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Background and Aims: The compatibility between mycorrhizal fungi and trees is a consequence of coevolutionary processes in response to selection pressures. The diversity and differentiation of morphotypes from ectomycorrhizal fungi (ECM) communities in natural populations of Pinus greggii var. australis were analyzed in two contrasting environments (Zacualpan and Cieneguilla, Mexico), and in reciprocal combinations of seed and inoculum origin in the nursery. Methods: Soil samples were collected from two natural populations of P. greggii var. australis. A portion of the samples was used to obtain and identify mycorrhizal morphotypes, and the other was used as inoculum for the nursery bioassay. Shannon diversity index and Bray-Curtis similarity index were used to estimate diversity and differentiation degree of ECM communities in both natural populations and in seedlings from the nursery bioassay. Key results: Thirty-two different ECM morphotypes were found in the natural populations, 23 in Zacualpan, 17 in Cieneguilla, and eight in both of them. ECM morphotypes diversity was higher in Zacualpan, with a strong differentiation from the other community. At the beginning of the bioassay, Tomentella sp. was the dominant morphotype, but after eight months it was Rhizopogon sp. Cenoccocum geophilum and Wilcoxina sp. morphotypes were also identified. Root colonization dynamics was faster with the Cieneguilla origin for either guest or host. ECM diversity was higher in the sympatric associations at the beginning, but 12 months after sowing it was higher in the allopatric ones. Conclusions: A high diversity and strong differentiation in ECM morphotypes was found in two natural P. greggii var. australis populations. However, diversity and differentiation of the ECM community morphotypes in the bioassay decreased with age of seedlings, indicating an effect of the nursery environment in homogenizing the composition of the ECM community., Antecedentes y Objetivos: La compatibilidad entre hongos micorrizógenos y árboles es consecuencia de procesos coevolutivos en respuesta a presiones de selección. Se analizó la diversidad y diferenciación de morfotipos de las comunidades de hongos ectomicorrizógenos (ECM) en poblaciones naturales de Pinus greggii var. australis en dos ambientes contrastantes (Zacualpan y Cieneguilla, México), y en combinaciones recíprocas de origen de semilla e inóculo en vivero. Métodos: Se recolectaron muestras de suelo de dos poblaciones naturales de P. greggii var. australis. Una parte se utilizó para la obtención e identificación de morfotipos, la otra, como inóculo para el bioensayo en vivero. Se utilizó el Índice de diversidad de Shannon y el Índice de similitud de BrayCurtis para estimar la diversidad y el grado de diferenciación en las comunidades ECM de ambas poblaciones naturales y en las plantas del bioensayo. Resultados clave: Se encontraron 32 distintos morfotipos ECM en las poblaciones naturales, 23 en Zacualpan, 17 en Cieneguilla y ocho en ambas. La diversidad de morfotipos fue mayor en Zacualpan, con una fuerte diferenciación de la otra comunidad. Al inicio del bioensayo dominó el morfotipo Tomentella sp. y a los ocho meses Rhizopogon sp. Se identificaron los morfotipos de Cenococcum geophilum y Wilcoxina sp. La dinámica de colonización de raíces fue más rápida con el huésped u hospedero de Cieneguilla. La diversidad de morfotipos fue mayor en las asociaciones simpátricas al inicio, pero 12 meses después de la siembra fue mayor en las alopátricas. Conclusiones: Existe una amplia diversidad y fuerte diferenciación entre los morfotipos de hongos ECM de ambas poblaciones naturales de Pinus greggii var. australis. La diversidad y diferenciación de la comunidad de morfotipos en el bioensayo se redujo con la edad de las plantas, lo que indica un efecto del ambiente de vivero sobre la homogeneización de la composición de las comunidades ectomicorrízicas.