7 results on '"Rauhut, Alexandra"'
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2. New Insights into Classification and Evolution of the Lecanoromycetes (Pezizomycotina, Ascomycota) from Phylogenetic Analyses of Three Ribosomal RNA- and Two Protein-Coding Genes
- Author
-
Miadlikowska, Jolanta, Kauff, Frank, Hofstetter, Valérie, Fraker, Emily, Grube, Martin, Hafellner, Josef, Reeb, Valérie, Hodkinson, Brendan P., Kukwa, Martin, Lücking, Robert, Hestmark, Geir, Otalora, Monica Garcia, Rauhut, Alexandra, Büdel, Burkhard, Scheidegger, Christoph, Timdal, Einar, Stenroos, Soili, Brodo, Irwin, Perlmutter, Gary B., Ertz, Damien, Diederich, Paul, Lendemer, James C., May, Philip, Schoch, Conrad L., Arnold, A. Elizabeth, Gueidan, Cécile, Tripp, Erin, Yahr, Rebecca, Robertson, Connie, and Lutzoni, François
- Published
- 2006
3. A Five-Gene Phylogeny of Pezizomycotina
- Author
-
Spatafora, Joseph W., Sung, Gi-Ho, Johnson, Desiree, Hesse, Cedar, O'Rourke, Benjamin, Serdani, Maryna, Spotts, Robert, Lutzoni, François, Hofstetter, Valérie, Miadlikowska, Jolanta, Reeb, Valérie, Gueidan, Cécile, Fraker, Emily, Lumbsch, Thorsten, Lücking, Robert, Schmitt, Imke, Hosaka, Kentaro, Aptroot, André, Roux, Claude, Miller, Andrew N., Geiser, David M., Hafellner, Josef, Hestmark, Geir, Arnold, A. Elizabeth, Büdel, Burkhard, Rauhut, Alexandra, Hewitt, David, Untereiner, Wendy A., Cole, Mariette S., Scheidegger, Christoph, Schultz, Matthias, Sipman, Harrie, and Schoch, Conrad L.
- Published
- 2006
4. Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny
- Author
-
James, Timothy Y., Kauff, Frank, Schoch, Conrad L., Matheny, P. Brandon, Hofstetter, Valerie, Cox, Cymon J., Celio, Gail, Gueidan, Cecile, Fraker, Emily, Miadlikowska, Jolanta, Lumbsch, H. Thorsten, Rauhut, Alexandra, Reeb, Valerie, Arnold, A. Elizabeth, Amtoft, Anja, Stajich, Jason E., Hosaka, Kentaro, Sung, Gi-Ho, Johnson, Desiree, O'Rourke, Ben, Crockett, Michael, Binder, Manfred, Curtis, Judd M., Slot, Jason C., Wang, Zheng, Wilson, Andrew W., Schußler, Arthur, Longcore, Joyce E., O'Donnell, Kerry, Mozley-Standridge, Sharon, Porter, David, Letcher, Peter M., Powell, Martha J., Taylor, John W., White, Merlin M., Griffith, Gareth W., Davies, David R., Humber, Richard A., Morton, Joseph B., Sugiyama, Junta, Rossman, Amy Y., Rogers, Jack D., Pfister, Don H., Hewitt, David, Hansen, Karen, Hambleton, Sarah, Shoemaker, Robert A., Kohlmeyer, Jan, Volkmann-Kohlmeyer, Brigitte, Spotts, Robert A., Serdani, Maryna, Crous, Pedro W., Hughes, Karen W., Matsuura, Kenji, Langer, Ewald, Langer, Gitta, Untereiner, Wendy A., Lucking, Robert, Budel, Burkhard, Geiser, David M., Aptroot, Andre, Diederich, Paul, Schmitt, Imke, Schultz, Matthias, Yahr, Rebecca, Hibbett, David S., Lutzoni, Francois, McLaughlin, David J., Spatafora, Joseph W., and Vilgalys, Rytas
- Abstract
Author(s): Timothy Y. James (corresponding author) [1]; Frank Kauff [1]; Conrad L. Schoch [2, 36]; P. Brandon Matheny [3, 36]; Valérie Hofstetter [1, 36]; Cymon J. Cox [1, 37]; Gail [...]
- Published
- 2006
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5. Molecular phylogeny of the lichen family Peltulaceae (Lichinales, Ascomycota)
- Author
-
Rauhut, Alexandra
- Subjects
Phylogenie ,Flechten ,topological incongruence ,Schlauchflechten ,ddc:570 ,topologische Inkongruenz ,multi-gene analysis ,Multigenanalyse ,phylogeography ,phylogeny ,lichens ,Phylogeographie - Abstract
Die Peltulaceae sind eine flechtenbildende Ascomycetenfamilie, die derzeit 43 morphologisch umschriebene Spezies in drei Gattungen umfasst. Systematisch gehören sie in die Ordnung Lichinales (Lichinomycetes, Pezizomycotina), ihre genaue Stellung im System der Ascomyceten ist unbekannt. Die Familie lebt exklusiv mit Cyanobakterien in Symbiose und besiedelt weltweit aride und semi-aride Habitate. Die aktuell bekannte Verbreitung zeigt Ähnlichkeiten zu derjenigen xerophytischer Moospflanzen, für die ein gondwanischer Ursprung angenommen wird. Außerdem besiedeln mehr Peltulaceen-Spezies die ehemaligen Gondwanakontinente (Afrika, Südamerika, Australien, Indien) als die übrigen, laurasischen Kontinente (Nordamerika, Europa, Asien); der Sörensen-Koeffizient für die Florenähnlichkeit beträgt 0,697. Die Hypothese, dass die Peltulaceae gondwanischen Ursprungs sind, sollte mit Hilfe einer phylogenetischen Analyse der Familie geklärt werden, indem durch darauf aufbauende geographische Analysen das Ursprungsareal auf kontinentalem Niveau identifiziert wird. Mit Hilfe des morphologischen Merkmalskomplexes ließ sich keine aufgelöste Phylogeniehypothese erstellen. Da die geographischen Analysen eine voll aufgelöste Phylogenie erfordern, wurden sechs molekulare Marker ausgewählt (nucSSU, nucLSU, mtSSU, ITS, RPB2/7-11, β-Tubulin) und zunächst für je einen Vertreter von 37 der 43 umschriebenen Morphotaxa sequenziert. Die resultierenden Stammbäume der ML- und Bayes'schen Analysen waren unterschiedlich gut aufgelöst und untereinander dergestalt inkompatibel, dass unterschiedliche monophyletische Beziehungen unterstützt wurden. Außerdem wies das β-Tubulin-Gen eine paraloge Kopie auf. Durch Kompatibilitätstests ließen sich keine Teilmengen kongruenter Daten feststellen. Die dennoch durchgeführte kombinierte Analyse aller sechs Marker war vom phylogenetischen Signal des RPB2/7-11-Gens dominiert und ließ sich nicht durch geographische, morphologisch-anatomische oder ökologische Merkmale bestätigen. Zwei verschiedene Methoden zur Detektion von Rekombination ergaben nicht-übereinstimmende Signale nur in der nucLSU beziehungsweise in allen Markern außer der ITS. Von den Genen ITS und RPB2/7-11 wurden zusätzlich Sequenzen weiterer Peltulaceae-Individuen erzeugt und ML- und Bayes‘sche Analysen durchgeführt, in der die Vertreter von zwölf Morphospezies keine monophyletischen Einheiten bildeten. Die Suche nach phylogenetischen Spezies mittels der Konsensusmethode zeigte lediglich eine nicht-terminale Gruppierung unterschiedlicher Morphotaxa: die Vereinigung dreier durch eine peltate Wuchsform charakterisierte Spezies. Dieses Merkmal besitzen jedoch auch andere, in dieser Gruppierung nicht eingeschlossene Spezies. Die Monophylie der Peltulaceae wurde mit molekularen Daten bestätigt, die Stellung im System der Ascomyceten konnte jedoch nicht geklärt werden. Die Existenz der Gattungen Neoheppia und Phyllopeltula konnte mittels molekularer Marker nicht bestätigt werden. Sie werden als taxonomische Konsequenz mit dem älteren Gattungsnamen Peltula synonymisiert, womit die Familie monogenerisch wird. Die vorhandenen Inkongruenzen zwischen den molekularen Markern deuten auf genetisch nicht isolierte Taxa hin. Die Peltulaceae werden nun als ein Spezieskomplex mit bisher ungeklärter Spezieszahl gedeutet. Die morphologische Speziesumschreibung bedarf einer Neubewertung, da sie sich größtenteils nicht mit molekularen Daten bestätigen ließ. Die Klärung der Ausgangsfrage nach dem geographischen Ursprung der Peltulaceae muss die Überarbeitung der Speziesabgrenzungen abwarten.
- Published
- 2007
6. Molekulare Phylogenie der Flechtenfamilie Peltulaceae (Lichinales, Ascomycota)
- Author
-
Rauhut, Alexandra
- Subjects
Phylogenie ,Flechten ,topological incongruence ,Schlauchflechten ,ddc:570 ,topologische Inkongruenz ,multi-gene analysis ,Multigenanalyse ,phylogeography ,phylogeny ,lichens ,Phylogeographie - Abstract
Die Peltulaceae sind eine flechtenbildende Ascomycetenfamilie, die derzeit 43 morphologisch umschriebene Spezies in drei Gattungen umfasst. Systematisch gehören sie in die Ordnung Lichinales (Lichinomycetes, Pezizomycotina), ihre genaue Stellung im System der Ascomyceten ist unbekannt. Die Familie lebt exklusiv mit Cyanobakterien in Symbiose und besiedelt weltweit aride und semi-aride Habitate. Die aktuell bekannte Verbreitung zeigt Ähnlichkeiten zu derjenigen xerophytischer Moospflanzen, für die ein gondwanischer Ursprung angenommen wird. Außerdem besiedeln mehr Peltulaceen-Spezies die ehemaligen Gondwanakontinente (Afrika, Südamerika, Australien, Indien) als die übrigen, laurasischen Kontinente (Nordamerika, Europa, Asien); der Sörensen-Koeffizient für die Florenähnlichkeit beträgt 0,697. Die Hypothese, dass die Peltulaceae gondwanischen Ursprungs sind, sollte mit Hilfe einer phylogenetischen Analyse der Familie geklärt werden, indem durch darauf aufbauende geographische Analysen das Ursprungsareal auf kontinentalem Niveau identifiziert wird. Mit Hilfe des morphologischen Merkmalskomplexes ließ sich keine aufgelöste Phylogeniehypothese erstellen. Da die geographischen Analysen eine voll aufgelöste Phylogenie erfordern, wurden sechs molekulare Marker ausgewählt (nucSSU, nucLSU, mtSSU, ITS, RPB2/7-11, β-Tubulin) und zunächst für je einen Vertreter von 37 der 43 umschriebenen Morphotaxa sequenziert. Die resultierenden Stammbäume der ML- und Bayes'schen Analysen waren unterschiedlich gut aufgelöst und untereinander dergestalt inkompatibel, dass unterschiedliche monophyletische Beziehungen unterstützt wurden. Außerdem wies das β-Tubulin-Gen eine paraloge Kopie auf. Durch Kompatibilitätstests ließen sich keine Teilmengen kongruenter Daten feststellen. Die dennoch durchgeführte kombinierte Analyse aller sechs Marker war vom phylogenetischen Signal des RPB2/7-11-Gens dominiert und ließ sich nicht durch geographische, morphologisch-anatomische oder ökologische Merkmale bestätigen. Zwei verschiedene Methoden zur Detektion von Rekombination ergaben nicht-übereinstimmende Signale nur in der nucLSU beziehungsweise in allen Markern außer der ITS. Von den Genen ITS und RPB2/7-11 wurden zusätzlich Sequenzen weiterer Peltulaceae-Individuen erzeugt und ML- und Bayes‘sche Analysen durchgeführt, in der die Vertreter von zwölf Morphospezies keine monophyletischen Einheiten bildeten. Die Suche nach phylogenetischen Spezies mittels der Konsensusmethode zeigte lediglich eine nicht-terminale Gruppierung unterschiedlicher Morphotaxa: die Vereinigung dreier durch eine peltate Wuchsform charakterisierte Spezies. Dieses Merkmal besitzen jedoch auch andere, in dieser Gruppierung nicht eingeschlossene Spezies. Die Monophylie der Peltulaceae wurde mit molekularen Daten bestätigt, die Stellung im System der Ascomyceten konnte jedoch nicht geklärt werden. Die Existenz der Gattungen Neoheppia und Phyllopeltula konnte mittels molekularer Marker nicht bestätigt werden. Sie werden als taxonomische Konsequenz mit dem älteren Gattungsnamen Peltula synonymisiert, womit die Familie monogenerisch wird. Die vorhandenen Inkongruenzen zwischen den molekularen Markern deuten auf genetisch nicht isolierte Taxa hin. Die Peltulaceae werden nun als ein Spezieskomplex mit bisher ungeklärter Spezieszahl gedeutet. Die morphologische Speziesumschreibung bedarf einer Neubewertung, da sie sich größtenteils nicht mit molekularen Daten bestätigen ließ. Die Klärung der Ausgangsfrage nach dem geographischen Ursprung der Peltulaceae muss die Überarbeitung der Speziesabgrenzungen abwarten.
- Published
- 2007
7. The Ascomycota Tree of Life: A Phylum Wide Phylogeny Clarifies the Origin and Evolution of Fundamental Reproductive and Ecological Traits
- Author
-
Hewitt, David, Spatafora, Joseph W., Lutzoni, Francois, Trappe, James M., Hansen, Karen, Cole, Mariette S., Crittenden, Peter D., Dyer, Paul S., Zuccaro, Alga, Stenroos, Soili, Johnston, Peter, Untereiner, Wendy, Summerbell, Richard C., Sugiyama, Junta, Shoemaker, Robert A., Rogers, Jack D., Sipman, Harrie, O'Donnell, Kerry, Mostert, Lizel, Volkmann-Kohlmeyer, Brigitte, Kohlmeyer, Jan, Inderbitzin, Patrik, Hosaka, Kentaro, Geiser, David M., Ertz, Damien, Diederich, Paul, Rauhut, Alexandra, Budel, Burkhard, Lucking, Robert, Lumbsch, H. Thorsten, Rossman, Amy Y., Castlebury, Lisa A., Griffith, Gareth W., Hillis, David M., Blackwell, Meredith, Suh, Sung-Oui, Aptroot, Andre, Wingfield, Michael J., Gryzenhout, Marieka, Crous, Pedro W., de Hoog, G. Sybren, Arzanlou, Mahdi, Groenewald, Johannes Z., Yahr, Rebecca, Bonito, Gregory, Hodkinson, Brendan P., Fraker, Emily, Wynns, Anja, Ciufetti, Linda, Trippe, Kristin, Andrie, Rachael M., Gueidan, Cecile, Wang, Zheng, Kauff, Frank, Matheny, P. Brandon, Robbertse, Barbara, Hofstetter, Valerie, Miadlikowska, Jolanta, Townsend, Jeffery P., Lopez-Giraldez, Francesc, Sung, Gi-Ho, Schoch, Conrad L., Pfister, Donald H., and Peterson, Kristin
- Subjects
lichenization ,ancestral character reconstruction ,large data sets ,phylogeny ,Fungi - Abstract
We present a 6-gene, 420-species maximum-likelihood phylogeny of Ascomycota, the largest phylum of Fungi. This analysis is the most taxonomically complete to date with species sampled from all 15 currently circumscribed classes. A number of superclass-level nodes that have previously evaded resolution and were unnamed in classifications of the Fungi are resolved for the first time. Based on the 6-gene phylogeny we conducted a phylogenetic informativeness analysis of all 6 genes and a series of ancestral character state reconstructions that focused on morphology of sporocarps, ascus dehiscence, and evolution of nutritional modes and ecologies. A gene-by-gene assessment of phylogenetic informativeness yielded higher levels of informativeness for protein genes (RPB1, RPB2, and TEF1) as compared with the ribosomal genes, which have been the standard bearer in fungal systematics. Our reconstruction of sporocarp characters is consistent with 2 origins for multicellular sexual reproductive structures in Ascomycota, once in the common ancestor of Pezizomycotina and once in the common ancestor of Neolectomycetes. This first report of dual origins of ascomycete sporocarps highlights the complicated nature of assessing homology of morphological traits across Fungi. Furthermore, ancestral reconstruction supports an open sporocarp with an exposed hymenium (apothecium) as the primitive morphology for Pezizomycotina with multiple derivations of the partially (perithecia) or completely enclosed (cleistothecia) sporocarps. Ascus dehiscence is most informative at the class level within Pezizomycotina with most superclass nodes reconstructed equivocally. Character state reconstructions support a terrestrial, saprobic ecology as ancestral. In contrast to previous studies, these analyses support multiple origins of lichenization events with the loss of lichenization as less frequent and limited to terminal, closely related species., Organismic and Evolutionary Biology
- Published
- 2009
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