Em parte, a incidência e mortalidade continuam elevadas devido à baixa sensibilidade e especificidade na deteção de cancro colorretal nos estádios iniciais da doença. Atualmente, entre os diversos meios de diagnóstico, a técnica mais eficiente é a colonoscopia, contudo apresenta baixa especificidade e sensibilidade. Estudos mais recentes têm apontado outros biomarcadores como forma de diagnóstico e prognóstico para o cancro colorretal, incluindo a septina 9. Este último é um biomarcador epigenético atualmente comercializado. Este projeto teve como objetivos realizar uma análise global do genoma em termos de metilação do ADN e expressão genética através de um código em R, identificar mutações epigenéticas que ocorram ao longo da progressão do cancro colorretal, e, por último, relacionar estas alterações com o efeito causado nos doentes. Métodos: Neste projeto, foi efetuada uma análise global do genoma de um cohort de cancro colorretal, em termos de metilação do ADN (Illumina Infinium HumanMethylation 450K array) e expressão genética (Illumina HiSeq). Neste projeto, foram analisadas 21 amostras de tecido normal adjacente ao tumor e 347 amostras tumorais divididas de acordo com a classificação TNM (54 estadio I, 131 estadio II, 111 estadio III e 51 estadio IV). Estes dados estão publicamente disponíveis, sendo que foram descarregados da base de dados do The Cancer Genome Atlas (TCGA) e analisados através de programação em R. Resultados: Os resultados sugerem que nos estádios I, II, III e IV, estão diferencialmente expressos 307, 400, 305 e 233 genes (valor absoluto de fold-change > 1,5 e p-value ajustado (FDR) < 0.05) e diferencialmente metilados 924, 1.814, 1.169 e 618 locais de metilação (valor absoluto de Δβ > 0,2 e p-value ajustado (FDR) < 0.05), respetivamente. Em adição, cada um destes locais de metilação encontra-se correlacionado com os respetivos genes encontrados diferencialmente expressos no mesmo estadio (p-value < 0.05). De seguida, efetuou-se uma análise nas bases de dados KEGG e Gene Ontology (GO). A utilização destas ferramentas revelou que as funções mais enriquecidas estão relacionadas com o sistema nervoso. Estudos anteriores já tinham descrito alterações em genes envolvidos no desenvolvimento e regulação do sistema nervoso como desreguladas em diversos tipos de cancro. Em adição, foi ainda realizada uma análise com o objetivo de encontrar quais dos genes encontrados diferencialmente expressos e que continham locais de metilação diferencialmente metilados ainda não tinham sido reportados em associação com cancro colorretal e cancro em geral. Esta análise sugere que 87 genes nunca foram associados nem com cancro colorretal nem com cancro no geral. Em oposição, 511 já forma reportados em algum tipo de cancro. Destes últimos, 278 já foram também reportados em cancro colorretal enquanto 233 nunca foram descritos neste tipo de cancro. Como forma de validação, realizou-se, ainda, uma técnica multivariada de representação gráfica, a qual demonstrou que tanto os genes como os locais de metilação selecionados conseguem distinguir amostras tumorais de amostras normais. Esta técnica permitiu-nos ainda diferenciar amostras tumorais em dois grupos principais distintos. Ainda neste estudo, foram identificados 66, 85, 41 e 40 genes que estão somente diferencialmente expressos nos estádios I, II, III e IV. Curiosamente, apenas 85 genes são comuns aos 4 estadios de desenvolvimento de cancro colorretal O potencial dos genes e locais de metilação, encontrados como diferencialmente expressos e metilados, respetivamente, para distinguir tecido tumoral do tecido normal também foi avaliado através da análise de curvas de receiver operating characteristic (ROC). Como resultado, obteve-se que 238 genes e 835 locais de metilação são bons marcadores de tecido tumoral em estadio I, quando comparado com tecido normal adjacente (AUC > 0,8, sendo que apenas foram selecionados os pontos ótimos com especificidade e sensibilidade > 60%). ASTN1, por exemplo, foi um dos genes classificados como um excelente marcador de diagnóstico (AUC =0,989). Este gene contém ainda o local de metilação cg08104310, o qual foi considerado um excelente marcador de diagnóstico (AUC=1,000). De seguida, a capacidade de prever o outcome do paciente em termos de sobrevida em geral e sobrevida livre de progressão, através dos valores de metilação e expressão dos genes e locais de metilação específicos para cada um dos estádios, foi avaliada. Em relação à sobrevivência em geral, para os estádios II, III e IV, foram identificados 6, 1 e 5 genes e 87, 7 e 3 locais de metilação, respetivamente, como possíveis biomarcadores de prognóstico (p-value < 0.05). Especificamente, genes como o ZNF536 (p-value=0,018; HR=3,133), SOX1 (p-value=0,041; HR=0.459) e BFSP2 (p-value=0,027; HR=2.828), por exemplo, foram identificados como bons preditores de sobrevivência em geral dos estádios II, III e IV, respetivamente. Relativamente aos locais de metilação, as cg02430935 localizada no gene HMX (p-value=0,013; HR=3,139), cg26489108 localizada no gene DMRT3 (p-value=0,027; HR=0,407) e a cg01847754 localizada no gene CXorf1 (p-value=0,019; HR=3,155), por exemplo, foram identificadas como bons marcadores para a sobrevivência em geral dos estádios II, III e IV, respetivamente. Quanto à sobrevivência livre de recorrência, para os estádios II, III e IV, foram identificados 3, 3 e 2 genes e 30, 12 e 9 locais de metilação, respetivamente, capazes de prever se o doente para recorrer ou não. Mais concretamente, genes como o CNTD2 (p-value=0,00033; HR=0,196), SOX1 (p-value=0.01; HR=0,359) e HTR2C (p-value=0,0064; HR=0,285) foram identificados como bons preditores de prognóstico para a sobrevivência livre de progressão nos estádios II, III e IV, respetivamente. Relativamente aos locais de metilação, as cg06162589 localizada no gene SLC5A8 (p-value=0.0066; HR=0,2924), cg03700449 localizada no gene ASCL1 (p-value=0.0055; HR=0,3114) e cg14772660 localizada no gene SLC5A7 (p-value=0.0047; HR=4,3174) são exemplos de bons preditores de sobrevivência livre de progressão para os estádios II, III e IV, respetivamente. Conclusão: Este estudo sugere que as alterações epigenéticas são dinâmicas ao longo da progressão de cancro colorretal, demonstrando que há alterações que são características de estádios específicos, enquanto outras se mantêm alteradas desde o primeiro estadio. Notavelmente, algumas das alterações conseguem distinguir doentes com um prognóstico mais severo de doentes com um prognóstico mais indolente. Assim sendo, este estudo mostrou que existem possíveis biomarcadores para cancro colorretal que devem ser melhor estudados no futuro. Este estudo pode ainda demarcar o início da melhoria das técnicas de diagnóstico e prognóstico.

Este relatório teve por base o trabalho desenvolvido ao longo da Prática de Ensino Supervisionada, realizado com um grupo de onze crianças em valência de creche, numa sala com crianças dos 12 aos 24 meses de idade, numa instituição de índole particular. Este estudo teve como objetivo perceber a importância do brincar na 1ª infância, que aprendizagens pode o adulto reconhecer na brincadeira da criança, o que usa para brincar quando brinca livremente e qual o papel do educador com a criança que brinca. Os autores escolhidos para fazer a revisão de literatura foram, nomeadamente, Piaget, Portugal, Ferland e Azevedo. Este estudo está focado nas brincadeiras espontâneas das crianças e não em atividades previamente programadas com elas. As observações decorreram das interações com as crianças umas com as outras e com os objetos que eu lhes disponibilizei ou que já existiam. Foi utilizada uma metodologia de cariz qualitativo, interpretativo e os dados foram recolhidos numa observação participante e registados sob a forma de notas de campo.

Clostridium difficile é presentemente a principal causa de doença gastrointestinal associada à utilização de antibióticos em adultos. C. difficile é uma bactéria Gram-positiva, obrigatoriamente anaeróbica, capaz de formar endósporos. Tem-se verificado um aumento dos casos de doença associada a C. difficile com sintomas mais severos, elevadas taxas de morbilidade, mortalidade e recorrência, em parte, devido à emergência de estirpes mais virulentas, mas também devido à má gestão do uso de antibióticos. C. difficile produz duas toxinas, TcdA e TcdB, que são os principais fatores de virulência e responsáveis pelos sintomas da doença. Estas são codificadas a partir do Locus de Patogenicidade (PaLoc) que codifica ainda para um regulador positivo, TcdR, uma holina, TcdE, e um regulador negativo, TcdC. Os esporos resistentes ao oxigénio são essenciais para a transmissão do organismo e recorrência da doença. A expressão dos genes do PaLoc ocorre em células vegetativas, no final da fase de crescimento exponencial, e em células em esporulação. Neste trabalho construímos dois mutantes de eliminação em fase dos genes tcdR e tcdE. Mostrámos que a auto-regulação do gene tcdR não é significativa. No entanto, tcdR é sempre necessário para a expressão dos genes presentes no PaLoc. Trabalho anterior mostrou que, com a exceção de tcdC, os demais genes do PaLoc são expressos no pré-esporo. Mostrámos aqui que TcdA é detectada à superfície do esporo maduro e que a eliminação do tcdE não influencia a acumulação de TcdA no meio de cultura ou em associação às células ou ao esporo. Estas observações têm consequências para o nosso entendimento do processo infecioso: sugeremque o esporo possa ser também um veículo para a entrega da toxina nos estágios iniciais da infecção, que TcdA possa ser libertada durante a germinação do esporo, e que o esporo possa utilizar o mesmo receptor reconhecido por TcdA para a ligação à mucosa do cólon. Clostridium difficileis currently the major cause of antibiotic-associated gastrointestinal diseases in adults. This is a Gram-positive bacterium, endospore-forming and an obligate anaerobe that colonizes the gastrointestinal tract.Recent years have seen a rise in C. difficile associated disease (CDAD) cases, associated with more severe disease symptoms, higher rates of morbidity, mortality and recurrence, which were mostly caused due to the emergence of “hypervirulent” strains but also due to changing patterns of antibiotics use. C. difficile produces two potent toxins, TcdA and TcdB, which are the main virulence factors and the responsible for the disease symptoms. These are codified from a Pathogenicity Locus (PaLoc), composed also by the positive regulator, TcdR, the holin-like protein, TcdE, and a negative regulator, TcdC. Besides the toxins, the oxygen-resistant spores are also essential for transmission of the organism through diarrhea; moreover, spores can accumulate in the environment or in the host, which will cause disease recurrence.The expression of the PaLoc genes occurs in vegetative cells, at the end of the exponential growth phase, and in sporulating cells. In this work, we constructed two in-frame deletion mutants of tcdR and tcdE. We showed that the positive auto regulation oftcdR is not significant. However, tcdR is always necessary for the expression of the PaLoc genes.A previous work showed that, except tcdC, all the PaLoc genes are expressed in the forespore. Here, we detected TcdA at the spore surface. Furthermore, we showed that the in-frame deletion of tcdE does not affect the accumulation of TcdA in the culture medium or in association with cells or spores. This data was important for us to conclude about the infeccious process: it suggests that the spore may be the vehicle for the delivery of TcdA in early stages of infection, that TcdA may be released during spores germination and that this spore may use the same receptor recognized by TcdA to bind to the colonic mucosa.

Relatório de estágio de mestrado, Ciências da Educação (Administração Educacional), Universidade de Lisboa, Instituto de Educação, 2014 Submitted by Jorge Revez (jrevez@fpie.ul.pt) on 2014-05-19T11:47:17Z No. of bitstreams: 1 ulfpie046538_tm.pdf: 1215822 bytes, checksum: 068384137cae126b72054fdd3e943dd0 (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-19T11:47:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfpie046538_tm.pdf: 1215822 bytes, checksum: 068384137cae126b72054fdd3e943dd0 (MD5) Previous issue date: 2014