Search

Cell-free RNA from liquid biopsies can be analyzed to determine disease tissue of origin. We extend this concept to identify cell types of origin using the Tabula Sapiens transcriptomic cell atlas as well as individual tissue transcriptomic cell atlases in combination with the Human Protein Atlas RNA consensus dataset. We define cell type signature scores, which allow the inference of cell types that contribute to cell-free RNA for a variety of diseases.

Molecular characterization of cell types using single-cell transcriptome sequencing is revolutionizing cell biology and enabling new insights into the physiology of human organs. We created a human reference atlas comprising nearly 500,000 cells from 24 different tissues and organs, many from the same donor. This atlas enabled molecular characterization of more than 400 cell types, their distribution across tissues, and tissue-specific variation in gene expression. Using multiple tissues from a single donor enabled identification of the clonal distribution of T cells between tissues, identification of the tissue-specific mutation rate in B cells, and analysis of the cell cycle state and proliferative potential of shared cell types across tissues. Cell type-specific RNA splicing was discovered and analyzed across tissues within an individual.

Coccidioidomycosis is a common cause of community-acquired pneumonia in endemic regions. Approximately 20 000 cases of coccidioidomycosis occur annually; however, this statistic is limited by a widespread lack of testing. Here, we analyze emergency medicine provider attitudes toward coccidioidal testing and assess the effect of an intervention to improve testing rates. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

บทนำ  ผู้วิจัยได้ศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณแอลกอฮอลล์ที่ดื่มภายใน2ชั่วโมงของการมีเพศสัมพันธ์และจำนวนของคู่นอน  จากกลุ่มตัวอย่างประชากรชาวแอฟริกันที่อาศัยอยู่ในอเมริกาและชาวละตินที่มารับบริการยังห้องฉุกเฉินวิธีการ ทำการศึกษาแบบตัดขวาง(cross sectional study)ชนิดไปข้างหน้า  โดยเลือกสุ่มกลุ่มผู้ป่วยที่มารับบริการในห้องฉุกเฉินภายใน5สัปดาห์ของช่วงเวลาที่ทำการศึกษา ผู้วิจัยอ่านแบบสอบถามให้ผู้ป่วยฟังเพื่อตอบเกี่ยวกับปริมาณแอลกอฮอลล์ที่ดื่มและจำนวนคู่นอนทั้งหมดภายใน1ปีที่ผ่านมา  ข้อมูลถูกวิเคราะห์โดยใช้multiple variable  negative binomial regression modelsและ ผลประทบถูกวิเคราะห์โดยใช้ตัวแปรที่เป็นinteraction terms.ผลลัพธ์ จำนวน395คนบอกว่ามีคู่นอนเฉลี่ย1.4คนภายใน1ปีที่ผ่านมา(standard error= 0.11) โดยที่23%บอกว่ามีปริมาณการดื่มแอลกอฮอลล์ค่อนข้างมากผิดปกติ และ28%บอกว่าได้ดื่มแอลกอฮอลล์ก่อนมีเพศสัมพันธ์  จากการศึกษาไม่พบความสัมพันธ์อย่างมีนัยสถิติระหว่างปริมาณการดื่มแอลกอฮอลล์ที่มากกับจำนวนคู่นอน อย่างไรก็ดีพบว่าการดื่มแอลกอฮอลลก่อนมีเพศสัมพันธ์มักทำให้มีจำนวนคู่นอนเพิ่มมากขึ้น นอกจากนี้ท่ามกลางกลุ่มที่ดื่มแอลกอฮอลล์ปริมาณมาก ยิ่งถ้ามีการดื่มแอลกอฮอลล์ก่อนมีเพศสัมพันธ์ร่วมด้วยก็มักมีโอกาสเสี่ยงที่จะเพิ่มจำนวนคู่นอนมากขึ้นถึง3เท่า(risk ratio =3.2, confidence interval [CI]= 1.9–5.6 )ความสัมพันธ์ระหว่างการดื่มแอลกอฮอลล์ก่อนมีเพศสัมพันธ์และจำนวนคู่นอนขึ้นกับปริมาณการดื่มแอลกอฮอลล์อย่างมากมานาน>1ปี  โดยรวมพบว่าการดื่มแอลกอฮอลล์ก่อนมีเพศสัมพันธ์มักทำให้เพิ่มจำนวนคู่นอนโดยเฉพาะพบมากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในกลุ่มที่ดื่มแอลกอฮอลล์ในปริมาณมากอย่างผิดปกติด้วย สรุป  การดื่มแอลกอฮอลล์ในปริมาณมากร่วมกับการมีคู่นอนมากกว่า1คนมักพบร่วมกันโดยเฉพาะในผู้ที่ดื่มแอลกอฮอลล์ก่อนมีเพศสัมพันธ์    การพยายามที่จะลดการเกิดโรคทางเพศสัมพันธ์และโรคเอดส์ในผู้ป่วยที่ห้องฉุกเฉินควรทำการประเมินความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณการดื่มแอลกอฮอลล์และพฤติกรรมเสี่ยงของการมีเพศสัมพันธ์   ดังนั้นในห้องฉุกเฉินควรจัดตั้งระบบเพื่อทำการดูแลผู้ป่วยกลุ่มเสี่ยงด้วยการตรวจสืบค้น ให้การช่วยเหลือเบื้องต้น และส่งต่อผู้ป่วยกลุ่มเสี่ยงเพื่อไปปรับแก้ไขพฤติกรรมการดื่มแอลกอฮอลล์และพฤติกรรมทางเพศให้เป็นไปอย่างเหมาะสม[West J Emerg Med. 2012;13(2):151–159.]

Introduction: We examine the association between self-reported alcohol misuse and alcohol use within 2 hours of having sex and the number of sexual partners among a sample of African-Americanand Latino emergency department (ED) patients.Methods: Cross-sectional data were collected prospectively from a randomized sample of all ED patients during a 5-week period. In face-to-face interviews, subjects were asked to report their alcohol use and number of sexual partners in the past 12 months. Data were analyzed using multiple variable negative binomial regression models, and effect modification was assessed through inclusion of interaction terms.Results: The 395 study participants reported an average of 1.4 (standard error=0.11) sexual partners in the past 12 months, 23% reported misusing alcohol, and 28% reported consuming alcohol before sex. There was no statistically significant association between alcohol misuse and the number of sexual partners; however, alcohol before sex was associated with a larger number of sexual partners in the past year. Moreover, among those who misused alcohol, participants who reported alcohol before sex were 3 times more likely to report a higher number of sexual partners (risk ratio=3.2; confidence interval [CI]=1.9–5.6). The association between alcohol use before sex and number of sexual partners is dependent upon whether a person has attributes of harmful drinking over the past 12 months.Overall, alcohol use before sex increases the number of sexual partners, but the magnitude of this effect is significantly increased among alcohol misusers.Conclusion: Alcohol misusers and those who reported having more than 1 sexual partner were morelikely to cluster in the same group, ie, those who used alcohol before sex. Efforts to reduce the burden of sexually transmitted diseases, including human immunodeficiency virus, and other consequences of risky sexual behavior in the ED population should be cognizant of the interplay of alcohol and risky sexual behaviors. EDs should strive to institute a system for regular screening, brief intervention, and referral of at-risk patients to reduce negative consequences of alcohol misuse, including those of risky sexual behaviors. [West J Emerg Med. 2012;13(2):151–159.]

HPA axis genes implicated in glucocorticoid regulation play an important role in regulating the physiological impact of social and environmental stress, and have become a focal point for investigating the role of glucocorticoid regulation in the etiology of disease. We conducted a systematic review to critically assess the full range of clinical associations that have been reported in relation to DNA methylation of CRH, CRH-R1/2, CRH-BP, AVP, POMC, ACTH, ACTH-R, NR3C1, FKBP5, and HSD11β1/2 genes in adults. A total of 32 studies were identified. There is prospective evidence for an association between HSD11β2 methylation and hypertension, and functional evidence of an association between NR3C1 methylation and both small cell lung cancer (SCLC) and breast cancer. Strong associations have been reported between FKBP5 and NR3C1 methylation and PTSD, and biologically-plausible associations have been reported between FKBP5 methylation and Alzheimer's Disease. Mixed associations between NR3C1 methylation and mental health outcomes have been reported according to different social and environmental exposures, and according to varying gene regions investigated. We conclude by highlighting key challenges and future research directions that will need to be addressed in order to develop both clinically meaningful prognostic biomarkers and an evidence base that can inform public policy practice.