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Nos registros históricos encontramos diversos estudos sobre o evento inicial de colonização, o número de migrações e dados sobre expansões e reduções populacionais nos últimos milhares de anos, quando se deu o povoamento pré-colombiano das Américas. No entanto, muitas perguntas permanecem sem resposta a respeito de detalhes intrigantes desse evento histórico. Por exemplo, podemos perguntar: qual foi o impacto demográfico da colonização em diferentes regiões e biomas do continente americano? Houve alguma influência cultural na demografia e na distribuição populacional pré-colombiana? Quais são os povos asiáticos mais relacionados com os nativos americanos? A genética tem lançado luz sobre essas e várias outras questões, analisando as variações no DNA de povos indígenas atuais ou antigos que deixaram partes preservadas de seu genoma. Isto é possível porque eventos passados de dispersão, fissões, fusões, expansões e reduções populacionais influenciaram a diversidade genética dos primeiros e atuais povos indígenas americanos. Muitas abordagens genéticas aplicadas ao estudo de populações autóctones da América forneceram uma maior compreensão sobre a história de seus antepassados, complementando a história científica dos arqueólogos, linguistas e antropólogos físicos. Está emergindo atualmente um maior consenso entre geneticistas e especialistas em outras disciplinas históricas, um passado que só pode ser reconstruído pela ciência.

Chromobacterium violaceumis one of millions of species of free-living microorganisms that populate the soil and water in the extant areas of tropical biodiversity around the world. Its complete genome sequence reveals (i) extensive alternative pathways for energy generation, (ii) ≈500 ORFs for transport-related proteins, (iii) complex and extensive systems for stress adaptation and motility, and (iv) widespread utilization of quorum sensing for control of inducible systems, all of which underpin the versatility and adaptability of the organism. The genome also contains extensive but incomplete arrays of ORFs coding for proteins associated with mammalian pathogenicity, possibly involved in the occasional but often fatal cases of humanC. violaceuminfection. There is, in addition, a series of previously unknown but important enzymes and secondary metabolites including paraquat-inducible proteins, drug and heavy-metal-resistance proteins, multiple chitinases, and proteins for the detoxification of xenobiotics that may have biotechnological applications.

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais, Programa de Pós-Graduação em Zoologia de Vertebrados Inclui bibliografias Resumo: O Mergus octosetaceus é uma das aves mais raras da América do Sul, de ocorrência no território brasileiro, sendo apontada como extinta no Paraguai e Argentina. Análises genéticas populacionais são consideradas prioritárias para a conservação de espécies, como o pato-mergulhão, criticamente ameaçadas de extinção. Os objetivos desse estudo foram: 1) desenvolver marcadores microssatélites espécie-específicos e validar o uso de loci heterólogos descritos para outros anseriformes; 2) testar e comparar o sucesso de amplificação de fragmentos de DNA em amostras invasivas (sangue e tecido) e não invasivas (cascas de ovos abandonados ou eclodidos); 3) avaliar a diversidade genética de populações remanescentes através de mtDNA (citocromo b e região controle), nDNA (íntron 13 do gene Músculo Esquelético Receptor da Tirosina Quinase - MUSK 13) e microssatélites com implicações para conservação da espécie. As amostras (n=142) utilizadas foram coletadas durante oito anos, provenientes de três localidades: Parque Nacional Chapada dos Veadeiros (PNCV) no estado de Goiás, Parque Nacional da Serra da Canastra (PNSC) e Serra do Salitre (SS) em Minas Gerais. Dos 27 loci de microssatélites testados (9 heterólogos e 18 espécie-específicos), obtivemos sucesso na amplificação de 7 loci dentre eles 2 heterólogos e 5 específicos para o pato-mergulhão. Os loci específicos apresentaram maior sucesso de amplificação do que os heterólogos. As amostras invasivas mostraram maior êxito na amplificação em número de loci do que as amostras não invasivas, embora a diversidade genética nos dois tipos de amostragem não tenha sido diferentes. As sequências de mtDNA e nDNA analisadas não apresentaram sítios polimórficos, apontando baixa variabilidade genética para o pato-mergulhão. Os dados de microssatélites apontaram baixa variabilidade genética nas populações de M. octosetaceus, sendo a população da PNCV a mais diferenciada. Essa baixa diversidade é esperada para uma espécie criticamente ameaçada e provavelmente é decorrente da alta taxa de endogamia e dos efeitos da deriva gênica. Assim, foi concluída a validação do uso de microssatélites para o pato-mergulhão em amostras não invasivas e invasivas. Entretanto, os dados genéticos confirmaram o status extremamente crítico de diversidade para essa espécie, tornando-se necessária a criação imediata de programas de recuperação de suas populações. Abstract: Mergus octosetaceus is one of the rarest birds of South America, which still occurs in Brazil, but is classified as extinct in Paraguay and Argentina. Genetic analyses of populations are considered a priority for the conservation of species such as the Brazilian Merganser, which are critically endangered. The aims of this study were: 1) develop microsatellite species-specific and validate the use of heterologous loci described for other Anseriformes, 2) to test and compare the successful amplification of DNA fragments from invasive (blood or tissue) and non-invasive samples (abandoned eggs or shells), and 3) to assess the genetic diversity of remnant populations by mtDNA (cytochrome b and control region), nDNA (intron 13 of Skeletal Muscle Receptor Tyrosine Kinase gene - MUSK 13) and microsatellites, thus giving results with implications for conservation. The samples (n = 142) were collected during eight years from three locations: Chapada dos Veadeiros National Park (PNCV) in Goiás state, Serra da Canastra National Park (PNSC) in Minas Gerais, and Serra do Salitre (SS) in Minas Gerais. Of the 27 microsatellite loci tested (nine species-specific and 18 heterologous), we have succeeded in amplifying seven loci, of which two are heterologous and five are species specific to the Brazilian Merganser. The specific loci exhibited the most successful amplification than heterologous. The invasive samples showed a higher rate of successful amplification than non-invasive samples, but genetic diversity in both types of samples were not different. The sequences of mtDNA and nDNA analysed did not show polymorphic sites, indicating low genetic variability for the Brazilian Merganser. Microsatellite data showed low genetic variability within the populations of M. octosetaceus, with the population of PNCV being the most differentiated. This low diversity is expected to Critically Endangered species and is probably due to the high inbreeding and gene drift effects. Thus, we validated the use of microsatellites for the Brazilian Merganser for both non-invasive and invasive sampling. However, the genetic data confirmed the extremely critical status of diversity for this species, making it necessary to create immediate recovery programs for their populations.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2020-11-08T17:28:38Z No. of bitstreams: 1 Tese completa_Cardinot Reis_PPGEE_2014.pdf: 3935064 bytes, checksum: 2c4c4e4e8fbc3dada9ef643cf96d974a (MD5) Made available in DSpace on 2020-11-08T17:28:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese completa_Cardinot Reis_PPGEE_2014.pdf: 3935064 bytes, checksum: 2c4c4e4e8fbc3dada9ef643cf96d974a (MD5) Previous issue date: 2014-02-12 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro Genetics is one of the tools recently used for understanding many aspects of sea turtles' life cycle. Stranding monitoring has a great conservation importance. In this context, the present study aimed to: (1) register the diversity, distribution and seasonality of sea turtles on the central-north coast of Rio de Janeiro state, and investigate their major threats in the region; (2) to genetically characterize green turtles incidentally captured by trawling in Itaipu beach, Niteroi and stranded animals between Saquarema and Quissamã, and to evaluate their genetic differences (also among sampled years), natal origins and connectivity, and (3) to genetically characterize loggerhead turtles incidentally captured by pelagic longline fishery and stranded animals in Southeast-Southern coast of Brazil, and to evaluate their genetic differences (inter-annual and among different life stages), natal origins and connectivity. 3,050 sea turtle strandings were reported between 2008 and 2010 in the central-north coast of Rio de Janeiro state, of which 2,728 C. mydas (89.44%), 112 C. caretta (3.67%), 89 L. olivacea (2.92%), 28 E. imbricata (0.92%), 26 D. coriacea (0.85%) and 67 unidentified (2.2%). Strandings were more abundant during winter, dry period and weak upwelling period, which can be related to the occurrence of these species in the region, but also and mostly due to wind conditions. Among animals with any evidence of anthropogenic interaction, 88.59% (N=730) were representative of fishing, 6.92% (N=57) of collision, 2.31% (N=19) of trash ingestion and 2.18% (N=18) of dredging interaction. Among C. mydas samples (N=261) 16 longer mtDNA haplotypes were identified, and among C. caretta (N=265) 13. Mixed Stock Analysis (MSA) showed that Ascension Island, Suriname, Aves Island and Guinea Bissau were the main sources for Rio de Janeiro C. mydas feeding aggregate. Contributions from Trindade Island were possibly underestimated. MSA also indicated that Brazilian nesting colonies were the main sources of C. caretta feeding aggregates in Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and Elevação do Rio Grande, with less expressive contributions from the Pacific (mainly from Australia), North Atlantic and Mediterranean. Differences observed between C. mydas and C. caretta can be directly attributed to behavioral aspects: while juvenile and adult green turtles undertake long migrations among breeding and feeding zones, loggerhead turtles tend to feed near their natal beach, except for oceanic juveniles. For both species, there were no significant genetic differences among years, stranding and bycatch samples, and juveniles/subadults and adults. Given the connectivity among C. mydas and C. caretta Brazilian populations and several other populations in the world, conservation of these species requires collective efforts on a global scale A genética é uma das ferramentas recentemente utilizadas para a compreensão de vários aspectos do ciclo de vida das tartarugas marinhas. O monitoramento de encalhes, por sua vez, tem uma grande relevância conservacionista. Nesse sentido, o presente estudo teve como objetivos: (1) registrar a diversidade, distribuição e sazonalidade de tartarugas marinhas no litoral centro-norte do Estado do Rio de Janeiro e investigar as principais ameaças a esses organismos na região; (2) caracterizar geneticamente as tartarugas-verdes capturadas incidentalmente pela pesca de arrasto de praia em Itaipu, Niterói e as encalhadas entre os municípios de Saquarema e Quissamã, avaliando suas diferenças genéticas (inclusive inter-anuais), além de origens natais e conectividade; e (3) caracterizar geneticamente as tartarugas-cabeçudas capturadas incidentalmente pela pesca de espinhel pelágico e as encalhadas no litoral Sudeste-Sul do Brasil, avaliando suas diferenças genéticas (inter-anuais e por estágio de vida), além de origens natais e conectividade. Foram registrados 3.050 casos de encalhe de tartarugas marinhas entre 2008 e 2010 no litoral centro-norte fluminense, sendo: 2.728 C. mydas (89,44%), 112 C. caretta (3,67%), 89 L. olivacea (2,92%), 28 E. imbricata (0,92%), 26 D. coriacea (0,85%) e 67 não identificadas (2,2%). O predomínio de encalhes no inverno, período seco e com ressurgência fraca está relacionado não somente à ocorrência das espécies na região, mas também e fundamentalmente às condições de vento. Entre os animais com algum indício de interação antrópica, 88,59% (N=730) foram representativos de pesca, 6,92% (N=57) de colisão, 2,31% (N=19) de lixo e 2,18% (N=18) de dragagem. A partir da análise de fragmentos mais longos do DNA mitocondrial, foram identificados 16 haplótipos entre as amostras de C. mydas (N=261) e 13 entre as de C. caretta (N=265). A Análise de Estoque Misto revelou que, para o agregado de alimentação de C. mydas do Rio de Janeiro, as maiores contribuições foram provenientes da Ilha de Ascensão, Suriname, Ilha de Aves e Guiné Bissau. As contribuições por parte da Ilha de Trindade foram possivelmente subestimadas. Para os agregados de alimentação de C. caretta do Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e Elevação do Rio Grande, os diferentes métodos de MSA indicaram contribuições predominantes das colônias de desova brasileiras, e bem menos expressivas por parte do Pacífico (principalmente da Austrália), Atlântico Norte e Mediterrâneo. As diferenças observadas entre as duas espécies podem ser diretamente atribuídas a aspectos comportamentais: enquanto as tartarugas-verdes juvenis e adultas empreendem longas migrações entre áreas de reprodução e alimentação, as tartarugas-cabeçudas tendem a se alimentar nas proximidades de sua praia natal, com exceção dos juvenis na fase oceânica. Para ambas as espécies, não foram evidenciadas diferenças genéticas significativas entre amostras de encalhe e de captura incidental, inter-anuais e entre juvenis-subadultos e adultos. Tendo em vista a conectividade entre as populações brasileiras de C. mydas e C. caretta e diversas outras populações do mundo, a conservação dessas espécies requer esforços coletivos em escala global

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Melipona quadrifasciata, regionally known as mandaçaia , presents two distinct subspecies: M. quadrifasciata anthidioides and M. quadrifasciata quadrifasciata. They differ in the yellow tergal stripes, which are continuous in M. q. quadrifasciata and discontinuous in M. q. anthidioides. The correlation between geographic distribution and metasomal coloration was investigated and characterized the restriction sites in the mtDNA of both morphotypes of M. quadrifasciata, as determined by the tergal stripes patterns. Specimens from 198 localities were examined, and the variation observed in the pattern of tergal stripes was grouped into four distinct classes. The distribution pattern of M. quadrifasciata found in the present work agrees with the previously reported pattern for this species, i.e., M. q. quadrifasciata, a form characterized by continuous tergal stripes, inhabits the southern portion of the distribution, from Rio Grande do Sul to southern São Paulo, including Misiones, in Argentina, and southeastern Paraguay to the west, whereas M. q. anthidioides, a form with interrupted stripes, occurs from northeastern São Paulo to the northern portion of Diamantina Plateau, in Bahia, and westwards to the western tip of Minas Gerais and central portion of the Goiás State. The data of RFLP showed two restriction patterns, one present in M. q. quadrifasciata, and another in M. q. anthidioides and in populations with continuous tergal stripes from northern Minas Gerais and northeastern Bahia and Sergipe. The phylogeography was evaluated across its range of M. quadrifasciata populations. Using 852 bp of mtDNA COI gene of 145 individuals from 56 locates of RS RS, SC, PR, SP, RJ, MG, ES, BA and SE states in Brazil. Fifty haplotypes were identified 50 with a nucleotide diversity (π) of 0,0055 and a haplotypic diversity (Hd) of 0,957. The phylogenetic analysis showed the presence of two clades: the south clade comprising the subspecies M. q. quadrifasciata, and the north clade formed by the subspecies M. q. anthidioides and the populations with continuous tergal stripes from northern Minas Gerais and northeastern Bahia and Sergipe. AMOVA showed a percentage of variation between the clades of 68,56% and a ΦST 0,905. The barrier of gene flow, estimated with SAMOVA, was located close to Ribeira do Iguape River Valley in the south of the State of São Paulo. The unimodal mismatch distribution suggested bottleneck events affecting both clades. Coalescence analysis estimated time of divergence estimated between 490.000 and 390.000 years B.P. Other species of Melipona of the Atlantic forest, M. bicolor and M. marginata, also present subspecies that display morphological differences along north-south ranges that match the distribution of M. q. quadrifasciata and M. q. anthidioides. Concordant phylogeographyc patterns have been reported for other animal groups, as birds (Xiphorhynchus fuscus) and serpents (Bothrops jararaca). A abelha Melipona quadrifasciata, conhecida popularmente como mandaçaia, apresenta duas subespécies: M. q. anthidioides e M. q. quadrifasciata. A principal diferença entre as subespécies são as faixas tergais amarelas, que são contínuas em M. q. quadrifasciata e descontínuas em M. q. anthidioides. A correlação entre a distribuição geográfica e a coloração metassomal e os sítios de restrição do DNA mitocondrial foi caracterizado de ambos morfotipos de M. quadrifasciata, como determinado pelos padrões de faixas tergais. Foram examinados exemplares provenientes de um total de 198 localidades no Brasil, e com base na variação observada os exemplares foram distribuidos em quatro classes. A distribuição geográfica de M. quadrifasciata observada mostra M. q. quadrifasciata, uma forma com faixas tergais contínuas, ocupando a porção sul da distribuição, do Rio Grande do Sul até a metade sul de São Paulo, indo a oeste até a província de Misiones, na Argentina e porção sudeste do Paraguai. A forma com faixas interrompidas, M. q. anthidioides, distribui-se da metade nordeste de São Paulo até o extremo norte da região da Chapada Diamantina, na Bahia, estendendo-se a oeste pelo Triângulo Mineiro e região central do estado de Goiás. Dois padrões RFLP foram identificados, sendo um presente em M. q. quadrifasciata, e o outro em M. q. anthidioides e nas populações com padrão de faixas tergais continuo do norte de Minas Gerais e Sergipe e nordeste da Bahia. Avaliou-se também o padrão filogeográfico das populações de M. quadrifasciata ao longo de sua área de distribuição. Para análise filogeográfica foram utilizados 852 pb referentes a parte do gene COI do mtDNA de 145 indivíduos de M. quadrifasciata provenientes de 56 localidades dos estados do RS, SC, PR, SP, RJ, MG, ES, BA e SE. Foram identificados 50 haplótipos, com uma diversidade nucleotídica (π) de 0,0055 e uma diversidade haplotípica (Hd) de 0,957. Foi evidenciado, na inferência filogenética e na rede de haplótipos, a presença de dois clados: o clado sul compreendendo à subespécie M. q. quadrifasciata, e o clado norte formado pela subespécie M. q. anthidioides e as populações de faixa tergal contínua do norte de Minas Gerais e do Sergipe e nordeste da Bahia. A AMOVA mostrou um percentual de variação entre os clados de 68,56% e um ΦST de 0,905. A barreira de fluxo gênico, estimada pela SAMOVA, foi localizada próxima ao Vale do Ribeira do Iguape no sul do estado de São Paulo, concordando também com a separação dos clados. A mismatch distribution evidenciou gargalos populacionais em ambos clados por meio de distribuição unimodal. O tempo de divergência estimado pela análise de coalescência foi entre 490.000 e 390.000 anos A.P. Outras espécies de abelhas, M. bicolor e M. marginata, exibem diferenciação morfológica que recebe o status de subespécies, apresentando zona de separação entre as subespécies concordante com M. quadrifasciata. Padrões filogeográficos com vicariância semelhante foram reportados para pássaros (Xiphorhynchus fuscus) e serpentes (Bothrops jararaca).