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2. Dual-histidin kinasas en hongos basidiomicetos

Author

Sarasola Puente, Vanessa, Oguiza Tomé, José Antonio, Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos, and Nekazaritza Ingeniarien Goi Mailako Eskola Teknikoa

Subjects
Dual histidin-kinasas, Hongos basidiomicetos
Abstract

La genómica comparativa está emergiendo como una potente herramienta para mejorar el conocimiento de la biología de hongos y, en consecuencia, avanzar en sus posibles aplicaciones biotecnológicas. El sistema modelo a utilizar en este Trabajo Fin de Máster son los hongos basidiomicetos que están secuenciados completamente. El objetivo general es abordar el análisis del genoma de estos hongos mediante la comparación con los genomas completos de hongos basidiomicetos disponibles con diferentes estilos de vida. Este estudio de genómica comparativa se dirige al análisis de los sistemas reguladores de dos componentes. Las proteínas de los sistemas de dos componentes (Two-component system, TCS) son componentes de transducción de señales complejas en hongos y tienen un papel esencial en la regulación de diferentes funciones y respuestas celulares. Las especies de hongos basidiomicetos presentan una gran variación en cuanto a sus características fisiológicas, complejidad morfológica y tipo de vida. Algunas proteínas de los sistemas de dos componentes están muy conservadas entre todas las especies de hongos basidiomicetos, mientras que otras parecen ser propias de algunas especies particulares. Además algunas especies parecen haber desarrollado un único grupo de histidin kinasas (HK) con una arquitectura de dominios inusual, las dual-HKs. La presencia de diferentes grupos de proteínas TCS entre los basidiomicetos puede reflejar su adaptación a diferentes nichos. Las dual-histidin kinasas son HKs híbridas complejas que contienen en un polipéptido sencillo dos módulos transmisores (T) y dos dominios reguladores de respuesta (R) que se combinan en una geometría TRTR. En hongos, esta familia de proteínas está limitada a algunas especies particulares del phylum Basidiomycota, y ausentes del resto de phyla. Este estudio extiende la investigación de las dual-HKs a 80 genomas de hongos basidiomicetos secuenciados totalmente, analizando su distribución, arquitectura de dominios y relaciones filogenéticas. Además de los hongos basidiomicetos, se han encontrado algunas especies de bacterias que contienen HKs híbridas con una arquitectura de dominios TRTR codificadas en un único gen. Máster Universitario en Agrobiotecnología Unibertsitate Masterra Agrobioteknologian

Published
2014

3. Diversity and distribution of deep mitochondrial lineages of the common frog, Rana temporaria, in northern Spain.

Author

VENCES, MIGUEL, SARASOLA-PUENTE, VANESSA, SANCHEZ, EUGENIA, AMAT, FELIX, and HAUSWALDT, J. SUSANNE

Subjects
*MITOCHONDRIAL DNA, *RANA temporaria, *ANIMAL diversity, *NUCLEOTIDE sequencing, *CYTOCHROME b, *PHYLOGEOGRAPHY
Abstract

We provide an update of the geographical distribution and phylogenetic relationships of mitochondrial haplotype groups of the European common frog, Rana temporaria, one of the most widespread amphibians on Earth. Our data set of 378 newly determined DNA sequences of the cytochrome b gene is combined with 640 previously published sequences, mainly filling a sampling gap in the Spanish Basque country. A haplotype network based on 331 bp provides evidence for a previously unknown, deeply divergent haplogroup in this region, which in the eastern part of its range occurs sympatrically with a widespread group of haplotypes from the Pyrenean mountains, and to the West contacts a haplogroup typically for the central Cantabrian mountains. In contrast, samples from the isolated Montseny massif in the Spanish region of Catalonia are not differentiated from Pyrenean populations. Samples from Scotland cluster in a widespread haplogroup with samples from northern France, western Germany, and Ireland. Our data furthermore suggest that previous records of haplotype sharing of British R. temporaria populations with those from northwestern Spain are probably erroneous. A phylogenetic analysis based on 4,413 bp of mitochondrial DNA confirms the strong divergence of the newly discovered Basque haplogroup and indicates that it might be the sister group of a clade containing all other R. temporaria haplogroups. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2017

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