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Este trabajo explora las brechas por sexo en el desempeño académico de los estudiantes de educación media de las regiones colombianas en la prueba saber- 11 de 2009, realizada por el Instituto Colombiano para el Fomento de la Educación Superior (icfes). Los datos se analizaron mediante una prueba de contraste de medias (t Student) y regresiones por cuantiles, específicamente en los componentes de matemáticas y lenguaje. El análisis revela que en el componente de matemáticas los hombres tienen un mejor desempeño que las mujeres. Sin embargo, esta diferencia no es homogénea en el país; en la región central oriental se observan mayores diferencias. Las mujeres tienen un mejor desempeño que los hombres en el componente de lenguaje solo en las regiones Caribe y Pacífica, This paper explores the gender gap in high school academic performance in the different regions of Colombia using data from the saber-11 2009, a test administered by the Instituto Colombiano para el Fomento de la Educación Superior (icfes). Data were analyzed using a mean contrast test (Student’s t-distribution) and quantile regressions, focusing on the math and language components. We found that men perform better than women in the math component. However, this result is not homogenous in the country; the Central-Eastern region shows wider differences. Only in the Caribbean and Pacific regions did women perform better than men in the language component