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Open Science session of the ArScAn/MSH Mondes Masterclass for the Marie Skłodowska-Curie Postdoctoral Fellowships (May 2023)

Atelier « PGD de sa thèse » proposée régulièrement durant l’année universitaire 2022-2023 dans le cadre d’une collaboration entre le service Humanités numériques de la MSH Mondes, le service commun de la documentation (SCD) et le service de la formation doctorale de la direction de la recherche et des études doctorales (DRED) de l’Université Paris Nanterre. Objectif : présenter ce qu'est un PGD et aider les doctorants à rédiger celui de leur thèse

National audience; Pourquoi et comment s’intéresser à la gestion des données ? Cette présentation aborde le plan de gestion des données par les enjeux de l’ouverture des données. Elle propose, après un rappel de définition des données et de contexte règlementaire, l’exemple du modèle de PGD de l’ANR avec les différents acteurs de la donnée selon son cycle de vie. La présentation propose un focus sur chacune des actions de FAIRisation développées dans DoraNum afin d’illustrer concrètement les actions à mener dans une logique de bonnes pratiques de la science ouverte. Elle se conclue sur une ouverture vers Opidor.

Ce texte présente la structure et le contenu d'un « data paper » ainsi que des exemples de revues qui publient de tels articles.; Les données de la recherche sont l'objet de l'intérêt des financeurs de la recherche publique, qui incitent les chercheurs à partager ces données, afin de répondre à des enjeux financiers comme de circulation des savoirs. Parmi les différentes modalités de la communication scientifique, la publication d'un « data paper » est une démarche relativement nouvelle. Le « data paper », ou article sur des données, décrit des données scientifiques et propose un lien vers un entrepôt de données qui les stocke. La description est en particulier très précise sur les points techniques et la méthodologie de production des données. Cette démarche va dans le sens de l'exposition des données, de leur accessibilité, leur interopérabilité et leur réutilisabilité, répondant ainsi aux recommandations des communautés d'intérêt de la recherche académique. Ce texte présente la structure et le contenu d'un « data paper » ainsi que des exemples de revues qui publient de tels articles.

Ce dépôt rassemble l'ensemble du matériel produit à l'occasion de la journée "Des outils pratiques pour gérer et valoriser vos données de recherche", co-organisée par l'Urfist de Bordeaux, l'Université de Bordeaux et l'Université Bordeaux Montaigne à la Maison des Sciences de l'Homme d'Aquitaine le 17 mai 2018. Les auteurs et les contributeurs sont indiqués dans l'ordre alphabétique. Certains documents contenus dans ce dépôt sont publiés sous licence CC-BY ; la licence applicable figure sur chaque document. Contenu du dépôt programme de la journée matériel des ateliers fichier zip "CR_source" contenant les fichiers source des comptes-rendus Les fichiers sont nommés selon la logique suivante. Le préfixe "atelXX-intitulé abrégé" indique l'atelier auquel le document se rapporte; le suffixe "diapos" est utilisé pour les supports de formation conçus par les formatrices; le suffixe "restitution" est utilisé pour les diapositives présentées lors de la restitution orale des ateliers; le suffixe "CR" est utilisé pour les comptes-rendus rédigés a posteriori. Certains contenus de l'atelier 2 sur les entrepôts de données sont également disponibles en ligne, dans un format facilitant la navigation : présentation de Frédérique Bordignon disponible sur Google Slides, carte mentale disponible sur Framindmap. === Collection of materials from the event "Practical tools to manage and enhance your research data", co-organized by Urfist of Bordeaux, University of Bordeaux and University Bordeaux Montaigne, and hosted at the Maison des Sciences de l'Homme d'Aquitaine on May 17, 2018. Authors and contributors are listed in alphabetical order. Some documents contained in this repository are published under a CC-BY license; the applicable license is displayed on each document. Contents programme of the event materials from the workshop "CR_source" zipped folder containing the source files of the reports The files are named according to the following pattern. The prefix 'atelXX-short-title' indicates the workshop to which the document refers; the suffix 'slides' is used for the training materials designed by the trainers; the suffix 'restitution' is used for the slides presented during the oral restitution of the workshops; the suffix 'CR' is used for ex post reports. Some content from workshop 2 on data repositories is also available online in a more navigable format: presentation of Frédérique Bordignon available on Google Slides, mental map available on Framindmap.

Dans cette contribution, nous présentons les problématiques concrètes de la gestion et du partage des données, ainsi que les freins et leviers associés, avant de détailler les caractéristiques d’un plan de gestion des données sur la base d’un retour d’expérience de la ComUE Université Sorbonne Paris Cité (USPC). Le partage et la valorisation des données de la recherche sont devenus des enjeux importants pour les organismes financeurs, les institutions de recherche et les chercheurs eux-mêmes....

Univers en perpétuelle expansion et au foisonnement chaotique, Internet offre un nombre incalculable d’outils, dont l’exploration paraît parfois hors de portée. Dans le paysage des sciences humaines, les blogs, les logiciels bibliographiques, les bases de données, les éditions en ligne et les wikis, tous ces objets qui éveillaient notre curiosité il y a une décennie, sont devenus aussi anodins qu’omniprésents. Mais comment bien s’en servir ? Les appréhensions face à ces outils – et leur simple mais robuste méconnaissance – sont encore largement répandues. Or on ne peut plus ignorer leur intérêt, voire leur nécessité, et les chercheurs qui s’y essaient ne savent souvent pas par quel bout attraper ces logiciels nouveaux. C’est à cela que cet ouvrage veut les aider, de façon simple et précise, et il entend le faire sans en cacher les difficultés, mais sans dissimuler non plus qu’elles sont désormais connues, donc surmontables, et que, dans la majorité des cas, le résultat vaut tous les efforts à consentir.

National audience; Le numérique et ses technologies favorisent la production et la circulation des connaissances. Depuis plusieurs décennies, le mouvement de l'open access (accès ouvert) vise à améliorer la circulation des connaissances et le partage des savoirs, en mettant à disposition de tous des contenus scientifiques sans barrière financière (pas d'abonnement), technique (version électronique sur internet) ou juridique (droits des auteurs et des éditeurs), tout en garantissant la conservation à terme des contenus (archivage pérenne). La loi « pour une République Numérique », promulguée en octobre 2016, vient modifier le paysage de l'édition scientifique commerciale en favorisant l'ouverture des résultats de la recherche, publications et données, lorsqu'elle sont issues de travaux financés sur fonds publics.Deux modèles principaux structurent l'open access dans le monde : 1) Les archives ouvertes ou « green OA » sont des serveurs de dépôt de documents scientifiques, accessibles librement et gratuitement. Par exemple en France l'archive nationale « Hal » : créée par le CNRS, utilisé par l'Inserm et 80 établissements de l'ESR français. Hal est interopérable avec d'autres systèmes tels que ArXiv, PubMed, ou OpenAIRE, tout en étant moissonné par GoogleScholar et Isidore. de plus, Hal est archivé à long terme auprès du CINES, qui est un établissement public du MESR.2) Les revues open access ou « gold OA » sont réparties en trois modèles principaux : a) les revues open access ou « free gold » sont financées par les institutions dans un modèle de financement amont subventionné ; b) les revues auteur-payeur pour lesquelles c'est l'auteur (ou son laboratoire) qui finance la publication avec des « Article Processing Charges » ;c) les revues dites « hybrides » car elles ont un modèle de financement traditionnel sur abonnement, et proposent, au choix de l'auteur, de payer un surcoût pour mettre son article en open access. Ce modèle est aussi appelé par les éditeurs « Open Choice » en introduisant la confusion sur la portée de l'open access ; la revue est ainsi payée par les institutions et par les auteurs sur certains articles, sans cohérence ni visibilité.Avant la Loi pour une République Numérique, c'est l'éditeur, par le contrat d'édition, qui fixait les règles de diffusion, et en particulier de droit de reproduction numérique des articles publiés. Il pouvait, à sa convenance, permettre la diffusion en open acess des articles après une période d'embargo laissée à sa discrétion, ou même interdire la diffusion.Avec la Loi pour une République Numérique, Article 30, dès lors qu'une recherche est financée au moins pour moitié par des fonds publics, l'auteur dispose du droit de mettre à disposition gratuitement dans un format ouvert, sous réserve de l'accord des éventuels coauteurs, la version finale de son manuscrit accepté, quelles que soient les mentions du contrat d'édition. La durée de l'embargo est fixé par la loi, et plus par l'éditeur, et est de 6 mois en STM et 12 mois en SHS.Quant aux données de la recherche, si elles ne sont pas protégées par un droit spécifique (données sensibles) et qu'elles sont liées à une publication, dès qu'elles ont été rendues publiques par le chercheur, l'établissement ou l'organisme de recherche, leur réutilisation est libre, y compris pour réaliser de la fouille de données.La loi va ainsi dans le sens d'une ouverture des publications (avec un embargo) et des données de la recherche, quels que soient les contrats d’édition ou la nationalité des auteurs : le critère est celui d’une recherche financée sur fonds publics au moins pour moitié.

International audience

Le libre accès à l'information scientifique, ou « open access », permet d’améliorer la diffusion des connaissances. Dans un contexte politique d’ouverture des publications (Programme cadre de recherche et innovation européen Horizon 2020, Code de la recherche, Charte nationale de déontologie des métiers de la recherche) et simultanément de dotations récurrentes contraintes, il est important d’anticiper sur les conséquences financières de cette ouverture, au-delà de l’intérêt sociétal et scientifique.Les revues dans lesquelles publient les unités de recherche des secteurs Sciences, Médecine et Lettres et Sciences humaines de l’université Paris Diderot sont examinées sous l’angle du coût de la mise en open access des articles pour chacune de ces revues.Avec un coût médian de 2 049 € par article, la notion de coût de l’open access est devenu une véritable problématique pour les équipes de recherche, et au-delà pour l’université elle-même. En effet, outre des enjeux financiers évidents pour Paris Diderot qui publie plus de 6 500 articles par an, il en va de la visibilité scientifique internationale de l’établissement.

National audience; Deux journées FOSTER dédiées à l'Open Access et à la gestion des données de la recherche dans les projets Horizon 2020 se sont déroulées à l'Université Paris Diderot les lundi 29 et mardi 30 juin. Porté par le Service commun de la documentation (SCD) de l'Université Paris Descartes en collaboration avec la Direction d'appui à la recherche et l'innovation (DARI) et le Bureau des archives de Paris Diderot, ces deux journées répondaient aux appels à projet du programme FOSTER Facilitate Open Science Training for European Research. FOSTER est lui-même financé par la Commission européenne et porté par un consortium européen dans l'objectif d'accompagner et d'aider au financement d'actions de formation en faveur du libre accès et de la gestion des données dans les appels du programme cadre Horizon 2020. L'engagement européen en faveur du libre accès et des démarches d'« Open Science » n'est pas nouveau mais se renforce d'année en année en passant de logiques d'encouragement à celles d'obligation. Les récentes déclarations du gouvernement français concernant sa stratégie numérique le 18 juin dernier vont également dans ce sens puisque « La France accentue son engagement dans l'ouverture des publications et des données de la recherche financée sur fonds publics 1 ». À cet égard, le Comité d'éthique du CNRS (COMETS) souligne également la nécessité, aujourd'hui, de former « Les chercheurs et les personnels du monde de la recherche aux dimensions éthique de la gestion des données, en particuliers au respect de la vie privée, de la vie propriété intellectuelle, de la qualité et de l'intégralité des données 2 ».

International audience; Depuis deux siècles environ les nombreuses découvertes de la science biologique nous ont permis de poser un regard sur le monde qui nous entoure très différent de celui des époques précédentes: le mystère de la multiplication des organismes via la reproduction est en grande partie élucidé, les maladies infectieuses ne sont plus des punitions venant d’un être omnipotent ou malfaisant mais sont causées par des microbes dont il est possible de se prémunir, les lois de l’hérédité sont comprises et les espèces ne sont plus des entités fixes : elles évoluent selon les lois du néodarwinisme, etc. Plus récemment, la quantité d'information en biologie a fortement augmenté, principalement grâce à l'augmentation du nombre des chercheurs impliqués et à l'émergence de multiples programmes qui visent à cataloguer la diversité des gènes et les modalités de leur expression. Ces programmes sont le pendant des grandes expéditions naturalistes des XVIIIème et XIXème siècles qui ont fait l’inventaire des espèces animales et végétales. Cet inventaire n’a d’ailleurs jamais cessé, car il reste toujours de nombreuses espèces inconnues. Il se prolonge par la classification phylogénétique du vivant et par des descriptions fines et exhaustives des espèces habitant les différents biotopes et des relations qu’elles entretiennent entre elles qui sont permises par les méthodes de séquençages à haut débit. Si ces programmes vont certainement permettre de mieux comprendre la vie dans toute sa diversité, ils masquent dans une certaine mesure les constantes du vivant. Le but de ce livre est donc de résumer, principalement pour les étudiants en biologie des cycles de licence et de master des universités, les grandes caractéristiques du vivant. Sa lecture nécessite donc la connaissance de quelques notions de bases de biologie. Il devrait aussi être utile aux curieux qui souhaitent trouver en un livre unique un résumé des grandes découvertes de la biologie. Ce n'est pas un livre de philosophie ni d'histoire des sciences, mais j'espère qu'il fournira quelques pistes de réflexion aux étudiants en biologie, mais aussi aux scientifiques non biologistes qui souhaitent acquérir quelques notions fondamentales en biologie. Pour de nombreux collègues spécialistes, ce livre semblera un peu naïf. C’est un peu la conséquence du parti simplificateur que j’ai adopté pour faire passer le message car ce livre s’adresse à un large public. Publics concernés : Etudiants de Licences, Masters et Doctorats de Biologie. Candidats au CAPES et à l’agrégation. Scientifiques non-biologistes voulant étendre leurs connaissances en Biologie.

National audience

La résilience est un concept polysémique et pluridisciplinaire. Son introduction dans le domaine de la gestion des risques soulève un certain nombre de questions. Quelle définition donner à la résilience urbaine ? Comment placer ce concept par rapport aux concepts préexistants en gestion des risques ? Comment étudier la résilience urbaine ? Nous définissons la résilience urbaine comme la capacité d'une ville à absorber une perturbation et à récupérer ses fonctions à la suite de celle-ci. De plus, nous plaçons ce concept et celui de la vulnérabilité dans un même continuum. Puis, nous proposons d'étudier la performance des réseaux techniques urbains pour évaluer la résilience urbaine en s'appuyant sur une approche systémique de la ville face aux risques d'inondations.

National audience

International audience; Après une présentation de la situation et de la géologie des massifs de péridotite et des conditions de gisement et d'exploitation ancienne ou récente des garniérites, un premier essai de classification des différentes morphologies est tenté à partir de I'imagerie Spot. Les grandes perturbations tropicales (cyclones et sécheresses pluriannuelles), qui conditionnent le régime hydrologique des rivières de Nouvelle-Calédonie, et les différentes phases d'activité minière sont mises en correspondance avec les variations des exportations de matières, mesurées sur les bassins de la Pouembout et de la Ouenghi. L'analyse des imageries satellitaires et aériennes permet par ailleurs de montrer l'évolution des morphologies Juviales et littorales (méandres de la Thio, évolution des deltas de la Thio et de la Ouenghi). De ces bilans et analyses et de l'examen de quelques situations, il ressort que les engravements de certaines rivières ne peuvent que se poursuivre même si les conditions d'exploitation ont profondément changé et ne sont pas à l'origine de toutes les pollutions.