Search

Canine adenoviruses (CAV) can infect both domestic and wild canid. Canine Adenovirus Type-1 (CAV-1) and Canine Adenovirus Type-2 (CAV-2) are the cause of infectious canine hepatitis and infectious canine laryngotracheitis, respectively. The epidemiology of the virus is not clear enough in the most territory. For this purpose, data on the virus in Turkey, which is a bridge between continents, were examined. Comparing the sequence data of strains circulated in the field over a ten-year period revealed a genetic heterogeneity. To make this comparision total of 32 fecal samples collected from shelter dogs with diarrhea in 2011 was used. Firstly, virus isolation was performed in MDCK cells and cytopathogenic effects were observed in 4/32 samples. Secondly, the supernatant of four isolates were found positive for the E3 gene of CAV-2 by PCR. Strains were placed on a different branch from other Turkish isolates under the same subgroup in the phylogenetic tree. According to partial E3 gene analysis, seven amino acid substitutions were detected between the strains. Due to Shannon entropy value and ConSurf analysis, all of them were indicated as important antigenic sites. This study pointed out the possible genetic heterogeneity among CAV-2 in Turkey., Canine adenoviruslar (CAV) hem evcil hem de vahşi yaşamda köpek ve tilkilerde enfeksiyona neden olabilmektedir. Canine Adenovirus Tip-1 (CAV-1) infectious canine hepatitis (ICH) enfeksiyonuna ve Canine Adenovirus Tip-2 (CAV-2) infectious canine laryngotracheitis enfeksiyonuna neden olmaktadır. Virusun epidemiyolojisi çoğu bölgede yeterince net değildir. Bu amaçla Türkiye'de on yıllık süre zarfında dolaşımda olan suşlar moleküler düzeyde incelendi ve genetik bir heterojenlik olduğu görüldü. Bu incelemeyi yapabilmek için 2011 yılında ishalli barınak köpeklerinden toplanan 32 adet dışkı örneği kullanıldı. İlk olarak, MDCK hücre hattında virus izolasyonu yapıldı ve 4/32 örnekte sitopatojenik etkiler (CPE) gözlendi. İkinci olarak, CPE pozitif dört izolat CAV-2'nin E3 geni yönünden PCR ile pozitif bulundu. Sekans işlemi sonucu elde edilen diziler filogenetik ağaçta aynı alt grup altındaki diğer Türk izolatlarından farklı bir dal üzerine yerleşti. Kısmi E3 gen analizine göre, suşlar arasında yedi amino asitte değişim tespit edildi. Shannon entropi değeri ve ConSurf analizine göre tüm amino asit değişikliklerinin önemli antijenik bölgelerde meydana geldiği belirlendi. Bu çalışma, Türkiye CAV-2 suşları arasındaki olası genetik heterojeniteye dikkat çekmektedir.

SIGIRCI, BELGI DIREN/0000-0001-7153-7428; Ozkan, Kayhan/0000-0002-5956-093X; SIGIRCI, BELGI DIREN/0000-0001-7153-7428; Ak, Seyyal/0000-0002-6687-8401; Gurgen, Hazal Ozturk/0000-0003-2748-6189 WOS:000528558200007 Avibacterium paragallinarum is an important pathogen affecting the respiratory tract of chickens. There is a paucity of information on the molecular characteristics and pathology of A. paragallinarum in Turkish poultry flocks. In the present study, broiler and layer flocks (n = 2) suspected of viral infections with serious respiratory signs and significant mortality were visited. Chickens showed various disease signs and necropsy lesions, including purulent nasal discharge, respiratory distress, facial edema, sticky eyes, mucoid tracheitis, hemorrhagic inflammation of the infraorbital sinuses along with fibrinous mass and conjunctivitis. Histopathological lesions included loss of cilia along with necrosis and exfoliation of the superficial mucosal epithelium of the trachea, facial cellulitis, dermatitis, fibrinous plasmatic edema and infiltration of inflammatory cells, especially heterophils. A. paragallinarum was detected in tissue samples by species-specific polymerase chain reaction (PCR). The sequencing and phylogenetic analysis of the core region of the hemagglutinin (HA) gene revealed that Turkish strains detected here belonged to serotype A (serovar A1). They were related to strains reported from India (VRDC), the United States (0083), and Japan (0221), which are representatives of serovar A1. A homology of 88-90% was found between Indian strains and the Turkish strains detected in this study. Surprisingly, only vaccine strains of infectious bronchitis virus (IBV) were detected as a co-infecting agent in all samples positive for A. paragallinarum. Our findings suggest that A. paragallinarum may be an emerging pathogen in Turkish poultry flocks, and direct PCR may facilitate rapid diagnosis of infectious coryza. These results will also help to develop control strategies for A. paragallinarum. University of Istanbul-Cerrahpasa [BAP-27243]; Istanbul, Turkey This research was funded by the University of Istanbul-Cerrahpasa (BAP-27243), Istanbul, Turkey.

The aimof this study was to determine bacterial, parasitological and viral agents ofdiarrhea in lamb and goat kid in Marmara Region of Turkey. The material of thisstudy was consisted of 88 lambs and 26 kids which were younger than 6 monthsold. A total of 26 Escherchia coli(22.8%), 27 Eimeria spp. (23.7%), 11 Cryptosporidium spp. (9.6%)and 6 Clostridium perfringens (5.3%) were identified fromsamples. In addition Rotavirus and Pestiviruswere detected in 3, 4 of 114 of samples respectively. It was concluded thatdetermining the most common agents that cause diarrhea in young small ruminantsin Marmara Region may contribute to therapeutic approaches and prophylacticmedicine procedures., Buçalışmada Marmara bölgesinde kuzu ve oğlaklarda görülen ishal vakalarınınbakteriyel, viral ve parazitolojik etkenlerinin araştırılması amaçlandı. Buçalışmanın materyalini 6 aylıktan küçük 88 kuzu ve 26 oğlak oluşturdu. Toplamda26 vakada E. coli (%22.8), 27 vakada Eimeria spp. (%23.7), 11 vakada Cryptosporidium spp. (%9.6) ve 6 vakada Clostridium perfringens (%5.3) tespitedildi. Ayrıca 3 vakada Rotavirus, 4 vakada da Pestivirus tespit edildi. Sonuç olarakMarmara bölgesinde genç küçük ruminantlarda ishale neden olan en yaygınetkenlerin belirlenmesinin tedavi yaklaşımları ve koruyucu hekimlikuygulamalarına katkı sağlayacağı kanısına varıldı.

ÖZETAkabane infeksiyonu gebe hayvanlarda ve yeni doğanlarda oluşturduğu bozukluklarsonucu önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Ülkemiz dahil birçok ülkedebildirilmiştir. Virus, duyarlı konaklar arasında Culicoides spp. türü kan emici sineklerle vevertikal yolla bulaşmaktadır.Bu çalışmada, Marmara bölgesinde bulunan çiftlikler ziyaret edilerek 175 sığır ve 50koyundan EDTA'lı ve antikoagülansız kan alındı. Tuzla ve Hadımköy mezbahalarından 50 sığırve 25 koyundan organ ve kan numuneleri toplandı. Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü'ne veİstanbul Üniversitesi Veteriner Fakültesi Viroloji Anabilim Dalı'na gelen klinik olarak Akabaneşüphesi taşıyan 25 sığır ve 25 koyunun abort ve ölü yavrulardan akciğer, karaciğer, dalak,beyin ve plesanta örnekleri alındı. Kan serumu örnekleri ile yapılan ELISA sonucunda 225 adetsığır serum örneğinden 17 tanesinde (%7,55) seropozitiflik saptandı. Marmara bölgesindebulunan 11 ilden toplanan örneklerde sığırlar için seropozitiflik % 0 ile % 15,68 arasında tespitedildi. Koyun serum örneklerinde herhangi bir seropozitiflik saptanmadı. Akabane şüpheli 25sığır ve 25 koyun abort ve ölü yavrulardan alınan akciğer, karaciğer, dalak, beyin, plasenta ileyapılan real time RT-PCR sonucunda 2 sığır numunesinde akabane virus-RNA'sı saptandı. Buörneklerden 3 kez pasajlanarak yapılan BHK-21 ve VERO hücre kültürü çalışmalarında CPEoluşumu gözlenmedi. Hücre kültürünün real time RT-PCR ve RT-PCR ile incelenmesisonucunda pozitiflik saptanmadı. Mezbahalardan alınan 50 sığır ve 25 koyun organ ve dokuörnekleri ile yapılan real time RT-PCR ve RT-PCR sonucunda da pozitiflik saptanmadı.Sonuç olarak, Akabane infeksiyonu serolojik olarak %7,55 oranında saptanmıştır veülkemiz sığırları açısından risk oluşturmaktadır. Türkiye'de tüm bölgelerde prevalansın ortayaçıkarılmasında ve vektörlerde dikkate alınarak risk analizleri yapılmasında yarar vardır. Buamaçla kolay uygulanabilirliği ve çok sayıda serumun kısa sürede incelenebileceği ELISAtestinin kullanılması ve daha sonra pozitif örneklerin teyit edilmesi için real time RT-PCR ileincelenmesini önermekteyiz. Ayrıca vektör olan sineklerde (Culicoides) virusun bulunmasıklığının da araştırılmasında yarar vardır. ABSTRACTAkabane disease causes economic losses since it triggers serious disorders in peregnantruminants and new borns. It has been reported in many countries including Turkey. TheAkabane virus is transmitted by Culicoides spp. mosquitos between susceptible hosts as weel asvertical transmission.In this study, sampling had been performed from farms in Marmara region and 175 cattleand 50 sheep blood samples both with or without EDTA were collected. Also lung, liver,spleen, brain, plecanta and blood samples were collected from 50 cattle and 25 sheep afterslaughtering in Tuzla and Hadımköy slaughterhouses. In addition, lung, liver, spleen, brain andplacenta samples were taken from 25 cattle and 25 sheep, abortions or dead newborns whichwere brought to Pendik Veterinary Control Institute and Virology Department of IstanbulUniversity, Faculty of Veterinary Medicine, suspected of Akabane disease. In ELISAperformed with collected serum samples, 17 (7.55 %) of the 225 cattle samples were found tobe seropositive. Seropositivity ratio in cattle samples achieved from 11 provinces in Marmararegion was detected between 0% - 15.68%. On the other hand, no seroposivity to Akabane viruswas detected in sheep sera. Akabane virus–RNA was detected in 2 samples (lung, liver, spleen,brain and placenta) taken from 25 cattle and 25 sheep abortions or dead newborns. No CPE wasobserved in VERO and BHK-21 cells when 2 real time RT-PCR positive samples subjected tovirus culture. Also no amplification was detected in these cells by both real time RT-PCR andRT-PCR. In addition, no positivity was detected by real time PCR and RT-PCR in lung, liver,spleen, brain, placenta and blood samples collected from 50 cattle and 25 sheep from Tuzla andHadımköy slaughterhouses.In conclusion, antibodies to Akabane virus were detected in 7.55% cattle and pose arisk to cattle in Turkey. It will be good to know overall seroprevalence in all regions in Turkeyby considering vectors in order to make risk analyses. For this, ELISA is a good technique toanalyse many samples at a time and seropositives can be analysed by real time RT-PCR fordefinitive diagnosis. Also, it will be good to know the frequency of Akabane virus in vectorssuch as Culicoides. 85

Köpeklerde Borrelia burgdorferi nfeksiyonunun PCR ile Araştırılması. stanbulÜniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji ABD. Yüksek Lisans Tezi.stanbul. 2006.Lyme hastalığı ya da Borreliosis Borrelia burgdorferi'nin neden olduğu, dünyadayaygın olarak görülen zoonoz bir infeksiyondur. Ixodes cinsi keneler bulaşmada önemlirol oynarlar. Lyme hastalığında eklemler, deri, kalp, böbrek ve sinir sistemindebozukluklar görülür.Bu çalışmada köpeklerdeki lyme hastalığı etkeni olan Borrelia burgdorferi' ninspesifik groEL ve ospA genlerinin çoğaltılması esasına dayanan PCR yöntemi ilesaptanması amaçlandı. Bunun için, stanbul' daki çeşitli kliniklere getirilen 48 adet vedeğişik hayvan barınaklarında yaşayan 48 adet olmak üzere toplam 96 köpekincelendi. Köpeklerin öncelikle klinik muayeneleri yapıldı ve EDTA'lı tüplere kanörnekleri alındı. Kan örneklerinden ticari kit kullanılarak DNA ekstraksiyonu yapıldı.Öncelikle pozitif kontrol Borrelia burgdorferi DNA'sı kullanılarak PCR çalışmalarıstandardize edildi. Daha sonra ekstrakte edilen örnek DNA'lar ile konvansiyonel PCRve Nested PCR çalışmaları yapıldı. PCR çalışmaları sonucunda konvansiyonelPCR'da yaklaşık 310 bp ve nested PCR'da yaklaşık 391 bp'lik referans kontrol DNAürünleri saptanırken, 96 köpekten alınan örneklerin hiç birinde etken DNA'sıyönünden pozitiflik saptanmadı. Test örneklerindeki negatifliğin nedeni olarak örnektürü, örnek sayısı, örnekleme yöntemi, ixodes cinsi kenelerin coğrafik dağılımı veekolojik farklılıktan kaynaklandığı düşünülebilir. Bu çalışmanın daha kapsamlı olarakklinik bulgu gösteren ve üzerlerinde kene taşıyan köpeklerle yapılması sonucundainfeksiyonun saptanması olasılığı artacaktır. Ayrıca köpeklerin üzerlerindekikenelerden de DNA ekstraksiyonu yapılmasında ve kene türlerinin araştırılmasındayarar vardır.Anahtar Kelimeler : Köpek, lyme hastalığı, PCR, Borrelia burgdorferi, stanbul.Bu çalışma stanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından T-617/17032005 no'lu proje olarak desteklemiştir. Investigation of Borrelia burgdorferi infection in dogs by PCR. stanbulUniversity, Institute of Health Science, Department of Microbiology, Master Thesis.stanbul. 2006.Lyme disease or Borreliosis is a widespread zoonozis caused by Borrelia burgdorferi.Ixodes ticks plays important role in transmission. Joint, skin, heart, kidney and nervoussystem disorders are seen in Lyme disease.The aim of this study was to detect Borrelia burgdorferi in dogs using PCR byamplifiying the specific genes groEL and ospA of the Lyme disease agent. For this aim,96 dogs were investigated consisting of 48 dogs which were brought to privateveterinary clinics and 48 dogs living in the kennels. The dogs were first clinicallyexamnined and the blood was drained into vacutainer containing EDTA. The DNAextraction from blood samples was made using commercial DNA extraction kit. FirstlyThe PCR was standardised using the reference control DNA of Borrelia burgdorferi.The DNA extracted from test samples were analysed by both conventional and nestedPCR. The DNA of Borrelia burgdorferi was not detected in any of the samples collectedfrom the 96 dogs while 310 bp product by conventional PCR and 391 bp product bynested PCR were amplified from the reference control DNA. The reason of negativeresults from the test samples may be the type of sample, sampling method, sample size,echological differences and the geographical distribution of Ixodes ticks. Therefore,comprehensive studies are needed in dogs showing clinical symptoms and ticks presenton their skin may increase the possibility of the detection of the infection. In addition,investigations in those ticks and DNA extraction from them will be beneficial in futurestudies.Key Words: Dogs, lyme disease, PCR, Borrelia burgdorferi, Istanbul.This study was supported by The Research Support Unit of stanbul University as theproject no T-617/17032005 60